Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402651.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_572.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8786
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 1826 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2239 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1555--2850 Score: 1266
Period size: 343 Copynumber: 3.8 Consensus size: 337
1545 NNNNNNATTA
**
1555 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* ** * * *
1620 TGTAATGCCGTAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTTTGTT-AAACAGATTATAATT
65 TATAATGCCAAAATTGATTTAAAG-TTAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
1684 AAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAACA-CATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGT
128 AAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAG-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * ** * * * *
1748 CGTCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCTGTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTT
192 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTA
* * * *
1812 AAGTTAAATTATTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAGACTATAATTGAATG-CTTACCTCAAGAAA
256 AATTTGAA-T-TTTTGTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC-TACCT-AAGAAA
** *
1875 TGTCAAGAAAAAGTCATTCATTG
316 CATGAAGAAAAAGT-ATTCATTG
* * *
1898 G-AAAAAGAAGCCAATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
1 GCAAGAA-AAGTC-ATTTATAGTCACTC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * **
1961 TTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGACTTTTTTGTACTTTTTTTCTTAAAACAGACTAGG
63 TTTATAATGC-CAAAATTGATTTAAAGTT-AATTTTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
** * * *
2025 ATTAAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
125 ATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
2090 GTCACCCATTCCTTCAAGAGCGTTATTACTTAGTTTAAAT-AGTTTTACAATCTCAAAATTTATT
190 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATT
* *
2154 TAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAA
254 TAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTT-GTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TAAGAAA
*
2219 CATGAGGAAAAAGTATTCATTG
316 CATGAAGAAAAAGTATTCATTG
* ** * * *
2241 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTGAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
** * * * * *
2306 TATAAT-CTCAAAATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTGCATTTCTGGTTAAAACATATTATAATT
65 TATAATGC-CAAAATTGATTTAAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
* * * * * ** *
2370 GAACGTCTACCCCGAGAAACATAAAGAAGAGAGCATGAATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTC
128 AAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
2435 ATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAA
193 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
* * * * *
2500 TTTGAATTCTTTGCATATTCTTGATTAAAACAGACTATG-ATTAAATGTCTACCTTCAGAAACAT
258 TTTGAATT-TTTGTACATTTTTG-TTAAAACAGACTA-GAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACAT
* *
2564 GAATAAGAAGGTATTCATTG
319 GAAGAA-AAAGTATTCATTG
* * * * * *
2584 GTATGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTT
1 GCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
2649 TGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
65 TATAATGCCAAAATTGATTTAAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTA
* * * * * * *
2714 ACTGTCTACCTCGATAAACGTAAA-TAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTT
129 AATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
2778 TCCTATTCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
193 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
2843 TTTGAATT
258 TTTGAATT
2851 CTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 783, Mismatches: 146, Indels: 48
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 206 0.26
343 412 0.53
344 161 0.21
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
GCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATGCCAAAATTGATTTAAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAA
TGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
GAATTTTTGTACATTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAA
AAGTATTCATTG
Found at i:2319 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1555--2850 Score: 1238
Period size: 172 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
1545 NNNNNNATTA
* **
1555 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* ** * * * *
1619 TTGTAATGC-CGTAATTGATTTTAAGTTT-AATTTTTTTTATATTTTTTGTT-AAACAGATTATA
65 TTATAAT-CTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAA-TTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * *
1681 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAACA-CATTCATTG
127 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAA-AGTATTCATTG
* * * * **
1726 GCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCGTCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCTGTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
1791 TGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAGACTATAA
66 TATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-T-TTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA
** ** *
1854 TTGAATG-CTTACCTCAAGAAATGTCAAGAAAAAGTCATTCATTG
128 TTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGT-ATTCATTG
*
1898 G-AAAAAGAAG-CCAATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
1 GCAAGAA-AAGTCC-ATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * **
1960 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGACTTTTTTGTACTTTTTTTCTTAAAACAGACTAGG
63 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA-ATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * * *
2025 ATTAAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTT
127 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAAAGTATTCATTG
* * * * * *
2070 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCGTTATTACTTAGTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
2135 TACAATCTCAAAATTTATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATT
66 TATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT
* * *
2200 GAATGTCTACCATGAGAAACATGAGGAAAAAGTATTCATTG
130 GAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTATTCATTG
* * * * * *
2241 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTGAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
** * * * * * * * *
2306 TATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTCAATTTTTTTGCATTTCTGGTTAAAACATATTATAATTG
66 TATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * **
2371 AACGTCTACCCCGAGAAACATAAAGAAGAGAGCATGAATTG
131 AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA-AAAGTATTCATTG
* * *
2412 GCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
2477 TATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTG--CATATTCTTGATTAAAACAGACTATGA
66 TATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACAT-TTTTTG-TTAAAACAGACTATAA
* * * * *
2540 TTAAATGTCTACCTTCAGAAACATGAATAAGAAGGTATTCATTG
128 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA-AAAGTATTCATTG
* * * * * * * *
2584 GTATGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
2649 TGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTT-TACACTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
66 TATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * *
2712 TGACTGTCTACCTCGATAAACGTAAATAAAAAGATATTCATTG
129 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-TATTCATTG
* * * * *
2755 GCAAGAAAAGTCCATTTAAAGT-TTCCTATTCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGATT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
2819 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
65 TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
2851 CTTTNNNNNN
Statistics
Matches: 924, Mismatches: 173, Indels: 56
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 65 0.07
171 415 0.45
172 425 0.46
173 19 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTATTCATTG
Found at i:4012 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 3767--4013 Score: 311
Period size: 134 Copynumber: 1.8 Consensus size: 134
3757 ATAGTCACCC
* ** *
3767 ATTCCTTTAAAAACCTTATTAATCACATTAAATAGTTTAATAATCTTTAAATTGATTTTAAGTCT
1 ATTCCTTTAAAAACCTTATTAATCACATTAAATAGTTTAATAACCTCAAAATTGATTTTAAATCT
* * * *
3832 AATTTTTTTTACTTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTATCCTAAGAAACTAAAAAA
66 AATTTTTTATACTTTTCTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAACGTCTATCCTAAGAAACTAAAAAA
3897 GCCT
131 GCCT
* * * * * *
3901 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGA-TTTAAATTT
1 ATTCCTTTAAAAACCTTATTAATCACATTAAATAGTTTAATAACCTCAAAATTGATTTTAAATCT
*
3965 GAATTCTTTGTATA-TTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAT
66 -AATT-TTT-TATACTTTTCTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAACGTCTAT
4014 TATGAGAAAG
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 15, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
133 7 0.07
134 78 0.82
135 7 0.07
136 3 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (134 bp):
ATTCCTTTAAAAACCTTATTAATCACATTAAATAGTTTAATAACCTCAAAATTGATTTTAAATCT
AATTTTTTATACTTTTCTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAACGTCTATCCTAAGAAACTAAAAAA
GCCT
Found at i:4232 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3904--5266 Score: 879
Period size: 172 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
3894 AAAGCCTATT
* * * * * *
3904 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCT-CAAAATTGATTTAAATTTGAA
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA--TGCATAATTGATTTAAAGTTGAA
* * * *
3968 TTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA-TTATGAGAAA-G-AAGAAG
64 TTTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGA-AAACGTAA-AA-
** * * *
4030 AAAAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACA
124 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * *
4076 GCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGCAGTAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGCA-TAATTGATTTAAAGTTGAAT
* * * * **
4141 GTTTTTTTATATCTTTTGTT-AAATAGACTATAATTGAATGTCCAGCATGACAATTGTAAAAAAA
65 -TTTTTTTATAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACGTAAAAAAA
* * *
4205 AAGGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATT
127 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * *
4248 CCTTCAAAAGTC-TTATTGCTCACTTTATAT-GCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
1 CCTTCAAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAT-GCATAATTGATTTAAAGTTGA
* * * ** * * *
4311 ATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAA
63 ATTTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACGT-AAAAA
** * * *
4376 AAAA-GTTTTCATTGGCTAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATA
125 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * * * * *
4420 GCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCACT
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-GCATAATTGATTTAAAGTTGAAT
* * * * *** * **
4485 TTTTTTTGCT-TTTCTGATTAAAACATA-TATAATTGAACGTCTACCGCAAAAAACAT-AAAGCA
65 TTTTTTT-ATATTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TTGAAAACGTAAAAAAA
* *** * * * *
4547 GAGAGCACGAATTGGAAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATT
127 AAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * ** * ** * *
4591 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATTAAAATTGATTTAAATTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-GCATAATTGATTTAAAGTTGAAT
* ** ** * * * *
4656 TCTTTGCATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACGTAAAAAAAA
* *** * * *
4721 CGATTTTCTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATA
128 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * *
4763 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATG-CATAATTGATTTAAAGTTGAAT
* * * * *
4827 TTATTTTACACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATAAATAAAA
65 TTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACGTAAAAAAAA
* * * ** *
4892 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTAAAGTCTCATATT
128 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * *
4934 CCTTCAAAAG-ACTTATTACTCGGTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
1 CCTTCAAAAGCA-TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAT-GCATAATTGATTTAAAGTTGA
********** * * * * * * *
4997 ATTCNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAGACTAGAGTTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAA
63 ATT-TTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACGT-AAAAA
* * *
5062 AAAA-GCATTCATTTGCATGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATA
125 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * * * *
5106 CCTTCTAGAGCATTATTACTCGCTTTAGATAGTTATGTAATGTCGTAATTGATTTTAAGCTGAAT
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATG-CATAATTGATTTAAAGTTGAAT
* * * *
5171 TTGTTTTTCTATCTTTTGTT-AAACAGACTATAATTGAACGAT-TAGCTTGACAAACGTAAAGAA
65 TT-TTTTTATAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTGA-AAACGTAAAAAA
*
5234 AAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAT
126 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
5267 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 243, Indels: 80
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 7 0.01
171 274 0.30
172 569 0.63
173 48 0.05
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGCATAATTGATTTAAAGTTGAATT
TTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAACGTAAAAAAAAAGG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
Found at i:4686 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3901--5266 Score: 1377
Period size: 343 Copynumber: 4.0 Consensus size: 338
3891 AAAAAAGCCT
* *
3901 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTAAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
* * *
3966 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA--TTATGAGAAAGAAGAA
66 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTA--AGAAACATGAA
* * * * *
4029 GAAAAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACAGCTTCAAAAGCATTATTA
129 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTA
* *
4094 CTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGCAGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTTATATCTTTTG
194 CTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCCA-TAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTTT-TCT-TTTTG
* * * * *** *
4159 TTAAATAGACTATAATTGAATGTC--CAGCATGACAATTGTAAAAAAAAAGGCATTCTTTGGCAA
254 TTAAA-ACAATATAATTGAATGTCTACCGCA--AAAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAA
4222 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
316 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
* * * *
4245 ATTCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCACTTTATATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
* *
4310 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGA
66 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
** * * * * * *
4375 AAAAAGTTTTCATTGGCTAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATTAAT
131 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACT
* ** * * * *
4440 CACTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCACTTTTTTTTGCTTTTCTGATTA
196 CGCTTTAAATAGTTTTGTAATC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT-CTTTT-TG-TTA
* ** * *** * *
4505 AAACATATATAATTGAACGTCTACCGCAAAAAACAT-AAAGCAGAGAGCACGAATTGGAAAGAGA
257 AAACA-ATATAATTGAATGTCTACCGCAAAAAACATAAAAAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAA
4569 AGTCCATTTATAGTCATCC
320 AGTCCATTTATAGTCATCC
* * * *
4588 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATTAAAATTGATTTAAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
* *
4653 AATTCTTTGCATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAG-
66 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
* * * * * *
4717 AAAACG-ATTTTCTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGCCTTATTA
131 AAAAAGCA--TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTA
* ** *
4781 CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACACTTTTAGTT
194 CTCGCTTTAAATAGTTTTGTAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT-TTCTTTTTGTT
*** * *
4846 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATAAATAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
256 AAAACA-A-TATAATTGAATGTCTACCGCAAAAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
4911 AAGTGCATTTAAAGTC-TCAT
319 AAGTCCATTTATAGTCATC-C
* ** *
4931 ATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
********** *
4996 AATTCNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAGACTA-GAGTTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAG
66 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGA-TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
* * * * *
5060 AAAAAAGCATTCATTTGCATGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTAGAGCATTATTAC
130 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTAC
* * * * * *
5125 TCGCTTTAGATAGTTATGTAATGTCGTAATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTTTCTATCTTTTGT
195 TCGCTTTAAATAGTTTTGTAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTTC--T-TTTTGT
* * *** * * *
5190 T-AAACAGACTATAATTGAACGAT-TAGCTTGACAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
255 TAAAACA-A-TATAATTGAATG-TCTACCGCAAAAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
*
5253 AGAAGTCCATTTAT
317 AAAAGTCCATTTAT
5267 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 852, Mismatches: 144, Indels: 52
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 38 0.04
343 505 0.59
344 289 0.34
345 14 0.02
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTGTAATCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCTTTTTGTTAAAAC
AATATAATTGAATGTCTACCGCAAAAAACATAAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCATCC
Found at i:5158 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 3900--5266 Score: 1248
Period size: 515 Copynumber: 2.7 Consensus size: 515
3890 TAAAAAAGCC
* *
3900 TATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTAAATTT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
* ** * * *
3965 GAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTATTATGAGAAAGAAGAAG
65 GAATTCTTTGTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAG
* * * * *
4030 AAAAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACAGCTTCAAAAGCATTATTAC
130 AAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTAAAGCATTATTAC
* * **
4095 TCGCTTTAAATAGTTTTGTAATG-CAGTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTTATATCTTTTG
195 TCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTC-GTAATTGATTTAAAGTTAAATGTCTTTGCATATCTTTTG
* * * *** *
4159 TTAAATAGACTATAATTGAATGTCCAGCATGACAATTGTAAAAAAAAAGGCATTCTTTGGCAAGA
259 TTAAACAGACTAGAATTGAATGTCCACCATGACAAACATAAAAAAAAAGACATTCTTTGGCAAGA
* * * *
4224 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCACTTTATATGCTTTTATAAT
324 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAAT
* * * * * * * *
4289 CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGACTAGGATTGAATGT
389 CTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTATTTGTACACTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
* ** * * *
4354 CTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTTTTCATTGGCTAGAAAAGTCTATATATAGTCACC
454 CTACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATATAAAGTCACA
* ** * * *
4416 CATAGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
* * * * * * * * * ** * *
4481 CACTT-TTTTTTGCTTTTCTGATTAAAACATA-TATAATTGAACGTCTACCGCAAAAAACATAAA
65 GAATTCTTTGTAGATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAA
* * * *** * * * * * *
4544 GCAGAGAGCACGAATTGGAAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATT
129 GAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCT-AAAGCATTATT
** * * * *** * *
4608 ACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATTAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGCATAT-TTTT
193 ACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCGTAATTGATTTAAAGTTAAATGTCTTTGCATATCTTTT
* * * * * * * * **
4671 GGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAACGATTTTCTTTGGCA
258 -GTT-AAACAGACTAGAATTGAATGTCCACCATGACAAACATAAAAAAAAAGACATTCTTTGGCA
* * * * *
4736 AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTG
321 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTA
* * *
4800 TAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTT-TACACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
385 TAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTATTTGTACACTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * * * *
4863 AATGTCTACCTTGATAAACATAAATAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTAAAGTC
449 AATGTCTACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATATAAAGTC
*
4927 TCA
513 ACA
* **
4930 TATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
1 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
********** *
4995 GAATTCNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAGACTAGAGTTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAG
65 GAATTCTTTGTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAG
* * * *
5060 AAAAAAGCATTCATTTGCATGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTAGAGCATTATTAC
130 AAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTAAAGCATTATTAC
* * * * * *
5125 TCGCTTTAGATAGTTATGTAATGTCGTAATTGATTTTAAGCTGAATTTGT-TTTTC-TATCTTTT
195 TCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCGTAATTGATTTAAAG-TTAA-ATGTCTTTGCATATCTTTT
* * * * * * * * *
5188 GTTAAACAGACTATAATTGAACGAT-TAGCTTGACAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
258 GTTAAACAGACTAGAATTGAATG-TCCACCATGACAAACATAAAAAAAAAGACATTCTTTGGCAA
*
5252 GAGAAGTCCATTTAT
322 GAAAAGTCCATTTAT
5267 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 184, Indels: 35
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 5 0.01
514 158 0.24
515 396 0.61
516 81 0.12
517 9 0.01
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (515 bp):
TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
AATTCTTTGTAGATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGA
AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCTAAAGCATTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCGTAATTGATTTAAAGTTAAATGTCTTTGCATATCTTTTGTT
AAACAGACTAGAATTGAATGTCCACCATGACAAACATAAAAAAAAAGACATTCTTTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCT
CAAAATTGATTTAAAGTTAAATTATTTGTACACTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCT
ACCTTCAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATATAAAGTCACA
Found at i:5737 original size:168 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5455--5803 Score: 442
Period size: 168 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
5445 NNNNNNNNNN
* *
5455 ATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGCTAAAACAGACAAGGATTGAAA
1 ATCTCAAAAATGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGCTAAAACAGACAAGAATTGAAA
* * *
5520 GTCTTCATTTAGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
66 GTCGTCATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
* * * *
5585 -ATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTTAGTTTAAATGGTTTTATA
130 AATTCCTTCAAAAG-CTATATTAATCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * *
5627 ATCTCAAAAATGATTTCAATTTGAATGT-TTTGTGCATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATT-CA
1 ATCTCAAAAATGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGTACATTTTTGGCTAAAACAGACAAGAATTGAA
* * *
5690 A-T-GTCA-TGAGAAACATGATGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
65 AGTCGTCATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
5752 AATTCCTTGAAAAGCTATATTAATCACTTTGAATAGTTTTATA
130 AATTCCTTCAAAAGCTATATTAATCACTTTAAATAGTTTTATA
5795 ATCTCAAAA
1 ATCTCAAAA
5804 TTAATTTTCA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 20, Indels: 10
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.02
168 92 0.60
169 3 0.02
170 1 0.01
171 2 0.01
172 52 0.34
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ATCTCAAAAATGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGCTAAAACAGACAAGAATTGAAA
GTCGTCATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
ATTCCTTCAAAAGCTATATTAATCACTTTAAATAGTTTTATA
Found at i:5837 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5530--5843 Score: 418
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
5520 GTCTTCATTT
*
5530 AGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* * * * * * *
5595 AAGCCTTATTACTTAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAATGATTTCAATTTGAATGTTTTGT
66 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATAATTTCAAGTTCAATGTTTTGT
*
5660 GCATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTCAATGTCATG
131 GCATTTTTGGATAAAATAGACTAGAATTCAATGTCATG
* * * *
5698 AGAAACATGATGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATTCCTTGA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCA
* * *
5762 AAAG-CTATATTAATCACTTTGAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTC-AGTTCAATTTTT
65 AAAGCCT-TATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATAA-TTTCAAGTTCAATGTTT
* *
5825 TTTGCTTTTTTGGATAAAA
128 TGTGCATTTTTGGATAAAA
5844 CTTATTATAA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 18, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.02
168 118 0.94
169 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAAGTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATAATTTCAAGTTCAATGTTTTGT
GCATTTTTGGATAAAATAGACTAGAATTCAATGTCATG
Found at i:6516 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6188--7817 Score: 1482
Period size: 172 Copynumber: 9.5 Consensus size: 172
6178 NNNNNNNNNN
* * * ** *
6188 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGC
1 ACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * *
6253 CATATTAATGACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT-AATTTTTTATGC-
66 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
* * * * * **
6316 TTTTCTTGCTAAAACATATTATAATTGAACATCTACCCTGAGAA
130 TTTT-TTGTTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
* * * * * ****
6360 ACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGAAAGAAAAATCTATTTAAAGTGTGTCATTCCTTCAAAAGC
1 ACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
6425 CTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
66 CTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
* **
6489 TTTTTGGTTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACAATGAGAA
130 TTTTTTGTTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
* * * * * *
6532 ACATGAATAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAGC
1 ACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * ** * *
6597 CATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CGTAATTGATCTT-AAGTTGAACTT-TTTTTA
66 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGAT-TTAAATTTGAA-TTCTTTGTA
* * * * ** *
6659 TATTTTTTGTTTAA-CAGACTATAACTGAATGGT-TACCCAAAAGAGC
128 CATTTTTTGTTAAATCAGACTAGAATTGAAT-GTCTACCC-TGAGA-A
* * * *
6705 GCATAGA-AAAAG-GCATTCATTGGCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
1 ACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
6768 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT
66 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT
* * * * * *
6833 TTTTGGTTGAAA-AAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTTAAAA
131 TTTTTGTT-AAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
* * * * * *
6875 ACATGAAG-AAAGAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATACTCGCCCATACCTTCAAAAG
1 ACATAAAGAAAAG-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * ** * * * **
6939 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAAT-TCCGTAATTCATTTTAAGTT-AATT-TTT-TTT
65 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTAC
* *
7000 ATTTTTTGTTAAAT-AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
129 ATTTTTTGTTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
* * * *
7043 ACATAAAGAAAATG-GCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCAATTCATTCAAAAG
1 ACATAAAGAAAA-GAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * *
7107 CCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAATTCTTTATACA
65 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
** * * * * *
7172 TTTTTAATTAAAACAGACTAGGATTAAATGTCTACCTTCAGAA
130 TTTTTTGTTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
* * * * * * *
7215 ACATGAAGAAAAAAGTAATCATTGGCAAGAAAGGTCCACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
1 ACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * ** * * ** * * * *
7280 ATTATTAGTTGCTCTAAATAGTTTTGTAATGCT-GTAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTA-A
66 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
* * *
7342 TTTTTTGTTAAAT-AGACT-GTAATTGAAAGTTTA-CGTCGAGAA
130 TTTTTTGTTAAATCAGACTAG-AATTGAATGTCTACCCT-GAGAA
* * * * * *
7384 ACATAAAGACAAA-TGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTCTAGCCACCAATTCCTTCAAAAG
1 ACATAAAGA-AAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
7448 CCTTATTACTCAGTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTCTACA
65 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACA
** * * * *
7513 TTTTTCATTAAAACAGATTAGGATTGAATGTCTA-CCTACAGAA
130 TTTTTTGTTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCT-GAGAA
* ** * * *
7556 ACATGAAA-AAAATAATATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAGAG
1 ACAT-AAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
7620 CCTTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGT-TTTGTAC
65 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGTAC
* *
7684 ATTTTTGGCTAAAAT-AGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
129 ATTTTTTG-TTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
* * * * * * * *
7728 ACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGTAAGAAACGTCTATTTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGC
1 ACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
7793 CATATTAATCACTTTAAATAGTTTT
66 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
7818 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1164, Mismatches: 251, Indels: 86
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 121 0.10
169 118 0.10
170 43 0.04
171 172 0.15
172 682 0.59
173 28 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT
TTTTTGTTAAATCAGACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAA
Found at i:7192 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6188--7817 Score: 1832
Period size: 340 Copynumber: 4.8 Consensus size: 340
6178 NNNNNNNNNN
* **
6188 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * ** **
6253 CATATTAAT-GACTTTAAATAGTTTTATTA-TCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTATGC
66 CTTATTACTCG-CTTTAAATAGTTTTGTAATTC-CGTAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTT-TTA
* * * * ** *
6316 TTTTCTTGCTAAAACATATTATAATTGAACATCTACCCTGAGAAACATAAAG-AAGAGAGCATTC
127 TTTT-TTG-TTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAAAAG-GCATTC
* * * * ***
6380 ATTGGAAAGAAAAATCTATTTAAAGTGTGTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
189 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
6444 GTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAATCAGACTA
253 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTA
** *
6509 GAATTGAATGTCTACAATGAGAA
318 GAATTGAATGTCTACCTTCAGAA
* * *
6532 ACATGAATAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAG
1 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
* * * *
6596 CCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCGTAATTGATCTTAAGTTGAACTTTTTTTATA
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTCCGTAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTT-TA
* * * * ** *
6661 TTTTTTGTTTAACAGACTATAACTGAATGGT-TACCC--AAAAGAGCGCATAGAAAAAGGCATTC
127 TTTTTTGTTAAATAGACTATAATTGAAT-GTCTACCCTGAGAA-A-CATAAAGAAAAAGGCATTC
* * * *
6723 ATTGGCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
189 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
*
6788 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTGAAAA-AGACTA
254 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATT-AAAACAGACTA
* * *
6852 GAATTGAATGCCTACCTTTAAAA
318 GAATTGAATGTCTACCTTCAGAA
* * *
6875 ACATGAAGAAAGAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATACTCGCCCATACCTTCAAAAG
1 ACATGAAGAAA-AAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
*
6939 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTCCGTAATTCATTTTAAGTTAATTTTTTTTATTT
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTCCGTAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATTT
* * *
7004 TTTGTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAATGGCATTCATTGCC
130 TTTGTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
* * *
7069 AAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCAATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTA
195 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
7134 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAATTCTTTATACATTTTTAATTAAAACAGACTAGGATTAA
260 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGA
7199 ATGTCTACCTTCAGAA
325 ATGTCTACCTTCAGAA
* * * *
7215 ACATGAAGAAAAAAGTAATCATTGGCAAGAAAGGTCCACTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * * * *
7280 ATTATTAGTTGCTCTAAATAGTTTTGTAATGCTGTAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAATTT
66 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATTCCGTAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTT-ATTT
* * * * * * *
7345 TTTGTTAAATAGACTGTAATTGAAAGTTTA-CGTCGAGAAACATAAAGACAAATGCATTAATTGG
130 TTTGTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCCT-GAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGG
* * * * *
7409 CAAGAAAAGTCCGTTTCTAGCCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGCTTT
194 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
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*
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* ** **
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* * * ** * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * ***
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* * *
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** *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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7475 TAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTCTACATTTTTCATTAAAACAGATTAGGATTGA
259 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAGACTAGAATTGA
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7540 ATGTCTACCTACAGAA
324 ATGTCTACCTTCAGAA
** * *
7556 ACATGAA-AAAAATAATATTCATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAGAG
1 ACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
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127 -ATTTTTTG-TTAAATAGACTATAATTGAATGTTTACTC-GAGAAACATAAAG-AAAATGCATTC
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7812 AGTTTT
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7818 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1098, Mismatches: 157, Indels: 62
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
339 11 0.01
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345 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
ATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGCCGTAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTAATTT
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Done.