Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402675.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_574.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11658
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Warning! 715 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1464 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--3829 Score: 2923
Period size: 171 Copynumber: 22.5 Consensus size: 170
* * * * * *
1 TATAAAACTA-TTAGAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG-GATAACTATAAACGGACTTT
1 TATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTT
** * *
64 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
64 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
**
129 ACTAAAAATGTAATAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGAT
128 ACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
173 TATAAAACTATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
237 -TGTGCCATTGGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTCAATTATAATCAG
65 CT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATT--ATAAT-AT--G
* **********
301 TTTTAACCAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
123 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
349 TATAAAGCCATTTGAAGCTAGAAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * ***
414 TTTCCAATGAAAGTCTATTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATGATAACCCGTTTTAAC
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* **********
479 CAAAAATGTAAAAAAA-TNNNNNNNNNNTCAATTATGAGAT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
519 TATAAAACTATTTGAAA-CGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATG-GCTGACTATAAATGAACTTT
1 TATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * * *
582 T-TTATCCAATAAATGGC-TATTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTATATT
64 TCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
* ** * *
645 AACCAAAAACATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCT
127 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** * * *
689 TATAAAATCATTTAACGTGAGTAATAAGGATTTCGGAGGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *
754 TTACCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTC-A--TATTCATT--ATTAT--TATG-TTTAACA
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
*
811 AAAAATGT--AAAAGTTC-ACTT-AAATCAATTATGAGAT
131 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
847 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGGGTGGC--T--ATGGGCTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * * * * *
908 TTGCTAATGCATAACTTTTTCTTCATG-TTTCCAGATTCAAACATTCATTTATAATAT-TTCTAA
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAG-GT-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* *
971 CTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
1013 TACAAATCCCTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
1078 TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCTCTGACGTAGGCATTCAATTATAA-ATTGTTTTAA
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAA
** * *
1142 CTAGGAATGCAAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
129 CTAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
1185 TATAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGTCATTG-GTAACTATAAATAGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
1249 CTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTTCATAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
65 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
1314 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGAT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
1356 TATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATGGATTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
1421 TTGCCAATGCATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* *
1486 TAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * **
1527 TATAAAACCATTTGAAGCGAGCAACAAGGC-TTCTGAAGGCAT-AGGTGAGTATAAATACACTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
* * ** * *
1590 TCTTGTCAATGAATGACTTTTT-TTCATGTTTTTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTT
64 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATATGTTTT
* * * * *
1653 AACAAAAAATATAAAAAACTTCAACCTAAAATCAGTTATGAGAT
127 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
1697 TACAAAATCATTTAAAGCAACTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
1762 TTGCCCATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTT-TAGATTCAAACATTCATTTATAATATATTTTAA
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAG-GT-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
1826 -TAAAAAATATAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
129 CT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
1868 TACAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGC-TTAG-GTAGCTATAAATGGACTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTG-A-CTATAAATGGACTTT
* * *
1931 TCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTTC-AGATTCAGACATTCAATTATAATATATTTT
64 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAG-GT-AGACATTCAATTATAATATGTTTT
* * * ** *
1995 AACCAAAAATGCAGAAATGTTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
127 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
2039 TATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
*** ** * ** * *
2104 TTATTAATGAACAGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGATTTAGACATTTATTTATAATAT-TTTTAAC
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * * * *
2168 CAAAAATGTAAATAATTTCAATTTAGAATCAATTATGAGAT
130 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
2209 TACAAATCCCTTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * *
2274 TTGCTGATGAATGGCTTTTTGTTCACGTTTTCTAAGGT-GAACATTCAATTATAA-ACTGTTTTA
66 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAG-ACATTCAATTATAATA-TGTTTTA
* * *
2337 ACCAGAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA-
128 ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
2379 TATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGTTTTC-GATGC-TTAGGTGACTATAAATAGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** * * * * ** * *
2442 CATGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAATATTCAATTATAATACATGTTCA
65 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
2507 -TCAAAATCCTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-ATTATGAGAT
129 CTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * *
2548 TATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTGAGTGGCCATAATTGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** * *
2613 TT-CTCAATGAATGACGTTTTT-TTCACAGTTTTGGA-TTCAGACATTCAATTATAATATATTTT
66 TTGC-CAATGAATGGC-TTTTTCTTCA-TGTTTTCAAGGT-AGACATTCAATTATAATATGTTTT
* * *
2675 AACCAAAAATGT-GAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
127 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
2718 T-TCAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTAGGTGGCTATAAATGGACTTT
1 TAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC-TT
* * * * ** * *
2781 TTTTTGCTAATGAATAG-TTTTTTTTCATGTTTTTTAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA
63 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * *
2845 ACCAGAAATGTAAAAAAAATTTAACTTAAGATCAATTATGAGAT
128 ACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
2889 TATAAAATCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTGTCGAAGGCAT-AGGTGATTATAAATAGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC-TTT
* * *
2953 TCTAT--CAATGGATGGCTATTTT-TAT-ACGTTTCTCAAGAG-AGACATTCAATTATAA-ATTT
64 TCT-TGCCAATGAATGGCT-TTTTCT-TCATGTTT-TCAAG-GTAGACATTCAATTATAATA-TG
* * **
3012 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGAT
123 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** ** * * *
3060 TATAAAAGCATTTATAGTGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCTTGAGAGACTATAAATGTACTTTT-
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * ** * * * * * * *
3124 TGTGCTC-CTGAATTACTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAATATTCAATTATAGTATATGTTA
66 T-TGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * *
3188 A-TCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGAT
128 ACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
3231 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGC-TTAGGTGGCTGTAAATGGAATTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
3295 CTTACCAATGAATGG---TTT-TTCACGTTTTCGGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
65 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * *
3356 CTAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAATCAATTATGAAAT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * ** *
3398 TATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGAATAAAAATAAATGAACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * ** * * * **
3463 TAT-CCAATGGATGGGC-TTAGCTTCACGTTTTTTGAGGTA-AAACTTTAGTTATAATAAATTTT
66 T-TGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATG-TTTTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATATGTTTT
* * * * *
3525 AACTAACAATAT-AACAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGAT
127 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
3568 TATAAAACTATTTAAAGC-AGGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
3632 CTTGCCAATGAATAGC-TTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
65 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * *
3696 CTAAAAATATAAAAAAATGCAACTGAAAGTCAATTATGATAT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** ** * * *
3738 TCTGAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTAACTATAAATAGACTTTT-
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
3802 TTCGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG
66 TT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
3830 GTTCCTATAA
Statistics
Matches: 2909, Mismatches: 612, Indels: 273
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
153 4 0.00
154 34 0.01
156 1 0.00
157 1 0.00
158 60 0.02
159 4 0.00
160 10 0.00
162 27 0.01
163 2 0.00
164 8 0.00
165 9 0.00
166 55 0.02
167 131 0.05
168 27 0.01
169 287 0.10
170 822 0.28
171 986 0.34
172 290 0.10
173 14 0.00
174 7 0.00
175 7 0.00
176 108 0.04
177 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:1841 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1--3829 Score: 2946
Period size: 512 Copynumber: 7.5 Consensus size: 509
* * * * * * *
1 TATAAAACTA-TTAGAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATG-GATAACTATAAACGGACTTT
1 TATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGAGTATAAATGGACTTT
* * * * *
64 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
64 TCTTGTCAATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTA
* * ** * * * *
129 ACTAAAAATGTAATAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACTATTTACAGTGAG
128 ACCAAAAATAT-A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
194 TAATAAGGCTTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCATTGGATAGCTTTT
191 TAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATAGCTTTT
* * * ******
257 TCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAAAAATNNNNNN
254 TCTTCATGTTT-TTAGA-GTAAACATTCAATT--ATAAT-AT-A-TTTTAACCAAAAATGTAAAA
**** * * * **
321 NNNNTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTGAAGCT-AGAAATAAGACTTTCGA
312 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTAA
* * * * *
385 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAAGTCTATTTCTTCATGTTT-TCCAA
376 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TTTCTTCATGTTTCT-CAA
* *** * **********
449 GGTAGACATTCAATGATAACCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TNNNNNNNNNNTCAATTA
439 GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
513 TGAGAT
504 TGAGAT
* * * * *
519 TATAAAACTATTTGAAA-CGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATG-GCTGACTATAAATGAACTTT
1 TATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGAGTATAAATGGACTTT
* * * * * * ** * * * * * *
582 T-TTATCCAATAAATGGCTATTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACTTTCAATTATAATCTATATTA
64 TCTTGT-CAATGAATGACTTTTTTTCACGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * * *
646 ACCAAAAACATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAATCATTTAACGTGAGT
128 ACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * *
711 AATAAGGATTTCGGAGGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCT
192 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCT
* * * *
776 TCATG-TTTT-CA-T----ATTC-ATTATTAT-TATGTTTAACAAAAAATGT--AAAAGTTC-AC
257 TCATGTTTTTAGAGTAAACATTCAATTATAATATAT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
829 TT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGGGT
321 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGT
* * * * ** * *
893 GGC--T--ATGGGCTTTTCTTGCTAATGCATAACTTTTTCTTCATGTTTC-C-AGATTCAAACAT
386 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GT-AGACAT
* * * *
952 TCATTTATAATAT-TTCTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATGAATTATGAGAT
448 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
1013 TACAAATCCCTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTG-GCTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAG-TATAAATGGACTTTT
* * * * * *
1077 CTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCTCTGACGTAGGCATTCAATTATAA-ATTGTTTT
65 CTTGTC-AATGAATGACTTTTT-TTCACGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAATA-TGTTTT
* ** * * *
1140 AACTAGGAATGCA-AAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCG
127 AACCAAAAAT--ATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
1204 AGTAATAAGACTTTCGAAGTCATT-GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GACTT
189 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTT
* * * * *
1267 TTTCTTTATGTTTTCATAGA-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
252 TTTCTTCATGTTTT--TAGAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
1331 TTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGTCTTTTAAAGG
315 TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * * * *
1395 AATGAATGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGCATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGTA
379 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTA
* * * *
1460 GACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGAG
443 GACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1525 AT
508 AT
* * * * **
1527 TATAAAACCATTTGAAGCGAGCAACAAGGC-TTCTGAAGGCAT-AGGTGAGTATAAATACACTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGA-GTGAGTATAAATGGACTTT
* * *
1590 TCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTCATGTTTTTTGAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA
64 TCTTGTCAATGAATGACTTTTTTTCACGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * * *
1655 CAAAAAATATAAAAAACTTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAACTA
129 CCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
1720 ATAAGGCTTTCTAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCCATGAATAGCTTTTTCTT
193 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTT
* * * ** * *
1785 CACGTTTTTAGATTCAAACATTCATTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTCAACT
258 CATGTTTTTAGAGT-AAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
1850 TAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGC-TTAG-G
322 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTG
* *
1913 TAGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCTCTTCATGTTT-TC-AGATTCAGACA
387 -A-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT-TCTTCATGTTTCTCAAG-GT-AGACA
* * * * ** *
1976 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGCAGAAATGTTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
447 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * *
2039 TATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTC
* * * * *** * *
2104 TTATTAATGAA-CAGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGA-TTTAGACATTTATTTATAATAT-TTTTA
66 TTGTCAATGAATGA-CTTTTT-TTCACGTTTTCTGAGGCAAG-CATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * * * * *
2166 ACCAAAAATGTAAATAATTTCAATTTAGAATCAATTATGAGATTACAAATCCCTTTAAAGTGACT
128 ACCAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
* ** * *
2231 AATAAGGCTTTCAAAGG-TATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAATGGCTTTTTG
192 AATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC
* * * * *
2295 TTCACGTTTTCTA-AGGTGAACATTCAATTATAA-ACTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATTT
256 TTCATGTTTT-TAGA-GTAAACATTCAATTATAATA-TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
** ** * *
2358 AACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGATGC-TT
318 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATG
* * * ** * * * *
2420 AGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGACAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAAT
383 A-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
** * * * * *
2485 ATTCAATTATAATACATGTTCA-TCAAAATCCTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-ATTATGAGAT
446 ATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
2548 TATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTGAGTG-GCCATAATTGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAG-TATAAATGGACTTTT
* * ** *
2612 CTTCTCAATGAATGACGTTTTTTTCACAGTTTT-GGATTC-AGACATTCAATTATAATATATTTT
65 CTTGTCAATGAATGAC-TTTTTTTCAC-GTTTTCTGAGGCAAG-CATTCAATTATAATATGTTTT
* * * * *
2675 AACCAAAAATGTGAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTCAAAACTATTTAAAGCGAGT
127 AACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
2740 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGACTTTTTTTTGCTAATGAATAG-TTTTTT
192 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTC
* * * * *
2804 TTCATGTTTTTTAGA-TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAAAATTTA
256 TTCATG-TTTTTAGAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * **
2868 ACTTAAGATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTGTCGAAGGCAT-A
319 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGA
* *
2932 GGTGATTATAAATAGACTTTTTCTAT--CAATGGATGGCTATTT-TT-ATACGTTTCTCAAGAG-
384 -GTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCCAATGGATGGCT-TTTCTTCAT--GTTTCTCAAG-GT
* * * **
2992 AGACATTCAATTATAA-ATTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATG
442 AGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
3056 AGAT
506 AGAT
* * * ** * * * *
3060 TATAAAAGCATTTATAGTGAGTAATAAAACTTTTGAAGGCTTGAGAGACTATAAATGTACTTTT-
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * ** * * *
3124 TGTGCTC-CTGAATTACTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAAATATTCAATTATAGTATATGTTA
66 T-TG-TCAATGAATGACTTTT-TTTCACGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * *
3188 ATCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
128 ACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
3253 AGTAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGGCTGTAAATGGAATTTTCTTACCAATGAAT-G--GTTT-T
192 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCT
* ** * * * * * *
3314 TCACGTTTTCGGAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAAA
257 TCATGTTTTTAGA-GTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * ** ** * *
3379 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGAAT
321 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGT
* ** * ** * * ** *
3444 AAAAATAAATGAACTTTTCTAT-CCAATGGATGGGCTTAGCTTCACGTTTTTTGAGGTA-AAACT
386 GACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGAT-GGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA-T
* * ** * * * * *
3507 TTAGTTATAATAAATTTTAACTAACAATAT-AACAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGAT
448 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
3568 TATAAAACTATTTAAAGC-AGGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTT
* * * * *
3632 CTTGCCAATGAAT-AGCTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGC-AGACATTCAATTATAATTTGTTTTA
65 CTTGTCAATGAATGA-CTTTTTTTCACGTTTTCTGAGGCAAG-CATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * * * *
3695 ACTAAAAATATAAAAAAATGCAACTGAAAGTCAATTATGATATT-CTGAAACCATTTAAAGCGGG
128 ACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC-AAAACCATTTAAAGCGAG
** * * *
3759 TAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTAACTATAAATAGACTTTT-TTCGCCAATGAAT-GACTTTT
191 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATAG-CTTTT
3822 TCTTCATG
254 TCTTCATG
3830 GTTCCTATAA
Statistics
Matches: 2676, Mismatches: 502, Indels: 273
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
492 2 0.00
493 26 0.01
494 118 0.04
495 41 0.02
496 105 0.04
497 7 0.00
498 54 0.02
499 5 0.00
500 4 0.00
501 1 0.00
502 13 0.00
503 1 0.00
504 4 0.00
505 26 0.01
506 5 0.00
507 136 0.05
508 149 0.06
509 398 0.15
510 219 0.08
511 139 0.05
512 679 0.25
513 208 0.08
514 111 0.04
515 13 0.00
516 99 0.04
517 45 0.02
518 63 0.02
519 4 0.00
520 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGAATGACTTTTTTTCACGTTTTCTGAGGCAAGCATTCAATTATAATATGTTTTAACC
AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAT
GTTTTTAGAGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:6801 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6464--6892 Score: 446
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
6454 AATTATGAAC
* *
6464 TATTTTAA-ACAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATCTG
1 TATTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT-TT
* * * * *
6527 AAA-TGAGTAACAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGTCTTTAAATGGACTTTTTGTATCAATGGATG
64 AAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGAGTCTTCAAATGGACTTTTTGTATCAATGAATG
*
6591 ACTTTTCCTTCACGTCTCTTGAGATAAACATTTAATTATAATA
129 ACTTTTCCTTCACGTCTCTTGAGATAAACATTCAATTATAATA
** * *
6634 TATTTTAATTAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
6699 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGCAG-CTATCAATTGG-CTTTCCTTG-CT-AATGAA
66 AGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAG-AGTCT-TCAAATGGACTTT--TTGTATCAATGAA
* * * * *
6760 TGGCTTTTTCC-TCATGTTTCTTGATG-TAGACATTCAATTATAATC
127 TGAC-TTTTCCTTCACGTCTCTTGA-GATAAACATTCAATTATAATA
* * ** ** *
6805 TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGCATTTAACACAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAA
1 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
*
6870 AGTGAGTACTAAGACTTTC-AAGG
66 AGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
6893 GTATAGGTAA
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 35, Indels: 18
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 21 0.10
171 176 0.82
172 15 0.07
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAA
AGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGAGTCTTCAAATGGACTTTTTGTATCAATGAATGAC
TTTTCCTTCACGTCTCTTGAGATAAACATTCAATTATAATA
Found at i:7244 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6914--7255 Score: 390
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
6904 TTTTGTTGGA
* * * *
6914 AATGAATAGCTTTTTCTTTACATTTCCAGAGGTAGACATTCAAACATTATCTGTTTTTACCAAAA
1 AATGAATAGCTTTTTCTGTACATTTCCAGAGGCAGACACTCAAACATTATCTATTTTTACCAAAA
* * * * *
6979 TATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATATAATAAGGC
66 TATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAGATAAAAAAGC
* *
7044 TTTTAAAGGCATGGGTGACAATAGTTGGACTTTTCT-TGCC
131 TTTCAAAGGCATGAGTGACAATAGTTGGACTTTT-TGTGCC
** * *
7084 AATGAATAGCTTTTT-TGTATGTTTCTCA-AGGCAGACACTCAAATATTATCTATTTTTACTAGA
1 AATGAATAGCTTTTTCTGTACATTTC-CAGAGGCAGACACTCAAACATTATCTATTTTTACCA-A
* * ** *
7147 AATGT-AAAAAATTTAACTTAAATTCAATTACGAGATTATAGAACCATTTAAAACGAGA-AAAAA
64 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAAC-AGATAAAAA
* * *
7210 AGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAG-TGGACTTTTTGTGCC
128 AGCTTTCAAAGGCATGAGTGACAAT-AGTTGGACTTTTTGTGCC
7253 AAT
1 AAT
7256 TGATGACTTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 23, Indels: 11
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 117 0.81
170 26 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATGAATAGCTTTTTCTGTACATTTCCAGAGGCAGACACTCAAACATTATCTATTTTTACCAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAGATAAAAAAGC
TTTCAAAGGCATGAGTGACAATAGTTGGACTTTTTGTGCC
Found at i:7999 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 7692--9250 Score: 1158
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 167
7682 NNNNNNNNNN
* * * *
7692 AGTAATAAGG-TTTCTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
* * ** * * * *
7756 TGCTTTACATTTTCTA-AGGTAAATTTTCAATTGTAGTATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
64 TTC-TTACATTTTC-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATAT-TTTACCAAAAATGT-AAAAAAT
* *
7820 TCAACTTAAAATTAATTATGAAATAATAAAACTATTTAAAGCG
125 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * *
7863 AGTAATTAGGTTTTCGAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
* * *
7928 TCTTAACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATACATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAGTTT
65 TCTT-ACATTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA-CCAAAAATGTAAAAAA-TTC
*** * *
7993 AACTTAAAAT-AATTATGAGCCTACAAAACCT-TTTAAAGTG
127 AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CTATTTAAAGCG
* * * * *
8033 AGCAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTG-CAAATGAATGG-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTT
* ** * * * * *
8096 TTTTTCACATTTTTTGATGTAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAACCAATAATGTAAAACAATT
64 TTCTT-ACATTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ACCAAAAATGTAAAA-AATT
* * * * * *
8161 CAACCTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTG
126 CAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
* *
8203 AGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAAATAAATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTT
* * * * * * * * *
8267 TTCCT-CAAGTTTTCCA-AGGTAGGCATTTACTTATATTCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAGCAA
64 TTCTTAC-A-TTTT-CAGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ACCAAAAATGTAAA-AAA
* *
8330 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
124 TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * * * *
8374 AATAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTT-CCAATGAATGGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
* * * * * * * *
8438 TTATT-CATGTGTCCCGAGAATA-ACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAC
64 TTCTTACAT-T-TTCAGAG-GTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ACCAAAAATGTAAAAAA-
* *
8501 TTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCT-TTTAAAGTG
124 TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CTATTTAAAGCG
* * ** * *
8545 AGTAATAAGACCTTCGAAGGTGTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
* * ** * * * * * * * *
8610 TTTTCACATTTCCCA-AGAAAAAAAATCAATTATAATCTGTCTTAACAAAAATGAAAAAACATTC
65 TCTT-ACATTT-TCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTACCAAAAATGTAAAAA-ATTC
* * * *
8674 AAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCG
127 AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * *
8715 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGTCTATAAATGGAC-TTT-TTGTACCAATGGATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT--CAATGAATGGCTT
* * * * * ** *
8778 TTGCTT-CATGTCTCTTGAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATA
63 TTTCTTACAT-TTTC-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-ACCAAAAATGTAAAAA-A
* *
8842 TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCA
124 TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * **
8886 AGTTAA-AAGGCATTCGAAGGCATGAGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTG-CTAATGAATAACT
1 AG-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCT
* * *
8948 TTTTCTTTACGTTTT-TGAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAG
62 TTTTC-TTACATTTTCAG-AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA-CCAAAAATGTAAAAA-
* * * * *
9012 GTTCACCTTAAAATCAATTATGAGAA-TACAAAACCATTTAAAACG
123 ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-AATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * *
9057 AGTAATTAGGCTTTC-ATAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
* * *
9121 TTCTT-GATGTTTCCTA-AGGTAGACATTACAAATTAT--TTTTTTTTACCAAAAATGTAAAAAA
64 TTCTTACAT-TTT-C-AGAGGTAGACATT-C-AATTATAATATATTTTACCAAAAATGT-AAAAA
* * *
9182 ACTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGC-
123 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
*
9227 ATGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
1 A-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
9251 AGGTTTCTTG
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 194, Indels: 134
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 73 0.06
170 319 0.28
171 675 0.60
172 38 0.03
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
CTTACATTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTACCAAAAATGTAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
Found at i:8542 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 7692--11655 Score: 3060
Period size: 342 Copynumber: 11.7 Consensus size: 337
7682 NNNNNNNNNN
* * *
7692 AGTAATAAGG-TTTCTGAAGGCT-TGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCATGT-CAATGGATGGCT
1 AGTAATAAGGCTTTC-GAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCCAATGAATGGCT
* * * * * * * *
7754 TTTGCTTTACAT-TTT-CTAAGGTAA-ATTTTCAATTGTAGTATATGTTAACCAAAAATATAAAA
62 TTTTC-TT-CATGTTTCCTAAGATAACA--TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
* * * * * *
7816 AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGTTTTCGAA
122 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
7881 GGC-TTAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTT-AACATTTT-CAG
187 GGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATAGCTTTTTCTTCAA-GTTTTCCA-
* * *
7943 AGGCAGACATTCAATTATAATAC-ATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAAT-AAT
248 AGGCAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT
** * *
8006 TATGAGCCTACAAAACCT-TTTAAAGTG
311 TATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCG
* * * * * * *
8033 AGCAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGG-TTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTT
* ** ** * * *
8097 TTTTCACATTTTTTGATG-TAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAACCAATAATGTAAAACAATT
65 TCTTCATGTTTCCT-AAGATA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATT
* * * * *
8161 CAACCTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCAT
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * *
8226 GTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATGGCTTTTTCCTCAAGTTTTCCAAGGTAGGC
192 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCAAGGCAGAC
* * * * * *
8291 ATTTACTTATATTCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
256 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
8356 ATAAAACTATTTAAAGCA
320 ATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * *
8374 AATAATGAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTCCAATGAATGGTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCAATGAATGGCTTTT
* * ** * * *
8439 TATTCATGTGTCCCGAGAATAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTC
65 TCTTCATGTTTCCTAAG-ATAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTC
* * * * * *
8504 AACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTCGAAGG--TG
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * ** *
8567 TAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTTTTCACA-TTTCCCAAGAAAA
193 -A-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATAGCTTTTTCTTCA-AGTTTTCCAAGGCAG
* * * * *
8631 AAAATCAATTATAATCTGTCTTAA-CAAAAATGAAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGA
254 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
8695 TTATAAAACCATCTAAAGCG
318 TTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * *
8715 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGAGTGTCTATAAATGGACTTTT-TGTACCAATGGATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T-CCAATGAATGGCTT
* * * * * * * ** *
8778 TTGCTTCATGTCTCTTGAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATAT
63 TTTCTTCATGTTTCCTAAGATA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AT
* * *
8843 TCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTTAA-AAGGCATTCGAAGGC
126 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * **
8907 ATGAGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTTTGAAGGCA
190 ATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCAAGGCA
* * * * *
8971 GACATTCAATTATAATATATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAGGTTCACCTTAAAATCAATTATGAG
253 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
9036 AATACAAAACCATTTAAAACG
317 ATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * *
9057 AGTAATTAGGCTTTC-ATAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGA-AGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTT
* * *
9121 TTCTTGATGTTTCCTAAGGTAGACATTACAAATTAT--TTT-TTTTTACCAAAAATGTAAAAAAA
64 TTCTTCATGTTTCCTAAGATA-ACATT-C-AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * *
9183 CTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTC--A-
125 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
9244 --A--AG-G-C-AT--A-GG---TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATG-TTTCTCAATG
188 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTC-CAAGG
* ** * * * *
9295 CAAACATTTGATTATGATCTATTTCAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT-ATATTAT
251 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA-ATTAT
* *
9359 GTGATTATAAAACTATTTCAAG-G
314 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * *
9382 AAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCACGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGACTT
1 -AGTAATAAGG-CTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* ** * *
9446 TTTCTTCAATTTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAACCAAAAATATAGAAAAA
63 TTTCTTC-ATGTTTCCTAAGATA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAA
* * * * * *
9510 ATCAACTAAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC
125 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * * *
9575 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTATTTCTT-TAGGTTTCTAGATGTA
190 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCA-AGGCA
*
9639 GACAATT-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
253 GAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
9703 GATTATAAAACCATTTACAGCA
316 GATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * ** *
9725 AATAATAAAGCTTTTGAAGGCT-TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAT-CAATGTATGGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCCAATGAATGGCTT
* ** * * * * * ** *
9788 TTGCTTCACATTTCTCTATG-TAAATATTCAATTATCATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAAA
63 TTTCTTCATGTTTC-CTAAGAT-AACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAA
* * * *
9852 -TAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGCGCTTTCGAAGG
125 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGG
* * * * * * *
9915 CTTGGGTGGCTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATA-CTTTTTCTTCACA-TTTT-TAGAGG
189 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATAGCTTTTTCTTCA-AGTTTTCCA-AGG
* * * *
9977 TAGACATTCAATTATAGT-TGATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTAT
251 CAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
*********
10041 GAGNNNNNNNNNNC-ATTTAAAGCG
314 GAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * * *
10065 AGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGCATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTT
* * * * * *
10130 TCTTCAAGTTTCTTATGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTCCTAAGATA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTC
* * * *
10195 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATG
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * *** * *
10260 AGT-ACATATAAACGGATTTTTCTTACCAAT-ATATAGCTATTTCTTCATGTTTTATGAGGTAGG
193 AGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGA-ATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCAAGGCAGA
* *
10323 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAC
255 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
10388 CATAAAAACT-TTTACAGCG
319 TAT-AAAACTATTTAAAGCG
* * * ** * * * *
10407 ACTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGGTTTTTCATGCTAGTGGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGCTTT
* ** * * * * *** *
10471 TGCTTCACATTTCCTAAGGTAA-ATACTCAATTATAGTGTATTTTAGTTAAAAATGTAAACAATT
64 TTCTTCATGTTTCCTAAGATAACAT--TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATT
* * * *
10535 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTT
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * **
10600 GGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTAT-CAATTAATGGCTTTTTTTTTCATA-TTTTGAAAGGCAG
192 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAATGAATAGC-TTTTTCTTCA-AGTTTTCCAAGGCAG
* * * * * *
10663 ACATTCAATTATAATATATTTTAGCTAAAAATATAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
254 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
10728 TTACAAAACCATTTAAAGTG
318 TTATAAAACTATTTAAAGCG
** * * * *
10748 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCATGCATTG-CTATAAATGAACTTTTCATGCTAATGAATGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGT-ATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGCTT
* * * * *
10811 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAACGTCAAAAAAT
63 TTTCTTCATGTTTCCTAAGATA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * * * * * *
10876 TCGACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAAGATTTTGAAGGTA
126 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * * *
10941 TGGGTGACTATAAATGGACCTTTCGTGCAAATAAAT-GCCTTTTTCTACAAG-TTTCTCAAGGTA
191 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATAG-CTTTTTCTTCAAGTTTTC-CAAGGCA
* * * * *
11004 GACATTTAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
253 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
11069 ATTATAAAATTATTTAAAGCG
317 ATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * *
11090 AGTAACAAGGCTTTCGAAGATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTACCAATGAATGGTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTCCAATGAATGGCTTTT
* * * * *
11155 TCTTCATGTTTTC-AAAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTT
65 TCTTCATGTTTCCTAAGA-T-AACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TT
** * ** * **
11219 CAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTT
127 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * *
11284 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTT-TAGGGGCAGA
192 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCA-AGGCAGA
* * * * * *
11347 CATTCAATTATAATGTGTTTCAATC-AAAATGTGAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATTAGAT
255 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
11411 TATAAAACTATTTAGAGCG
319 TATAAAACTATTTAAAGCG
* * * ** *
11430 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGT-AGCTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATTACTAT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTT
* * * * * *
11494 TTCTTCACGGTTCCTATGGA-AGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACT
64 TTCTTCATGTTTCCTA-AGATA-ACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-T
* * * * * * *
11558 TCAAGTTAAAATTAACTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCA
126 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* *
11623 TGACTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
191 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATG
11656 GAT
Statistics
Matches: 2911, Mismatches: 557, Indels: 310
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
324 6 0.00
325 6 0.00
326 214 0.07
327 34 0.01
328 1 0.00
329 1 0.00
330 1 0.00
331 1 0.00
332 2 0.00
333 2 0.00
334 1 0.00
335 3 0.00
336 2 0.00
337 1 0.00
338 4 0.00
339 36 0.01
340 598 0.21
341 890 0.31
342 1064 0.37
343 37 0.01
344 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTT
CTTCATGTTTCCTAAGATAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCCAAGGCAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CTATTTAAAGCG
Found at i:8759 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 7692--11655 Score: 2965
Period size: 512 Copynumber: 7.8 Consensus size: 506
7682 NNNNNNNNNN
* * * * *
7692 AGTAATAAGG-TTTCTGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCATGTCAATGGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTC-GAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTT
* * ** * * ** * * * * * * *
7756 TGCTTTACATTTTCTAAGGTAAATTTTCAATTGTAGTATATGTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATT
* * * *
7821 CAACTTAAAATTAATTATGAAATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGG-TTTTCGAAGGCT
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGG-T
* * * * * * *
7885 -TAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-AGCTTTTTCTTAACATTTTCAGAGGCA
191 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG-A
* * * * *
7948 GACATTCAATTATAATAC-ATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAAT-AATTATGA
254 AACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGA
** * * * * * * * *
8011 GCCTACAAAACCTTTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGAATAGGTGGCTATAAAT-AGACT
317 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACT
* * * * * * *
8075 TTTCTTGCAAATGAATGG-TTTTTTTTCACATTTTTTGATG-TAGACATTCAATTATATTTTGTT
381 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATA-TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
8138 TTAACCAATAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTG
445 TTAA-CAA-AA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
8203 AGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTT
* * * * * * * *
8268 TCCTCAAGTTTTCCAAGGTAGGCATTTACTTATATTCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAGCAATTC
65 TCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTC
* * *
8333 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATGAGGCTTTTGAAGGTATG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
** * * * * *
8398 GGTGACTATAAATAGACTTTTTCTT-CCAATGAATGGTTTTTTATTCATGTGTCCCGAGAATAAC
194 GGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGGA-AAC
* * *
8462 AGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAAATT
257 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
8527 ATAAAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTCGAAGGTGTAGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
321 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * * * * * *
8592 TGTCAATGCATGGCTTTTTTTTCACATTTCCCAAGAAAAAAAATCAATTATAATCTGTCTTAACA
386 TGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
8657 AAAATGAAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCG
451 AAAAT-AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
8715 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGTCTATAAATGGACTTTT-TGTACCAATGGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T-GCAATGAATGGCTTT
* * * * * * * *
8779 TGCTTCATGTCTCTT--GAGATAGACATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATA
64 TTCTTCATGT-T-TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-A
* * * * *
8842 TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTTAA-AAGGCATTCGAAGG
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
8906 CATGAGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATAACTTTTTCTTTACGTTTT-TGAAGG
190 TATGGGTGA-CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCG-AGG
* * * * *
8969 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAGGTTC-ACCTTAAAATCAATTAT
253 -AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACC-TAAAATCAATTAT
* * * * * * *
9033 GAGAATACAAAACCATTTAAAACGAGTAATTAGGCTTTC-ATAGGCATGGGTAACTATAAATGGA
315 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGTATGGGTGACTATAAATGAA
* * * * * *
9097 CTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTGATGTTTC-CTAAGGTAGACATTACAAATTAT--TT
379 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTC-AAGATAGACATT-C-AATTATAATC
* * * * *
9159 TTTTTTACCAAAAATGTAAAAAAACTTCAACTTAAAACCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAA
441 TGTTTTAACAAAAA--TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
9224 AGC-
503 AGCG
9227 ATGTAATAAGGCTTTC---A--A--AG-G-C-AT--A-GG---TTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
1 A-GTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTT
* * * * ** * * * *
9276 TTCTTTATG-TTTCTCAATGCAAACATTTGATTATGATCTATTTCAACTAAAAATGTAAAACAAT
64 TTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAT
* * *
9340 TCAACTTAAAAT-ATATTATGTGATTATAAAACTATTTCAAG-GAAGTAATAAGGCCTTTGAAGG
127 TCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** *
9403 CACGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGACTTTTTCTTCAATTTTTCCAAGGCA
190 TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG-A
* * * * *
9468 GACATTCAATTATATTTTGTTTTAACCAAAAATATAGAAAAAATCAA-CTAAAAATCAATTATGA
254 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGA
* * * * *
9532 GATTCTAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-AGACT
317 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACT
* * * **
9596 TTTCTTGCCAATGGATAGCTATTTCTTT-AGGTTTCT--AGATGTAGACAATT-AATTATAATCT
381 TTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTTTTCATATTTCTCAAGA--TAGAC-ATTCAATTATAATCT
*
9657 GTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACA
442 GTTTTAA-CAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
9722 GCA
504 GCG
* * * * * * *
9725 AATAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAT-CAATGTATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGCAATGAATGGCTTT
* ** * * * * * * * * *
9789 TGCTTCA-CATTTCTCTATGTAAATATTCAATTATCATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAAA-
64 TTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAAT
* * * * * *
9852 TAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGCGCTTTCGAAGGC
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGG-
* * * * * **
9916 T-TGGGTGGCTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATAAAT-ACTTTTTCTTCACATTTTTAGAGGTA
190 TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGG-A
* * *
9979 GACATTCAATTATAGT-TGATTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGA
254 AACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGA
********** * * *
10043 GNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTG-ACT
317 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAA-TGAACT
* * * * * * * * *
10107 TTTCTTACCAATGCATAGCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTATGGTAGATATTCAATTATAATTTGTT
381 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTTTCATA-TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
10171 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTGAAGCG
445 TTAA-C-AAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
10236 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGT-ACATATAAACGGATTTTTCTTACCAAT-ATATAGCTA
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGA-ATGGCTT
*** ** *
10299 TTTCTTCATGTTTTATGAGGTAGGTATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAT
63 TTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AT
** * *
10364 TCAACTTAAAATCAATTATGAGACCATAAAAACT-TTTACAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGC
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-
* * ** * * * * * * * *
10428 T-TGAGTGACTATAAATGGGTTTTTCATGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCAC-ATTTCCTAAGGT
190 TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCC-GAGG-
* * * * * *** * * *
10491 AAATACTCAATTATAGTGTATTTTAGTTAAAAATGTAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
253 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * *
10556 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGGCTATAAATGGACTT
318 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * ** * *
10620 TTCTAT--CAATTAATGGCTTTTTTTTTCATATTT-TGAAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
382 TTCT-TGCCAATGAATGGC-TTTTTTTTCATATTTCT-CAAGATAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
10682 TTTAGCTAAAAATATAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGT
444 TTTAAC-AAAAATA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
10747 G
506 G
* * * *
10748 AGTAATAAGGCTTTCG-AAGTCATGCATTG-CTATAAATGAACTTTTCATGCTAATGAATGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTT
* * * * *
10811 TTTCTTCATG-TTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAACGTCAAAAAA
63 TTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * * * *
10875 TTCGACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAAGATTTTGAAGGT
126 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT
* * * * * * * * *
10940 ATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCGTGCAAATAAATGCCTTTTTCTACAAG-TTTCTCAAGGTA
191 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTC-CGAGG-A
* * * * * * *
11004 GACATTTAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
254 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
** * *
11069 ATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGATATGGGTGACTATAAAT-AGACTT
318 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
* * * * *
11133 TTCCTACCAATGAATGG-TTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
382 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTT-TTCATATTTCTCAAGA-TAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * **
11196 TTAACTAAAAATATAAAAAATTTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATG
445 TTAAC-AAAAATA-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** *
11261 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATAGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTT
* * * * * * *
11325 TCTTCACGTTTT-TAGGGGCAGACATTCAATTATAATGTGTTTCAATC--AAAATGTGAAACAAT
65 TCTTCATGTTTTCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * *
11387 TCAACTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
* * * * * *
11452 TAGGT-AGCTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATTACTATTTCTTCACG-GTTCCTATGGA
192 TGGGTGA-CTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCGA-GGA
* * ** * * *
11514 AGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAAGTTAAAATTAACTATAA
254 A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * ** * *
11579 GATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGACTAACTATAAATGGACTT
317 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTT
11644 TTCTTGCCAATG
382 TTCTTGCCAATG
11656 GAT
Statistics
Matches: 2749, Mismatches: 558, Indels: 292
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
494 2 0.00
495 9 0.00
496 5 0.00
497 344 0.13
498 33 0.01
500 2 0.00
501 1 0.00
503 2 0.00
504 3 0.00
505 2 0.00
506 3 0.00
507 2 0.00
509 2 0.00
510 43 0.02
511 797 0.29
512 1046 0.38
513 425 0.15
514 27 0.01
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTT
CTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGG
TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTCCGAGGAAACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
ATGAATGGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAT
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:9599 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9254--11655 Score: 1928
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 170
9244 AAGGCATAGG
* * * * * * * ** * *
9254 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT-TATGTTTCTCAATGCAAACATTTGATTATGATCTATT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAATTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
9318 TCAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT-ATATTATGTGATTATAAAACTATTTCAAG-
65 TTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
9381 GAAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCACGGGTGACAATAAATGGACT
128 G-AGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
9425 TTTCTTGCCAATGCATGACTTTTTCTTCAATTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATATTTTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAATTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
9490 TAACCAAAAATATAGAAAAAATCAACTAAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACAATTTAAAGAGA
66 TAACCAAAAATATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
9555 GTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT
130 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * *
9596 TTTCTTGCCAATGGAT-AGCTATTTCTT-TAGGTTTCTAGATGTAGACAATT-AATTATAATCTG
1 TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCAATTTTTCCA-AGGTAGAC-ATTCAATTATAATCTG
* *
9658 TTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAG
63 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
9723 CAAATAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACT
127 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * * * * * * * * *
9767 TTTCGTATCAATGTATGGCTTTTGCTTCACATTTCT-CTATGTAAATATTCAATTATCATATATT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-ATTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * * * *
9831 TTAATAAAAAATATTAAAAAA-TAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGTG
65 TTAACCAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
9895 AGTAAT-AGCGCTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATAATTAGACT
129 AGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
9937 TTTCTTGTCAATAAAT-ACTTTTTCTTCACATTTTT--AGAGGTAGACATTCAATTATAGT-TGA
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-ATTTTTCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG-
* **********
9998 TTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAG
63 TTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
10063 CGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACT
127 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
10107 TTTCTTACCAATGCAT-AGCTTTTTCTTCAAGTTTCTT--ATGGTAGATATTCAATTATAATTTG
1 TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCAA-TTT-TTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
10169 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTGAAG
63 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
10234 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGT-ACATATAAACGGATT
127 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC-TATAAATGGACT
* * *** **
10278 TTTCTTACCAAT-ATAT-AGCTATTTCTTC-ATGTTTTATGAGGTAGGTATTCAATTATAATCTG
1 TTTCTTGCCAATGA-ATGA-CTTTTTCTTCAAT-TTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* ** * * *
10340 TTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACCATAAAAACTTTTACAG
63 TTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * **
10405 CGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGTT
127 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * * * *
10449 TTTCATGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACA--TTTCCTAAGGTAAATACTCAATTATAGTGTAT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-ATTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
*** * * *
10512 TTTAGTTAAAAATGTAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
64 TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
10577 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * *
10619 TTTCTAT--CAATTAATGGCTTTTTTTTTC-ATATTTTGAAAGGCAGACATTCAATTATAATATA
1 TTTCT-TGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCAAT-TTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
10681 TTTTAGCTAAAAATATAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
63 TTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
10746 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGCATTG-CTATAAATGAACT
127 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
10790 TTTCATGCTAATGAATGACTTTTTCTTC-ATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAATTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* ** * * * * *
10854 TTAACTAAAAACGTCAAAAAATTCGACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGTG
65 TTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
10919 AGTAATAAAGATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACC
129 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * *
10961 TTTCGTGCAAATAAATGCCTTTTTCTACAA-GTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAATTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * **
11025 TTGACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCG
65 TTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * *
11090 AGTAACAAGGCTTTCGAAGATATGGGTGACTATAAATAGACT
129 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * *
11132 TTTCCTACCAATGAATGGTTTTTTCTTC-ATGTTTTCAAAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAT-TTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* ** * **
11196 TTAACTAAAAATATAAAAAATTTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATG
65 TTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* **
11261 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
11303 TTTCTT-CTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCACGTTTTT--AGGGGCAGACATTCAATTATAATGTG
1 TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCA-ATTTTTCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * * *
11364 TTTCAATC-AAAATGTGAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAGAG
63 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
11428 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AG-GTAGCTATAAATGAACT
127 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-A-CTATAAATGGACT
* * * *** * * *
11472 TTTCTTACCAATGAATTACTATTTCTTC-ACGGTTCCTATGGAAGACATTGAATTATAATCTGTT
1 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAATTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * *
11536 TTAACTAAAAATGTAAAAAACTTCAAGTTAAAATTAACTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
65 TTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
11601 AGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGACTAACTATAAATGGACT
129 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
11643 TTTCTTGCCAATG
1 TTTCTTGCCAATG
11656 GAT
Statistics
Matches: 1793, Mismatches: 368, Indels: 140
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 13 0.01
169 140 0.08
170 413 0.23
171 1171 0.65
172 51 0.03
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAATTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
Found at i:10241 original size:682 final size:682
Alignment explanation
Indices: 9254--11654 Score: 2290
Period size: 682 Copynumber: 3.5 Consensus size: 682
9244 AAGGCATAGG
* * ** * * ** *
9254 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCA-ATGCAAACATTTGATTATGATCT-AT
1 TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTT-TCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGAT
* * * * * * *
9317 TTCAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT-ATATTATGTGATTATAAAACTATTTCAAG
65 TTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGA-TAAAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
9381 -GAAGTAATAAGGCCTTT-GAAGGCACGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGAC
127 CG-AGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATG-C
* * *
9444 TTTTTCTTCAA-TTT-TTCCAAGGCAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAACCAAAAATATAGAA
189 TTTTTCTTCAAGTTTCTT-CATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATA-AA
* * * *
9507 AAAA-TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTCGA
252 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGA
* * ** * * *
9571 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTATTTCTTTAGGTTTCTAGAT
317 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCAGGTTTCTAGAG
*
9636 GTAGACAATTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
382 GTAGACAATTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
9701 GAGATTATAAAACCATTTACAGCAAATAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
447 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
9766 TTTTCGTATCAATGTATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCT-ATGTAAATATTCAATTATCATATAT
512 TTTTC-TATCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTAT-ATATAT
* * * *
9830 TTTAATAAAAAATATTAAAAAA-TAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGT
575 TTTAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
9894 GAGTAAT-AGCGCTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATAATTAGACT
640 GAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACT
* * * *
9937 TTTCTTGTCAATAAAT-ACTTTTTCTTCACATTTTTAGAGGTAGACATTCAATTATAGT-TGATT
1 TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGATT
* *********
10000 TTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCG
66 TTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATAAAAAACCATTTAAAGCG
* *
10065 AGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGCATAGCTTTT
129 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTT
*
10130 TCTTCAAGTTTCTT-ATGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
193 TCTTCAAGTTTCTTCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * * *
10194 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCAT
258 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCAT
* * * * * *
10259 GAGT-ACATATAAACGGATTTTTCTTACCAATATATAGCTATTTCTTCATGTTT-TATGAGGTAG
323 GAGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCAGGTTTCTA-GAGGTAG
** *
10322 -GTATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
386 ACAATT-AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * **
10386 ACCATAAAAACTTTTACAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGTTTT
450 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
10451 TC-ATGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTAAGGTAAATACTCAATTATAGTGTATTT
515 TCTAT-C-AATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATA-TATATTT
*** * * * *
10514 TAGTTAAAAAT-GTAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
577 TAACAAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* *
10578 GTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACT
642 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACT
* * * * * * * *
10619 TTTC-TATCAATTAATGGCTTTTTTTTTCATATTTTGAAAGGCAGACATTCAATTATAATAT-AT
1 TTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGAT
* * * * *
10682 TTTAGCTAAAAATATAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGT
65 TTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAAAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
10747 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCATGCATTG-CTATAAA-TGAACTTTTCATGCTAATGAATGACT
128 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG-AGTGACTATAAATTG-ACTTTTCTTACCAATGAATG-CT
* * * * ** *
10810 TTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAACGTCAAAAA
190 TTTTCTTCAAGTTTCTTCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * * *
10874 ATTCGACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAAGA-TTTTGAAG
255 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTCGAAG
* * * * * * *
10938 GTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCGTGCAAATAAAT-GCCTTTTTCTACAAGTTTCTCA-AG
319 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAG-CTTTTTCTTCAGGTTTCT-AGAG
* * * * * *
11001 GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTCAAATCAATTAT
382 GTAGACAATTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * * * *
11066 GAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAA-GATATGGGTGACTATAAATAGA
447 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** * * * *
11130 CTTTTCCTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAAGTAAACATTCAATTATAATCTG
511 CTTTT-CTATCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTAT-ATATA
* ** *
11194 TTTTAACTAAAAATA-TAAAAAATTTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
574 TTTTAACAAAAAATATTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
11258 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACT
638 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACT
* * * * *
11303 TTTCTTCT-AATGAAT-AGCTTTTTCTTCACGTTTTTAGGGGCAGACATTCAATTATAATGTG-T
1 TTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGAT
* * * * * * * * *
11365 TTCAATC-AAAATGTGAAACAATTCAACTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAGAGC
65 TTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TAAAAAACCATTTAAAGC
*
11429 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-AG-GTAGCTATAAA-TGAACTTTTCTTACCAATGAATTAC
128 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-A-CTATAAATTG-ACTTTTCTTACCAATGAA-TGC
* * * * * * * * *
11491 TATTTCTTCACGGTTCCT-ATGGAAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
189 TTTTTCTTCAAGTTTCTTCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * * * *
11555 ACTTCAAGTTAAAATTAACTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCAAA
254 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTCGAA
* *
11619 GGCATGACTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
318 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
11655 GGAT
Statistics
Matches: 1415, Mismatches: 253, Indels: 101
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 1 0.00
680 4 0.00
681 41 0.03
682 751 0.53
683 510 0.36
684 104 0.07
685 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (682 bp):
TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGATT
TTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAAAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCT
TCAAGTTTCTTCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCAGGTTTCTAGAGGTAGACAAT
TAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTATC
AATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATATATATTTTAACAAAAA
ATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATGGACT
Done.