Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397307.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_743.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 6554 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:292 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1561 Score: 1441
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 170
* * *
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * *
66 ATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTTAGGAAAAAGACTA-TCATT-GACAAGAAAAGTTCAT
66 ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCAT
* * ** *
129 TTGTAGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTGGCTTTA
129 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
171 AATAGTTTTATAATGTCATAATTGGTTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * *
236 TATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCTTTAGCAAGAAATA-TCTAT
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** * *
300 TTATAGTCAATCA-AGCCATCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
129 TTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
342 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
**
407 TATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACACAAAGAAAAAGCTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCAT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCAT
* * ** * **
471 TTATAGGT-GCCCATGCCTTC-AAAATCATACTTACTCATTTTA
129 TTATA-GTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTA
* * * ** * * *
513 AATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATGTTTTTTGTGAAAACAAA
1 AATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
577 TTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGTAAAGTCCAT
64 TTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
*
642 TTATAGTCACTCATACCATT-GAAAGCCTTATTACAT-GCTTTA
129 TTATAGTCACCCATACC-TTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTA
* * * ** *
684 AATGGTTTTATACTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTATTTTTTTGGCTAAAACAGATT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* ** * * * * * *
748 ATAATTGAATATCCGCCTCAAGAACCCTGAAGAAAAAGCTATACATTGGCAAGAAAAGTCAATTT
66 ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
813 CTAGCCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTA
131 ATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
853 AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTCGATTTTTTTTATATTTTTAGTTACAACATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
918 AAGAATTGAATGTTTACCTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGGTGCTT-ATTCGTAAGAAAAGTCCA
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
*
981 TTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
128 TTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ** * * **
1024 AATAGTTTTATAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAGTAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * * *
1089 TATAATTGAACGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGTCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
1153 TTATGGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTC
129 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** *
1195 AATGGTTTTATAATC-CTGTAATTGATTTTATGTT-AATTGTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * ** * * *
1258 CTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACTTGAGGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCGAT
64 TTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
1323 TTATAGTTATCCATGCGTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTA
129 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
1365 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTGTTTACATTTTTGGTTAAAA-ATGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GAT
* * * * * *
1429 TATAATTGAATGTTTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * * * *
1494 TGTAGTTACCTATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTA
130 TATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
1535 AATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1562 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1128, Mismatches: 227, Indels: 72
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 139 0.12
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171 636 0.56
172 24 0.02
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Consensus pattern (170 bp):
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ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
Found at i:1026 original size:511 final size:502
Alignment explanation
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*
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTCAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* * * * * *
65 TATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTTAGGAAAAAGACTA-TCATTGACAAGAAAAGTTCAT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAG-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
129 TTGTAGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATT
130 TTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * *
194 GGTTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGG
194 GATTTTAAGTT-AA-TTTT-TATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * *
259 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCTTTAGCAAGAAATA-TCTATTTATAGTCAATCAAGCCATCGAA
256 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAA-AGTCAATTTATAGTC-ATCAAGCCTTCGAA
* * *
323 AGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
319 AGCCTAATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTTTTTTA
* * ** * *
387 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACACAAAGAAAAAGCTATTC
382 CATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAACATGAAGAAAAAGGTCTTC
* * *
452 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAATCATACTTACTCATTTTA
445 ATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATA-GTACCCATGCCTTCAAAACCTTA-TTACTCATTTTA
* * * * ** * *
513 AATGGTTTTATAATCTCATAA-AATATTTTAGGATAAATTCTTTTATGTTTTTTGTGAAAACAAA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGA
* * * * * *
577 TTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGTAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
642 TTATAGTCACTCATACCATTGAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATT
130 TTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
707 AATTTTAAGTTGAATTTTTATTTTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATATCCGCCTCAAGAA
194 GATTTTAAGTT-AATTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * *
772 CCCTGAAGAAAAAGCTATACATTGGCAAGAAAAGTCAATTTCTAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGC
258 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TCAAGCCTTCGAAAGC
* *
837 CTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTCGATTTTTTTTATATT
322 CTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCGA-TTTTTTTACATT
* * *
902 TTTAGTTACAACATATAAGAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTGCTT-ATT
386 TTTAGTTA-AAAATATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGGT-CTTCATT
* * * *
966 CGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
448 -GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTCATTTTA
* ** * **
1024 AATAGTTTTATAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAGTAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* * * * *
1089 TATAATTGAACGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAG-AAAATGTCTATCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
1153 TTATGGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAATC-CTGTAAT
130 TTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAAT
* * * * * * *
1217 TGATTTTATGTTAATTGTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTAAA
193 TGATTTTAAGTTAATT-TTTATT-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * * *
1282 AAACTTGAGGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTTATCCATGCGTTCAAAA
256 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAT-CAAGCCTTCGAAA
* *
1347 GCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-CTGAATTGTTTACA
320 GCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTC-GATTTTTTTACA
* * * *
1411 TTTTTGGTTAAAAATGATTATAATTGAATGTTTACTTTAGAAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCA
384 TTTTTAGTTAAAAAT-ATTATAATTGAATGTTTACCTCAG-AAACATGAAGAAAAAGGTC-TTCA
* * * * * *
1475 GTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTTACCTATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTA
446 -TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCATTTTA
* * ***********
1535 AATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT---------------------------TTAAGTTGAAT
*****************************************************************
1600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
39 TCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAA
******************************************* * ***
1665 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-ACAGTCAC-CCGTAC--C
104 GGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAG-C-CTTATTACTGC
* * * *
1726 ATTGAAAGCCTTGTTATGTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTT
167 -TTTAAA----TG--GT--------------TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TT
** * * * * *
1791 TTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGATGAAAAAGGT
209 TTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCT
* * * * ** * * *
1856 -TGTCATTTA-TAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTCCTTGGAAAGCCTTATTGCTTGCTT
274 AT-TCA-TTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TCAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTT
** * * * * *
1919 TAAATACTTTTATAATCCCATAATTGATTTTACGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
336 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AT
* * * * * ** * *
1984 ACTACAGTTGAATATCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
399 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAG-AAACATGAAGAAAAAGGTC-TTCATT-GCAAGAAAAGTCC
********* * **
2048 ATTTANNNNNNNNNNTGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTA
461 ATTTA-TAGTACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCATTTTA
* * * * * * *
2092 AATGGTTTTATAATCACATAATTGAA-TTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGA
* * *** * * **
2156 TTATAATTAAATTTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTGGCAA-AAGAAGTCCA
65 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCA
* * ** * * * * * * *
2220 TTTATAGTTAC-CTATGCCTTCAAAATCATAATTATTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
129 TTTATAGTCACTC-ATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
2284 TTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTATGTTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCT-T
192 TTGATTTTAAGTT-AA-T-TTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
* * * * * * * * *
2348 GGAAAACTTGAAGAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATA-CCTTT
254 AG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TCA-AGCCTTC
* **** * * * * * * *
2411 GAAAGCCTTATTACACAATTTAAATGTTTTTATAATCTGATATTTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
316 GAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCGATTTTTTT
* * * * * * * * *
2476 ACATTTTTGGCTAGAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCAAGAAACGTGAAG-AATA-GCCAT
381 ACATTTTTAGTTA-AAAATATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGGTC-T
* * *** * * ***
2539 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAATCTTTAAAAGCCTAATTACTTGCTTTA
443 TCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCATTTTA
* * * * * * * *
2602 AATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* * * *** * *
2667 TATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAATACATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
2732 TATAGTCAC-C-TAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACT-CATTTTAAATGATTTTAGAATCTCATAA
131 TATAGTCACTCAT-A-CCTTTGAAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * * * *
2794 TTGATTTTAAATTAAATGTTTTTACATTTTTGGTGAAAAAAAATTATAATTAAATGTCTGCCTCA
192 TTGATTTTAAGTT-AA--TTTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA
* * * ** *
2859 AGAAACATGAAGAAAAAGGCT-GTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATCTATAGTCACTCATTCCTTT
254 AGAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTAGCAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCA-TCAAGCCTTC
* * * * * * **
2922 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGATGTTAAATTTTTT
316 GAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GGTCGATTTTTT
* * * ** ** ** * * *
2987 TA-GTTTTTGGTTAAAATTGCCTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAAACCTGAGGAAAAA-GCCA
380 TACATTTTTAGTTAAAAAT-ATTATAATTGAATGTTTACCTCAG-AAACATGAAGAAAAAGGTC-
* * * * * * * * * *
3050 TTTATTGACAATAAAAGTCCGTTTATAATTACCCATACCTTTAAAGCCTAATTGCT-TTCTTTA
442 TTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACTCAT-TTTA
* * * * * *
3113 AATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTT-AACTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTA-
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTGAAAAC-AG
* * * * *
3176 ATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATAAAGAAAAA-GTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
64 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * * * * * *
3240 ATTTATAGGT-ACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAACGATTTTCTAATCTCATA
128 ATTTATA-GTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * *
3304 ATTGATTGTGGGCTGAATTTTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
191 ATTGATTTTAAG-TTAATTTTTATT---TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-
* * ** * * * * * * *
3368 TGAA-ATACAAAAAGAAAAAGCCATTTCGTTGGCAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
251 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTA-TTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TCAAGCCT
* * * ** * **
3432 TTGAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAAGTT
314 TCG-AAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTCGA-TT
* * * * * * *
3496 TTTTTACATTTTTGGTGAAACCAGATTATAATTAAATGTTTATCTTAGAAA-ATGTGAAGAAAAA
376 TTTTTACATTTTTAGTTAAA-AATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACA--TGAAGAAAAA
* * * *
3560 GG-CTATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCATTCCTTTGAAAGCCATATTACTC-T
438 GGTCT-TCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAC-CCATGCC-TTCAAAACCTTATTACTCAT
3622 CTTTA
499 -TTTA
* * * * *
3627 AATAGTTTTGTAATCTCATAATT-ATTATTAAGCTAAATT-TTGTTACATTTTAT-GTTAAAACA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT-TTAAGTTGAATTCTT-TTACATTTT-TGGTGAAAACA
* ** * * * ** * *** *
3689 AATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCGTTGATGACAAAAGTCC
63 GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
3754 ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATGATA
128 ATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
3818 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGTTTAAAAAATATGATAATTGAATGTCTGCCT
191 ATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTAT-T-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * * * * *
3883 -TAGAAAAAATGAAAAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGTCT
252 CAAG-AAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TCAAGCCT
* * * * * * *
3946 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGT
314 TCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTTT
* * * * * * * * *
4011 TTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAATAAATATTT-GCTAAGAAACATAAAGAAAAA-GCC
378 TTTACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACATGAAGAAAAAGGTC
* * * * * * **
4074 ATTCATTAGCAAAAAAAGGCCATTTCTAGTCACCTAAGCCTTCGAAAACCTAATTACTCGCTTTA
442 -TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTCATTTTA
* * * * *
4139 AATGGTTTTATAATCTCATAATGAATTTTAGGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* ** * ** * * * *
4203 TATAATTGAATGTCTGCCTCTGGGAACGGGAAGAACAAGGTATTCACTGACAACAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4268 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
131 TATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
4333 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAGG
195 ATTTTAAGTT-AATTTTTATT---TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * * * *
4397 AAACGTGAA-AAATAAGGT-TATCATT-G---G--CAGTCCATTTATAGTCAGCCATA-CCTTTG
256 AAACATGAAGAAA-AAGCTAT-TCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-TCA-AGCCTTCG
* * * * *
4453 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATACTAGATTTTAAAGT-GAATTTTTT
317 AAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTCG-ATTTTTT
* * ** * *
4517 TATATTTTTTGTTAAAACCGATTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAGCATGAAGAAAAA-GTCA
380 TACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGGTC-
* * * * * * *
4580 TTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTCTAATCACCTAAGCCTTCGTAAGCCTTATTAC-C-TGCTTT
442 TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTCAT--TTT
4643 A
502 A
* * * * * * * *
4644 AATGGTTTTATGATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* * ** * * * **
4709 TATAATTAAATCTCTACCTTGAGAAACAT-GAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
4773 TAT-GGCTAC-CTAAACCTTCGAAAGCCTTTTTATTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
131 TATAGTC-ACTC-ATACCTTTGAAAGCCTTATTA-CTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * *
4836 TGATTTTGAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGCCT--A
193 TGATTTTAAGTT-AA-T-TTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * *
4899 GAGAA-ATGCAAAGAAAAAGATATTCATTTG-ATGAAATAGTTC-A-TT-TA-T--T---G-C-T
255 GA-AACATG--AAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAA-AG-TCAATTTATAGTCATCAAGCCTT
* * * **
4951 C----G-C---TTA---G-----AATGGTATTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
315 CGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTCGATTTTT
* * * * * * * *
5000 TTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCTTGAAACGTGAA-AGAAAATG-
379 TTACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGA-AAAAGGT
* ** * ***
5063 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGTCTAATTACTTGCTTT
441 C-TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTCATTTT
5128 A
502 A
* * * * * * * *
5129 AATGATTTTATCATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATT-TTTCTAC-TTTTTGGTTAAAAGATA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTGAAAACAGA
* * * **
5192 TTGA-AATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
65 TT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * * *
5256 TTTCTAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCGTAA
129 TTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * **
5320 TTGGTTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTT-ATTAAAAGAGATTATAATTGAGTGTCCACCT-
192 TTGATTTTAAGTT-AA-T-TTTTA-TTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * * * * * *
5383 TAGAAAACATGAAGAAACAGGC-ATTCATTGGTAAG-AAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTT
253 AAG-AAACATGAAGAAA-AAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCATC-AAGCCTT
** * * * * * * *
5446 CGAAAGTTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCT
315 CGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTTTT
* * * * * *
5511 TTACA-GTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAA-ATGTGAAG-AAAA-GC
379 TTACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACA--TGAAGAAAAAGGT
** * * * * *** *
5572 CATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATGGTCACTCAAGCCTTTGAAAGGTTTTTTACTC-TCTT
441 C-TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCC-TTCAAAACCTTATTACTCAT-TT
5636 TA
501 TA
* * * * * *
5638 AATGATTTTATAATATCATAATTGATCTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATTTTTGGTTAACACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGA
* ** * * * *
5702 TTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAG-TAAAGGCTA-TCATTGGCAAAAAAAAGTCC
65 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGG-TATTCATTGGC-AAGAAAAGTCC
* * * *
5765 ATTTATAGTCAC-CTATACCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAGTGATTTTATAATCTCATA
128 ATTTATAGTCACTC-ATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
5829 ATTAAATATCT-AGTTGAATTTTT-TTAACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTAC
191 ATT-GAT-TTTAAGTT-AATTTTTATT---TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
** * * * * * * * * * *
5892 CT-TGGAAAATATAAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGAC
250 CTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAG-TCATCAAGCC
** *** * * * *
5956 TTTAAAAGCCTAATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAGGTTGAATTT
313 TTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTT
* * * * * *
6021 TTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAA-G
377 TTTTACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAACATGAAGAAAAAGG
* * * * * * **
6085 TCATTCATCGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCCAAATCATAATTACTCGCTT
440 TC-TTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTT-CAAAACCTTATTACTCATTT
6150 TA
501 TA
** * * * * *
6152 AATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTCTGCATTTTTAGTGAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTGGTGAAAACAGA
* * * ** * * *
6216 TTATAATTG-ATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCTTTGACAAGAAAAGTCTAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
6280 TTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
130 TTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
6345 AATTTTAAGGTGA-----A---TGTT--TT---ACTAGATTATAATTGAATATCTGCCTCAAGAA
194 GATTTTAAGTTAATTTTTATTTTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * *
6397 ATATGAAG-AAAAGCCATTCATT-GACTAGAAAAGTCAATTTCA-AGTCACTCAAGCATTCGAAA
258 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-CAAGAAAAGTCAATTT-ATAGTCA-TCAAGCCTTCGAAA
* * * * * * *
6459 GCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCAGAATTCATTTTAGGTTGAATTTTCTTACA
320 GCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTTTTTTACA
* * * * *** ** *
6524 TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGCAAAGAAAAAAATATTCAT
384 TTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGGTCTTCAT
* * * * **
6589 TGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCCCTTTA
447 TG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTCATTTTA
* * * ** * * *
6648 AATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGAAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGA-
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* * ** **
6712 T-T-A-T-AATGTCTACCTTAGGAAATATAAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
6773 CT-TAGTTAGTTATGCCTTTAAAAGCCTAACTTCAC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
131 -TATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTA-TT-ACTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * ** * * *
6836 TGA-TTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAAGTGAATGTCCACTTGAG
193 TGATTTTAAGTT-AA-T-TTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * * * * * * *
6900 GAAACGA-GTAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTTC-ATGTATAATTACCTATA-CTTTC
255 GAAAC-ATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCATC-A-AGCCTTC
** * * * **
6962 GAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTTACAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTT
316 GAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TCGATTTTTT
* * * * * * * * * *
7027 T-TATTTTTGGTTAAAAAAGATTA-AATTAAATGTCTACCTCAAGAATCTTAAACAAAAA-GCCA
380 TACATTTTTAGTT-AAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGGTC-
* ** * ** * **
7089 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGTGTTATTACGCGCTTTA
442 TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCATTTTA
* * * * *
7153 AATGATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTAGAATT-TTCTTACATTTTTGGTTAAAGA-AT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTT-TTACATTTTTGGTGAAA-ACAG
* * * * *
7216 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAATGCAAAGAAAAAGGCATTCATTGG-ATGAAAAAGTC
64 ATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAG-AAAAGTC
* * * * * * * * * * *
7279 TATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTATTCACTTTGAACGGTGTTATAATCTCATC
127 CATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
7344 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATCGAATGTCTACCTT
191 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTATT---TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
** * * * * * *
7409 TTGAAACATGAAGAATAATG-TATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTT
253 AAGAAACATGAAGAA-AAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAT-CAAGCCTTC
* * ** * * *
7473 GAAAGACTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCT
316 GAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTTTTT
** * * ** * * *
7538 TGTATTTTTTGTTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAAA-A-GCTAAAAAAAAAGTA
380 TACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACATG--AAGAAAAAGGTC
* * * * * ** * **
7600 TTTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTTGAAAGTCTTATTACACGGTTTA
442 TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATGC-CTTCAAAACCTTATTACTCATTTTA
* * * ** * *
7664 AATAGTTTTATAATGTCATAATTGACATTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTT--TTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* ** * * * **
7726 TATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAA-AAAAA-CTATTCATTGGCTAA-AAAAATTAA
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAAGAAAAAGGTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* * * *
7788 TTTATAGTTA-TCCATACCTTTGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAA
129 TTTATAGTCACT-CATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
7852 TTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTT-GTTAAAACATG-TTATAATTGAATATCTGCCT
192 TTGATTTTAAGTT-AA-T-TTTTA-TTTTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTGCCT
** * * * * * *
7915 TGAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAATTGC-CCATGCCT
252 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTAT-AGT-CATCAAGCCT
* * ** * * * * *
7978 TCAAAATCCTAATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAAACTCATAATTGATTCTAGGTTGAATTGT
314 TCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCG-ATTTT
* * * ** * *
8043 TTTACATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAA-GC
378 TTTACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACC-TCAGAAACATGAAGAAAAAGGT
* * * * * * * **
8107 CATTCATTGGCAAGAAATGTCCACTTAAAGTTACCTAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACACCCTT
441 C-TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACC-CATGCCTTCAAAA-CCTTATTACTCATTT
8172 TA
501 TA
* * * * *
8174 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
** * * ** ***
8239 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATT
66 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * ** *
8304 TCTAGTCA-TCCA-AGCGTTCAAAATCCTTATTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
131 TATAGTCACT-CATA-CCTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * **
8367 TGATTTTAAGTTGAATGCTTTTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCT-TG
193 TGATTTTAAGTT-AAT--TTTTATTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
* * ** * *
8431 GAAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCGTTTAT-GGCTACCGAAGCCTTC
255 G-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTC-ATC-AAGCCTTC
* * * * * * * **
8493 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTAGAATTTCATCATTAATTTTAAGTTAAATTGTTT
316 GAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTCGATT-TTT
* * * * * * * *
8558 TTATATTTTT-GGTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAA-GCC
379 TTACATTTTTAGTTAAAA-ATATTATAATTGAATGTTTACC-TCAGAAACATGAAGAAAAAGGTC
* ** * * *
8621 ATTCATTAG-AGAGAAAAATCTGTTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTT
442 -TTCATT-GCA-AGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTCATTTT
8685 A
502 A
* * ** * * *
8686 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
* * * ** * *
8751 TATAATTGAATGTCTA-CTTAGGGAAAC-AAGAAGAAAAAGCAAATCATTGGTAAGAAAAGTCCA
66 TATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTA-AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
8814 TTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATTATCT-ATTAA
129 TTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAA
* * **
8878 TTGATTTTAGGTTGAATTTGTT-TTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCT
192 TTGATTTTAAGTT-AATTT-TTATT---TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * *
8942 CGAA-AAACATGATGAGAAAG-TCATTCATTAGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCAT
252 C-AAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAT
8997 AATTGATTTC
Statistics
Matches: 6496, Mismatches: 1557, Indels: 860
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TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCGATTTTTTTACATTTTTAG
TTAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGAAACATGAAGAAAAAGGTCTTCATTGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACTCATTTTA
Found at i:1417 original size:682 final size:681
Alignment explanation
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1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTACATTTTTGGT-AAAACAGATT
* * * * * *
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64 ATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTATCATTGACAAGAAAAGTTCATTT
* * * * * * *
131 GTAGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGG
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* * * *
196 TTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAA
194 TTTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTCAGGAA
* * *
261 ACATGAAGAAAAAGGTATTCTTTAGCAAGAAATATCTATTTATAGTCAATCAAGCCATCGAAAGC
259 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAATATCCATTTATAGTCAACCAAGCCATCGAAAGC
* * * *
326 CTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATT
324 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATT
* * *
391 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACACAAAGAAAAAGCTATTCATTG
389 TTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGCTATTCATTG
* *
456 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAATCATACTTACTCATTTTAAATGGTTT
454 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAACCATACTTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
521 TATAATCTCATAAAATATTTTAGGATAAATTCTTTTATGTTTTTTGTGAAAACAAATTATAATTG
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* ** * * * *
586 AATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCA
584 AATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
651 CTCATACCATTGAAAGCCTTATTACATGCTTTA
649 CTCATACCATTAAAAGCCTAATTACATGCTTTA
* **
684 AATGGTTTTATACTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTATTTTTTTGGCTAAAACAGATTA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTACATTTTTGG-TAAAACAGATTA
* * *
749 TAATTGAATATCCGCCTCAAGAACCCTGAAGAAAAAG-CTATACATTGGCAAGAAAAG-TCAATT
65 TAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTAT-CATTGACAAGAAAAGTTC-ATT
* * * * *
812 TCTAGCCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATT
128 TCTAGCCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
876 GATTTTAGGTCGATTTTTTTTATATTTTT-AGTTACAACATATAAGAATTGAATGTTTACCTC-G
192 GATTTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGA-TTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTCAG
* * * * *
939 AGAAACATGAAGAAAAAGGTGCTT-ATTCGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
256 -GAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCAACCAAGCCATC
* *
1002 GAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
318 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
* * * * ** *
1067 TACATTTTTGGTGAAAGTAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGTCTA
383 TACATTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAG-CTA
* * * * * **
1132 -TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GGT-CACTCATTCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTTGCTT
447 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGC-C-CATGCC-TTCAAAACCATACTTACTCACTT
* * * * * * * *
1193 TCAATGGTTTTATAATC-C-TGTAATTGATTTTATG-TTAATTGTTTTTTATTTTTTGTTAAAAC
509 TAAATGGTTTTATAATCTCAT-AAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTGTGAAAAC
* ** * * *
1255 AGACTATAATTGAATGTCTGTCTTAAAAAACTTGAGGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTC
572 AAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTC
* * * * *
1320 GATTTATAGTTA-TCCAT-GCGTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTA
637 CATTTATAGTCACT-CATACCATT-AAAAGCCTAATTACATGCTTTA
* * *
1365 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTGTTTACATTTTTGGTTAAAA-ATGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTACATTTTTGG-TAAAACA-GAT
* ** ** * * * *
1429 TATAATTGAATGTTTA-CTTTAGAAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCAGT-AGCAAGAAAAGTCC
63 TATAATTGAATATCCACCTCAAG-AAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGA-CAAGAAAAGTTC
* ** * * * * ** * *
1491 ATTTGTAGTTACCTATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAA
125 ATTTCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
*******************************
1556 TTGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
190 TTGATT----------------------------TTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAA
*****************************************************************
1621 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
227 AACATATAAGAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAT
************************ ** * * ** *
1686 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTACAGTCACCCGTACCATTGA-AAGCCTTGTTATGTGCTTT
292 ATCCATTTATAGTCAACCAAGCCAT-C-GAAAGCC-T--TATT-ACTCG-C-T-TTAA-------
* * * * * * *
1750 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTGAAAACAGA
341 --ATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTGAAAATAGA
* * * * ** * * * *
1814 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGATGAAAAAGGT-TGTCATTTATAAGAAAAGTCCA
404 TTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGCTAT-TCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * ** ** *
1878 TTTCTA-GTCACCCATTCCTTGGAAAGCCTTA-TTGCTTGCTTTAAATACTTTTATAATCCCAT-
468 TTTATAGGT-GCCCATGCCTT-CAAAACCATACTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * * * *
1940 AATTGATTTTACGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAGTTGAATATCTACCT
531 AAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTGTGAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT
*** * * * ********** *
2005 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTANNNNNNNNNNTGCC-TT
595 CAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATT
2069 CAAAAGCCTAATTAC-TCGCTTTA
660 -AAAAGCCTAATTACAT-GCTTTA
* * * * *
2092 AATGGTTTTATAATCACATAATTGAA-TTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTGAA--TTTTTACA-TTTTTGGTAAAACAGA
* * * *** * * *
2156 TTATAATTAAATTTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-ACTATTCATTGGCAA-AAGAAGTCC
62 TTATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGACAAGAA-AAGTTC
* ** * * * * * * * *
2219 ATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAATCATAATTATTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
125 ATTTCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
** ** * * * * * * * *
2284 TTGATTTTAGGTTGAATTCTTT-TATGTTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCT-
190 TTGATTTTAGGTCAAATT-TTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * * *
2347 TGGAAAACTTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGCAAA-GTCCATTTAGAGTCACCCATA-CCT
254 AGG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAG-AAATATCCATTTATAGTCAACCA-AGCCA
* * ** * * * *
2409 TTGAAAGCCTTATTACACAATTTAAAT-GTTTTTATAATCTGATATTTAATTTTAAGTTGAATT-
316 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC
* * ** * * *** *
2472 TTTTACATTTTTGGCT-AGAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCAAGAAACGTGAAG-AATAG
380 TTTTACATTTTTAG-TGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAG
* * * *** * * **
2535 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTA-GT-CACTCAAATCTTTAAAAGCC-TAATTACTTG
444 CTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGC-C-CATGCCTTCAAAA-CCATACTTACTCA
* * * * * * *
2597 CTTTAAATGGTATTATAATCTCAT-AATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAA
506 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTGTGAAA
* * * * * * * * * *
2661 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAATAC-ATTCCTTGGCAAGAAAA
570 ACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTAGCAAGAAAA
* ** * *
2725 GTCTATTTATAGTCAC-C-TAAGCTTTTGAAAGCCTTATTAC-T-CATTTTA
634 GTCCATTTATAGTCACTCAT-A-CCATTAAAAGCCTAATTACATGC--TTTA
* * * * * * *
2773 AATGATTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTACATTTTTGGTGAAAAAAAAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTTGGT-AAAACAGAT
* * ** * * * * *
2838 TATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCTGTCATTGGCAAGAAAAGTTCATC
63 TATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTATCATTGACAAGAAAAGTTCATT
* * * * ** * * * * *
2903 TATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTG
128 TCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * ** *
2968 ATTTGATGTTAAATTTTTTTA-GTTTTTGGTTAAAATTGCCTAT---AATTGAATGTTTGTCT-T
193 ATTTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAA---CATATAAGAATTGAATGTCTACCTCA
* * ** * * * * * *
3028 GGAAAACCTGAGGAAAAAGCCATTTATT-GACAATAAA-AGTCCGTTTATAATTACCCATA-CC-
255 GG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAG-CAAGAAATA-TCCATTTATAGTCAACCA-AGCCA
** * * ** * * * * *
3089 TTTAAAGCCTAATTGCTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTT-AACTTT
316 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTC
* * * * * * *
3153 TTTTACATTTTTTGTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATAAAGAAAAAG
380 TTTTACATTTTTAGTGAAAA-TAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAG
** * * * *
3217 -TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGGTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCT
444 CT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAACCATACTTACTCACT
* * * * * * * * * * *
3281 TTAAACGATTTTCTAATCTCAT-AATTGATTGTGGGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
508 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTGTGAAAAC
* * * ** * ** * * * * *
3345 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAATACAAAAAGAAAAAGCCATTTCGTTGGCAACAAAAAT
572 AAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTA-TTCATTAGCAAGAAAAGT
* * * * *
3410 CCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAAGCTTTATTACTTGCTTTA
636 CCATTTATAGTCACTCATA-CCATT-AAAAGCCTAATTACATGCTTTA
** * *
3457 AATTATTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTT-AAGTTTTTTTACATTTTTGGTGAAACCAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA---TTTTTACATTTTTGGT-AAAACAGA
* * ** * * ** * * *
3521 TTATAATTAAATGTTTATCT-TAGAAAATGTGAAGAAAAAGGCTATCATTGGCAAGAAAAGTCCA
62 TTATAATTGAATATCCACCTCAAG-AAACCTGAAGAAAAAGACTATCATTGACAAGAAAAGTTCA
* * * ** ** *
3585 TTTATAGTCA-CCATTCCTTTGAAAGCC-ATATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
126 TTTCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTA-ATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
3648 TT-ATTATTAAG-CTAAATTTTGT-TACATTTTATG-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
190 TTGATT-TTAGGTC-AAATTTT-TCTACATTTT-TGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTAC
* * ** * * * *
3709 CT-TGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCGTT-G-ATGACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
251 CTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGA-AATA-TCCATTTATAGTCAACCAAG
* * * * * *
3771 CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATA-TGATAATTGATTTTATGTTGAA
313 CCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-ACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * * * * * * * *
3835 TTTTTTTTGTATTTTT-GTTTAAAAAATATGATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAA-AAATGAAA
377 -TTCTTTTACATTTTTAG-TGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACA--AAG
* ** * *
3897 AAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTA-TT
438 AAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAA-CCATACTT
* * * * * * * ** *
3960 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCAT-AATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACGTTTTTAG
501 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTG
* * * * * * ** * * * *
4024 TTAAAACAGATTATAAATAAATAT-TTGCT-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAA
565 TGAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAG
* *
4087 AAAAGGCCATTTCTAGTCAC-C-TAAGCC-TTCGAAAA-CCTAATTAC-TCGCTTTA
630 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-A-CCATT--AAAAGCCTAATTACAT-GCTTTA
* * * *
4139 AATGGTTTTATAATCTCATAATGAATTTTAGGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTACATTTTT-GGTAAAACAGATT
* ** ** * ** * * * * *
4204 ATAATTGAATGTCTGCCTCTGGGAACGGGAAGAACAAG-GTATTCACTGACAACAAAAGTCCATT
64 ATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGACAAGAAAAGTTCATT
* * * * * **
4268 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
128 TCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * * * * * *
4333 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAGGA
193 ATTTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTCAGGA
* * * * *
4398 AACGTGAA-AAATAAGGT-TATCATTGGC-AG-----TCCATTTATAGTCAGCCATA-CCTTTGA
258 AACATGAAGAAA-AAGGTAT-TCATTAGCAAGAAATATCCATTTATAGTCAACCA-AGCCATCGA
* * * * *
4454 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATACTAGATTTTAAAG-TGAATTTTTT
320 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTCTTT
* * * ** * * * **
4517 TATATTTTTTGTTAAAACCGATTATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAGCATGAAGAAAAAG-TCA
383 TACATTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGCT-A
* * * * * * *
4580 TTCATT-ATCAAGAAAAGTCCATTTCTA-AT-CACCTAAGCCTTCGTAAGCCTTA-TTAC-CTGC
447 TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGC-CC-ATGCCTTC-AAAACCATACTTACTC-AC
* * * * * *
4640 TTTAAATGGTTTTATGATCTTAT-AATTGATTTT-GAGTTGAATT-TTTT-TACTTTTTTAGTTA
507 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAG-GATAAATTCTTTTATA-TTTTTT-GTGA
* * * * ** * * * *
4701 AAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTTGAGAAACATG-AGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
568 AAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAA
* * * ** ** *
4765 AGTCCATTTAT-GGCTAC-CTAAACC-TTCGAAAGCCTTTTTATTTACTTTA
633 AGTCCATTTATAGTC-ACTC-ATACCATT-AAAAGCCTAATTACATGCTTTA
* * * * * *
4814 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAAAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-T-TTTTACATTTTTGG-TAAAACAGAT
* ** *
4879 TATAATTGAATGTCTGCCT-AGAGAAA--TGCAAAGAAAAAGA-TATTCATTTG--ATGAAATAG
63 TATAATTGAATATCCACCTCA-AGAAACCTG--AAGAAAAAGACTA-TCA-TTGACAAGAAA-AG
* * *
4938 TTCA--T-T---------TA--TT-----G-C----T-C--GC-TTAGAATGGTATTATAATCTG
122 TTCATTTCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTA-AATAGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * * *
4975 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
186 ATAATTGATTTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTAC
** * * * * * * * *
5040 CTCTTGAAACGTGAA-AGAAAATGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAATTACCCATGC
251 CTCAGGAAACATGAAGA-AAAAGGTATTCATTAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCAACCAAGC
* * * * * * * *
5103 CTTCGAAAGTCTAATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATCATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAAT
314 CATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * **
5167 T-TTTCTAC-TTTTTGGTTAAAAGATATTGA-AATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAA
378 TCTTT-TACATTTTTAGTGAAAATAGATT-ATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAA
* * * * * *
5229 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTA-GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACT
441 AAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGT-GCCCATGCCTTCAAAA-CCATACTTACT
*** * * * * * * * * * *
5292 TGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCGT-AATTGGTTTTA-AATTGAATTGTTTTACATTTTTTATT
504 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGA-TAAATTCTTTTATATTTTTTGTG
* * * * * * * * * *
5355 AAAAGAGATTATAATTGAGTGTCCACCTTAGAAAACATGAAGAAACAGGC-ATTCATTGGTAAG-
567 AAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAA-AAGCTATTCATTAGCAAGA
* ** * ** * * *
5418 AAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGTC-TTCGAAAGTTTTATTACTTACTTTA
631 AAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACCATT-AAAAGCCTAATTACATGCTTTA
* * * *
5469 AATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACAGTTTAGTTAAAACAGATT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TT-TTTACATTTTTGGTAAAACAGATT
* * * * ** * * *
5534 ATAATTGAATGTCTATCT-TAGAAAATGTGAAG-AAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTAT
64 ATAATTGAATATCCACCTCAAG-AAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGACAAGAAAAGTTCAT
* * * * ** ** ** ** *
5596 TTATGGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGGTTTTTTACTCTCTTTAAAT-GATTTTATAATATCATAA
127 TTCTAGCCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * *
5659 TTGATCTTAAGTTGAAGTTTTT-TACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTC
190 TTGAT-TTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
5723 GGGAAACATGAAG-TAAAGGCTA-TCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATA-CC
254 AGGAAACATGAAGAAAAAGG-TATTCATTAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCAACC-A-AGCC
* * * * * * * *
5784 TTTGAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAGT-GATTTTATAATCTCATAATTAAATATCT-AGTTGAA
315 ATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAACTCATAATT-GAT-TTTAAGTTGAA
* * * * * * ** * *
5847 TTTTTTTA-ACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCT-TGGAAAATATAAAGAA
377 TTCTTTTACA-TTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAG-AAACACAAAGAA
* ** * ** * * *
5910 AAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGACTTTAAAAGCC-TAATTACT
440 AAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAA-CCATACTTACT
* * * * * * * *
5974 CATTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTA
504 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTGTGA
* * * * * * * ** * *
6038 AAACATATTATAATTGATTGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCA-TCGACAAAA
568 AAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAG-CAAGA
* * * * *
6101 AAAGTCCATTTATAGTTACCCATACC-TTCCAAATCATAATTAC-TCGCTTTA
631 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCATT-AAAAGCCTAATTACAT-GCTTTA
** * * * * *
6152 AATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTCTGCATTTTTAGTGAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTT-TACATTTTTGGT-AAAACAGAT
* ** * * *
6217 TATAATTG-ATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAC-ATTCTTTGACAAGAAAAG-TCTA
63 TATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGACAAGAAAAGTTC-A
* * * ** *
6279 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
126 TTTCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTAC-TGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
6343 TTAATTTTAAGGT-GAATGTTT-TAC----TAGA-T------TAT---AATTGAATATCTGCCTC
190 TTGATTTT-AGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTC
* * ** * *
6392 AAGAAATATGAAG-AAAAGCCATTCATT-GACTAGAAA-AGTCAATTTCA-AGTC-ACTCAAG-C
254 AGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAG-CAAGAAATA-TCCATTT-ATAGTCAAC-CAAGCC
* * * * * * * *
6451 ATTCGAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCAGAATTCATTTTAGGTTGAATT
315 A-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
6516 -TTCTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGCAAAGAAAAA
379 CTT-TTACATTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAA
** * * * * * * *
6580 AATATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATA-GTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTA-TTACTCC
443 GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGT-GCCCATGCCTTC-AAAACCATACTTACTCA
* * * * * *
6643 CTTTAAATGGTTTTAGAATCTCAT-AATTGATTTTAGGA-AGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
506 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATA-AATTCTTTTATATTTTTTGTGAA
** * ** * * * *
6706 AACTGA-T-T-A-T-AATGTCTACCTTAGGAAATATAAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAA
569 AACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAA
* * * * *
6766 GTCCATTCT-TAGTTAGTTATGCCTTTAAAAGCCTAACTTCACA--CTTTA
634 GTCCATT-TATAGTCACTCATACCATTAAAAGCCTAA-TT-ACATGCTTTA
* *
6814 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-T-TTTTACATTTTTGGT-AAAACAGAT
* * * * * ** * * *
6878 TATAAGTGAATGTCCACTTGAGGAAACGAGTAGAAAAAG-CCATTCATT-AGCAAAAAAAGTTCA
63 TATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGA-CAAGAAAAGTTCA
* * *** * * * ** * * * *
6941 TGTATAATTACCTATACTTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTTACAAT
126 TTTCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * * *
7006 TGATTTTAGGTTAAATTTTT-TTTATTTTTGGTTAAAAAAGATTA-AATTAAATGTCTACCTCAA
191 TGATTTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTCAG
* * * * ** * * * *
7069 GAATCTTAAACAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA-AGTCCATTTCTAGTC-ACTTAAGCCTTCA
256 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCAAC-CAAGCCATCG
** * ** * *
7132 AAAGTGTTATTACGCGCTTTAAAT-GATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTAGAATT-TTC
319 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT-
* * * * * **
7195 TTACATTTTTGGTTAAAGA-ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAATGCAAAGAAAAAGG
382 TTACATTTTTAGTGAAA-ATAGATTATAATTGAACGTCTACC-TCAAGAAACACAAAGAAAAA-G
* * * *** * * ** *
7258 C-ATTCATTG-GATGAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCC-TTGTTATTCAC
444 CTATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCC-TTCAAAACCATACTTACTCAC
* * * * * * * * * * *
7320 TTTGAACGGTGTTATAATCTCAT-CATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACA-TTTTTGATTAAA
507 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTG-TGAAA
* * * **** * * *
7383 ACATATTATAATCGAATGTCTACCTTTTGAAACATGAAGAATAATG-TATTTATTGGCAAGAAAA
570 ACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAA-AAAGCTATTCATTAGCAAGAAAA
* * * * * *
7447 GTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTTGAAAGACTTATTAC-TAACTTTA
634 GTCCATTTATAGTCACT-CATACCATTAAAAGCCTAATTACAT-GCTTTA
* ** * * *
7495 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTGTATTTTTTGTTAAAAGATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTT-TTACA-TTTTTGGTAAAACAGAT
* * * ** * * * * * *
7560 TATAATTGAATGTCTACTTTGA-AAAGCT-AA-AAAAAAAGTATTTATT-AGTAAGAAAAGTCCA
63 TATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGA-CAAGAAAAGTTCA
* * * ** * * * *
7621 TTTATAGTCACCCATACATTTGAAAGTCTTATTACACGG-TTTAAATAGTTTTATAATGTCATAA
126 TTTCTAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTAC-TGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * * **
7685 TTGACATTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTT
190 TTGATTTTAGGTCAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTCA
** ** * * ** * * *
7746 GAGAAATGTGAA-AAAAAACTATTCATTGGCTAA-AAAAATTAATTTATAGTTATCCATA-CCTT
255 G-GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGC-AAGAAATATCCATTTATAGTCAACCA-AGCCAT
* * * * ** * *
7808 TGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAATTGATTTTAGGTTGAATTCTT
317 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * ** * ** **
7873 TTACATTTTTTGTTAAAACATG-TTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-T
382 TTACATTTTTAGTGAAAATA-GATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGCT
* * ** *
7936 CATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAATTGCCCATGCCTTCAAAATCC-TAATTACTCACTT
446 -ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAA-CCATACTTACTCACTT
* * * * * * * * * * *
8000 TAAAGGGTTTTATAAACTCAT-AATTGATTCTAGGTTGAATTGTTTTACATATTTGGTTAAAACA
509 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTGTGAAAACA
* * **** * * * *
8064 TATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCC
573 AACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * **
8129 ACTTAAAGTTACCTAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACACCCTTTA
638 ATTTATAGTCA-CTCATACCATTAAAAGCCTAATTACATGCTTTA
* * * *
8174 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTTGGT-AAAACAGAT
* * ** ** * * * *
8239 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTAATAAGAAAAGTCCAT
63 TATAATTGAATATCCACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACTA-TCATTGACAAGAAAAGTTCAT
* * * * * *
8303 TTCTAGTCATCCA-AGCGTTCAAAATCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
127 TTCTAGCCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTAATTAC-TGGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* ** * * * * * * *
8366 TTGATTTTAAGTTGAATGCTTT-TATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCT-
190 TTGATTTTAGGTCAAAT-TTTTCTACATTTTTGATTAAAACATATAAGAATTGAATGTCTACCTC
* * ** * * *
8429 TGGAAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT-GACAAGAAA-AGTCCGTTTAT-GGCTACCGAAGCC
254 AGG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAG-CAAGAAATA-TCCATTTATAGTCAACC-AAGCC
* * * * * ** * * *
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315 ATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * * * * ** * **
8555 TTTTTATATTTTTGGT-AAAACAAATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAG
379 CTTTTACATTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAG
* * * ** * * * * * **
8619 CCATTCATTAGA-GAGAAAAATCTGTTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGT
444 CTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTC-AAAACCATACTTACTCAC
* * * * * * * * * *
8682 TTTAAATTGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTCGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAA
507 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAAT-ATTTTAGGATAAATTCTTTTATATTTTTTGTGAAAA
* * * ** * * * * *
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571 CAAACTATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAG
* * * * *
8810 TCCATTTATAGTTACCCATACC-TTCGAAAGCCTAATTACTTGCTCTA
635 TCCATTTATAGTCACTCATACCATT-AAAAGCCTAATTACATGCTTTA
* * * *
8857 AATGGTTTTATTATCT-ATTAATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAG
1 AATGGTTTTATAATCTCA-TAATTAATTTTAAGTTGAA--T-TTTTACATTTTTGG-TAAAACAG
* * *
8921 ATTAAAATTGAATGTCAACCTC
61 ATTATAATTGAATATCCACCTC
8943 GAAAAACATG
Statistics
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ATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAATATCCATTTATAGTCAACCAAGCCATCGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
TAGTGAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACACAAAGAAAAAGCTATTCATTGAC
AAGAAAAGTCCATTTATAGGTGCCCATGCCTTCAAAACCATACTTACTCACTTTAAATGGTTTTA
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* * * * *** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
1964 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAGTTGAATATCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
258 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAG-AAAAGCCAT
*
2029 TCATTGGCAAGAAAAGTCTA
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********** * ** * *
2049 TTTANNNNNNNNNNTGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAAT
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* * * * * * *
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* * *
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131 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * *
2243 AATCATAATTATTCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTA
195 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
** * * * * * *
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*
2373 TTGGCAAGCAAAGTCCA
325 TTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
2390 TTTAGAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACACAATTTAAATGTTTTTATAATCTGAT-AT
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * **
2454 TTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGCTAGAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCA
66 TGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *** *
2518 AGAAACGTGAAG-AATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAATCTTTAA
130 AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * *
2582 AAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTA
195 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * **
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260 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAAG-AAAAGCCATT
* *
2711 CCTTGGCAAGAAAAGTCTA
323 CATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
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1 TTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * **
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* * * * * **
2859 AGAAACATGAAGAAAAAGGCT-GTCATTGGCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACTCATTCCTTTG
130 AGAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
2923 AAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTGATGTTAAATTTTTTT
194 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* ** ** * ** * *
2988 A-GTTTTTGGTTAAAATTGCCTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAAACCTGAGGAAAAAGCCATT
259 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAG-AAAAGCCATT
* * * *
3052 TATTGACAATAAAAGTCCG
323 CATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * ** *
3071 TTTATAATTACCCATACCTTT-AAAGCCTAATTGCTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
3135 TGATTTTAGGTT-AACTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGTCT-GCTT
66 TGAATTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * *
3197 CAGGAAACATAAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGGT-ACCCATGCCT
129 GA-GAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCT
* * * * * * * *
3260 TCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAA-CGATTTTCTAATCTCATAATTGATTGTGGGCTGAATTT
191 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
* * **
3324 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAATACAAAAAGAAAAAG
255 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAA-ACATGAAG-AAAAG
* * *
3388 CCATTTCGTTGGCAACAAAAATCCA
318 CCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * **
3413 TTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
1 TTTATAGTCACCCATA-CCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
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64 ATTGA-ATTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
*
3540 TT-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTC
127 TTGAGAAACA--TGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
** * * * * * *
3601 CTTTGAAAGCCATATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-ATTATTAAGCTAAAT
189 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAGGTTGAAT
* *
3665 TTTGTTACATTTTAT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGGAA
253 TTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAA-GAA
* *** *
3728 AAGCCATTCGTTGATGACAAAAGTCCA
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* * * * *
3755 TTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATGATAA
1 TTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * * *
3819 TTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGTTTAAAAAATATGATAATTGAATGTCTGCCTT
65 TTGAATTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
3884 -AGAAAAAATGAAAAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGTCTT
129 GAG-AAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *
3947 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTT
192 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * * ** ** *
4012 TTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAATAAATAT-TTGCTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCA
257 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAG-AAAAGCCA
* * *
4075 TTCATTAGCAAAAAAAGGCCA
321 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
4096 TTTCTAGTCACCTA-AGCCTTCGAAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
4160 -TGAATTTTAGGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
65 TTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-
* ** * * * * *
4223 TG-GGAACGGGAAGAACAAGGTATTCACTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
128 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
4287 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
193 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
* * * * * * **
4352 TACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAGG-AAACGTGAAAAATAAG-GT
258 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAACATGAAGAA-AAGCCA
4415 TATCATTGGC------AGTCCA
321 T-TCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
4431 TTTATAGTCAGCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATACT
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
4496 AGATTTTAAAG-TGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACCGATTATAATTGAATGTCTA-CTCG
66 TGAATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * * * *
4559 AGAAGCATGAAGAAAAAG-TCATTCATTATCAAGAAAAGTCCATTTCTAATCACCTAAGCCTTCG
130 AGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
4623 TAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTTATAATTGATTTT-GAGTTGAATTTTT
194 AAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAATTTTT
* * * * *
4686 TTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTT-GAGAAACATGAGGAAAAGCCA
257 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAGCCA
4750 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
321 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * ** *
4771 TTTAT-GGCTACCTAAACCTTCGAAAGCCTTTTTATTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTC-ACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
4835 TTGATTTTGAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAG
65 TTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
4900 AG-AA-ATGCAAAGAAAAAGATATTCATTTG-ATGAAATAGTTCATTTAT--T-GCTC--G-CTT
130 AGAAACATG--AAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * ** * * * * **
4956 -AGAATG--GTATTA-T-AATCTGATAATTGATTTTA-AGT-T-A-AATT-TTTTTACATT--A-
192 CA-AAAGCCTTATTACTCGCT-TTA-AATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
** ** * * * ** ** *****
5008 TTGGTTA-A-AATAGATT---ATA-ATTA-AA-TGTCTACCT--CTT-GAAACGTGAAAGAAAAT
253 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAA-
5062 G-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
317 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * * *
5086 TTTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGTCTAATTACTTGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAAC
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
5151 TGATTTTAGGTTGAATTTTTCTAC-TTTTTGGTTAAAAGATATTGA-AATTGAATGTCAACCTCA
66 TGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
5214 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAA
130 AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * ** *
5279 AAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCGTAATTGGTTTTAAATTGAATTGTTTTA
195 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
** * * * * *
5344 CATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTGAGTGTCCACCTTAGAAAACATGAAGAAACAGGCATTC
260 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAA-AGCCATTC
* *
5409 ATTGGTAAG-AAAGTCTA
324 ATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * ** ** *
5426 TTTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGTTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
5491 T-AATTTTAAGTTGAATTTCTTTACA-GTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTT-
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* ** * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * *
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*
5744 ATCATTGGCAAAAAAAAGTCCA
322 -TCATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* * * * *
5766 TTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAGTGATTTTATAATCTCATAAT
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* * *
5831 TAAATATCT-AGTTGAATTTTTTTA-ACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCT
66 TGAAT-T-TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * *
5894 TG-GAAAATATAAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGACTT
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * **
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* * * * * * * * *
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* *
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* * *
6414 TCATTGACTAGAAAAGTCAA
322 TCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
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* * * * * * *
6497 ATTCATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-GCTT
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*** ** ** * * *
6561 CGAGAAACGCAAAGAAAAAAATATTCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
129 -GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * **
6626 GAAAA-CCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGAAGAATTTTT
193 -AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * *
6690 TTACATTTTTGGTTAAAACTGA-T-T-A-T-AATGTCTACCTTAGG-AAATATAAAGAAAAAGCA
257 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAG-AAAAGCC
6749 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
320 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *** * * * * *
6771 TTCT-TAGTTAGTTATGCCTTTAAAAGCCTAACTT-CACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 TT-TATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
6834 ATTG-ATTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAAGTGAATGTCCA-CTT
64 ATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * * * * * *
6897 GAGGAAACGA-GTAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAAAAAGTTCATGTATAATTACCTATACTTT
129 GA-GAAAC-ATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * * * * *
6961 CGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTTACAATTGATTTTAGGTTAAATTTTT
192 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
* * * * * * *
7026 TT-TATTTTTGGTTAAAAAAGATTA-AATTAAATGTCTACC-T-CAAGAATCTTAAACAAAAAGC
257 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAA-AA-CATGAA-GAAAAGC
*
7087 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
319 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** ** ** * * *
7110 TTTCTAGTCACTTA-AGCCTTCAAAAGTGTTATTACGCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
7174 TT-AATTTTAAGTAGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAGA-ATATTATAATTGAATGTCTACCT
65 TTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
7237 TGA-AAA-ATGCAAAGAAAAAGGC-ATTCATTGG-ATGAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGC
128 TGAGAAACATG--AAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
** * * * * ** * * *
7298 CTTTGAAAGCCTTGTTATTCACTTTGAACGGTGTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTT-AATT
189 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-T
* * * *
7362 TTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATCGAATGTCTACCTTTTG-AAACATGAAGAATA
253 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TTGGAAAACATGAAGAA-A
* *
7426 ATG-TATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
316 A-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * **
7452 TTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGACTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * * *
7517 TGATTTTAAGTTGAATTTTCTTGTATTTTTTGTTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTACTTTGA
66 TGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * * * **
7582 -AAAGC-TAAAAAAAAAG-TATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACATTTGA
131 GAAA-CATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * ** * *
7644 AAGTCTTATTACACGGTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGACATTAAGTT-AAATTTTTTA
195 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
* ** * * *
7708 CATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAGAAATGTGAAAAAAAACTATTC
260 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAGCCATTC
* **
7770 ATTGGCTAA-AAAAATTAA
324 ATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* * * * * *
7788 TTTATAGTTATCCATACCTTTGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAAT
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
7853 TGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACATG-TTATAATTGAATATCTGCCTTG
66 TGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * **
7917 AGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAATTGCCCATGCCTTCA
130 AGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * ** * * *
7981 AAATCCTAATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAAACTCATAATTGATTCTAGGTTGAATTGTTTT
194 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * *
8046 ACATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCCATT
259 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAG-AAAAGCCATT
*
8111 CATTGGCAAGAAATGTCCA
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* * * * * * * * *
8130 CTTAAAGTTACCTAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACACCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACC-CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
8195 TTG-ATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT
65 TTGAATTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
** * *** * * * *
8259 GAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCATCCAAGCGTTCA
129 GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * **
8324 AAATCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTT
194 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
* ** * * * *
8388 TATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAGCCATT
258 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAGCCATT
* *
8453 CATTGACAAGAAAAGTCCG
323 CATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
8472 TTTAT-GGCTACCGA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTAGAATTTCATC
1 TTTATAGTC-ACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
8535 ATT-AATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTGG-TAAAACAAATTATAATTCAATGTCTACC
64 ATTGAA-TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * ** * *
8598 TTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-AGAGAAAAATCTGTTTATAGTTACCTATGCCT
127 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
8662 TCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCGGTTGAATTTT
191 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT
* * *
8727 TTTACATTTTTGGTTACAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGGGAAACAAGAAGAAAAAGC
256 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAG-AAAAGC
* * *
8791 AAATCATTGGTAAGAAAAGTCCA
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* * * * * *
8814 TTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATTATCT-ATTAA
1 TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAA
* * * * * *
8878 TTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTC
65 TTGAATTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * *
8943 GAAAAACATGATGAGAAAG-TCATTCATTAGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCA
129 GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
8996 TAATTGATTT
Statistics
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ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCCA
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3202 AACATAAAGA
*
3212 AAAAGTCATTCATTGGTAAG
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*
3232 AAAAGTCCATTTATAGGTA
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3251 CCCATGCCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAGTCATTCATAGGTAAG
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1698 NNNNNNNNNN
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1708 TTTACAGTCACCCGTACCATTGAAAGCCTTGTTA-TGTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
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* * * *
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* ***
1837 GAAATA-TGATGAAAAAGG-T-TGTCATTTATAAGAAAAGTCCA
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* * * * ** *
1878 TTTCTAGTCACCCATTCCTTGGAAAGCCTTATTGCT-TGCTTTAAATACTTTTATAATCCCATAA
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* * * * * * * *
1942 TTGATTTTACGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAGTTGAATATCTACCTTG
65 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* *
2007 GAAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
129 GAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
********** ** * * *
2049 TTTANNNNNNNNNNTGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * *
2114 TGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATTTCTACCTTGG
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* *
2179 GAAACATGAAGAAAAA-ACTATTCATTGGCAA-AAGAAGTCCA
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* * ** * * * * * *
2220 TTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAATCATAATTATTCGT-TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * * * * * *
2284 TTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTATGTTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTTG
65 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
*
2349 GAAAACTTGAAG-AAAAGGC-ATTCATTGGCAAGCAAAGTCCA
129 GAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * *
2390 TTTAGAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACACAATTTAAATGTTTTTATAATCTGATATT
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* * * * * * *
2455 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGCTAGAATAGATTATAATTGAATATTTGCCTCA-A
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* *
2519 GAAACGTGAAG-AATA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
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* * *** * * *
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* * * * *
2623 TTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TC
65 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* ** * *
2687 GAGAAACATAAAGAAAAATAC-ATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTA
129 GA-AAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
2730 TTTATAGTCACCTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAAATGATTTTAGAATCTCATAA
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* * * * * * *
2794 TTGATTTTAAATTAAATGTTTTTACATTTTTGGTGAAAAAAAATTATAATTAAATGTCTGCCTCA
65 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* *
2859 -AGAAACATGAAGAAAAAGGCT-GTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
129 GA-AAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
2901 TCTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCCCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * ** ** * * *
2966 TGATTTGATGTTAAATTTTTTTA-GTTTTTGGTTAAAATTGCCTATAATTGAATGTTTGTCTTGG
66 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * * * *
3030 AAAACCTGAGGAAAAA-GCCATTTATTGACAATAAAAGTCCG
130 AAAA-CTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
3071 TTTATAATTACCCATACCTTT-AAAGCCTAATTGCTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
3135 TGATTTTAGGTT-AACTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACTA-ATTATAATTGAATGTCTG-CTT
66 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * *
3197 CAGGAAACATAAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
128 -AGAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** * * * * * * *
3241 TTTATAGGT-ACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAACGATTTTCTAATCTCATAA
1 TTTATA-GTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * *
3305 TTGATTGTGGGCTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-
65 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
** * * * *
3369 GAAATACAAAAAGAAAAA-GCCATTTCGTTGGCAACAAAAATCCA
129 GAAA-AC-TGAAGAAAAAGGCTA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * **
3413 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAAGCTTTATTACT-TGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
3477 ATT-AGTTTTAAGTT-AAGTTTTTTTACATTTTTGGTGAAACCAGATTATAATTAAATGTTTATC
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*
3540 TTAGAAAATGTGAAGAAAAAGGCTA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCA
126 TTAGAAAA-CTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
3585 TTTATAGTCA-CCATTCCTTTGAAAGCCATATTACTCTCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
3649 T-ATTATTAAGCTAAATTTTGTTACATTTTAT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT
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* * * *** *
3712 -GAGAAACATGAAGGAAAA-GCCATTCGTTGATGACAAAAGTCCA
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* * * * * *
3755 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATGATAAT
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* ** * * * *
3820 TGATTTTATGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGTTTAAAAAATATGATAATTGAATGTCTGCCTTA
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* *
3885 GAAAAAATGAAAAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
129 G-AAAACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * * *
3927 TTTATAGGCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
3992 TGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAATAAATATTTG-CTAAG
66 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * * *
4056 -AAACATAAAGAAAAA-GCCATTCATTAGCAAAAAAAGGCCA
130 AAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
4096 TTTCTAGTCACCTAAGCCTTCGAAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-
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* * *
4160 TGAATTTTAGGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCT-
66 TG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TA
** * * * * *
4224 GGGAACGGGAAGAACAAGG-TATTCACTGACAACAAAAGTCCA
129 GAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
4266 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
4331 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAG
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* *
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* * * *
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1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4495 TAGATTTTAAAG-TGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACCGATTATAATTGAATGTCT-AC-T
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
4665 TTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTT-
65 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* *
4729 GAGAAACATG-AGGAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
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* * ** * * * *
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* * * * *
4834 ATTGATTTTGAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGCC-T
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* * * *
4898 AGAGAAA-TGCAAAGAAAAA-GATATTCATTTG-ATGAAATAGTTCA
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* * * * * * * * * *
4942 TTTAT--T-GCTC--G-CTTAGAATG--GTATTA-TAATCTGATAATTGATTTTA-AGT-T-A-A
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* ** ** * * * ** **
4994 ATT-TTTTTACA-TT--ATTGGTTA-A-AATAGATT---ATA-ATTA-AA-TGTCTACCT--CTT
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** *
5045 -GAAACGTGAAAG-AAAATGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
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* * * * * * *
5086 TTTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGTCTAATTACT-TGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * ** *
5150 CTGATTTTAGGTTGAATTTTTCTAC-TTTTTGGTTAAAAGATATTGA-AATTGAATGTCAACCTC
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTGCCTT
*
5213 A-AGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
128 AGA-AAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * * *
5256 TTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCGTAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * **
5320 TTGGTTTTAAATTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTGAGTGTCCACCTTA
65 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * *
5385 GAAAACATGAAGAAACAGGC-ATTCATTGGTAAG-AAAGTCTA
129 GAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** *
5426 TTTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGTTTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * **
5490 TTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACA-GTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTA
65 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * **
5554 GAAAATGTGAAG-AAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTA
129 GAAAA-CTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * *
5595 TTTATGGTCACTCAAGCCTTTGAAAGGTTTTTTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATATCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * **
5660 TGATCTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGG
66 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * *
5725 GAAACATGAAG-TAAAGGCTA-TCATTGGCAAAAAAAAGTCCA
130 AAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
5766 TTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAGTGATTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
5831 TAAATATCT-AGTTGAATTTTTTTA-ACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCT
66 T-GAT-TTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * *
5894 TGGAAAATATAAAGAAAAA-GTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
127 TAGAAAA-CTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
5938 TTTATAGTTAACCATGACTTTAAAAGCCTAATTACTCAT-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
6002 TTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCTTTA
65 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * * * *
6067 GGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATCGACAAAAAAAGTCCA
129 GAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * ** * * * * **
6109 TTTATAGTTACCCATACCTTCCAAATCATAATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
6174 TGATTTTAGGTTGAATTTTTCTGCATTTTTAGTGAAAATAGATTATAATTG-ATGTTTACC-TCG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * *
6237 AGAAACGTGAAGAAAAAGAC-ATTCTTTGACAAGAAAAGTCTA
130 A-AAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
6279 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
6343 TTAATTTTAAGGTGAATGTTTTAC---------T-----AGATTATAATTGAATATCTGCCTCAA
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TA
* * * *
6394 GAAATA-TGAAG-AAAA-GCCATTCATTGACTAGAAAAGTCAA
129 GAAA-ACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * *
6434 TTTCA-AGTCACTCAAGCATTCGAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCAGAA
1 TTT-ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
6498 TTCATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTG-CTTC
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
** ** * *
6562 GAGAAAC-GCAAAGAAAAA-AATATTCATTGATAAAAAAAGTCTA
129 GA-AAACTG--AAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
6605 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * *
6670 TGATTTTAGGAAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGA-T-T-A-T-AATGTCTACCTTAG
66 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-
* *
6730 GAAATA-TAAAGAAAAA-GCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
129 GAAA-ACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *** * * * *
6771 TTCT-TAGTTAGTTATGCCTTTAAAAGCCTAACTT-CACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 TT-TATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
6834 ATTGA-TTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAAGTGAATGTC--CACT
64 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CT
* * * * *
6896 TGAGGAAAC-GAGTAGAAAAA-GCCATTCATTAGCAAAAAAAGTTCA
127 T-AGAAAACTGA--AGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * * *
6941 TGTATAATTACCTAT-ACTTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTTACAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * *
7005 TTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATTA-AATTAAATGTCTACCTCA-
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * * *
7068 AGAATCTTAA-ACAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
130 A-AAACTGAAGA-AAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * ** ** * * * *
7110 TTTCTAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGTGTTATTACGCGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
7175 TAATTTTAAGTAGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAGA-ATATTATAATTGAATGTCTACCTT-
66 TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * *
7238 GAAAAATGCAAAGAAAAAGGC-ATTCATTGG-ATGAAAAAGTCTA
129 GAAAACTG--AAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCA
* * * * * * * *
7281 TTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTATTCACTTTGAACGGTGTTATAATCTCATCAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
7346 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATCGAATGTCTACCTTT
66 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TT
* * * *
7410 TG-AAACATGAAGAATAATG-TATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
128 AGAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * **
7452 TTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGACTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * * * *
7517 TGATTTTAAGTTGAATTTTCTTGTATTTTTTGTTAAAAGATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * * * *
7581 AAAAGCT-AAAAAAAAAG-TATTTATTAGTAAGAAAAGTCCA
130 AAAA-CTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * ** * *
7621 TTTATAGTCACCCATACATTTGAAAGTCTTATTACACGGTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * * *
7686 TGACATTAAGTTAAATTTTTTACATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAG
66 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AG
** * * **
7749 AAATGTGAA-AAAAA-ACTATTCATTGGCTAA-AAAAATTAA
130 AAAACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* * * * * *
7788 TTTATAGTTATCCATACCTTTGAAAGCCTAATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCACAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
7852 TTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAACATG-TTATAATTGAATATCTGCCTT
65 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* *
7916 -GAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCCAGAAAAGTCCA
128 AGA-AAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** ** * * * * *
7959 TTTATAATTGCCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAAACTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
8024 TGATTCTAGGTTGAATTGTTTTACATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGG
66 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-A
* *
8089 GAAATA-TGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCA
129 GAAA-ACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
8130 CTTAAAGTTACCTAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACACCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACC-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
8195 TTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTGAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTG
65 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-
** * ***
8260 AGAAATGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTAATAAGAAAAGTCCA
128 AGAAAACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * ** * *
8302 TTTCTAGTCATCCAAGCGTTCAAAATCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * * *
8366 TTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTATATTTTTAATTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCTTG
65 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * *
8431 GAAAACGTGAAG-AAAA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCG
129 GAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
8472 TTTAT-GGCTACCGAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGCTTTAGAATTTCATC
1 TTTATAGTC-ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
8535 ATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTGG-TAAAACAAATTATAATTCAATGTCTACCT
64 ATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * **
8599 TGAGAAATA-TGAAGAAAAA-GCCATTCATTAG-AGAGAAAAATCTG
127 T-AGAAA-ACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCA
* * * *
8643 TTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * *
8707 TTGATTTTCGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTA
65 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * * * *
8771 GGGAAACAAGAAGAAAAA-GCAAATCATTGGTAAGAAAAGTCCA
129 -GAAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
8814 TTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTAATTACT-TGCTCTAAATGGTTTTATTATCT-ATTA
1 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TA
* * * **
8877 ATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACC-
64 ATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * *
8941 TCGAAAAACATGATGAGAAAGTC-ATTCATTAGCAAGAAGAGTCCA
127 TAG-AAAAC-TGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
8986 TTTATAGTCA
1 TTTATAGTCA
8996 TAATTGATTT
Statistics
Matches: 5686, Mismatches: 1129, Indels: 604
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA
AAACTGAAGAAAAAGGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
Found at i:5088 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 4821--5090 Score: 339
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
4811 TTAAATGATT
* *
4821 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAAATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTATTGGCTAAAAAAAATTATAATT
* * * * * *
4886 GAATGTCTGCCTAGAGAAATGCAAAGAAAAAGATATTCATTTGATGAAATAGTTCATTTATTGCT
66 AAATGTCTACCTAGAGAAATGCAAAGAAAAAGACATTCATTGGAAGAAATAGTCCATTTATTGCT
4951 CGCTTAGAATGGTA
131 CGCTTAGAATGGTA
* * * * *
4965 TTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTATTGGCTAAAAAAAATTATAATT
*** *
5030 AAATGTCTACCTCTTGAAACGTG-AAAGAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTAT
66 AAATGTCTACCTAGAGAAA--TGCAAAGAAAAAGACATTCATTGG-AAGAAATAGTCCATTTAT
5091 AATTACCCAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 17, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
144 90 0.85
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ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (144 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTATTGGCTAAAAAAAATTATAATT
AAATGTCTACCTAGAGAAATGCAAAGAAAAAGACATTCATTGGAAGAAATAGTCCATTTATTGCT
CGCTTAGAATGGTA
Found at i:6082 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4943--6364 Score: 1167
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
4933 AATAGTTCAT
* * * * *
4943 TTATTGCTCGC-TTAGAATGGTATTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTA-AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * * *
5007 ATTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCT-TGAAACGTGAAAGAAAATG-CATTCAT
64 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
5070 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGTC
127 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * *
5114 TAATTACTTGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTCTAC-TTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * ** * *
5178 TTGGTTAAAAGATATTGA-AATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
65 TTTGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
5242 GCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * ** * *
5284 TTATTACTTGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCGTAATTGGTTTTAAATTGAATTGTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * ** * * *
5349 TTTATTAAAAGAGATTATAATTGAGTGTCCACCTTAGAAAACATGAAGAAACAGGCATTCATTGG
65 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * **
5414 TAAG-AAAGTCTATTTATAG-TCACCTATGTCTTCGAAAGTT
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACC-ATGCCTTCGAAAGCC
** * * *
5454 TTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATT-AATTTTAAGTTGAATTTCTTTACA-G
1 TTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * **
5517 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAATGTGAAG-AAAAGCCATTCATTG
64 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * * * **
5581 GCAAGAAAAGTTTATTTAT-GGTCACTCAAGCCTTTGAAAGGT
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAAC-CATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
5623 TTTTTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTG-ATCTTAAGTTGAAGTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGAAT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * ** * * *
5687 TTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGTAAAGGCTA-TCATTG
64 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
5751 GCAAAAAAAAGTCCATTTATAG-TCACCTATACCTTTGAAAGTC
129 GC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACC-ATGCCTTCGAAAGCC
* * *
5794 TTATTACTCGCTCTAAGTGATTTTATAATCTCATAATTAAATATCT-AGTTGAATTTTTTTA-AC
1 TTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGAAT-T-TAAGTTGAATTTTTTTACA-
** * * **
5857 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTT-GGAAAATATAAAGAAAAAGTTATTCA
62 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * **
5921 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGACTTTAAAAGCC
126 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGCCTTCGAAAGCC
* ** * * *
5966 TAATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
6031 TTTGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATCGA
65 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * *
6096 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCCAAATCA
130 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * *
6137 TAATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTCTGCATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
6202 TTAGTGAAAATAGATTATAATTG-ATGTTTACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCTTTG
65 TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
6265 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGCCTTCGAAAGCC
* *
6307 TTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGGTGAATGTTTT
1 TTATTAC-TCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTT
6365 ACTAGATTAT
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 198, Indels: 69
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.02
169 131 0.13
170 367 0.36
171 355 0.35
172 133 0.13
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTTAACCATGCCTTCGAAAGCC
Found at i:6494 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 6212--6514 Score: 362
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
6202 TTAGTGAAAA
* * * * *
6212 TAGATTATAATTGATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCTTTGACAAGAAAAGTC
1 TAGATTATAATTGATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
6277 TATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
66 AATTTATAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAATTACATGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCAGA
6342 ATTAATTTTAAGG-TGAATGTTTTAC
131 ATTAATTTT-AGGTTGAATGTTTTAC
* * * *
6367 TAGATTATAATTGAATATCTGCCTCAAGAAATATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGT
1 TAGATTATAATTG-ATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT
* * *
6431 CAATTTCA-AGTCACTCAAGCATTCGAAAGCGTAATTAC-TCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTC
65 CAATTT-ATAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAATTACAT-GCTTTAAATAGTTCTATAATCTC
*
6494 AGAATTCATTTTAGGTTGAAT
128 AGAATTAATTTTAGGTTGAAT
6515 TTTCTTACAT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
154 4 0.03
155 101 0.81
156 19 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (155 bp):
TAGATTATAATTGATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTC
AATTTATAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAATTACATGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCAGA
ATTAATTTTAGGTTGAATGTTTTAC
Found at i:9244 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
9023 ACATTTTTTG
* * * *
9033 TAGATAATAATCGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCTAGAAAAAT
1 TAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCTAGAAAAAT
* * * * * * *
9098 CTATTTATAGTTAGCCATGCCTTCGAAAGTCTAATTACTCGTTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCA
65 CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTAATTACACGGTTTAAATTA-TTTTATAATCTCA
* *
9162 TAATTGAT-TTTAGATTAAATT-TTTTTACATTTTT-GTTTAAAA
129 AAATTGATATTAAG-TTAAATTCTTTTT-CATTTTTAG-TTAAAA
* * **
9204 TAGATTATAATCGAATGTTTACCTCGAGACACAAGAAGAAAAAGCCATTCATAACTA-ATAAAAG
1 TAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAGA-AAAA-
* * *
9268 TCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACACGGTTTAAATTATTTTATAATCTCA
64 TCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTAATTACACGGTTTAAATTATTTTATAATCTCA
9333 AAATTGATATTAAGTTAAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
129 AAATTGATATTAAGTTAAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
* ** * *
9375 CAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACACA-AAGAAAAAGGCATTCATTGC-ATGAAAAA
1 TAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACA-AGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTA-G-AAAA
9438 ATCTATTTATA
63 ATCTATTTATA
9449 ACCAACCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 8 0.04
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAGATTATAATCGAATGTTTACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGCTAGAAAAATC
TATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTAATTACACGGTTTAAATTATTTTATAATCTCAAA
ATTGATATTAAGTTAAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
Found at i:9886 original size:438 final size:439
Alignment explanation
Indices: 9052--9927 Score: 1063
Period size: 438 Copynumber: 2.0 Consensus size: 439
9042 ATCGAATGTC
* * *
9052 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCTAGAAAAATCTATTTATAGTTAGCCATG
1 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAATCCATTTATAGCTAGCCATG
* * ** * *
9117 CCTTCGAAAGTCTAATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAAT
66 CCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AACTGATTTAAGATTAAAT
* * * * * * * *
9182 TTTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGATTATAATCGAATGTTTACCTCGAGACACAAGAAGAAAAA
130 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATCGAATATCTACATCGAGAAACAACAAGAAAAA
* **
9247 GCCATTCATAACTAATAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACACGGT
195 GCCATTCATAACTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACACACT
*
9312 TTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA
260 TTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA
* *
9377 GATTATAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACACAAAGAAAAAGGCATTCATTGCATGAAAAAATCT
325 GATTATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACACAAAGAAAAAGGCATTCATTGCATGAAAAAATCC
* * *
9442 ATTTATAACCAACCATTCCTTTGGAAGCCTTATTACTCATTTTGAATATT
390 ATTTATAACCAACCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATATT
* *
9492 TACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-TCAGAAAAGTCCATTTATAGCTA-CGT
1 TACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCT-AGAAAAATCCATTTATAGCTAGC-C
* * *
9554 ATGCCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAGTAGTTTTGTAATGTC-AACTGATTTCAAG-TT-
63 ATGCCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAACTGATTT-AAGATTA
* * * * * * *
9616 AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATTGAATATCTGCATTGGGAAACATCAATAA
127 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATCGAATATCTACATCGAGAAACAACAAGAA
* * * * *
9681 AAAGCCTTTCGTTGA-TGAGA-AAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCCTT-TT
192 AAAGCCATTC-ATAACT-A-ATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAG-CCTTATT
* * * * * * *
9743 ACTCACTTTAGATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTATATTTTTGG
253 ACACACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATTCTTTTT-CATTTTTAG
* * * * *
9807 TTAAAACAGATTGTAATTGAAT-TTCTGCATTGAGAAACGCAAAGAAAAAGGCATTTATTGGATG
317 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTT-TGCATTGAGAAACACAAAGAAAAAGGCATTCATTGCATG
* *
9871 AAAAAGTCCATTTATAACCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATA
381 AAAAAATCCATTTATAACCAACCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATA
9928 GTGTTATAGT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 57, Indels: 22
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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440 90 0.24
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (439 bp):
TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAATCCATTTATAGCTAGCCATG
CCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAACTGATTTAAGATTAAATT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAGAATCGAATATCTACATCGAGAAACAACAAGAAAAAG
CCATTCATAACTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACACACTT
TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATATTAAGTTAAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAG
ATTATAATTAAATGTTTGCATTGAGAAACACAAAGAAAAAGGCATTCATTGCATGAAAAAATCCA
TTTATAACCAACCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATATT
Found at i:10151 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9508--10228 Score: 780
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 339
9498 AGAAAACATG
* * ** *
9508 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTCAGAAAAGTCCATTTATAGCTACGTATGCCATCGAAAGCCTAAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTCAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATACCATCGAAAGCCTAAT
* * *
9573 TACTCACTTTAAGTAGTTTTGTAATGTCAACTGATTTCAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
66 TACTCACTTTAAGTAGTGTTATAATGTCAACTGATTTCAAGTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
* * *
9638 AAACAGATTAGAATTGAATATCTGCATTGGGAAACATCAATAAAAAGCCTTTCGTTGATGAGAAA
131 AAACAGATTAGAATTGAATATCTACATTGGGAAACATCAAGAAAAAGCCTTTCATTGA-GAGAAA
* * * * * *
9703 AAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCCTTTTACTCACTTTAGATGATTTTATAATC
195 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATA
* ** * *
9768 TCATAATTGATTTTAAGTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATTTCT
260 TCATAATTCATTTTAAGTAAATGGTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATTTCT
9833 GCATTGAGAAACGCA
325 GCATTGAGAAACGCA
* * * * * *
9848 AAGAAAAAGGCATTTATTGGATGA-AAAAGTCCATTTATAACCACCCATACCTTTGAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGG-TCAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATACCATCGAAAGCCTAA
* * *
9912 TTACTCACTTTGAA-TAGTGTTATAGTGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
65 TTACTCACTTT-AAGTAGTGTTATAATGTC--AACTGATTTCAAGTT-AATTTTTTTATA-TTTT
* * * * *
9976 TAGTTAAAACAGATTA-AACTTGAATGTCTACCTCT-TGAAACATGAAGAAAAAG-GTATTCATT
125 TAGTTAAAACAGATTAGAA-TTGAATATCTACAT-TGGGAAACATCAAGAAAAAGCCT-TTCATT
* * * *
10038 G-GCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTTCACAG-CCTAATTACTCACTTTAAATGG
187 GAG-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCCT-ATTACTCACTTTAAATGA
* * *
10100 CTTTATAGTATCATAATTCATTTTAGGTTCAA-GGTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGTA
250 CTTTATAATATCATAATTCATTTTAAG-TAAATGGTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGTA
*** * ***
10164 ATTGAATATTAACCA-TGGGAAACATG
314 ATTGAAT-TTCTGCATTGAGAAACGCA
10190 AAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTC-AGAAAAGTCCATTTATA
10229 GTTACCCATG
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 53, Indels: 28
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 73 0.23
341 8 0.03
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343 23 0.07
344 51 0.16
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGGTCAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATACCATCGAAAGCCTAAT
TACTCACTTTAAGTAGTGTTATAATGTCAACTGATTTCAAGTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTA
AAACAGATTAGAATTGAATATCTACATTGGGAAACATCAAGAAAAAGCCTTTCATTGAGAGAAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATAT
CATAATTCATTTTAAGTAAATGGTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATTTCTG
CATTGAGAAACGCA
Found at i:10230 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9483--10258 Score: 679
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
9473 ATTACTCATT
* * *
9483 TTGAATATTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTC-AGAAAAGTCCATTTATA
1 TTGAATA-TTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * *
9547 G-CTACGTATGCC-ATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAGTAGTTTTGTAATGTC--AACTGAT
64 GTC-ACCCATGCCTTTC-AAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGAT
*
9608 TTCAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAG-AA
127 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATT-GTAA
* * * * * *** *
9651 TTGAATATCT-GCATTGGGAAACATCAATAAAAAGCCTTTCGTTGATGAGAAAAAGTTCATTTAT
1 TTGAATAT-TACCA-TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * * * *
9715 AGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCCT-TTTACTCACTTTAGAT-GATTTTATAATCTCATAATTGA
63 AGTCACCCATGCCTTTCAAAG-CCTAATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATGTCATAATTGA
9778 TTTTAAG-TAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAA
126 TTTTAAGTTAAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAA
* *** * * *
9823 TTGAAT-TT-CTGCATTGAGAAACGCAAAGAAAAAGGCATTTATTGG-ATGAAAAAGTCCATTTA
1 TTGAATATTAC--CA-TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTA
** * * * * * *
9885 TAACCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATAGTGTTATAGTGTCATAATTGAT
62 TAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGAT
* *
9950 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACAGATT-AAA
127 TTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTGTAA
* ** **
9994 CTTGAATGTCTACC-TCTTGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTAT
1 -TTGAATAT-TACCAT-GGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
10057 AGTCATCCATGCCTTTCACAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAGTATCATAATTCATT
63 AGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATT
* * ** * *
10122 TTAGGTTCAAGGTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTGTAA
128 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAA
10165 TTGAATATTAACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATATT-ACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
10230 TTACCCATGGC-TTCAAAACCGTAATTACT
65 TCACCCATGCCTTTCAAAGCC-TAATTACT
10259 TGATTTAATG
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 88, Indels: 57
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 35 0.07
169 49 0.10
170 73 0.15
171 213 0.43
172 113 0.23
173 3 0.01
174 1 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTGAATATTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATGCCTTTCAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAA
Found at i:11280 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10987--11419 Score: 618
Period size: 172 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
10977 NNNNNNCTTT
* *
10987 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACTCTTTTTGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTCATAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGA
* *
11052 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCTAT
64 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTAT
*
11117 TTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGCTTG
129 TTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGCTTG
*
11158 AAATGGTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAATTGAATATTTTTACTTTTTTTTGTTAAAATAG
1 AAATGGTTTCATAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAC-TTTTTTTGTTAAAATAG
*
11223 ATTATAATTGAATGTTTACCTT-GTGAAATAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCT
63 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAATAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCT
* *
11287 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTG
127 ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGCTTG
* * ** *
11330 AAATGG-TTCTATAATCTTATAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACTTAATTTATTAAAATA
1 AAATGGTTTC-ATAATCTCATAAT-GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATA
* *
11394 GATTATAATTAAATGTCCACCTTAGG
62 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
11420 TTGATTATTT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 19, Indels: 15
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 47 0.20
172 178 0.76
173 8 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
AAATGGTTTCATAATCTCATAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATAAGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTT
ATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCGCTTG
Found at i:14025 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11419--34402 Score: 13932
Period size: 171 Copynumber: 134.1 Consensus size: 170
11409 TCCACCTTAG
* * * * * *
11419 GTTG-ATTATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCGGATGTCTACCTT-GAGAAATGT
1 GTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * * *
11482 GAAGAAAAATTCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTCA-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTA
64 GAAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
11546 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTT-A
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * ** * * *
11589 GATTGAATACTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGAGTGTAATCAAATGGT-TGCCTT-GAGTAATG
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTAG-GAAACG
* * * * * * * * *
11652 TGAAGAAGAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTGACCTATGTCTTTGAAAGCCTG
63 TGAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
11717 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
11761 GTTGAATTTATTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTGTACTTTAGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * ** * * * * *
11826 AGAAAAAGTCATTCATCGGTGATAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCAAAAGCCTAATT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
11891 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
11932 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCCATA--AAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACGTG
* ** * * *
11995 AAGAACAAGCCATTCATTCACAAGAAAAGTCTATTT-TAGGTTACCCATGCCTT-GAAAAGCCTA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTT
**
12058 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** ** * *
12102 GTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCGCCGCATGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * *
12166 ACAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTT-TAGGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAAT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
12230 TACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
12272 GTTG-ATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCATGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * ** * * *
12336 AGAAAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAA-TACCATTTATAGTTACCCATGCCTTAAAAAACGTAAT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
12400 TACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * ** * * * *
12442 GTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTACAATCAAATGTCTGCCTTCGAAAACGTAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * *
12507 AGAACAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAACCTTATT
66 AGAA-AAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
12572 AGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
12613 GTTTAATTTATTTACGTTTTTTGTTTAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCATAGAAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* *** * * *
12678 AGAAAAAGCCATTTATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCAAAAG-CTTAAT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-AT
* * *
12742 TACTCGTTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTT-A
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * ***
12783 GATTGAATTTGTTTACA-TTTTCATTAAAACATATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAAGAAACACA
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * * * **
12847 AATAAAAAGGCATTCATTGG-ATGAAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATGTCTTTGGAAGTGTTA
65 AAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
12911 TTACTCGCTTTAAATGGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
12954 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCCCTT--GAAAC-
1 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA--CCTTAGGAAACG
* * * ** * * *
13016 TGGAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAA-AAAAGTCTGTTTAGAGTCATCCATGCCTTTGACAA-CC
63 T-GAAG-AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCC
* * * * *
13079 TAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAG
125 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
13125 GTTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGATTGTCTACCTCT-GAAAACATA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTG
* * * ** * *** *
13189 AAGAAAAAGCTTTTCATCGGCTAGAAAAGTCCATTTATTCTTAATTATGCCTTCGAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAGC-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * * * *
13254 TACTCATTTTTAATAGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * ** * *
13296 GTTGAATTTTTTAACATTGTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAACATCTGCATTAGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
** * * * * *
13361 AGAAAAAGCCCTTCATTGATAAGAGAAGTCCATTTATGGCCACACAAGCCTTCGAAAG-CTTAAT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-AT
* **
13425 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
13467 GTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * **
13532 AGAAAAGGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATT
66 AGAAAA-AGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
13597 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAC
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** *
13638 GTTAAAGTTTTTTAC-TTTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
13702 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTAAAGTTACTCATGCCTTCGAAAG-CTCAA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TA
* * * * * * *
13766 TTACTCACTTTCAGTAGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * * *
13809 GTTGAGTTTTTCCACATTTATGGTTAAAATAAATTATAATTGAATTTCTACATTAGGAAATGTAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* *** * * *
13874 AGAAAAAGCCTCTCACTGATGAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTTT
66 AGAAAAAGCCT-TCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
13939 TGCTCGTTTTAAATAGTTTAATAACCTCATAATTAATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * * *
13981 GTTGAACGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGGTTACAATTGAATGTTTTCCTCCA-AAAACGTA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGTG
* * * * *
14045 AAGAAAAAGGCATTCATTGG-ATGAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCTCTT-AAAAGCCTT
65 AAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGCCTT
* * * *
14108 ATCACTCACTTTAAATGGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTTAA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
14152 GTTGAATTATTTTTACATTTTTTGGTTAAAATAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCT-TGAAACA
1 GTTGAATT-TTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACG
* * * * * * * * *
14216 TGAAGTAAAAAACATTCATTAGTAA-AAATGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTTGACAGCCTA
63 TGAAG-AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * *
14280 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * *
14324 GTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTGA-AATTGAATGTCTACC-CCGAAAAACA
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACG
* * * * * * *
14387 TGAAGAAAAAACTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTTACCCATGCATTCGAAAGCCTA
63 TGAAGAAAAAGC-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * *
14452 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
14496 GTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATATTTTCC-TCGAGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTG
* * * * * *
14560 AAGAAAAAGCCTTTCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** *
14625 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
14667 GTTGAATTTTCTTGTAC--TTTTGGTTAAAAGATATTAGAAGT-AATTGTTTAACTTGGGAAACA
1 GTTGAATTTT-TT-TACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGGAAACG
* * * *
14729 TGAA-AAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
63 TGAAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
*
14793 ATTACGTC-CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
127 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
14837 GTTGAATTTTTTTATA-TTTTT-TTAAAACAGATTATAATT-ATATGTCTACC-TAGAGAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * * * *
14898 GAAG-GAAAGCCATTCATTGGCGAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCCTGTCTTCGAAAG-CTTA
64 GAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-
* * ** *
14961 ATTA-TTGTTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
15004 GTTTG-GTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAATGTG
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * *
15068 AAGAAAAAACAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCTATGCCTTCAAAAG-CTTAA
65 AAGAAAAAGC-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-A
* ** * *
15132 TTAGTATCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
15175 GTTGAATGTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAATATATTATAAGTGAATATCTACCCTAGGAAACGT
1 GTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * * * * * *
15239 GAAGAAAAAGCCATTTAATGGCAAGAACAGTCCATTTATTGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTAA
64 GAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
15304 TTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *** * *
15347 GTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTGTATTGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* ** * * *
15412 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATATTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTTTT
66 AGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
15477 GCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
15518 GCTAAATTTTTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTTTACCTT-GGAAAAC
1 GTTGAA---TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAAC
* * * * * *
15582 ATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AGAAAAAGTCGATTTATTGTTACCCTTGCCTTCGAAAGCC
62 GTGAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
15646 TAATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAG
125 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * ** * * * *
15692 GTTAAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTGTAATTGAACATCTGCATTAGGAAAAGTTA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * * *
15757 GGAAAAAGACTTTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGCCATCTAAGCCTTCAAAAGCC-TAGT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA-T
* *
15821 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * **
15863 GTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-T-GGATAAATAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG--AAACGT
* * * * * *
15926 GAA-AAAAAGGTCATTCATT-G-ATGAGAAAGTCTACTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCT
64 GAAGAAAAA-G-CCTTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * *
15988 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAG
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
16033 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGT-TTCCCTAGGCAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGT
* ** * * * * *
16096 AAAGAAAAAGGGATTTATTGGTAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTA
64 GAAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
16161 TTACTCGTTTTAAATGGTTTTAAAATCAT-ATACTTGATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
16204 GTTAAATGTTTTTAC-TGTTTTTGTTAAAATCGATTATGATTGAATGTCTACCTCA-GAAACATA
1 GTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
16267 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTAAAGTAACTCATGCCTTTGAAAG-CTCAA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TA
* * * *
16331 TTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAATCTTATAATTGATTTAAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
16374 GTTG-ATTTTTTT-CACTTTTTTAGTTAAAACT-GATTATAATTGAATATCTGCATTGGGAAACA
1 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTT-GTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG
* * * * * * *
16436 TGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAATATCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTT
63 TGAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
16501 TTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * **
16546 GTTGAATTTTTTTTACATCTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAATGT-TTCCTCAAGAAACGCA
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
16610 AAGAAAAAGGCATTCATTGG-ATGAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTA
65 AAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
16674 TTACTCGCTTTAAATGGTGTTAGAATTTCATAATT-ATTTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
* * * *
16717 GTTTAATTTTTTTACTTTTTTTTGTTAAAACATATTA-ACATTGAATGTCTACATCTT--GAAAC
1 GTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAATAGATTATA-ATTGAATGTCTAC--CTTAGGAAAC
* * * * * * *
16779 ATGAAAAAAAAGCATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTTGGCAA-CC-
62 GTGAAGAAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCT
* * * * *
16841 TATTTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATATCATACTTGATTTT-A
126 TA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
16886 G--G------TTCAC-TTTTTTTTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * ** *
16942 AG-AAAAGACCATTCATTGACGAGAAAAATCTATTTATAGTTACCCATGTTTTCGAAAGCCTAAT
66 AGAAAAAG-CC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
17006 TACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * ** * **
17047 GCTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTATCTACCCCATGAAGTGTG
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * * * *
17112 AAGAAAAAGCCTTTTATTTGTAAGAAAAGTCTATTCTA-GGTTACCCATGCCCTCAAAAGCCTAA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
17176 TTACTTG-TCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAG
128 TTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * * *
17219 GTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTCAATGTCTGCCTCAGGGAACATAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * *
17284 AGAAAAGGCCATTCAAT-GCTACGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTC-AATAACCTAA
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTA
* * * *
17347 TTACTCCCTTTCAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
17390 GTTGACTTTTTATT-TA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACG-
1 GTTGAATTTTT-TTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* ** * * * *
17452 CAAGAAAAAAGAGATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTT
64 GAAG-AAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
*** * *
17517 ATTACTAATTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATCTTAA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
17561 GTTAAATTATTTTAC-TTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * *
17624 GATA-AACAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-ATGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCT
64 GA-AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* ** * * * *
17687 AATTACTTACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTCAG
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * * *
17732 GTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAAATCTACATTAAGAAACGTAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * *
17797 AGAGAAAA-CCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTAAT
66 AGA-AAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
17861 TACTCCCTTT--A------TATAATCTCATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * **
17895 GTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCATAGGAAATATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * ** * ** * *
17960 AGAAAAGGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAACTTTTGAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
18025 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
18066 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTT-GGGAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
18129 AAGAAAAAGCCATTCAATGGTAAAAAAAGTCCATTTATTG-CGACCCATGCCTTCAAAAGCCTAA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
***
18193 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA--G-GCCTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *** * * * ** * * *
18233 -TT-ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGGTTGAAT-TTTNNNNNNNNN
1 GTTGAATTTTTTTACAT--TTTT-T-GT-T-AAAATAGATTATA-ATTGAATGTCT---------
*************************************************************
18295 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
50 ----ACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
************************************************************
18360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
111 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
*****************************************************************
18420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
*****************************************************************
18485 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 AGAAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
****************************************
18550 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
**** ** ** * * * * * * *
18590 NNNNAATGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCATTTTAAGT-GATT-TTA-T-AATCTCATA-ATTGA
1 GTTGAAT-TTTTTTACA--TTT-TT--T--GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTT-A
*** ***** ** * *** * * *
18650 TTTTAA-GCTG-AGTTTTTGTTTTACTTTTTTTATTGAAATAGATTACAATTGA-ATGT----C-
56 -GGAAACG-TGAAGAAAAAGCCTT-C-ATTGGCA-AGAAA-AG--T-CCATTTATA-GTCACCCA
* * *** * ********** * * **** * *
18707 TACCTTGGAAAATATGAAGNNNNNNNNNNTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATTG-TTACCCT
111 TGCCTTCGAAAGCCT-TA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCA-TAATTGATT----T
**
18770 TGC
168 TAA
* ** * * * * *
18773 CTTCGGAAGCCTAATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTAAAAACTA-ATTTTAGGTTGAAT
1 GTT--GAA---T--TTTTTTACATTT-------TT-T-GT-T-AAAA-TAGATTATA-ATTG-A-
* * * *** * ** ** * *
18837 ATTTTTACATT--TTTA-GTTAA-AACAAATTGTAATTGAACATCCGCATTAGGAAAAGT-TA-G
44 ATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAA-AAA--G-CCTT---CATTGGCA--A-GAAAAGTCCATT
* * *** * ** ** * * * * **
18896 GAAAAAAACCTTTCATTG-ATAAGAAAAGTCCATTTATGGCGTAAGCCATTAAAAGCCTAGT-TA
99 TATAGTCACC---CA-TGCCTTCG-AAAG-CC--TTATTAC-T-CG-CTTTAAATG-GTTTTATA
* ** *
18959 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
152 ATC-TCAT-AA----TTGAT--T-T--TAA
* *
18989 -TTGATTTTAGGTTGAATTCTTCTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 GTTGA----A--TT---TT-TT-TACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * *
19053 -GGAAAATGTGAGGAAAAGGTCATTCATTGATG-AA-AACAA-TCTATTTATAGTCACTCATGCC
55 AGG-AAACGTGAAGAAAAAG-CCTTCATTG--GCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * ** *
19114 TTTGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
115 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
********** * * * ** *
19170 GNNNNNNNNNNTTATA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCCAAGGCAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGT
* * * * *
19233 GAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA
64 GAAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
19298 TTACTCGTTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
19341 GTTGAATTTTTTTAC-TTTCTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * **
19405 AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGGTTCTTTTAAAGTAACTCATGCCTTTC-AAAGCCCAAT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
19469 TACTCACTTTAAGTGGTCTTATAATCTCATAACTGATTTCAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
19511 GTTAAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATTGATTATAATTGAATATCTGCATT-GGAAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTG
* * * ** * * * * *
19575 AAAAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAATGTCCGTTTAGGGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCTTTT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
19640 TTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
19683 GTTGAATTTTTTTTACA-TCTTTGATTAAAAT-GCGTTATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAACG
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG
** * * * *
19746 CAAAGAAAAAAACATTCATT-G-AATGAAAAGGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCC
63 TGAAG-AAAAAGCCTTCATTGGCAA-GAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
19809 TTATTACTCGTTTTGAATGGTGTTAAAATCCCATAATT-ATTTTTAA
125 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
* * * * *
19855 GTTAAATTTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACATATTA-ACATTGAATGTCTACGTCTT--CAAAC
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATA-ATTGAATGTCTAC--CTTAGGAAAC
* * ** * * * * *
19917 ATGAAGAAAAAGCATTCATTGATAA-AAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTGACAGCCTA
62 GTGAAGAAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * * *
19981 ATTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATACTTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * *
20025 GTTCACTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTAAATGTCTACCTCAGAAAACATG
1 GTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
** * * * ** * * * * *
20090 AAGAAAAAGTTATTCACTGGCAAGAAAAATCCACTGGTAGTTACCTATGCATTCTAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * *
20155 TACCCGCTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * ** * *
20197 GTTCAATTGCTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTTC-TCGAGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTG
* * * * * *
20261 AAGAAAAAGCCTTTTATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
20326 TTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * * *
20369 GTTTAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAATATATTAGACTTAAATGTTTTCCTT-GGAAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTG
* *
20433 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
20498 TACACCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * **
20540 GTTGAATTTTTTTGA-A--TTTT-TTAAAACAAATTATAGTTGAATGTCTACCTT-GAGAAACAA
1 GTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * * * * *
20600 GAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAATCTATTTATAGTTACCCATGTCTTCGAAAGCCTAA
64 GAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
20665 TTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * ** *
20708 GTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCATGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * ** * *
20773 AGAAAAGGCCTTTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTT-TAGGTTACCCACACCTTC-AATAGACTAA
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTA
* * * * * *
20836 TTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * **
20879 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTACCTCAGGAAATATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * * * * *
20943 AAGAAAAAGCCATTTAAT-GCTAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCGATACTTTCAAAAGGCTAA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
21007 TTACTCCCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
21050 GTTGAATTTGTATATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
** * * * * * *
21115 AGAAAAAGAGATTTATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * *
21180 ACTCATTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
21221 GTTGAATTGTTTTACTTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * *
21286 TA-AAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-ATGTTATCCATGCCTTC-AGAAGCCTA
66 -AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTT
* * * * *
21348 ATTACTCACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * * * * *
21392 GTT-AATATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAAAATCTGCATCAGAAAATGTG
1 GTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
21456 AAGAAAACA-CCTTTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GACCACCTAAGCCTTCGAAAGGCTA
65 AAGAAAA-AGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
21519 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
21563 GTTGAATTCTTTTACATTTTTGATGAATAAACA-A-ATTATAATTGAATGTCTA-CAT-GGAAAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTT--TG-TTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
* * * * ** * *
21624 GAGAAG-AAAGGTCATTCATTGACAAGAAAAGTATATTTATAGTCA-CCATACCTTAGAAAGCCT
62 GTGAAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
21687 TATTACT-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * ** *
21731 GTTGAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATA
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
** * * *
21796 AAGAAAGGGAAC-TCA-TGGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
21859 TTATTCGTTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * **
21902 GTTGAATTGTTTTA-ATTTTTTAATT-AAATAGATTATAATTGAATGCCGACCTCAAGAAATATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * *
21965 AA-AAAAAGTCACTT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTATCCATGCCTTCAAAAGCCTAA
65 AAGAAAAAG-C-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
22028 TTACTTGCTTTTAATGG-TTTATAATCTCATAACTAATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *** *
22070 GTTGAAATTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGTATTAGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * **
22135 AGAAAAAGCCTTTCATTGCCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * **
22200 ACTCACTTTAAATAGTTTTATCTTCTCATAATTGATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * * * *
22241 GTTGAATTTTCTTGTATTTTTGGTTAAAAGATATTAGAATTAAATGTTTCCCTTGGGAAA-GATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG-TG
** * *
22305 AAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCATT-GAAAGCCTTA
65 AAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTA
* *
22369 TTA-TGCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTCAA
128 TTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * *
22411 GTTGAATTTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAATGTG
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * *
22476 AAAAAAAAGTCATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCTTTTC-AAAGCCTAA
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGCCTTA
* * * *
22540 TTACTTGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
22583 GTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-TAATTGAATCTTTACCTT-GGCAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTG
* * * * * *
22646 AAGAGAAAGCCATTTAATGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
22711 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** * * *
22753 GTTGAATATTTTTAGATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * *
22818 AGAAAAATTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTAATT
66 AGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * **
22883 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTTC
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * * * * *
22924 GTTGAATACTTTTACATTGTTTCTTAGAATAGATTGTAA-TCAATTGTTTGCCTTGGGAAATGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * *
22988 AA-AAAAAGCCATTAATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAACTATGTCTTTGAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
23052 TGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCAGAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
23094 GTTGAATTTATTTATATTTTTTTGTTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * *
23159 AAG-AAAAGTCATTCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AGAAGCCTAA
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTA
* * *
23222 TTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * *
23265 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTC-AATGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * *
23329 AGAATAAGCCATTCATTTGCAGGAAAAGTCTATTT-TAGGTTACCCATGCC-TCGAAAAGCCTAA
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTA
*
23392 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * ** * *
23435 GTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTATGCCCCATGAAACGTGG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* *** * * *
23500 AGCAAAAGCCATTCATTCATAAGAAAAGTCTATTT-TAGGTTACCCATGCCTTC-AAATGCCTAA
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTA
* *
23563 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * **
23606 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATGTATACCTCAGAAAATATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * *
23671 AGAAAAAGTCATTCAATGGCAAGAAAAAG-CCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGTCTAAT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
23735 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
23777 GTTGAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTTTAATTAAATGTATATCTTAGAAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* ** * * * * * * *
23842 AGAAAAAACCATTCAAGGGTAAGAAAAGACCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGTCTAATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
23907 ACTCGC-TTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAT
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * *
23947 GTTGAATACTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGT-TGACCTTGGGAAACGTA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACGTG
* *** * ** * * *
24011 AAGAAAAAGTCATTCATTTATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGTATGTCTTTGTAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
24076 TACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAGAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * **
24118 GTTGAATTTATTTACATTTTTTATTCAAACAAATTATAGTTAAATGTTTACCCTAGGAAATATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
*** * * * ** *
24183 AGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATTCCTTTAAAAGCCTAATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
24248 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
24288 GATTGAATTTTTTTACA---TTTGATTAAAATATATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAAC-A
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * * * * *
24349 CAGAGAAAAAGGCATTCATTGG-ATGAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTTGAAAGCAT
64 GA-AGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
24413 TATTACTCGCTTTAAATAGTGTTAGAATCTCCTAATTGATTTTAA
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
24458 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCT-TGAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGT
* * * * * * * * * *
24522 GAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAA-AAAAGTCTATTTATATTCATCCATGCCTTTGACAGCGTAA
64 GAAG-AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
24586 TTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTT-A
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
24628 GATTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAAAATTGAATGTCTACCTCTTA--AAACA
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-C-CTTAGGAAACG
** ** * * * * * *
24691 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGATAA-AAAGGGCCATTTATAGTCATCTATGCTTTCGACAA-TCT
63 TGAAG-AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCT
* * * *
24754 AATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATCATATCATAATTGATTTTGA
126 TATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** * *
24799 GTTCAATTTCTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTGCAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATG
1 GTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
** * * * * *
24864 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAATGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTCAAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * **
24929 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATACTATTATAATTAATTTTGG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
24971 GTTCAAGTGTTTTACA-TTTTTGTTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * * *
25034 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGTCTAA
64 GAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
25099 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** *** * * * * * *
25142 GTTCAATTTTTTTATATTTTAGGTTAACGCATATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAGGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* *
25207 AGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * * *
25272 ACTTACTTTAAATGGTTTTATCATCTTATAATTAATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * * * * * * * *
25313 GTTAAATTTTCTTGTATTTTTGGTTAAAAGATATTAGAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * *
25378 AGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTATT
66 AGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
25443 ACTTGCTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAT
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
25484 GTTGAATTTTTTTACATTTTGTATTAAAATAGGTTATAGTTGAATGCCTACCTGAAGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
*** * ** * ** ** ** * *
25549 AGAAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAATTTATTTATATTTGCTAATGCCTTTAAAAACCTAATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * * * *
25614 ACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAG
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
25655 GTTGAATGTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCGACATT-GAAAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTG
* * * * *
25719 AAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATGGCCACTCAAGCCTTCG-AAGGCTTA
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
25782 TTACTCGCTTTTAAA-GGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *** * *
25825 GTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTGTATTGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * * *
25890 AGAAAAAGCCTTTTATTCGTAAGAAAAG-CTCATTTATGGCCACTCAAGCCTTGGAAGGCCTTAT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
25954 TACTTGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT-A
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** * ** * * * *
25995 GAATGAATTGTTTTACACTTTTCATTAAAAACAGATTATAATCAAATCTCAACCTTGGGAAACAT
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * * ** ** *
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* * *
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* * * * * * *
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1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * * * * * *
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64 GAAGAAAAAGC-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
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1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTG
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* *
26467 ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
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* * * * * * * * *
26511 ATT-AATTTTTTTTTCAATTTTTGGTGAAAACAGCTTATAAATGAATGTCTGCCTTATGAAACGT
1 GTTGAA-TTTTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * * *
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64 GAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-
* *** * *
26639 ATTACTCGCTCTAAATAACTTTATAATCTCATAATTAATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
26683 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GGGAACTTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * *
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66 AGAAAA-AGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
*
26812 ACTCGTTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
26853 GTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTCAAAACAGATTAT-ATGTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* **** * * * * *
26917 AAGAAAAAGCCAATCATTATTGAGAATAGTCCATTAATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
26982 TACTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAG
129 TACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * **** *
27024 GTTGAAGTTTTTGA-AATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGTAGTGGGAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* ** * ** *
27088 AAGAAAAAACCTTTCATTGGTGAGAAAAAGTCCATTTATACTCACCCAAACTTTC-AAACGCCTT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTT
* **********
27152 TTTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * ** * ***
27196 GTTGAATGTTTTCACATTTTTTATTACAATAGATTATAGTTGAATGTCTTGC-TCGAGAAACACA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTG
* * * ** *** * *
27260 AAGAAAAAGGCATTCATTGG-ATGAAAAAATCCATTTATAACCATTTATGCCTT-TAGAAGCTTT
65 AAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTT
* * * * * *
27323 ATTACACGCTCTGAATGGTGTTATAATCACATAATTAATTTTAA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
27367 GTTAAATTTTTTTATATTTTTGAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGCCTACCTCT-TGAAACAT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACGT
* * * * * * * * *
27431 GGAGAAAAAGACATTTACTGGTAA-AAAAGGCCATTTATAGTCATCCATGCCTAT-GACAG-GTT
64 GAAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCGAAAGCCTT
* * * * **
27493 AATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAGTTGATTTTGG
127 -ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
27538 GTTCAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
** ** * * * *
27603 AGAAAAAGATATTCATTGAAAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
27668 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTT-G
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * *
27708 GATTCAATTGTTTTACA-CTTTCGATTAAAACAGCTTGTAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACAT
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGT
* * * * *
27772 GAAGAAAAAGCCATTCACTCGCAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTAA
64 GAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
27837 TTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATATCATATTTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * * * * * *
27879 GTTTAAATTTTTT--ATATTTTGCCTAAAGCAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* *
27942 AAGAAAAAGCCTTCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAATG-CTTA
65 AAGAAAAAGCCTT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTA
* * * *
28006 TTA-TGCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAT
128 TTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
28049 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTAGGAAAAGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * **
28114 AG-AAAAGACCATTGATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTAT
66 AGAAAAAG-CC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
28178 TACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTTATAATT-AGTTTTAT
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
** * * * * * * *
28220 GTTGAATTTTTTTGTATCTTTTATTAAAATAGATTATAGTTGAATG-CTTGCCTCAAGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACGTG
* * ** * * * * *
28284 AAGATAAAGCCATTTATTGGTGAGAAAAATCCATTTATATTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * *
28349 TACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * *** * *
28391 GTTGAATGTTTTCACA-TTTTTGATTAAAGCAGATTATAATTAAATATCTGTATTGGGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * * * *
28455 AAGAAAAAGTCTTTTATTTGTAAGAAAAGCCCA-TTATGGCCACCCAAGCCTTCGAAGGCCTTAT
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
28519 TACTCGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * ** *
28561 GTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAATATAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * ** * *
28626 AGAGAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATATCTTTGAAAGCC-TATC
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
28690 ACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
28730 GATTGAATTTTTTTACATTTTTAGCT-AAA-A-ATTATAATAGAATGTCTAACTTGGGAAATGTG
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * ** * * * ** *
28792 AAGCAAGAGCCTTTTGTTGGCCAGAAAAAGTCCATTTCTAGTCTCCCAAT-CCTTTAAAAGTCTT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTCGAAAGCCTT
* ** * *
28856 ATTACAT-GCTTCAAATAATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAA
127 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * ** *** *
28900 GTTGTATTTTTTTACATTCTTGGCTCAAATAGATTATAATTGAATCTCTGTCACGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * *
28965 AGAAAAAGCCATTCATTGGTACGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTGAAAGCTTTATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** *
29030 ACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
29071 GTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTGAAAATAGATTATCAGTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
** * * * * *
29136 AG-AAAAGCGAATCATT-TCTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTAAT
66 AGAAAAAGC-CTTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
29199 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGA-TTT-A
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
29239 GATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTTGGGAAAGGTA
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * *
29304 AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAACCTAAT
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
29369 TACAT-GCGTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
129 TAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * *
29411 GTTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGGTTATAATCGAATCT-TGACCTTAGGAAATGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACGTG
* * * ** ** * *
29475 AAAAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTATGTCTTTGAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAGC-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
29540 TTCTCGCCTTAAATGGTTTTAT-AGCATCATAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAA
* * * * **
29582 GTT-AACTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTCTACCTT-GAGAAACGT
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGT
* * * * * *
29645 GAAGAGAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCAATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATT
64 GAAGA-AAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
29709 ATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAA
127 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
29753 GTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * ** *
29817 AAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAACCCTT
65 -AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTT
* * * *
29881 ATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
29925 GTTGAATTTCTTTTACATTTTTAGTGAAAATAGATTATAAGTGAATGTCTGCCTTATGAAACATG
1 GTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
** * * *
29990 AAG--AAAGTCAATCATTGCCAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG-CTTAA
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-A
* * * *
30052 CTAGTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
30095 GTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GGTAAACATA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTG
* ** * * * * * *
30159 AATAAATGGGCATTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTAT
65 AAGAAA-AAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
30224 TACTCG-TTTGAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * **
30266 GCAGAATTGTTTTAC-TTTATTTGGTTAAAACAGATTTTAAGTGAATG-CTTGTCTTAGGAAACG
1 GTTGAATTTTTTTACATTT-TTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACG
** * * * *
30329 TGAAGAAAAAGCCAACCATT-GCTAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAACCC
63 TGAAGAAAAAGCC-TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
30393 AATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAG
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * * * *
30438 GTAAAAATTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGCACTGA-AAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAGGAAACGTG
* ** * * * * * *
30502 AAGAAAAAGCCTTTCATTAGTGAGAAAAAATTCATTTATGGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
30567 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
30610 GTT-AATTTTTTTCACATTTTTGGTTACAACAAATTACAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTA
1 GTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
** * * * *
30674 AAGAAAAAGGCAATCATTGG-ATGAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTT-TAGAAGTCTT
65 AAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTT
* * *
30737 ATTACTCGCTTTGAATGGTGTTATAATCACATAATTGATTTTAA
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
30781 GTTGAATTATTTTACATTTTTTTGTT-AAATCAGATTAAAATTGAATGTCTATCTCTT--GAAAC
1 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTA-C-CTTAGGAAAC
* * * * * * * *
30843 TTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA-AAAAGGT-CATTTATACTCATCTATGCCTTTGATAGCC
62 GTGAAGAAAAA-GCCTTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * **
30906 TAATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTGG
125 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
30952 GTTCAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * *
31017 AGAAAAAGTCATTCATTGGCAA-AAAGTGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAATCCTAAT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
31081 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * *
31123 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATCTCGACCTTAGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG-
* * * * * * *
31188 AAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAGGTCTTTGAAAGCCTT
65 --AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * *
31253 ATTAGTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATAGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * **
31297 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGTCTT-GAGAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTG
* * * * ** * * * * * *
31361 ATGAAAAGGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTGTTGTCAACCAAGCCTTTGAAAGCTTTAT
65 AAGAAAA-AGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
31426 TGCTCGCTTTAAATGG-TTTATAAATCCCATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
31468 GTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACCATGGGAAACATGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
** ** ** * * * *
31533 AGAAAAAGTTATTCATTTTCAAGAAAAGTTAATTTATAGTTACCCATACCTTC-ATAAGCATAAT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTAT
* * * * *
31597 TACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAACTGATTTCAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
31639 GTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACATT-GAGAAACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTG
* * * * *
31703 AAGCAAATA-CCTTTCATTGACAAGAAAAGGCCCATTTAT-GATCACCTAAGCCTTCGAAAGCCT
65 AAG-AAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * * * *
31766 TTTTACCCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAGTTCATTTTAG
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
31811 GTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTGA-AATTGAATATCTGCCTTAGGAAATGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * *
31875 AAGAAAAAGCCTTTAATCT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAG-CTTGCGAAAGCCTT
65 AAGAAAAAGCC-TTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CGAAAGCCTT
* * * * * *
31938 ATTATTCACTTTACACGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
31982 GTTGAACTGTTTTACA-TTTTTGATGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCGAAAACGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
** * * * * * * *
32046 AAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
32111 TAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTCATTTCAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
32153 GTTGAATATTTTTACCTTTTTAGCTAAAATAGATTATAATCGATTGTCTACC-TCGAGAAATGTG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTG
* * * * * ** * **
32217 AA-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTTACCCATGGCTTTAAAAACCCAAT
65 AAGAAAAAGC-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** * * * * * *
32281 TACTCAATATAAATAGTTTTCTAATCTTATAATCGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
32323 GTTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACGTTA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * **
32388 AGAAAAAGCCATTTATTGACAAAAAAAAATTCATTTATAGTTACCTC-TGTCTTTAAAAGCCTTA
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
32452 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAG
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * ** ** * *
32495 GTTGAATATTTTTACATTTTTGGCTAAAAAAGATTATAACTAAAAATCTATATTAGGAAATGTAA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * * * * *
32560 AGAAAAAACCTTTCGTTGGTAAGAAAAAGTCCATTTCTAATCACCTAATCCCTT-GAAAGTCTCA
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * *
32624 TTACACGTTTTAAATAGTTATATAATCTCAAAATTAATTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
32667 GTTGAATTTTTTTACATTCTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * ** * *
32732 AGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAGC-CTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
32797 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * * * *
32838 ATTGAATGGTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGGTTATAAGTGAATGTTTGCCTTAGGAAACTTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * * *
32903 AGAAAAAGCCAATCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATATTCA-CCAAGCCTTCTAAAGCCTAATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
32967 ACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTGATAATTGATTTT-A
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
33007 GATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATG
1 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* ** * *
33072 AAGAAAAAGCCATTTATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
33137 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * *
33179 GTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATCTCAACCTTGGGAAATGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
** * * * * ** *
33243 A-AAAAATGTGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCTTTAAAAGCCATAT
66 AGAAAAA-G-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * *
33307 TGCTTGAC-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAG
129 TACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
33349 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTAACTTAGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * * * *
33414 AGAAAGAGCCTTTCATTTGCAAGAAAAAGTCCATTTCTAGACACCCAAT-CCTTTGAAAGCCTTA
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
33478 TTACACGCTTTAAATTGTTTTATAATTTCAGAATT-ACTTTTAA
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
* * * * * * * * *
33521 GTTG-ATTTTTTTTCATTCTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTTGGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* ** * * *
33585 AGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTTTATTTATCGTCACCCATGCATTTC-AAGGCCTTAT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGCCTTAT
* *
33649 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
33691 GTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAAGTGAATGTTTACCTTA-GAAGACATG
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA-ACGTG
* * * * * * * * *
33755 AAGAAAAAGCCAATAATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATATTGACTCATGCCTTCCAAAGTCTAAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * ** * *
33820 TGCTCACTTTAAAAAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * *
33862 GTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACATG
1 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* *** * * * * *
33927 AAGAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTGTTTATGGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTAAT
65 AAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
33992 TATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
34034 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATCGAATCTCAACCTTAAGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* * ** * * * * *
34099 GGAAAATGTTATTCATTGGTAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCATATT
66 AGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * *
34164 ACACTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
130 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * * *
34205 GTTGAATTTTTTTATAGTTTTGGTAAAAACATATTATAATTAAATATCTGCATCAGGAAACGTGA
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* ** * * * **
34270 AGAAAAAACCTTTTGTTGACAAGAAAAAAATCCATTTAT-GATCACCCAAGCCTTCGAAAGTATT
66 AGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAG--AAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
34334 TTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAG
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *
34378 GTAGAATTTTTTTACATATTTTGTT
1 GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
34403 CAAACATGAA
Statistics
Matches: 17955, Mismatches: 4109, Indels: 1497
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
GTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
AGAAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
Found at i:18242 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 18187--18265 Score: 149
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
18177 GCCTTCAAAA
*
18187 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAG
1 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAG
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1 GCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
18266 TTTATTTTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (40 bp):
GCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAG
Found at i:35209 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34749--37595 Score: 2354
Period size: 171 Copynumber: 16.7 Consensus size: 171
34739 GAGAAACATA
** * * * * *** *
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1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * ** *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* ** * **
35157 TACTCGGTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTTACATTTTTG
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* * * *
35222 GTGAAAATAGATTATAAGTGAATGTCTG-CTTTATGAAACATG
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTC-TTAGGAAACGTG
* * * *
35264 AA-AAAAA-CTAATT-ATTGCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAG-CTTA
1 AAGAAAAAGC-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT-
* * *
35325 ACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACACTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * *
35390 GGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTTCTTAGGAAACGT-
129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
* ** * * **
35432 AA-ATAAATGAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAATCTT
1 AAGA-AAAAG-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
** * * *
35496 ATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGG-TGAATTTTTAATT--TTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGGTTGAATTTTT--TTACATT
* * * * * * *
35558 TTTTGTTAAAACAGATTTTAAGTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTG
126 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
* * * * * **
35604 AAGATAAAA-TCAATCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTATCCATG-CTTTCGAAAGCCCA
1 AAGA-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTT
* * * * * *
35667 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAACTGATTTCAGGTTGAAATTTTTCACATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * *
35732 AGATAAAATAGATTATAATTGAATATCTGTAATGGGAAACGTA
129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
* * * * * * * * * *
35775 AAGAAAAAACCTTTCATTGATGAGAAAAAATCCATTTATGGTCATCCAAGCCTTTGAAAGCCTTT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA
* * ** * *
35840 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATCTTAATTTGAATTTTTTCAGATTTTTG
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
35905 ATTACAAGAAATTATAATTGAATGTCT-TCCTTAAGAAACGTA
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT-CTTAGGAAACGTG
* * * *
35947 AAGAAAACA-ACATTCATTGG-ATG--AA----A---A-AGTCACCCATGCCTCT-AGCAGCCTT
1 AAGAAAA-AGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA-AAGCCTT
* * * * *
35999 ATTACTCACTTTGAATGGTGTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
* * * * * *
36064 TGATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTATCTCT-TGAAACTTG
128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCT-TAGGAAACGTG
* ** * * * * * * *
36108 AAGAAAAAGGCATTCATTACT-AGAAAAGGCCATTTATACTCATCTATGCCTTTGATAGCCTAAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
36172 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTGGGTTCAATTTTTTCACGTTTTTAG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* ** * **
36237 TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATATG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
36278 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTAAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* ** *
36343 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATAGTTTTACATTTTTTG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * **
36408 TTAAAATAGATTATAATCGAATCTC-GACCTT-GGAAAATATG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-TCTTAGG-AAACGTG
* * * * *
36449 AAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGTCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* *
36514 TACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * *
36579 TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGTCTT-GAGAAATGTG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAG-GAAACGTG
* * ** * * * *
36620 ATGAAAAGGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCAGCCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * *
36685 TGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTTTTTT
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTG
* * ** * * **
36749 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTGTACCATAGGGAATATG
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
** ** * *
36791 AAGAAAAAGTAATTCATTCATAAGAAAAGT-TAATTTATAGTTACCCATGCCTTTGAAAGCCTAA
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * *
36855 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAACTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTG
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
36920 ATTAAAATATG-TTATAATTAAATATCTG-CATCGAGAAACGTG
130 GTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTGTCTTAG-GAAACGTG
* * * * * * *
36962 AAGCAAATA-CCTTTCATTGGTAAGAAAAAG-CTCAATTAT-GATCACCCAAGTCTTCGAAAGAC
1 AAG-AAAAAGCCATTCATTGGTAAG-AAAAGTCT-ATTTATAG-TCACCCATGCCTTTGAAAGCC
* * * * *
37024 TTTTTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTA-TTTT
62 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * * *
37088 TTTATTAAAACATATTGTAATTGAATATCTGTTTTAGGAAACGTG
127 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
* *** * **
37133 AAGAAAAAGCCCA-TAATCAATAAGAAAAGT-TGATTTATAGTCACCCAAGCCTGCGAAAGCCTT
1 AAGAAAAAG-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
* * * *
37196 ATTACTTGCTTTAAACGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTAT-AACTTTTTTACATTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT-TGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
37260 TAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTTTTGGGAAATGTG
128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
** * * * * * *
37304 AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
37369 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACCTTTTTTG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * *
37434 CTAAAATAAATTTTAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
* * * *
37475 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAA-AAAAG-CTCATTTATTGTTACCCATGCC-TTCACAAGCCT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGG-TAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA-AAGCCT
* *** * * *
37537 AATTACTTAATTTAAATAGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
63 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
37596 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2157, Mismatches: 442, Indels: 154
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 68 0.03
161 54 0.03
162 2 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
167 1 0.00
168 5 0.00
169 54 0.03
170 253 0.12
171 1288 0.60
172 405 0.19
173 22 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTG
Found at i:36274 original size:674 final size:670
Alignment explanation
Indices: 34945--36602 Score: 1587
Period size: 674 Copynumber: 2.4 Consensus size: 670
34935 GTTGATTAGA
* *** **
34945 AAAAGTCCATTTATGGTTACCCCA-GCCTTCGAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTTA-CCCATGCCTTCGAAAGCCCAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** * * * * *
35009 ATCTGATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAACTGATTTCAGGTTGAATAGTTTTACATTTTTAGATAAAATAGATTATAATCGAATA
* * * * * * * * * *
35074 TCTGTCTTGGGGAACAT-GAAGAAAAAGCCAATCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT
130 TC-GACAT-GGGAAAATAGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT
** * ** ** * * **
35138 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCA
193 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATCTTAAGTTG
* * * * * * * * * * *
35203 AATTTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATAGATTATAAGTGAATGTCTGCTTTATGAAACATGAAA-
258 AA-TTTTTTCACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTTCCTTAAGAAACGT-AAAG
* * * * * *
35267 AAAACTA-ATT-ATTGCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCT-TAGAAAG-CTTAACT
321 AAAACAACATTCATTG-GATG--AA----A---A-AGTCACCCATGCCTCTAG-CAGCCTT-ATT
* * * *
35328 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGT
373 ACTCACTTTAAATAGTGTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACACTTTTGAT
* * *
35393 TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTTTCTTAGGAAACGTAAATAAATGAAAATTCATTGGCAAGA
438 TAAAACAGATTAAAATTAAATGTCTTTCTTA-GAAACGTAAATAAAAGAAAATTCATTGACAAGA
* * * * * *
35458 AAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAATCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
502 AAAGGCCATTTATACTCATCCATGCCTTTGAAAACCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** * * *
35523 CTCATAATTAATTTGAAGGTGAATTTTTAATTTTTTTTTGTTAAAACAGATTTTAAGTGAATGTT
567 ATCATAATTAATTTG-AGGTCAATTTTTAATCGTTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAGTGAATGTC
* * * * *
35588 TGCCTTAGGAAATGTGAAGATAAAA-TCAATCATTGATAAG
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* * * ** *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCCAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
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66 TCTCATAACTGATTTCAGGTTGAATAGTTTT-ACATTTTTAGATAAAATAGATTATAATCGAATA
* * *
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* *
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188 CA-CCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAAT-TTCATAATTGATCT
* * * * *
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316 TAAAGAAAACAACATTCATTGGATGAAAAAGTCACCCATGCCTCTAGCAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
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381 TAAATAGTGTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-CTTTTGATTAAAACA
* * ** *
36075 GATTAAAATTGAATGTCTATCTCTT-GAAACTTGAAGA-AAAAG-GCATTCATT-ACTAGAAAAG
445 GATTAAAATTAAATGTCT-T-TCTTAGAAACGT-AA-ATAAAAGAAAATTCATTGACAAGAAAAG
* * * **
36136 GCCATTTATACTCATCTATGCCTTTGATAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCA
506 GCCATTTATACTCATCCATGCCTTTGAAAACCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCA
* * * *
36201 TAATTGATTTTG-GGTTCAATTTTTTCA-CGTTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTA
571 TAATT-AATTTGAGG-TCAA-TTTTTAATCGTTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAGTGAATGTCTA
* *
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633 CCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGCCAATCATTGACAAG
* *
36302 AAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCCAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
36367 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATAGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATCGAATCT
66 TCTCATAACTGATTTCAGGTTGAATAGTTTTACATTTTTAGATAAAATAGATTATAATCGAATAT
* * * * *
36432 CGACCTTGGAAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT
131 CGACATGGGAAAATA-GAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAA
* * *
36497 GCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
195 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATCTTAAGTTGAA
* * *
36562 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
260 TTTTTTCACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAAATGT
36603 TTGTCTTGAG
Statistics
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Consensus pattern (670 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCCAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAACTGATTTCAGGTTGAATAGTTTTACATTTTTAGATAAAATAGATTATAATCGAATAT
CGACATGGGAAAATAGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAG
CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATCTTAAGTTGAAT
TTTTTCACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTTCCTTAAGAAACGTAAAGAAAAC
AACATTCATTGGATGAAAAAGTCACCCATGCCTCTAGCAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTGT
TATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACACTTTTGATTAAAACAGATTAAAATTA
AATGTCTTTCTTAGAAACGTAAATAAAAGAAAATTCATTGACAAGAAAAGGCCATTTATACTCAT
CCATGCCTTTGAAAACCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTGAGGT
CAATTTTTAATCGTTTTTAGTTAAAACAGATTGTAAGTGAATGTCTACCTCAGGAAATATGAAGA
AAAAGCCAATCATTGACAAG
Found at i:38176 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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37784 NNNNNNNNNN
* * * ** *
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAATAGA
** * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
37966 AAATGGTTATGTAATCTCAGAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTGCATTCTTGGCTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAATAGA
* * *
38031 TTATAATTGAATGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTAT
65 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTAAAATAGA
* ** *
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* * * *
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* * * ** *
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTAAAATAGA
** * * * * * *
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65 TTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* ** * * * * *
38606 TTTATAGTCACCTATGTTTTTGAAAACCTTATTAGTCACCTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
38648 AAATGGTGTTATAATCGCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ACAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAATAGAT
** * * * * * *
38712 TATAATCAAATGTCTAACTTGGGAAACATAAAGAAAGAGCCTTTCGTTGGTAAGAAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG-AAAAGTCCAT
* * *
38777 TTCTAGTCACCCAAT-CCTTTGAAAGCCTTATTACACGCTTT
130 TTATAGTCACCC-ATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * *
38818 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-ACTTTTAAGTTGAGTTGTTTTACATTCTTGGCTAAAACAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAATAG
* * * *
38882 ATTATAATTGAAAGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
64 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* *
38947 TTTATAGTCACCCATGCATTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTT
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
38989 AAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTGAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAAATAGA
* * * * *
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39102 TNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAATAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:39601 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 39352--40001 Score: 665
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
39342 GGGAAAGGTA
*
39352 AAGAAAAA-CCTATTCATTGACAAGAAAA-TTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-ACCT
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATA-TTTTT
* * * *
39652 GTTAAAACATATTATAATTAAATATCTA-CATCGAGAAACGTG
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTAGC-TTGAGAAACGTG
* * * ** * *
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1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTTCTATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGACT
* * * *
39757 TTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTACATTGT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATT-T
* * * * * * *
39822 TGGTTTAAGTAGATTATAATTGAATGT-TTGTCTTGAGGAACATG
128 TTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTAG-CTTGAGAAACGTG
* * * * * ** *
39866 TAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTATTTACAGTCACCCCATTCCTTTAAAAGTCTT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCA-CCCATGCCTTCGAAAGACTT
* * * * *
39930 ACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACT-TTTT
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129 -TGTTAAAA
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Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGACTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
TTAAAATAGATTATAATTGAATATCTAGCTTGAGAAACGTG
Found at i:39811 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 39305--40001 Score: 612
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 168
39295 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * * * *
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* *
39433 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGCTTGAATTTTTTTATA
127 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATA
* * ** * * * * * *
39475 TTTTTCGTTAAAATAGATTATAATCGAATCTCAAGCTTGCGAAACGTCAAGAAAAAGTCATTCAT
1 TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTAAATATCTA-CTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCAT
* * *
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64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGT
*
39605 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATA
128 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATA
* * *
39646 GTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTACATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTTAT
1 -TTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTAC-TTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCAT
* * * * *
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64 TGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAG-TCA-CCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
39775 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTACA
126 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATA
* * ** * * * * * * * ** * *
39818 TTGTTGGTTTAAGTAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGGAACATGTAGAAAAAGGCATTCAT
1 TT-TTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATCT-ACTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCAT
* * * ** ** * * * *
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64 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA--CCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
39948 TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACT-
127 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TA
39989 TTTTATGTTAAAA
1 TTTT-TGTTAAAA
40002 GTCATTCATT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 85, Indels: 31
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTACTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATA
Found at i:39986 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 39305--39985 Score: 785
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
39295 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
39305 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGGAAAGGTAAAGAAAAACCTATTCATT
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* * * *
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* * * *
39435 TTATAATCTTATAATTGATTTTAGCTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATC
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTAGAATTTTTTTACATTGTTCGTTAAAATAGATTATAATC
* * * *
39500 GAATCTCAAGCTTGCGAAACGTCAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
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* * * * * * * *
39565 ACCTAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAG
261 ACCCAAGCCTTCAAAAGAATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
39630 GTTGAATTTTTTTATAG
326 GTTGAATTTTTTTATAG
* * *
39647 TTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTACATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCT-TTTAT
1 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTACATCGAGAAACGTAAAGAAAAA-CCTATTCAT
* ** ** **
39711 TGGCAAGAAAAAGTCCATTTAT-GATCAGTCAGGCCTTCGAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAATG
65 TGACAAG-AAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAGGCCTTCGAAAACCTAATTACTCACTTTAAATG
* * * *
39775 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTACATTGTTGGTTTAAGTAGATTATA
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTAGAATTTTTTTACATTGTTCGTTAAAATAGATTATA
* * ** * ** *
39840 ATTGAATGT-TTGTCTTGAGGAACATGTAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTATTTA
193 ATCGAATCTCAAG-CTTGAGAAACATCAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTA
** * ** *
39903 CAGTCACCCCATTCCTTTAAAAGTCTTACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCA
256 CAGTCA-CCCAAGCCTTCAAAAGAATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCA
39968 TTTTAAGTTGAATTTTTT
320 TTTTAAGTTGAATTTTTT
39986 ACTTTTTATG
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 55, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
TTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTACATCGAGAAACGTAAAGAAAAACCTATTCATT
GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGGCCTTCGAAAACCTAATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTAGAATTTTTTTACATTGTTCGTTAAAATAGATTATAATC
GAATCTCAAGCTTGAGAAACATCAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTACAGTC
ACCCAAGCCTTCAAAAGAATTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
GTTGAATTTTTTTATAG
Found at i:40285 original size:299 final size:299
Alignment explanation
Indices: 39759--40300 Score: 713
Period size: 299 Copynumber: 1.8 Consensus size: 299
39749 GAAAGTCTTT
* * * *
39759 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTACATTGTTG
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATAGAATTTTTTTACATTCTTG
* * ** * * * * *
39824 GTTTAAGTAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGGAACATGTAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
66 CTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* **
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131 GAAAAGTCTATTTACAGTCACCCCATGCCTTTAAAAGTCTTACTATTCAATTTAAATAGTTTTAT
39954 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-TTTTTATGTTAAAAGTCATTCATTGGCAAT
196 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-TGTTAAAAGTCATTCATTGGCAAT
40018 AAAAGTCCTTTTATTGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAA
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* **
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1 TTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATAGAATTTTTTTACATTCTT
* * *
40122 GCTTCAAACAGATTATAATT-AGATGTCTATCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGG
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* * *
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128 CAAGAAAAGTCT-ATTTACAGTCACCCCATGCCTTTAAAAGT-CTTACTA-TTCAATTTAAATAG
* *
40246 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
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40301 TAGATTATAT
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 27, Indels: 16
0.83 0.11 0.06
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297 1 0.00
298 61 0.29
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300 6 0.03
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Consensus pattern (299 bp):
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATAGAATTTTTTTACATTCTTG
CTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCTATTTACAGTCACCCCATGCCTTTAAAAGTCTTACTATTCAATTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGTCATTCATTGGCAATA
AAAGTCCTTTTATTGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAA
Found at i:40308 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40009--40638 Score: 641
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
39999 AAAGTCATTC
* * * * * * * *
40009 ATTGGCAATAAAAGTCCTTTTATTGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGATTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATG
* * * * *
40074 GTTTTATGATCTCATAATTAATTTT-AGATTTAATTTTTTTACA-TTCTTGCTTCAAACAGATTA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTA
*
40137 TAATTAGATGTCTATCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTT
129 TAATTAGATGTCTATCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTT
* *
40180 ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAATG-CTTATTACTTAATTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA-GCCTTATTACTCAATTTAAAT
* *
40244 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
* * *
40309 -ATTTGAATATCTA-CATTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCT-TTT
130 AATTAG-ATGTCTATC-TT-GGAAACATGAAGAAAAAG-GTATTT
* ** * * * ** *
40351 GTTGGTTAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCA-G-CTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTACA
1 ATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAA
* * *
40414 TGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTA
* * * * *
40479 AAATTTA-TTGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
129 TAA-TTAGATGTCTATCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGGTATTT
** * *** * *
40522 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTGTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATG
* *
40587 GTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTGTGTT
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTT
40639 TAGAGCCATT
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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171 307 0.81
172 36 0.09
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATA
ATTAGATGTCTATCTTGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTT
Found at i:40721 original size:641 final size:640
Alignment explanation
Indices: 39363--41100 Score: 2114
Period size: 641 Copynumber: 2.7 Consensus size: 640
39353 AGAAAAACCT
* * * * * * *
39363 ATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTAATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTT-AAAAAGCCTAATTACTCGATTT
* * * * * *
39427 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGCTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGA
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTTTTTATATTTTGC-TTAAAACAGA
* * * * *
39492 TTATAATCGAATCTCAAGCTTGCG-AAACGTCAAGAAAAA-GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * *** *
39555 ATTTATAGTCACCTAA-GCCTTCGAAAGAATTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTCATA
192 ATTTATAGTCACC-AATGCCTTCAAAAG-CTTATTACTTAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
39619 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATAGTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATCTACA-T
255 ATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACATT
* * * **
39683 CGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTTATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATGATCAGTCAGGCCTT
320 AG-GAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAGGCCTT
* * * *
39748 CGAAAGTCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTTT
384 CGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * * *
39813 TTACATTGTTGGTTTAAGTAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGGAACATGTAGAAAAAGGCA
449 TTACATTGTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTTGAGGAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * *
39878 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCCATTCCTTTAAAAGTCTTACTATTCGCTTTA
514 TTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
* *
39943 AATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTATGTTAAAAGTC
579 AATAGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTATGTTAAAAGCC
* * *
40005 ATTCATTGGCAATAAAAGTCCTTTTATTGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGATTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTTAAAAAGCCTAATTACTCGATTTA
* * * * *
40070 AATAGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAGATTTAATTTTTTTACATTCTTGCTTCAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTTTTTATATT-TTGCTTAAAACAGAT
* *
40135 TATAATT-AGATGTCTATCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAGTTCAT
130 TATAATTGA-ATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
* *
40199 TTATAGTCACCCATGCCTTTAAAATGCTTATTACTTAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
194 TTATAGTCACCAATGCCTTCAAAA-GCTTATTACTTAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
40264 GATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCTACATTAGG
258 GATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACATTAGG
* ** *
40329 AAACATGAAGAAAAAGCCTTTTGTTGGTTAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCA-GCTTTCGAA
323 AAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAGGCCTTCGAA
* * *
40393 AGCCTTTTTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
388 AGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
40458 ATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTTATTGTCTGTCTTG-GGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
453 ATTGTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTTGAGG-AACATGAAGAAAAAGGCATTC
* ** * *
40522 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCCATTTGTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
517 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT
* * * *
40586 GGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTGTGTTTAGAGCC
582 AGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTATGTTAAAAGCC
* *
40646 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTTAAAAAGCCTAACTACTCAATTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTTAAAAAGCCTAATTACTCGATTTA
* * * *
40711 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAACTATTTTATATTTGTAG-GTAAAACAGA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTTTTTATATTT-T-GCTTAAAACAGA
* * * * * *
40775 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
* * * ** * *
40840 TTATAGTCACGAATGCCTTGAAAAACCTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATT
194 TTATAGTCACCAATGCCTT-CAAAAGCTTATTACTTAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * *
40905 GATTTTATATTGAATTTTTTTTTAC-TTTTTT-TTAAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACCTC
258 GATTTTACGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAATAGATTATAATTGAATATCTACATT
* * * * ** * *
40968 AGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCAGGCCTTC
320 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAGGCCTTC
* ** * * * *
41033 GAAAGGCTAATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAGTCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTT
385 GAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
41098 TAC
450 TAC
41101 TTTTTCTATG
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 140, Indels: 35
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
640 64 0.07
641 403 0.43
642 391 0.42
643 80 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (640 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTTAAAAAGCCTAATTACTCGATTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGATTAAATTTTTTTATATTTTGCTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
ATAGTCACCAATGCCTTCAAAAGCTTATTACTTAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACATTAGGAAA
CATGAAGAAAAAGCCTTTTATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAGGCCTTCGAAAGC
CTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
GTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTTGAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG
ATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTT
TTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTATGTTAAAAGCC
Found at i:40755 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 40517--40755 Score: 307
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 128
40507 AAGAAAAAGG
* * *** ** * * *
40517 CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTGTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTAACTACTCAATTT
* * * *
40582 AAATGGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTGTGTTTAGAGC
66 AAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTAAACTATTTTACTTTTTGTGTTTAGAGC
* * *
40645 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTTAAAAAGCCTAACTACTCAATTT
1 CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTAACTACTCAATTT
* *
40710 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAACTATTTTA
66 AAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTAAACTATTTTA
40756 TATTTGTAGG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 19, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
128 92 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (128 bp):
CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTAACTACTCAATTT
AAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTAAACTATTTTACTTTTTGTGTTTAGAGC
Found at i:41098 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40644--41105 Score: 482
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
40634 GTGTTTAGAG
* * * *
40644 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTTAAAAAGCCTAACTACTCAATT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTT-GAAAGCCTAATTACTCACTT
* * * * * *
40709 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAACTATTTTATA-TTTGTAGGTAAAACA
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-ATTGAACTTTTTTTTACTTT-TTGGTAAAACA
* * *
40773 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG
128 GATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAA
* * * ** * * **
40815 GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGAATGCCTTGAAAAACCTTATTACTTTCTT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTG-AAAGCCTAATTACTCACTT
* * * ** *
40880 TAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTATATTGAATTTTTTTTTACTTTTTTTTAAAAATA
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-ATTGAACTTTTTTTTACTTTTTGGT-AAAACA
*
40945 GGTTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACATGAAGAAAAAA
128 GATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAAAAACATGAAGAAAAAA
* * * *
40987 CCATTCATTGGCAAGGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCAGGCCTTCGAAAGGCTAATTACTCGCT
1 CCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTT-GAAAGCCTAATTACTCACT
* * *
41052 TTAAATGCTTTTATAGTCTCATAATTCATTTTAACTTGAA--TTTTTTTACTTTTT
64 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA-TTGAACTTTTTTTTACTTTTT
41106 CTATGAAAAG
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 46, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 107 0.45
172 57 0.24
173 73 0.31
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTGAAAGCCTAATTACTCACTTT
AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAATTGAACTTTTTTTTACTTTTTGGTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTAGAAAAACATGAAGAAAAAA
Found at i:41144 original size:472 final size:466
Alignment explanation
Indices: 40184--41576 Score: 1610
Period size: 472 Copynumber: 3.0 Consensus size: 466
40174 GTATTTATTG
* * * * * *
40184 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAATGCTTATTACTTAATTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTAACCCATGCC-TTAAAAAGCTAATTACTCAATTTAAATGGTTT
* * * * * *
40249 TATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGGTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * ** *
40314 AATATCTACATTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTGTTGGTTAGAAAAAGTCCATTTATGGTC
129 AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
40379 ACCCAGCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAG
193 ACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
40444 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAAACAGATTAAAATTTATTGTCTGTCTTGGGAAACATGA
258 TTGAATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAAATAG-TTAAAATTGATTGTCTGCCTTGGGAAACATGA
* ** * ****
40508 AGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTGTTTGAAAGCCTTATT
321 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * *
40573 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTGTGT
386 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTCTAT
** * *
40638 TTAGAGCCATTCATTG
451 GAAAAGCCATTCATTA
* *
40654 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATGCCTTAAAAAGCCTAACTACTCAATTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTAACCCATGCCTTAAAAAG-CTAATTACTCAATTTAAATGGTTT
* * * *
40719 TATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAACTATTTTATATTTGTAGGTAAAACAGATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTT-TTGGTAAAACAGATTATAATTG
* * *
40784 AATGTCTGCCTT-GAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
129 AATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** *
40848 ACGAATGCCTT-GAAAAACCTTATTACTTTCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTA
193 ACCAA-GCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * ** *
40912 TA-TTGAATTTTTTTTTACTTTTTTTTAAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACA
256 -AGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTTTAAAAATA-GTTAAAATTGATTGTCTGCCTTGGGAAACA
* * * * * *
40976 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCAGGCCTTCGAAAGGCT
318 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
41041 AATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAGTCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACTTTTT
382 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTT
*
41106 CTATGAAAAGTCATTCATTA
447 CTATGAAAAGCCATTCATTA
** * * * *
41126 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTAACCCACACCTTCAAAAGCTCAATTACTGATTTTAAATAGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTAACCCATGCCTTAAAAAGCT-AATTACTCAATTTAAATGGTTT
* * * * *
41191 TATAATATCATAATTGATTTTAGGATCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAGAGATTGTAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTG
* *
41256 AATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCTGA-TTATAGTC
129 AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTC
* *
41320 ACCTAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
193 ACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
41385 GTTGAGTTTTTTTGTATTTTTTCTTAAAAGATA-TTAGAATTGATTGTCTGCCTTGGGAAACATG
257 GTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAA-ATAGTTAAAATTGATTGTCTGCCTTGGGAAACATG
* **
41449 AAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAAACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
320 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
41514 TGCACACTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
385 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTT
41577 GTTTAAAATA
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 132, Indels: 39
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
469 32 0.04
470 280 0.36
471 116 0.15
472 335 0.43
473 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (466 bp):
GCAAGAAAAGTCCATTTATTGTAACCCATGCCTTAAAAAGCTAATTACTCAATTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTATATTTTTTTTAAAAATAGTTAAAATTGATTGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTCTATGAAAA
GCCATTCATTA
Found at i:41243 original size:128 final size:129
Alignment explanation
Indices: 40988--41227 Score: 290
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129
40978 AAGAAAAAAC
* * * ** *
40988 CATTCATTGGCAAGGTAAAGTCCATTTATAGTTACCCAGGCCTTCGAAAGGCTAATTACTCGCTT
1 CATTCATTAGCAAGGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCACACCTTCGAAAAGCTAATTACTCGCTT
* * * *
41053 TAAATGCTTTTATAGTCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACTTTTTCTATGAAAAGT
66 TAAATGCTTTTATAATATCATAATTCATTTTAACATCAATTTTTTTACTTTTTCTATGAAAAGT
* *
41117 CATTCATTAGCAA-GAAAAGTCCATTTATTGTAACCCACACCTTC-AAAAGCTCAATTACT-GAT
1 CATTCATTAGCAAGGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCACACCTTCGAAAAGCT-AATTACTCG-C
* **
41179 TTTAAATAG-TTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATCAATTTTTTTA
64 TTTAAAT-GCTTTTATAATATCATAATTCATTTTAACATCAATTTTTTTA
41228 TATTTTTGGT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 15, Indels: 7
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 7 0.08
128 73 0.78
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Consensus pattern (129 bp):
CATTCATTAGCAAGGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCACACCTTCGAAAAGCTAATTACTCGCTT
TAAATGCTTTTATAATATCATAATTCATTTTAACATCAATTTTTTTACTTTTTCTATGAAAAGT
Found at i:41405 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 41179--45342 Score: 3429
Period size: 171 Copynumber: 24.4 Consensus size: 172
41169 AATTACTGAT
* * * * * *
41179 TTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAG
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * *
41244 AGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
41309 TGA-TTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCAC
131 TCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
** * * ** ** *
41350 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTTCTTAAAAG
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * *
41415 ATATTAGAATTGATTGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * *
41479 C-CATTTATAAACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCACAC
130 CTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
41521 TTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * **
41586 AGATTGTAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGATTAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
41650 -TAATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCGC
130 CTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
41692 TCTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTT-GGTTTCAATTGTTTTAGATTTTTGTTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * * * *
41756 TAGATTGTAATTGAATGTCTATCTTAGAAAATC-TGAAGAAAAAGCGATTCATTGGGAAGAAATG
65 TAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
41820 TC-CATTTCTAGTTACTCT-TGCCTTCGAAAG-CTTAATTACTCAC
129 TCTCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTCGC
* * * *
41863 TTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTTATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGGTT-AAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAA
* ** * * * ** *
41927 TCAGATTGTAATCAAATGTTTGCCCTAGGAAACTTGAAGAAAAAGCTTTTCATTAGCAAGAAAAG
65 T-AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
41992 TC-CATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGTCTTATTA-TGCGC
129 TCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-CGC
* * * * * * * ** *
42035 GTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTGTATTTGTTTATATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *
42100 AGATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAGGTCATTCGTTGGCAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
42165 -CATTTATAGTTAGCC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
131 TCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * **
42206 TTTAAACGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * ** *** *
42271 AGATTATAGTTGAATGCCTACCTT-GACAAACATGAAGAAACAA-ATATTCATTGATGAGAAAAA
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
42334 TCT-ATTTATATTTACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGC
129 TCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
42377 TTTAAAAT-ATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTAAAAA
1 TTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAA
* * * ** * *
42441 ACATATTATAATTGAATATCTGTATT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATTGGCAA-AGAA
64 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AA
* * * * * * *
42504 AG-CCCATTTATGGCCACCAAAGCCTTTGAAGGCCTTACTACTCGC
127 AGTCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *********** *
42549 TTTAAATGGTTTTACAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTNNNNNNNNNNAGTTAAAAG
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* ** * * ** *
42614 AGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAACATGAATAGAAAGCCATTCATTGATAATAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
42679 T-ATTTATAGTCAACC-ATGCCTTCGAAAGCCTGATTACTCGC
131 TCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
42720 TTTAAAAGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTTATATTTTTTGTTAAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * ** * * *
42785 AGATTATAATCGAATCTC-GACCTTGGGAAATGTGAA-AAAAAGTCATTTATTGTCAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* **
42848 CT-ATTTATGGTCACCTATGTTTTTGAAAAGCCTTATTACTCGC
130 CTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGC
*********** * * *
42891 TTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* ** * * * *
42956 AGATTATAATCGAATGTCTAACTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAACTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
43021 T-ATTTATAGTCACCCATGACTTTGAAAGCCTTGTTACTCGC
131 TCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * ** *
43062 TTTAAATGGTTATATGATCTCATAATTGATTTGAAG-TGAAATTTTTTTTGTATTTTTGGTGAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * **
43126 ACAGATTATAAATGAATGTCTTCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCAATCATTACCAAGAAAAG
64 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
43191 TC-CATTAATATTCACCCAAGCCTTGGAAAG-CTTAATTACTCGC
129 TCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTCGC
* * * * *** *
43234 TTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAAATAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* **********
43299 AGATTATAATT-ATATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTNNNNNNNNNNGT
66 AGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* **
43363 CT-ATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGAAAG-CTTAATTACTCAT
130 CTCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTCGC
********** * ** *
43405 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* ** * * ** **
43470 AAATTATAATCAAATCTC-GACCTTAGGAAACGTGAA-AAAAAGTTATTCATTGATAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
43533 CT-ATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCAC
130 CTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
**********
43575 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * *
43640 AGATTATAATTAAATATCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAGAG-CATTCATT-G---G-TAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
43698 T-TTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG-CTTGATTACTCGC
129 TCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTT-ATTACTCGC
* * * *
43741 CTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * *
43806 AGATTATAATTAAATGTCT-CTCTT-GAAAAACGTGAA-AAAAAGGACATTCATTGGTAAGAAAA
66 AGATTATAATTGAATGTCTGC-CTTAG-GAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
43868 GTCT-ATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCGTTATTACAT-GT
128 GTCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGC
* *
43912 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAGGTTGAGA-TTTTTTACATTTTTGTTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
43976 CATATTATAATTAAATGTCTTG-CTTGGGAAACTTGAA-AACAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
65 TAGATTATAATTGAATGTC-TGCCTTAGGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
44039 GTC-CATTTATAGTCAACC-ATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGC
128 GTCTCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
44083 TTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAAATTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * **
44147 AGATTGTAGTTGAATATCTGCATTGGGTAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTGAGAAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGT
* * * * * * *
44212 C-CATTTATGGTCA-CTCAAGACTTCGAATA-CTTTTTTGCTCGC
130 CTCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGC
* *
44254 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-GAGTTGAATTTTTCTTACATTTTTTGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAA
** * * *
44318 ATAGATTATAATCAAATCT-TGACCTT-GGAAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
64 ATAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * **
44381 AGTCT-ATTTATAGTCACTTGTATCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
127 AGTCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
44426 CTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATATTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
*
44491 AGATTATAATTAAATGTCTGCC-TAGGAAAACATGAA-AAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAA
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAA
* * *
44554 GTC-CGTTTATAGTCAACC-ATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGC
128 GTCTCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
44598 TTTAAACGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-CTTTTCACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * ** *
44662 AGATTATAGTTGAATATCTACATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGTTG-AAGAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG--GCAAGAAAAG
* * * ** *
44726 TC-CATTTAT-GATCACCCAAGCCTTCGACTGCCTTTTTACTCGC
129 TCTCATTTATAG-TCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
44769 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTTACATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
44834 TAGATTATAATCGAATCT-TGACATTGGGAAACGT-AA-AAAAA-CTCAATTCATTGACAAGAAA
65 TAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC-C-ATTCATTGGCAAGAAA
* * *
44895 AGTCT-ATTTATAGTCACTTA-GATCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
127 AGTCTCATTTATAGTCACCTATG-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
44940 CTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * *
45005 AAATTATAATTAAATGTCTACCTT-GGAAA-ATGTGATGAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAT
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
45068 TGT-ATTTATAATCACCCAAGCCGTTGAAAGCCTTATTGCTCAC
129 TCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
45111 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *
45175 AGATTATAATTGAATGTATACCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * ** * *
45240 -AATTTACAGTTACCCATGCCTACGAAAGCCTAATTACTCAC
131 TCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * * *
45281 TTTAAATAGTTTTCTAATCCCATAACTGATTTCAGGCTGAATATTTTTACAGTTTTGATTAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
45343 TTAGTAATTG
Statistics
Matches: 3232, Mismatches: 635, Indels: 252
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 10 0.00
166 130 0.04
167 2 0.00
169 15 0.00
170 429 0.13
171 1884 0.58
172 649 0.20
173 112 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
TCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:42203 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 41111--45996 Score: 4208
Period size: 514 Copynumber: 9.6 Consensus size: 511
41101 TTTTTCTATG
* * * * ** * *
41111 AAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTAACCCACACCTTCAAAAG-CTCAATTAC
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTAC
* * * * * * *
41175 T-GATTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATCAATTTTTTTATATTTTTGGTT
65 TCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * *
41239 AAAAGAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGCAAGAA
129 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * **
41304 AAGTCTGA-TTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAATTTTATAA
193 AAGTCT-ATTTATAGTCACTCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** ** * * * * *
41367 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTTCTTAAAAGATATTAGAATTGATTGT
257 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
* * **
41432 CTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAAACACCCA
322 CTGCC-TAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
41496 AGCCTTTGAAAGCCTTATTGCACACTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
385 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
41561 ATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGA
450 A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGA
** ** * ** *
41624 AAAAGCCATTCATTGGCAAGATTAGTTAATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
41689 CGCTCTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTT-GGTTTCAATTGTTTTAGA-TTTTTGTTT
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TT
* * * * * *
41752 AAAATAGATTGTAATTGAATGTCTATCTTAGAAAATCTGAAGAAAAAGCGATTCATTGGGAAGAA
129 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAA-CTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
41817 ATGTCCATTTCTAGTTACTCT-TGCCTTCGAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
193 AAGTCTATTTATAGTCACTCTATGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
41880 TATCATAATTTATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGGTTAAATCAGATTGTAATCAAATG
257 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * ** * *
41945 TTTGCCCTAGGAAACTTGAAGAAAAAGCTTTTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
321 TCTG-CCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
42010 TGCCTTTGAAAGTCTTATTA-TGCGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGCTG
385 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** * * * * *
42074 TATTTGTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGA
449 AATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * * *
42138 AAAGGTCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAGCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
42203 CGCTTTAAACGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * ** ** ***
42268 AATAGATTATAGTTGAATGCCTACCTTGACAAACATGAAGAAACAA-ATATTCATTGATGAGAAA
131 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAAC-TGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * ** *
42332 AATCTATTTATATTTAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAAAT-ATTTTATAAT
194 AGTCTATTTATAGTCACTCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
42395 CTCATAACTGATTTTAGGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTAAAAAACATATTATAATTGAATAT
258 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAAACAGATTATAATTAAATGT
** * * * * * * *
42460 CTGTATTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCTTTTATTGGCAA-AGAAAGCCCATTTATGGCCACCAA
322 CTGCCTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
42524 AGCCTTTGAAGGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCACATAATTGATTTTAGGTTGA
385 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
********** * * ** *
42589 ATTTTTNNNNNNNNNNAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAACATGAATA
450 ATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* ** * * * *
42652 GAAAGCCATTCATTGATAATAAAAGTCTATTTATAGTCAACCATGCCTTCGAAAGCCTGATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
42717 CGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTTATATTTTTTGTTAA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * *
42782 AAAAGATTATAATCGAATCTCGACCTTGGGAAATGTGAA-AAAAAGTCATTTATTGTCAAGAAAA
131 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAA-CTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* ** * * **
42846 GTCTATTTATGGTCAC-CTATGTTTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANN
195 GTCTATTTATAGTCACTCTATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
********* * * * * **
42910 NNNNNNNNAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATCGAATGTCT
259 TCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT
* * * * * * * *
42975 AACTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATGA
324 -GCCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
43040 CTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTATATGATCTCATAATTGATTTGAAG-TGAAAT
388 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-
** * * * * *
43104 TTTTTTTGTATTTTTGGTGAAAACAGATTATAAATGAATGTCTTCCTTAGGAAACGTGAAGA
451 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * ** * * * *
43166 AAAAGTCAATCATTACCAAGAAAAGTCCATTAATATTCACCCAAGCCTTGGAAAG-CTTAATTAC
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-ATTAC
* * * * ***
43230 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTAAATA
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* ** * ********
43295 AAACAGATTATAATT-ATATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTNNNNNNNN
130 AAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTGGGAAAC-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
** * *
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193 AAGTCTATTTATAGTCACTCTATGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
********** * ** * * *
43422 TCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAATTATAATCAAATCT
257 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
* ** ** * *
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* * * **********
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* * *
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450 A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGA
* ** * *
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1 AAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT-ATTA
* * * * *
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* ** * *
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* * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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*
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** * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * * **
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44699 A
511 A
* * ** *
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*
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* * * *
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* ** * *
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* *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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510 GA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * ** * * *
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256 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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450 A-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-A
* *
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* *
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* * * *
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** * *
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193 AAGTCTATTTATAGTCACTCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
*
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258 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC
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Statistics
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Found at i:42678 original size:685 final size:677
Alignment explanation
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * ** * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ********
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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***********
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* ** * * * *
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* * * **
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* * * * * ** *
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* * *
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* * * **
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******
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**** * **
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* * ** *
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* * * *
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1 A-AAAGCCATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* ** * * *
44593 CTCGCTTTAAACGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTCACATTTTTGGTTA
63 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTAAATTTTTAGTTA
* * * * * * ** * **
44658 AAATAGATTATAGTTGAATATCTACATTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGTTGAAGAA
127 AAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-ACAAGAA
* ** *
44723 AAGTCCATTTAT-GATCACCCAAGCCTTCGACTGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
191 AAGTCCATTTATAG-TCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* *
44787 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATCGAATCT
254 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATCGAATCT
* * * * *
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318 CTGACCTTGGGAAACGTGAAAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT
* * *
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382 -G-TCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** *
44979 AATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGGAAAATGTGATGA
445 AATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GAAAACATGAAGA
* * *** * * * * * * * *
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* * * * * *
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573 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTACATTTTTGGTTAAA
* ** * *
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* * * * * * * *
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1 AAAAGCCATTCATTGGCAAAG-AAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
45277 TCACTTTAAATAGTTTTCTAATCCCATAACTGATTTCAGGCTGAA----T--A--TTT--TT---
64 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTAAATTTTTAGTTAAA
* * ** ** * *
45329 ACAG-TTTTGATT-AAT-TAGTAATT-GGAAACATGAA-AAGAATA-CCTTTCATTGGCAAGAAA
129 ACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAA-AA-AGCCATTCATTGACAAG-AA
* * * *
45388 AAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTT-TTACTCACTTTAAACGGTTTTATAAT
191 AAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * *
45452 CTCATGGTTGA-TTTAAGGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATA
254 CTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATCGAATC
* * * * * * * *
45515 TTTG-CC-TGAGGAATCGTGAAGAAAAAGCCCTTAATCGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC
317 TCTGACCTTG-GGAAACGTGAA-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
45578 TAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTTATCTCATAATTGATTTTAGGTT
380 -ATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * * *
45643 GAACTTTTTTACATTTTTGATGAAAACAGATTATTATTCAATATTTGCCTTGGGAAACATTAAGA
444 GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GAAAACATGAAG-
*** * ** *
45708 AAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
507 AAAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTAATTAC
* * * *
45772 TTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
572 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TGTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * ** * *
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636 AAATAGATTATAATTGAATGTCTG-TCTTGGAAAACATGAAGA
* * * *
45879 AAAAGCCATTCATTGGC-GAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATA-TCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * **
45942 CTCACCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
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45993 TTACNNNNNN
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GGGAAACGTGAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGTCTTTGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
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TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
GAATGTCTGTCTTGGAAAACATGAAGA
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * *
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* * * * *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * *
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*
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * *
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* *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 TTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAA
* * * *** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *********** *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** * * * * * * *
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* **
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*********** ** * *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** * * * * * *
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66 AGATTATAATTAAATATCTACCTTGA-GAAACGTGAAA-AAAGAGACATTCATT-G---G-TAAG
* * *
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* * * ** *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTG-GGTTG-AA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *** *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * * *****
43299 AGATTATAATTATATGTCTGTCTT-AGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTNNNNNNNNNNG
66 AGATTATAATTAAATATCTACCTTGA-GAAACGTGAA-AAAAGAGACATTCATT-----GGTAAG
* **
43362 TCTATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCGAAAGCTTAATTACTCAT
124 TCTATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTGAAAGCTT-ATTACTCGC
********** * ** *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * ** *
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66 AGATTATAATTAAATATCTACCTTGA-GAAACGTGAAAAAAGAGACATTCATTG----G-TAAGT
* *
43533 CTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCAC
125 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGC
**********
43575 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
*
43640 AGATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAG-CATTCATTGGTAAGTTTATT
66 AGATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAGAGACATTCATTGGTAAGTCTATT
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130 TATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCTT-ATTACTCGC
* * *
43741 CTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* *
43806 AGATTATAATTAAATGTCT-CTCTTGAAAAACGTGAAAAAA-AGGACATTCATTGGTAAGAAAAG
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* * *
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* * *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * * *
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* * *
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124 TCTATTTATAGTC-ACCTATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGC
* * ** *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * **
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *
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44598 TTTAAACGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-CTTTTCACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * *
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** *
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** * * * ** *
44834 TAGATTATAATCGAATCT-TGACATTGGGAAACGT-AAAAAA-ACTCAATTCATTGACAAGAAAA
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* * * *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
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45345 AG----TAATTGGAA-A-C-A---TGA-AAA---GAATACCTTTCA-TTGGCA-AGAAAAAGTCC
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* * * *
45394 ATTTATGGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCCTT-TTACTCAC
127 ATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAG--CTTATTACTCGC
* ** ** * **
45434 TTTAAACGGTTTTATAATCTCATGGTTGATTTAAGGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * *
45499 AGATTATAATTGAATATTTGCC-TGAGGAATCGTGAAGAAAA-AGCCCTTAATCGGTAAGAAAAG
66 AGATTATAATTAAATATCTACCTTGA-GAAACGTGAA-AAAAGAGACATTCATTGGT-----AAG
* *
45562 T-TCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGC
124 TCT-ATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGC
* * * * * * *
45605 TTTAAATGGTTTTGTTATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACATTTTTGATGAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * *
45670 AGATTATTATTCAATATTTGCCTTGGGAAACATTAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGT
66 AGATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAGAGACATTCATT-G---G-TAAGT
* ** *
45734 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
125 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGC
* * *
45776 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** * * * * * * *
45841 AGATTATAATCGAATCT-TGACCTTGGGAAATGTAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCGAGAAAAGT
66 AGATTATAATTAAATATCT-ACCTTGAGAAACGTGAAAAAAGAGACATTCATT---G-G-TAAGT
** *
45905 CTATTTATAGTCACCTATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
125 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGC
* * *
45947 CTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTAC
45997 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3685, Mismatches: 748, Indels: 428
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
152 1 0.00
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175 9 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (165 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
AGATTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAGAGACATTCATTGGTAAGTCTATTT
ATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCTTATTACTCGC
Found at i:46831 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 46528--49949 Score: 3068
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46518 NNNNGTTAAG
* * * * * * *
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1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * *
46593 AGCTAATCATTGCCCCAGAAAAGTCCATTTATATTCACCTAAGCCTTCCAAAGCCTAATTACTCG
66 AGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
*
46658 CTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * * * *
46700 TTTTTCTATATTTTTTATTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * *
46765 AGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCGC
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
46830 TTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
** * ** * ** * *
46871 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGATTATAATCAAATCTCAACCTTGGGAAATATGAAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * ** ** * * * * *
46936 AGTCATTTATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAGGCCTTATTACTCAA
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-G
* * * *
47001 C-TTCAACGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * *
47042 TTTTTTAAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAA-AAG
1 TTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAA-
* * * * * *
47105 AAGAGCC-TTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCT
64 AA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* ** * * *
47169 CACTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * ** * * * *
47213 GTTTTTTA-ATTTTTTTGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAATCATGAAGAAT
1 TTTTTTTACA-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
* * * * *
47277 AAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTG
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
47342 CTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * *
47384 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCATTAGGAAACAT-AGAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGA-AGAAA
* * * * * * * *
47448 ATA-CCTTTCATTAGTAAGAAAATGTCCATTTATGGTCACCTAAGCTTTCGAAAGCCTTTTTACT
65 A-AGCCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * **
47512 TGCTTCAAACGGTTTTATAATCTCGTAGATT-ATTTTAAGTTTTA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * * ***
47556 TTTTTTTACATTTTATATTAAAATAAATTATAATTGAATATCCGCCTTAGAAAACCCAAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
47621 AGCTC-TT-AGTCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTC
66 AGC-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
47684 GCTTTCAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * *
47727 CTTTTTTACATGTTTGGTGAAAATA-ATTATAATTGAATCTCTG--ATGCAGGAAACGTGAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTG--GGAAACATGAAGAA
* * * * *
47789 AAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
*
47854 GCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * ** *
47897 CTTTTCTACATTTTTGGTGAAAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATAAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
47962 AGGCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTCGAAAGCATTATTACTCGC
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* * * *
48027 TTTAAATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTCAAGTTGAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* ** * ** * * **
48068 TATTTTTACCCTTTTTGCTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATAAAAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * * * * **
48133 AGCCATACATTGACAAGAAAAGCCCATTTATTGTTACCCTTACCTTCAAAAGCCTAATTACACAA
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
48198 TTAAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * *
48239 TCTTTTTACATTTTTGGTTCAAATAGATTATAATTGAATATATGCCTTAGGAAACATAAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
48304 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCGTTTATAG-CA-CCATGCTTTAGGAAGCCTTATTACTCAC
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
48367 TTTACATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * * ** * *
48408 TTTTTTTATAGTTTTT-AT-AAA-A-ATTGTAATTGAATATTTGCATAAGGAAACGTAAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
48469 A-ACATTTCATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCAAGCCATCGAAAGCCTTTTTACTC
66 AGCCA-TTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
*
48533 GCTTTAAATGG-----T--T-TCATAATTAATTTTAGGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * *
48568 TTTTTTTACATTTTTGGATAAAACATATTATAATT-ATATGTCTGCCTTGGGAAACAAGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
* * * *
48632 AAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCG
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
48697 CTTTAAATGGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAGGTTGAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
** * * * *
48739 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAA-T-AA-GATCTTCACCTTGGGAAACGTGAA-A
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TC-T-GCCTTGGGAAACATGAAGA
* * * * * * *
48800 AAAAGCTATTCATTGG-TAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTACT
63 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
48864 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGATTGAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * ** * * * * *
48908 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGCATATTATAATTAAATATCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * *
48973 GGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGT
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
49038 TTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * **
49079 TTTTGTTTAC-TTGTTTTGTT-AAACAGATTATAAGTGAATGTCTACCTTTGAAAATGTGAAGAA
1 TTTT-TTTACATT-TTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAA
* ** ** *
49142 AAAGCCAATCATTCTCAAGAAAAGTCCATTTA-AGTTTCCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTC
64 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
49206 GCATTAAATGGTTTAATAATCTCATAACTGATTTCAGGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * *
49249 -GTTTTTA-ATATTTTT-TTAAAATAGATTATAATTAAATATCTGCATTGGGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
** ** *
49311 AGAG-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTC
65 A-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
** * * * *
49375 AATTTAAATGATTTTATAATCAT-GTAATTAATTTTAGCTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * * * * * *
49418 TTTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAACGTTTGCCTTGGGAAACGTAAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* ** ** *
49483 AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTGATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
66 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
49548 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGATTGAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * * ** * * **
49589 TTTTTTTATA-TTTTTGTT-AAATCATATTATAATTAAATACCTACATCAGGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAA
* *** * * * * * *
49652 AAGCCTTTTGCTAGCTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT-GAAAAGTCTTTTTACT
65 AAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACT
* *
49716 CGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT-GAGTTGAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAA
* * * * * * ** *
49760 TGTTTTTACTTTTTTTCTTAAAATTGATTATAATTGCATGTTTGTATTAGGGAAGC-TGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACATGAAGAAA
* * * * * * *
49824 AAGGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
65 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * *
49889 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
* * *
49931 TTGTTTTACCTTTTGTGTT
1 TTTTTTTACATTTTTTGTT
49950 TAAAGCCATT
Statistics
Matches: 2640, Mismatches: 536, Indels: 149
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
160 34 0.01
161 3 0.00
162 3 0.00
163 54 0.02
164 42 0.02
165 49 0.02
166 14 0.01
167 7 0.00
168 100 0.04
169 264 0.10
170 316 0.12
171 1485 0.56
172 255 0.10
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA
Found at i:50296 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 49957--50368 Score: 422
Period size: 174 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
49947 GTTTAAAGCC
* * * ** *
49957 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATTA-TTACCCATTTCTTCAAAAGCCTAATTACTCGA-TT
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTTACCAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTC-ACTT
** * ** * *
50020 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAGTTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTCTTGATTAAAATAG
64 TAAATAATTTTATAATCACACAATTAATTCTAGGTTGAATTTTTTTACATTCTTGATTAAAATAG
*
50085 ATTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAAGT
129 ATTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAAC--GAAGAAAAAAACT
* * *
50128 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTA
* ** * *
50193 AATAATTTTATAATCACACAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTGTTAAAATA
66 AATAATTTTATAATCACACAATTAATTCTAGGTTGAATTTTTTTACATTCTTG---ATTAAAATA
** * *
50258 GATTATAATTGAATGTGTA-CTTCGGGAAACATGAA-AAAAAAACT
128 GATTATAATTGAACATCTACCTT-GAGAAAC--GAAGAAAAAAACT
* * *
50302 ATTCATT-AGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTTACCAATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCACTTT
1 ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTT
50366 AAA
65 AAA
50369 AGGTTTTATA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 32, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 94 0.47
173 4 0.02
174 100 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCAATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTA
AATAATTTTATAATCACACAATTAATTCTAGGTTGAATTTTTTTACATTCTTGATTAAAATAGAT
TATAATTGAACATCTACCTTGAGAAACGAAGAAAAAAACT
Found at i:50378 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 50000--50380 Score: 446
Period size: 174 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
49990 CCATTTCTTC
* * ** * *
50000 AAAAGCCTAATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAGTTAATTTTAGGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTAATTACTC-ACTTTAAAAGGTTTTATAATCACACAATTAATTCTAGGTTGAATTTTT
* * *
50064 TTACATTCTTGATTAAAATAGATTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTA
65 TTACATTCTTGATTAAAATAGATTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAACTA
* *
50129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT
130 TTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTT
* * *
50171 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-ATTTTATAATCACACAATTGATTCTAGGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTAATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCACACAATTAATTCTAGGTTGAATTTTT
** * * ** * *
50235 TTTTATTTTTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTA-CTTCGGGAAACATGAAAAAAAA
65 TTACATTCTTG---ATTAAAATAGATTATAATTGAACATCTACCTT-GAGAAACATGAAAAAAAA
* *
50299 ACTATTCATT-AGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTTACCAATGCCTTT
126 ACTATTCATTGA-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTT
*
50345 GAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAAT
1 AAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAAT
50381 TTGAAATTCA
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 27, Indels: 13
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 60 0.34
173 5 0.03
174 109 0.62
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCACACAATTAATTCTAGGTTGAATTTTTT
TACATTCTTGATTAAAATAGATTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAACTAT
TCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTT
Found at i:50523 original size:471 final size:462
Alignment explanation
Indices: 49531--50892 Score: 1338
Period size: 471 Copynumber: 2.9 Consensus size: 462
49521 GATGCCTTTG
* * * *
49531 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
49596 ATATTTTTGTT-AAATCATATTATAATTAAATACCTACATCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTT-
65 ACATTTTTGTTAAAAT-AGATTATAATTGAATATCTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAG-TTTC
* * * * *
49659 -TTGCTAGCTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTGAAAAGTCTTTTTACTCGCTTTA
128 ATTG--A-CAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
49723 AATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA--TGTTTTTACTTTT-TTTCTTAAAATT
189 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAG-GTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTGTTAAAATA
* * ** * *
49785 GATTATAATTGCATGTTTGTA-TTAGGGAAGCTGAAGAAAAAGGCATTCATTTGTAAGAAAAGTC
253 GATTATAATTGAATG--TGTACTT-GGGAAACTGAA-AAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTC
* * * * *
49849 TATTTCTAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
314 -ATTTATAGTCACCAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
49914 ATTCATTTTATGTTGAATTGTTTTACCTTTTGTGTTTAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
378 ATTCATTTTAAGTTGAATT-TTTTACTTTTTATG-TTAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
***
49979 TCTATTATTACCCATTTCTTCA
441 TCTATTATTACCCACACCTTCA
* *
50001 AAAGCCTAATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAGTTAATTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTT
* * *
50066 ACATTCTTGATTAAAATAGATTATAATTGAACATCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTAT
65 ACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTAAG-GAAACGTGAAG-AAAAAGT-T
* *
50130 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
126 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
50195 TAATTTTATAATCACACAATTGATTCTAGGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTGTTAAAATAGA
191 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAGGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTGTTAAAATAGA
*
50260 TTATAATTGAATGTGTACTTCGGGAAACATGAAAAAAAAACTATTCATTAGCAAAAAAAGTGCAT
255 TTATAATTGAATGTGTACTT-GGGAAAC-TGAAAAAAAAAC-ATTCATTAGCAAGAAAAGT-CAT
* * * * * *
50325 TTATAGTTACCAATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATTTGA-AATT
316 TTATAGTCACCAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
50389 CATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTTTGTTAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
381 CATTTTAAGTTGAATTTTTTAC-TTTTTATGTTAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTA
* *
50454 TTGTTACCTACACCTTCA
445 TTATTACCCACACCTTCA
* * *
50472 AAAGCCTAATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATT-AATTTTTT
1 AAAGCCTAATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGG-TTGAATTTTTT
* * * * * * * *
50536 TTCATTTTTGGTTAAAACAGATTGTACTTGATTGTTTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCTT
64 TACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAG--TT
* * * * * * *
50601 TCATTGGCAA-AGAAAGTCCAATTATGGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCTTTACTATTCACTTTA
126 TCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * ** * * *
50664 AATAGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTTTCTTGTATTTTTG---GTTAAAAGA
189 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTGTTAAAATA
* * * * * * *
50726 TATTAGAATTGATTGTCTGCTTGGGAAACGTGAAAAAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
253 GATTATAATTGAATGTGTACTTGGGAAAC-TGAAAAAAAA-ACATTCATTAGCAAGAAAAGT-CA
* * *
50791 TTTATAGACACCTAA-ACCTTT-AAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
315 TTTATAGTCACC-AATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
50854 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAT-TTAAAA
379 TTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TTTTTATGTTAAAA
50893 TAGATTGTAA
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 118, Indels: 61
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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474 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (462 bp):
AAAGCCTAATTACTCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGTTTCATT
GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTAGGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTTTGTTAAAATAGATTATAA
TTGAATGTGTACTTGGGAAACTGAAAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCAC
CAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGT
TGAATTTTTTACTTTTTATGTTAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATTATTACCCAC
ACCTTCA
Found at i:50534 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 50296--50535 Score: 297
Period size: 126 Copynumber: 1.9 Consensus size: 126
50286 ACATGAAAAA
* * ** **
50296 AAAACTATTCATTAGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTTACCAATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTC
1 AAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCAACACCTTCAAAAGCCTAATTACTC
* *
50361 ACTTTAAAAGGTTTTATAATTTGAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTTTGTT
66 ACTTTAAAAGGTTTTATAATATCAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTTTGTT
* * *
50422 AAAACCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCTACACCTTCAAAAGCCTAATTACT
1 AAAACCATTCATTAG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCAACACCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * *
50486 CATTTTAAATA-GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATT-AATTTTTT
65 CACTTTAAA-AGGTTTTATAATATCA-AATTCATTTTAAG-TTGAATTTTTT
50536 TTCATTTTTG
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 14, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
125 1 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (126 bp):
AAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCAACACCTTCAAAAGCCTAATTACTC
ACTTTAAAAGGTTTTATAATATCAAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTTTGTT
Found at i:51198 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 50422--52526 Score: 1671
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 168
50412 TTTTTTTGTT
* * * ** ** *
50422 AAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGT-TACCTACACCTTCAAAAGCCTAATTAC
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATT-C
* * * *
50485 TCATTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTT
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* * * * * *
50549 AAAACAGATTGTACTTGATTGTTTGCCTAAGGAAACGTGAAGA
127 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAA-GAAACATGAAGA
* * * * * *
50592 AAAAGCCTTTCATTGGCAA-AGAAAGTCCAATTATGGTC-ACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTACTA
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATGCCTTTGAAAGCCTTA-T-
* * * ** **
50655 T-TCACTTTAAATAGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAACTTGAATTTTCTTGTATTTTTGGT
62 TCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGT
* * * * * * ** *
50719 TAAAAGATATTAGAATTGATTGTCTGCTTGGGAAACGTGAA-A
126 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGA
* * **
50761 AAAAACGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAC-ACCTAAACCTTT-AAAGCCTTATTA
1 AAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATT-
* * * * **
50824 CACACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTATTT
63 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
50889 AAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGA
127 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGA
* * * * * * * *
50932 AAAAGCTATTCATTGGCAAGATAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTAGTAAGCCTAATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATT-CT
* *
50997 CACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTGTTTACATTTTTGGTTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAA
* * * * *
51062 AGCAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTTAAGA
129 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGA
* * * *
51103 AGAAGCC-TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTGTG
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTCT-
* * **
51167 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTATTAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAA
* * * *
51232 AACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGA
129 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACATGAAGA
* * * *
51273 AAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-C-TTTATAGTCACCCATACCTTTGAAGGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATT-CT
* * * * * * * **
51336 CATTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGTTTTTATGTTGAATGTTTTATATTTTTTATTAAA
65 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** *
51401 ATAGATTATAGTTGAATACCTACCCTGAA-AAATATGAA-A
130 ACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCT-AAGAAACATGAAGA
* * * * * *
51440 AAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATATTTACCCATGCCTTTGAAAG-CTTAATTAC
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTT-ATT-C
*** * * *
51504 TTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGATTTTAGGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * *
51569 AAACAGATTGTAATTGAATATCTGCATTGAGAAACATGAAGA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTAAGAAACATGAAGA
* * * * * * * *
51611 AAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT-GGCCACCTAAGTCTTCG-AAGAACTTATTA
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTTGAAAG-CCTTATT-
* * *
51674 CTCACTTTAAACGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTT
63 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTT
* * ** *
51739 AAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAATA
127 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACATGAAGA
* * * ** * * *
51782 GAAAGCCATTCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATGGC-TTCAGAAGCCTAATTAC
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGA-AAGCCTTATT-C
* * * *
51846 TCACTTTGAAA-GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCGGTTGAATGTTTTTATATTTTTTAG-
64 TCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTTGGT
** * * * *
51909 TAAAACAGATTATAATCAAATCTCGACCTAGGAAA-ATGTGAAAA
126 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACA--TGAAGA
* *
51953 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTGC
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATT-C
* * * *
52017 TCGCCTTAAAAGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
64 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * ** **
52082 CAACAGATTATAATCG-ATCGTCTAACTTGGGAAACACAAAGA
128 AAACAGATTATAATTGAAT-GTCT-ACCTAAGAAACATGAAGA
* * * * *
52124 AAAAGCCATTCATTAGCAACCAAAA-TCCATTTCTTA-TCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT-
1 AAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTT-ATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTC
* * *
52186 ACACGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
64 TCAC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * **
52251 TACAACAGATTATAATCG-ATCATCTAACTAGGGAAACACAAAGA
126 TAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTA-AGAAACATGAAGA
* * * *
52295 AAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTCTTA-TC-ACCGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCAACC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATT-
* * * ** * * * * * *
52358 CACGCTCTAAACAGTTTTATAA-CTTCAGAATTAATTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTCTTGGC
63 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGT
* * * * *
52422 TAAAACATATTATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAACGTGAAGA
126 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGA
* * *
52466 AAAAGCCATTGATTGGCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
52527 AAAACAAATT
Statistics
Matches: 1578, Mismatches: 287, Indels: 140
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 24 0.02
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169 232 0.15
170 353 0.22
171 871 0.55
172 47 0.03
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTCTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGA
Found at i:52817 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 52558--55292 Score: 1834
Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 169
52548 TCGACTTTGA
* * ** **
52558 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATATCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
* * * *
52623 AGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTGTTATAATCTTATAATTGGTTTTAGTTTGAATTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTTTAC
* * * *
52688 ATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAATCGAATGCCTACCTAGG
130 ATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTA-G
** * * **
52729 GAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTTTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
* * **
52794 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCACAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAA-TTTTTTTA
* * * * *
52859 CA-TTTTTGATGAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTGCCTTAT
129 CATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
* ** * * * * * * *
52901 AAAATGTGAAGAAAAAGCCAATCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
* *
52966 AG-CTTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTA
66 AGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTA
* ** * * ** *
53030 CATGTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATAG-CTGTCTTG
129 CATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTAG
* * * * *
53071 GAAA-ATGTGAA-AAAAAGGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATGCCTTT
1 GAAACA--TGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * *
53134 GAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGTTGAATTTTTT
** * * * * *
53199 TATGTTTTTTATTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTGTCTTAG
127 TACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAG
* * * * *
53243 GAAACGTGAAGAAAAAGCCAATCATT-GCCAGAAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
** * * * * *
53307 AAGCCCAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAGTTTTTCA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
53372 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACATTTG
129 CATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTAG
* * * * * *
53414 AAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCTTTGG-AGAGAAAAAGTCTATTTAT-GATCACCCAAGCCTTC
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AG-AAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATGCCTTT
* * * * *
53477 GAAAGCTTTTTTACTCGTTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTT
* * * * * *
53542 CATATTTTTGGTTACAGAA-A-ATTATAATTAAATGTCTTCCTCAA
127 TACATTTTTTGTTA-A-AATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
** ** * *
53586 G-AA-ATGCAAAGAAAAAGGTATTCATTGG-TTGAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACCTTT
1 GAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * * * *
53648 GGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTGTTATAATCACATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTT
* * * **
53713 TACATTTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACCTCTT
127 TACATTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AG
** * ** * * * * *
53758 GAATTAAGAAGAAAAAGGTATTCATTCGTAA-ATAATGGC-ATTTATAGTCATCCATGCCTTT-A
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * * * * *
53820 ACTA-CCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTGGGTTCAATTTTTT
65 A--AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTT
*
53884 TACATTTTTAT-TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAG
127 TACATTTTT-TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
* * * * * * * *
53928 AAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAATGTCCA-TT-TAGTTACCCATACCTTCGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
* * *
53991 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTAC
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* * * * *
54056 ATTTTTGGTTAAAGTGGA-TAGTAATTGAATGTTTGCCTCAG
130 ATTTTTTGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTCTACCT-AG
* * * *
54097 GAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATGCCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
* * *
54162 AGCCTTATTA-TGCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTCAAGTTGAATTTTTTTA
66 AGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
54226 TATTTTTTTGTTAAAATTGA--GT-GTT---T-TCTA--T-G
129 CA-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* *
54258 GAAACCGTGAAG-AAAAGACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-TAGCCTTT
1 GAAA-CATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-GCC-TT
* * * * *
54321 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTCTATGTTGAATTGTT
62 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTT
* * * * * *
54386 TTACATTTTTTATCAAAATAGATCATAGTTGAATGGCTACCTTAA
126 TTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAG
* * ** * * * * *
54431 GAACCATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAATCTATTTATATTTACCAATGCCTTCGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
* * * * * * ** *
54496 AGCCTAATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAACTGATTTTA--T-AATCTAATAACT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTAC-
** * * * * **
54558 GATTTTAGGTT-GAAT---TT-T--TTCACATTTTTAATTA-
130 -ATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTAG
** ** ** * * * * *
54592 -AAACAT-ATTACAATTGAATATCTGCATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAAG
1 GAAACATGAAGA-AAAAG-CCAT-T-CATT-GG---C---AAG-AAAAGTCTATTTATAGTC-AC
** * *
54654 AAAAGCTCTTTTATGGCTACCCAAGCCTTTTAAAACCTTATTACGAGCTTTAAATGGTTTTATAA
53 CCATGC-C--TT-T-G--A---AAGCC--TT---A--TTACT-C--GCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
54719 TCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTAAAATAGATTGTACTTGAATG
98 TCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATG
54783 TCTACCTTAG
161 TCTACC-TAG
* * * * * * **
54793 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * * * * * * *
54857 AAGCCTAATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATATCGTAATTGATTTTGGGTTCAATTCTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTA
* * * *
54922 CAGTTTTAT-TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCCACTTAG
129 CA-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
* * * *
54963 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAA
* * * *
55028 AGTCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACT-ATAGTTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTA
* * ** * * * *
55092 CATATTTAGTTAAAGCAGAATGTAATTGAATGTTTGTA-TTAG
129 CATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATG--TCTACCTAG
* * ** * ** ** *
55134 GAAACCA-GAAGAAAAAGCCTTTCATTGGAAAGAAAAGTAAATTTATAGTTACTTATATCTTCGA
1 GAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
** * * *
55198 AAGCCAAATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTA
*
55263 CATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
129 CATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
55293 GAAAACACCT
Statistics
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0.75 0.15 0.10
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AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
Found at i:53160 original size:343 final size:340
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Indices: 52522--55442 Score: 2133
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52512 TTTGAAAGCC
* ** * * * * * *
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* ** * * *
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65 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
52650 TATAATCTTATAATTGGTTTT-AGTTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAATC
128 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * * ** * * * *
52714 GAATGCCTACCTAGGGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
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* ** * * * *
52779 ACCCATGTTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCACAATTGATTTTAA
257 ACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
**
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322 GTTGAA-TTTTTTTACATTT
* * * * * *
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1 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * *
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65 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
52994 ATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACAGATTATAATTAA
129 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
** ** * *
53059 ATAG-CTGTCTTGGAAAATGTGAA-AAAAAGGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTT
194 AT-GTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTT
* * * * *
53122 ACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAA
257 ACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
**
53187 GTTGAATTTTTTTATGTTTT
322 GTTGAATTTTTTTA-CATTT
* * * *
53207 TTATTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAATCATT-GC
1 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * ** * *
53271 CAGAAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCCAATTACTCACTTTAAATAGTTTT
66 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
53336 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAGTTTTTCACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
129 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * *
53400 AATATCTACATTTGAAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCTTTGG-AGAGAAAAAGTCTATTTAT-GA
193 AATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AG-AAAAGTCTATTTATAG-
* * * * ** * * *
53463 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTTTTACTCGTTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
255 TTACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
53528 AAGTTGAATTTTTTCATATTT
320 AAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * ** **
53549 TTGGTTACAGAA-A-ATTATAATTAAATGTCTTCCTCA-AGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCAT
1 TT-ATTA-A-AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
** * * * *
53611 TGG-TTGAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATA-CCTTTGGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATG
62 TGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
53674 GTGTTATAATCACATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTAA
124 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTAT
* * * ** * * *
53739 AATTGAATGTTTACCTCTTGAATTA-A-GAAGAAAAAGGTATTCATTCGTAA-ATAATGGC-ATT
188 AATTGAATGTCTACCT-TGGAA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA-AAAGTCTATT
* * * * *
53800 TATAGTCATCC-ATGCCTT-TAACTA-CCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAA
250 TATAGTTA-CCTATGCCTTCGAA--AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** *
53862 TTGATTTTGGGTTCAATTTTTTTACATTT
312 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
53891 TTATTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGG
1 TTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * *
53956 CAAGAAATGTCCA-TT-TAGTTACCCATA-CCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTT
65 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * ** * *
54018 TATAATATCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGTGGA-TAGTAATT
128 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTA-TAATT
* * * * *
54082 GAATGTTTGCCTCAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCT-AGAAAAGTCCATTTATAG
192 GAATGTCTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-TAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * *
54145 TCAACC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTA-TGCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATT
255 T-TACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
54208 TCAAGTTGAATTTTTTTATATTT
318 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** * *
54231 TT-TT------G-TTAAAATTGAGTGT-TTTCTATGGAAACCGTGAAG-AAAAGACCATTCATTG
1 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAAACGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTG
* * * *
54286 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAGCCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAACGATT
64 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
54351 TTATAATCTCATAATTGATTCTATGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATCAAAATAGATCATAGTT
127 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * * * *
54416 GAATGGCTACCTT--AAGAACCATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAATCTATTTATAT
192 GAATGTCTACCTTGGAA-AA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * *
54479 TTACCAATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAACTGATTTT
255 TTACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC---T--C-------
* *
54544 ATAATCTAATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTT
308 ---A--TAAT---TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
54585 TTAATTAAAACATATTACAATTGAATATCTGCATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGG
1 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * **
54650 CAAGAAAAG-CTCTTTTAT-GGCTACCCAAGCCTTTTAAAACCTTATTACGAGCTTTAAATGGTT
65 CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTC-ACCCAAGCC-TTTGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
54713 TTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGT-TTAAAATAGATTGTACT
127 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAATAGATTATAAT
* * * *
54777 TGAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAATA-TCCATTTATA
191 TGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA-AGTCTATTTATA
* * * * * *
54840 GTTA-CTCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATATCGTAATTGATT
254 GTTACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * *
54904 TTGGGTTCAATTCTTTTACAGTT
318 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * *
54927 TTATTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTC--CACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
1 TTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
54990 GCAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGTCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTT
64 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * ** * *
55055 TATAATACT-ATAGTTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACA-TATTTAGTTAAAGCAGAATGTAAT
128 TATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAAT
* *** * * * **
55118 TGAATGTTTGTATTAGGAAACCA-GAAGAAAAAGCCTTTCATTGGAAAGAAAAGTAAATTTATAG
191 TGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
* ** * * * *
55182 TTACTTATATCTTCGAAAGCCAAATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAACTGATTTT
255 TTACCTATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
*
55247 AGGTTGAATTTTTTTACATTT
320 AAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
55268 TTGGTTAAAATAGATTATAATTG-A----------AGAAAAC----------A-CCTTTCATTGG
1 TT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * * *
55311 CAAGAAAAAGAT-CATTTATGGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCATTTTTACTCGCTTTAAACGGTT
65 CAAG-AAAAG-TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
55375 TTATAATCTCATAGTTGATTTT-AGATTGAATTCTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAA
127 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
55439 TTGA
190 TTGA
55443 CTATCCAGTG
Statistics
Matches: 2073, Mismatches: 389, Indels: 254
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
320 18 0.01
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330 8 0.00
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332 5 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCT
ATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTTACATTT
Found at i:53426 original size:960 final size:961
Alignment explanation
Indices: 51595--53482 Score: 2109
Period size: 960 Copynumber: 2.0 Consensus size: 961
51585 AATATCTGCA
* *
51595 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATGGCCACCTAAGTCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTAAGTCTT
* *
51660 CGAAGAACTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTT
66 CGAAGAACTTATTACTCACCTTAAACGGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTT
* * * * * * * *
51725 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAATAGAAAGCCA
131 TTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATCGAATGCCTACCTAGGAAAACATGAAAAAAAAGCCA
**
51790 TTCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATGGCTTCAGAAGCCTAATTACTCACTTTGA
196 TTCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAGAAGCCTAATTACTCACTTTGA
* **** * *
51855 AAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCGGTTGAATGTTTTTATATTTTTTAGTAAAACAGATT
261 AAGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAACTGAATGTTTTTACATTTTTGAGTAAAACAGATT
* * *
51920 ATAATCAAATCTCGACCTAGGAAAATGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
326 ATAATCAAATCTCGACCTAGGAAAATGTGAAAAAAAAGCCAATCATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
51985 ATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCCTTAAAAGGTTTTATAATATCATAATTGA
391 ATAGTCACCTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAAGGTTTTATAATATCATAATTGA
* ** * ** * *
52050 TTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACAACAGATTATAATCGATCGTCTAACTTGGGAA
456 TTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACAGATTATAATAAATAGTCTAACTTGGAAA
*
52115 ACACAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACCAAAATCCATTTCTTATCACCCAAGCCTTTGAAAGC
521 ACACAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACCAAAATCCATTTCATATCACCCAAGCCTTTGAAAGC
* *
52180 CTTATTACACGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATT
586 CTTATTACACGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
52245 TTTGGTTACAACAGATTATAATCGATCATCTAACTAGGGAAACACAAAGAAAAAGCCATTCATTA
651 TTTGATTAAAACAGATTATAATCGATCATCTAACTAGGGAAACACAAAGAAAAAGCCAATCATTA
* * * ** *
52310 GCAACAAAAGTCCATTTCTTATCACCGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACGCTCTAAACAGTTT
716 GCAACAAAAGTCCATTTCATATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCAATTACACACTCTAAACAGTTT
* * * * *
52375 TATAACTTCAGAATTAATTTTAAGTTGTATTCTTTTACATTCTTGGCTAAAACATATTATAATTG
781 TATAACTTCAGAATTAATTTCAAGTTGAATTCTTTCACATTCTTAGCTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
52440 AATGTATGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTGATTGG-CA-AAAAAGTCTATTTAT-AGT
846 AATATATACATTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGACAGAAAAAGTCTATTTATGA-T
* *
52502 CACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAAAACAAATTATAATCAAATCTCGACT
910 CACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAAAACAAATTATAATCAAATCTCGACT
* * * * * *
52554 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATA-TCT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTA-AGTCT
* * * * * * * * * *
52618 TTGAA-AGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTGTTATAATCTTATAATTGGTTTTAGTTTGAATTT
65 TCGAAGA-ACTTATTACTCACCTTAAACGGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATT
* * ** *
52682 TTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAATCGAATGCCTACCTAGGGAAATGTGAAAAAAAAGG
129 TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATCGAATGCCTACCTAGGAAAACATGAAAAAAAAGC
* * ** * *
52747 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-GTTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
194 CATTCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAG-AAGCCTAATTACTCACTT
* *
52811 T-AAATGGTTTTACAATCTCACAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTTACATTTTTGA-TGAAAA
258 TGAAA-GGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAACTGAA-TGTTTTTACATTTTTGAGT-AAAA
* * * *
52874 CAGATTATAAGT-GAATGTCTG-CCTTA-TAAAATGTGAAGAAAAAGCCAATCATTGCCAAGAAA
320 CAGATTATAA-TCAAATCTC-GACC-TAGGAAAATGTGAAAAAAAAGCCAATCATTGCCAAGAAA
*
52936 AGTCCATTTATAGTCACCTAAG-CATTTAAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAA
382 AGTCCATTTATAGTCACCTAAGTC-TTTAAAAGCCTT-ATTACTCACCTTAAA-AGGTTTTATAA
* *
52998 TCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATAG
444 TATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACAGATTATAA-TAAATAG
** *** * * * * * *
53063 -CTGTCTTGGAAAATGTGAAA-AAAAGGGCATTCATTAGTAA-GAAAAGTCTATTT-ATAGTTAC
508 TCTAACTTGGAAAA-CACAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACCAAAA-TCCATTTCATA-TCAC
* * ** * *
53124 CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGT
570 CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTGAAGT
** * * ** ***
53189 TGAATTTTTTTATGTTTTTTATTAAAACAGATTATAAGT-GAAT-GTCTGTCTTA-GGAAACGTG
635 TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAA-TCG-ATCATCTAAC-TAGGGAAACACA
* * *
53251 AAGAAAAAGCCAATCATT-GCCAGA-AAAAGTCTATTT-ATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCCC
697 AAGAAAAAGCCAATCATTAG-CA-ACAAAAGTCCATTTCATA-TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCC
* * * * *
53313 AATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAGTT-TTTCACATT
759 AATTACACACTCTAAACAGTTTTATAACT-TCAGAATTAATTTCAAGTTGAA-TTCTTTCACATT
* * * * * * * *
53376 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACATTTGAAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCTTTG
822 CTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATATATACATTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
*
53441 GAGAGAAAAAGTCTATTTATGATCACCCAAGCCTTCGAAAGC
887 GACAGAAAAAGTCTATTTATGATCACCCAAGCCTTCGAAAGC
53483 TTTTTTACTC
Statistics
Matches: 762, Mismatches: 140, Indels: 51
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
958 8 0.01
959 251 0.33
960 448 0.59
961 21 0.03
962 33 0.04
963 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (961 bp):
TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTAAGTCTT
CGAAGAACTTATTACTCACCTTAAACGGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAATTTT
TTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATCGAATGCCTACCTAGGAAAACATGAAAAAAAAGCCA
TTCAATGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGGCTTCAGAAGCCTAATTACTCACTTTGA
AAGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAACTGAATGTTTTTACATTTTTGAGTAAAACAGATT
ATAATCAAATCTCGACCTAGGAAAATGTGAAAAAAAAGCCAATCATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAAGGTTTTATAATATCATAATTGA
TTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAACAGATTATAATAAATAGTCTAACTTGGAAA
ACACAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACCAAAATCCATTTCATATCACCCAAGCCTTTGAAAGC
CTTATTACACGTTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTGATTAAAACAGATTATAATCGATCATCTAACTAGGGAAACACAAAGAAAAAGCCAATCATTA
GCAACAAAAGTCCATTTCATATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCCAATTACACACTCTAAACAGTTT
TATAACTTCAGAATTAATTTCAAGTTGAATTCTTTCACATTCTTAGCTAAAACAGATTATAATTG
AATATATACATTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGACAGAAAAAGTCTATTTATGATC
ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAAAACAAATTATAATCAAATCTCGACT
Found at i:53509 original size:514 final size:508
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Indices: 52524--55292 Score: 2217
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52514 TGAAAGCCTT
* ** * * * * * * * *
52524 ATTAAAACAAATTATAATCAAATCTC-GACTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCCTTGGCA
1 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTA
* * * * *
52588 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTGTTAT
65 AGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
52653 AATCTTATAATTGGTTTT-AGTTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTATAATCGAA
130 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
52717 TGCCTACCTAGGGAAATGTGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
193 TGTCTTCTTA-GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAGA-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * * * * **
52781 CCATGTTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCACAATTGATTTTAAAC
256 CCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * **
52846 TGAATTTTTTTTACATTTTT-GATGAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTGCCTTAT-AAAATGTG
321 TGAA--TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACTT-TGAAAACATG
* * * * * **
52909 AAGAAAAAGCCAATCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTAAAAGCTTAAT
381 AAGAAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCTTAAT
* * * * *
52974 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATGTTTC
445 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
53038 ATTAAAACAGATTATAATTAAATAG-CTGTCTTGGAAAATGTGAA-AAAAAGGGCATTCATTAGT
1 ATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTGTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAA-GCCTTTCATTGGT
* * *
53101 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
64 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** *
53166 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTTATTAAAACAGATTATAAGTGAA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
53231 TGTCTGTCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAATCATTGCCAGAAAAAGTCTATTTATAGTTACC
193 TGTCT-TCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
53296 CATGCCTTCGAAAGCCCAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT
257 CATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
53361 GAAGTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACATTTGAAAACATGAAGA
322 GAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTTGAAAACATGAAGA
* * * * * **
53426 AAAAGTCTTTCTTTGGAGAGAAAAAGTCTATTTAT-GATCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTTTTA
385 AAAAGCCATTCATTGGA-AG-AAAAGTCCATTTATAG-TTACCCAAGCCTTCGAAAGCTTAATTA
* * * * * *
53490 CTCGTTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTG
447 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * ** * ** *
53552 GTTACAGAA-A-ATTATAATTAAATGTCT-TCCTCAAGAAATGCAAAGAAAAAG-GTATTCATTG
1 ATTA-A-AACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCT-TTCATTG
* ** * * * *
53613 GT-TGAAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACCTTTGGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTG
62 GTAAG-AAAAGTCTATTTATAGTTACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
53677 TTATAATCACATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTAAAAT
126 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT--TTAAAACAGATTATAAT
* **** ** *
53742 TGAATGT-TTACCTCT-TGAATTAAGAAGAAAAAGGTATTCATT--C-GTAAATAA-TGGCATTT
189 TGAATGTCTT--CT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAG-AAA-AAGT-CCATTT
* * * *
53801 ATAGTCATCCATGCCTT-TAACTA-CCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATT
248 ATAGTCACCCATGCCTTCGAA--AGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * *
53864 GATTTTGGGTTCAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGA
311 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGA
* * *
53929 AAACATGAAAAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAATGTCCA-TT-TAGTTACCCATA-CCTTCGAA
374 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCA-AGCCTTCGAA
* * *
53991 AGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTAC
437 AGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC
54056 ATTTTTG
502 ATTTTTG
* *** * * * *
54063 GTTAAAGTGGA-TAGTAATTGAATGTTTGCCTCAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGC
1 ATTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTGTCT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGG-
* * * *
54126 T-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTA-TGCGCATTAAATGGTT
63 TAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTT
* * * *
54188 TTATAATCTCATAATTTATTTCAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTT------G-TTAAAATTG
126 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTG
* * *
54245 AGTGTTTTC-TATGGAAACCGTGAAG-AAAAGACCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAG
191 AATGTCTTCTTA-GGAAA-CGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTGCCAGA-AAAAGTCCATTTATAG
* * * *
54307 TCACCC-TAGCCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAA-CGATTTTATAATCTCATAATTGAT
252 TCACCCAT-GCC-TTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
54370 TCTATGTTGAATTGTTTTACATTTTTTA-TCAAAATAGATCATAGTTGAATGGCTACCTT-AAGA
314 TTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAA-A
* * * * *
54433 ACCATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTGAGAAAAATCTATTTATATTTA-CCAATGCCTTCGAAA
376 A-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAA-GCCTTCGAAA
* * *
54497 GCCTAATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTAATAACTGATTTTATAATCTAATAACTGATT
438 GCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC---T--C----------A--TAAT---TGATT
* *
54562 TTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTA
483 TTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
54588 ATTAAAACATATTACAATTGAATATCTG-CATTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCA
1 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTC-TTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTA
* * * * * **
54652 AGAAAAGCTCT-TTTATGGCTACCCA-AGCCTTTTAAAACCTTATTACGAGCTTTAAATGGTTTT
65 AGAAAAG-TCTATTTATAGTTACCTATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
54715 ATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGATTGTACTTGA
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
54780 ATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTTA
192 ATGTCT-TCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * **
54844 CTCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATATCGTAATTGATTTTGG
255 CCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
54908 GTTCAATTCTTTTACAGTTTTATTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCCACTTAGGAAACATGAA
319 GTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAAAACATGAA
* *
54973 GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAG-TCTAATT
383 GAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCT-TAATT
* * *
55037 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACT-ATAGTTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATATTT-
446 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * ** *
55099 AGTTAAAGCAGAATGTAATTGAATGTTTGTATTAGG-AAACCAGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGA
1 A-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGT
** * * * ** * *
55163 AAGAAAAGTAAATTTATAGTTACTTATATCTTCGAAAGCCAAATTACTCACTTTAAATGGTTTTT
64 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
55228 TAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAA
55293 GAAAACACCT
Statistics
Matches: 1807, Mismatches: 330, Indels: 238
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
498 1 0.00
500 9 0.00
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536 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAA
GAAAAGTCTATTTATAGTTACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
CTTCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGAAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCTTAATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
Found at i:54542 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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54507 TTGCTTTAAA
54517 TGATTTTATAATCTAATAAC
1 TGATTTTATAATCTAATAAC
54537 TGATTTTATAATCTAATAAC
1 TGATTTTATAATCTAATAAC
54557 TGATTTTA
1 TGATTTTA
54565 GGTTGAATTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 28 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (20 bp):
TGATTTTATAATCTAATAAC
Found at i:55320 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 54623--55298 Score: 761
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
54613 CTGCATTGGG
* * * **
54623 AAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGCTCTTTTATGGCTACCCAAGCCTTTTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGCTACCCAAGCCTTCGAAA
* * *
54688 ACCTTATTACGAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
66 ACCTAATTACGAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
* * * * *
54753 TTTTTGTTTAAAATAGATTGTACTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
131 TTTTAGTTTAAAACAGAATGTAATTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
* ** * **
54818 TAGCAAGAAATATCCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAATGAT
196 TAGAAAGAAATATAAATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAAGCCAAATTACTCACTTTAAATGAT
* * * * *
54883 TTTATAATATCGTAATTGATTTTGGGTTCAATTCTTTTACAGTTTTATTTAAAATAGATTGTAAT
261 TTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTCAATTCTTTTACAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
*** **
54948 TGAATGTCCACTTAGG
326 TGAATGAAAAC-TACC
* * *
54964 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATG-TCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCT-CATTTATAGCTACCCAAGCCTTCGAA
** ** * *
55028 AGTCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATACT-ATAGTTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTA
65 AACCTAATTACGAGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA
* * ** * *
55092 CATATTTAG-TTAAAGCAGAATGTAATTGAATGTTTGTATTAGGAAACCA-GAAGAAAAAGCCTT
129 CAT-TTTAGTTTAAAACAGAATGTAATTGAATGTCTACATTAGGAAA-CATGAAGAAAAAGACAT
* * * *
55155 TCATTGGAAAGAAA-AGTAAATTTATAGTTACTTATATCTTCGAAAGCCAAATTACTCACTTTAA
192 TCATTAGAAAGAAATA-TAAATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAAGCCAAATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
55219 ATGGTTTTTTAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
256 ATGATTTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTCAATTCTTTTACAGTTTTAGTTAAAATAGATT
55284 ATAATTGAA-GAAAAC
321 ATAATTGAATGAAAAC
55299 ACCTTTCATT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 53, Indels: 11
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
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AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGCTACCCAAGCCTTCGAAA
ACCTAATTACGAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA
TTTTAGTTTAAAACAGAATGTAATTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT
TAGAAAGAAATATAAATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAAGCCAAATTACTCACTTTAAATGAT
TTTATAATATCATAACTGATTTTAGGTTCAATTCTTTTACAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
TGAATGAAAACTACC
Found at i:61734 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 61148--61778 Score: 591
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
61138 AAACATGAAA
* * * * * *
61148 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATATCTTTC-AAAGCTTTATTA
1 AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * * *
61212 CTTGCCTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTCAGTT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCA-TT
* * * * * *
61277 AAAACAGATTATAGTTAAATGTCTACTTTG-GGAAACATGA-
129 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGG-AACGTAAG
* * * *
61317 AAAAAGAGCATTCA-T--T--GATAAGTCTATTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTG
1 AAAAAG-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * *
61377 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTGTTTTACTTTTTTTAT
65 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAC-ATTTTCAT
* * * **
61442 TAAAGTAGATTATAATTGAATATCTACATCGAAAAACGTGAAG
128 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGGAACGT-AAG
* * ** * * * *
61485 AAAAAGCCTTTTGTTGGGTAAAAAAAGTCCATTTAT-GATCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTT
1 AAAAAGGCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * * * *
61549 ACTCGCTTT-AATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTAGATTTTGATT
64 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATT
* *
61613 AAAATAGAATATAATTGAATGTCTGTC-TTGAGGAACGTAAAG
129 AAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACATTGAGGAACGT-AAG
* ** *
61655 AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * *
61720 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTT
66 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
61779 GTGTTTAAAG
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 80, Indels: 33
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAA
AATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGGAACGTAAG
Found at i:61900 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 61657--61893 Score: 332
Period size: 128 Copynumber: 1.9 Consensus size: 128
61647 ACGTAAAGAA
* * * ** *
61657 AAAGGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTC
* * *
61722 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTGTGTTT
66 AATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTGTGTTT
* *
61785 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTA-TTACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACT
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTA-TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACT
* * *
61849 TAATTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAAT
65 CAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
61894 ATTTTTAAAT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 14, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
128 92 0.98
129 2 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (128 bp):
AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTC
AATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTGTGTTT
Found at i:62155 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 61789--62227 Score: 513
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
61779 GTGTTTAAAG
* * *
61789 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTA-TTACCCATACCTTCAAAAGCCTAATTACTTAAT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTACT
* * * *
61853 TTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAATATTTTTAAATTCTTGGTTAGAAC
65 TTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTCAATATTTTTAAATTCTTGGTAAAAAC
* ** * * *
61917 AGATTATAATTGAACGTCTGCCTTGGTAAATGTGAAGAAAAAG
129 AGATTATAATTGAACGTCTACCTTGAAAAATATAAAGAAAAAA
* * * * *
61960 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTACTT
* * * * ** * * *
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66 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTCAA-TATTTTTAAATTCTTGGTAAAAACA
*
62090 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATATAAAGAAAAAA
130 GATTATAATTGAACGTCTACCTTGAAAAATATAAAGAAAAAA
* * * * *
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* * *
62197 TAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTT
66 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTT
62228 CAGTTGAGTT
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CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTACTT
TAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTCAATATTTTTAAATTCTTGGTAAAAACAG
ATTATAATTGAACGTCTACCTTGAAAAATATAAAGAAAAAA
Found at i:62217 original size:471 final size:467
Alignment explanation
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61349 GCCACTCAAG
* * * * * * * * *
61359 CCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTAATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGATCAA-
** * ** ** ** * * * *
61424 TTGTTTTACTTTTTTTATTAAAGTAGATTATAATTGAATATCT-ACATCGAAAAACGTGAAGAAA
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* ** * * * * *
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* * * ** * * *
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192 ACTTTAATGATTTTATAATCACAGAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTTAGATTTTGATAAAAAT
** ** * ** *
61618 AGAATATAATTGAATGTCTGTCTTGAGGAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAACTC
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* * * * *
61683 TATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
322 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
* * *
61748 ATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTT-TTGTGTTTAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
387 ATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTGGT-TGTTAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
61812 ATTTATTATTACCCATA
451 ATTTATTATTACCCACA
* * * * *
61829 CCTTCAAAAGCCTAATTACTTAATTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTAATTACTCAATTTAAATGA-TTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGATCAA
* *
61893 TATTTTTAAATTCTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTT-GGTAAATGTGAAGAAA
65 T-TTTTTAAATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTAGG-AAACGTGAAGAAA
* * *
61957 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
128 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* **
62021 ACTTTAAATGATTTTATAATCACAGAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTACTTTTTTTG-TAA
192 ACTTT-AATGATTTTATAATCACAGAATTGATTTTAGGTTCAA-TATTTTTA--GATTTTGATAA
* * * *
62085 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATATAAAGAAAAAACCATTCCTTGGCAAGATA
253 AAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAA
* ** **
62150 AGTCCATTTATAGTTGCCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCT
318 ACTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCT
* * * * *
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383 CATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTGGTTGTTAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
62280 TCCATTTATTGTTATCCACA
448 TCCATTTATTATTACCCACA
** *
62300 CCTTCAAAAGCCTAATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATCAAT
1 CCTTCAAAAGCCTAATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGATCAAT
* * * * * *
62365 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
66 TTTTTAAATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
*
62430 CCTTTCATTG
131 CCATTCATTG
62440 NNNNNNNNNN
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (467 bp):
CCTTCAAAAGCCTAATTACTCAATTTAAATGATTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGATCAAT
TTTTTAAATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
TAATGATTTTATAATCACAGAATTGATTTTAGGTTCAATATTTTTAGATTTTGATAAAAATAGAA
TATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTC
ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTGGTTGTTAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TTATTACCCACA
Found at i:62678 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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62245 TTTGGTTGTT
* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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130 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* **************** * *
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** * * *
62490 CACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTCTTGTATTTTTGGTTAA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGGTTAA
* * * * * * *
62555 AAGATATTAGAATTCATTGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAA
130 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG--A
* * * * * * *
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1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* ********** * *
62662 CGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGTTTAA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTAA
* * *
62726 AATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGA
130 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
63003 TGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTT-AGTTTCAATTTTTTCACATTTTTTGTTA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTA
** * * *
63067 AAGCATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGA
129 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * *
63109 AAAAGCC-TTACATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTA-
1 AAAAGCCATT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * **
63172 TGTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
65 T-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTT
* * *
63237 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTT-GGAAAACATGAAGA
128 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGA
* * * * * *
63280 AAAGGCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACA
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* ** * **
63345 AGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * *
63410 AAAAGATTATAGTTGAATGCCTACCTT-GAGCAACTTGAAGA
130 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGA
** * * * * * *
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1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
63516 TGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGATGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * *
63581 AACATATTATAATTGCATATCTGCATT-GAGAAACATGAAGA
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* * * * * * * * *
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1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * **
63686 TAGCTTTAAATAGTTTTACAATCTTATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTA
65 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * *
63751 AAACAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAACA
129 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * **
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* *
63858 TGTTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTATGCATTTTTGGTT-
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTTGGTTA
* * * * * * * *
63921 AAATATATTATAATTGAGTCTCTGCTTTAGGAAACGTGAGGT
129 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * ** * *
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1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * *
64028 CGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATATTTTTAGTTA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-ATATTTTTGGTTA
* *
64093 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAACGTGAAGA
129 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * *
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* * * * **
64198 TTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTATGCATTTTTGGTTAA
65 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * * **
64262 AATATATTATAATTGAGTCTTTACTTTAGGAAACGTGAACT
130 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* ** * *
64303 AAAAGCCA-TCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
64367 TCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTTATATTTTTAGTT
65 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTATATTTTTGGTT
* * * * *
64432 AAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACATTAGAAAACAAT-AAGA
128 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC-ATGAAGA
* * * *
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* * *
64539 TTGCTTTAAAT-GCTTTTATAATCTGATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT
65 TTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * * ** * *
64603 AAAAAAAATTGTAATTAAATGTCTTCCTTAAAAAATATGAAGC
128 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * ** * *
64646 AAAAGCCATCCATCGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCCATT-GCAAGCCTTATCA
1 AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTA
** * *********************
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******************************************
64773 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
********************* * * * *** * * * *
64815 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATT-TATAG--TCATT-
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CC-TTCGAAAGCCTTATTA
* * ** ** * * * * * *
64875 CATGGCCTCGAA-AGCATTATTATTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCACAT-AATTGATTTTA-A
64 C-TTGCTTTAAATAGTTTTA-TAATCTC-ATAATTGATTTTA-AGT----TGAATT--TTTTATA
******* ** ** * * * *
64937 GTNNNNNNNNNNTACATTTTTTATTAAAATAAATTCTAATTGAATGTTTATCTTGGGAAATATGA
119 -T---TTTTGGTTA-A-AATAGATT---AT-AA-T-T----GAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
*
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168 AGA
** * * * * *
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1 AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * **
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* * * * * *
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128 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* ** * **
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1 AAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* **
65240 -T-CATTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTT-AGATTTGTTTATATTTTTTA
65 TTGC-TT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT-TTTATATTTTTGG
* * * * * * ** * *
65302 CTAAAACAGATCATATTTGAATGTTTA-CTCAGGAAATGTTAGGA
126 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
** * * * * * *
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1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * **
65411 GGCTTTAACTAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATATTTTTATATTTTTTAATTA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTTGGTTA
* * * ** * *
65476 AAATATATTATAATTAAATGTTTGTCTTTGGAAACATAAAGCA
129 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-A
* * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * ** * *
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* * * * * * * * ** * *
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** * * * * * **
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* * * **
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* * * * * * * *
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1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
** * ** * * **
66093 TATTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATAAATTTTAACTTAGATTTTTTTGCA-TTTTGTGTTA
66 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTG-GTTA
* * * * * ** * *
66157 AAATAGATAATATTTTATTCTCTGTCTCAGGAAACATTAAGA
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* * * * * * *
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** *
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* * * *
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128 AAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * * ** * **
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* * * * *
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*
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Statistics
Matches: 3079, Mismatches: 871, Indels: 262
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
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TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
Found at i:63231 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 62255--66492 Score: 2505
Period size: 513 Copynumber: 8.2 Consensus size: 508
62245 TTTGGTTGTT
* * * * * ** *
62255 AAAAGCTATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATTGTTATCCACACCTTCAAAAGCCTAATTACT
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* * * * * * * *
62320 CGTTTTAAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGATCAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
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* * * * * **********
62385 ACGGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGNNNNNNNNNN
130 ACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG
****** * ** *
62450 NNNNNNTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTC
195 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* ** * * * * *
62514 ATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTCTT-GTATTTTTGGTTAAAAGATATTAGAATTCATTGTCTA
259 ATAATTGATTTT-AGTTGAATTTT-TTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
62578 CCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCA-AG
322 CC-TAGGAAACATGAAG--AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-
* * * * **********
62642 CTTTTGAAGGCTTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAAT
383 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAT
* * * *
62706 TTTTTAACATTTTTGT-TTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGA
448 TTTTTTACATTTTT-TATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAACA
* * *
62767 AAAAGCCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ** *
62832 CGCTTTGAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTGGGTTCAATGTTTTTATATTTTTATTCAA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTATT-AA
* * * * ** *
62897 AATAGATTGTAATTGATTTTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAT
129 AACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAA
* * * *
62962 GTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATC
194 GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * *
63027 ATAATTGATTTTAGTTTCAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAGCATATTATAATTGAATGTTTAC
259 ATAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC
* * *
63092 CTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCTTACATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTT
323 CT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCTT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
*
63157 TTGAAAGCCTTATTA-TGTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTT
386 TTGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTT
* * *
63221 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTTCCTT-GGAAAACATGAAGA
450 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGG-AAACATGAACA
* * * * ** *
63280 AAAGGCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACA
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
63345 AGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTATTAA
* * * * * * *
63410 AAAAGATTATAGTTGAATGCCTACCTT-GAGCAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAAA
129 AACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
* * * * *
63474 AATCTATTTATATTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCT
193 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * * *
63539 CATAACTGATTTTAGGATGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGCATATCTG
258 CATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * **
63604 CATTGAGAAACATGAAGAAAAAACCTTTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTAT-GGCTGCC-TAAG
322 CCTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-A-
* * * * * * * *
63667 CCTTCGAAGGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTACAATCTTATAATTGATTTCAGGTTAAAT
383 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAT
* * * * * *
63732 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAACA
448 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAACA
* * * * ** *
63793 GAAAGCCATTCAATGGCATGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
63858 TGTTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTATGCATTTTTGGTT-
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTT-ATTA
* * * * * * * * * * * *
63921 AAATATATTATAATTGAGTCTCTGCTTTAGGAAACGTGAGGTAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAA
128 AAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
* ** * * * * * *
63986 AGTCCATTTATAGTCACTTAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCT
193 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *
64051 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
258 CATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTCACAT-TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
64115 TACCTTGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAG-CTACCTATG
320 TACCTAGGAAACATGAAGAAAAAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATA
* * * *
64179 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTT-AAGTTGAA-
383 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAAT
* * ** * * * * * *
64242 TTTTATGCATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAGTCTTTACTTTAGGAAACGTGAACT
448 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAACA
* ** *
64303 AAAAGCCA-TCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
64367 TCGCTTTACATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTTATATTTTTAGTT
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTATATTTTTA-TT
* * *
64432 AAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACATTAGAAAACAAT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
127 AAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
* * * **
64496 AATGTCCGA-TTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GCTTTTATA
191 AAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * * * * *
64559 ATCTGATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAATTGTAATTAAATG
254 ATCTCATAATTGAT-TTTAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* ** * * * * * **
64624 TCTTCCTTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATCGG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTT
318 TCTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
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380 ATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT-
************************************************
64753 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
444 -----------------GAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
*****************
64818 NNNNNNNNNNNNNNNNN
492 CTTAGGAAACATGAACA
* ** * * *
64835 NAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCATTCATGGCC-TCGAAAGCATTATTAT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * ********* *
64898 TCCCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTTATTA
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTATA-TTTTTATTA
* * * * * * * * *
64963 AAATAAATTCTAATTGAATGTTTATCTTGGGAAATATGAACAAAAAGCCA-TCTATTGATAAGAA
128 AAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAA
* * * * * * *
65027 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAAT
192 AAGTCTATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * ** *
65091 CTCATAATT-AGTTTTAAGTTTAGTCTTTTT-ATATTTTTACTTAAAATATATTATAATTGAATG
256 CTCATAATTGA-TTTT-AGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATG
* * * * * **
65154 TTTACCTCAGAAAACTTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGTCAA-AAAAGTCCATTTATGGTCACTT
318 TCTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCC-TTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
65218 A-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-ATTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAG
380 ATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAG
* * * * * * * ** *
65280 TT-AGATTTGTTTATATTTTTTACTAAAACAGATCATATTTGAATGTTTA-CTCAGGAAATGTTA
442 TTGA-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGA
**
65343 GGA
506 ACA
** * * * * ** *
65346 AAAAGCCATTTGTTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAATGACCCATACCTTTGAAAGTCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
65411 GGCTTTAACTAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATATTTTTATATTTTTTAATTA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTT-ATTA
* * * * * ** * * * * * *
65476 AAATATATTATAATTAAATGTTTGTCTTTGGAAACATAAAGCACAAA-CCATCCAATTAGCAAGA
128 AAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGA
** * * * * ** * *
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191 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * ** * * * *
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256 CTCATAATTGATTT-TAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC
* * * * * * **
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320 TACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCC-TTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
65734 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
382 ACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA
* * * * * * * * ** *
65799 TATTTTTACATTTTTTGTGACAATATATTAGAATTGAATGTTT-GCTTTGGGGACATAAAGC-
447 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAA-CA
* * * * * * * * ** ** *
65860 AATAGCCATTCATTGACAACAAAATTCTATTTACAGTCACTCAAGGTTTTGAAAGCCTTATTTCT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
65925 CACTCTAAATGGTTTTATAATCTCACAAGTGATTTT-AGATTAAATTTTTT-TAATTGTTTGCA-
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTAT-ATT-TTT--AT
* * ** * ** * * *
65987 TAAAATATATTACAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCACT-G--ACA
126 TAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
* * * * ** * **
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191 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* ** * ** * * * * * * * *
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256 CTCATAATTGATTTT-AGTTGA-ATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
** * * * *
66178 CTGTCTCAGGAAACATTAAGAAAAAG-CTATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCA
319 CTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCT-T-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
66242 -ATCTTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
381 TACCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTG
** * * * *
66306 AATTTTTATT-CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-ATATGTCTACTTTAGGAAACGTGAAG
445 AATTTTT-TTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTTTACCTTAGGAAACATGAA-
66369 C-
507 CA
* * * * * ** * *
66370 AAAAGCTATCCATTGGTAAGAAATGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
66435 CG-TCTTAAATGG-TTAATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTG-ATTGTTTTACATTTTT
66 CGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTATATTTTT
66493 GGTTACAATA
Statistics
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CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTATTAAAA
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CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTA
GGAAACATGAAGAAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAACA
Found at i:63318 original size:21 final size:21
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63266 GGAAAACATG
* *
63276 AAGAAAAGGCCATTCATTGTC
1 AAGAAAAGCCCATTCATAGTC
*
63297 AAGAAAAGCCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAGCCCATTCATAGTC
63318 A
1 A
63319 CCCATGCTTT
Statistics
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AAGAAAAGCCCATTCATAGTC
Found at i:65206 original size:21 final size:19
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*
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Statistics
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AAAAGCCATTCATGGTCAA
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65529 AATTAGCAAG
* * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * *
65734 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
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* * * * ** *
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* ** * *
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326 GCCATCCATTGACAACAAAATTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
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391 CTAAATGGTTTAATAATCTCACAAGTAATTTTAGATTAAATTGTTTTAATTGTTTGCATAAAATA
* *
65994 TATTACAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCACTGAC
456 GATAACAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCACTGAC
* * * * * *
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* * * * *
66113 TTTCATAATAAATTTTAACTT-AGATTTTTTTGCAT-TT-TGTGTTAAAATAGATAATATTTTAT
66 TCTCATAATAAATTTGAACTTGA-ATTTTTTT--ATGTTGTGTGTTAAAATAGATAATAGTTGAA
** * * * *
66175 TCTCTGTCTCAGGAAACATTAAGAAAAAGCTATCCATTGTCA-AGAAAAGTCCATTTATACTCAC
128 TCTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTG-CAGAAAAAAGTCCAATTATACTCAC
* *
66239 TCAAT-CTTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
192 T-AATACCTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
* * * * *
66303 TTGAAT-TTTTATTCATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-ATATGTCTACTTTAGGAAACGTG
256 TTGAATATTTT-TACATTTTTGGTGAAAATATATTAGAATTGA-ATGTCTACTTT-GGAAACATA
* ** * * * *
66366 AAGCAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAATGTTC-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTTAAAAGCCTTA
318 AAGCAAAAGCCATCCATTGACAACAAA-ATTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTA
* * *
66430 TTACTC-GTCTTAAATGG-TTAATAATCTCATAATTAATTTTA
382 TTACTCACTC-TAAATGGTTTAATAATCTCACAAGTAATTTTA
66471 AGTTTGATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
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AAAAGCCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAA
TCTCATAATAAATTTGAACTTGAATTTTTTTATGTTGTGTGTTAAAATAGATAATAGTTGAATCT
CTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGCAGAAAAAAGTCCAATTATACTCACTAAT
ACCTTCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
TATTTTTACATTTTTGGTGAAAATATATTAGAATTGAATGTCTACTTTGGAAACATAAAGCAAAA
GCCATCCATTGACAACAAAATTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
CTAAATGGTTTAATAATCTCACAAGTAATTTTAGATTAAATTGTTTTAATTGTTTGCATAAAATA
GATAACAATTGAATGTCTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCACTGAC
Found at i:67696 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 66785--67705 Score: 667
Period size: 170 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
66775 NNNNNNNNCC
* ** * * * *
66785 ATTTATAGTCACCTATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATATGATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * * *
66850 TTGGTTTTAAGTT-ACATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAGTCTCTGCCTC
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* * ** *
66914 AAGATACATGAAGTAAAAGTTATCCATTGG-AGAAAAAAGTCC
129 GAGAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGGAAGAAAAAA-TCT
* *
66956 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAA
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* * ** * * * *
67021 TTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTACATTGTCGA-TTAAAATATGTTATAATGGAGTCTCTGTCTTG
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* * * *
67085 ATATACATGAAGTAAAAGCCATCCATT-AAAGAGAAAAGTCT
130 AGAAACATGAAG-AAAAGCCATCCATTGGAAGA-AAAAATCT
* * * *
67126 ATTTATAG-CTACTCATGACTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
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* * *
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* * * * *
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* * * ********** *
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* * * ** * * * *
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** ** ** * **
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* ** * **********
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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** * * ** *
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** * *
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* * *
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* ** * * ** *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** ** *
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** *
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* * * * * *** *
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** * * *
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* * * * * * * ** *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * **
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* * * * * **
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* * * *
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** * * * * *
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* * * ** * *
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* ** ** * ** *
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* * ** * * * * *
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** *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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196 TAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** *
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* *
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* * * **
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* * * * * *** * *
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* * * * * ** * * * *
72995 ATATTTGAATGTTTGCCTCGAAAAATGTGAAGAAGAATCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
130 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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260 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA-CTTAGGAA
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323 ACATGAAGCAAAAGCCAT
** * * * * ** * *
73207 TGATTGTCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCCTCGAAAGCAATAGTACTTGCTTTAAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
73272 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCT-CATTTTTTGTTAGAACAGATT
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * *
73336 ATAATTG-ATCTTTATC-TCAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCAATT-GCAAGAAAAGTCCAT
130 ATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCAT
** * * * * *
73398 TTATAGTCATTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCATTTTACATAGTTTTATAATCTCATAATA
193 TTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * **
73463 GATTTTAAGTTGAATTTTGTTACTCTTTTTATTAAAATATATTATAATTGGATGACTACCTTAGG
258 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA-CTTAGG
* * *
73528 AAACGTTAAGCAAAAGCTAT
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* * * * * * *
73548 CCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTC-CTTAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCGTTTTAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
73612 ATAGTTTTATAAGCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATAGATA
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * **
73677 ATATTTGAATATGTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGATAAGAAAAGTCCATTT
130 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *** * * *
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**
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * **
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* * * * * *
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* * ** ** *
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* * *
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* * * * * *
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256 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA--CTT
*
75212 AGGAAACATGAAGCAAAAGCAAT
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* * * * * *
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* * * **
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64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * *
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* ** * * *
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** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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*
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** * * * * *
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*
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* * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *** * *
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* * *
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* * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * *
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*
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* ** *
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*
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** ** *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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********** * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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** * * ****
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1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
****** * * * * * *
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65 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * *
87603 ATGGATGGCTTTTTG-GTCATGTTTCTTGA-GGTAAACATTCA
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* * *
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1 ATTATAA-TATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 ATTATAATATGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCA-CTTAAAAT-CAATTATGAGATTATA
** * * * * * * * * ***
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* * * *
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* * **
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* * * * ** *
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63 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
** * * * * * *
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128 CAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCATGGTAAACATTCA
* * * * * *
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1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT-TCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * **
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* ** * * *
88616 AATGGATTACTATTT-CTTTATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCA
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* * * * * *
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1 ATTATAATAT-GTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGA-TTAT
*** * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * * * * *
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** * * * * ** *
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* **
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** * *
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* * * ** *
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** * ** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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*
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321 TGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* * * * * *
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1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
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* * * * *
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* *** * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * **
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131 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * **********
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* *** * *
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260 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * *
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325 TCCTAAGGCTAGACATTCA
** * * * *
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1 ATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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194 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
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259 GCTTTCGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCAT
* *
86767 G-TTCCTTAGGGC-AGATATTCA
322 GTTTCC-TAAGGCTAGACATTCA
* * * * *
86788 ATTATAATCTATTTTAA-TGAAAAAAGATAAAAAAAGTCATCTTAAAATCAATTATGA-ATTTAT
1 ATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTAT
* ** * * * *
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63 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * *
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255 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * *
87108 CTATTT-GT-AGAGATAAACATTCA
320 ATGTTTCCTAAG-GCTAGACATTCA
* * * * *
87131 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTGC-ACTTAAAATCAATTATTAGATGATAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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130 -AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAA-TC-TGTTTTAACC
* * * * * * *
87321 TAAAATTTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGCTTCTAAAATCATTTAAAGTGTGTAA
191 AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * ***
87385 GAATACTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAACATATGGCTTTTGCTT
255 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
*
87449 CATGTTTCCTAAAGC-AGACATTCA
319 CATGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
** * * ****
87473 ATTATAATACATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNN
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
****** * * * * *
87538 NNNNNNTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCA
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * *
87603 ATGGATGGCTTTTTG-GTCATGTTTCTT-GAGGTAAACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAACAAA
131 ATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAA
* * *
87665 AAATGCAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * *
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258 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * *
87793 TATTTCTTGAGG-TAAAAAATCA
321 TGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* * *
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* * * *
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* * * **
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128 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACC
* * * * * *
88002 AAAAATGT-GAAGAATTCAACTTCAAAT-AATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAG-TAATAAC
191 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
88063 AAAG-TTTCGAAGGCATGA-TGA-GATATATGGACTTTACTTGCCAATGGAT-GCTTTT-CTTCA
256 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
88123 CGTTTCTTAAGG-TA-TCATAT-G
321 TGTTTCCTAAGGCTAGACAT-TCA
* * * * *
88144 ATTATAATATGTTTTAATCAAAAAATGTGAAAAAATTCAGCTT-AAATACAATTACGCGATTATA
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** * * * * * * ***
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* * ** ** * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * *
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** * ** * ** * * * * * * * * ** **
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250 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-C-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC--
** * * * * * *
89125 AGTAGACATTCA--ATT-ATAA-TCT-G--TTTTA
311 TTTTG-C-TTCATGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* * * ** *
89153 ACTA-AAAAAG---T-A--AAAAAT-T--TTAACTT------AAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * *
89202 ACTATTTAAAGCAAGTATTAAGTCTTTCAAAGGCTTGAGTCATTATAAATGGACTTTTTTTGTTA
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * ** * * * * **
89267 ATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCACAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAA
131 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* *
89332 TGTAAAAGAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGT
196 TGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * *
89396 CTTTTGAAGGCATAAGTGACTAT-AATGGAC-TTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTT
260 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * *
89459 T-CTCAGGGTAGATATT-A
325 TCCTAAGGCTAGACATTCA
* * * * * *
89476 ATTTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAATCATCTTAAAATTAATTAT-AAATTTATA
1 A-TTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATA
* ** * *
89540 AAACCATTTAAAGCAAGTAATACA-GCTTTTGAAGGCATGCTTGGCTATAAATAGACTTTTCTTG
64 AAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*** * * * * * *
89604 TCAACAAATGGGTTTTGCTTTATGTTTCTT-AAGTTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
128 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * ** * * * *
89668 AAAATATAAAAAAATTCCAGTTAAAATTTATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATA
192 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
89733 AGGCTTTTGAAGGCTTAAGTCACTACAAATGGA-TGTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
257 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
** * * *
89797 CATTTCCTAAAGC-AGATATTTA
321 TGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* ** * * *
89819 AATATAATACATGTTAACCAAAAATG--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * * * * * *
89882 AACATTTAAAGCGTGTAAGAATGCTTTCAAAGGTATAACTGACTATAAATGGACTTTCCTCT-CC
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTC
* * * * *****
89946 AATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCTT--AAGTCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTANNNNN
130 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCGAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
***** * * * * **
90009 NNNNNTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAACTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
90074 GGCTTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGGGTTGCTTTTGCATTACA
258 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CA
* * *
90139 --TTTCTTAA-GCCAGATATTCA
321 TGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
** * ** * *
90159 ATTATAATACATTTTAACAAAAAATGTAGCAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
90224 ACCATTTAAAGCTAA-TAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTAACTATGAATGAACTTTTCTTGTC
66 ACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * *
90288 AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGATATTCTATTATTATCTGTTTTAACCAAA
130 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
90352 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAATATGAGATTACAAAACCATTTAAA-CTGAGTAACAA
194 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAA
* * * * * * * *
90416 GGCTTTCAAAGGCTTAAGTCACTATAAATGGACATTTCTTGCCAACGGATGACTTTTGCTTCAAG
258 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
* * * *
90481 TTTCCCAAAGC-AAACATTTA
323 TTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* **
90501 AGTATAATACATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *** ** * * * * *
90566 ACTATTTAAAATGAGTAATAATACTTTTGAAGGCATGACTGACTAGAAATGGACTTTTGTTGCCA
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * ** * * *
90631 ATGGGTGGCTTTTGCTTTACATTTCTC-AGGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
131 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
90695 AAGTAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTATG
195 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * *
90759 GCTTTCAAAGGCATGATTGACTATACATGGACTTTTCTTGTCAACGAATGACTTTCT-CTTCATG
259 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATG
*
90823 TTT-CTCAAGG-TAAACATTCA
323 TTTCCT-AAGGCTAGACATTCA
* * * * * *
90843 ATTATAATATGTTTTTACCATAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * * * *
90908 ACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTC-AAGGGAATGAGTAACTATAAGTGGACTTTTTTTGAC
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * ** * * *
90972 AATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAA
130 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
** * ** *
91037 ATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGA
195 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * **
91102 CTTTCAAAGGCATTAGCGACTATAAAGGGACTTTT-TATGTCAATGGATGGCTTTCGCTTTTTGT
260 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
* * * *
91166 TTCTTGAGGCAAAGA-A-TGA
324 TTCCTAAGGC-TAGACATTCA
* * * **
91185 ATTATGATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATT-ATACTTAAAATCAAATACAAGATTATAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
91248 AACCAGTTAAAG-AGAGTAATAA-GCATTTCGAAGGAATGAGTGATTATAAGTTGACTTTTTTTG
65 AACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** * * * * ** * * **
91311 CCAATGGAT-ATTTTTTCTTTTACG-TTTCCTGAGGTAGGTATTCAATTTTAATCTATTTTAAAT
128 TCAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTTTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * *
91374 AAAAA-ATACAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATA
191 AAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * * *
91438 AGAATGTTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATTGACTTCTCTTGCCAATAGATAGCTTTTTCTT
254 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * *
91503 TATGTTT-CTCGAGG-TAGATATTCA
319 CATGTTTCCT-AAGGCTAGACATTCA
* * * * *
91527 ATTATAATATGTTGTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATGAATTAAGAGATTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** * * * *
91592 ACCATTTAAGGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCATGAACGATTATAAAAGGGACTTTACTTGCC
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
91657 AATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTACTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGCTTTAAGCAAA
130 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * *
91721 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAG
194 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
91786 GCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCC-ATGGATGGCTTTCGCTTCACA
259 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGGATGGCTTTTGCTT--CA
* *
91850 T-TTTTC-AAAG-TAGACATTCA
321 TGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* ** * *
91870 ATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAA-TAAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
91933 ATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
66 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * * * * * * *
91998 ATGAAT-GATTGTTTCTTCATGTATTTCAAGGTAGACATTCAATGATAATCTGTTATATCTAAAA
131 ATGGATGGCTT-TTGCTTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * ** * * *
92062 ATGTAAGAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAAGCATAAAACCATTTAACGTGAATAATAAGG
195 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * * *
92127 CTTTCAAAAGCATAAGTTACTATAAAGGGACTTTGCTTGCTAATGGATGGCTTTTACTTCACGTT
260 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* * *
92192 T-CT-CGAGATAGACATTAA
325 TCCTAAG-GCTAGACATTCA
* * * *
92210 ATT-TCAACATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAA
1 ATTAT-AATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * *
92274 AACCATTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGAGTATAAAATGGACTTTTCTTG
65 AACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
92339 TCAATAGG-TGGCTTTTGCTTCAT-ATTTCCTAGAGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTGACCC
128 TCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * * ** * **
92402 AAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATGAACTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAAT
191 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * ** *
92467 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAAT-GAATATTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTC
256 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * *
92531 ACGTTTCCCAAAG-TAGACATTCA
320 ATGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* * *
92554 ATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 ATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *** * * * *
92618 AACCATTTAAAACAAGTACTAAGTCTTAAAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTCCTT-AC
65 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* ** * * *
92682 TAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCAC-ATGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAA-CAA
130 -AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * *
92745 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
193 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * *
92810 TTCTTTCGAAGGTATGAGTGACTGTAAGTGGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGGCTTTTGCTTCAC
258 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCAT
* * *
92874 GTTTCTTAGGGC-AGATATTCA
322 GTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* * * * * *
92895 TTTATAATCTGTTATAACCAAAGAA-GT-AAAAAATTCATCTTAAAATTAATTATGA-ATTTATA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATA
* ** * * * *
92957 AAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AGGACTTTTGAAATCATGATTGACAATAAATGGACTTTTATTC
64 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*** * * * * **
93021 TCAACAAATGGCTATTACTTCATGTTTCTT-GAGGTAAATATTCAATT-TAATCTACTTTAACCA
128 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * * *
93084 AAAATATAAAAACATTTC-ACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAATCATTTAAAG-GAAGTAA
192 AAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAA
* * * * *
93147 TAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTCACTATAAAAGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
255 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
*
93212 ATGTTT-TTGAA-G-TAGACATTCA
320 ATGTTTCCT-AAGGCTAGACATTCA
** *
93234 ATTATAATACATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * ** *
93298 ACCATTTAAAGCGAG-CATGAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GA-AATTC-T-CC
66 ACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* ** ** * * *
93358 AATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTT-GAGCCA-ACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAA
130 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* *
93421 AATGTAAAAAAATATCAA-TGTAAATTTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
194 AATGTAAAAAAAT-TCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * *
93485 AGGCTTTC-AAGAAAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGA-------TG----A
257 AGGCTTTCGAAG-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* *
93538 TGTTTCCCAAGG-TAAACATTCA
321 TGTTTCCTAAGGCTAGACATTCA
* * * * * *
93560 ATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATG-AGAAATAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * * *
93624 AACCGTTTAAAAG-GAGTTATAAGGCTTTTC-AAAGCTTCAGCGACTATAAAGGGACTTTT-TGT
65 AACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* * * ** * * *
93686 GCCAATGGGTGACTTTCACTTCTTGTTTCTGGAGG-AGAACAATT-AATTATAATCTGTTTTAAC
127 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGTAG-AC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * ** * * ***********
93749 AAAAAATATAAAAAAATTCTGCTTAGAATCAATTATGAAATTATAAAACCAGNNNNNNNNNNTAA
190 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
93814 TAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTTCTTC
255 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
** * *
93879 ATGTTT-CTCATTGAT-GACATCCA
320 ATGTTTCCT-AAGGCTAGACATTCA
* * * * * *
93902 ATAATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCATCCTAAAATC
1 ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
93950 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 7219, Mismatches: 1637, Indels: 770
0.75 0.17 0.08
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Consensus pattern (343 bp):
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TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT
CCTAAGGCTAGACATTCA
Found at i:87587 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 84378--93886 Score: 4965
Period size: 513 Copynumber: 18.6 Consensus size: 509
84368 TTATAAGTTG
* * * *
84378 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTC-ACTTAAAATCAATCATAAGATAATAAAA-TCATTTAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* * * * * * *
84441 AGTAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAAGGGC
64 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * * * * * *
84506 TTTCG-TGTAATGTTTTTCA-TGGTAAATATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
129 TTTGGCT-TCATATTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAA
* * * *
84569 AAATTTC-ACTTAAAATCAATTATCAGATGATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCTA
192 GAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * *
84633 AGGCTTTAGTCACTATAAAAGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTGAA
255 AGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATG-TTTCT-AA
* * * * * *
84698 GCAAACAGTT-AATTATAATA-ATTGTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAGTT
318 GCAGACA-TTCAATTATAACATA-TGTCAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * **
84760 ATAAGCTTATAAAA-CTATTTAAAGCGTA-TAAGAAAACTTGTAAGAATGCAAGTAATAAGGCTT
380 ATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCG-AGTAAGAAGGC-T-T-----T-C--G----AAGGC--
* * * * * **
84823 TTGAAGCCTTAAGTTACTACAAAAGGACTTTGCTCT-CCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
427 ATG-AG---T--G--ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * * *
84887 TTGAGCCAAACATTCAATTATAGTCCA
483 CTAAGGCAGACATTCAATTATAATACA
* * *
84914 TTTTAACCAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAA
* * * * * * *
84979 TG-AA-TTATAAGGCTTTCAAAGGC-TCGAGTCACTGTAAATGTACCTTTCTTATTGACA-GG-T
65 -GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCA-ATGGAT
* * * * * * * * * ** ** *
85039 GCCTTTCGATTCATGTTTCTTGAAGCATACATT-ACATTATAACAAATTTTAATAAAAAATGTAG
126 GGCTTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCA-ATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCA-
* * * *
85103 CAA-AATTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTC
189 AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * * *
85167 AAAGGCATG-GGCAACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
253 GAAGGCTTGAGTC-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CT
* * * * *
85231 AAGGTAGATATTCAATTATAATC-TCAT-TTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAATTAAACCTAAAA
316 AA-GCAGACATTCAATTATAA-CAT-ATGTCAACT-AAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * *
85294 TCAATTGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAGAAGACTTTCAAAAGCTTGAGTCACTAT
374 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* ** * * * * * **
85359 AAATCGACTTTTCTTGCCAATGGATTGCTTTTGCTTCACGTTTGCTGA-GCAGTCATTCAATTGC
439 AAATGGACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
85423 AATACA
504 AATACA
* *
85429 TTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
1 TTTT-AACTAAAAA--T-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* * *
85493 AAAGCCAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGTCAATGGATG
62 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * *
85558 GCCTTT-GCTTCATATTTTTCGGGGTAGACATTCAGTTATAATATGTTGTAACCAAAAATGTAAT
127 G-CTTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAA
* * *
85622 AGAATTCAACTTAACATCAATTATGAGATTATAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
191 AGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * *
85687 AGCCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGATATTT-CTTCATGTTTCCAAA
255 AGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCT-TTTGCTTCATGTTT-CTAA
* * * * * *
85751 GGCTGACATTCAATTAT-A-ATATGCTATAACTAAAAATGTAATAGAGTTTAACTTAAAATCAAT
318 -GCAGACATTCAATTATAACATATG-T-CAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
85814 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATG
379 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * * * *
85879 AACTTTGCTTGTCAATAGATGGATTTTGCTTCATGTTTCCCAGGGTAGACATTTAATTATAATAT
444 GACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATAC
*
85944 G
509 A
* * * * * *
85945 TTGTAACCAAAAATGTAATAGAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * *
86010 CGAGTAATAAGCCTTAT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCT
66 CAAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * ** * *
86074 GTTGG-TTCACAGTTCTCAG-GGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAA-GTAAAAA
130 -TTGGCTTCATATTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAG
* * * * *
86136 AATTCAGCTTAAAGTCAATTATTAGACTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
193 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
86201 GCTTGAGTCACTATAAATGGATTTTTCATGCCAAT-GAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCACAAGT
257 GCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG-ATAGCTTTTGCTTCATGTTTC-TAAG-
** * * * * * *
86265 CAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATTAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAATTCAGTTATG
319 CAGACATTCAATTATAACATATGTCAACTAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ********** *
86330 AGACTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACT
383 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
*** ** * * * * * *
86395 TTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCTTCATATTTCTTAAGGCAAACATTTAATTAT-A-ACC
448 TTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATACA
* * *
86455 TGTTTGAA-TAAAAAAAGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTA
1 T-TTT-AACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* ** * * * * *
86519 AAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGGATAG
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * ** * * *
86584 TTTTTGCTTCATGTTTCATA-AGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAGTGCAAAA
128 CTTTGGCTTCATATTTC-TAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAA
* * *
86648 AAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAATGCTTTCGA
192 GAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * *
86712 A-GCTATGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGGTGGCTTTTGCTTCATGTTCCTTAG
255 AGGCT-TGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTC-TA-
* * * * * * *
86776 GGCAGATATTCAATTATAATC-TATTTTAA-TGAAAAAAGATAAAAAAAGTCATCTTAAAATCAA
317 AGCAGACATTCAATTATAA-CATATGTCAACT--AAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
86839 TTATGA-ATTTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGCAATAGGGCTTTCGAAGGCATGATTGACTATAA
378 TTATGAGA-TTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
** * * * * * *
86902 ATGGACTTTTCTTATCAAC-GAATGGGTTTT-CTTTCATGTTTCTTGAGGTAAACTTTCAATTAT
441 ATGGACTTTTCTTGCCAACAG-ATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
*
86965 AATATA
504 AATACA
* * *
86971 TTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAATTTC-ACTTAAAATCACTCATGAGATGATAAAACTATTTAA
1 TTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * * * * *
87034 AGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAA-GCATGATTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTTAACGAATGG
64 AGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * * * * ** *
87098 CTTTGGCTTCCTATTTGTAGAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAC
128 CTTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAG
* * *
87163 AATTGC-ACTTAAAATCAATTATTAGATGATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAA
193 AATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGAT-ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * ** * * *
87227 GGCTTGAGTCACTACAAATAGACTTTTCTTTCTGATAGACAGCTTTTCCTTCATATTTCTTGAAG
256 GGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTC-T-AAG
* * *
87292 CAGACATTTAATTATAACACATGTCAACCTAAAATTTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTAT
319 CAGACATTCAATTATAACATATGTCAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTAT
* * * * ** *
87356 GAGCTTCTAAAATCATTTAAAGTGTGTAAGAATACTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGAC
382 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* *
87421 TTTTCTCT-CCAACATATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATACA
447 TTTTCT-TGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATACA
* **********
87484 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * *
87549 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGGATGGCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC--
* * * *
87614 TTTGG--TCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAACT-TGTTTTAACAAAAAATGCAAAAG
129 TTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAG
* * **
87676 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTTAG
193 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * *
87741 G-TATGAG-CGACTATAAA-GAAACTTTT-TGTGACAATGGATGGCTTTTGCTTCTTATTTCTTG
257 GCT-TGAGTC-ACTATAAATG-GACTTTTCT-TGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTC-T-
* * * * * * * * *
87802 AGGTAAAAAATCAATTATAATC-TTTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAATTC-ACTTAAAATCA
316 AAGCAGACATTCAATTATAA-CATATGTCAACT--AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
87864 ATTATGAGATTATAAAA-CTAGTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAA
377 ATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
** * ** * *
87928 AT-GAC-TTTCTT-CTCAATGGATGGCTTTT-ATTCA-GTTTTTTTGAGGTAGACATTCAA-TAT
441 ATGGACTTTTCTTGC-CAACAGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAT
***
87987 AATTTG
504 AATACA
* ** * *
87993 TTTTAAATAAAAA-ATGTGAAGAATTCAACTTCAAAT-AATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * * * * *
88055 GTAA-TAACAAAG-TTTCGAAGGCATGA-TGA-GATATATGGACTTTACTTGCCAATGGAT-GCT
65 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* ** * * * *
88115 TT-TCTTCACGTTTCTTA-AGGTA-TCATAT-GATTATAATATGTTTTAATCAAAAAATGTGAAA
130 TTGGCTTCATATTTC-TAGAGGTAGACAT-TCAATTATAATATGTTTTAA-CCAAAAATG-CAAA
* * * **
88176 A-AATTCAGCTT-AAATACAATTACGCGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
191 AGAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * * ** * * *
88239 AAGACATGAGTGAATGTAAATAGACCTCTCTAACCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
254 AAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTC-T-A
* * * * * * * * * **
88304 GGTAAACATTTAATTAT-A-ATATTTTATAATAAAAAATGTAAAAGAATTGAACAAAAAATCAAT
317 AGCAGACATTCAATTATAACATATGTCA-ACT--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
88367 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATATATA
379 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* ** ** * * * * * *
88432 AACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTTGCTTTACGTTTCTTAGGGCAGACATTGAATTAT-A-AC
444 GACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATAC
88495 A
509 A
* * * * *
88496 TGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAGATAT-AACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1 T-TTT-AACTAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * ** * *
88560 AAGCAAGTACTCAGGCTTT-TGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATT
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATG
* * * * * * * *
88624 ACTATT-TCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATGATAATCTAG-TTTAA-CAAAAATTGTA
127 GCT-TTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAA-TGCA
* * * ***
88686 AGAGAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGAGTTAAAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAAATTT
189 AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA--TATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * *
88750 TCGAAGGCATAAG-CTACTATAAAGGGACTTTGCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTT
251 TCGAAGGCTTGAGTC-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATG--TT
* * * * * * * * *
88814 TCGAGGTAGACATTCAATTATGACATCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCT
313 TCTAAGCAGACATTCAATTATAACATATGTCAAC-TAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
88879 ATTATGAGATTTTAAAA-CAATTTAAAGCAAGTAATAACG-TTATCGAAGACATGA--G-CTTTT
377 ATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATA
** ** ** * *** * ** ** *
88939 GCTTCACGTTTT-TAATAGTAAACA-TTTAATTATAATT--TGTTT--TAACCCA-AAATAT-AA
440 AATGGAC-TTTTCT--T-GCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACAT-TCAA
88996 --A-AA-A-A
500 TTATAATACA
* * * ** * * * * * *
89001 -TCTAACTTAAAATTGATTATGAGATT--A-TGAAACT-ATTTAAAGTGAG-TAATAAGAC--TT
1 TTTTAAC-TAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT--A-TGAGATTATAAAACTATT
* ** * * *
89058 T--CG-AAGGCAT--GG-TTGATTATAA---AT--G-GAC--T---T----TT--ATTGCCAATG
61 TAAAGCAAGTAATAAGGCTT--TCA-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* ** * * * * * *
89100 AATCACTTT-TCTTCATGTTTCTCA-AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAG
123 GATGGCTTTGGCTTCATATTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * * *
89163 TAAAA-AATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTATTAAGTCT
187 CAAAAGAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * ** * *
89227 TTCAAAGGCTTGAGTCATTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTC
250 TTCGAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTC
* * * * * * *
89292 ACAAGGCAAATATTCAATTATAATC-TGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAAA
315 -TAA-GCAGACATTCAATTATAA-CATATGTCAACT--AAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAA
* * * * *
89355 T-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATAAGTGACTAT
374 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* ** * * * * *
89419 -AATGGAC-TTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTCAGGGTAGATATT-AATTT
439 AAATGGACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAA-TT
**
89480 ATAATATG
502 ATAATACA
* * * * * *
89488 TTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAAATCATCTTAAAATTAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACTATTTAA
** ** * * ***
89551 AGCAAGTAATACA-GCTTTTGAAGGCATGCTTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACAAATGG
64 AGCAAGTAATA-AGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * * * * * * **
89615 GTTTTGCTTTATGTTTCTTA-AGTTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
128 CTTTGGCTTCATATTTC-TAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAA
* * * ** * * *
89679 AAATTCCAGTTAAAATTTATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAA
192 GAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * **
89744 GGCTTAAGTCACTACAAATGGA-TGTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAA
256 GGCTTGAGTCACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CT-AA
* * * * * * *
89808 GCAGATATTTAAATATAATACATGTTAACCAAAAATG--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
318 GCAGACATTCAATTATAACATATGTCAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
89871 GAGTTTATAAAAACATTTAAAGCGTGTAAGAATGCTTTCAAAGGTATAACTGACTATAAATGGAC
382 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * *
89936 TTTCCTCT-CCAATGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCTTAAGTCAAACATTCAATTATAGT-CTG
447 TTTTCT-TGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATAC-A
********** * * * *
89999 TTTTANNNNNNNNNNTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAACTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
** * * * * * * *
90064 TGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGGGTTGCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * ** * ** * * *
90129 TTGCATT-ACATTTCTTA-AGCCAGATATTCAATTATAATACATTTTAACAAAAAATGTAGCAA-
131 TGGC-TTCATATTTC-TAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCA-AAAG
*
90191 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCTAA-TAATAAGGCTTTCGAA
193 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-ATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * * *
90255 GACATGGGTAACTATGAATGAACTTTTCTTGTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
256 GGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG-ATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CTAA-
* * * * * * * * * *
90319 GTAGATATTCTATTATTATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAATA
318 GCAGACATTCAATTA-TAACATATGTCAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
90383 TGAGATTACAAAACCATTTAAA-CTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTCACTATAAATGG
381 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-GAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
90447 ACATTTCTTGCCAACGGATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAAGCAAACATTTAAGTATAATACA
445 ACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATACA
* *
90512 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
** ** ** * * * * *
90577 TGAGTAATAATACTTTTGAAGGCATGACTGACTAGAAATGGACTTTTGTTGCCAATGGGTGGCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * * * * * *
90642 TTGCTTTACATTTCTCAG-GGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAA
131 TGGCTTCATATTTCT-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGAA
* ** * * *
90706 TTCATCTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTATGGCTTTCAAAGG
195 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA--TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * *
90770 CATGATTGACTATACATGGACTTTTCTTGTCAA-CGA-ATGACTTTCT-CTTCATGTTTCTCAAG
258 CTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATA-G-CTTT-TGCTTCATGTTTCT-AA-
* * * * * ** * * *
90832 GTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCATAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTAT
318 GCAGACATTCAATTATAACATATGTCAACTA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
90897 GAGTTTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTC-AAGGGAATGAGTAACTATAAGTGG
382 GAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGG
* * ** * * * * * * *
90960 ACTTTTTTTGACAATGGATGACTTTTTCTTCACAT-TTTTC-GAGGTAAACATTCAATTATAATT
445 ACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATA
*
91023 TA
508 CA
* * *
91025 TTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAA
* * * * *
91089 GCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATTAGCGACTATAAAGGGACTTTT-TATGTCAATGGATGGC
65 GCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGC
* ** * * * * * * * * * * * *
91153 TTTCGCTTTTTGTTTCTTGAGGCAAAGAATGAATTATGATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAA
129 TTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGA
* ** *
91217 ATT-ATACTTAAAATCAAATACAAGATTATAAAACCAGTTAAAG-AGAGTAATAA-GCATTTCGA
194 ATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGC-TTTCGA
** * * * * * * * * * *
91279 AGGAATGAGTGATTATAAGTTGACTTTTTTTGCCAATGGATA-TTTTTTCTTTTACGTTTCCTGA
255 AGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGC-TTCATGTTT-CT-A
* * ** * * * * **
91343 GGTAGGTATTCAATTTTAATC-TATTTTAAATAAAAAATACAAAAGAATTCAACTTAAAATCAAT
317 AGCAGACATTCAATTATAA-CATATGTCAACTAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
91407 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAAGAATGTTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAATT
379 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
91472 GACTTCTCTTGCCAATAGATAGCTTTTTCTTTATGTTT-CTCGAGGTAGATATTCAATTATAATA
444 GACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATA
**
91536 TG
508 CA
* * * * * * * *
91538 TTGTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATGAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAGG
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * ** * * * *
91603 CGAGTAATTAGGCTTTCGAAA-GCATGAACGATTATAAAAGGGACTTTACTTGCCAATGGATGGC
66 CAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* * * * ** *
91667 TTTTGCTTCATGTTTACT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGCTTTAAGCAAAAATATAAAAA
129 TTTGGCTTCATATTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAG
* * * *
91731 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
193 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * *
91796 G-TATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCC-ATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTTTCAAA
257 GCT-TGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATAGATAGCTTTTGCTT--CATGTTTCTAA
* * * * ** * *
91859 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAATAAAAAAA-TAAACTTTAAATCAATTAT
318 GCAGACATTCAATTATAACATATGTCAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
91922 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
382 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
91987 TTTTCTTGCCAA-TGAAT-GATTGTTTCTTCATGTATTTC-AAGGTAGACATTCAATGATAAT-C
447 TTTTCTTGCCAACAG-ATGGCTT-TTGCTTCATGT-TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATAC
92048 -
509 A
* * * * * ** *
92048 TGTTATATCTAAAAATGTAAGAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAAGCATAAAACCATTTAA
1 T-TT-TAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
* * * * * * *
92113 CGTGAA-TAATAAGGCTTTCAAAAGCATAAGTTACTATAAAGGGACTTTGCTTG-CTAATGGATG
64 AG-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATG
** ** * * * * * *
92176 GCTTTTACTTCACGTTTCTCGAGATAGACATTAAATT-TCAACATGTTTTAACAAAAAATGTAAA
127 GCTTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTAT-AATATGTTTTAACCAAAAATGCAAA
* **
92240 A-ACATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
191 AGA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * *
92304 GAAGACATGAGTGAGTATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGGTGGCTTTTGCTTCATATTTCCT
253 GAAGGCTTGAGTCACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTT-CT
* * * * * * * * * *
92369 AGAGCAGACATTTAATTATAATC-TGTTTGACCCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATGAA
316 A-AGCAGACATTCAATTATAA-CATATGTCA-ACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** ** * * *
92433 CTACAAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAA
378 TTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * *
92497 T-GAATATTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGTAGACATTCAATTATAA
442 TGGACT-TTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAA
*
92561 T-CTG
506 TAC-A
* * *
92565 TTTTAA-TAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * ** * * * * *
92629 ACAAGTACTAAGTCTTAAAAAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTCCTT-ACTAATGGATAGC
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* * * * ** * * *
92693 TTTTGCTTCATGTTTC-ACATGGCAGACATTCAATTATAACCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA
129 TTTGGCTTCATATTTCTAGA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAG
* * ** **
92756 AATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATTCTTTCGAAG
193 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * *
92821 G-TATGAGTGACTGTAAGTGGACTTTTCTTACCAAT-GAGTGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAGG
257 GCT-TGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGA-TAGCTTTTGCTTCATGTTTC-TA-A
* * * * * * * *
92884 GCAGATATTCATTTAT-A-ATCTGTTATAACCAAAGAAGT-AAAAAATTCATCTTAAAATTAATT
318 GCAGACATTCAATTATAACATATG-T-CAACTAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** * *
92946 ATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-TAGGACTTTTGAAATCATGATTGACAATAAAT
380 ATGAGA-TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
93009 GGACTTTTATT-CTCAACAAATGGCTATTACTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATT-TAAT
443 GGACTTTTCTTGC-CAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAAT
93072 -CTA
507 AC-A
* * * * * *
93075 CTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTC-ACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAA-TCATTTAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAA
* * * * * * * *
93138 AGGAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTCACTATAAAAGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGC
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* * * * ** * *
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129 TTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGA
* * * *
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194 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGCTTTCGAAG
* * ** * ** *
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257 GCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTC-TAAG-
* * * * * * *
93390 CA-ACATTCAATTGTAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATATCAA-TGTAAATTTAATTA
319 CAGACATTCAATTATAACATATGTCAACT-AAAATGTAAAAAAAT-TCAACT-TAAAATCAATTA
* * ** *
93453 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGAAAATGAGTGACTATAAATAG
381 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAG-GCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
93517 ACTTTTCTTG-C--TA-ATGG---ATG----ATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTAGAAT-CT
445 ACTTTTCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATAC-
93570 A
509 A
* * * * **
93571 TTTTAACCAAAAATGA-GAAATAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAA
1 TTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AA
* * * * * * * *
93635 AG-GAGTTATAAGGCTTTTCAAA-GCTTCAGCGACTATAAAGGGACTTTT-TGTGCCAATGGGTG
64 AGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATG
* ** * * * * * **
93697 ACTTTCACTTCTTGTTTCTGGAGG-AGAACAATT-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAA
127 GCTTTGGCTTCATATTTCTAGAGGTAG-AC-ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAA
* ** * * ***********
93760 AAAAATTCTGCTTAGAATCAATTATGAAATTATAAAACCAGNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTCG
190 AAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
** * * *
93825 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCT
254 AAGGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCT
93887 CATTGATGAC
Statistics
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TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
TGGCTTCATATTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGCAAAAGAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
GAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTAAGCAGACAT
TCAATTATAACATATGTCAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATACA
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88786 TTAATGGATG
* * * * * *
88796 GCTTTTGCTTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTCAATTATGACATCTTTTAACAAAAAATGTAAAA
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*
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* ** * **
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* * **
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCTAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAACGTTATCGAA
GACATGA
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88923 GAAGACATGA
* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * **
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1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
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66 AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * *
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* * * * *
89443 GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAGGGTAGATATT-AATTTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA-TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * *
89507 AAAAATCATCTTAAAATTAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATACA-GCTTTT
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** * * * ***
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* * * * * * *
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1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * ** * * * * *
89679 AAATTCCAGTTAAAATTTATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * *
89744 GGCTTAAGTCACTACAAATGGA-TGTTTTTTGCCAATGGATG
131 GGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGGATG
** * * * * *
89785 GCTTTTGCTTCACATTTC-CTAAAGCAGATATTTAAATATAATACATG--TTAACCAAAAATG--
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAAT-C-TGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
89845 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAACATTTAAAGCGTGTAAGAATGCTTTC
63 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * *
89910 AAAGGTATAACTGACTATAAATGGACTTTCCTCT-CCAATGGATG
128 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATG
* * * * **********
89954 GCTTTGGCTTCATGTTTCTTAA-GTCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTANNNNNNNNNNTAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * ** *
90018 AAAATTCAACTTAGAATCAACTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * *
90083 AAGCTTGAGTCACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGGGTT
130 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* ** * * *
90125 GCTTTTGCATTACA--TTTCTTAAGCCAGATATTCAATTATAATAC-ATTTTAACAAAAAATGTA
1 GCTTTTGC-TT-CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTA
** * * * *
90187 GCAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCTAATAATAAGGCTTTC
63 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
90252 GAAGACATGGGTAACTATGAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATG
128 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * *
90296 GCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGATATTCTATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * *
90360 AAAATTCAACTTAAAATTAAATATGAGATTACAAAACCATTTAAA-CTGAGTAACAAGGCTTTCA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * *
90424 AAGGCTTAAGTCACTATAAATGGACATTTCTTGCCAACGGATG
129 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * * * * *
90467 ACTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAAGCAAACATTTAAGTATAATAC-ATTTTAACTAAAAATGTAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* ** ** *
90531 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAATACTTTTGA
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * *
90596 AGGCATGACTGACTAGAAATGGACTTTTGTTGCCAATGGGTG
130 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* ** * * * *
90638 GCTTTTGCTTTACATTTCTCAGGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
90703 AAATTCATCTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTATGGCTTTCAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
90767 AGGCATGATTGACTATACATGGACTTTTCTTGTCAACGAATG
130 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * *
90809 ACTTTCT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCATAAATGTAAA
1 GCTTT-TGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * *
90873 ACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTC-A
65 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *
90937 AGGGAATGAGTAACTATAAGTGGACTTTTTTTGACAATGGATG
130 A-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * ** * * * * * **
90980 ACTTTTTCTTCACATTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATACAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* ** * *
91045 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * *
91110 GGCATTAGCGACTATAAAGGGACTTTT-TATGTCAATGGATG
131 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATG
* ** ** * * * * * * * * *
91151 GCTTTCGCTTTTTGTTTCTTGAGGCAAAGAATGAATTATGATATATTTTAA-TAAAAATGTAAAA
1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* ** * *
91215 AAATT-ATACTTAAAATCAAATACAAGATTATAAAACCAGTTAAAGAGAGTAATAA-GCATTTCG
66 AAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCG
* * * * *
91278 AAGGAATGAGTGATTATAAGTTGACTTTTTTTGCCAATGGAT-
129 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
** * * * * ** * * ** *
91320 ATTTTTTCTTTTACGTTTC-CTGAGGTAGGTATTCAATTTTAATCTATTTTAAATAAAAA-ATAC
1 GCTTTTGC-TTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-
* * * * *
91383 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAAGAATGTTTT
63 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
91448 CGAAGGTATAAGTGACTATAAATTGACTTCTCTTGCCAATAGATA
127 CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG
* * * * * * *
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* * * * *
91558 GAATTCAACTTAAAATGAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATTAGGCTTTCGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* ** * * *
91623 AGCATGAACGATTATAAAAGGGACTTTACTTGCCAATGGATG
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* * * * *
91665 GCTTTTGCTTCATGTTTACT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGCTTTAAGCAAAAATATAAA
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* * *
91729 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
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* *
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* ** * * * * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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** * * * ***
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* * * * * *
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* * *
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**
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* ** ** ** * * *
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* *
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** * *
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* * * *
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1 GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AA
* * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * *
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*
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* * ** * * * *
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* *
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** * * *
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* *
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* * ** * *
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** * * *
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* ** * * *
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* **
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* * * * **
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* ** * * * ** *
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* *
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* * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* ** *
100170 ACTATATAA-GGACTTTT-TGTATCAATGGATTTCTTTTGCTTC-TCGTTTC-CTAAGGAAAACG
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* * *
100231 ATCAATTAAAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTTAAAAAAATTCTACTT
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * ** * * * *
101122 AAAATCAATTATGAGAGTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGACTTTTGAAGGCATAAGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * **
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* * *
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129 ATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
** * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-ATGAGTG
* * *
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* * * * *
101418 TTCAATTATAATATGCTTTAAGCAAAAATGTAAAAGAATTAAACTT
125 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * ** *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * *
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66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-CAAGGTA-A-AGTT
** ** * *
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* ** *** * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * **
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66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTA-A-AGTTCA
* * * * *
101763 ATTATAACCTTTTTTAA-CTAAAAAAGTAAAATAATTTAACTT
129 ATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCA-TGAGT
*
101868 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATG
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Statistics
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CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGTTCAAT
TATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:99510 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAGGATATGAGTG
* * * * *
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* *
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* ** *
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* * * * *
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*
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* *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-GGATATGAGTG
* ** * * *
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* * * * *********
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* * *
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194 ACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTCGAAG-GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTC-TAC
* * * * * *
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* * *
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319 AAAT-ATAAAAAAATTCAACTT
** * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGATATGAGTG
* * * ** * * *
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* * * ** *
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* * **
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* * *
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*
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318 AAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAGGATATGAGTG
* * * * * * *
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* ** * * * *
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130 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAA-TTATAAA
* * * * **
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194 ACCATTTAAAGCGAGTAATAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTACT-
* * * * * * *
99529 AACGAATG-GTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGTAAAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
257 AATGGATGACTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* *
99593 AATGTAAAAAAA-TCTAA-TG
320 AATATAAAAAAATTC-AACTT
* * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAGGATATGAGTG
* **
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* * *
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127 TCAATTATAAT-CTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTA
* * * * *
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190 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAA-TAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTT-
* * * ** *
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*
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* *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-GGATATGAGTG
* ** * *
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* * *
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130 ATTATAATCTAT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAA
* * * *
100128 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCTGAAGGCATGAGCGACTATATAA-GGACTTTTTGTA
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** * * *
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255 CT-AATGGATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCTC-AAGG-AGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
100252 C-AAAAATGTTAAAAAAATTCTACTT
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* * * * * * *
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1 AAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGATATGAGTG
* * ** * * * **
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* * * * *
100406 AATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGCAGAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAA
129 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AATTATAA
** * * * * * *
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193 AACCATTTAAAGCGAGTAA-TAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTC-TAC
* * * * * * * *
100535 TAATGGATGGCTTTTTCTTTATGCTTC-CGGAGGCAGACATTTGAA-TATGATATGTTTTAA-TG
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*
100597 AAAATGA-AAAAAGATTCAACTT
318 AAAAT-ATAAAAAAATTCAACTT
*
100619 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATAAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGATATGAGTG
* * ** * * ** * **
100683 ACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACGCTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCA
* *
100748 ATTATAATCTATTTTAACCACAAATGTAAAAAACCTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
130 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAA
* * * * * *
100812 AACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATTGA-TTTTTCTTAC
193 AACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTC-TAC
* * * * * * * * * *
100876 AAATAGATGGA-TTTTTCTTTACGTTTC-CTTAGGTAGATATTCAGTTATCATTTGTTTTAACTG
256 TAATGGAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGG-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * *
100939 AAAATGTAAAAGAATTTAACTT
318 AAAATATAAAAAAATTCAACTT
* ** * *
100961 AAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGA-ATGAGAG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-GGATATGAGTG
* * *** * * *
101025 ACTATAAATGTG-CTTTTTTTTCCAATGGATTTGTTTTTCTCTACAT-TTTCTGA-AGTAGACAT
65 ACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCT-T-CATGTTTCTTAGGGTAGACAT
** * * * * *
101087 TCAATTATCTTCTGTTTTAA-C-------TAAAAATA-T-AATTTAAAATCAATTATGAGAGTGT
127 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTAT
* * * * * ** *
101142 AAAACCATTTAAAGTGAGTAGCA-AGACTTTTGAAGGCATAAGCGACTATAAAGGGA-TTTTGCA
191 AAAACCATTTAAAGCGAGTA--ATAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTC-
* * * * * * *
101205 TGCCAATGGATGGCTTTTGT-TTCATGTTTCTTATGGTAGATC-TTCAATTATAATATGCTTTAA
253 TACTAATGGATGACTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGG-AGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
101268 GTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTT
315 CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
** * * ** *
101293 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAGTAAGACTTTCGAAGGCGA-GAGCG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGATATGAGTG
* * * * * *
101357 ACTATAAA-GTGACTATGCTTACTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAGAGGTAGACATT
65 ACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAG-GGTAGACATT
* ** * * * * * *
101420 CAATTATAATATGCTTTAAGCAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATAAATCATGTGATTAT-
128 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AATTATA
** * * * ** ** *
101484 AAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGATTGTAAAGGGACTTTGCCTGC
192 AAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTAC
* * * ** **
101549 TAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGCTAGACATTCAATTATAAAAT-TATTTAAGGA
256 TAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAG-GAGACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACTA
* * *
101612 AAAATGTAAAAGAATTCAATTT
318 AAAATATAAAAAAATTCAACTT
* ** *** * *
101634 AAAATCAATTATGAGATTATAAGACTTTTTAAAATAAATAATAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGATATGAGTG
* * ** * * ** * *
101698 GCTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCA
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCA
* * * * * * * *
101763 ATTATAACCTTTTTTAACTAAAAAAGTAAAATAATTTAACTTAAAATCGATTATAAGATTATAAA
130 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTATAAA
* *
101828 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AGAG-AGTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
194 ACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTCGAAG-GCA-TGAGTGACTATAAATAGACTTTT
101886 CTTGTCAATG
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGATATGAGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTAGGGTAGACATTCAA
TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTACTAATG
GATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA
AAAAAATTCAACTT
Found at i:102851 original size:73 final size:74
Alignment explanation
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Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 74
102681 AGCATTACCA
* * * *
102691 CTTAGTCGATTAAGTCG-TCTTTGTCTCTGAACCCAATTTCTGATAGTAAGCTTTTAGTCGACTA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTTCTCTGTCTCTGAACCCAATTTATGACAGTAAGCATTTAGTCGACTA
102755 ACAAAACTT
66 ACAAAACTT
* * *
102764 CTTAGTCGATTAAGTCGTTC-CTGTCTTTGAACCCAGTTTATGGCAGTAAGCATTTAGTCGACTA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTTCTCTGTCTCTGAACCCAATTTATGACAGTAAGCATTTAGTCGACTA
102828 ACA
66 ACA
102831 CTGTCTCTTG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 7, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
73 57 0.97
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CTTAGTCGATTAAGTCGTTCTCTGTCTCTGAACCCAATTTATGACAGTAAGCATTTAGTCGACTA
ACAAAACTT
Found at i:103450 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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103122 CTTGAGGTAG
* * * *
103132 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCCACTTAAAATTAATTATGAGA
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* * * *
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* * *
103261 T-TGTGTTAATGGATGGCTTTCGCTTCTCGTTTCCTAAGGTAA
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* * *
103303 ACATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAATATATAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGA
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* * * ** *
103368 TTGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTT
* * * * *
103433 ATTGTCAATGCATGGCTTTTACTTCAT-GCTT-CTCAAGGCAG
128 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCGTTTCCT-AAGGCAA
* * * *
103474 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATTAAAAAAAATTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
103538 ATTTATTAAACCGTATAAAGCGAGTAGTAGAGCTTTTGAAGGCATGATTGACTATAAATGTCCTT
64 A-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTT
* *** * * * * * *
103603 TTCTTATCAATTCTTAGCTTATGCTTCACATTTTC-GAGGCAA
126 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCTAAGGCAA
* * * * * * *
103645 ACAATCAATTATAATCTGTATGAACAGAAAATGTAAAAGAAATTCAACTTAAAATAAATTATCAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
103710 TTTATGAAACCATTTAAACCGAGTATTAGGGCTTTCAAAGGCATAAGATG-CTATAAATGAGCTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGA-CTT
* ** * * * * **
103774 TCCTTACCAATGCATGGCTTTTG-TATCACATTTCCTGAGATAA
126 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCTCGTTTCCTAAGGCAA
* * * * * *
103817 ACATTCAATTACAATTTG-TTTACCCAAAAATGCA-AAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
103880 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAAGCTTTCGACA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTT
**
103944 TTCTTGTTGATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GCTTCTCC--AGGCAA
126 TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCG-TT-TCCTAAGGCAA
* * * * **
103987 ACAATCAATTATAATATGTGTTAACCAAAAATGCAAAAGAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
104051 TTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTT
* * * *
104116 CTTG-CTAATGGATGGCATTCT-CTT-TGCGTTTCTTGAGGCAG
128 CTTGTC-AATGGATGGC-TTTTGCTTCT-CGTTTCCTAAGGCAA
* * * * * * *
104157 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAACATAAAAAATTTAAATTTAAAATCAATTATGAGC
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
104222 TTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAAAGAGCGATTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTT
* * * * * * * *
104287 CTT-ACTAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAG
128 CTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCTAAGGCAA
* ** *
104328 ATATTCAATTCGAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * **
104392 TTATAAAACCATTTAAAGCTAATAATAATGCTTTCGAAGGCATGA-TCGATCGTA-AAGGGAACT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGT-GA-C-TATAAATG-ACT
* * * *
104455 TTT-GTGTCAATGGATGGGC-TTTGCTTCTTGTTTCTTGAGGCAA
125 TTTCTTGTCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCTCGTTTCCTAAGGCAA
* * * * * **
104498 ATAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATTTAAAAACATTCTCCTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
104563 TTATAAAACTAGTTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATTGATTTT
65 TTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGACTTT
* ** * * *
104627 TCTTGCCAATCTATGGCTTTTTCTTCAT-GATT-CTAAAGGCAG
127 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCGTTTCCT-AAGGCAA
* *
104669 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
104734 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAATGAATGACTAACTATAAATGAACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTT
** * *
104799 CTTACCAATGGATGGCTTTCT-CTTCACGTTTCCTAAGGAAA
128 CTTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCTCGTTTCCTAAGGCAA
* * *
104840 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACATA-AAAAAATT-AAATTAAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAG
* * * * *
104903 CTTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTT
* * * * * * * * *
104968 TCTTGCCAACGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
127 TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCTAAGGCAA
* * ** * * *
105010 ACATTGAATTATGATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCGATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* **
105075 TTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCTTT
105109 TGGAGGCAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTT
GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTTCCTAAGGCAA
Found at i:104218 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 103118--105108 Score: 1592
Period size: 341 Copynumber: 5.8 Consensus size: 338
103108 ACACCTTCAT
* * * * *
103118 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCCACTTAA
1 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-ATAAAA-AATTCAACTTAA
* * *
103183 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAAT-AAGGTGTTC-AAAGCTATGAGTG
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAAGCT-TTCGAAAG-AATGAGTG
** * * *
103245 ACTATAAA-GGAACTTTT-TGTGTTAATGGATGGCTTTCGCTTC-TCGTT-TCCTAAGGTAAACA
126 ACTATAAATGG-ACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCATTCT-C-AAGGCAAACA
* *
103306 TTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAATATATAAA-AATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
187 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** ** * *
103370 GTAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAATAGACTTTTAT
251 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT
* * * *
103435 TG-TCAATGCATGGCTTTTACTTCAT
315 TGCT-AATGGATGGCTTCT-CTTTAC
* ** * * * **
103460 GCTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATTAAAAAAAATTAAAAAATTCAACTTA
1 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA--CCAAAAAA-TAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * * * * *
103525 AAATTAATTATGA-ATTTATTAAACCGTATAAAGCGAGTAGTAGAGCTTTTGAAGGCATGATTGA
63 AAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGA
** ** *** * * * * *
103589 CTATAAATGTCCTTTTCTTATCAATTCTTAGCTTATGCTTCA-CATTTTCGAGGCAAACAATCAA
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCATTCTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * * * * *
103653 TTATAATCTGTATGAACAGAAAATGTAAAAGAAATTCAACTTAAAATAAATTATCAGTTTATGAA
192 TTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAG-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
103718 ACCATTTAAACCGAGTATTAGGGCTTTCAAAGGCATAAGATG-CTATAAATGAGCTTTCCTTACC
256 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGA-CTTTTCTTGCT
* * * *
103782 AATGCATGGCTTTTGTATCAC
319 AATGGATGGCTTCTCT-TTAC
* * ** * *
103803 ATTTCCTGAGATAAACATTCAATTACAAT-T-TGTTT-ACCCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTT
1 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTAT-TTTAACCAAAAAAT---AAAAAATTCAACTT
* * * * * *
103865 CAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAAGCTTTCGACAGCATGAGTGA
62 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGA
*** * *
103930 CTATAAATGGACTTTTCTTGTTGATGGATGGCTTTTGCTTCATGC-TTCTCCAGGCAAACAATCA
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-CATTCTCAAGGCAAACATTCA
* * **
103994 ATTATAATATGTGTTAACCAAAAATGCAAAAGAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
191 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
104058 ACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCTA
256 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCTA
*
104123 ATGGATGGCATTCTCTTTGC
320 ATGGATGGC-TTCTCTTTAC
* * * * *
104143 GTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAACATAAAAAATTTAAATTTAA
1 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA-AAAAATAAAAAA-TTCAACTTAA
* * * ** * * *
104208 AATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAGGGAAAGAGCGATT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGACT
* * * * * * * * *
104273 ATAAATAGACTTTTCTTACTAATGGATGACTTTTTCTTCA-CATTTTCTAAGGTAGATATTCAAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCATTCTC-AAGGCAAACATTCAAT
** * *
104337 TCGAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAAC
193 TATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ** *
104401 CATTTAAAGCTAATAATAATGCTTTCGAAGGCATGA-TCGATCGTA-AAGGGAACTTTT-GTG-T
258 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT-GA-C-TATAAATG-ACTTTTCTTGCT
*
104462 CAATGGATGGGCTT-TGCTTCT-T
319 -AATGGAT-GGCTTCT-CTT-TAC
* * * **
104484 GTTTCTTGAGGCAAATAATCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATTTAAAAACATTCTCCTTA
1 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAA--TAAAAA-ATTCAACTTA
* ** * **
104548 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGTTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGAGTGA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGA
* * ** * * * *
104612 CTATAAATTGATTTTTCTTGCCAATCTATGGCTTTTTCTTCATGATTCTAAAGGCAGACATTCAA
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCATTCTCAAGGCAAACATTCAA
*
104677 TTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
192 TTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
104742 CCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAATGAATGACTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAA
257 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCTAA
*
104807 TGGATGGCTTTCTCTTCAC
321 TGGATGGC-TTCTCTTTAC
* * * * *
104826 GTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACATAAAAAAATT-AAATTAAA
1 GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAT-AAAAAATTCAACTT-AA
* * * * * **
104890 AATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGAGTGACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGACT
* * * ** * * *
104955 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTTCTTCA-CATTTCTTGAGGTAGACATTGAAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCA-TTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * ** * * *
105019 TATGATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAC
193 TATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* **
105084 TATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
258 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
105109 TGGAGGCAAG
Statistics
Matches: 1326, Mismatches: 263, Indels: 121
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
GTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATGAGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATCATTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT
AATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCTAATGGAT
GGCTTCTCTTTAC
Found at i:105157 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 103112--105159 Score: 1828
Period size: 512 Copynumber: 4.0 Consensus size: 512
103102 GAGCCAACAC
* * * *
103112 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCC
1 CTTCATGATTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCA
* * * * * *
103177 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAT-AAGGTGTTC-AAAGCTAT
66 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCT-TTCGAAGGCAAA
* * *** * * * *
103240 GAGTGACTATAAAGGAACTTTT-TGTGTTAATGGATGGCTTTCGCTTCTCGTTTCCTAAGGTAAA
130 GACTGACTATAAATGAACTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTCTCTTCACATTTCCTAAGGAAAA
* * * *
103304 CATTCAATTATAATATGTTCTAACAAAAAATATATAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGAT
194 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * *
103369 TGTAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAGGCATGAGTGATTATAAATAGACTTTTA
258 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * *
103434 TTGTCAATGCATGGCTTTTACTTCATGCTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAT
323 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * * * * **
103499 TAAAAAAAAT-TAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA-ATTTATTAAACCGTATAAAGCGAG
388 T---AAAAATGTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAATGAG
* * * ** * *** * * *
103562 TAGT-AGAGCTTTTGAAGGCATGATTGACTATAAATGTCCTTTTCTTATCAATTCTTAGCTTATG
449 TAATAAG-GCTTTTGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTT
* * * * * * *
103626 CTTCA-CATT-TTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTATGAAC-AGAAAATGTAAAAGAAAT
1 CTTCATGATTCTT-GAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA-AAAATATAAAAG-AAT
* * * * * * ** *
103688 TCAACTTAAAATAAATTATCAGTTTATGAAACCATTTAAACCGAGTATTAGGGCTTTCAAAGGCA
63 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
103753 TAAGA-TG-CTATAAATGAGCTTTCCTTACCAATGCATGGCTTT-TGTATCACATTTCCTGA-GA
128 -AAGACTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCTCT-TCACATTTCCTAAGGA
* * * * *
103814 TAAACATTCAATTACAAT-T-TGTTTACCCAAAAATGCA-AAAAAATTCAACTTCAAATTAATTA
191 -AAACATTCAATTATAATCTAT-TTTAACAAAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** * * *
103876 TGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAAGCTTTCGACA-GCATGAGTGACTATAAATGG
252 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATAG
** * *
103940 ACTTTTCTTGTTGATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTCCAGGCAAACAATCAATTATAATATG
316 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTG
* ** * *
104005 TGTTAACCAAAAATGCAAAAGAATTC-AACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAA
381 TTTTAATTAAAAATGTAAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * *
104068 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTG-CTAATGGATGGC
445 -TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATAGATGGC
* *
104132 ATTCT
508 TTTTT
*** * * * * * *
104137 CTTTGCGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAGAAACATAAAA-AATTTA
1 CTTCATGATTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAA-TTC
* * * * * *
104201 AATTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG-AGGGAAA
65 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAA
* * * * * * *
104265 GAGC-GATTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAG
130 GA-CTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCTCTTCACATTTCCTAAGGAAA
* **
104328 ATATTCAATTCGAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAGAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGA
193 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * **
104392 TTATAAAACCATTTAAAGCTAATAATAATGCTTTCGAAGGCATGA-TCGA-TCGTAAAGGGAACT
257 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGT-GACT-ATAAATAG-ACT
* * * * * *
104455 TTT-GTGTCAATGGATGGGC-TTTGCTTCTTGTTTCTTGAGGCAAATAATCAATTATAATCTATT
319 TTTCTTGTCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATGCTTCTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTT
* * *** * *
104518 TTAATAAAAAATTTAAAAACATTCTCCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGTTTAAGCA
383 TTAATTAAAAATGTAAAAA-ATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAA-AA
* * * * * **
104583 --AGTAATAAGGCTTTTAAAAG-AATGAGTGACTATAAATTGATTTTTCTTGCCAATCTATGGCT
445 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAA-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCT
104645 TTTT
509 TTTT
**
104649 CTTCATGATTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCA
1 CTTCATGATTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCA
* *
104714 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAATG-AATG
66 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAAG
* *
104778 ACTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGAAAACA
131 ACTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCTCTTCACATTTCCTAAGGAAAACA
* * *
104843 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACATA-AAAAAATT-AAATTAAAAATCAATTATGAGCTT
196 TTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
104906 ATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
259 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * *** * * * * * *
104971 TGCCAACGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATGATCTGTTTTAATT
324 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAATT
* *
105036 AAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAT
389 AAAAATGTAAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
* ** * * * *
105101 AAGGCTTTTGGAGGCAAGACCGATTGTAGAGGGACTTTT-TGTGTCAATAGATGGCTTTT
453 AAGGCTTTTGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATAGATGGCTTTT
105160 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 251, Indels: 124
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 4 0.00
510 29 0.02
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516 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
CTTCATGATTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCAAAG
ACTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTCTCTTCACATTTCCTAAGGAAAACA
TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
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AAATGTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTT
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* ** * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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CGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTC
AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAA
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117586 CATTTAAAGC
* * * * * **
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* * * * * * * *
117659 CTCAATGTAGATATTTAGTTATAATTTCTTTTAGCC-AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAT
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* * * *
117723 CATTTATGAGATTATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTT
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* * ** * * * *
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* * * * * **
117831 CTAGGTAGATACTCAATTATAATCT-ATTTAATTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTCAAAAT-A
66 C-AGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT-AAAATCA
* * * * *
117894 GTTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAATGCAT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * *
117936 TCGAAGGCAAGATTGACTATAAATGGACATTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
* * * * *
118001 CAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAATAATTAAACTTAAAATCAATT
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* *
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* ******************** * *
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1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-
**
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* * *
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128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * * *
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1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
* * * * * *
118340 CTAGGCAGACATTCAATTATAATATGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTAAACTAAAAATTAAT
65 CCAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * **
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** * * * * *
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** *
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* *
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125 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * * **
118618 TCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTATTGCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTC
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
* * * *
118682 TCAAGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAA
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*
118747 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAATGCTT
129 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * *
118788 TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
** * * * * * * *
118852 ATAGGCAGATATTCAATTCTAATTTTTTTTAACTAAGAATGTAAAAATATTTAATTTAAAATCAA
65 CCAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * *
118917 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAATGCTT
129 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * * * *
118958 TTGAAGGTATCAGTGACTATAAATAGACCTTTT-TTGTCAATGGGT-GCTTTTTTCTTCACGTTT
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTCTCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTT
* *
119021 CTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC-AAAATAGTAAAGAAATTCAACTTAAAAT
64 C-CCAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAA-AAATTCAACTTAAAAT
* * * **
119085 TAATTCTGA-ATTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTT
126 CAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * * * * * *
119129 ACGAAGGTATGATTGACTATAAATAGACCTTTCTTGTCAACGGATGACATTTT-CTTCACATTTC
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACGTTTC
* * * * * * ** * ** ** *
119193 TCGAGGTAAACATCCAATTATAATCTATTTTAAGTACAGCTAAAAAAAATTCAAGTTAAAAT-AA
65 -CCAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
119257 TTTATAAGGTTATAAAATCGTTTAAAGTC-ATTAATAAGGCTT
129 -TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAATGCTT
* * * ** * * * * * * *
119299 TTGAAGGGATAAACGACTATGAA-GGAACCTTTCGTGTCAATGGATGGATTGTGCTTCACGTTTC
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
* * *
119363 CCAGGCTA-ACATTTAATTATAATTTGTTTGAACCAAAAATGTGAAAAAGTT-AACTTAAAATCA
65 CCAGGC-AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
119426 ATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCCTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTT
* * * * * * * * *
119468 TCGTAGGCATAAGTGATTATACATGGACTTTTCTTGTCAATGCATGGATTTTGCTTCATGGTTAT
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTT-T
* * * ** * *
119533 -CAAGGCAAACATTCAATTAAAATATT-TTTTATTCAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCA
64 CCCAGGCAGACATTCAATTATAAT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
119596 ATTACGATATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAATGCTT
128 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * *
119638 TCGAAGGCACGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACAG-TTC
1 TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTC
* * * * * * *
119702 TCAAGACAGACATTCAATTATAA-TTGTTTTGACAAAAAAAGTAAAAGCATTTC-ACTTAAAATT
65 -CCAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA--AATTCAACTTAAAATC
* * *
119765 AATTATGA-ATTTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
127 AATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
*
119808 CCGAAGG
1 TCGAAGG
119815 TATGTTTGAC
Statistics
Matches: 1654, Mismatches: 338, Indels: 113
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC
CAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
Found at i:121723 original size:315 final size:315
Alignment explanation
Indices: 121136--121724 Score: 677
Period size: 315 Copynumber: 1.9 Consensus size: 315
121126 AAAAAAATTC
* ** * *
121136 AACTTTAAATCAATTATCAATTTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAGGGCTTCTAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATCAATTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATG
* ** * ** *
121201 ATTGACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTCTGCTTTATGTTTCCTGTGGTAAACA
66 AATGACTATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGCTTTACATTTCCTGTGGCAAACA
* ** * *
121266 TTCAATTATATCTTGTTTTTGCCCAAAATACAAAAAAATTGAAATTAAAATCAATTATGAGGCCA
131 TTCAATTATATCTTGATTTTAACCAAAATACAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAAGCCA
* * * * *
121331 CAAAACCATTTTATCTAAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATCATAAATGGACTTTTCTT
196 CAAAACCATTTAAACAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATCATAAATAGACTTTTCTT
* *
121396 GCCAATGGATGGCTTTTCCTACACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAAGTT
261 ACCAAAGGATGGCTTTTCCTACACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAAGTT
* * * * *
121451 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGAAT
1 AACTTAAAATCAATTATCA-ATTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAAT
* * * *
121515 GAATGACTATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGGTGGCTTTTGCTTTACATTTCTTAG-GGCAGA
65 GAATGACTATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGCTTTACATTTCCT-GTGGCAAA
* * *
121579 CATTCAATTATA-CTCT-ATTTTAACCAAAATAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAA
129 CATTCAATTATATCT-TGATTTTAACCAAAATA-CAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAA
** ** * * * *
121642 TTCTTAAAACCATTTAAAACAAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATGATTGA-CTGTAAATAGACT
192 GCCACAAAACCATTT-AAACAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATC-ATAAATAGACT
*
121706 TTT-TTATCAAAGGATGGCT
255 TTTCTTACCAAAGGATGGCT
121725 CATGTTTCTC
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 45, Indels: 12
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 14 0.06
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (315 bp):
AACTTAAAATCAATTATCAATTTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATG
AATGACTATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGCTTTACATTTCCTGTGGCAAACA
TTCAATTATATCTTGATTTTAACCAAAATACAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAAGCCA
CAAAACCATTTAAACAAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGATCATAAATAGACTTTTCTT
ACCAAAGGATGGCTTTTCCTACACGTTTCCCTAGGTAGACATTCAATTATAAGTT
Found at i:122241 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 121451--125089 Score: 1878
Period size: 171 Copynumber: 21.6 Consensus size: 167
121441 ATTATAAGTT
* *
121451 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATG
* * * * ** * *
121516 AATGACTATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGGTGGCTTTTGCTTTACATTTCTTAGGGCAGACA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGA-GGCAAACA
* *
121581 TTCAATTATACTCTATTTTAAC-CAAAATAGTAAAAAAATTC
128 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA-T-AAAAAATTC
* * * *
121622 AACTTAAAATCAATTATTA-ATTCTTAAAACCATTTAAAACAAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCA
* * * * * *
121686 TGATTGACTGTAAATAGACTTTT-TTATCAA--A-GG--ATGGC-TCATGTTTCTCAAGGTAAAC
63 TGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAAAC
* * * * * * *
121744 ATTCAATTGTAATTTGTTGTAACAAAAAATGTTAAAAAAATA
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAATTC
* ** * * *
121786 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAGCAATAGAGCCTTCAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCATG
* * * * *
121851 ATTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAACGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTGAGGGAAACA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA-TGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAAACA
* * ** * * *
121916 -TCTAATTATCATATATTTTAATGATAACTAAAAAAAATTC
128 TTC-AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
* * * * * *
121956 AACTTAAAAT-AATTTATAAGGTTATAACATCATTTAAATTC-AGTAATAAGGGTTTCGAAAGG-
1 AACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GCAAGTAATAA-GCTTTCG-AAGGC
** * * * ** * *
122018 ATGAACGACTATGAA-GAGACTTTCCATT-TCAATGGATAGCTTTCACATCATGTTTCTGGAGGT
62 ATGATTGACTATAAATG-GACTTTTC-TTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGC
* ** *
122081 AAACATTTAATTGGAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTC
123 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
* **
122126 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTCGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGC-TTTCGAAGGCATG
* * * * **
122191 AGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTATCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAACACAAACA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAAACA
* * * * * * *
122256 TTCAATTATAATATGTTTTATCAAAAAATGTAGAACATTA
128 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
* * * * * *
122296 AACTTAAAATCAATTACGACATTCTAAAATCAATTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGCCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATG
* * *
122361 AGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTGCAAACA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA-TGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAG-GCAAACA
* * * *
122426 TTCAATTATAATTTGTTTTGATAAAAAAGGTA-AAAAAATTC
128 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAA--TATAAAAAATTC
* * ** * ** *
122467 AACTTAAAATCAGTTATGA-ATTTAGAAAATAATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCGAAAACAG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCAT
* * * * ** * **
122531 GATTGACTATAAGTGAACTTTT-TTTTCCAATAGATGTCTTTTGCTTCACATTTTTGAAAC-AAC
64 GATTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-CAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAGGCAAAC
* * * * *
122594 ATTGAATTATAATCCATTTTGACAAAAAAAAAGAAAAAAAATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTT---AACAAAAAATATAAAAAATTC
* *
122638 AACTTAAAATCAATTATCA-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCATG
* * *
122702 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATCGATGGCTTCTGCTTTACAT-TTTCT-ACAGTAAA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTGA-GGCAAA
* ** *
122765 CATTCAATTATAACCTATTTTTGC-------CT----AA---
126 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
* * * * ** * *
122793 AACTTAAAATCAGTTTTGAGGTTACAAAATAATTTTATGCAAGTAA-T-A-AGGCTTTCGAAGGC
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTA---AAGCAAGTAATAAGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * ** *
122855 ATGAGTGATTACAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAATAGCATTT-CTTGCATGTTTTCCAAGGTA
62 ATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG-ATGGCTTTTGCTT-CATG-TTTCTGAGGCA
* *
122919 AACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAATGA-AAAATAATTT
124 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAA-AATTC
* * * * *
122963 AAATTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTGAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATG
* * * * ** * ** *
123028 AGTGATTATAAAGGGACTTTTCTT-GCTAATGGAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCGGAT
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAAAC
* * * * *
123091 ATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAACAATGTGAAAAAAATTT
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT--AAAAAATTC
* * * *
123134 AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATG
* * ** * * * * *
123199 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGTTTTTGCTTCACGATTTCT-AGGGAGATA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTGAGGCAAACA
* * * * *
123263 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTC
128 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTC
* * ***
123304 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTC-AAAAAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATG
* * * * * * * * * *
123368 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGTGGCTTTTGCTTTAGGTTTATCAAGGTAGACAT
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAAACAT
** * *
123433 TCAATTATAATCTGCTTTAAC-CATAATAGTAAAAATATTC
129 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA-TAAAAA-ATTC
* * * * * * * *
123473 AACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAACGCGAGAAATAGGGTTTTCAAAGGCATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCATG
* * ** * ** * *** ** **
123538 ATTGATTATCAATGGA--TGGC-T-TCGACT--TAACATTT-C-TCACTGTAAATG-TTCAATTA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCTGAGGCAAACA
* * ** * * ** *
123594 -TAAACTATTTTGCCCACAATGCAAAAAAAAATCAACTTAAAACCAATTGC
128 TTCAATTATAAT---C-TATTTTAACAAAAAAT--A--TAAAA--AATT-C
* * * ** * * * * *
123644 GAGA-TTACAAAACCATTTTATGCA-AGTA-ATAAGGC-TTTCGAAGGCATG-AGTGA-CTGT--
1 -A-ACTT--AAAATCA-ATTATG-AGATTATA-AAACCATTT--AAAGCAAGTAATAAGCTTTCG
* * * * *
123701 AA---ATG---GACT-T---T--TCTTGTC--AGT--A-GTTGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAA
57 AAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGA
** * * * *
123749 ACCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTT
120 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTC
* * ***
123798 AACTTAAACT-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTCGAAAGG-AT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGCTTTCG-AAGGCAT
* * * * * * * * **
123861 TAGTGACTTTAAAGGGACTTTTCGTGTCAATGGATAG-TTTTCACTTCACATTTCTTGAGGCAAA
64 GATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTT-GCTTCATGTTTC-TGAGGCAAA
* * *
123925 CATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTT
126 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTC
* * * * *
123968 AACTTAACATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
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* * * ** *
124033 -TGTGACCATAAATAGG-CTTTT-TGTGTCAACGGATGGCTTTTGCAGCATGTTTCCT-A-CCAC
65 AT-TGACTATAAAT-GGACTTTTCT-TATCAA-TGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAGGCA-
* * * ** * *
124093 AAGCATTCGATTATAATCCATTTTTACCCAAAATGTAGAAACATTC
124 AA-CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATA-AAAAATTC
* * * *
124139 AACTTAAAAT-AAGTTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGGAT
1 AACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCAT
* ** * * * * * * *
124203 GAGTGACTATAAATCAACTTTTCTTGTCAATAGGTGACTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGACAAAC
64 GATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAAAC
* * *
124268 ATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AAAAATGGTAAAACAATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAA-AATTC
* *
124310 AACTTAAAATCAATTAT-AAATTTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCAT
* * ** **
124374 GATTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCTGAGGCAAAC
64 GATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAGGCAAAC
* * * * * *
124439 AATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTTAAACAATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAATTC
* * ** *
124481 AACTTATAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGCTTTCGAAGGCATG
* * * ** * * *
124546 AGTGACTATACATGGACTTTTCTTGTCAATAGGCGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAGGGCAGACA
65 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGA-GGCAAACA
* *
124611 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAATAATA-AAAAAATTC
128 TTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAA-AATATAAAAAATTC
* * * ** * *
124652 AACCTATAATCAATTATGA-ATTTATAAAACTATTTAAAGGTAGTAATAGGGCTTT-TAATGGCA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGCTTTCGAA-GGCA
* * * * **
124715 TGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT-CGGTCATGTTTCCCAAGGCAA
63 TGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGC-TTCATGTTT-CTGAGGCAA
* * * * * *
124779 CCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTT
125 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTC
* * * *
124823 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTCAAAGCTAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATG
* ** * * * * * *
124888 AATGACTATAAAATAAACTTTTCTTGTTAATGGGTGGCTTTTGCTTCCTGTTTCTTAGGACAGAC
65 ATTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAGG-CAAAC
* * * * *
124953 ATTTAATCATAATCTGTTTTATC-CAAAATAGTAAAAAATTC
127 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA-TAAAAAATTC
* * * ** * * *
124994 AACTTATAATCATTTATGA-ATTTATAAAATCACATAAAGTAAGTAATAGGACTTTCGTAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCAT
* * * *
125058 AATTTACTGTTAATGGACTTTTCTTATCAATG
64 GATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
125090 GATGCATTTT
Statistics
Matches: 2668, Mismatches: 594, Indels: 414
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
148 6 0.00
149 12 0.00
150 6 0.00
151 6 0.00
152 1 0.00
153 3 0.00
154 7 0.00
155 27 0.01
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158 3 0.00
159 5 0.00
160 21 0.01
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173 13 0.00
174 10 0.00
175 12 0.00
176 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTTCGAAGGCATGA
TTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAGGCAAACATTC
AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
Found at i:122574 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 121451--122777 Score: 894
Period size: 170 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
121441 ATTATAAGTT
* * * * *
121451 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATG
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * ** * ** *
121516 AATGACTATAAATGGACCTTTCTTATCAATGGGTGGCTTTTGCTTTACATTTCTTAGGGCAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTACAAACA
* * * * ** *
121581 TTCAATTATACTCTATTTTAACCAAAATAGTAAAAAAATTC
130 TTCAATTATAATATGTTTTGATAAAAAAAGTAAAAAAATTC
* * * * *
121622 AACTTAAAATCAATTATTA-ATTCTTAAAACCATTTAAAACAAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCA
1 AACTTAAAATCAATTATGACATT-ATAAAACAATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
121686 TGATTGACTGTAAATAGACTTTT-TTATCAA--A-GG--ATGGC-TCATGTTTCTCAAGGT--AA
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-A-GTACAA
* * * * * * *
121742 ACATTCAATTGTAATTTGTTGTAACAAAAAATGTTAAAAAAA-TA
127 ACATTCAATTATAATATGTTTTGATAAAAAAAG-TAAAAAAATTC
* * ** * * *
121786 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATAAGCAAT-AGAGCCTTCAAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCAT
* * * * * * **
121850 GATTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAACGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTGAG-GGAAA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA-TGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAGTACAAA
* * ** * *
121914 CA-TCTAATTATCATATATTTT-A-ATGATAACTAAAAAAAATTC
128 CATTC-AATTATAATATGTTTTGATAAAAAAAGT-AAAAAAATTC
* ** * * *
121956 AACTTAAAAT-AATTTATAAGGTTATAACATC-ATTTAAATTC-AGTAATAAGGGTTTCGAAAGG
1 AACTTAAAATCAA-TTATGACATTATAA-AACAATTTAAA-GCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGG
** * * * ** * *
122018 -ATGAACGACTATGAA-GAGACTTTCCATT-TCAATGGATAGCTTTCACATCATGTTTCTGGAGG
62 CATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTC-TTATCAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-CA-G
* ** * * * *
122080 T--AAACATTTAATTGGAATCTATTTTAACTAAAAATA-T-AAAAAATTC
122 TACAAACATTCAATTATAATATGTTTTGA-TAAAAAAAGTAAAAAAATTC
* * * **
122126 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTCGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCAT
* * **
122190 GAGTGACTGTAAATGGACTTTTGTTATCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAACACAAAC
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTACAAAC
* * * *
122255 ATTCAATTATAATATGTTTT-ATCAAAAAATGT-AGAACATTA
129 ATTCAATTATAATATGTTTTGAT-AAAAAAAGTAAAAAAATTC
* * * *
122296 AACTTAAAATCAATTACGACATTCTAAAATCAA-TTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGCCAT
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA-CAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* *
122360 GAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTGCAAAC
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA-TGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTACAAAC
* *
122425 ATTCAATTATAATTTGTTTTGATAAAAAAGGTAAAAAAATTC
129 ATTCAATTATAATATGTTTTGATAAAAAAAGTAAAAAAATTC
* * * * ** *
122467 AACTTAAAATCAGTTATGA-ATTTAGAAAATAATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCGAAAACAG
1 AACTTAAAATCAATTATGACA-TTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * ** * * *
122531 GATTGACTATAAGTGAACTTTT-TTTTCCAATAGATGTCTTTTGCTTCACATTTTTGA-AAC-AA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-CAAT-GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTACAAA
* *** * *
122593 CATTGAATTATAATCCATTTTGACAAAAAAAAAGAAAAAAAATTC
128 CATTCAATTATAATATGTTTTG--ATAAAAAAAGTAAAAAAATTC
* * *
122638 AACTTAAAATCAATTATCA-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* *
122702 ATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATCGATGGCTTCTGCTTTACAT-TTTCTACAGT--AA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCT-CAGTACAA
122764 ACATTCAATTATAA
127 ACATTCAATTATAA
122778 CCTATTTTTG
Statistics
Matches: 907, Mismatches: 184, Indels: 129
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 37 0.04
164 72 0.08
165 15 0.02
166 1 0.00
167 3 0.00
168 4 0.00
169 51 0.06
170 433 0.48
171 230 0.25
172 57 0.06
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAGTACAAACAT
TCAATTATAATATGTTTTGATAAAAAAAGTAAAAAAATTC
Found at i:125420 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 125147--126419 Score: 1060
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 171
125137 GTTTTATGCA
* * * * * * *
125147 AGTAATAAGGCTTTTGAAGCCAT-ACATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAGTGGTTGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTCGTATCAATGGATGGCTTT
* * * *
125211 TGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGAAAGAATT
65 TGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
*
125276 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
125318 TGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGAGCGACTATAAATGAACATTTCGTATCAATGGATGGTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTATCAATGGATGGCTTTT
* * *
125383 GCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTT
66 GCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * **
125448 AACTTAAAATTAATTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAATG
131 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * * * * *
125489 AGTAATAAAGATTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATGGACTTTACGTGTCGATGGATGGGTTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTATCAATGGATGGCTTTT
** * * * * * * ** *
125554 G-TTGCATGTTTCTTGCA-GCACACATTCAATTATAATCTTTTTTTACCCAAAAT-TGAAAAACA
66 GCTT-CACATTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAA
* * * * * *
125616 TTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTACAAAACCATTTTATGCA
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
125660 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATGAATGGATAGCTTTC
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTATCAATGGATGGCTTTT
* * * * * * * *
125725 ACTTCACGTTTCCCAAGGAAAACAATCAATTATAATTTGA-TTTAACTAAATATGTAAAATAATT
66 GCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* *
125789 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** *
125831 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATAGG-TGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTATCAAT-GGATGGCTTT
* * **
125895 TGCTTCACATTT-CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAATAAAAAAAAAA
65 TGCTTCACATTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAA
* * * * *
125958 TT-AATTTATAATTC-ATTATGA-ATTTAAAAAATCATTTAAAGGG
128 TTCAACTTA-AAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
126001 AGTAATAGGGCTTTTTACGGCATGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCGTATCAATGGATGGCTTT
* ** * * ** * *
126065 TCCTTCATGTTTCCCAATGTTGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAAA
65 TGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAAA
* * **
126129 TT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTCAAAATG
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
126172 AGTAATAATGCTTTTGAAAGTATTAGTGACTATAAAT-AGACTTTT-GCTATCAATATG-TGGAT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCG-TATCAAT-GGATGGCT
* ** * * * * * *
126234 TTTGCTTTATGTTT-CTCAGGGTACACATTCAATTATAATTTGTTTT-ATTCAAAATAGTAAAAA
63 TTTGCTTCACATTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAA
* * **
126297 AATTCAACTTATAATCATTTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGAA
126 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
126343 AGTAAT-AGAGTTTTTGAAGGCATGATTGACTATAAATGAACTTTTTC-TATCAATGGATGGCTT
1 AGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCGTATCAATGGATGGCTT
*
126406 TCGCTTCACATTTC
64 TTGCTTCACATTTC
126420 TCGATGCAAA
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 192, Indels: 67
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 147 0.17
171 713 0.81
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCGTATCAATGGATGGCTTTT
GCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:125547 original size:454 final size:454
Alignment explanation
Indices: 124721--125547 Score: 983
Period size: 454 Copynumber: 1.8 Consensus size: 454
124711 GGCATGAGTA
* **
124721 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTCGGTCATGTTTCCCAAGGCAACCATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTCGGTCACATTTCCCAAGGCAACCATTCA
* *
124786 ATTATAATATATTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAA
66 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAA
* * * * * *
124851 ACCATTCAAAGCTAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATAAACTTTTCTTGTT
131 ACCATTCAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAACGACTATAAAATAAACATTTCGTATC
* * * * * * *
124916 AATGGGTGGCTTTTGCTTCCTGTTTCTTAGGACAGACATTTAATCATAATCTGTTTTATCCAAAA
196 AATGGATGGCTTTTGCTTCCTGTTCCTAAGGACAGACATTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAA
* * * * *
124981 TAGTAAAAAATTCAACTTATAATCATTTATGAATTTATAAAATCACATAAAGTAAGTAATAGGAC
261 TAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAATTTATAAAATCACATAAAATAAGTAATAAGAC
* * * * * * * * *
125046 TTTCGTAGGCATAATTTACTGTTAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGCATTTTACTTAACATTT
326 TTTCGAAGACATAAGTGAATATAAATGGACTTTACGTATCAATGGATGCATTTTACTTAACATTT
125111 CTCGTGATAAACATTCAATTAAAACCGTTTTATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATACATG
391 CTCGTGATAAACATTCAATTAAAACCGTTTTATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATACATG
** * * * *
125175 ACTATAAATGGACTTTTCATGTCAGTGGTTGGCTTTT-GCTTCACATTTCCCAAGGTAGA-CATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTCG-GTCACATTTCCCAAGGCA-ACCATT
* * * *
125238 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTGAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
64 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
* * * *
125303 AAACCATTCAAAGCGT-GTAATAAGGCTTTCGAAGGGATGAGCGACTAT-AAATGAACATTTCGT
129 AAACCATTCAAAGC-TAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAACGACTATAAAATAAACATTTCGT
*
125366 ATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACAT-TTCCTAAGGTA-A-ACATTCAATAATAATCTATTTTAA
193 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTC-C-TGTTCCTAAGG-ACAGACATTCAATAATAATCTATTTTAA
* * ** *
125428 CCAAAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAAGAGA-TTATAAAA-CTATTTAAAATGA
255 CCAAAATA-GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGA-ATTTATAAAATC-ACATAAAATAA
* * *
125490 GTAATAAAGA-TTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATGGACTTTACGTGTCGATGGATG
316 GTAAT-AAGACTTTCGAAGACATAAGTGAATATAAATGGACTTTACGTATCAATGGATG
125548 GGTTTCGTTG
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 55, Indels: 22
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
452 1 0.00
453 60 0.20
454 238 0.78
455 8 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (454 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTCGGTCACATTTCCCAAGGCAACCATTCA
ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAA
ACCATTCAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAACGACTATAAAATAAACATTTCGTATC
AATGGATGGCTTTTGCTTCCTGTTCCTAAGGACAGACATTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAA
TAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAATTTATAAAATCACATAAAATAAGTAATAAGAC
TTTCGAAGACATAAGTGAATATAAATGGACTTTACGTATCAATGGATGCATTTTACTTAACATTT
CTCGTGATAAACATTCAATTAAAACCGTTTTATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCATACATG
Found at i:125717 original size:625 final size:625
Alignment explanation
Indices: 124522--125717 Score: 1385
Period size: 625 Copynumber: 1.9 Consensus size: 625
124512 ATTTAAAGCG
* * * *
124522 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATACATGGACTTTTCTTGTCAATAGGCGGCTTTT
1 AGTAATAAAGCTTTCGAAGCCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATAGGCGGCTTTT
* ** * *
124587 GCTTCACGTTTCTTAGGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAATAATAAAAAAATTC
66 GCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATAATAAAAAAATTC
* * * * *
124652 AACCTATAATCAATTATGAATTTATAAAACTATTTAAAGGTAGTAATAGGGCTTTTAATGGCATG
131 AACCTAAAATCAATTATGAATTTATAAAACCATTCAAAGGTAGTAATAAGGCTTTGAATGGCATG
* * * * ** *
124717 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTCGGTCATGTTTCCCAAGGCAACCA
196 AGCAACTATAAATGAACATTTCGTACCAATGGATGGCTTTTCGGTCACATTTCCCAAGGCAAACA
* * * *
124782 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTA
261 TTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGACATTA
* * * * * * *
124847 TAAAACCATTCAAAGCTAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATAAACTTTTCT
326 TAAAACCATTCAAAGATAGTAATAAAGATTTCAAAGACATGAATGAATATAAAATAAACTTTACG
* * * * * * * *
124912 TGTTAATGGGTGGCTTTTGCTTCCTGTTTCTTAGGACAGACATTTAATCATAATCTGTTTTATCC
391 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAGCACACACATTCAATCATAATCTGTTTTACCC
* * * * *
124977 AAAATAGTAAAAAATTCAACTTATAATCATTTATGAATTTATAAAATCACATAAAGTAAGTAATA
456 AAAATAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAATTTACAAAACCACATAAAGCAAGTAATA
* * * *
125042 GGACTTTCGTAGGCATAATTTACTGTTAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGCATTTTACTTAAC
521 GGACTTTCGAAGGCATAATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGCATTTTACTTAAC
125107 ATTTCTCGTGATAAACATTCAATTAAAACCGTTTTATGCA
586 ATTTCTCGTGATAAACATTCAATTAAAACCGTTTTATGCA
* * * *
125147 AGTAATAAGGCTTTTGAAGCCAT-ACATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAGT-GGTTGGCTT
1 AGTAATAAAGCTTTCGAAGCCATGA-ATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATAGG-CGGCTT
* * * * *
125210 TTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA-ATGTGAAAGAA
64 TTGCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATA-ATAAAAAAA
*
125274 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTCAAAGCGT-GTAATAAGGCTTTCGAA-
128 TTCAACCTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACCATTCAAAG-GTAGTAATAAGGCTTT-GAAT
* * * * * *
125336 GGGATGAGCGACTATAAATGAACATTTCGTATCAATGGATGG-TTTTTGCTTCACATTTCCTAAG
190 GGCATGAGCAACTATAAATGAACATTTCGTACCAATGGATGGCTTTTCG-GTCACATTTCCCAAG
* * *
125400 GTAAACATTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAA
254 GCAAACATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAA
* * * * * **
125465 GAGATTATAAAACTATTTAAA-ATGAGTAATAAAGATTTCGAAGACATGAGTGAATAT-AAATGG
319 GACATTATAAAACCATTCAAAGAT-AGTAATAAAGATTTCAAAGACATGAATGAATATAAAATAA
* * *
125528 ACTTTACGTGTCGATGGATGGGTTTCG-TTGCATGTTTCTT-GCAGCACACATTCAATTATAATC
383 ACTTTACGTGTCAATGGATGGCTTTCGCTT-CATGTTTCTTAGCA-CACACATTCAATCATAATC
* * * **
125591 TTTTTTTACCCAAAATTG-AAAAACATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGA-TTACAAAACCATTT
446 -TGTTTTACCCAAAATAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAGTTATGA-ATTTACAAAACCACAT
* * * *
125654 TATGCAAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATGAATGGAT
508 AAAGCAAGTAAT-AGGACTTTCGAAGGCATAATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT
125718 AGCTTTCACT
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 87, Indels: 28
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
623 4 0.01
624 64 0.14
625 393 0.84
626 9 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (625 bp):
AGTAATAAAGCTTTCGAAGCCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAATAGGCGGCTTTT
GCTTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATAATAAAAAAATTC
AACCTAAAATCAATTATGAATTTATAAAACCATTCAAAGGTAGTAATAAGGCTTTGAATGGCATG
AGCAACTATAAATGAACATTTCGTACCAATGGATGGCTTTTCGGTCACATTTCCCAAGGCAAACA
TTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGACATTA
TAAAACCATTCAAAGATAGTAATAAAGATTTCAAAGACATGAATGAATATAAAATAAACTTTACG
TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCTTAGCACACACATTCAATCATAATCTGTTTTACCC
AAAATAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAATTTACAAAACCACATAAAGCAAGTAATA
GGACTTTCGAAGGCATAATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGCATTTTACTTAAC
ATTTCTCGTGATAAACATTCAATTAAAACCGTTTTATGCA
Found at i:125782 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 125147--126419 Score: 1184
Period size: 342 Copynumber: 3.7 Consensus size: 340
125137 GTTTTATGCA
* * * * * * *
125147 AGTAATAAGGCTTTTGAAGCCAT-ACATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAGTGGTTGGCTTT
1 AGTAATAATGCTTTTGAAGACATGA-GTGACTATAAATGGACTTTT-GTGTCAATGGATGGGTTT
** * * * * * * ** *
125211 TGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTG-AAAGAAT
64 TGCTTCATGTTTCTC-AGGCACACATTCAATTATAATCTTTTTTTACTCAAAATAAGAAAAAAAT
* ** *
125275 TCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGG
128 TCAACTTAAAATC-ATTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
125339 ATGAGCGACTATAAATGAACATTTCGTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAA
191 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTCCCAAGGTAA
* * * * *
125404 ACATTCAATAATAATCT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAAGAG
256 ACATTCAATTATAATATGA-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
125468 ATTATAAAACTATTTAAAATG
320 ATTATAAAACTATTTAAAATG
* * * * * * *
125489 AGTAATAAAGATTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATGGACTTTACGTGTCGATGGATGGGTTTC
1 AGTAATAATGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TGTGTCAATGGATGGGTTTT
* * *
125554 G-TTGCATGTTTCTTGCA-GCACACATTCAATTATAATCTTTTTTTACCCAAAAT-TGAAAAACA
65 GCTT-CATGTTTC-T-CAGGCACACATTCAATTATAATCTTTTTTTACTCAAAATAAGAAAAAAA
* * * *
125616 TTCAACTTAAAATTAGTTATGAGA-TTACAAAACCATTTTATGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
127 TTCAACTTAAAATCA-TTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
125680 CATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATGAATGGATAGCTTTCACTTCACGTTTCCCAAGGAA
190 CATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTCCCAAGGTA
* * * * *
125745 AACAATCAATTATAATTTGATTTAACTAAATATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
255 AACATTCAATTATAATATGATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
***
125810 ATTATAAAACTATTTAAAGCA
320 ATTATAAAACTATTTAAAATG
* * * *
125831 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATAGG-TGGCTTT
1 AGTAATAATGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTGTGTCAAT-GGATGGGTTT
** * * * *
125895 TGCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATC-TATTTTAATCAAAATAAAAAAAAAAT
64 TGCTTCATGTTTCTC-AGGCACACATTCAATTATAATCTTTTTTTACTCAAAATAAGAAAAAAAT
* * * * ** * ** *
125959 T-AATTTATAATTCATTATGAATTTAAAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAGGGCTTTTTACGGCA
128 TCAACTTA-AAATCATTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * ** * *
126023 TGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTC-CTTCATGTTTCCCAATGTT
192 TGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTCGCTTCACATTTCCCAAGGTA
* * *
126086 GACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGA
255 AACATTCAATTATAATATGATTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
126150 GATTATAAAGCCATTCAAAATG
319 GATTATAAAACTATTTAAAATG
* * * *
126172 AGTAATAATGCTTTTGAA-AGTATTAGTGACTATAAATAGACTTTTGCTATCAAT--ATGTGGAT
1 AGTAATAATGCTTTTGAAGA-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTG-TGTCAATGGATG-GG-T
* * * *
126234 TTTGCTTTATGTTTCTCAGGGTACACATTCAATTATAAT-TTGTTTTATTCAAAAT-AGTAAAAA
62 TTTGCTTCATGTTTCTCA-GGCACACATTCAATTATAATCTTTTTTTACTCAAAATAAG-AAAAA
* * * *
126297 AATTCAACTTATAATCATTTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAAT-AGAGTTTTTGAA
125 AATTCAACTTAAAATCA-TTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCGAA
*
126361 GGCATGATTGACTATAAATGAACTTTT-TCTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTC
188 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT-TATCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTC
126420 TCGATGCAAA
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 146, Indels: 66
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 10 0.01
341 285 0.38
342 443 0.59
343 11 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AGTAATAATGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTGTCAATGGATGGGTTTTG
CTTCATGTTTCTCAGGCACACATTCAATTATAATCTTTTTTTACTCAAAATAAGAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCATTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
TGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATT
CAATTATAATATGATTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACTATTTAAAATG
Found at i:125907 original size:796 final size:796
Alignment explanation
Indices: 124334--125927 Score: 1736
Period size: 796 Copynumber: 2.0 Consensus size: 796
124324 TATAAATTTA
* * *
124334 TAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCAT
* ** * *
124399 GTTAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCTGAGGCAAACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTA
66 GTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTA
* * * *
124464 AAAATGTTAAACAATTCAACTTATAATCAATTATAAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATA
131 AAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
124529 AAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATACATGGACTTTTCTTGTCAATAGGCGGCTTTTGCTTCAC
196 AAGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGAACATTTCGTATCAATAGGCGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * *
124594 GTTTCTTAGGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAATAATAAAAAAATTCAACCTAT
261 ATTTCCTAAGGCAAACATTCAATAATAATATATTTTAACAAAAATAATAAAAAAATTCAACCTAA
* ** * * *
124659 AATCAATTATGAATTTATAAAACTATTTAAAGGTAGTAATAGGGCTTTTAATGGCATGAGTAACT
326 AATCAATTAAGAATTTATAAAACTATTTAAAGGTAGTAATAAAGATTTGAATGACATGAGTAACT
* * *
124724 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTCGGTCATGTTTCCCAAGGCAACCATTCAATT
391 ATAAATGGACTTTACGTACCAATGGATGGCGTTTCGGTCATGTTTCCCAAGGCAACCATTCAATT
* * *
124789 ATAATATATTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACC
456 ATAATATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTACAAAACC
* * * *
124854 ATTCAAAGCTAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATAAACTTTTCTTGTTAAT
521 ATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATAAACTTTTCTTATGAAT
* * ** ** * * * * *
124919 GGGTGGCTTTTGCTTCCTGTTTCTTAGGACAGACATTTAATCATAATCTGTTTTATCCAAAATAG
586 GGATAGCTTTCACTTCCTGTTTCCAAGGACAAACAATCAATCATAATCTGATTTAACCAAAATAG
* * *
124984 TAAAAAATTCAACTTATAATCATTTATGAATTTATAAAATCACATAAAGTAAGTAATAGGACTTT
651 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAATTTATAAAATCACATAAAGCAAGTAATAGGACTTT
* * * * *
125049 CGTAGGCATAATTTACTGTTAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGCATTTTACTTAACATTTCTC
716 CGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGCATTTTACTTAACATTTCTC
** *
125114 GTGATAAACATTCAAT
781 AAGACAAACATTCAAT
* * * * *
125130 TAAAACCGTTTTATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCAT-ACATGACTATAAATGGACTTTTCA
1 TAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGA-ATGACTATAAATGGACTTTTCA
* * ** * * *
125194 TGTCAGTGGTTGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT
65 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACT
* * * *
125259 AAAAATGTGAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGTGTAAT
130 AAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTCAAAGCGAGTAAT
* * * *
125324 AAGGCTTTCGAAGGGATGAGCGACTATAAATGAACATTTCGTATCAAT-GGATGGTTTTTGCTTC
195 AAAGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGAACATTTCGTATCAATAGG-CGGCTTTTGCTTC
* * * * *
125388 ACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTTAACT
259 ACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATAATAATATATTTTAA-CAAAAATAATAAAAAAATTCAACC
* *
125452 TAAAATTAATTAAGAGA-TTATAAAACTATTTAAA-ATGAGTAATAAAGATTTCGAA-GACATGA
323 TAAAATCAATTAAGA-ATTTATAAAACTATTTAAAGGT-AGTAATAAAGATTT-GAATGACATGA
** * * *
125514 GTGAA-TATAAATGGACTTTACGTGTCGATGGATGG-GTTTCGTTGCATGTTTCTTGC-A-GC-A
385 GT-AACTATAAATGGACTTTACGTACCAATGGATGGCGTTTCGGT-CATGTTTC--CCAAGGCAA
* * * * * *
125574 CACATTCAATTATAATCTTTTTTTACCCAAAATTG-AAAAACATTCAACTTAAAATTAGTTATGA
446 C-CATTCAATTATAAT-ATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * **
125638 GATTACAAAACCATTTTATGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGATTGACTAT-AAATGGACT
509 CATTACAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATAAACT
* *
125702 TTTCTTATGAATGGATAGCTTTCACTTCAC-GTTTCCCAAGGA-AAACAATCAATTATAATTTGA
574 TTTCTTATGAATGGATAGCTTTCACTTC-CTGTTT-CCAAGGACAAACAATCAATCATAATCTGA
* **
125765 TTTAA-CTAAATATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAA-CTATTTAA
637 TTTAACCAAAATA-GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAATC-ACATAA
* * * * * *
125827 AGCAAGTAATAATG-CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATAGG-TG
698 AGCAAGTAAT-AGGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GGAT-
* * *
125890 GC-TTTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
760 GCATTTTACTTAACATTTCTCAAGACAAACATTCAAT
125926 TA
1 TA
125928 TAATCTATTT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 124, Indels: 42
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
794 6 0.01
795 71 0.11
796 542 0.83
797 33 0.05
798 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (796 bp):
TAAAACCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCAT
GTCAATGGATGGCTTTCACTTCACATTTCCCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTA
AAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTCAAAGCGAGTAATA
AAGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGAACATTTCGTATCAATAGGCGGCTTTTGCTTCAC
ATTTCCTAAGGCAAACATTCAATAATAATATATTTTAACAAAAATAATAAAAAAATTCAACCTAA
AATCAATTAAGAATTTATAAAACTATTTAAAGGTAGTAATAAAGATTTGAATGACATGAGTAACT
ATAAATGGACTTTACGTACCAATGGATGGCGTTTCGGTCATGTTTCCCAAGGCAACCATTCAATT
ATAATATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTACAAAACC
ATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAAATAAACTTTTCTTATGAAT
GGATAGCTTTCACTTCCTGTTTCCAAGGACAAACAATCAATCATAATCTGATTTAACCAAAATAG
TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAATTTATAAAATCACATAAAGCAAGTAATAGGACTTT
CGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGCATTTTACTTAACATTTCTC
AAGACAAACATTCAAT
Found at i:126273 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 125146--126452 Score: 1282
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 510
125136 CGTTTTATGC
* * * * * * * * *
125146 AAGTAATAAGGCTTTTG-AAGCCAT-ACATGACTATAAATGGACTTTTCATGTCAGTGGTTGGCT
1 AAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGAT
** * * * * * *
125209 TTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACTAAAAATGTGAAAGA
64 TTCACTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGA-TTTAACTAAATATGTAAAAAA
* ** *
125273 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTTGAAGG
* * * *
125338 GATGAGCGACTATAAATGAAC-ATTTCGTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTC-CTAAGG
192 CATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTC-TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-AAGG
* * ** *
125401 TAAACATTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAAG
255 CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTAAG
* * *
125466 AGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAAGATTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATGGACT
320 AGATTAAAAAACTATTTAAAAGGAGTAATAAAGATTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATAGACT
** * * * * * *
125531 TTACGTGTCGATGGATGGGTTTCGTTGCATGTTTCTTGCAGCACACATTCAATTATAATCTTTTT
385 TTACGTACCAATAGATGGGTTTCCTTGCATGTTTC-TCCAGCACACATTCAATTATAATATGTTT
* * * * * * **
125596 TTACCCAAAATTGAAAAACATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTACAAAACCATTTTATG
449 TAACCAAAAATTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTAAATG
* * * * *
125658 CAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGATTGACTATAAATGGACTTTTCTTATGAATGGATAGCTT
1 -AAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGATT
* * *
125723 TCACTTCACGTTTCCCAAGGAAAACAATCAATTATAATTTGATTTAACTAAATATGTAAAATAAT
65 TCACTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGATTTAACTAAATATGTAAAAAAAT
*
125788 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCA
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCA
* * * *
125853 TGAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATAGG-TGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAA
194 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTATCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAA
* * * * *
125917 ACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAATAAAAAAAAAATTAATTTATAATTCATTATGA-A
258 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTAAGAGA
* ** * ** * * *
125980 TTTAAAAAA-TCATTTAAAGGGAGTAATAGGGCTTTTTACGGCATGAGTGACTATAAATAGACTT
323 -TTAAAAAACT-ATTTAAAAGGAGTAATAAAGATTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATAGACTT
* * * ***
126044 TTCTTACCAATAGATGGCTTTTCCTT-CATGTTTC-CCAATGTTGACATTCAATTATAATATGTT
386 TACGTACCAATAGATGG-GTTTCCTTGCATGTTTCTCC-A-GCACACATTCAATTATAATATGTT
* * *
126107 TTAATCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTCAAAAT
448 TTAACCAAAAAT-TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATT--AAAT
126171 G
510 G
* * * * * *
126172 -AGTAATAATGCTTTTGAAAGTATTAGTGACTATAAATAGACTTTTGC-TATCAATATG-TGGAT
1 AAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTATCAAT-GGATAGAT
** * * * * * * * *
126234 TTTGCTTTATGTTTCTCAGGGTACACATTCAATTATAATTTGTTTTATTCAAAATA-GTAAAAAA
64 TTCACTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGATTTA-ACTAAATATGTAAAAAA
* * * *
126298 ATTCAACTTATAATCATTTATGA-ATTTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAGAGTTTTTGAAG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGCTTTTGAAG
* * * *
126362 GCATGATTGACTATAAATGAACTTTTTCTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCACATTTCTCGATGC
191 GCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGC
*
126427 AAACA-TCTAATTATCATCTATTTTAA
256 AAACATTC-AATTATAATCTATTTTAA
126453 ACGACAACTA
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 118, Indels: 43
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 8 0.01
512 377 0.58
513 256 0.39
514 13 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGATTT
CACTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGATTTAACTAAATATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTTTGAAGGCATG
AGTGACTATAAATGAACTTTTTCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAAACA
TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTAAGAGATTA
AAAAACTATTTAAAAGGAGTAATAAAGATTTCGAAGACATGAGTGAATATAAATAGACTTTACGT
ACCAATAGATGGGTTTCCTTGCATGTTTCTCCAGCACACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
AAATTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTAAATG
Found at i:126850 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 126502--126945 Score: 403
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
126492 AATAGATTGC
* * ** * *
126502 TTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAAACGTTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATA-TAAAA
1 TTTTGCTTCACATTT-CTGCAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAAGTAAAA
* * * * * ** * ** *
126565 AAAATCAACATAAAATCAATTATGACAT-ATAAAATTATTTAAACCACGTAATAATG-CTTTTGA
64 AAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATCAGAAAACCATTTTATGCAAGTAATAA-GACTTTTGA
**** * * * * * * **
126628 AGGTATAAGGGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATGGT
128 TTACATGAGTGACTACAAATGAAATTTTCTTATCAATCCATGGT
** * * ** * **
126672 TTTTGCTTCATGTTT-TTCAGGACAGACTTTCAATTGTAATCTGTTTTGTCAAAAAAAGTAAAAA
1 TTTTGCTTCACATTTCTGCAGG-CAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAA
*
126736 AATTCAACTTAAAATCAACTATGTGATCAGAAAACCATTTTATGCAAGTAATAAGACTTTTGATT
65 AATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATCAGAAAACCATTTTATGCAAGTAATAAGACTTTTGATT
126801 ACATGAGTGACTACAAATGAAATTTTCTTATCAATCCATGGT
130 ACATGAGTGACTACAAATGAAATTTTCTTATCAATCCATGGT
* * *
126843 TTTTGCTTCACATTTCTGGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAGAA
1 TTTTGCTTCACATTTCTGCAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAA
* * * *
126908 ATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
66 ATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATCAGAAAACCATT
126946 AAAAGCGAGT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 50, Indels: 11
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.05
170 64 0.29
171 139 0.64
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTGCTTCACATTTCTGCAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATCAGAAAACCATTTTATGCAAGTAATAAGACTTTTGATTA
CATGAGTGACTACAAATGAAATTTTCTTATCAATCCATGGT
Found at i:126870 original size:439 final size:440
Alignment explanation
Indices: 126090--126891 Score: 992
Period size: 439 Copynumber: 1.8 Consensus size: 440
126080 AATGTTGACA
* * * * *
126090 TTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAACATAAAATCAATTATGACATTA
* ** * *
126155 TAAAGCCATTCAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATTAGTGACTATAAATAGACTTTTGCT
66 TAAAACCATTCAAAACCAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATAAGGGACTATAAATAGACTTTTGCT
* * ** * *
126220 ATCAATATGTGGATTTTGCTTTATGTTTCTCAGGGTACACATTCAATTATAATTTGTTTTATTCA
131 ATCAATAGGTGGATTTTGCTTCATGTTTCTCAGGACACACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTCA
* * ** * *
126285 AAATAGTAAAAAAATTCAACTTATAATCATTTATGAATTTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATA
196 AAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAATTCAGAAAACCATTTAAAGAAAGTAATA
* * * * * **
126350 GAGTTTTTGAAGGCATGATTGACTATAAATGAACTTTTTCTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCAC
261 GAGCTTTTGAAGACATGAGTGACTACAAATGAAATTTTTCTATCAATCCATGGCTTTCGCTTCAC
* *
126415 ATTTCTCGATGCAAAC-ATCTAATTATCATCTATTTTAAACGACAACTAAAAAGAATTAAACTTA
326 ATTTCTCGAGGCAAACAATC-AATTATAATCTATTTTAAACGACAACTAAAAAGAATTAAACTTA
126479 AAATAGGGTTGTCAATAGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACG
390 AAATAGGGTTGTCAATAGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACG
*
126530 TTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAACATAAAATCAATTATGACA-TA
1 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAACATAAAATCAATTATGACATTA
** * * *
126594 TAAAATTATT-TAAACCACGTAATAATGCTTTTGAAGGTATAAGGGACTATAAATGGACTTTT-C
66 TAAAACCATTCAAAACCA-GTAATAATGCTTTTGAAAGTATAAGGGACTATAAATAGACTTTTGC
* * * * * *
126657 TTTTCAAT-GGATGGTTTTTGCTTCATGTTTTTCAGGACAGACTTTCAATTGTAATCTGTTTT-G
130 -TATCAATAGG-TGGATTTTGCTTCATGTTTCTCAGGACACACATTCAATTATAATCTGTTTTAG
* * * *
126720 TCAAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGTGA-TCAGAAAACCATTTTATGCAAG
193 TC-AAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATG-AATTCAGAAAACCATTTAAAGAAAG
** * *
126784 TAATA-AGACTTTTGATTACATGAGTGACTACAAATGAAA-TTTTCTTATCAATCCATGGTTTTT
256 TAATAGAG-CTTTTGAAGACATGAGTGACTACAAATGAAATTTTTC-TATCAATCCATGGCTTTC
* *
126847 GCTTCACATTTCTGGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA
319 GCTTCACATTTCTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTATTTTAA
126892 CAAAAAATGT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 53, Indels: 17
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
438 15 0.05
439 226 0.75
440 60 0.20
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (440 bp):
TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAACATAAAATCAATTATGACATTA
TAAAACCATTCAAAACCAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATAAGGGACTATAAATAGACTTTTGCT
ATCAATAGGTGGATTTTGCTTCATGTTTCTCAGGACACACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTCA
AAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAATTCAGAAAACCATTTAAAGAAAGTAATA
GAGCTTTTGAAGACATGAGTGACTACAAATGAAATTTTTCTATCAATCCATGGCTTTCGCTTCAC
ATTTCTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTATTTTAAACGACAACTAAAAAGAATTAAACTTAA
AATAGGGTTGTCAATAGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACG
Found at i:127262 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 126488--128155 Score: 1038
Period size: 170 Copynumber: 9.9 Consensus size: 169
126478 AAAATAGGGT
* * * * * *
126488 TGTCAATAGATTGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACGTTCAATTATAATCTA-TTTTAAT
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TT-CTCAGGCAAACATTCAATTATAATC-AGTTTTAA-
* * * * ** *
126552 C-AAAAATATAAAAAAAATCAACATAAAATCAATTATGACA--TATAAAATTATTTAAA-CCACG
62 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGA-G
** * * * *
126613 TAATAATGCTTTTGAAGGTATAAGGGACTATAAATGGACTTTTCT
126 TAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-G
* * * * * * * * **
126658 TTTCAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTTTCAGGACAGACTTTCAATTGTAATCTGTTTTGTCA
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TTCTCAGG-CAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAACA
* * * * * * * *
126723 AAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGTGA-TCAGAAAACCATTTTATGCAAGTAA
64 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** *** * * * *
126787 TAA-GACTTTTGATTACATGAGTGACTACAAATGAAATTTTCT
129 TAATG-CTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-G
* ** * * * * *
126829 TATCAATCCATGGTTTTTGCTTCACAT-TTCTGGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAAC
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTT--CATGTTCT-CAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAAC
* * *
126893 AAAAAATGTAAAGAAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTA
63 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
126957 ATAATGCTTTCAAAGCCATGAATGACTATAAATGGACCTTTCT-
128 ATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTT-TG
* * * * * * * * *
127000 TGTCAACGGGTGACTTTTGTTTCACGTTTCTTA-ACAGAGACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAG
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TTCTCAGGCA-A-ACATTCAATTATAATCA-GTTTTAA
** * *
127063 C-CTAAATAGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAGCCATTTAAGGCGAG
62 CAAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
127125 TAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGACTATTTG
126 TAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTG
* *
127170 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTTATGTTCTCATGGCAAACGTTTC-ATTATAATCAGTTTTAACA
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCTCA-GGCAAAC-ATTCAATTATAATCAGTTTTAACA
* * * * **
127234 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAAGTATGAG-GTTACAAAACCATTTAAAGCAAACA
64 AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
127297 ACAATTCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAAAAATAGACTTTTTA
128 ATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTG
* * *
127340 TGTCAATGGATGGCTTTTGCCTTACAT-TTCCTACA-ACAAACATTTAATTAT-A--A-TTTT-A
1 TGTCAATGGATGGCTTTCG-CTT-CATGTT-CT-CAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAA
* *
127398 CAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA--T-T---A-CA---AAATC-A-T
62 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
127450 -ATAAAGC--TCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGCCTTTTC
127 AATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTG
* * * * * * * *
127490 T-TGCAAATGGATGGCTTT-TCTCCATGTTTTTTGAGGTAGACATTTAGTTATAATCTA-TTTTA
1 TGT-C-AATGGATGGCTTTCGCTTCATG--TTCTCAGGCAAACATTCAATTATAATC-AGTTTTA
* * *
127552 A-ATAAAAATGTAAATAAAATTCAAGTTAAAATAAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCC
61 ACA-AAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
127615 AG-AATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
124 AGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-G
* * * *
127661 TGTCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACAT-TTCTCCAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTT--CATGTTCT-CAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAAC
* * * * * *
127725 CAAAATTGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATTAATTATGA-ATTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
63 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
127789 TTGAGGCTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCT
128 ATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-G
* * * **
127832 TATCAACGGATGGCTTTCGCTTCACAT-TTCCTGAGGCAAACAGCCAATTATCATAT-A-TTTTA
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTT--CATGTT-CTCAGGCAAACATTCAATTAT-A-ATCAGTTTTA
* * * * * * *
127894 ACAACAATTG-AAAAAAATTCAACTTGAAAT-AATTTAT-ACG-TTTATAAAATCGTGTAAAGTG
61 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGA-GATTTATAAAACCATTTAAAGCG
* * **
127955 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGGATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTTG
124 AGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTG
* * * * * * *
128002 TGTCAATGGATGGCTTTCACTTTATGTTTCTTAAGACAAACATTCAATTATAACCTGTTTTAACC
1 TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TTC-TCAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAACA
* * * * * *
128067 AAAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGA-ATTTATAAAACCACTTAAAGTGAGTAT
64 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
**
128131 TAGGGCTTTCAAAGGCATGAAGTGA
129 TAATGCTTTCAAAGGCATG-AGTGA
128156 ATTTATAAAA
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 230, Indels: 182
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
148 3 0.00
149 4 0.00
150 19 0.02
151 40 0.03
153 4 0.00
154 6 0.01
155 9 0.01
156 6 0.01
157 26 0.02
158 1 0.00
159 3 0.00
160 1 0.00
162 1 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 26 0.02
166 15 0.01
167 5 0.00
168 10 0.01
169 51 0.04
170 481 0.41
171 426 0.36
172 25 0.02
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCTCAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAACAAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
ATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTG
Done.