Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402599.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5670.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 993
Length: 1655
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:853 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 88--1650 Score: 1573
Period size: 172 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
78 TCAAGGTAGG
* * * * *
88 CATTTAATTATAGTCTGTTTTCATGAAAAATAT-AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
152 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
216 CTTGCCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGTAAA
129 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
* * *
258 CTTTCAATTATAGTCTGTTTTAAGCAAAAATGCAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
323 TTATAAAACTATTTAAAGCAACCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
388 CTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGA
129 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
* * * * *
430 CATTCAATTAGAGTCTGTTTTAATCAAAAATATATAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
495 TATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTCACTATAAATGAACTTTTT
66 TATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * **
560 TTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGTTT-TCTAAGGCAGG
130 TTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CATGTTTCT-TAAGGTAAA
* * * * *
602 CATTCAATTATAGTCTATTTTAGTGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
667 TATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTAGAAATGGACATTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCA-GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * *
732 TTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTATA
130 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
* * * * * * * * *
773 CATTCAATTATAATATGTTCTAATCAATATTGTAAAAAAAATTGAAC-TAAACTCAATTTTGTGA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
837 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAACAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * **
902 CTTGTCAGTGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTATCGAGGTAAA
129 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
* * * * * * *
944 TATTTAACTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
1008 GTGATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGATTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * * * *
1073 TTTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTACATGTTTCCTGAGGTAGA
128 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
* * * *
1116 CATTTAAATATAGCCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
1180 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAATGA-TGGCTATAAATGGACTGTT
66 TATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
1244 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAA
129 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
*
1286 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAAT-TATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********** * * * *
1350 TATANNNNNNNNNNAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTGTAAATGGACTTTTA
66 TATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
1415 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAA
130 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
* * * * * * *
1456 CATTTAATTGTAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTGTGAG
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
1520 AATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATACA-GCTTTTGAAGGAATGAGAGATTATAAATGGACTA
64 ATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATA-AGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * ** * *
1584 TTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTTAGGGTAGA
127 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
* * *
1628 TATTCAATTAGACTCTGTTTTAA
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
1651 CTAAA
Statistics
Matches: 1141, Mismatches: 225, Indels: 52
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 302 0.26
171 285 0.25
172 544 0.48
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAA
Found at i:1514 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 77--1650 Score: 1677
Period size: 343 Copynumber: 4.6 Consensus size: 342
67 CTACAACTTC
* * *
77 CTCAAGGTAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTCATGAAAAATAT-AAAAAATTGAACTTAAAATC
1 CTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATC
* * * *
141 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
66 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GATGGCTATAA
* * ** *
206 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGTAAACTTTCAATTATAG
130 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAG
* * *
271 TCTGTTTTAAGCAAAAATGCAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
195 TCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * *
336 TAAAGCAACCAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCTAATGAAT
260 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
401 GCCTTTTTCTTCATGTTT
325 GCCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
419 CTCAAAGTAGACATTCAATTAGAGTCTGTTTTAATCAAAAATATATAAAAATTTAACTTAAAATC
1 CTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATC
* * * * * **
484 AAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTCACTATAA
66 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-TGGCTATAA
* * * * * * **
549 ATGAACTTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGTTT-TCTAAGGCAGGCATTCAATTA
130 ATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTA
* * * *
612 TAGTCTATTTTAGTGAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACC
192 TAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
676 ATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTAGAAATGGACATTTCTTGCCAATG
257 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
**
741 AATATCTTTTTCTTCATGTTT
322 AATGCCTTTTTCTTCATGTTT
** * * * * * * * * *
762 CTTGAGGTATACATTCAATTATAATATGTTCTAATCAATATTGTAAAAAAAATTGAAC-TAAACT
1 CTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTGAACTTAAAAT
* * * * * *
826 CAATTTTGTGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAA-CAATGA-GAGACTA
65 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGGAATGATG-G-CTA
* * * * * * * * *
889 TAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTATCGAGGTAAATATTTAACTA
127 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * * *
954 TAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAA-AATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTGATAAAA
192 TAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
1017 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAA
255 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
** *
1082 TGAATGTTTTTTTCTACATGTTT
320 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
1105 C-CTGAGGTAGACATTTAAATATAGCCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAAT
1 CTC-AAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAAT
*
1168 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAATGATGGCTATA
65 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGATGGCTATA
* **
1233 AATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
129 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
* *******
1298 GTCTGTTTTAATCAAAAAT-TATAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNN
194 GTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
*** * * *
1361 NNNAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTGTAAATGGACTTTTATTGCCAATGAA
259 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
1426 TGCCTTTTTCTTCATGTTT
324 TGCCTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
1445 CTCAAGGTAAACATTTAATTGTAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAACAAATTGAACTTAAAA
1 CTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAA-AAATTGAACTTAAAA
* * * * *
1509 TCAATTGTGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATACA-GCTTTTGAAGGAATGA-GAGATT
64 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTAAAGGAATGATG-G-CT
* * * * * * * *
1572 ATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTTAGGGTAGATATTCAATT
126 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
* *
1637 AGACTCTGTTTTAA
191 ATAGTCTGTTTTAA
1651 CTAAA
Statistics
Matches: 1011, Mismatches: 194, Indels: 54
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 128 0.13
341 31 0.03
342 337 0.33
343 450 0.45
344 65 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
CTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGATGGCTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGT
CTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
CCTTTTTCTTCATGTTT
Done.