Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402632.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5702.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 110 characters in sequence are not A, C, G, or T
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367 GTAATATGTTTT-A-ACCAAA---AACAAAATTCTA-CTTAAA
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* * * * * *
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** * **
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66 AAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-TAAGGTAGACATTCAATT
* * *
704 GTATTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATT-AA-CTTAAAA
129 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTT-AAA
* * * * *
747 TCAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGC-TTTCAATGGCATAGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTAGGTGACTA
* ** ** * * * * *
811 TAAATGGACTTTTCTTACTGATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTGAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * **
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* * * * * *
918 TCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGCGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTA
* * * * * *
982 TAAATAGACTTTTATTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG-TTCCTTGAGGAAAATATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-TAAGGTAGACATTCAATT
* *
1046 ATAATCTGTTTT-A-AAAAAATATAAATAAATTCAA-CTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* *
1086 TCAATTGTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGG-TATAGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTA
* ** *
1149 TAAAT-GATCTTTT-TTGGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GTAAACATTCAA
65 TAAATGGA-CTTTTCTT-GCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAA
* * **
1211 TCATAATTTGCCTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTCAAA
127 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTT-AAA
* * *
1255 TCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
** * **
1320 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTA
* * * ** *
1384 TAATATGTTTTAATCAAAAAT-AAAAAAAATTTGA-GTTAAA
130 TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * *
1424 GTCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATAAGTGACA
1 -TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACT
* * ** * *
1488 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATATCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGATATACATTCAATT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * * *
1553 ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAGAAACAATTTAA-CTTCAAA
129 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA-AAAAAATTCAACCTT-AAA
* * *
1597 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTCGAATGCTTAGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
** * * * * * * * *
1662 AAATAGG-CTTTTCTCACCAATGAATAGCTTTTTC-TCATATTTTCTTAGGCAGACATTTAACTG
66 AAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
1725 TAATCTATTTTAACT-AAAAATG-AAAAAAACTTCTA-CTGAAA
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* * * * * *
1766 GTCACTTATGAAATT-TGAAAACCATTTAAAGCGGGTAATTAGGCTTTTGAAGCCATAGGTGACT
1 -TCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACT
* * * *
1830 ATAAATAGACTTTTCTTGCCCATGAATATATTTTTCTTC-TCGTTTCCTAGGGTAGACATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
** * * *
1894 TATAATCAATTTTAATAAAAAGTGTAAAAACATTTAA-CTTCAAA
128 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTT-AAA
* * * * * *
1938 TCAATTATAATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGCTGATTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
** ** * *
2003 AAATGGACTTTTCTTGCTGATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCC-AAGGTAGATAGTCAATT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * *
2066 ATTATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAA
129 ATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * * * * * *
2109 TCTATTATGTGATTATAAAAATCATTTAAAGAGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCGTT-TGTGACT
1 TCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGACT
* * * * * * *
2173 ATTAATGGACTTTTCTCT-TCAATGACTATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTTAAT
64 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
* * *
2237 TATAATTTATTTTAAT-----A---AAAAAAATTCAA-CTCAAA
128 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * * ** *
2272 TCAACTATGAGATTATAAAACCATTTATAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAATCACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* * **
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* * * * *
2398 TCATAATATTTTTTAAT-AAAAGTGCAAAAAAATTCAA-CTTCAAA
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* * * *
2442 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAT
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* * * * * * * * *
2507 AAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGGT-TTTTTCTTTAGGTTTCTTCAGGTAAACATTTAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA
** *
2571 TAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAGAAATCAA-CTTAAA
130 TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACCTTAAA
* * * * * * *
2612 GTTAATTACGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTA
1 -TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* * * *
2677 TAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGAT-TTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGCAAACATTAAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* * * *** * *
2740 TTTAATCTCTTTCAACGGAAAATATAAAAAAAATTTAA-CTTGAAA
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* * * * * *
2785 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAAAACTAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATAGGTGATTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTA
* * * *
2849 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTCCTTCATGTTTTCTGAGGTTGACATTCAATTA
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* * *
2914 TAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAATATTCAA-CTTAAAA
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* **
2956 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACTA
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* ** * ** * * *
3020 TAAAT-CAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCTTCGGCAGACATTTAACT
65 TAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * *** *
3084 GTAATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTC-AGCTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * * * *
3126 TTCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGG-TGTGGGTGACT
1 -TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACT
* **
3190 ATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* * *
3254 CATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTGAAAAACTTCAA-CTTCAAA
128 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTT-AAA
* * * ** *
3297 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTACTGATAAGACTTTCAAAGGCTTAGGTGATTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* ** * * * *
3362 TAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGA-CTTTTTCTTCACATTT-CTCAATGTAAATATTTAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* *
3425 TATTAA-CTGTTTGAATCAAAAATAG-AAAAAAATTCAA-CTTAAA
128 TA-TAATCTGTTTTAATAAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * * * * *
3468 GTCAATTACGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATATGTGACAA
1 -TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* * *
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65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
3597 ACAATCTATTTAAAGAAAAAATATAAAACAAATTGAA-CTTCAAA
129 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACCTT-AAA
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3641 TCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCAAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
* ** * * *
3706 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCTTCAA--CAGACATTGAATT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC-T-AAGGTAGACATTCAATT
* ** * *
3769 GTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAA-CTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* ** * * *
3811 GTCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAAGACATGGGTGACTA
1 -TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* * * * * * * *
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65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT-CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
3940 ATAGTTTGTTTGAACAAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTTAAT
129 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACCTTAAA
* * * *
3983 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
** * * * *
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* * **
4111 CAATCTATTTTAA-AAAAACTATAAAAAAAAATTCAA-CTTCAAA
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* * * ** * * * * * *
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** * * * *
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* ** * ****
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***** * * * *
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1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTAGGTGACTA
* * ** * * *
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* * * *
4625 TTATTTGTTTTAATAAAAAATGCAAAAAAGTTCAA-CTTGAAA
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* * * * * * *
4667 TCAATTATGTGATTATAAAACCATTTATAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAATAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
* * ** ** *
4732 AAATGGACCTTTCTTGTCAAAAAATATCTATTTT-TTCA-GATTTTTTGAGGTAGACATTCAATT
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* * * * * *
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* * *
4838 TCAATTATGAGATTATAAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCTTAGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTA
* ** * * * * *
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65 TAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
* *
4967 GTAA-CTTGTTTTAAT-CAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAA
129 ATAATC-TGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * * ** * *
5008 GTCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG--TATGAGAGAC
1 -TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTA-G-GTGAC
* * ** * * * *
5071 TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATCGCTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAT
63 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
5136 TATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTTAAT
128 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * * * *
5179 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTAT
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* * * * *
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* * * *
5307 CAATCTATTTTAAGAAAAAATATAAAAAATATTCAA-CTTAAAA
130 TAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACCTT-AAA
********** * *
5350 TCAANNNNNNNNNNATAAAACTC-TTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTA
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* ** * * *
5414 TAAATAGG-GTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTTAGATAGACATTCAACT
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* * * * *
5478 GTATTCTGTTTGAA-ACATAAATGTAAAAAAAAATCAA-CTTAAAA
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* * * * *
5522 TCAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT-ATAAGGCTTTCGAAGGCATA--TGACTAT
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* * * *
5584 AAATGGACGTTTT-TTTCTGCTATGAA-ATGCTTTTTTCTTCATGTTTACCTGAGGCAGACATTC
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* * * * * * *
5647 AATTGTTATTTGGTTTAACAAAAAATGCAAAAAAGTTCAA-CTTGAAA
125 AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTT-AAA
* * * ** * *
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* * * * ** * * *
5757 AGAAATGGACCTTTCTTGCCAAAGAGTATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTCGACATTCAATT
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* * * *
5822 ATAATCTATTTTTAA-AAAAAATATCAAAAAATT-AAACTTAAAA
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* * * ** *
5865 TCAATTATGGGATTATAAAAACTTTTAAAGCTG-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGACT
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* * * ** * * *
5928 TTAAATAGACTTTTCCTGTTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGATGGACATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
5992 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCCACTTTAAA
128 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
* * * * *
6036 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTCGAAGGCTTGGGTGATTAT
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** * * ***
6101 AAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCCTTAGGCAGACATTCAACCG
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6164 TACA-CTATTTTAACAAAAAATATAAAAACAATTGAA-CTTCAAA
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********** * * * *
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** ** ** * * *
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* * *
6336 T-ATATGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATTTAA-CTTGAAA
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* * * **********
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1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
** * * * * * * *
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* *
6507 AATCTGTTTTAA-AAAAATATATAAAAAAATTTAA-CTTAAAA
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** * * * * * **
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* * * * * * *
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6718 GTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGACTA
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*
6783 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATT
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6847 ATAATCCATTTTTATACAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAA
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* * * * * *
6890 TCAATTATGAGATTTTATAACCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTCGAAGGCTT-GAGTAACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG-GTGACTA
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6954 TAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAAT-TGTTTTTCTTCTTGTCTCAC-AAGGTAGGCATTCAAT
65 TAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAAT
** * *
7016 TATTGTTTGTTTTAACT-AAAAAT-TAAAAAGAAATTTAA-CTTAAAA
128 TATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGT-AAAA-AAATTCAACCTT-AAA
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7061 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAG
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
Statistics
Matches: 5270, Mismatches: 1193, Indels: 463
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 7 0.00
162 92 0.02
163 21 0.00
164 14 0.00
165 2 0.00
166 108 0.02
167 72 0.01
168 74 0.01
169 172 0.03
170 975 0.19
171 2727 0.52
172 885 0.17
173 97 0.02
174 8 0.00
175 16 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTAT
AATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTTAAA
Done.