Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402623.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5694.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4174
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Warning! 193 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:715 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 423--4162 Score: 2299
Period size: 171 Copynumber: 21.9 Consensus size: 170
413 NNNNNNNNNN
* * * * * *
423 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** *
488 CTTGCATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATT-AA-GTGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAA
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGT-TC-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
550 GCCATTCATTGGTAGTAAAAGTCCATTTACAATCATCTATTCCT
128 GCCATTCATTGGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
594 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTAATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
659 TTTGCATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * *
724 ATTCATTGGTAAGAAAACTCCAATTATATTCACCTATCCCT
131 ATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * * *
765 TCAAAAGCGTTATTACACGCTTTCAATAGTTTTATAAACTTC-TAATTGATTTTATGTTAAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * * * * * * *
829 TCTTGTATTCTTGGTCAGAACAGGTTATAGTTAAAT-TTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTC-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* ** * *
893 TCATTCATTACCAACGAAAA-TCCATTTATATTCACCCATGTCT
129 CCATTCATT-GGAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
936 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGGTGAATTGT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
1001 TTTACCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AGGAAAACATGAA-AAGAAAC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAG-AAACATGAAGAA-AAAG
* * * *
1064 CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCT
129 CCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* ********** *
1107 TCAGAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATGGATTTTAAGTTGAA-TT
1 TCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *** *
1170 TTTTATATTTTTGGTTTAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGT
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * **
1235 CAATCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCAA
130 CATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
1277 TCGAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATGG-TTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * ** *
1341 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATGGAATTTTTTCCT-TAGAAACATGAAG-AAAAGCC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
1404 ATTTATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATATTCACCTAAGCCT
131 ATTCATTGG-AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCT
* * **********
1445 TCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** *** * * * **
1510 GTTATATTTTTTATTAAAATTTATTATAATTGAATG-TCTGCCTTAAGAAACGTAAAGCGAAAGC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTC-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * ** * ***
1574 CATTCATTGGCATA-AAAAATCCATTTATTGTTACTTAAGNNN
130 CATTCATTGG-A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
********************* ** *
1616 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *** * *
1681 TTTATATTTTCGGTTAAAATAGATTATAATT-ATATATAT-GCCTTGGGAAACGTAAAGAAAAA-
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGT-TCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * *
1743 CCTATTTATTGGTAGGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCACGCCT
129 CC-ATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
1786 TCAAAAGCGTAATTACTCGATTTAAATGGTTTTATGACCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATGT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTT
********** * * * * * *
1850 TTTTACNNNNNNNNNNAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGT
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * *
1915 CATTTATTGGCAATAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCT
130 CATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *********** * * *
1957 TTAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTGAATTTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * *** * *
2022 TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTTTGGCTTGTGAAACATGAAGAAATATCC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * *
2087 ATTTATTTGCAAGAAAAGCCCATTAATAGTCACCCAAGCCT
131 ATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * * * ********
2128 TCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATACTTTTATAATTGATTTTAGGTNNNNNNNN
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
******** * * * *
2193 NNNNNNNNTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATG-TCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTC-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* *
2257 CATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
130 CATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
** * * ** * * * *
2299 TTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTGCAATTTGATAATTGATTTTAGGTTGAATTAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
2364 TTTACATTTTTGGCTAAAATAAATTGTAATTGACA-G-TCTGTCTTCAA-AAATATGAAGAAAAA
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTC-G-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
2426 GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTACCT
128 GCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
2470 TCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGA
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
*** * * ** ** * * *
2535 TTTTACATTTTTCACTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-TGGAAATATAAAGAAAAATC
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * ** *
2599 CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCT
130 CATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *** * **
2641 TCAAAAGACTTATTACTTATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTT-AATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * * *
2705 TTATACATTTCTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGT
66 TT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * ** *
2770 CA-TCGATTGGCATAGAAGTCCACTTATAGTCACTTAAGCCT
130 CATTC-ATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
2811 TCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** *
2876 TTTATATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAAGGGTT-GCCT-TGGAAA-ATGTGAAGAAATA
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTCGCCTCAAGAAACA--TGAAGAAAAA
* * *
2938 GGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCT
128 GCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * ** ** * * *
2981 CTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAACAGTTTCGTAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAATTC
1 -TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * ***** * *
3046 TTTTATATATTTGGTTAAAACATATTATAACTAAAAAAAAG-C-CATGGTAAACGTGAAGACAAA
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCA-AG-AAACATGAAGA-AAA
* * * *
3109 A-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTAACCCATGCCT
127 AGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
3153 TCAAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
3218 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-ATCATCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTC-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC
* *
3282 CATTCATTATCG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT
130 CATTCA-T-TGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
3324 TCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGATTTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** * ** *
3389 TTTATATTTTT-GTTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTACGTCAAGAAATGTGAA-AAAAAACT
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGC-
* * * *
3452 CATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAGCAT
130 CATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
3494 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * * * * * * * *
3559 TTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGTCTTAAAAAACGTGAAG-CAAAGCT
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
3623 ATTCATT-GATGCAAAAAGTCAATTTGTTGTCACTCAAGCCT
131 ATTCATTGGAAG--AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * * * *
3664 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATTATTTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *** *
3729 TTTATATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACTTTGGGAAACGT-AACGAAAAAG
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTC-GCCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAG
* * *
3792 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCCATGTCT
129 CCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
3835 TTAAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATGATTTTATAA-CATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
3899 TTTT-CATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATG-TCTTCCTCTAA-AAACGTAAAGAAAAA
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTC-GCCTC-AAGAAACATGAAGAAAAA
* ** **
3961 GCCATTTATT-GACAGAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATATCT
128 GCCATTCATTGGA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
4005 TCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTT-ACATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT
* * * * * * * *
4069 TCTTGCATTTTTGGATAAAATAGGTTATAATT-AA-GTGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAA
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TC-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
4132 GTCATTCATTTGCAAGAAAATTCTATTTATA
128 GCCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATA
4163 ATCTCCTATT
Statistics
Matches: 2752, Mismatches: 719, Indels: 196
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 65 0.02
169 112 0.04
170 833 0.30
171 1650 0.60
172 79 0.03
173 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
ATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
Found at i:2801 original size:683 final size:682
Alignment explanation
Indices: 1986--4081 Score: 1659
Period size: 683 Copynumber: 3.1 Consensus size: 682
1976 NNNNNNNNAG
* * * *
1986 TTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAA
* ** *
2051 CTGAATGTTTGGCTTGTGAAACATGAAGAAATATCCATTTATTTGCAAGAAAAGCCCATTAATAG
65 TTGAATGTTTGGCTTGTGAAACATGAAGAAATATCCATCGATTGGCAAG-AAAGCCCATTAATAG
* * * *
2116 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATACTTTTATAATTGATTTT
129 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* **************** * *
2181 AGGTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTAGG-AAAC
194 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATTGAAGGGT-TGCCTT-GGAAAAC
**
2244 GTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT-TTGAAAGC
257 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-CCTCTCAAAAGC
* * * * * * * * *
2307 CTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTGCAATTTGATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTACATT
320 CTTATTACTCACTTTAAACAGTTTCGCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATA
* * * * * **** * * * *
2372 TTTGGCTAAAATAAATTGTAATTGACAGTCTGTCTTCAAAAATATGAAGA-AAAAGCTATTCATT
385 TTTGGCTAAAACAAATTATAACTAAAAAAAAGCCATCAAAAACATGAAGACAAAA-CCATTCATT
* *
2436 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGT
449 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGT
* * *
2500 GTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TGATTTTACATTTTTCA-CTAAAATAGATTGT
513 GTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATAT--TTTTACATTTTT-AGCTAAAACAGATTAT
* * * * *
2563 AATTGAATGT-TTACCTT-GGAAATATAAAGAAAAATCCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTT
575 AATTGAATATCAT-CCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-ATCAAGAAAAGCCCATTT
* * * *
2625 ATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTTATTTTAAATGA
638 ATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAACGA
** * * *
2670 TTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAATTTTTTATACATTTCTGATTAAAATATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAATTTTTT-TACATTTTTGATTAAAACATATTATAA
* *
2735 TTGAATGTTTGTCTTAG-GAAACATGAAGCAAA-AGT-CATCGATTGGCATAG-AAGTCCACTT-
65 TTGAATGTTTGGCTT-GTGAAACATGAAG-AAATA-TCCATCGATTGGCA-AGAAAGCCCA-TTA
** * * *
2795 ATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
125 ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
*
2860 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAAGGGTTGCCTTGGAAA
190 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATTGAAGGGTTGCCTTGGAAA
* * * * *
2925 ATGTGAAGAAATAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTCTCAAAAGC
255 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTCTCAAAAGC
* * * * *
2990 TTTATTACTCACTTTAAACAGTTTCGTAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATA
320 CTTATTACTCACTTTAAACAGTTTCGCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATA
* * *** *
3055 TTTGGTTAAAACATATTATAACTAAAAAAAAGCCATGGTAAACGTGAAGACAAAACCATTCATTG
385 TTTGGCTAAAACAAATTATAACTAAAAAAAAGCCATCAAAAACATGAAGACAAAACCATTCATTG
* * * * *
3120 ACAAGAAAAGTCTATTTGTAGTAACCCATGCCTTCAAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
450 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGT
* * * * *
3185 TACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
515 TACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTG
* * *
3250 AATATCATCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTATCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
580 AATATCATCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * *
3315 CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAACGA
645 CCTAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAACGA
* * * *
3353 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGATTTTTTTTATATTTTTG-TTAAAACATATTGTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAA
* *** ** * * * *
3417 TTGAATGTTT-ACGTCAAGAAATGTGAA-AAAAAACTCATTC-ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTA
65 TTGAATGTTTGGC-TTGTGAAACATGAAGAAATATC-CA-TCGATTGGCAAG-AAAGCCCATTAA
* * * * * *
3479 CAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGAT
126 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * * * * * **
3544 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGTCTTAAAAAA
191 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATTGAAGGGTTGCCTTGGAAAA
* * * * * * * * *
3609 CGTGAAG-CAAAGCTATTCATT-G-ATGCAAAAAGTCAATTTGTTGTCACTCAAGCCT-TTAAAA
256 CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAG--AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATCCTCTCAAAA
* * * **** * * * * *
3670 GCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATTATTTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
318 GCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTCGCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACA
* * * * * ***** ** *** *
3735 TTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGGGAAACGT-AACGA-AAAAGCCATT
383 TATTTGGCTAAAACAAATTATAACT-AAAAAAAAGCCATCAAAAACATGAA-GACAAAA-CCATT
* * * * ** * * *
3797 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAAT
445 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *
3862 GATTTTATAA-CATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-CATTTTTGGTTAAAATAGATTG
510 GGTGTTACAATC-TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTA
* * * * ***
3925 TAATTGAATGTCTTCCTCTAA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGA-C-AGAAAAAGTTTAT
574 TAATTGAATATCATCCT-TAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-ATCAAG-AAAAGCCCAT
* * * * *
3987 TTATAGTCACCCATA-TCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAA-TA
636 TTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAACGA
* * *
4033 GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTACATTTTCTTGCATTTTTG
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTA-ATTTTTTTACATTTTTG
4082 GATAAAATAG
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 229, Indels: 83
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 10 0.01
681 153 0.13
682 300 0.26
683 573 0.50
684 100 0.09
685 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (682 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAAT
TGAATGTTTGGCTTGTGAAACATGAAGAAATATCCATCGATTGGCAAGAAAGCCCATTAATAGTC
ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATTGAAGGGTTGCCTTGGAAAACGTGA
AGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTCTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAACAGTTTCGCAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATATTTGGC
TAAAACAAATTATAACTAAAAAAAAGCCATCAAAAACATGAAGACAAAACCATTCATTGACAAGA
AAAGTCTATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGTTACAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATATC
ATCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAG
CCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAACGA
Found at i:4164 original size:341 final size:339
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413 NNNNNNNNNN
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* ** * * *
487 TCTTGCATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATT-AAGTGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAA
66 T-TTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAA-TGT-TTCCT-TAAAAACGTGAAGAAAAA
** * * * * * * * *
550 GCCATTCATTGGTAG-TAAAAGTCCATTTACAATCATCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
126 GCCATTCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * * * *
614 TTTTAATGGTTTAATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTGTTAGTTAAAAT
191 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
679 AGATTATAATTGAATGT-TCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACT
254 ATATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
743 CCAATTATATTCACCTATCCCT
318 CCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * * * *
765 TCAAAAGCGTTATTACACGCTTTCAATAGTTTTATAAACTTC-TAATTGATTTTATGTTAAAT-T
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
** * * * * * * * *
828 TTCTTGTATTCTTGGTCAGAACAGGTTATAGTTAAAT-TTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
65 TT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-T-CCTTAA-AAACGTGAAGAAAAA
* * **
892 GTCATTCATT-ACCA-ACGAAAA-TCCATTTATATTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTC
126 GCCATTCATTGA-CAGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** * * * *
954 GCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGGTGAATTGTTTTACCTTTTTGGTTAAA
189 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** *
1019 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AGGAAAACATGAAA-AGAAACCCATTCATTGACAAGAAA
252 ACATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGT-AAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
1082 AGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCT
315 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * ********** *
1107 TCAGAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATGGATTTTAAGTTGAAT-T
1 TCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * * ** * *
1170 TTTTATATTTTTGGTTTAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGT
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTT-AAAAACGTGAAGAAAAAGC
* ** * * * ** * * *
1235 CAATCATTGGGA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCAATCGAAAGCCTTATTATTCCCTT
128 CATTCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
1299 TAAAT-GGTTTATAACCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
193 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT
* * * * * * * * * * *
1363 AATATAATGGAATTTTTTCCT-TAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAG-CCT
256 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-
* * *
1425 ATTTATATTCACCTAAGCCT
320 ATTTATAGTCACCCATGCCT
* **********
1445 TCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* ** *** * * **
1509 TGTTATATTTTTTATTAAAATTTATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGCGAAAGC
66 T-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAA-AAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * ** ************************
1574 CATTCATTGGCATA-AAAAATCCATTTATTGTTACTTA-AGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
128 CATTCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * *
1637 TTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAATA
192 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * *** * * * *
1702 GATTATAATT-ATATATATGCCTTGGGAAACGTAAAGAAAAA-CCTATTTATTGGTAGGAAAAGT
255 TATTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
1765 -CATTTATAGTCACCCACGCCT
318 CCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
1786 TCAAAAGCGTAATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATGACCTCA-AATTTGATTTTAAGTTGAATG
1 TCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATA
********** * * * * **
1849 TTTTTACNNNNNNNNNNAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAATATGAAGAAAAAG
64 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCT-TAAAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * * * * ****
1914 TCATTTATTGGCA-ATAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTNNNN
127 CCATTCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
****** * * * **
1978 NNNNNNAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACA
192 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** *** * * * * * *
2043 GATTATAACTGAATGTTTGGCTTGTGAAACATGAAGAAATA-TCCATTTATTTGCAAGAAAAGCC
255 TATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
2107 CATTAATAGTCACCCAAGCCT
319 CATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * * ********
2128 TCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATACTTTTATAATTGATTTTAGGTNNNNNNNN
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
******** * * *
2193 NNNNNNNNTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTA-AAAACGTGAAGAAAAAGCC
* ** * *
2258 ATTCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTT
129 ATTCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * * * * * *
2322 AAATAGTTTTGCAATTTGATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTACATTTTTGGCTAAAATAAA
194 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACATA
* * * ** * *
2387 TTGTAATTGACA-GTCTGTCTTCAA-AAATATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAAGTC
257 TTATAATTGA-ATGTCT-ACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
2449 TATTTATAGTCACCCTTACCT
319 CATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
2470 TCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTGTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-T
1 TCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
*** * * ** ** * *
2533 GATTTTACATTTTTCACTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGAAATATAAAGAAAAAT
65 --TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAAAAACGTGAAGAAAAAG
* ** * * *
2598 CCATTCATTGACA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCAAAAGACTTATTACTTAT
127 CCATTCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
2661 TTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAATTTTTTATACATTTCTGATTAAAA
191 TTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA-TTTTT-TACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * * *
2725 TATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCA-TCGATTGGCATAG--AA
253 CATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGCA-AGAAAA
* ** *
2787 GTCCACTTATAGTCACTTAAGCCT
316 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
2811 TCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * * * * *
2876 TTTATATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAAGGGTTGCCTTGGAAAATGTGAAGAAATAGGC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTCCTT-AAAAACGTGAAGAAAAAGCC
* *
2941 ATTCATT-AGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTCTCAAAAGCTTTATTACTCACT
129 ATTCATTGA-CAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACT
* ** * * *
3003 TTAAACAGTTTCGTAATCTCATATTTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATATTTGGTTAAAACA
192 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* ***** * * * * *
3068 TATTATAACT-AAAAAAAAGC-CATGGTAAACGTGAAGACAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAG
255 TATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AG-AAACGTAAAGA-AAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
3130 TCTATTTGTAGTAACCCATGCCT
317 TCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
3153 TCAAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * *
3218 TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCATCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
66 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAA-AAACGTGAAGAAAAAGCC
* * * *
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129 ATTCATTGA-CAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
3346 TAAA-CGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGATTTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACA
193 TAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * *
3409 TATTGTAATTGAATGTTTACGTCAAGAAATGTGAAA-AAAAACTCATTCATTGGTAAGAAAAGCC
255 TATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
3473 CATTTACAGTCACCCAAGCAT
319 CATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
3494 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-
** * * * * *
3558 TTTTACATTTTTCATTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGTCTTAAAAAACGTGAAG-CAAAGC
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTT-AAAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * * * *
3622 TATTCATTGA-TGCA-AAAAGTCAATTTGTTGTCACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
128 CATTCATTGACAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
3684 TTGAAATAGTTTTATTATTTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTGAAAC
191 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * *** * *
3749 AGATTATAATTGAATGTCTACTTTGGGAAACGTAACGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
254 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
3814 CATTTATAATTACCCATGTCT
319 CATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
3835 TTAAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATGATTTTATAA-CATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * *
3899 TTTT-CATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTTCCTCTAAAAACGTAAAGAAAAAGC
65 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCT-TAAAAACGTGAAGAAAAAGC
* ** * *
3963 CATTTATTGACAGA-AAAAGTTTATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTT
128 CATTCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
4027 TAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTACATTTTCTTGCATTTTTGGATAAAATAG
193 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA-ATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAT
* * * *
4092 GTTATAATT-AAGTGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTTGCAAGAAAATTCT
256 ATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
4156 ATTTATA
320 ATTTATA
4163 ATCTCCTATT
Statistics
Matches: 2617, Mismatches: 661, Indels: 241
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.00
338 92 0.04
339 89 0.03
340 334 0.13
341 1019 0.39
342 1017 0.39
343 61 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAAAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
TCATTGACAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT
AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATGCCT
Done.