Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397788.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1087.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15755
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.10, T:0.25
Warning! 4565 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:371 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--782 Score: 796
Period size: 172 Copynumber: 4.6 Consensus size: 170
* * * * * * * * *
1 AAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAGGCATCATTACTT
1 AAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT-CAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * * *
66 GCTTTAAATAGTTTTATAAT-GCCACAGTTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTGTACATTTTTAGTTA
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCATAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTA
* * * *
129 AAACAGACTATAATTGAATGTCAATCTCGAGAAAGATAAAGAA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCAA-CTCAAGAAACATGAAGAA
** * * *
172 AAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTC
1 AAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCAA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
237 ACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCCA-AATTGATTGAAATTTGAATTCTTTTCACATTTTTGGTTA
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTT-ACATTTTTGGTTA
* *
301 AAAAAGATTATAATTGAATGTCAACATCAAGAAACATGAATAA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCAAC-TCAAGAAACATGAAGAA
* * *
344 AAAGGCGTTCATTGTCAAGAGAAGTC-A--ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACA
1 AAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * ** * *
406 CTTTAAATGGTCTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTAGG-TC
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCCATAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTT-GGTTA
* * * ** *
469 AAGCATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTC-AACTCAAGAAACATGAAGAA
* ** * * *
512 AAAGGTATTCATTACCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCGTTTAAAAGCCTTGTTACTC
1 AAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT-CAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
577 ACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTA
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTA
*
641 AAGCAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGAA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTCAA-CTCAAGAAACATGAA-GAA
* * * * *
685 AAA-GCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTCCAAAAGCCTCATTACT
1 AAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAAGT-CAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
748 CGCTTTAAATGGTTTTATAAT-GCCATAATTGATTT
64 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCATAATTGATTT
783 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 87, Indels: 37
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 118 0.23
169 19 0.04
170 5 0.01
171 103 0.20
172 252 0.50
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCCATAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCAACTCAAGAAACATGAAGAA
Found at i:651 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5--785 Score: 993
Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
1 AAAG
* * * * * * *
5 GCATACATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAGGCATCATTACTTGCTT
1 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA--TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTT
* * * * * *
70 TAAATAGTTTTATAATGCCACAGTTGATTTTAAGTTGAAGTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAG
64 TAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTGTACATTTTTAGGTAAAACAG
* **
135 ACTATAATTGAATGTCAATCTCGAGAAAGATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCAA
129 ACTATAATTGAATGTCAAGCTCGAGAAAGATAAAGAAAAAGATATTCATTACCAAGAAAAGTCAA
* *
200 TTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCCAAAT
194 TTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
265 TGATTGAAATTTGAATTCTTTTCACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACATCA
259 TGATTGAAATTTGAATTCTTTTCACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACATCA
*
330 AGAAACATGAA-TAAAAA
324 AGAAACATGAAGGAAAAA
* * * * *
347 GGCGTTCATT-GTCAAGAGAAGT-CA-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTT
1 -GCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTT
* * * *
409 TAAATGGTCTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTAGGTCAAGC
64 TAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTCAAATT-TTGTACATTTTTAGGTAAAAC
* * * * * *
473 ATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACG-TGAAGAAAAAGGTATTCATTACCAAGAAAAGT
127 AGACTATAATTGAATGTCAAGCTCGAGAAA-GATAAAGAAAAAGATATTCATTACCAAGAAAAGT
* * * **
537 CCAA-TTATAGTCACCCATTCGTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
191 -CAATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* **
601 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT-ACATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCAA
255 AAATTGATTGAAATTTGAATTCTTT-TCACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAA
*
665 CCTCAAGAAACATGAAGGAAAAA
319 CATCAAGAAACATGAAGGAAAAA
* * *
688 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTCCAAAAGCCTCATTACTCGCTT
1 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA--TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTT
753 TAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAA
64 TAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAA
786 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 52, Indels: 25
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 65 0.17
340 213 0.57
341 14 0.04
342 3 0.01
343 14 0.04
344 62 0.17
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTGTACATTTTTAGGTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCAAGCTCGAGAAAGATAAAGAAAAAGATATTCATTACCAAGAAAAGTCAATT
TATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
ATTGAAATTTGAATTCTTTTCACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACATCAAG
AAACATGAAGGAAAAA
Found at i:2472 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2186--2747 Score: 524
Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
2176 AAAGCCCAAC
* * *** * *
2186 CATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
1 CATTGGCA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
2250 TAGTTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGACTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGACTA
*
2315 GAATGGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAAGCATT
129 GAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AGGAAAAAAGCATT
* * * * *
2357 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACA
1 CATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
2422 TGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTATGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGCT
65 TGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGACT
* * ** * * *
2486 AGAATTG-ATGTCTACCTCGACAAATGTAATGAATAAGGCATT
128 AGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AGGAAAAAAGCATT
* * * * ** * **
2528 TATTGGAAAGAAAAATCCATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTTTTCACTTTATTT
1 CATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
2593 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT-TTGAATTCTTTGCATATTTTTCGTTAAAACAGATT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TATGTTGAATT-TTT-TATATTTTTGGTTAAAAAAGACT
* * * *
2657 ATAATTGAATGTC-AACTTCAAGAAACAT-GGACAAAAAGGCATA
128 AGAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATAGGA-AAAAA-GCATT
* *
2700 CATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
1 CATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
2748 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 63, Indels: 23
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 54 0.17
171 119 0.38
172 138 0.44
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGACTAGA
ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAGGAAAAAAGCATT
Found at i:6188 original size:134 final size:132
Alignment explanation
Indices: 6021--6284 Score: 384
Period size: 134 Copynumber: 2.0 Consensus size: 132
6011 TCTCCAAATT
*
6021 CATTGAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCAACGTCAA
1 CATTGAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCAACCTCAA
* * * * *
6086 GAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATAACCCATTCCTCCAAA
6151 AGTC
129 AGTC
* * * * *
6155 CATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCAACCTCAA
1 CATTGAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCAACCTCAA
* * *
6220 GAAACATGAAGAAAAAGGTTCCTTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTCCAAAAG
66 GAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATAACCCATTCCTCCAAAAG
6285 CCTTATTACT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 14, Indels: 2
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
132 40 0.34
134 76 0.66
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (132 bp):
CATTGAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCAACCTCAA
GAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATAACCCATTCCTCCAAAAG
TC
Found at i:6585 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 6171--7012 Score: 612
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 167
6161 AATTTGAATT
* * * * * * * *
6171 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 CTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGT-AAGAAAAA
* * * * * * *
6236 GG--TTCCTTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACT
65 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * ** * **
6299 TTAAATGGTTTTGTAA-ACTCAAAATTGACTGAAATTTGAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGA-TTTAA-GTG-GG
* * * * * * * * * *
6340 TTTTTGTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATTAAAATTCAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGTAA
1 CTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGT-AA-GAAA
* * * * *
6404 AA-GTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTGTTACTC
63 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTC
* ** *
6468 GCTTTACATGACTTTACAATGCCATAATTGATTTTAAGTGGG
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGA-TTTAAGTGGG
* * *
6510 CCTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG-ATGTCTACCTCGATAAACGTAATGAAA
1 -CTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTAA-GAAA
* * * ** * * * *
6574 AAGGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCTATTTTTATTCACCCATTGGTTCGAAAGCTTTTTTACTCA
63 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* **
6639 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AATTGATTTAAAT-TT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTAAGTGGG
* * *
6677 CAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAAAGT-TAACCTCAAGAAACGTGAA
1 C---T-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCT-ACCTCGAGAAACGT-AA
* * * * *
6741 GAAAAAGGCATACATTGGCTAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTCATTA
59 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
6806 CTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGTTGAAGG
124 CTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGA-TTTAAG-TG--GG
* * *
6854 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCAATCTCGAGAAACGCAAAGAAAAA
1 CTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACG-TAAGAAAAA
** * * * * * * *
6918 GATATTCCTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGTCTTAATACTCACT
65 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
6983 TTGAATGGTTTTGTAATCTCCA-AATTGATT
130 TTAAATGGTTTTATAAT-GCCATAATTGATT
7013 GAAATTTGAA
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 107, Indels: 61
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
168 6 0.01
169 56 0.10
170 79 0.15
171 312 0.58
172 73 0.14
173 7 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
CTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTAAGAAAAAG
GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTAAGTGGG
Found at i:6918 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6171--7038 Score: 962
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 340
6161 AATTTGAATT
* * * * * * *
6171 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTCTAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 CTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAA
* * * * * *
6236 GG-TTCCTTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTT
66 GGATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTT
* * * *
6300 TAAATGGTTTTGTAAACTCAAAATTGACTGAAATTTGAATTTTTTGTACA-TTTTGGTTAAAAAA
131 TAAATGGTTTTGTAATCTC-AAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAA
* * * * * * *
6364 GATTAAAATTCAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGTAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCC
195 GACTAAAATTCAAAGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGCATACATTGGCAAGAAAAATCC
** *
6429 ATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATGACTTTACAATGCCATA
260 ATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGACTTTACAATGCCATA
*
6494 ATTGATTTTAAGTGGG
325 ATTGACTTTAAGTGGG
* * * *
6510 CCTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG-ATGTCTACCTCGATAAACGTAATGAAA
1 -CTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTAAAGAAA
* * * ** * *
6574 AAGGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCTATTTTTATTCACCCATTGGTTCGAAAGCTTTTTTACTCA
64 AAGG-ATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCA
* * *
6639 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTAAATTTCAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAA
128 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *
6704 CATACTATAATTGAAAGTTAACCTCAAGAAACGTGAA-GAAAAAGGCATACATTGGCTAGAAAAA
193 AAGACTAAAATTCAAAGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAA-GCATACATTGGCAAGAAAAA
* * * ** * *
6768 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGTCTCATTACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATGT
257 TCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTCATTACTC-GCTTTAAATGACTTTACAATGC
6831 CATAATTGACTTTAAGTTGAAGG
321 CATAATTGACTTTAAG-TG--GG
* * *
6854 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCAATCTCGAGAAACGCAAAGAAAAA
1 CTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAA
* * * *
6918 GATATTCCTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACCTATTCCTTCAAAAG-TCTTAATACTCA
66 G-GATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-TTCACCCATTCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCA
* * *
6981 CTTTGAATGGTTTTGTAATCTCCAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGCATATTTTT
128 CTTTAAATGGTTTTGTAATCT-CAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT
7039 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 80, Indels: 25
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 30 0.07
341 128 0.29
342 240 0.55
343 34 0.08
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAA
GGATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTT
TAAATGGTTTTGTAATCTCAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAG
ACTAAAATTCAAAGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAAAGCATACATTGGCAAGAAAAATCCA
TTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGACTTTACAATGCCATAA
TTGACTTTAAGTGGG
Found at i:11530 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11007--13236 Score: 2198
Period size: 171 Copynumber: 13.1 Consensus size: 170
10997 NNNNNNNNNN
* * * *
11007 ACATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGGAAAAAA-CAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAAAGCAT
* * *
11071 TCATTGAG-AAGAAAATTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
65 TCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
11135 ATGGCTTTATAATCTC-TAAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTT
129 ATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * * ** * * *
11178 ACAATTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTAGCTCGAGAAACGTAAAG-CAAAAGACAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CAT
* * * * * * * *
11242 CCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTATTCACTTTAAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
11307 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAATCATTGT
130 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * *
11349 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * *
11414 CATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTACA
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
11479 TGGTTTTAGAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAACGTTTTT
130 TGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * *
11521 GCTTTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG-ATGTCTACCTCAAGAAACGT-AACAAAAAAGACAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAG-CAT
* * * * *
11584 TCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTATAAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
11649 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
130 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-T
* * * * *
11692 ACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAG-GTT
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11755 CATTGGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCATCCATTTCTCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
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11820 GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTCAAATGTTTTT
131 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT-TTTTT
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11862 ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAGCC-TGAG-AACTATGAAG-AAAAAGAC
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAAC-ATGAAGAAAAAAG-C
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11924 ATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCC-TCTAAAAGCCTTGTTATTCAATTT
63 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTT
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12032 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAG-AAAAAGCATT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
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12096 CATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTACA
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
12161 TGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
130 TGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
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12202 ATAGTTTTGGTTAAAACAGACTGCAATTGAATGTATACCTCAAGGAACGTAAAG-AAAAAGACAT
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12266 TCATTGAGAAAAAAAATTCCATTTATATTCACCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
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12331 ATGGCTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTT
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12374 ACATTTTTGGTTAAAAAAGGGTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAA-ACAAAACCCAA
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65 TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
12492 ATGGTTTTACAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
129 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* * *
12535 ACATTTTTGGCTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAGGAAAAAAGCATT
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12665 CGG-TTTATACTAC-CATAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTT
130 TGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT-TTTTT
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12707 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAATAGCAT
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12771 TCATAAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC-TCTAAATGCCTTATTACTCACTTTAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
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12835 ATGGTTTTATAATCTCAAAATAAATATAAATTTGAATTCTTTGT
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12879 ACAATTTTATTTAAAACAAACT-GAATTGAATGTCTACCTTGAGAGACATGAAGAAAAAAGCATT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
12943 CATTGGTAAGAAAAGTTCATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
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13008 GGTTTTATAATGC-CATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
131 GGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
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13049 ACTTTTTTGGTTAAAACGGACTATCATTGGATGTCTACCTCAAGAAA-AGTAAAGAAAAAGGCAT
1 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCAT
13113 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACCTTTAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAA
* * * * *
13177 ATGATCTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTAT
129 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-T
13221 ACATTTTTGGTTAAAA
1 ACATTTTTGGTTAAAA
13237 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 298, Indels: 141
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 121 0.07
162 3 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
168 1 0.00
169 54 0.03
170 360 0.21
171 693 0.41
172 443 0.26
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
Done.