Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402663.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5730.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1975
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Warning! 123 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1806 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1852 Score: 807
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 169
** * * * *
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTCAATACCTGCCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG
* * * * * ********** *
65 AGAAACGTGTACAAAAAGCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATTCCTTCAA
65 AGAAACATGCA-AAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* * * *
130 AAACCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAAT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCAAAAT
* * * ********** * * * *
172 TAATTTTAAGTTAAATTTTTTTGAANNNNNNNNNNAAAGAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGA
* * * * * *
237 GAAATATGCAAAAAAAACTATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAA
66 GAAACATGC-AAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
********** * *
302 AGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCAAAAT
* * * * * * * *
343 TAATTTTAAGTTAAAATTTTTTGAATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGA
* * * * * * *
408 GAAATATGAAAAAAAAGCTATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACCCATTCATTCAAA
66 GAAACATG-CAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
*****
473 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCNNNNN
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCAAAAT
****************** * * * **
514 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTA-CTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT-G
* * * * * *
578 AGAAACGT-CAAGAAAATGC-ATTCGTTTG-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTC
65 AGAAACATGCAA-AAAA-GCTATTC-ATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
********** * * *
640 AANNNNNNNNNNACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCGCATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCAAAAT
* * * ** ** * * * *
684 TAATTTTGAGTTGAATTTTTGTACATTTTTTA-CAAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCATA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG
** * * **********
748 AGAAATGTGAAAAAAATC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCANNNNNNNNNNCCCATTCCTTTAA
65 AGAAACATGCAAAAAAGCTATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAA
* *
811 AAGCCTTATTACTCGCTTTTAATTGTTTTATATTCCCAAAAT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA-TCTCAAAAT
* * * * * * *
853 TGATTTCAAGTT-ATATTTTTTTGAAATTTTGGTTAAAACAGACCATAATTGAATGCTTGCTTTG
1 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG
* * * * *
917 AGAAACATGCAAGAAAAGCTATTCTTTGAGAAGAAAAACCCATTTATGGTCACCTATTCCTTCGA
65 AGAAACATGCAA-AAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TA
* * *********
982 AAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATANNNNNNNNNN
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA-TCTCAAAAT
* * * * * * **
1024 TGATTTTGATTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAC-AAATATTGAATGTTTACCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGCCTACCTTG
* * * * *********
1088 AGAAACATG-AAAAAAGGC-ATTCATT-AGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCNNNNNNNNN
65 AGAAACATGCAAAAAA-GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
* * *
1150 NAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCACAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCAAAAT
* * * * * * * *
1193 TCATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTAAGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTGCCTTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTA-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG
** * * ** * *
1257 AGAAATGTGTAAAAAAAG-TCATTCATTGAGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
65 AGAAACATG-CAAAAAAGCT-ATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA
********** * * *
1321 ANNNNNNNNNNACTCACTATAAATTGTTTTATATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATATCTCAAAAT
* ** *
1363 TGATTTTTAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACGGACTATAATTGAATGCCTACCTT
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA-AAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTT
* *
1427 GAGAAACATGCAAAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
64 GAGAAACATGC---AAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * *
1492 TAAAAGTCTTATTACTCGCTTTTAATTATTTTATAATCTCAAAAT
126 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAT-ATCTCAAAAT
** * * * * * * **
1537 TGATTTTGTGTTGAATGTTTTT-ACATTTATGGTTAAAATAGACTATAATCGAATGTCTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTT-TAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTG
* ** **********
1601 AG-AA-ATGTAAAAAAAAATCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTT
65 AGAAACATG-CAAAAAAGCT-ATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
1663 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAT-TCCAAAAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATATCT-C-AAAAT
* *
1707 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACTTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGA
* * * * *
1772 GAAACATGCAAAAAAGCTATTCTTTGAGAAGAAAAGCCCATTTATGGTCATCTATTCCTTCGAAA
66 GAAACATGCAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAA
1837 A-CCTTATTACTCGCTT
130 AGCCTTATTACTCGCTT
1853 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 418, Indels: 103
0.70 0.24 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 27 0.02
169 208 0.17
170 296 0.24
171 535 0.44
172 20 0.02
173 102 0.08
174 24 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGA
GAAACATGCAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATATCTCAAAAT
Done.