Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018402598.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5669.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 967

Length: 1612
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.11, T:0.31

Warning! 235 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:316 original size:171 final size:171

Alignment explanation


    Indices: 1--1206  Score: 1353
    Period size: 171  Copynumber: 7.0  Consensus size: 171

                                          *            *       *             
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTATCATTTTT
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTT

             *             *         *       *                               
         65 GATTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTTAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCA
         64 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA

                     *                 *            *  
        129 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTCAT
        129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

                 *   *     *    *                  *     *    *          **  
        172 TACTCGCTTCAAATGATTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTCAGG
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG

                                        * **    *     *                  *   
        237 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAACCATAATGAAAAAGGCATTCATTGGTAAG
         66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG

                                *   *    *    * *    
        302 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAATCTTTAT
        131 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

                       *                  *  *         *           *  *      
        343 TACTCACTTTATATGGTTTTGTAAT-CTCAAAAGTGATTTAAATTTGAATTCTTTATATATTTTT
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT

                  *   * *       *        *     *   **    *  *                
        407 GGTTAACACAAATTATAATTCAATGTCTAGCTTGAAAAATGTAAACAACAAGG-ATTCATTGGCA
         64 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA

             *                                *      * 
        471 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAATAGCCTTGT
        129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

                **        *                           *              *    * *
        514 TACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTCAAGGTTGAATTTTTTTTTCATTATA
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTT-AAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT

            *       *                             *     *                    
        579 AGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAACCATAAGGAAAAAGGCATTCATTGGCA
         64 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA

                   *           *                 *     
        644 AGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGGCTTAT
        129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

            *   **                 *               **                      **
        687 CACTTGCTTTAAATGGTTTTGTATTGCCATAATTGATTTTCAGATTGAATTTTTTTTACATTTCA
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTAAAG-TTGAA-TTTTTTTACATTTTT

                                    *       *     * *   * *                  
        752 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAACCCTAATGGAAAAGGCATTCATTGGCA
         64 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA

            *                         *    *           
        817 TGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
        129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

                                 *        *            *        *            
        860 TACTCACTTTAAATGGTTTTGCAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTAGTCATTTT
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTA--CATTTT

             **             *         *       *                 *            
        923 TTATTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTTAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
         63 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGC

             *        *                              *  
        988 AGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCAT
        128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

            *                   *                  *                         
       1032 CACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
          1 TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG

                                                 **                      *   
       1097 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAG
         66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG

                   *                *    *           
       1162 AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
        131 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

                
       1203 TACT
          1 TACT

       1207 TATGAATGCT


Statistics
Matches: 848,  Mismatches: 173, Indels: 28
        0.81            0.16        0.03

Matches are distributed among these distances:
 170   55  0.06
 171  310  0.37
 172  245  0.29
 173  238  0.28

ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36


Consensus pattern (171 bp):   
TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT

Done.