Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402665.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5731.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4819
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:532 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16--580 Score: 555
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
6 GAAGGAAAAT
* *
16 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATGGAC-TTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAAC
* * * * ********** *
79 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTANNNNNNNNNNTAAGATT
63 ATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
144 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTCTGAAGACTTGA
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTTGG
* * * * * * * *
187 TTAACTATAAATGGACTTTCGATATCAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
* * * * *
252 TCAATTATAATATATTTTAATGAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAGAATTAATTAAGAGATTA
65 TCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
316 GAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGG
*
358 GTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GTCAAAC
1 GTGACTATAAAT-GGAC-TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AAAC
* *
421 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
63 ATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
486 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGTATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TGG
* * *** * *
529 GTGACAATAAATAGACTTTCTGGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCT
1 GTGACTATAAATGGACTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
581 TAAGACAGAA
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 65, Indels: 23
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 44 0.14
171 260 0.82
172 14 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATT
CAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTGG
Found at i:626 original size:141 final size:142
Alignment explanation
Indices: 456--713 Score: 405
Period size: 141 Copynumber: 1.8 Consensus size: 142
446 AAAATGTAAA
* *
456 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGA
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGA
*
521 AGGTATGGGTGACAATAAAT-AGAC-TTTC-TGGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
66 AGGCATGGGTGACAATAAATGA-ACTTTTCAT-GTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTA
583 AGACAGAATATAAG
129 AGACAGAATATAAG
* ** *
597 AAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGA
1 AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGA
*
662 AGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
66 AGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
714 CATGTTTCCT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 8, Indels: 5
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 79 0.75
142 26 0.25
143 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (142 bp):
AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGA
AGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAG
ACAGAATATAAG
Found at i:1030 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 589--1151 Score: 604
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
579 CTTAAGACAG
* * * ** *
589 AATATAAGAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAG
1 AATATAAGAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA-AAG
* * * * * *
654 GCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-
65 GCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
718 TTTCCTAACGTATACAGTCAATTATATTTTGTTTTAAGCAAA
129 TTTCC-AAGGCAAACAGTCTATTATAATATGTTTTAACCAAA
* * ** * * *
760 AATTTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATAAGGTTACAAAACCATTT-AAA-GAGTCAAAAG
1 AATATAAGAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGT-AAAAG
* * *
823 GCTATTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATATCTTTTTC-TCATGT
65 GCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGT
* *
887 TTTCCAAGGCAAACATTCTATTATAATATGTTTGAA-CAAA
129 TTTCCAAGGCAAACAGTCTATTATAATATGTTTTAACCAAA
* *
927 ATATGTAAGAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAACA
1 A-ATATAAGAAAATTCAA-CGTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA-A
991 AGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAAGTGACTTTTCTTGCCAATGAATGGT-TTTTTCTTCA
63 AGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCA
* *
1055 TGTTTTCCAAGGCAAAC-GTATAGTTATAATCTGTTTTAACCAAA
126 TGTTTTCCAAGGCAAACAGTCTA-TTATAATATGTTTTAACCAAA
* * * *
1099 AATATAA-ATAAATTCAACGTCAAGTCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA
1 AATATAAGA-AAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
1152 GCAATTATAA
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 49, Indels: 30
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.02
168 68 0.21
169 65 0.20
170 68 0.21
171 117 0.36
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATATAAGAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAGG
CTTTTGAGGGAATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTT
TCCAAGGCAAACAGTCTATTATAATATGTTTTAACCAAA
Found at i:1210 original size:77 final size:78
Alignment explanation
Indices: 1078--1230 Score: 173
Period size: 77 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
1068 AAACGTATAG
* * * * * * *
1078 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAATAAATTCAACGTCAAGTCAATTATGAGGTTATAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACATAAAATCAATCATGAGATTATAAAA
1143 CCATTTAAAGCAA
66 CCATTTAAAGCAA
** * * * *
1156 TTATAATCTGTTTTAA-GTAAAATGCAAAAAAATTCAACATAAAATCAGTCATGAGATTGTAAAT
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACATAAAATCAATCATGAGATTATAAAA
*
1220 CTATTTAAAGC
66 CCATTTAAAGC
1231 GAGTAATAAG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 14, Indels: 1
0.80 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
77 45 0.74
78 16 0.26
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (78 bp):
TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACATAAAATCAATCATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCAA
Found at i:1777 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1153--4819 Score: 2957
Period size: 171 Copynumber: 21.5 Consensus size: 171
1143 CCATTTAAAG
* * * * *
1153 CAATTATAATCTGTTTTAAGT--AAAATGCAAAAAAATTCAACATAAAATCAGTCATGAGATTGT
1 CAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
1216 AAATCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCATGACAACAAATGGACTTTTCTT-
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
1280 GTCAATGAATGGCTTTTT-TTAATGTTTCCAAAGGAAAACACTT
130 CT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACA-TT
* * ** * * * * *
1323 -AATTGTAACCTGTTTTACCCAAAAATGTAAGAAATTTCAACATAAAATCAATTATGAGTTTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * * *
1387 AAACCATTTAAAGTGAACAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGC
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * *
1452 CAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTTCCT-AGGCAAACATT
131 TAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATT
* * * ** *
1493 CAATTCTAATATGTTTTAA-CAAAAAATCCAAAAAAAATTCAA-TCTAACGTCAATTATGAGGTT
1 CAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAAT-GAAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
1556 ATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTCTCT
63 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
1621 TACTAATGAATGGCTTTTCCTTCATATTTCCCAAGGCAGACATT
128 TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * *
1665 CAATTATAATATGTTTTTATGAAAAATGCAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *** *
1729 AAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATAATTGACTATAAATGGGCTTTTCCTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-
* ** * *
1794 T-C-AATGAATGGGC-TTTCCTTCATGTTTCCCCAGTCAAACAAT
128 TACTAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * * * *
1836 CAATTATGATCTGGTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
1901 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-G
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
** * ** * *
1965 TCAATGAATGAATTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAAT
131 T-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * * *
2007 CAATTATAATCTATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAACATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 CAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
2071 AAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * *
2136 TTAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCCCATGGTAGACATT
130 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * *
2178 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** ***
2243 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAACGGTTTAACTGACTATAAATGGACTTTT-TAT
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* * * **
2306 A-TCAATGAAAT-GCTTTTGCTTTATGTTGCCCGAGGCAAACATT
129 ACT-AATG-AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * * * * *
2349 TAATTCTAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * ** * *
2414 CAACTATTTAAAGCGAGTAATAACG-TTTTCGAAGGCTTGACTGACTGTAAATAGG-CTATTCTT
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTT
* * * * * * * *
2477 -GTCATTCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAGT
129 ACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
** * * * * * *
2520 CAATTGCAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGACATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
2585 AAACCATATAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGAC--TT-GT-C
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * *
2646 -AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTTACGACAGACACT
131 TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * *
2686 CAATTATAAT-TTTTTTAACCAAATAT-ATAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** ** * *
2749 AAAACTATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGACTTACTATAAATGGGCTTTT-TAT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* * * * *
2813 A-TCAAGGCATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTAAGGCAGACATT
129 ACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * *
2856 CAATTATAATATATTTTAATTAAAAA-GAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
2920 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTGGCTGACTGTATATGGACTTTTCTT-
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
2983 GTCAGTAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGG-AAGACAGT
130 CT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAA-ACATT
* * * *
3026 CAAGTACAATCTGTTTTAA-CTAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATG-GCATT
1 CAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATT
* ** * *
3088 ATAAAATCATAAAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC---T-T
63 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * ** * *
3149 GA-TAATGAATGACTATTTCTTCATGTTTTTTGAGATAGACACT
128 TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * * * *
3192 CAATTATAATTTTTTTTAACCAAACATGTAAGAAAATTCAGCTTAAAATTC-ATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
3256 AAAACCATTTTAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATCGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
3321 CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATA
130 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * *
3363 CAATTATAATTTGTATTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
3428 -AAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTT
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT
* * *
3491 ACTAATGAATGGGTTTTTATTTGCAT-TTAT--TAAGGCAAAGATT
129 ACTAATGAATGGCTTTTT-CTT-CATGTT-TCCTAAGGCAAACATT
* * * * * *
3534 CAATTATAATGTGTTTTAA-CAAAAATTAAAAAAAA-TCAACTAAAAATCGATTTTGAGGTTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
3597 AAACCACTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAC
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * * *
3662 TAATAAATATCTTTTTATTCACGTTTTCTAAGGTAGACATT
131 TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * ** * *
3703 CAATTATAACCTATTTTAA-CTTGAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATG-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * **
3767 TCAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTGAT
64 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
3832 A-TCAATGGATAG-TTTTTACTTAACGTTT-CTCAAAGCAAACATT
129 ACT-AATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATT
* * * * * * * * * *
3875 TAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAAGTTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAGA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** *
3940 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * *
4004 CGAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGTTTCCTGAGTCAAACATT
130 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * *
4046 CAATTATAATTTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** *
4111 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATAAATAAACTTTGCTTAA
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-A
* * * * * * *
4176 C-AATGAATGGCTTGTTCTTCATATTTCTTAAGACAGATAGT
130 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * *
4217 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGGGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-GAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * ** ** *
4282 AAAACCATTTAAGGTAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTGTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCATG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-
* * * *
4347 TCACT--T-AATAGCTTTTTCTTCCTATTT-CTAAAGGCATACATT
128 T-ACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATT
* * * * * *
4389 CAATTATAATTTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * * **
4454 AAACTATTTAACGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGAGTATAAATATACTTTTCTTGA
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-A
* ** *
4519 C-CATGAATATCTTTTTCGTCATGTTTTCCT-AGGCAAACATT
130 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATT
* * * * *
4560 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATAAGCTTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
4624 AAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTA
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * ** *
4689 CTAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTATTAAGGCAAAAATT
130 CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
* * ** * *
4731 CAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATACAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTGATTTTGAGGTTA
1 CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT--GAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
4794 TAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAG
64 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
Statistics
Matches: 2793, Mismatches: 598, Indels: 211
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 91 0.03
166 160 0.06
167 13 0.00
168 31 0.01
169 129 0.05
170 326 0.12
171 1553 0.56
172 478 0.17
173 9 0.00
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
Found at i:4340 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1181--4819 Score: 3242
Period size: 514 Copynumber: 7.1 Consensus size: 507
1171 AGTAAAATGC
* * * * * *
1181 AAAAAAATTCAACATAAAATCAGTCATGAGATTGTAAATCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * *
1246 CGAAGGCATGCATGACAACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT-TTAATGTTTCCA
66 CGAAGGTTTGC-TGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCCA
* * ** * ** * * *
1310 AAGGAAAACACTT-AATTGTAACCTGTTTTACCCAAAAATGTAAGAAATTTCAACATAAAATCAA
129 AA-GCAAACA-TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** * *
1374 TTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAACAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAAT
191 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
1439 AGATTTTTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTCTAAT
256 GGACTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* ** * ** * **
1503 ATGTTTTAACAAAAAATCCAAAAAAAATTCAATCTAACGTCAATTATGAGGTTATAAAATAATTT
320 CTGTTTTAAC-AAAAAT-GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
1568 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTCT-CTTACTAATGAAT
383 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TGCTTAC-AATGAAT
* ** * * * **
1632 GGCTTTTCCTTCATATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTTATGAAAAATGC-A
446 GGCTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-CTA
* * *
1695 AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *** * * * * * * *
1759 TGAAGGAATAATTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGTCAATGAATGGGCTTTCCTTCATGTTTCCC
66 CGAAGG-TTTGCTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAAT-AGTTTTTCTTCATGTTTCCA
* * * * ** * * *
1824 CAGTCAAACAATCAATTATGATCTGGTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAAT
129 AAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* *
1889 TATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCA-TGGGTGACTATAAAT
192 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTGGGTGACTATAAAT
* ** * ** * *
1953 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGAATTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACAATCAATTATAATC
256 GGACTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * *
2018 TATTTTATCCAAAAATGTAAAAACATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAA
321 TGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** ** **
2083 AGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTGTTAATGAATGGC
385 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTT-ACAATGAATGGC
** * * * *
2148 TTTGTCTTCATGTTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-
449 TTT-TCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTA
* *
2207 AAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
2272 C-AACGGTTTAACTGACTATAAATGGACTTTTTATATCAATGAA-ATGCTTTTGCTTTATGTTGC
66 CGAA-GGTTT-GCTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATA-G-TTTTTCTTCATGTT-T
* * * *
2335 CCGAGGCAAACATTTAATTCTAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAATATTCAACTTAAAATCA
126 CCAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** *
2400 ATTATGAGATAATACAACTATTTAAAGCGAGTAATAACG-TTTTCGAAGGCTTGACTGACTGTAA
190 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGATTGGGTGACTATAA
* * * * * * * * * **
2464 ATAGG-CTATTCTTGTCATTCAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAGTCAATTGCA
254 AT-GGACTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * *
2528 ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATA
318 ATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
2593 TAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGAC-TTG--T-CAATGAATG
382 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACAATGAATG
* * * * * * * *
2654 GCTTTTTCTTCACGTTTTTTACGACAGACACTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAATATAT-
447 GC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTA
* * * *
2714 AAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
2779 CGAAGGTTTGACTTACTATAAATGGGCTTTTTATATCAAGGCATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCT
66 CGAAGGTTTG-CTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCC-
* * * *
2844 AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-TAAAAAGAAAAAATATTCAACTTAAAATCAAT
128 AAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
2908 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTGGCTGACTGTATAT
192 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGATTGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
2972 GGACTTTTCTTGTCAGTAAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGG-AAGACAGTCAAGTACAA
256 GGACTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAA-ACATTCAATTATAA
* * * *
3035 TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAATCATA
319 TCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATT
* * * *
3099 AAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTG---ATAATGAATG
382 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACAATGAATG
* * * ** * * * * *
3160 ACTATTTCTTCATGTTTTTTGAGATAGACACTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAACATGT-
447 GCT-TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTA
* * * * *
3221 AAGAAAATTCAGCTTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAGTAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * ** *
3285 TTGAAGGAATCGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC
65 TCGAAGG-TTTGCTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAAT-AGTTTTTCTTCATGTTT-C
* * * * * * *
3350 CAAGGCAAACATACAATTATAATTTGTATTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCA
127 CAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* * * *
3415 ATTATGAGGTTAT-AAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAA
190 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAA
* * *
3479 T-GAGCTTTTCTT-ACTAATGAATGGGTTTTTATTTGCAT-TTAT--TAAGGCAAAGATTCAATT
255 TGGA-CTTTTCTTGAC-AATGAATGGCTTTTT-CTT-CATGTT-TCCTAAGGCAAACATTCAATT
* * * * *
3539 ATAATGTGTTTTAACAAAAAT-TAAAAAAAATCAA-CTAAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACC
315 ATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
3602 ACTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATA
379 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTAC-AATG
** * * * * *** *
3667 AATATCTTTTTATTCACGTTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAACCTATTTTAACTTGAAATG
443 AATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATC
3731 TA
506 TA
* * * * *
3733 AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
3798 CGAAGGCTTGAGC-GACTATAAATGGACTTTTGATATCAATGGATAGTTTTTACTTAACGTTTCT
66 CGAAGG-TT-TGCTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAGTTTTT-CTTCATGTTTC-
* * * *
3862 CAAAGCAAACATTTAATTATAATATATTTTAATTAAAAAAGTAAAAAAGTTTAATTTAAAATCAA
127 CAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
* * * **
3927 TTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGATTAAGTGACTATAAAT
191 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAAT
* * * * *
3992 GGGCTTTTCTT-ACGAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGTTTCCTGAGTCAAACATTCAATTATAAT
256 GGACTTTTCTTGAC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * *
4056 TTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTA
320 CTGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * **
4121 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTATAAATAAACTTTGCTTAACAATGAATGG
384 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTT-ACAATGAATGG
* * * *
4186 CTTGTTCTTCATATTTCTTAAGACAGATAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTA
448 CTT-TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTA
* * * ** *
4247 AAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAGGTAAGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
4312 CAAAGGTGTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGTCACTTAATAGCTTTTTCTTCCTATTTCTA
66 CGAAGGT-TTGCTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCCA
* * * * *
4377 AAGGCATACATTCAATTATAATTTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAAT
129 AA-GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * * * *
4442 TATAAGGTTATAAAACTATTTAACGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGAGTATAAATA
192 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATG
* * ** *
4507 TACTTTTCTTGACCATGAATATCTTTTTCGTCATGTTTTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATC
257 GACTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * * *
4571 TGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGCTTATAAAGCTATTTAA
321 TGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
4636 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTACTAATGAATGGG
385 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTAC-AATGAAT-GG
* * * * * * *
4701 TTTTTCTTCACGTTTATTAAGGCAAAAATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATACAA
448 CTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-CTA
** * * * *
4761 AAAAAAATT-AACTTAAAATTGATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAG
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
Statistics
Matches: 2573, Mismatches: 464, Indels: 177
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 8 0.00
506 358 0.14
507 302 0.12
508 135 0.05
509 46 0.02
510 13 0.01
511 91 0.04
512 244 0.09
513 627 0.24
514 723 0.28
515 26 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGGTTTGCTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATAGTTTTTCTTCATGTTTCCAAA
GCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTACAATGAATGGCTTTTCTT
CATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTA
Done.