Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402605.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5676.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2469
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Warning! 60 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:387 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 60--2469 Score: 1860
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 171
50 NNNNNNNNNC
* * * *
60 AATTCTACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCAATTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * * *
124 GGAATAAGAGACTTTAAATTG-ACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTCTCTTTATATTT-TCCAA
65 GGCATGAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCT-TAA
* * *
187 GATAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
128 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
********** * *
231 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
296 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTTGAGGT
66 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGT
** * * **********
361 AGATGTTCAATTATAATCTATTTTAACCAAANNNNNNNNNN
131 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* * * * * * *
402 AATTTAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCGTTTGAAGCAAGTAATAAGTCTTTCGAGA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-A
* * * * * * *
467 AG-ATGAGTGAATATATATGAACTTTACTTGCTAATGGATAGCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGG
65 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGG
* * * *
531 TAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAGCTAAAAAT-TCTAAAT
130 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAG
* ********** * * * *
573 AATTTAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAACGAGTAATAAGGATTCCGAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * *
638 GTATGATTGACTGTAAA-GAGACTTTT-TGTGTCATTGGATGGCTTTTGCTTCTTATTTTTTGAG
66 GCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAG
* * * *
701 GTAAACAATCAATTATAATCT-ATTTAA--AAAAATATAAAAA
129 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* *
741 AATTCTACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCAGTTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 AATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * *
804 A-ACAATGAGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTGCCAATTGAGGGTTTTTTCTTTATGTTTCTCA
64 AGGC-ATGAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTA
* * * ******
867 AAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATANNNNNN
127 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
**** * * *
912 NNNNCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * *
977 GCATAAGTGACTATAAATTAACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTTAAGGC
66 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGT
* * * * *
1042 AGA-AGTTTAATTATAAACTATTTTAACAAAAAATATAAAAA
131 AGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* * * ** * *
1083 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTGGAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAGG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * * *
1148 GAATGCGTGACTATAAGTGAAATTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTTCTTTATGTTTCTCATGGT
66 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGT
* * * * *
1213 AGACATTCAATTCTAATCTATTATAACCAAAGATATAAAAG
131 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* * * ** * * *
1254 AATTGAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGCAATAAGGCTTTTGGAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * * * *
1319 GCAAGATTGACTGTAGAGGGACTTTT-TGTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTC-TCGT-TTTC-TG
66 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTT---TTCTTCATATTTCTTA
* * * * * *
1380 AGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAC
127 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* * * *
1425 AATTCTACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAATTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * *
1489 GGAATAAGAGAATTTAAATTG-ACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTCTCTTCATATTT-TCCAA
65 GGCATGAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCT-TAA
* *
1552 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACGAAAAATATAAAAG
128 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* * * * *
1596 AATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATAATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * *
1660 AGAATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGGATGGTTTTTTCTTCAT-GTTCTTAAGG
65 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGG
** ** * *
1724 TAGATGTTCAATTATAATCCATTTTAACTAAAAATGTAAAAC
130 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* * * ** * * *
1766 AACTT-AACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAATGATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAC
1 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * *
1830 GGAATGAGTGACTATAAATCAACTTTTTTTGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAG
65 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCT-TAAG
* * * * *
1894 GTAAACATTCATTTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGT-AAAT
129 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
* * * * *
1936 AATTCAACTTAAAATCAATTGTG-GTATTACAAAAGCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * ** * * *
2000 GGTATGAGTAACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAACAGATGTCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGG
65 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGG
* * * * *
2065 AAAACATTCAATTATAATATGTTGTT-GCAAAAAATATAAAAG
130 TAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACTAAAAATATAAAAG
* * ************
2107 AATTCAACTTGAAATCAGTTATGAGATTATAAAGNNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * *
2172 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTGT-TT-CCAATGGATGCCTTATGCTTCATGTTTCTTAAGG
66 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTT-TCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGG
* * *
2235 TCGACATTCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGA-AAAAA
130 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAG
* * *
2277 AATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* ** *
2342 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCATGGT
66 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGT
* * * * *
2407 AAACATTCGATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAG
131 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
2448 AATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT
Statistics
Matches: 1724, Mismatches: 460, Indels: 110
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 108 0.06
169 23 0.01
170 430 0.25
171 1141 0.66
172 17 0.01
173 2 0.00
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGT
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAG
Found at i:1363 original size:681 final size:679
Alignment explanation
Indices: 60--2469 Score: 2421
Period size: 681 Copynumber: 3.5 Consensus size: 679
50 NNNNNNNNNC
*
60 AATTCTACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCAATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
125 GAATAAGAGACTTTAAATTGACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTCTCTTTATATTT-TCCAAGA
66 CAATAAGAGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCTCTTTATGTTTCTCAAAG-
*
189 TAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATG
130 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATG
********** *
254 AGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT
195 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT
* * * * * * *
319 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTTGAGGTAGATGTTCAATTATAATCTATTT
260 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAGTTCAATTATAAACTATTT
********** * ** *
384 TAACCAAANNNNNNNNNNAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAAAACCGTTTGAAGCAA
325 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTGAAGCGA
* * * *
449 GTAATAAGTCTTTCGAGAAGATGAGTGAATATATATGAACTTTACTTGCTAATGGATAGCTTTTT
390 GTAATAAGGCTTTCGAGGA-ATGAGTGACTATA-ATGAACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTT
* * * * *
514 CTTCATATTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAGCTAAAAATTCTAAATAATTT
453 CTTCATGTTTCTCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-T-TAAATAATTC
********* * ** *
578 AACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAACGAGTAATAAGGATTCCGAAAGTATG
516 AACTTAAAATCAATTATG-GATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * *
643 ATTGACTGTAAAGAGACTTTTTGTGTCATTGGATGGCTTTTGCTTCTTATTTTTTGAGGTAAACA
580 ATTGACTGTAAAGGGACTTTTTGTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCTCATTTTTTGAGGAAAACA
*
708 ATCAATTATAATCT-ATTT-AAAAAAATATAAAAA
645 ATCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAATATAAAAA
* *
741 AATTCTACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCAGTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTCTACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
805 ACAATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATTGAGGGTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAAG
65 GCAATAAGAGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCTCTTTATGTTTCTCAAAG
* ********** *
870 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATANNNNNNNNNNCAACTTAAAATCAGTTATG
130 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * *
935 AGATTATAAAACCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATTAACT
195 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT
* * * *
1000 TTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTTAAGGCAGAAGTTTAATTATAAACTATTT
260 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAGTTCAATTATAAACTATTT
* * *
1065 TAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTGGAGCGA
325 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTGAAGCGA
* * *
1130 GTGATAAGGCTTTCGAGGGAATGCGTGACTATAAGTGAAATTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTT
390 GTAATAAGGCTTTCGA-GGAATGAGTGACTATAA-TGAACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTT
* * * * * * * * *
1195 CTTTATGTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTCTAATCTATTATAACCAAAGATATAAAAGAATTG
453 CTTCATGTTTCTCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-A-ATTAAATAATTC
* * * * * * * *
1259 AACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGCAATAAGGCTTTTGGAGGCAAG
516 AACTTAAAATCAATTATG-GATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * *
1324 ATTGACTGTAGAGGGACTTTTTGTGTCAATAGATGGCTTTCGCTTCTCGTTTTCTGAGGCAAACA
580 ATTGACTGTAAAGGGACTTTTTGTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCTCATTTTTTGAGGAAAACA
* *
1389 ATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAC
645 ATCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAAA
*
1425 AATTCTACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
1490 GAATAAGAGAATTTAAATTGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTCTCTTCATAT-TTTC-CAAG
66 CAATAAGAGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCTCTT--TATGTTTCTCAAA
*
1553 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACGAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT
129 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
1618 G-GCATAATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAAATAAA
194 GAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAA
* * * * *
1682 CTTTTCTTGCTAATGGATGGTTTTTTCTTCATG-TTCTTAAGGTAGATGTTCAATTATAATCCAT
258 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAGTTCAATTATAAACTAT
* * * * * *
1746 TTTAACTAAAAATGTAAAACAACTTAACTTAAAATCAATCATGAGCTTACAAAA-TGATTTTAAG
323 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACT-ATTTGAAG
* * * * * * *
1810 TGAGTAATAAGGCTTTCGACGGAATGAGTGACTATAAATCAACTTTTTTTGCCAGTGAATGGCTT
387 CGAGTAATAAGGCTTTCGA-GGAATGAGTGACTAT-AATGAACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTT
* * *
1875 TTTCTTCATGTTT-TCAAAGGTAAACATTCATTTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAATAAT
450 TTTCTTCATGTTTCTCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-TAAATAAT
* * **
1939 TCAACTTAAAATCAATTGTGGTATTACAAAAGCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
514 TCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* * * * * * * * * * *
2004 TGAGTAACTATAAATGGACTTCTCT-TGCCAACAGATGTCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGAAA
578 TGATTGACTGTAAAGGGACTT-TTTGTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCTCATTTTTTGAGGAAA
* * ** *
2068 ACATTCAATTATAATATGTTGTTGCAAAAAATATAAAAG
642 ACAATCAATTATAATCTGTT-TTAAAAAAAATATAAAAA
* * * ************* *
2107 AATTCAACTTGAAATCAGTTATGAGATTATAAAGNNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 AATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-
* * * * * * *
2172 GC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTGT-TT-CCAATGGATGCCTTAT-GCTTCATGTTTCTTAA
65 GCAATAAGAGACTATAAATTGACTTT-TCTTGCCAATGGATGGCTT-TCTCTTTATGTTTCTCAA
* * * * * * *
2233 GGTCGACATTCAATTATAATCTGTTGTAACTAAAAATGA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTT
128 AGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATT
2297 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
192 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
** * * *
2362 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCATGGTA-AACATTCGATTATAATA-
257 ACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAA-GTTCAATTATAA-AC
* * *
2425 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT
320 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
Statistics
Matches: 1405, Mismatches: 293, Indels: 61
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
679 2 0.00
680 5 0.00
681 682 0.49
682 279 0.20
683 185 0.13
684 245 0.17
685 4 0.00
686 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
AATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
CAATAAGAGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTCTCTTTATGTTTCTCAAAGT
AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTT
TTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGAAGTTCAATTATAAACTATTTT
AACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTGAAGCGAG
TAATAAGGCTTTCGAGGAATGAGTGACTATAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTTCTT
CATGTTTCTCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTAAATAATTCAACTT
AAAATCAATTATGGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGATTGAC
TGTAAAGGGACTTTTTGTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCTCATTTTTTGAGGAAAACAATCAAT
TATAATCTGTTTTAAAAAAAATATAAAAA
Done.