Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402627.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5699.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2168
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 601 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1540 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1115--2152 Score: 1161
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
1105 NNNNNNNNNN
* * * *
1115 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCACATGCTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
1180 ATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
66 ATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
1245 AATGTTTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGTATTAATTGA
129 AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
* * * * * * *
1287 TAAAAAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
1 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
1352 TCTAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTGACATTTTTCGTTAGAACAGATTATAATT
65 TATAATCTCAAAATTGATTTTA-ATTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT
** * ** * *
1416 GAATGTCCGCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGGAATTCATTGG
128 GAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
* *
1459 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
1524 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACATATTGTAATT
66 ATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTG-AA-TTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
** * **
1589 GAATGTCTACCTCAACAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGG
128 GAATGTCTACCTTGAGAAA-TATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
* * *
1632 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
** ** * * *
1697 ATAATCTCATCATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAGAACCGATTATAATTGA
66 ATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
1762 ATGTTTACCTTCGA-AAATATGAAGAAAAAAGTAGTCATCGA
130 ATGTCTACCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
* * **
1803 C-AGGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTTAAAGACCTTATTACTCA-TTATAAATGGT
1 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTT-TAAATGGT
* * * ** * * * * *
1865 TTTATAGTCTCATAATTGACTTTAGGTTGAACTTTTTGACGTTTTTGGTTAGAACTGATTATAAT
63 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAAT
*
1930 TGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTAG
127 TGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
* *
1974 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
2039 ATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTCAAATTTTTTTACAGTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
66 ATAATCTCAAAATTGATTTTAATTT-GAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * *
2104 AATGTCTACCCCGAGAAATGTAAAGAAAAAGGTATTAATTGA
129 AATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
2146 CAAGAAA
1 CAAGAAA
2153 GGTCTATTTA
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 118, Indels: 40
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 20 0.03
171 321 0.44
172 170 0.23
173 216 0.30
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
Found at i:1747 original size:344 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1115--2109 Score: 1185
Period size: 344 Copynumber: 2.9 Consensus size: 341
1105 NNNNNNNNNN
* * * *
1115 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCACATGCTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * *
1180 ATAATCTTAAAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGATTATAATT
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACATATTATAATT
* * * * ** * *
1244 GAATGTTTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGTATTAATTGATAAAAAAAGGTCTATTTATAGT
129 GAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGT
* * * * *
1309 CACCCATTGCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTA
193 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
1374 GATTGAATTTTTTGACATTTTTCGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCCGCCTTGGGAAACCTA
258 GATTGAATTTTTTTACGTTTTT-GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTCGAAAACATA
* * * *
1439 AAGAAAAAGGAATTCATTGG
322 AAGAAAAAAGAAGTCATCGA
*
1459 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
*
1524 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACATATTGTAATT
65 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACATATTATAATT
** * **
1589 GAATGTCTACCTCAACAAACT-TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
129 GAATGTCTACCTTGAGAAA-TATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
1653 TAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTA
193 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * *
1718 GGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAGAACCGATTATAATTGAATGTTTACCTTCGAAAATATG
258 GATTGAATTTTTTTACGTTTTT-GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTCGAAAACATA
*
1783 AAGAAAAAAGTAGTCATCGA
322 AAGAAAAAAGAAGTCATCGA
* * **
1803 C-AGGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAGACCTTATTACTCA-TTATAAATGGTT
1 CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTT-TAAATGGTT
* * * * * * * * *
1866 TTATAGTCTCATAATTGACTTTAGGTTGAA-CTTTTTGACGTTTTTGGTTAGAAC-TGATTATAA
63 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAT-ATTATAA
* *
1929 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAG
127 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
1994 TCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTT
192 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
2059 A-ATTTCAAATTTTTTTACAGTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
257 AGA-TT-GAATTTTTTTAC-GTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC
2110 TACCCCGAGA
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 82, Indels: 25
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 142 0.25
343 53 0.10
344 286 0.51
345 72 0.13
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACATATTATAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAT
TGAATTTTTTTACGTTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTCGAAAACATAAAGA
AAAAAGAAGTCATCGA
Done.