Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402617.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5688.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3273
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Warning! 146 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:294 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2458 Score: 2409
Period size: 171 Copynumber: 14.3 Consensus size: 171
* * *
1 AATTTTTATTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAACAAATGA-GAAG
1 AATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CATGAAG
* * *
65 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
64 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
130 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTG
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTG
** * * *
173 AATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAACATAAAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * *
238 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTC
66 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
303 GCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
131 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
344 AAGTTTTTTACATTTTTGGTTAACACAGACTATAATTGAATATTTACCTTGGGAAATATGTAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * * * * *
409 AAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTTCATTTATATTCACCCATTCCGTCAAAAGCTTTATTATT
66 AAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * *
474 CGCTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGTTTTTAAGTTA
130 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * ** * *
516 AATATTTCTACATTTTTTGTTAAAACAGATTACAATTCAATGTCAATATCGAGAAACATGAGGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* ** * *
581 AAAGGTATTCATTGGTGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
66 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
646 GCTTTAAATGGCTTTT-TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
131 GCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * * * * ** *
687 AATTTTTTTACATTGTTAGTTAAAACAGACCATAATTAAATTTTTTCCTTGAAAAATGTGTAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
** *
752 AAAACCATTCATTGAG-AAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTGATTA
66 AAAGGCATTCATTG-GCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTA
* *
815 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTAG
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * **
859 AATTTTTTGTACA-TTTTAGTT--AACTGATTATAATTGATTATATTCCTCAAGAAACATGAAGA
1 AATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * ** *
921 AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAATTTTATTTATAGTCAGCC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
65 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
985 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * ** *
1028 AATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATGTGAGGA
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * *
1092 AAAATGCA-GCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
65 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
1156 TGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTG
130 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * **
1197 ATTTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTACTTTGTTAAACATGAAGA
1 AATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * *
1262 AAAAGGCATTTA-AGAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCTTTAAAAAGCCTTATTG
65 AAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
1325 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-AGTTTTAAATTA
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTG
* * * * * * * *
1369 AATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAAAAG-TCTATAATTGATTGTCTGCTTTGGGGGAAA-A-AAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTACCTT--GAGAAACATGAA
* * * * * * ** ** * *
1431 GTAAAAGCCATCCATTGGCACGCAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGACTTATTG
63 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
1496 C-CTGCTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTAATTTTAAGTTA
128 CTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * *
1540 AATTTTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGACTATAATAGAATGTTTTCTTTGAAAAACATGAAGA
1 AA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* *
1605 AAACA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATTCCTTCAAAAGACTTATTA
65 AAA-AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
1668 GTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGGTTG
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * ** *
1712 AATGTTTTTTATATTTTTGAG-TAAAGTAGATTATAGTTGAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAG
1 AAT-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * **
1776 AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATTTTATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
64 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** *
1840 TTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * *
1884 AATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGA-GAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATGAAGA
** * *
1948 AAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGCA-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
65 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
2012 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTCAAGTTG
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
** * * * *
2055 AATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATTGACTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACATGTAGA
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * *
2119 AAAA-TCTATTCATTGAGAAAG-AAAGTCCATTTATAATCTCTTATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
65 AAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
2182 CTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTA
128 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
2226 AATTTTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTACCTTGAAAAATATG
1 AA-----TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * * *
2291 AAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAATTACCTATTCCTTTATAAGCCCTAT
61 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
2356 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTG
126 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* *
2402 AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA
1 -AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
2459 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1868, Mismatches: 355, Indels: 126
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 103 0.06
170 195 0.10
171 852 0.46
172 561 0.30
173 14 0.01
175 5 0.00
176 131 0.07
177 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
Found at i:751 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1--2454 Score: 2402
Period size: 343 Copynumber: 7.2 Consensus size: 343
* * *
1 AATTTTTATTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AACAAATGAGAAG
1 AATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAA-AAATGTGAAG
* *
65 AAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
64 AAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * **
129 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTACATTTTGGGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGT
* *
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CGTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAA
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* *
322 TCTCATAATTGATTTTAAGTTA
322 TCTCAAAATTAATTTTAAGTTA
* * * ** * *
344 AAGTTTTTTACATTTTTGGTTAACACAGACTATAATTGAATATT-TACCTTGGGAAATATGTAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-TTCTACCTTGAAAAATGTGAAGA
* * * * * * *
408 AAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAAGTTCATTTATATTCACCCATTCCGTCAAAAGCTTTATTAT
65 AAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * * * *
473 TCGCTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATATTTCTACATTTTTTGTTA
130 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * * * * * **
538 AAACAGATTACAATTCAATGTCAATATCGAGAAACATGAGGAAAAAGGTATTCATTGGTGAGAAA
195 AAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
603 AGTCCATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTT-TAATC
260 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC
*
667 TCATAATTAATTTTAAGTTA
324 TCAAAATTAATTTTAAGTTA
* * * * * *
687 AATTTTTTTACATTGTTAGTTAAAACAGACCATAATTAAATTTTTTCCTTGAAAAATGTGTAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAA
*
752 AAAACCATTCATTGAG-AAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTGATTA
66 AAAGCCATTCATTGAGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTA
* *
815 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGGTAGAATTTTTTGTACA-TTTTAG
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTT-TACATTTTTAG
* * ** * *
878 TT--AACTGATTATAATTG-AT-TATATTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTA
192 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-T-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA
* ** * *
939 AGAAAATTTTATTTATAGTCAGCC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
255 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * *
1003 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
319 TAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTA
* * * *
1028 AATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATGTGAGGA
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAAAAATGTGAAGA
* **
1092 AAAATG-CA-GCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
65 AAAA-GCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
1154 CTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTGATTTTGTTTTGCATTTTTAGT
129 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTAGT
* * ** * *
1218 TAAAACAAATTATAATTGAATGCCTA-CTTTGTTAAACATGAAGAAAAAGGCATTTA-AGAGCAA
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAA
* * * *
1281 GAAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCTTTAAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTAT
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* *
1345 AATCTCAAAATTAGTTTTAAATTA
320 AATCTCAAAATTAATTTTAAGTTA
* * * * * *
1369 AATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAAAAGTCTATAATTG-ATTGTCTGCTTTGGGGGAAAAA----
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATT-TCTACCTT----GAAAAATGTG
* * * * ** ** ** *
1429 AAGTAAAAGCCATCCATTG-GCACGCAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGACTTA
61 AAGAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * *
1493 TTGC-CTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTT
126 TTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * *
1557 TAGTTAGAACAGACTATAATAGAATGT-TTTCTTTGAAAAACATGAAGAAAACA-GCATTCATTG
189 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACATGAAGAAAA-AGGCATTCATTG
* * *
1620 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTCATTCCTTCAAAAGACTTATTAGTCACTTTAAAT-GAT
252 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
* * * *
1683 TTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGGTTG
315 TTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTA
* ** * * * * * *
1712 AATGTTTTTTATATTTTTGAG-TAAAGTAGATTATAGTTGAATGTCTA-CATCAAGAAACGTGAA
1 AAT-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAA-AAATGTGAA
** * ** *
1775 GAAAAAGGTATTCATTG-GCAAGAAAATTTTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
63 GAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * ** * * *
1839 ATTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGG
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * ** * *
1904 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGA-GAAGAAAAAGATATTTATTGACAAG
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
1968 AAAAGTCCATTTATAGTGCA-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
257 AAAAGTCCATTTATAGT-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * *
2032 ATCTCAAAATTTATTTCAAGTTG
321 ATCTCAAAATTAATTTTAAGTTA
** * *
2055 AATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATTGACTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACATGT--A
1 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTT--GAAAAATGTGAA
* * * * * ** *
2117 GAAAAATCTATTCATTGAGAAAG-AAAGTCCATTTATAATCTCTTATTTCTTCAAAAGCCTTATT
63 GAAAAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
2181 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTTTACATTT
128 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-----TTTTTTTACATTT
* * * * * * *
2246 TTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTAG
188 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * * * * *
2311 CAAGAAAAATCCATTTATAATTACCTATTCCTTTATAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
253 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
*
2376 ATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTGA
318 ATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-A
* * * *
2403 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
1 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGA
2455 GAAANNNNNN
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 302, Indels: 145
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 10 0.01
339 89 0.05
340 26 0.01
341 331 0.19
342 271 0.16
343 667 0.38
344 138 0.08
345 10 0.01
346 4 0.00
347 146 0.08
348 43 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAA
AAAGCCATTCATTGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
AAAATTAATTTTAAGTTA
Found at i:2866 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2573--2925 Score: 465
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
2563 NNNNNNNNNN
* * *
2573 AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGAATGTCTA
1 AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGCCTA
* * * * * * **
2638 CTTTGAGAAACATGATGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAATCACCCATACC
66 CCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACC
* * *
2703 TTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTC
131 TTCAAAAGCCTTACTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * *
2745 AAAACTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTGCA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTA
1 AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGCCTA
* * * *
2809 CCTTAAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAAAAAAGTCCATTTGTAATCACCCATGCC
66 CCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACC
* *
2874 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTATAATCTC
131 TTCAAAAGCCTTACTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTC
*
2916 ATAATTGATT
1 AAAATTGATT
2926 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 27, Indels: 1
0.85 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 126 0.82
172 28 0.18
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGCCTA
CCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACC
TTCAAAAGCCTTACTACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTC
Done.