Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402649.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5718.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2033
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:286 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--421 Score: 655
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
* * * *
1 TTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTAT-AAGGTT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAA-GTT
* * *
65 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAATTAGACTTTTCT
64 ATAAAACTATTTAAAGTGAGGAGCAAAGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAATTAGACTTTTCT
*
130 TACTAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACA
129 TACTAATGAATGACTTATTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACA
*
172 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGATGTTA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAAGTTA
* * * * *
237 TAAAACTATTTAAAGTGAGGAGCAAAGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATAATTGGGCTTTTCTT
65 TAAAACTATTTAAAGTGAGGAGCAAAGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAATTAGACTTTTCTT
*
302 ACTAATGAATGGCTTATTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACA
130 ACTAATGAATGACTTATTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACA
*
343 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTATGAAGTTAT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAAGTTAT
*
408 AAAACCATTTAAAG
66 AAAACTATTTAAAG
422 ATTTGAGTGA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 19, Indels: 3
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 54 0.23
171 175 0.76
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAAGTTAT
AAAACTATTTAAAGTGAGGAGCAAAGCTTTTAAAAGAATAGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTA
CTAATGAATGACTTATTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACA
Found at i:554 original size:147 final size:148
Alignment explanation
Indices: 270--565 Score: 377
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
260 AAAGCTTTTG
* * * *
270 AAAGATTGGGTGACTATAATTGGGCTTTTCTTACTAATGAATGGCTTATTCTTCATGTTTTCCAA
1 AAAGATTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATTATTCTTCATGTTTTCCAA
* *
335 GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTAT
66 GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTAT
400 GAAGTTATAAAACCATTT
131 GAAGTTATAAAACCATTT
* *
418 AAAGATTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATT-TTCTTCACT-TTTT-T
1 AAAGA-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATTATTCTTCA-TGTTTTCC
** * * *
480 GGGGTAAACATTTAATT-TCAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATCAATTTAAAATTAA
64 AAGGTAAACATTCAATTAT-AATCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAGATCAACTTAAAATCAA
* * *
543 TTTTGAGGTTATAAAACTATTT
127 TTATGAAGTTATAAAACCATTT
565 A
1 A
566 CAGTGTGTAA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 16, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
146 1 0.01
147 58 0.45
148 31 0.24
149 38 0.30
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (148 bp):
AAAGATTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGATTATTCTTCATGTTTTCCAA
GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTAT
GAAGTTATAAAACCATTT
Found at i:769 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 425--2018 Score: 1367
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 171
415 TTTAAAGATT
* ** ** *
425 TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGATTTTCTTCACT-TTT-TTGGGGTAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGCAA
* * ** * *
487 ACATTTAATT-TCAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TCAATTTAAAATTAATTTTGAG
65 ACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
550 GTTATAAAACTATTTACAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
* *
593 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA
* * * * *
658 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGAG
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
*
723 TATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
131 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
** * * ** *
764 TGAGTGACTATAAATGGACTTTAGTTGCCAATGAACAACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAACAGA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA
* * * * *
829 CATTCAGTTTTAATCTGTTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATCATGTGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
894 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
131 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-A
* * * * * *
936 TG-TTGTCTATAAATGGA-TATTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAA
* * * *
999 CCATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGA
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
1063 TTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGCCTTTTAAAGGTA
130 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
* * *** * * * *
1105 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTATGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA
** * * * *
1170 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATAAGAT
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * *
1235 TAAAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAA
131 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
** * * ** *
1276 T-ATGTGACTATAAATCAACTTTTCTTGCCAATGAA-AGATTTTTTCTAT-ACGTTTCTTGTGGT
1 TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGC
* ** * * *** *
1338 AGACACTT-AATTATAAAATGTTTTAACCAGAAATGCAAGCGAATTAAACCTAAAATCAATTATG
63 AAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * * * *
1402 AGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGGA
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
* * * * * * ** * *
1447 TGGGGGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATGGATAGCTTTTTCTTAATGTTTTCGGAAGTC-G
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGCAA
* * * * * * *
1511 ACATTCAATAATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGT-AGAAAGTTCATCTTACAATCAATTATGAG
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *
1575 ATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
* * * * ** * * *
1617 TTAGGTAAC--TAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAAT-GGGTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAA
1 TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAA
* * * * *
1679 ACATTTAATTATAATATGTTTTAA-CATAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATAATGAG
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* *********** *
1743 GTTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
* * * * * *
1786 TGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCATTGAAT-GATTGTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTC-
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTT-TTTCTTCATGTTTCTTAAGG-CA
* * * * * * * * *
1849 GACAGTCAAGTATAATCTATTCTAGCCAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTGTGAG
64 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
1914 ATTATAAAACCATATAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
* * ** * * ** *
1957 TGAATGACTATAAATGGACTTTTATTGATAATGAATGGCTTCTTCTTTGTGTTTCTCAAGGC
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGC
2019 GGACACTCAA
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 250, Indels: 60
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 13 0.01
168 121 0.11
169 39 0.03
170 214 0.19
171 734 0.64
172 23 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA
Found at i:1492 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 430--1733 Score: 1348
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 506
420 AGATTTGAGT
* * * * *
430 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTCTTCACT-TTTTTGGGGTAAACATTTA
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGTTTTTCTTCA-TGTTTTTGAGG-CAACATTCA
* * * * *
494 ATT-TCAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TCAATTTAAAATTAATT-TTGAGGTTATA
63 ATTAT-AATCTGTTTTAA-CAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATA
* ** * *
556 AAACTATTTACAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
124 AAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-
* * * * * *
621 CAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAA
188 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-ATAA
* * *
686 AATGTAAAACAATTCAACCTAAAAT-TAATTATGAGAGTATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAA
252 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCTAATTATAAGAGTAAAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAA
* * ** * *
750 GGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTAGTTGCCAATGAACAACTTTTTCTTCATG
317 GACTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATCAACTTTACTTGCCAATGAACAACTTTTTCTTCACG
* * ** * *
815 TTTCTTAAAACAGACATTCAGTTTTAATCTGTTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTCAACCTAAA
382 TTTCTTAAAACAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACCAACAATGCAAAAAAATTAAACCTAAA
* * * * **
880 ATCAATCATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGTT
447 ATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGG
*
940 GTCTATAAATGGA-TATTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAACCATT
1 GACTATAAATGGACT-TTTCTTGC-AATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTT-TTGAGGCAA-CATT
*
1004 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTAGATTATAA
61 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAA
* * *
1069 AACTATTTAAAGTGAATAATAAGCCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTATG
125 AACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-C
* *
1134 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAGAA
189 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATA-AA
* * ** *
1199 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCT-ATTATAAGATTAAAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAG
253 ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCTAATTATAAGAGTAAAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAG
* * *
1263 ACTTTTGAAGGAAT-ATGTGACTATAAATCAACTTTTCTTGCCAATGAA-AGATTTTTTCTAT-A
318 ACTTTTAAAGGAATGA-GTGACTATAAATCAACTTTACTTGCCAATGAACA-ACTTTTTCT-TCA
***** ***
1325 CGTTTCTTGTGGTAGACACTT-AATTATAAAATGTTTTAACCAGA-AATGCAAGCGAATTAAACC
380 CGTTTCTTAAAACAGACA-TTCAATTATAAAATGTTTTAACCA-ACAATGCAAAAAAATTAAACC
* * * *
1388 TAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGGATGGGG
443 TAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGG
* * * * * * *
1452 GACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATGGATAGCTTTTTCTTAATGTTTTCGGAAGTCGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTT-TG-AGGCAACATTC
* * * * * *
1517 AATAATAATCTGTTTTAACAAAAA-AATGTAGAAAGTTCATCTTACAATCAATTATGAGATTATA
62 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAA---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATA
* * * * *
1581 AAACCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TAGGTAAC--TAAATGGGCTTTTCTT
124 AAACTATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
1642 GACAATGAATGG-GTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATATGTTTTAACAT
187 -ACAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AT
* *
1706 AAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATC
250 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
1734 AATAATGAGG
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 104, Indels: 54
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 96 0.14
511 58 0.09
512 428 0.65
513 78 0.12
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTTTGAGGCAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTAT
TTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGAAT
GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAATGTAAAA
AAATTCAACCTAAAATCTAATTATAAGAGTAAAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAA
AGGAATGAGTGACTATAAATCAACTTTACTTGCCAATGAACAACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAA
ACAGACATTCAATTATAAAATGTTTTAACCAACAATGCAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATCAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGG
Done.