Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397793.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1092.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.07, T:0.21
Warning! 13274 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2446 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1936--2453 Score: 453
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 168
1926 NNNNNNNNNN
* *
1936 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
2001 CTGCCTCATGAAACATGAATACAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAC
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* *
2066 GCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTACAA
128 GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
* ********** * * * * *
2107 TCTCGTNNNNNNNNNNAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTGAAACAAATTGTAATTGATTGT
1 TCTCAT-AATTGATTTTAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * ********** *
2172 TTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTTATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTTACCCA
64 CTG-CTTCATGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * **
2236 TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATAATTTTATAA
127 TGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
* *
2278 CCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
** * * **
2343 CTGCTTCATGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGTGTAGAAAAGTCCACTTATAGTGGCCCATG
64 CTGCTTCATGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* *
2408 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
129 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
2448 TCTCAT
1 TCTCAT
2454 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 90, Indels: 15
0.70 0.25 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 76 0.30
171 164 0.66
172 10 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
GCTTCATGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
TTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
Found at i:12137 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11847--14042 Score: 1940
Period size: 171 Copynumber: 12.9 Consensus size: 171
11837 NNNNNNNNNN
* *
11847 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAT-AATTTTTTTTACATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
11911 GTTAAAACAGATTATGATTGAATG-TTG-ATTCATGAAACGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT
64 GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT
* * * * ***
11974 AGAAAAGTCCACTTATAATGACTCGCGCCTTTC-AAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCC-TTCAAAAGCCTTATT
* * * ** * * * *
12018 ATTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
12083 TGAAACAAATTATAATTGATTGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGA-TGAG
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACT-AG
* * * *
12147 AAAAGTCTATTCAGAGCCACTCATTCCTTCAAAATCCTTATT
130 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ** * *
12189 ACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTAACATTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
*** * * * * * * *
12254 TAAAACAGGCTATAATTGAATATCTGCC-TCAGAATACATGAAGAAAATGGCATTTATTAGA--A
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACTA
* * ** * *
12316 AAAAAATCTA-TTATAGTTGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGT
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** *
12358 ACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * *
12423 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTG-TTTCATGAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTGACTAG
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
* * ** * * ** * *
12487 AAAAATCCACATATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTCTT
130 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
12529 ACTTGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGCTGGAGTTTTTTACATTTTTGAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
12594 CAAATA-AAATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
66 TAAA-ACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
*
12658 AAAAGTCTATTTATAGCCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
12700 ACTCGCTTTAAATAG-TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGG
*** * * * * * *
12764 TTAAAACAGGCTATAATTAAATGTCTACCTTG-GAATA-GATGAAGAAAATGACATTTATT-AGC
65 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA-ACG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-C
* * * * * ** *
12826 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCGTCAAAAGTATTAGT
127 TAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
12871 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTACATTTTTGAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* ** * ** *
12935 TAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTATCTCTGAG-AACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAG
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
* * * *
12999 AAAAGTGC-ATTTATAGTCAGC-CATGCTTTCGAAAGCCTTGTT
130 AAAAGT-CTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
13041 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * *
13106 TAAAGCAAATTATAATTGATTATTTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGA
* * * *
13171 AAAGTCTAGTTATTGTCACCCATTCCTT-AGAAAGTCTTATT
131 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCA-AAAGCCTTATT
* * * * *
13212 ACTCGCTTT-AATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTCGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * ** * * * * * * * *
13276 TAGAATAACTCATAATTGAATGCCTACATCGAAAAACGTGAAGAAACAGACATTCATTGGC-ACC
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTA-G
* * * **
13340 CAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCACAATCCTTGCT
130 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
13382 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGCTGAATTTGTTTTACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGG
* * * * * * *
13447 TTAAAACAGATTATAATTG-ATTTTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCAATGACTA
65 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTT-TGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTA
* * * *
13511 GAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATACCTTCAAAAGTCTTATT
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* ** * *
13554 ACTAGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * * *
13619 TAGAACATATTTTAATCGAATATTTGCCTAGAAAAACGTGAAGAAGAAAG-AATTCATT-AGCAA
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA-AAAGCCATTCATTGA-CTA
* * * * *
13682 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTTCTTTCAAAAGTCTTTTT
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
13725 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * ***
13790 TAAAACAGACTATAATT-ATATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGACTAG
66 TAAAACAAATTATAATTGA-ATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAG
* *
13854 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGT-CTTCAAAGGAAC--ATT
130 AAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AT-TCCTTCAAAAG-CCTTATT
* * * ** *
13895 TCTCGCTTTTAATGATTTTATAATCTTGTAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
13960 TAAAACAAATAATAATTGATTGTCTGCCTCTG-GAAACAT-AA-AAAAAGTCCTTTCATTGGCAA
66 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTGACTA
*
14022 GAAAAGTCTACTTATAGTCAC
129 GAAAAGTCTATTTATAGTCAC
14043 AAATTCTTTC
Statistics
Matches: 1625, Mismatches: 349, Indels: 104
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
169 158 0.10
170 454 0.28
171 825 0.51
172 180 0.11
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGA
AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:13045 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11847--14042 Score: 1818
Period size: 341 Copynumber: 6.4 Consensus size: 340
11837 NNNNNNNNNN
* * * *
11847 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTATAATTTTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAA-GTTTTTTACATTTTTGA
* *
11912 TTAAAACAGATTATGATTGAATGT-TGAT-TCATG--AAACGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ATCTC-TGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * *** * * * *
11973 TAGAAAAGTCCACTTATAATGACTCGCGCCTTTC-AAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTT
127 -AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATTCC-TTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* ** * * * * *
12037 ACAATCTTGTAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTTATATTTTTGGTTGAAACAAATTATAATTGA
189 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
* * * * * * ** * * *
12102 TTGTTTGCATTGGGAAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTCAGAGCCAC
254 ATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
*
12167 TCATTCCTTCAAAA-TCCTTATT
319 CCATTCCTTCAAAAGT-CTTATT
* * * * *
12189 ACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTAACATTTTTTG-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAG-TTTTTTACA-TTTTTGA
** * ** * * * * * *
12253 TTAAAACAGGCTATAATTGAATATCTGCCTCAG-AATACATGAAGAAAATGGCATTTATTAGA-A
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACA
* * ** * ** *
12316 AAAAAATC-TATTATAGTTGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAG-TACTCATTTTAAATGGTTTTAT
128 GAAAAGTCAT-TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT-GTTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
*
12379 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
191 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * * * **
12444 GTTTG-TTTCATGAAACATGAAGAAAAA-ACTATTTATTGACTAGAAAAATCCACATATAGTCAC
256 GTCTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* ** *
12507 CCATGCCTTTGAAAG-CTTTCTT
319 CCATTCCTTCAAAAGTC-TTATT
* * * * **
12529 ACTTGCTTTAAATGATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGCTGGAGTTTTTTACATTTTTGAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAGTTTTTTACATTTTTGAT
* * * * **
12594 CAAATA-AAATTATAATTGATTGTTTGCCT-TGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
65 TAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-A
* * *
12657 GAAAAGTCTATTTATAGCCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTGT
128 GAAAAGTC-ATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* *** *
12720 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTAAA
191 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * *
12785 TGTCTACCTT-GGAATA-GATGAAGAAAATGACATTTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
255 TGTCTGCCTTAGGAA-ACG-TGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * *
12847 GCCCATTCCGTCAAAAGTATTAGT
317 ACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
*
12871 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTACATTTTTGATT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTACATTTTTGATT
** * *
12936 AAAACAGATTGCAATTGAATGTCTATCTCTG-AGAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACTAGA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AGA
* * *
13000 AAAGTGCATTTATAGTCAGC-CATGCTTTCGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATA
130 AAAGT-CATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * *
13063 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAGCAAATTATAATTGATTA
192 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * * *
13128 TTTGTCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAGTTATTGTCACCCA
257 TCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
13193 TTCCTT-AGAAAGTCTTATT
322 TTCCTTCA-AAAGTCTTATT
* * * *
13212 ACTCGCTTT-AATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TATTTTTACATTTTCGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGT-TTTTTACATTTTTGA
* * * * * * *
13275 TTAGAATA-ACTCATAATTGAATGCCTA-CATC-GAAAAACGTGAAGAAACAGACATTCATTGGC
64 TTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTATC-TCTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
** * * * *
13337 ACCCAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCACAATCCTTGCTACTCACTTTAAATAGTTTTA
127 A-GAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * *
13402 TAATCTCATAATTCATTTTAAGCTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
190 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
* * * * * * * * *
13467 TTTTCTTCC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCAATGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTGA
254 ATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
*
13531 CCCATACCTTCAAAAGTCTTATT
318 CCCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
* ** * *
13554 ACTAGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTT-AG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTACATTTTTGA-
* * * * * *
13618 TTAGAACATATTTTAATCGAATAT-T-TGC-CTAGAAAAACGTGAAGAAGAAAG-AATTCATT-A
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTCT-GAAAAACGTGAAGAA-AAAGCCATTCATTGA
* * * * *
13678 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTTCTTTCAAAAGTCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTT
126 -C-AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * *
13743 TATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-
188 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG
* * * *
13807 ATATGTCTGCC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGT
253 A-ATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * *
13871 CACCTATGT-CTTCAAAGGAAC--ATT
316 CACCCAT-TCCTTCAAAAG-TCTTATT
* * * ** * * *
13895 TCTCGCTTTTAATGATTTTATAATCTTGTAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTACATTTTTGAT
* * * ** * * * *
13960 TAAAACAAATAATAATTGATTGTCTGCCTCTG-GAAACAT-AA-AAAAAGTCCTTTCATTGGCAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCTGAAAAACGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTGAC-A
*
14022 GAAAAGTCTACTTATAGTCAC
128 GAAAAGTC-ATTTATAGTCAC
14043 AAATTCTTTC
Statistics
Matches: 1503, Mismatches: 276, Indels: 152
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 19 0.01
340 303 0.20
341 516 0.34
342 480 0.32
343 174 0.12
344 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTACATTTTTGATT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCTGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGAA
AAGTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTG
CCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
TTCAAAAGTCTTATT
Found at i:16507 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15698--17529 Score: 1610
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 169
15688 NNNNNNNNNN
* * * *
15698 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* ** * ** * * * * *
15763 ATGTTTTTTAAGTTAAACAATCAATTATAATTTTTTTAACAAAAAATGCAAACAAATTCTACTTA
66 ACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTA
* *
15828 AAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
15868 TAAAGC-TCTCAATGGCATTG-GTGACTATAAGTTGACTTTTCTAGTCAATGAATGACTTTTTCT
1 TAAGGCTTTTGAA-GG-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCT
* * *
15931 TCACGTTTCAC-GAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAGGTGAAAAAATTTAA
64 TCACGTTTC-CTGAGGCAAACATTCAATTATAA-TTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAA
* * * *
15995 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGATTAG
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * **
16038 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * *
16102 CAAGTTTCTTGAGGCAAACAATCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATGTAAGCAAATTCAACT
65 CACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAA-TTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACT
* * * *
16167 TAAAATTAATTAAGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * *
16209 CAAGGTTTTTGAAAGAAT-ACATAACTATAAATGGACTTTTTTA-CCAATAAATGACTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * ** * * * *
16272 CACATTCCCAGAGATAGATATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
65 CACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACT
* * *
16337 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAC
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
16379 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTTAATAAATGCCATTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * *
16444 ACGTATT-TTGAGGTAGACATTCAATTATAGCTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACT
66 ACGT-TTCCTGAGGCAAACATTCAATTATA-ATTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACT
** * *
16508 TAAAATCGGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * *
16550 TAAGGATTTTTAAAGAAT-AGGTGGCTCTAAATAGACTTTTTTCA-TCAATGAATGGCTTTGTCT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-AGTCAATGAATGGCTTTTTCT
* ** * * *
16613 TTACGTTTCCCAATGCAAACAATCAATCAATTAGAATTTTTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAATT
64 TCACGTTTCCTGAGGCAAAC-AT---TCAATTATAATTGTTTT-AACTAAAAATGT-AAAAAATT
* *
16678 CAACTTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
123 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * *
16725 TAAGGC-TTTGAAAGGCACAAGTCACTATAAGTGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTG-AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * *
16789 CATGTTTCAC-CAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
65 CACGTTTC-CTGAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAAC
* * * *
16853 TTAATATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGCAA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
16896 TAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTGTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
** * * ** * * *
16961 ATATTTCTTAAAACAGACATTCAATTATAATTTTTTCTAACTAAAAATGTAAAAACATTGAACTT
66 ACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATTGTTT-TAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT
* ** * *
17026 AAAATTAATTGGGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
17067 TAAAGCTTTCGAAGGTATAAATGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAATTGCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * * * *
17132 ATGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAACTATTCAACT
66 ACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA--ATTCAACT
* * **
17196 TAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
17238 TAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTCGTCAATGAATGTCTTTTTCTTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * **** * * * * *
17303 ACATTGCCTGAGATTGACATACTATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATGTGAAGAAATTCATCTT
66 ACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* *
17368 AAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * ***
17409 TAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTT-TA-TACCAATGAACAACTTTTTCT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGT--CAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * *
17472 TTACATTT-CTCGAGACAAACATTCAATTATAGCTTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAA
64 TCACGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAATTATA-ATTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
17530 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1355, Mismatches: 260, Indels: 94
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 364 0.27
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172 22 0.02
173 4 0.00
174 12 0.01
175 119 0.09
176 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
ACGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
Found at i:18249 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17944--18272 Score: 410
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
17934 NNNNNNNTAT
** * ***
17944 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAAAC
1 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATACATAACTATAAATAAAC
** ** * *
18009 TTGTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACAATCAATTATAATTTATT
66 TTGTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGATAAACAATCAATTATAATCTATT
* * *
18074 TTAACTAAAAATGTAAACAAGTTCAACTTAAAATTAATTAA
131 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAA
* * *
18115 GAGATTGTAAGAA-CATTTAAAGTGAGTAACAAGGTTTTTAAAGGAATACATAACTATAAATAGA
1 GAGATTATAA-AATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATACATAACTATAAATAAA
* * * * * *
18179 CTTTTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTCTCAAAGATAGACATTTAATTATAATCTG
65 CTTGTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-AAAGATAAACAATCAATTATAATCTA
18243 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
129 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
18273 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 24, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 126 0.95
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATACATAACTATAAATAAAC
TTGTTTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGATAAACAATCAATTATAATCTATT
TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAA
Found at i:23815 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23512--25990 Score: 1717
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 171
23502 NNNNNNNNNN
* * *
23512 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAG-TACAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTT
* * *
23576 TACATTTTTGGTTAGAAA-AAATTATAATTGAATGTTTGT-CTTGATAAATATGAA-AGAAAAGC
65 TACATTTTTGGTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGA-GAATATGAAGA-AAAAGC
23638 CATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
127 CATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
** *
23683 AAAGCCTTATTGTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
** ** * *
23748 ACATTTTTGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTATATTTGAGAGTATGAAGAAAAAGTCATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGAGAATATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
23813 CATTTG-CAAGAGAAGTCCATTTATAGT-TACTCATTCTTTTA
131 CA-TTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CCCATTCCTTTA
** * * * * * *
23854 AAAGTTTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * *
23919 ACATTGGTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCATGA-AACATGAAGAAAAAGCC
66 ACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCT--TGAGAATATGAAGAAAAAGCC
* * * *
23981 ATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTAGAGCCACCCATTCCTTCA
128 ATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
* * * * *
24025 AAATCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* ** * * * *
24090 T-CATTTTTGTTTAAAACAGGCTATATTTGAATGTCTA-CCTTG-GAATACTTGAAGAAAATGGC
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGAGAATA--TGAAGAAAAAGCC
* *
24152 ATTTATTGAC---AAAA----A---A-AGT-GCCCATT-CTTTCA
128 ATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTT-A
* * * * *
24184 AAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
24248 ACATTTTTAGTTGAAACAAATTATAATTGATTGTTTA-CCTCAGAAAACATGAA-AAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCT-TGAGAATATGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
24311 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAAAGCCACCCATT-CTTTGA
130 TCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTT-A
* * * * *
24353 AAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA-ATAGAAGTTTAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTT
* * * *
24417 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-TTT-TGCC-TCAGAATACATGAAGAAAATGA
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAT-CCTTGAGAAT--ATGAAGAAAAAGC
* ** * *
24479 CATTTATTGAAAAGAGAAGTTCT-TTAATAGTCGT-CCATT-CTTTCA
127 CATTCATTGACTAGAAAAG-TCTATTTATAGTC-TCCCATTCCTTT-A
* * *
24524 AAAGCCTTGA-TACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * ** * * ** * ** *
24588 CATATTTTTTATTAAAACAGGTTATAATTGGATGTCCAT-CTCTGGGAACGTGAAGAAAAAGTCA
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCT-TGAGAATATGAAGAAAAAGCCA
* * *** *
24652 TTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGT-TATGTATTCCTTCA
129 TTCATTGACTAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCT-CCCATTCCTTTA
* * * * * *
24695 AAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * *
24760 ACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTTCA-CCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGAG-AATATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
24824 TCATTG-GTAAGAAATA-TCCATTTATAGTTTTCCATTCCTTCA
130 TCATTGACT-AGAAA-AGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
* * * * * *
24866 AATGCCTTACTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * ** ** * * * * *
24931 ACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAGCTGAATG--GCTGCTTCGGGAAACATGAAGAAAAAACTA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTT-GAG-AATATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
24994 TTCATTCACTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTG
129 TTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
* * * * * *
25037 AAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCGTAATTCATTTTCAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * ** * *
25102 AGATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTTTA-GCTCAAGAATCCTGAAGAAAAAGGCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGAGAAT-ATGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
25166 TCATT-AGCAAAAAAAGT-TCATTTATAGT-TACACATTCCTTCA
130 TCATTGA-CTAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCT-CCCATTCCTTTA
* ** * * * * * *
25208 AAAGCCTTACTACTCATTTTAAAGGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * *
25273 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGAG-AATATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * * *
25337 TCATTAACTAAAAAAGCCCATTTATACTCACCTATGCCTTTG
130 TCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
* * ** * * *
25379 GAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * ****************** * * *
25444 ACATTTTCGATTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGT-CTCGAGAAATATAAAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGAG-AATATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
25508 TCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTTTTCTATTCCTTCA
130 TCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
* * * * * * *
25550 AAAGCCTTACTGCTCGCTTTAACTGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * ** *
25614 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCAT-A-AACGTGAAGAAAAAGTCA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCT--TGAGAATATGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
25676 TTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTG
129 TTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
** * * * *
25719 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTACAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
** ********** * * *
25784 ACATTTTCAGTNNNNNNNNNNTATAATTGATTGTTTA-CC-TCAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGA-G-AATATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
25847 TTCACTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGCCACTCATT-CTTTCA
129 TTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTT-A
* * * * * *
25890 AAATCCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTGTAATCTCATAACTGAATTTAAGTTAAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
** *
25955 ACATTTTTGGTTAAAACAGGCTATCATTGAATGTTT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
25991 GCCTCAAAAT
Statistics
Matches: 1780, Mismatches: 443, Indels: 170
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 21 0.01
158 39 0.02
159 54 0.03
160 9 0.01
161 1 0.00
164 2 0.00
167 2 0.00
168 12 0.01
169 165 0.09
170 115 0.06
171 1314 0.74
172 41 0.02
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCCTTGAGAATATGAAGAAAAAGCCATT
CATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTTA
Done.