Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402603.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5674.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 744
Length: 1241
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.09, T:0.31
Warning! 294 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:862 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 415--982 Score: 542
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
405 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * **
415 ATTGATTTTAATTTGAGTTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATATCTGGCTT
1 ATTGATTTTAATTTAAATTTTTT-TTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCCC
* * *** * * * * *
480 AAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTATGCCTTCA
65 AAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTAACAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACTAATGCCTTCA
* **********
545 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNGCTCATA
130 AAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATA
* * * * *
586 ATTGATTTTGATTTAAATTTTATTATATTTTTTATTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTGCCCC
1 ATTGATTTTAATTTAAATTTT-TTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCCC
** * * * * **********
651 CGGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCA
65 AAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTAACAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACTAATGCCTTCA
*
716 AAAGCTTTAGTATTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATA
130 AAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATA
* **
757 ATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTTA
1 ATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCCCA
** *
822 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATATTCACTAATGCCTTCAA
66 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTAACAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACTAATGCCTTCAA
*
887 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATA
131 AAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATA
* * *
927 ACTGATTTTACTTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
1 ATTGATTTTAATTTAAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
983 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 72, Indels: 4
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 143 0.44
171 178 0.55
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCCCA
AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTAACAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACTAATGCCTTCAA
AAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATA
Found at i:1073 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 415--1079 Score: 758
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
405 NNNNNNNNNN
* *
415 ATTGATTTTAATTTGAGTTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATATCTGGCTT
1 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATATCTGCCTT
* * * * * *
480 AAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTATGCCTTCA
66 AAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATATTCACTAATGCCTTCA
********** *
545 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNGCTCATAATTGATTTTGATTTAAATTTTATT
131 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAACTGATTTTGATTTAAATTTTATT
* *
610 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTGCCCCCGGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
196 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCCGGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* ********** *
675 CATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCAAAAGCTTTAGTATTCGCTTTAAAT
261 AATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTATTCGCTTTAAAT
740 GATTTTATAAGCTCATA
326 GATTTTATAAGCTCATA
* * * * * *
757 ATTGATTTTAATTTTAATTTTTT-TTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTT
1 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATATCTGCCTT
*
821 AAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATATTCACTAATGCCTTCA
66 AAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATATTCACTAATGCCTTCA
* *
886 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAACTGATTTT-ACTTTGAATTTTTT
131 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAACTGATTTTGA-TTTAAATTTTAT
* **************
950 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATNNNNNNNNNNNNNNACATGAAGAAAAAGATAT
195 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCCGGAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * *
1015 CAATTGATAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA
260 CAATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTATTCGCTTTAAA
1080 AAGTTTTTTA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 61, Indels: 3
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 239 0.92
342 21 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTAAATATCTGCCTT
AAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATCTATATTCACTAATGCCTTCA
AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAGCTCATAACTGATTTTGATTTAAATTTTATT
ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCCCGGAAACATGAAGAAAAAGATATC
AATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTATTCGCTTTAAAT
GATTTTATAAGCTCATA
Done.