Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402645.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5714.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 733
Length: 1223
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:449 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1221 Score: 1289
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
* * * * *
1 TTTAACTAAAAATAGAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATATATAGA
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * *
66 AAGTAATATGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG-TCTTTCTTACCAATGAATGGCTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TTTCTTGCCAATGAATGGGTT
* *
130 TTACTTCATGTTTCTCGAGGAAAACATTGC-ATTATAATCTGT
130 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATT-CAATTATAATCTGT
* ********* * * *
172 TTTAACTAAAAANNNNNNNNNNATTCAGCTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * *
237 CTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTT
65 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTT
*
302 TTTCTTCATGTTTCTAAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
130 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
344 TTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGC
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * * * * **
409 GTGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTAGGTGAATATAAATGGCCTTTTCTTGCAAATGAATTAGTTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
** ** ** * *
474 TTCTTCACATTTCTTGAGTCAAACATTCAATTGTAGTCTGT
131 TTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * *
515 TTTAGCCAATAATGTAATAAAATTCTACTTAAAAT-ATATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAA
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
579 AAAGTAATACA-GC--TT------TT---T--CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
65 AGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGT
* * *
630 TTTTC-TCTAGGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGG
129 TTTTCTTC-ATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* ** * * * *
673 TCTAGGC-AAAATTTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGA-ACTTATAAAACCATATAAAG
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAG
* * *
736 AGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTT
65 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTT
* * * * * *
801 TTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTAGAATATGT
130 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
843 TTTAACC-AAAATAGAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATATAACCATTTAAAGA
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * * ** *
907 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAGGTCATTATAAATGGGCTTCCCTTGCCAATGAATGGGTTG
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
972 TTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTG-
131 TTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
1012 TTTAACCAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGA
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * ** * *
1077 GAGCAAAAATTCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
* * * *
1142 TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTGAATTATAATATGT
131 TTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
1183 TTTAACTAAAAATATAACAAAATTCAACTTAAACTCAAT
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1222 CA
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 158, Indels: 52
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.00
157 56 0.06
158 63 0.07
159 2 0.00
160 1 0.00
163 2 0.00
165 2 0.00
168 1 0.00
169 9 0.01
170 344 0.40
171 240 0.28
172 143 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
Done.