Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402616.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5687.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 699
Length: 1166
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Warning! 66 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:303 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 95--1166 Score: 459
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
85 ATCTACCTTG
* **
95 AGAAACATTAAGAAAAAAGCATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* ** **********
160 ATGCCCTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTAA
65 AAGCCCTATTAATCACTTTAAATGGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAGTTTTTTAA
* * *
225 TATTTTTGGTTAAATCAGACTACAACTGAATGTCTAACTCA
130 TATTTTTAGTTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTAACTCA
* * * *
266 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACACATTCCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
********** *
331 AANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAGTTTTTTAA
65 AAGCCCTATTAATCACTTTAAATGGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAGTTTTTTAA
*
396 TATTTTTAGTTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTACCTCA
130 TATTTTTAGTTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTAACTCA
* * * * *
437 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGGAAAGCTCATCTATAGTCTCCTATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* * ********** * * * *
502 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTTAAAATAGATTTT-AGGTTCAAGTTTTTT
65 AAGCCCTATTAATCACTTTAAATGGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT--AGTTTTTT
* * * * ** * * * **
566 TACATTATTGGTTAAAAAAGATTACAATTAAATGTCTACCTTG
128 AATATTTTTAGTTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTAACTCA
* * * * * * *
609 CGAAACGTGAAGAAAAAACCATTTATTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTCATTCCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* * * **************** *
674 AAGTCTTATTACTNNNNNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTC
65 AAGCCCTATTAATCACTTTAAATGGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AGTTTTTT-
* * * * * * * *
738 ACT-TTTTTGGTTAAAACA-ACTATAACTGATTGTCTACCTCG
128 AATATTTTTAGTTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTAACTCA
* * *
779 AGAAACATTAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* ********************** *
844 AAGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTA
65 AAGCCCTATTAATCACTTTAAATGGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT-AGTTTTTTA
* * * * * **
908 ATATTTTTGGTTAAAGAAGAGTACAACTGAATGTCTACCTGG
129 ATATTTTTAGTTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTAACTCA
* * * * * * *
950 AGAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGGAAACCTCATTTATACTCTCCTATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* * * * * *
1015 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGATTA-ATAATCTTAAAATTGATTTT-AGGTTCAAGTTTTT
65 AAGCCCTATTAATCACTTTAAATGG-TTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTT--AGTTTTT
* * * * * * * * * * **
1078 TTATATTATT-GCTTAAAACCGATTATAATTGAAGGTCTACCTTG
127 TAATATTTTTAG-TTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTAACTCA
* * * *
1122 AGAAACATGAGGAAAAAACCATTCATTGACGAGAAAAGTCTATTT
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTATTT
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 204, Indels: 27
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 149 0.22
171 333 0.49
172 193 0.28
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
AGCCCTATTAATCACTTTAAATGGTTAGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTTAGTTTTTTAAT
ATTTTTAGTTAAAGCAGACTACAACTAAATGTCTAACTCA
Done.