Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402673.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5738.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3024
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Found at i:652 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 8--3024 Score: 1911
Period size: 171 Copynumber: 17.8 Consensus size: 169
1 TCTAAGG
* * * * ** * *
8 CTTAGGTGACTATAGAA-GGACTTTTCTTGCCAAT-TACCGACTTTTTCTTCATGTTTCCTTATG
1 CTTAAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTACCAATGGA-TGACTTTTTCTTCACATTTTC-TAGG
* * * * * * * * *
71 TAGACATTTAAATATTATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATG
63 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** **
136 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGACTTTTAAATT
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * * * * * * * * *
179 GTTAAGTCACTACAAATAGATTTTTTTTGCAAATGGATTACTTTTACCTAAC-GTTTCTAGAGGC
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCT--AGGT
* **
243 AGACATTCAATAATAATATATTTT-A-AAAAAATATAAAAAAATAAAACTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
306 GACTATAAAACCATTTACAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAACA
128 GATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* ** * * * * * ** * * *
348 CATGGGTGATTATAGATGGACGTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCTT--CATTTTTTTGTGAT
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAG-G-T
* * * * * * *
411 AGACATTTAAATATTATATGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTCCACTTAAAATTAATTATAA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
476 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGATTACGGAGA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * ** *
518 CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAACTTTGGCTTCACATTTTCATAGGGA
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTC-TAGGTA
* * * *
583 GACATTCAATTATAGTATATTTTAATAAAAAATATAAAAAGATTCAACTTCAAATCAAATATGAG
65 GACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *
648 ATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGG
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGA
** * * * * * * *
690 CATT--GTGACTATGGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTATGCACATTTCCCTATGT
1 C-TTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTT-TCTAGGT
* * * * * * *
753 AGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACGAAAAATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
818 ATTATAAAACCGTTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTTGAAGA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * *
859 CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTCTGC--CTCTTGTTTCTAGAGG
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACAT-TTTCT--AGG
* * * * * * * * *
922 CA-ATCATTCAATTAGAATATATTATACCAACAAATGTAAAAAAATTTAACTGAAACTCAATTAT
63 TAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * **
986 GAGATTCA-AAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTAAACG-
126 GAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GA
* * * * ** * * * *
1030 CATGAGTCACTATATATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TTTTTCTTAATGT
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTC-T-AGGT
* * * * * * * * *
1094 AGACATTCAAATATTATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTATAA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * **
1159 AATCATAAAATTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * * * * *
1201 CTTAAGCGAGTATAAATGAACTTTTGTTGCCAATCGATAAATTTTGCTTCACGTTTT-TCAGGAT
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCT-AGG-T
* * * * *
1265 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGTGAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** *
1330 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* ** * ** * * * * * * *
1372 CATGTGTGACTTTTGATGGACTTTTCCTATCAAT-GATTAGTTTTTTCTTCACGTTTCCCTATGT
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTTTTCTTCACATTT-TCTAGGT
* * * * ** * * * * *
1436 AGACATTTAAATGTTACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*** * *
1501 GATTATAAAACCATTTAATTAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
** * * * * * ** * * *
1543 CTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGCATGACTTTTACCTCATGTTTCTCGATGCA
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTT-TCTAGGTA
* **
1608 GACATTCAATTATAATAGATTTTAACAAAAACATATAAAGAAATTCAACACAAAATCAATTATGA
65 GACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA-ATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** **
1673 GATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATTCGGCTTTCGAACG-
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GA
* ** * * * * ** *
1715 CATGGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTC-CCGTTTCTTAATGT
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTC-T-AGGT
* ** * * * * * * *
1779 AGACATTCAATTGTCTTCTGTTTTGACCAAAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
1844 -ATTTATAGAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGA
128 GA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* ** * * * * * * * * *
1886 ATTAAGCAACTATAAATGAACTTCTCTTACTAATGGATAACTTTTGCTTCATGATTCTCGAGGCA
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCA-CATTTTCTAGGTA
* * * *
1951 AATATTTAATTATAATATATTTTAATAGAAAAAGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
65 GACATTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
2015 GATTATACAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTCAAAGA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * * * *
2057 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATAACTTTTACCTCACGTTTCCTAATGCA
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCT-AGGTA
* * *
2122 GACATTCAATTATAATATACTTTAACAAAAAA-AGTAAAACAATTCAACTTAAAGTCTATTATGA
65 GACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATA-TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
2186 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT-A-AATGTTTTCAAACA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * **
2226 CATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATAAAT-AGCTTTTTCTTCAC-TTTTC------
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTTTTCTTCACATTTTCTAGGTA
* * * *
2283 --C---CAATGT-T-ATTTGTTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTCTACTTAAAA-CGAATTATG
65 GACATTCAAT-TATAATATATTTTAACAAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATG
** *
2340 AGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGA
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * *
2383 CTTAAGCGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGGATGACTTTTGCTTCAC-GTTTCTCAGGGA
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCT-A-GGT
* * * *
2447 AAACATTCAATTACATTATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAGTT-AACTTAAAATCTATTATG
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
2511 AGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* ** * * * * * * * *
2554 CATGGGTGACTATATATGGACTTCTCTTGA-TAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCCCTATGT
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTT-TCTAGGT
* * * * * *
2618 AGACATCCAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
2683 GACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT-GAAGA
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGA
* *** ** ** *
2725 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGGAAATGGATGACTTTCACCCCACATTTCCTAAGGTA
1 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCT-AGGTA
** * * * *
2790 GACATTCAATTGGAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAAT-AGCTTAAAATCAATTATAA
65 GACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
2854 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCTAATG-
128 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GA
** * ** * * * *
2896 -TATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTGATGT
1 CT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCT-AGGT
* * *
2960 AGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGA
64 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
3024 G
128 G
Statistics
Matches: 2167, Mismatches: 580, Indels: 199
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
154 1 0.00
155 58 0.03
156 10 0.00
157 55 0.03
158 1 0.00
159 1 0.00
166 1 0.00
167 3 0.00
168 36 0.02
169 163 0.08
170 285 0.13
171 1358 0.63
172 176 0.08
173 19 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAGGTAG
ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
Found at i:2111 original size:685 final size:676
Alignment explanation
Indices: 4--3024 Score: 2406
Period size: 685 Copynumber: 4.4 Consensus size: 676
1 TCT
* ** * * *
4 AAGGCTTAGGTGACTATAGAA-GGACTTTTCTTGCCAATTACCGACTTTTTCTTCATGTTTCCTT
1 AAGGCTTA-GTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGACTAACTTTTACTTCACGTTTCCCT
* * * *
68 ATGTAGACATTTAAATATTATCTGTTTGAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATT
64 ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * *
133 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGACTTTT-AAATTGTTAAGTCACTACAAATA
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-ACTTAAGTGACTATAAATA
* * * * * *
197 GATTTTTTTTGCAAATGGATTACTTTTACCTAACGTTTCTAGAGGCAGACATTCAATAATAATAT
192 GACTTTTCTTGCAAATGGATGACTTTTACCTCATGTTTCTAGAGGCAGACATTCAATTATAATAT
* * * * *
262 ATTTT-A-AAAAAATATAAAAAAATAAAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTACA
257 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * *
325 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAACACATGGGTGATTATAGATGGACGTTTCTTGCTAATAAATGGCT
322 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* ** * * * *
390 TTTTCTT-CATTTTTTTGTGATAGACATTTAAATATTATATGTTTTAACAAAAAATATAA-AGAA
387 TTTTCTTCCATTTCTTAATG-TAGACATTCAAATATTATCTGTTTT-ACCAAAAATGTAAGA-AA
** * * * * ** *
453 ATTCCACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGATTACGGAGA
449 ATTTAACTTAAAATGAATTATAA-ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGA
* * *
518 CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATAACTTTGGCTTCACATTTTCATAGGG
513 CTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACT-AATGGATAACTTTTGCTTCAGATTTTC--A-GG
* * * *
582 AGACATTCAATTATAGTATATTTTAATA-AAAAA-TATAAAAAGATTCAACTTCAAATCAAATAT
574 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAAAGTA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
** *
645 GAGATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCG
637 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCA
** * ** * *
686 AAGGCATT-GTGACTATGGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTA-TGCACATTTCCCT
1 AAGGC-TTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACT-AACTTTTACTTCACGTTTCCCT
* * *
749 ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACGAAAAAT-AAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATT
64 ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
813 ATGAGATTATAAAACCGTTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAAACTTAAGTGACTATAAATAG
* * * * *
878 ACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTCTGCCTCTTGTTTCTAGAGGCA-ATCATTCAATTAGAATAT
193 ACTTTTCTTGCAAATGGATGACTTTTACCTCATGTTTCTAGAGGCAGA-CATTCAATTATAATAT
* * * * * * *
942 ATTATACCAACAAATGTAAAAAAATTTAACTGAAACTCAATTATGAGATTCA-AAAACTATTTAA
257 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACTATTTAA
* * * * * * * * *
1006 AGTAAGTAATAAGACTTTTAAACGCATGAGTCACTATATATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC
321 AATGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGC
*
1071 TTTTTCTT-CATTTTTCTTAATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAGAA
386 TTTTTCTTCCA--TTTCTTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA-CCAAAAATGTAAGAA
* * * * *
1135 AATTTAACTTAAAATGAATTATAAAATCATAAAATTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAG
448 AATTTAACTTAAAATGAATTAT-AAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * *
1200 ACTTAAGCGAGTATAAATGAACTTTTGTTGCCAATCGATAAATTTTGCTTCACGTTTTTCAGGAT
512 ACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGGATAACTTTTGCTTCA-GATTTTCAGGA-
* * * *
1265 AGACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAATGTGAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGA
575 A-ACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
1330 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA
639 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* ** * ** * ** *
1368 AAGGCATGT-GTGACTTTTGATGGACTTTTCCTATCAATGATTAGTTTTTTCTTCACGTTTCCCT
1 AAGGC-T-TAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTAACTTTTACTTCACGTTTCCCT
* * * * *
1432 ATGTAGACATTTAAATGTTACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTAAAATCAATT
64 ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
1497 ATGAGATTATAAAACCATTTAATTAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACTTAAGTGACTATAAATAA
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAA-AAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACTTAAGTGACTATAAATAG
* * * * *
1562 ACTTTTCTTGCTAATGCATGACTTTTACCTCATGTTTCTCGATGCAGACATTCAATTATAATAGA
193 ACTTTTCTTGCAAATGGATGACTTTTACCTCATGTTTCTAGAGGCAGACATTCAATTATAATATA
* * *
1627 TTTTAACAAAAACATATAAAGAAATTCAACACAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
258 TTTTAACAAAAA-ATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
** * *
1692 ATGAGTAATTCGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTACCAATGAATGGCT
322 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * *
1757 TTTTCTTCCCGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTGTCT-TCTGTTTTGACCAAAAATGTAAGAAA
387 TTTTCTT-CCATTTCTTAATGTAGACATTCAAATAT-TATCTGTTTT-ACCAAAAATGTAAGAAA
* *
1821 ATTTAACTTAAAATGAATTATGAATTTATAGAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGA
449 ATTTAACTTAAAATGAATTAT-AAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGA
* * * *
1886 ATTAAGCAACTATAAATGAACTTCTCTTACTAATGGATAACTTTTGCTTCATGATTCTCGAGGCA
513 CTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGGATAACTTTTGCTTCA-GATTTTC-AGG-A
* *
1951 AATATTTAATTATAATATATTTTAATAGAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
575 AACATTCAATTATAATATATTTTAATAGAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
2016 ATTATACAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTCA
640 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * *
2053 AAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGA-TAACTTTTACCTCACGTTT-CCT
1 AAGGCTT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GACTAACTTTTACTTCACGTTTCCCT
* * * * ** * * * * *
2116 AATGCAGACATTCAATTATAATATACTTTAACAAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTAAAGTCTAT
64 -ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
2181 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT-A-AATG-TTTTCAAACACATAGGTGACTATAGAT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-ACTTAAGTGACTATAAAT
* * ** * * *
2243 GGACTTTTCTTATC-AATAAAT-AGCTTTTTCTTCA-CTTT-T-----C---C---CAATGT-T-
191 AGACTTTTCTT-GCAAATGGATGA-CTTTTACCTCATGTTTCTAGAGGCAGACATTCAAT-TATA
* * * * ** * *
2291 ATTTGTTTTAACCAAAAATATAGAAAAATTCTACTTAAAA-CGAATTATGAGATTATAAAATTAT
253 ATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACTAT
** * * * ** * * *
2355 TTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAA-GACTTAAGCGACTATAAATGGA-CTTCTCTTCCCAATG
317 TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACCTT-TCTTGCCAATG
* * * * * ** * * * * * * *
2418 GATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCAGGGAAAACATTCAATTACATTATAT-TTTAACAAAAAATA
380 AATGGCTTTTTCTTC-CATTTCTTAATGTAGACATTCAA--ATATTATCTGTTTTACCAAAAATG
* * ** * * * ** *
2482 TAAAAAAAGTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTT
442 TAAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTAT-AAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * ** * * * * * * * *
2547 TCGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTCTCTTGA-TAATGAATGATTTTTTCTTCACG-TTT
506 TTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTCTT-ACTAATGGATAACTTTTGCTTCA-GATTT
* * * * * * * * * *
2610 CCCTATGTAGACATCCAAATATTATCTATTTTAACCA-AAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAAT
569 -TC-A-GGAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAGAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
2674 CAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTT-G
630 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCA
* * ** * * ** *
2721 AAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGGAAATGGA-TGACTTTCACCCCACATTT-CCT
1 AAGGCTT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GACTAACTTTTACTTCACGTTTCCCT
* * *** * * * * *
2784 AAGGTAGACATTCAATTGGAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAAT-AGCTTAAAATCAA
64 -ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** ** *
2848 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCT--AATGTATGGGTGACTATAG
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTTT-TGAAAACT-TAAGTGACTATAA
* * * * * ** * * * * * *
2911 ATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTTGATGTAGACATTCAAATATT
189 ATAGACTTTTCTTG-CAAATGGATGACTTTTACCTCATGTTTCTAGAGGCAGACATTCAATTATA
* *
2975 ATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAG
253 ATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAG
Statistics
Matches: 1896, Mismatches: 365, Indels: 155
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
667 8 0.00
668 429 0.23
669 32 0.02
670 56 0.03
671 7 0.00
672 2 0.00
673 1 0.00
676 1 0.00
679 1 0.00
680 128 0.07
681 76 0.04
682 146 0.08
683 338 0.18
684 199 0.10
685 462 0.24
686 8 0.00
687 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (676 bp):
AAGGCTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTAACTTTTACTTCACGTTTCCCTAT
GTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAACTTAAGTGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCAAATGGATGACTTTTACCTCATGTTTCTAGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTT
TAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGA
GTAATAAGGCTTTTGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT
CTTCCATTTCTTAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTACCAAAAATGTAAGAAAATTTAAC
TTAAAATGAATTATAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCG
ACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGGATAACTTTTGCTTCAGATTTTCAGGAAACATTCAATT
ATAATATATTTTAATAGAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
Done.