Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397791.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1090.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8003
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.12, T:0.32
Warning! 1073 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1189 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 826--2325 Score: 789
Period size: 170 Copynumber: 8.8 Consensus size: 170
816 NNNNNNNNNN
* * * * *
826 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTT-CTCAATAAATAGTTTT
1 AGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTT
* * * * * *
890 TTCTACATATTTTTTGAGCCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAAATAAAAAAATT
64 TTCTAAATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
** * * * *
955 TGACTTAAAATTAATTAT-AGATTATTAAACTATTTAAAACG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
********* * *
996 AGTAATANNNNNNNNNNAGGAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
** * * * * * *
1061 TCTAAATACTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGCCTGTTTGAATGAAAAATGTAAAATAATTT
65 TCTAAATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* *
1126 AACTCAAAATC-AGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** **********
1166 AGTAATAGGCCTTTTTAAGGAAT-GGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCANNNNNNNNNNTTT
1 AGTAATAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
** ** * * ** * * * * *
1230 TCTTCATGTTTCTCAAAGTACACAGTCAGTTATTGTCTGTTTTAATTAAAAATATAAAACAATTC
65 TCTAAATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * * ****
1295 AACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTAANNNNNN
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA--AGCG
**** * * ** * *
1338 NNNNA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATAAATGGCTTTTG
1 AGTAATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
* * * ********** * *
1402 CTACATGTTTCCTGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGNNNNNNNNNNAAATGTAAAAAAAATCA
66 CTAAATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
**
1467 ACTTAAAATCAATTATGAG---ATAAAGTCATTTAAAGCG
131 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * * *
1504 AGTAATAGG-TTTTGAAAAAATGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-AATTGCCTTTT
1 AGTAATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTT
** * ** * * * * *
1567 TCTCCA-GTTTTCTT-AGGGTAAACATTCAACTATAATCTGTTTGAACAAAAATATAAAAAAAAA
65 TCTAAATG-TTTCTTGA-GGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAA-ATATAAAAAAA
* * * * * * *
1630 TTGAATTTAAAATCTATTTTGAGATTATACAACCATTTACAGTG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
1674 AGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * * * *
1739 TCTAAATGTTTCTTAAGGCAGGTATTTAATTAGAGCCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
65 TCTAAATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
1804 AACTTAAAATC-AGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * ******
1844 AGTAATAAGTCTTTTTAAGAAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATNNNNNNN
1 AGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTT
*** * * * * * *
1909 NNNT-TATGTTTC-TGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAAAA
64 TTCTAAATGTTTCTTG-AGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAA-ATATAAAAAA
* * * * * * * **
1972 ATTGATCATATAATCAATTTTGAGA-TAGCAAAACTATTTAAAATG
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
2017 GGTAATAAGGCTTTTG-AGAAAATAGGTGTCTATAAATTGACTTTTCTAGTCAACGAAT-GCGTT
1 AGTAAT-AGGCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TT
** * * * *****
2080 TTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGAG-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATANNNNN
63 TTTCTAAATGTTTCTTGAGGCAG-GCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA
***** * * *
2143 NNNNNACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAGAGCG
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
2188 AGTAATAAGGCTTCTGAATGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAACT--TTTA
1 AGTAAT-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTT-
** * * * * *
2251 TTTCTTCATGTTTCTCGA-GCTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAA-CAAAAATTTAAAAAAA
63 TTTCTAAATGTTTCTTGAGGC-AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
2314 TTCAACTTAAAA
127 TTCAACTTAAAA
2326 CCATTTAAAG
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 317, Indels: 78
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 76 0.08
167 30 0.03
168 11 0.01
169 89 0.09
170 312 0.32
171 233 0.24
172 113 0.12
173 105 0.11
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGTAATAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
CTAAATGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:3135 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2805--4095 Score: 921
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
2795 ATTAAAAAAA
* * *
2805 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** *
2870 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-AATTAAACAAAAATGTAA
66 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
*
2934 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
130 AAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
2975 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCATTGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * *
3040 TCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
66 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
3105 AAAAATTCAACTAAAATGAATTAAGAGATTATAAAACCAT
130 AAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * *
3145 TTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGAAATTGATGACCATAATTGGACTTTT-TCTACCATTGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA
* * * * *
3209 ATCCCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTATA---G---T---C---AGTGTAA
65 ATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
**********
3262 AAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCAT
130 AAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* ** * * * * * **
3303 TTAAAGTGAGTAATAATTCTTTTGAA-GAAATGAGAGATTATAAATGGATTTTTTTTTATCAATG
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATG
* ** * * * * *
3367 ACTGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAAGTAGACATACAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATG
64 AATACCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAACCAAAAATG
* *
3432 TAAAATAATT-AGACTTAAATCCAATTATGAGATTATAAAACCAT
127 TAAAAAAATTCA-ACTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCAT
********* * * * *
3476 TTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTNNNNNNNNNNGGTGACTGTAAATGAACTTTTCTTCCCAATAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * ** * ** * * ** *
3540 ATAGTTTTTTCTACACATTTCTTGAGCCAGGCATTCGATTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATA
65 ATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTA
********* * *
3605 AAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAAT
129 AAAA-AATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
3647 TTAAAACGAATAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTTACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * *
3712 TACCTTTTTCTTCATTTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAATAATATAA
66 TACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
*********
3777 AAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCAT
130 AAAAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
3818 TTAAAGCGAAG-AATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTA
1 TTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * ********* * *
3881 AATTCGTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATNNNNNNNNNNTTTAACAAAAAATAT
64 AATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAT-TATATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * **
3946 AAAGAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTAT
128 AAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
3989 TTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA-TCAAAAATGGACTTTCCTTGCTATTGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * *
4053 ATCCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
65 ATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA
4096 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 223, Indels: 74
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 21 0.02
158 51 0.06
159 28 0.03
160 16 0.02
161 2 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
169 1 0.00
170 228 0.26
171 406 0.47
172 50 0.06
173 53 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Found at i:7002 original size:340 final size:330
Alignment explanation
Indices: 6651--7293 Score: 620
Period size: 340 Copynumber: 1.9 Consensus size: 330
6641 NNNNNNNNNN
* ** ** *
6651 AAAGCGAGTAATAATCCTTTTTAAGGAATGAGTGGTTGTAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAAT-A-CCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * ** * *
6715 GCATTTTTCTTCTTG-TTTCTCAAGGTACACGTTCAATTATTGTCTGTTTCAAC-AAAAATGTAA
63 GCATTTTT-ATCTAGTTTTCTCAAGGTAAACATTCAACTATAATCTATTTCAACTAAAAATATAA
* * * **
6778 AAAAAATT-TATTTAAAATTAATTATAAGAATATAAAACTCTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTT
127 AAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT
* * *
6842 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTATC-AATAAATAGC-TTTTTCTACATGTTTC-
192 GAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTGC--ATCGAATAAAT-GCATTTTTCTACACGTTTCT
* **
6903 CTAAGGTAGGCATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTANNNNN
254 C-AAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTA-----
6967 NNNNNTGAGATTATAAAACCATTT
312 -----TGAGATTATAAAACCATTT
* ** * * * *
6991 AAAGTGAGTAATAGGTTTTGAAAAAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCC
1 AAAGCGAGTAATACCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCA
* * * *
7056 TTTTTATCTAGTTTTCTTATGGTAAACATTCAACTATAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
66 TTTTTATCTAGTTTTCTCAAGGTAAACATTCAACTATAATCTATTTCAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * *
7121 AATTGAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATACAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAA
131 AATTGAATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAA
* * * *
7186 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCATCGTAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
196 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTGCATCG-AATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTCAAGGT
*
7251 AGATATTCAATTATTATCTATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAA
260 AGACATTCAATTATTATCTATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAA
7294 GTTGAACTTA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 47, Indels: 19
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.02
338 71 0.29
339 22 0.09
340 81 0.33
341 65 0.26
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
AAAGCGAGTAATACCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCA
TTTTTATCTAGTTTTCTCAAGGTAAACATTCAACTATAATCTATTTCAACTAAAAATATAAAAAA
AATTGAATTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAA
GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTGCATCGAATAAATGCATTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTA
GACATTCAATTATTATCTATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTATGAGATTATAAAAC
CATTT
Found at i:7292 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6104--8003 Score: 719
Period size: 172 Copynumber: 11.1 Consensus size: 170
6094 NNNNNNNNTT
* * * * *
6104 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAACA-TCATTTAAAGTAACTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAAT
* * * * ** * * *
6168 GGGTGACTTTAAATGGACTTCTT-TTGCTAATGAATCCATTTTTCTTCACATTTCTTTTA-GTAC
64 GGGTGACTATAAATGGACTT-TTCAT-CGAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAG
* * ********** *
6231 ACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATCANNNNNNNNNNAAAATTT
127 ACATTCAATTATTA-TCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTG
* * * * *
6275 AACTTAAAATCAATTATAAGATTTTAAAACCAATTAAAGTGAGTAAT-AGCCCTTTT-AAAGGAA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG--GTTTTGAAA-GAA
** * * * * * * * *
6338 TTAGTGACAATAAATAGAATTTTCTTCACAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTC-CTGAGGCA
63 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATC-GAATGAAT-GCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTA
* * * * *
6401 GGCATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAATATTCG
126 GACATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATT-G
* * * *
6447 -A-TTGAAAATCAGTTATGAGAGTATAAAACCATTTAGAGCT-AGTAATAAGGCTTTTG-AAGAA
1 AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-TTTTGAAAG-A
* * ** * * *
6508 ATTGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGTTAATGAATGGC-TTTTTCTAAACGCTTCT-TGAGG
62 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATCG--AATGAAT-GCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGG
* * * * * * *
6570 CAGGCATTCAATTA-TAGCTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAATAATTC
124 TAGACATTCAATTATTATC-TATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTG
* ********** * ** * *
6617 AACTTAAAATC-AGTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAATCCTTTTTAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAAGAATG
* ** * * * * * *
6681 AGTGGTTGTAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCTTGTTTCTC-AAGGTACAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-CGAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAGAC
* * * * *
6745 GTTCAATTATTGTCTGTTTCAACAAAAATGTAAAAAAAATT-
129 ATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTG
* * * * * * * *
6786 TATTTAAAATTAATTATAAGAATATAAAACTCTTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAAGAATG
* * *
6851 AGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTATC-AATAAATAGC-TTTTTCTACATGTTTC-CTAAGGTAG
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTC--ATCGAATGAAT-GCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAG
* *
6912 GCATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAA-TC
127 ACATTCAATTATTA-TCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTG
********** * *
6956 AACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGGTTTTGAAAAAATGG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGG
* * * * * * * * *
7020 GTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTT-ATC-TAGTTT-TCTTATGGTAAA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCAT-CGAATGAATGCATTTTTCTTCAT-GTTTCTC-TAAGGTAGA
* * * *
7082 CATTCAACTATAATTTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTG
128 CATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTG
* * * *
7126 AATTTAAAATCAATTTTGAGATTATACAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTTGAAAGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATG
* * * *
7191 GGTGACTATAAATGGACTTTGCATCGTAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGAT
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCATCG-AATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAGAC
* *
7255 ATTCAATTATTATCTATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAAGTTG
129 ATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTG
********** * * *
7298 AACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGTAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAAG-AAT
** * * ** ** * * * *
7362 AAGAGACTATGAATAGG--TTTTTTTAAAATAAAT--ATTTTTTTTACATGTTTCTC-AAGGCAA
64 GGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCATCGAATGAATGCATTTTTCTT-CATGTTTCTCTAAGGTAG
* * ********** *
7422 ACATTTAATTA-TAGTCTGTTTTAAT-AAANNNNNNNNNNAATTC
127 ACATTCAATTATTA-TCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTG
* * *
7465 AACTTAAAATCAATTATGAGATT-TTAAACTATTTAAGGTGAGTAATAAAGGCTTTG-AAGAAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAAG-AAT
* * ** * * * *
7528 GAGAGACTATAAATGGACTTTTGTTGCTATTGAATAGC-TTTTTCTAT-ACGTTTC-CTAAGGCA
64 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-CGAATGAAT-GCATTTTTCT-TCATGTTTCTCTAAGGTA
* * ** *
7590 -AGCATTCGATTA-TAGTCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTC
126 GA-CATTCAATTATTA-TCTATTTTAATAAAAATGTA-AAAAAAATTG
* * * *
7636 AACTTAAATAT-AATTATGAGACTATAAAACCATTTAAGGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAAAAA
1 AACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAA
**** * * * * * * **
7699 TAAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATACGTTTTTCTGCATGTTTCTC-AACATA-
63 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCAT-CGAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAG
* * *
7762 AGCATTCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAACT-TAAAAAAAATTG
127 A-CATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAA-TGTAAAAAAAATTG
* * * *
7808 AACTTAAAATTAATTTTGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAAAGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGAATG
* * * * * * * ** * **
7873 GGTGATTGTAAATGAACTTTTCTTCTCAATAAAT--AGTTGTTTCTACACATTTC-CCAAGCCA-
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCATC-GAATGAATGCA-TT-TTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAG
* *
7934 AGCATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTC
127 A-CATTCAATTATTA-TCTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTG
*
7980 AACTTCAAATCAATTATGAGATTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Statistics
Matches: 1291, Mismatches: 346, Indels: 183
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 38 0.03
167 33 0.03
168 53 0.04
169 191 0.15
170 254 0.20
171 303 0.23
172 394 0.31
173 21 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAAGAATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCATCGAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAGACAT
TCAATTATTATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTG
Done.