Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402672.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5738.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4727
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.32
Warning! 618 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1685 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1158--2067 Score: 661
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 167
1148 CCGCTTAAGT
* * * *
1158 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAAA-GG-TTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAAT
1 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAAT
*
1221 TTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACATCAAGAAAAGTAAAGAAAAA
65 TTTCTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATC-AGAAAAGTAAAGAAAAA
* *
1286 GCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA-CTCATG
128 GCCATTCTTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATG
* * * *
1327 CTTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTT-TAGTTGAA
1 C-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAT-GTTGAA
* * * * * * * * * * *
1391 TTTTTTTATATGTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATGAGGCAA
64 TTTTCTTACA--TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAGAAAA-GTAAAGAAA
* * * * * * * *
1456 AAGTCATCCATTGGAAAGAACAGTCCATTTGTGGTCACTTAAG
126 AAGCCATTC-TTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
**********
1499 TCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTCATTTTATGTTGAAT
1 -CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAAT
* *
1564 TTTCTTGCATTTTTGATTCAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTAAAGAAAAA
65 TTTCTTACATTTTTG-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATC-AGAAAAGTAAAGAAAAA
1629 GCCATTCTTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
128 GCCATTCTTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * * * *
1670 CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 C-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAAT
* * * * * ** * * * * *
1735 TTT-TTAATATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA-TGAGGCAA
65 TTTCTT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATC-AGAAA-AGTAAAGAAA
** * * * * * * *
1798 AATTCA-TCGATTGTCATGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAG
126 AAGCCATTC-TTTG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * * * *
1841 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 -CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAAT
* * * * * * * *
1906 TTTTTTATATATTTGGTTAAAACAAAAAATATTTAAATGTCTACAT-AGTGACACA-TGAAGAAA
65 TTTCTTACAT-TTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCA--GA-AAAGTAAAGAAA
** * * * * *
1969 AAATCATTCATTGGCAAGGAAATTCCA-TTATAGTCACCCATG
126 AAGCCATTC-TTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
* * * *
2011 CATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
1 C-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
2068 GGTAGAGTTG
Statistics
Matches: 573, Mismatches: 140, Indels: 55
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 98 0.17
171 327 0.57
172 131 0.23
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAATT
TTCTTACATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAGAAAAGTAAAGAAAAAGCC
ATTCTTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
Found at i:1733 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1101--2209 Score: 1219
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 343
1091 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
1101 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCTTTGGCAAGGGAAGTCCATATATAGCCGCTTAAGTCTTCAAAA
1 AAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAA
* *
1166 GCCTTATTACTCGCTTTCAAA-GG-TTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
66 GCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
* *
1229 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTACATCAAGAAAAGTAAAGAAAAAGCCATTCA
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTAAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * **
1294 TTGATAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA-CTCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATG
195 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
1358 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTTGTTAAAATAGATTAT
259 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAATATATTAT
1423 AATTGAATGTCTGCCTC-AG
324 AATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * *
1442 AAAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAACAGTCCATTTGTGGTCACTTAAGTCTTCGAA
1 -AAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAA
********** * *
1507 AGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTCATTTTATGTTGAATTTTCTTGC
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
* * *
1572 ATTTTTGATTCAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTAAAGAAAAAGCCATTCT
130 ATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTAAAGAAAAAGCCATTCA
*
1637 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
195 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
1702 TTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATAT-TTTTTATTAAAATATATTATA
260 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAATATATTATA
*
1766 ACTGAATGTCTGCCTCAAG
325 ATTGAATGTCTGCCTCAAG
* * ** * * *
1785 AAACATGAGGCAAAATTCATCGATTGTCATGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCAAAA
1 AAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAA
* * * * *
1850 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA
* * * * * * * * **
1915 TATTTGGTTAAAACAAAAAATATTTAAATGTCTACATAGTGACACA-TGAAGAAAAAATCATTCA
131 TTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCGAGA-AAAGTAAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * *
1979 TTGGCAAGGAAATTCCA-TTATAGTCACCCATGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
195 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * *
2043 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTAGAGTTGTTTTATA-GTTTTTATTAAAGTATATTGTA
260 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAATATATTATA
* * * * *
2107 ATTGGATGTTTTCTTCGAG
325 ATTGAATGTCTGCCTCAAG
** * ** * * * * * *
2126 AAATGTGAAGCAAAAGTTTTCTATTGGCAAA-AGAAGTCCACTTATAGCCGCTTAAGTCTCCAAA
1 AAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAA
* *
2190 GGCCTTATTACTCGCTTTAA
65 AGCCTTATTACTCACTTTAA
2210 TTAAATGTCT
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 123, Indels: 15
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 177 0.28
342 267 0.42
343 191 0.30
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
AAACATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCGAGAAAAGTAAAGAAAAAGCCATTCAT
TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTTATTAAAATATATTATAA
TTGAATGTCTGCCTCAAG
Found at i:3004 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2444--4045 Score: 1286
Period size: 170 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
2434 NNNNNNNNNN
* * * * *
2444 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTGATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * **
2509 CGAATGCATGGGTGACTATAGATAAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCC
66 CGAACGCATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCC
* * *
2573 TGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGT
130 T-ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT
* * * * * *
2615 AAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAGCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
2680 CGGA-GACTTAAG-CAGCTATA-AGTGGACTTTTTTTGCCAATGGAA-GACTTTTGCTTCATGTG
66 CGAACG-CATAGGTGA-CTATAGA-TAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * * * * *
2741 TCTCGAAGAAAACATCCAATTA-CAGTATATTTTAAC-AAAACTGT
127 TC-CTATGTAGACATTCAAATATTA-TCTATTTTAACAAAAAATAT
* * * ** *
2785 AAAACAATTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTC
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
2850 CGAACGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGGCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTGTCAC
66 CGAACGCATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-C
* * * * * * * *
2915 TTTGTAAATATTTAAATATTTTCTGTTTTATCTAAAAATAT
130 TATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT
* * *
2956 AAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *** * *
3021 TGAA-GACTTAAGCT-ACCATAAATAGAATTTTCATGCCAATCG-ATGAAATTTGCTACATGTTT
66 CGAACG-CAT-AGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
3083 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAATAT
128 CCT-ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA-CAAAAAATAT
3128 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
3193 CGAACGCATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTCTTTAT-TTT-CT
66 CGAACGCATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* ** *
3256 AGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCGAAAATAC
131 --ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT
* * * * * * * *
3298 AATAAAATTCAACATAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTACTAAGGGTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
3363 TGAA-GACTTAAGTGACTATATATAGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
66 CGAACG-CATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
** * * * * * *
3427 TGCGGTAAACATTC-AAT-TGCAACATATGTTAGCAAAAAATGT
130 T-ATGTAGACATTCAAATAT-TATC-TATTTTAACAAAAAATAT
* * *
3469 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGTCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
3534 CAAACGCAT-GGATGGCTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTA
66 CGAACGCATAGG-TGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTC
* * * * *
3598 GTATGTAGACATTCAAACATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT
129 CTATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT
* * * *
3640 -AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTA
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * ** * * * * * *
3704 CGAATACTTAAGCAACTATAAACT-GATTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCC
66 CGAACGCATAGGTGACTATAGA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * ** * *
3768 TAAGGCAGACATTTAATTACAATATATTTTAAGAAAAAATAT
130 T-ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT
* * * * * *
3810 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TGAG-TTGTGAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * * * * *
3873 TCTAA-GGTTTGGATGACTATAGA-AGGACTTCTCTTGCCAATGACTGGATTTTTCTTCAGGTTT
65 TCGAACGCATAGG-TGACTATAGATA-GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* *
3936 CCCTATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTCACCAAAAATAT
128 -CCTATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT
* * * *
3980 AAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAGACTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
4045 C
66 C
4046 AAAGATTTAA
Statistics
Matches: 1106, Mismatches: 282, Indels: 86
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.01
170 493 0.45
171 468 0.42
172 127 0.11
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAACGCATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT
ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT
Found at i:3113 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2444--4108 Score: 1797
Period size: 341 Copynumber: 4.9 Consensus size: 341
2434 NNNNNNNNNN
* * * * *
2444 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTGATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** **
2509 CGAATGCATGGGTGACTATAGATAAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTC-
66 CGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCA
** * * *
2572 CTGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATGA
130 CT-ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * *
2637 ATTATGAGATTATAAAAGCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTTCGGAGACTTAAGC-AGCTATAA
194 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCTA-CTATAA
* * * * * * * *
2701 GTGGACTTTTTTTGCCAATGGAAGACTTTTGCTTCATGTGT-CTCGAAGAAAACATCCAATTACA
258 ATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTACA
* * * *
2765 GTATATTTTAACAAAACTGT
322 ATATATTTTAAAAAAAATAT
* * * ** *
2785 AAAACAATTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTC
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
2850 CGAACGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGGCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTGTCAC
66 CGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAC
* * * * * * * *
2915 TTTGTAAATATTTAAATATTTTCTGTTTTATCTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAAT
131 TATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * *
2980 TATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCTACCATAAATA
196 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCTACTATAAATA
* * * ** * * * *
3045 GAATTTTCATGCCAATCGATGAAATTTGCTACATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATAT
261 GACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTACAATAT
3110 ATTTTAATAAAAAAATAT
326 ATTTT-A-AAAAAAATAT
3128 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
3193 CGAACGCATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTCTTTAT-TTTCTA
66 CGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-A
* * * * * * *
3257 -GATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCGAAAATACAATAAAATTCAACATAAAATGAA
130 CTATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * * * *
3321 TTATAAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTACTAAGGGTTTTGAAGACTTAAG-TGACTATATA
195 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCT-ACTATAAA
* * * * * *
3385 TAGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGCGGTAAACATTCAATTGCAAC
259 TAGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTACAAT
* * *
3450 ATATGTTAGCAAAAAATGT
324 ATATTTTA-AAAAAAATAT
* * *
3469 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGTCTTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
3534 CAAACGCATGGATGGCTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTAG
66 CGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAC
* * * *
3599 TATGTAGACATTCAAACATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACATAAAATCAAT
131 TATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * *
3663 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACGAATACTTAAGCAACTATAAACT
196 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCTACTATAAA-T
* * * * * * * *
3728 -GATTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTTAATTACAATA
260 AGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTACAATA
3792 TATTTTAAGAAAAAATAT
325 TATTTTAA-AAAAAATAT
* * * * * *
3810 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TGAG-TTGTGAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** * * * * * * *
3873 TCTAAGGTTTGGATGACTATAGAAGGACTTCTCTTGCCAATGACTGGATTTTTCTTCAGGTTTCC
65 TCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCA
* * *
3938 CTATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTCACCAAAAATATAAGAAAATTTAACTTAAAATCAA
130 CTATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
4003 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAGACTTTCAAAGATTTAAG-TGACCACAAA
195 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCT-ACTATAAA
* * * *
4067 TGGGCTGTTCTTGCCAATGGATGACTTTTTGCCTCATGTTTC
259 TAGACTTTTCTTGCCAATGGATGAC-TTTTGCTTCATGTTTC
4109 TCAAGGCAAA
Statistics
Matches: 1098, Mismatches: 208, Indels: 35
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 116 0.11
341 640 0.58
342 224 0.20
343 118 0.11
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAC
TATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCTACTATAAATA
GACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTACAATAT
ATTTTAAAAAAAATAT
Found at i:3738 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2445--4107 Score: 1156
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
2435 NNNNNNNNNA
* * * * *
2445 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAATCAAGTGATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* ** * * * **
2510 GAATG-CATGGGTGACTATAGATAAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCC
66 GAA-GACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTT--
* *
2573 T-GATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAATAAAAAATGT
127 TAGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * * * *
2615 AAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAAGCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTT
1 AA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
2680 CGGAGACTTAAGCAGCTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAATGGAA-GACTTTTGCTTCATGTGTCT
65 CGAAGACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTT
* * * * * * * * * * *
2744 CGAAGAAAACATCCAATTA-CAGTATATTTTAAC-AAAACTGT
128 AGATGTAGACATTCAAATATTA-TCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * ** *
2785 AAAACAATTTTACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTC
1 AAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * * * *
2850 CGAACG-CATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGGCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTGTCA
65 CGAA-GACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTA
** * * * * * *
2914 CTTTGTAAATATTTAAATATTTTCTGTTTTATCTAAAAATAT
129 -GATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * *
2956 AAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *** * *
3021 TGAAGACTTAAGCT-ACCATAAATAGAATTTTCATGCCAATCG-ATGAAATTTGCTACATGTTTC
65 CGAAGACTTAAG-TAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
* * * * * * *
3084 TTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAATAT
127 TAGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAAATAT
3128 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
3193 CGAACG-CATAGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTCTTTAT-TTTCT
65 CGAA-GACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-T
** *
3256 AGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCGAAAATAC
128 AGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * * * * * *
3298 AATAAAATTCAACATAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTACTAAGGGTTT
1 AA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
3363 TGAAGACTTAAGTGACTATATATAGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
65 CGAAGACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT--T
** * * * * * * *
3428 -GCGGTAAACATTC-AAT-TGCAACATATGTTAGCAAAAAATGT
128 AGATGTAGACATTCAAATAT-TATC-TGTTTTAACAAAAAATAT
* * *
3469 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGTCTTT
1 -AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * ** * * * *
3534 C-AA-ACGCATGGATGGCTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTT
65 CGAAGACTTA-AG-TAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
* * *
3597 AGTATGTAGACATTCAAACATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT
128 AG-ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * * *
3640 AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTAC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
3705 GAATACTTAAGCAACTATAAACT-GATTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT
66 GAAGACTTAAGTAACTATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT--T
* * * * ** * * *
3769 A-AGGCAGACATTTAATTACAATATATTTTAAGAAAAAATAT
128 AGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * * * * *
3810 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATT-TGAG-TTGTGAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTT
1 -AAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** * * * * * *
3873 TCTAAG-GTTTGGATGACTATAGAA-GGACTTCTCTTGCCAATGACTGGATTTTTCTTCAGGTTT
64 TCGAAGACTTAAG-TAACTATA-AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
*** * * *
3936 CCCTATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTCACCAAAAATAT
127 -TAGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * *
3980 AAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAGACTTT
1 AA-AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * * * *
4045 CAAAGATTTAAGTGACCACAAATGGGCTGTTCTTGCCAATGGATGACTTTTTGCCTCATGTTT
65 CGAAGACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTT
4108 CTCAAGGCAA
Statistics
Matches: 1144, Mismatches: 297, Indels: 102
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.02
170 486 0.42
171 488 0.43
172 145 0.13
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTAGA
TGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT
Found at i:4512 original size:171 final size:164
Alignment explanation
Indices: 4192--4518 Score: 316
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 164
4182 NNNNNNGCTT
* * *
4192 TTTCTTCACTTTTCCTGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATATAAGAAAAT
1 TTTCTTCACTTTTCCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATACAAGAAAAT
* *** **
4257 TCAACTTAAAATGAATTATGANNNNNNNNNNCCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCA
66 TCAACATAAAATGAATTATGA-------GATCCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAACA
** *
4322 TAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTG
124 TAGCAGACTATAGATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGGTTG
* *
4363 TTTCTTTACTTTTCCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATACAA-AACAA
1 TTTCTTCACTTTTCCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATACAAGAA-AA
* ***
4427 TTCAACATAAAATTAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAAC
65 TTCAACATAAAATGAATTATGAGAT-------CCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAAC
* *
4492 TTAAGCAG-CTATATATGGACTTCTCTT
123 AT-AGCAGACTATAGATGGACTTCTCTT
4519 ACTAATGGAT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 20, Indels: 18
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 122 0.96
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (164 bp):
TTTCTTCACTTTTCCTAATGTAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATACAAGAAAAT
TCAACATAAAATGAATTATGAGATCCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAACATAGCAGA
CTATAGATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGGTTG
Done.