Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402674.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5739.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:646 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--2348 Score: 1666
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 167
* * * * * *
1 GAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTGTTCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTC
1 GAAGGAAT-GG-TGACTATAAATGGACTTTTT-TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-C
* * * * * * *
65 A-AGCCAGACAATCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAA
62 AGAGACTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* **
129 TTACGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
126 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * *
171 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTACTCAATGAAT-GATTTTTTTTTATGTTTCCCG
1 GAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAG
* * * * * * *
235 TG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAGCAAAAATATTATAAAACTCAACTTAAAATGAAT
64 AGACT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** ** *
299 TACGAGGTTACAAAATAATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTCC
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-T
* * * * * *
341 GAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTTCTA
1 GAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCA
* ** * * * * *
405 AAG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCCAATATGTAAAAAAATTTAACTTAGAATTAAT
63 GAGACTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
469 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
510 GAAAGGAATAGGTGACTACAAATGGAGCTTTCTCACTAATAAATGGCTTTTTCTTCACATGTCCA
1 G-AAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCA
* ** * *
575 GAGACTGACATTCTATTATAGCCTGTTTTAACAAAAATTGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
63 GAGACTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
640 TATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTT
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTT
* * * * * * *
682 GATGGAATAGGTGACTACATAT-GACTTTTTTTGCTAATGATTGGCTTTTTCTTTACGTTTTTCA
1 GAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCA
* ** * * *
746 -AGGCAAACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAGATAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAAACAA
63 GAGACTGACATTCAATTATAATC-TGTTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
809 TAATAAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTT
126 TTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
851 AAAAGGTATAGGTGACTACAAATGGAGCTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATGTCTA
1 -GAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCA
* * * * * *
916 GAGACTGGCATTCTATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
63 GAGACTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
981 TATGAGATTATAAAACCATTTTACGTAAGTAATAAGTCCTTT
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTT
* * * ***
1023 G-ATGAGATGGATGACTATAAAT-AACTTTTTTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTTT
1 GAAGGA-ATGG-TGACTATAAATGGACTTTTTTA-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCA
* ** * * *
1086 GAGGCAAACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAACAA
63 GAGACTGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
1150 TCATGAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
126 TTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT
** * * * * * *
1193 GAAGGAATGAGTTTCCATAAATAGACATCTTTTGT-C-AGTGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
1 GAAGGAATG-GTGACTATAAATGGAC-T-TTTT-TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC
* * * * * * * *
1256 TGAGA-T-AAATAATCAATTTTAATATATTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATT-AAATTGAAAAT
62 AGAGACTGACAT--TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAAT
*
1318 CAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
123 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTT
* * * * * * * * *
1364 GAAGGAATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTGCTTCATGTTTTTCA
1 GAAGGAATG-GTGACTATAAATGGAC-TTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCCA
* * * *
1429 -AGA-TAGATATTCAGTTAT-ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAA
63 GAGACT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*
1491 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
126 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
1533 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
1 -GAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-C
* * *
1598 TAG-G--TAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAAAGTGAAAAAATTCAACTTAAAATC
62 -AGAGACT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
1660 -ATCAATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTT
124 AAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * ** **
1704 GAAAGGAATGAGTGACTACAAATAGAGTTTTTGCACCAATAAATACCTTTTTCTTCACAATTCCA
1 G-AAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTT-TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCA
* * * * * * * *
1769 GAGACTGACATTCTATTACAGTCTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAAC
63 GAGACTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * **
1834 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGTTTTT
127 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTT
* * * * ***
1876 GAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACCTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTTTG
1 GAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAG
* ** * * * * ** * *
1941 AGGCAAAAATTTAATTAT-AGCTTGTTTTAACCAAACGGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCGATT
64 AGACTGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
2005 ATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
128 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
2045 CGAAGGCATAGGTGATTATAAATAGG-CTTTTTTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTC
1 -GAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTC
* * * * *
2109 CA-AGA-TAGATATTCAATTATAATCTGTTTAAAGCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATC
61 CAGAGACT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
** * * *
2172 AATTACAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTT
124 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
2216 CAAAGGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCAGGTTTCTC
1 -GAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-C
* * * * *
2281 A-AG-GTAGACAATCAATTATAAT-TGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTA
62 AGAGACT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
2343 ATTATG
125 ATTATG
Statistics
Matches: 1719, Mismatches: 376, Indels: 166
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 150 0.09
170 736 0.43
171 790 0.46
172 34 0.02
173 7 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
GAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAG
ACTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
Found at i:742 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--2348 Score: 1790
Period size: 341 Copynumber: 6.9 Consensus size: 337
* * * * *
1 GAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTGT-TCCAATGAATAGTTTTTTCTTCAC-ATTTC
1 GAAGGAAT-GG-TGACTATAAATAGACTTTTT-TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC
* * * * * * * *
63 TCAAGCCAGACAATCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCA
63 TAAAG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* ** **
128 ATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
193 GGACTTTTTTACTCAATGAAT-GATTTTTTTTTATGTTTCCCGTG-GTAGACATTCAATTATAAT
192 GGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGACT-GACATTCAATTATAAT
* * * * * * **
256 CTGTTTTAAGCAAAAATATTATAAAACTCAACTTAAAATGAATTACGAGGTTACAAAATAATTTA
255 CTGTTTTAA-CAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
321 AA-AAGAGTAATAAGGCTTCC
319 AAGCA-AGTAATAAGGCTT-T
* * * * *
341 GAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAG-TCAATGAATGGC-TTTTCTTCACGTTTTCT
1 GAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCT
* * * *
404 AAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCCAATATGTAAAAAAATTTAACTTAGAATTAAT
64 AAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * *
469 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATAGGTGACTACAAATG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG-AAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * **
534 GAGCTTTCTCACTAATAAATGGCTTTTTCTTCACATGTCCAGAGACTGACATTCTATTATAGCCT
193 GA-CTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGACTGACATTCAATTATAATCT
*
599 GTTTTAACAAAAATTGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAA
257 GTTTTAACAAAAA-TGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
664 GCAAGTAATAAGGCCTTT
321 GCAAGTAATAAGG-CTTT
* * * * * *
682 GATGGAATAGGTGACTACATAT-GACTTTTTTTGCTAATGATTGGCTTTTTCTTTACGTTTT-TC
1 GAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCT-
* * * *
745 AAGGCAAACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAGA-TAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAAACA
64 AAAGCAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
808 ATAATAAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTAAAAGGTATAGGTGACTACAA
127 ATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * * * *
872 ATGGAGCTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTTCACATGTCTAGAGACTGGCATTCTATTATAG
190 ATGGA-CTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGACTGACATTCAATTATAA
*
937 TTTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTT
254 TCTGTTTTAAC-AAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
1002 TACGTAAGTAATAAGTCCTTT
318 AAAGCAAGTAATAAG-GCTTT
* * *
1023 G-ATGAGATGGATGACTATAAATA-ACTTTTTTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTTT
1 GAAGGA-ATGG-TGACTATAAATAGACTTTTTTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCT
* * * * * *
1086 GAGGCAAACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAAACAA
64 AAAGCAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * ** *
1150 TCATGAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTTTCCATAAA
128 TTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * ** * *
1214 TAGACATCTTTTGT-C-AGTGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGA-T-AAATAATCAATTT
191 TGGAC-T-TTTT-TACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGACTGACAT--TCAATTA
* * * * * * * *
1275 TAATATATTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATT-AAATTGAAAATCAATTACGAGATTATAAAACC
251 TAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTTAAAAAATTCAACTT-AAAATGAATTATGAGATTATAAAACC
*
1339 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
314 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTT
* * * * * * * *
1364 GAAGGAATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTT-GCCAATAAATGCCTTTTGCTTCATGTTTT-T
1 GAAGGAATG-GTGACTATAAATAGAC-TTTTTTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCT
* * * * * *
1427 CAAG-ATAGATATTCAGTTAT-ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCA
64 AAAGCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* *
1490 ATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * *
1555 TAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAG-G--TAGACATTCAATTAT
191 TGGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-C-AGAGACT-GACATTCAATTAT
* * * * * *
1617 AATCTGTTTGAACTAAAAAAGTGAAAAAATTCAACTTAAAAT-CATCAATGGGATTATAAAACCA
252 AATCTGTTTTAAC-AAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAAT-TATGAGATTATAAAACCA
** *
1681 TTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTT
315 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** **
1704 GAAAGGAATGAGTGACTACAAATAGAGTTTTTGCA-CCAATAAATACCTTTTTCTTCAC-AATTC
1 G-AAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTT-TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC
* * ** * * * * * *
1767 CAGAGACTGACATTCTATTACAGTCTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGA
63 TAAAG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * ** *
1832 ACTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGTTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAA
127 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * *** * ** * * *
1897 TGGACCTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTTTGAGGCAAAAATTTAATTAT-AG
191 TGGA-CTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGACTGACATTCAATTATAAT
* ** * * * *
1961 CTTGTTTTAACCAAACGGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCG-ATTATAAGATTACAAAACCATTT
255 C-TGTTTTAACAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAAT-GAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
2025 AAAGCGAGTAATAAGGCTTT
318 AAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
2045 CGAAGGCATAGGTGATTATAAATAGGCTTTTTTAG-TCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTC
1 -GAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC
* * * * * *
2109 -CAAG-ATAGATATTCAATTATAATCTGTTTAAAGCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATC
63 TAAAGCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
** * * * * * * *
2172 AATTACAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAA
126 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
2237 ATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCAGGTTTCTCA-AG-GTAGACAATCAATTAT
190 ATGGACTTTTTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CAGAGACT-GACATTCAATTAT
* *
2300 AAT-TGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATG
252 AATCTGTTTTAAC-AAAAATGTTAAAA-AATTCAACTTAAAATGAATTATG
Statistics
Matches: 1610, Mismatches: 315, Indels: 165
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 105 0.07
340 146 0.09
341 1135 0.70
342 201 0.12
343 22 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
GAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTTTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAA
AGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGACTGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAG
TAATAAGGCTTT
Found at i:1729 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 1--2346 Score: 1922
Period size: 512 Copynumber: 4.6 Consensus size: 504
* *
1 GAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTT-T-GTTCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTC
1 GAAGGAATGGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTAG-T-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
* * * *
63 TCAAGCCAGACAATCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAACTTCAACTTAAAATC
63 TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATC
* * ** ** *
127 AAT-TACGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAA
126 AATCAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
* * * * * * * * * *
191 ATGGACTTTTTTACTCAATGAAT-GATTTTTTTTTATGTTTCCCGTGGTAGACATTCAATTATAA
191 ATAGAC-TTTTT-GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACAATCAATTATAA
* * * * * * * * **
255 TCTGTTTTAAGCAAAAATATTATAAAACTCAACTTAAAATGAATTACGAGGTTACAAAATAATTT
254 T-TGTTTTAAGAAAAAATA-TAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTT
* ** * * * * * * *
320 AAA-AAGAGTAATAAGGCTTCCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAAT
317 AAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATAAAT
* * *
384 GGC-TTTTCTTCACGTTTTCTAAAGCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCCAATATGTA
380 GGCTTTTTCTTCACGTTTT-T-AAG-ATAGACATTCAATTATAGT-TGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
446 AAAAAATTTAACTTAGAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
441 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
510 GAAAGGAATAGGTGACTACAAATGGAGC-TTTCTCACT-AATAAATGGCTTTTTCTTCACATGTC
1 G-AAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCT-AGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
* * * ** * *
573 -CAGAGACTGACATTCTATTATAGCCTGTTTTAACAAAAATTGTTAAAAAATTCAACTTAAAATG
63 TCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAG-TAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
637 AAT-TATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGATGGAAT-AGGTGACTAC
126 AATCAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGAATGA-GTGACTAT
* * * * * * * *
700 ATAT-GACTTTTTTTGCTAATGATTGGCTTTTTCTTTACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTAT
189 AAATAGACTTTTTGT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACAATCAATTAT
* * * *
764 AACTTGTTTT-AGATAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAAACAATAATAAGATT-TAAAAACC
252 AA-TTGTTTTAAGA-AAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTACAAGATTAT-AAAACC
* ** * * *
827 ATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTAAAAGGTAT-AGGTGACTACAAATGGAGCTTTCTTACCAAT
313 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
891 AAATGGCTTTTTCTTCACATGTCTAGAGACT-GGCATTCTATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAAT
376 AAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTA-AGA-TAGACATTCAATTATAG-TTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
955 GTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTTACGTAAGTAATAAGTCC
438 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG-GC
1020 TTT
502 TTT
* * * * * *
1023 G-ATGAGATGGATGACTATAAATA-ACTTTTTTAG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTT
1 GAAGGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT
** * * * *
1085 TGAGGCAAACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAGCTAAAAAT-GTAAAAAAATTAAACTTAAAAAC
64 CAAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAAC-AAAAATAGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
* ** *
1148 AATC-ATGAGATT-TAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTTTCCAT
126 AATCAATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAATGAGTGACTAT
* * * * * * *
1211 AAATAGACATCTTTTGTCAGTGAACGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAATAATCAATTTT
189 AAATAGAC-T-TTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACAATCAATTAT
* * *
1276 AATATATTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTAAATTGAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCAT
252 AAT-TGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTAACTT-AAAATCAATTACAAGATTATAAAACCAT
* *
1341 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGGCTATAAATGGACATTTCTTGCCAATAAA
315 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATAAA
* * * * *
1406 TGCCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGATAGATATTCAGTTATA-TATGTTTTAACCAAAAATGTAA
379 TGGCTTTTTCTTCACGTTTTT-AAGATAGACATTCAATTATAGT-TGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
1470 AAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
442 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* **
1533 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
1 -GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC
* * *
1598 TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACTAAAAA-AGTGAAAAAATTCAACTTAAAATC-A
65 AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATAGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
1661 TCAATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTGAAAGGAATGAGTGACTACAAA
128 TCAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG-AAGGAATGAGTGACTATAAA
* * * ** ** * * * * *
1726 TAGAGTTTTTGCACCAATAAATACCTTTTTCTTCACAATTC-CAGAGACT-GACATTCTATTACA
192 TAGACTTTTTG--TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAG-GTAAACAATCAATTATA
* * ** * * *
1789 GTCTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAACTATAAGATTATAAAACCATT
253 AT-TGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
1854 TAAAGCAAGTAATAAAGTTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATGGACCTTTTTTGCCAATGAAT
316 TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCCAATAAAT
* * ** * * * **
1919 GGCTTTTTCTTTACGTTTTTTGAGGCAAAAATTTAATTATAGCTTGTTTTAACC-AAACGGTAAA
380 GGCTTTTTCTTCACG-TTTTTAAGATAGACATTCAATTATAG-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
1983 AAAATTCAATTTAAAATCGATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
443 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
2045 CGAAGGCATAGGTGATTATAAATAGGCTTTTTTAGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTT-TC
1 -GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-
** * * *
2109 CAAGATAGATATTCAATTATAATCTGTTTAAAGCAAAAATA-TAAAAACATTTAACTTAAAATCA
64 CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
2173 ATTACA--AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGACTTTCAAAGGCATGAGCGACTATA
127 ATCA-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGAATGAGTGACTATA
* * * *
2236 AATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCAGGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATA
190 AATAGACTTTT-T-GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACAATCAATTATA
** * *
2301 ATTGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTA
253 ATTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTA
2347 TG
Statistics
Matches: 1469, Mismatches: 286, Indels: 162
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 18 0.01
510 151 0.10
511 414 0.28
512 830 0.57
513 47 0.03
514 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (504 bp):
GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCA
AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCA
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGA
CTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACAATCAATTATAATTGTTTT
AAGAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTT
CACGTTTTTAAGATAGACATTCAATTATAGTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
Done.