Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402676.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_574.2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7400
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 598 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:524 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--5428 Score: 4068
Period size: 171 Copynumber: 31.9 Consensus size: 171
* ** *
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTACTTTTTCTTCACGTTT-TCAAAGGTAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGAC
* * * * *
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATAAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * **
129 TATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * *
172 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTT-TCAGAGGTAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGAC
* * * * * * *
236 ATCCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAACAAATCAAC-TAAAATCAATTATAAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * *
299 TATAAAAATATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATG
* * * *
342 GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * *
407 TTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAAATTA
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
**
472 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATG
131 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * ** *
513 AGTGACTATAAATAGACTTTT-TATACAAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCAGAGGTTGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGA
* * * * * *
576 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-GTAAAATGAATTATAAGAT
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
640 TATAAAAATATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * ** * * *
683 GGTGACTACAAATAGAATTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
748 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATAAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
813 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * *
855 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGAATGACGTTTGCTTCACAT-TTTCT-ATGGCAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * *
918 CATTTAATTATAATATATTTTAACCAAGAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
983 TATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAAGCCTTCGAAGGCATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * ** *
1026 AGTGACTATAAATGGACTTTCCATATCAAT-ACATAGCTTTTTCTTTATATTTCTTGAGATAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * *
1090 AATCTATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAA-ATTAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** **
1153 TATGAAACCATTTAAATTGAGTAATAACACTTTTGAAGGCATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * ** * * *** *
1196 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGGATATCTCTTGCTTCACAATTC-CAGAGATAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGA
* *
1259 CA-TCTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATGAG
64 CATTC-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
1323 ATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATG
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * *
1368 AGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTT--TGTATTTTCTGAGGCAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTC-AAGGTAGA
* * * * * * * ** * * *
1431 CACTCAAATATTATTTGTTTTTA-CCAAAATGCAGAAAAATTAAACTTAAAACCAATTATGAGAT
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
1495 TATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATTATGCTTTCTAAA-GCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATG
* * * * * * * *
1538 AGTGACTGTAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTTTTGAA-ATAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * *
1602 GTTCAATAATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
1667 A-AAAATCCATTTAAAGACAGTAATACGGTTTTCGAAGGCATA
130 ATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * *
1709 AGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTCTCTTCATATGTT-T-AGAGGCAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTCA-AGGTAGA
* * * *
1772 CATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-TAGAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** ** *
1836 TATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAACACTTTTGAACGCATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * ** * * *** *
1879 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCAATGGATATCTCTTGCTTCACAATTC-CAGAGATAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGA
* * * *
1942 CA-TCTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAACAATTTAACTCAAAATTAATTATGAG
64 CATTC-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
2006 ATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGACTTTTAAAGGTATG
127 ATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * ** * ** ** *
2051 AGTGACCATAAATGGACATTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGGTTCATGTTTTTTGAGACAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
** *
2116 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGCAAAAGAAA-TCAATTTAAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * *
2180 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * *
2222 AGTGACTATAGATGGATTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTT--TGTATTTTCTGAGGCAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTC-AAGGTAGA
* * * * * * * *
2285 CACTCAAATATTATTTTTTTTTACCAGAAATGA-AAAAAAA-TCAACTTAAAA-CTAATTATGAG
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* ** ** * * *
2347 ATTATAAAACCATTTAAAGCGTTTTTTTAGGCTTTCTAAA-GCTTA
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATG
* * ** * * * * * * ** * **
2392 AGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCACGTTTTTCGATATTGATG
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * *
2457 CTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAACAACTGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * **
2521 ATAAAACCATTCAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * *
2563 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTCTCTTTACGTTTTTTAAGTTAGACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
2628 TTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-TAGAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTA
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
2692 TGAAACCATTGAAATTGTGTAATAATGCTTTTAAAGGTATG
131 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *** **
2733 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CTAATGGATGTCTTTTGCTTCACAATTCT-AGATATAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGA
* * *
2796 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * *
2861 TTACAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATG
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * **
2905 AGTGACCATAAATAGA-TATTTCTTGCCAAT-AGATGACTTTTGT-TTCACGTTTCTTGAGGTAG
1 AGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * *
2967 ACATTCAATTATAATATATTTT-ATCCAAAAATATAAAAACATTTAA-TTAAAAATTAATTATGA
63 ACATTCAATTATAATATATTTTAAT-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGA
** * * * **
3030 GATTATAAAATAATTTAAGGCGATTAATAATACTTTCAAAGGCATG
126 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * * * * * *
3076 AGTGATTGTAGATAGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTT-TTCGTTT-TTATGGCAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * * * *
3139 ACTCAAATATTATTTGTTTTTACCAGAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
3203 TATAAAACCATTTAAAGCGTA-TAATTAGGCTTTCTAAA-GCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATG
* * * * * *
3246 AGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAA-ATAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGAC
* * * * *
3310 ATTCAATTATATTTTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAATAA-TCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * *
3373 TATAAATCCATTTAAAAAGAGTAATACGGCTTTCAACGGCATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* ** * * **
3416 AGTGACTATAAATGGACTTTT-TCAACCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCCCTAAGAAAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA
* * * ** *
3480 CATTCAATTATAATCTCTTTTAAT-AAAGAATATTAAAAAATTCAGGTTAAAGTCAATTATGAGA
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * **
3544 TTAGAAACCCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTG
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * ** * * * ** *
3588 GGTGACTATAACTGGACTTTTCATGGCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCATCGTAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * *
3653 TCCAATTAAAATCTGTTTTAATGAAAATGTAAAAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAA-AT-ATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * ** *
3718 TTATAAAACCATCTATTGCT-AATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
128 TTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * * **
3762 AGCT-ACTATAAATAGACTTTTCTCACCACTAAATAGCTTTTGCTTCATATTTTTTGAGGTAGAC
1 AG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * *
3826 ATTCAATTATAATATATTTTGACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
3891 ATAAAACTAATTAAA-TAGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
130 ATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * *
3933 -GATGACTATAAATGGACTTTGCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGGTTTC-CATGGCAGA
1 AG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * *
3996 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAACTATGACA
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
4060 TTATAAAACTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
** * * * * * * *
4104 AGTGGTTAT-AA---A-TTTT-TTATCAATTG-ATGACTTTTGCTTTATATTTCTCGAGGCAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * *
4162 ATTTAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATC-------A-ATT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
4218 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAGAGGTATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * *
4260 AGTTACTATAAATGGACTTTT-TTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTGAGGTAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA
* * * * *
4323 TATTCAATTATAATATTTTTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** *
4388 TATAAAACCACTTAAGGAGAGTAGTAAGGCTTTGGAAGGCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * *
4431 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGC-TTTT-TTCA-------C-A--T----T
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
4480 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATTTAAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
4544 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAC-TT
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * *
4585 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTTC-GATGGTA-A
1 A-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * * * *
4648 TTATTCAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTACAATCAATTATGAC
64 -CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
4712 ATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * ** * * * ** *
4757 GGTGACTATAAATAGACTTTTCCTT--CAATGAACAGCTTTCTT-TTTATGCTTCTCATGACAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * * * * **
4819 CATTTAATTATAATCTGTTTTCATTAAAAATGTTGAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGA
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
4883 TTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATATGACCTTCGAAA-GCATG
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATG
* * * * * * *
4927 GGTGCCTACAAATGGAC-TTTC-TAGTCC-ATGAATAG-TATTTTTTTCATGTTTCCCATGGT-G
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA--CCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
4987 A-ATAATTAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATTAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTAC
63 ACAT--TCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTAT
*** * * *
5049 GAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGCAATAAGGCCTTCGAAGGCATCG
124 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-G
* * * * * ** ** *
5098 -GTGATTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * *
5162 TTAAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTCAAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** *
5226 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * * * * * ** *
5268 AGTAAATAAAAATGGACTTTCCATACTAATGGATGACTATTGCTTCACGTTTCTCAAGACATACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
5333 TTCACTTATAATATAGTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAGTA
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
5398 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
131 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
5429 TGAATGAACT
Statistics
Matches: 4181, Mismatches: 893, Indels: 366
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.00
155 120 0.03
156 49 0.01
157 7 0.00
159 1 0.00
160 1 0.00
161 10 0.00
162 46 0.01
163 25 0.01
164 30 0.01
165 46 0.01
166 5 0.00
167 3 0.00
168 3 0.00
169 41 0.01
170 1393 0.33
171 1614 0.39
172 644 0.15
173 20 0.00
174 119 0.03
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
Found at i:635 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--6664 Score: 4876
Period size: 341 Copynumber: 19.6 Consensus size: 341
* ** * **
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTACTTTTTCTTCACGTTT-TCAAAGGTAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGACAGAC
* * * * *
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAATCAATTATAAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * **
129 TATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * *
194 TTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTTCAGAGGTAAACATCCAATTATAATCTG-TTTAAC
193 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * * ** * *
258 CAAAAATGTAAAAACAAATCAAC-TAAAATCAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAATA
258 CAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
*
322 ATAAGGCTTTCGAAAGCTTG
322 ATAAGGCTTTCGAAAGCATG
* * * *
342 GGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
* * *
407 TTTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATGAAATTA
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** *
472 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTAT
131 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-T
* * * *
537 ACAAATAAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCAGAGGTTGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
195 ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
* * * * ** * *
602 AAAATGTAAAAAAATTCAA-GTAAAATGAATTATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAATAATA
260 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
666 AGGCTTTCGAAGGCTTG
325 AGGCTTTCGAAAGCATG
* * * * ** * * *
683 GGTGACTACAAATAGAATTTTCTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
* *
748 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTATAAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
813 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-T
* * * * * * * * *
878 TTCCAATGAATGACGTTTGCTTCACATTTTCTA-TGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAAC
194 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * *
942 CAAGAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAA
258 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
1007 TAAAGCCTTCGAAGGCATG
323 TAAGGCTTTCGAAAGCATG
* * * * * * ** *
1026 AGTGACTATAAATGGACTTTCCATATCAAT-ACATAGCTTTTTCTTTATATTTCTTGAGATAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
* * * * *
1090 AATCTATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAA-ATTAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** ** *
1153 TATGAAACCATTTAAATTGAGTAATAACACTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* ** * * ** * * *
1218 TCT-CCAATGGATATCTCTTGCTTCACAATTCCAGAGATAGACA-TCTAATTATAATATATTTTA
193 T-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTC-AATTATAATATGTTTTA
* * * *
1281 ATCAAAAATATAAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAG
256 ACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
1346 TAATAATGCTTTC-AAAGGCATG
320 TAATAAGGCTTTCGAAA-GCATG
* * * * * * *
1368 AGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTT--TGTATTTTCTGAGGCAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTC-AAGACAGA
* * * * * * * ** * * *
1431 CACTCAAATATTATTTGTTTTTA-CCAAAATGCAGAAAAATTAAACTTAAAACCAATTATGAGAT
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
1495 TATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATTATGCTTTCTAAA-GCTTGAGTGACTGTAAATAGACTTTT
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** ** * * * *
1559 CATATCAATGAATGGCTTTTACTTCATGTTTTTTGAAATAGACGTTCAATAATAATCTATTTTAA
193 -TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* *
1624 CCAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAATCCATTTAAAGAC-AG
257 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAG-CGAG
* * * *
1687 TAATACGGTTTTCGAAGGCATA
320 TAATAAGGCTTTCGAAAGCATG
* * * * * * *
1709 AGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTCTCTTCATATGTT-T-AGAGGCAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-TTCTCA-AGACAGA
* * * *
1772 CATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-TAGAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGAT
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** ** * *
1836 TATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAACACTTTTGAACGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-
* ** * * ** * * *
1901 TCT-CCAATGGATATCTCTTGCTTCACAATTCCAGAGATAGACA-TCTAATTATAATATATTTTA
193 T-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTC-AATTATAATATGTTTTA
** * * * * *
1964 ATAAAAAATATAAAAACAATTTAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCTAG
256 ACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
2029 TAATAAGACTTT-TAAAGGTATG
320 TAATAAGGCTTTCGAAA-GCATG
* * * ** * ** *
2051 AGTGACCATAAATGGACATTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGGTTCATGTTTTTTGAGACAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
** *
2116 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGCAAAAGAAA-TCAATTTAAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
2180 ATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAGATGGATTTTTCT
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-T
* * **** * * * * * * * * *
2245 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTGTATTTTCTGAGGCAAACACTCAAATATTATTTTTTTTTACC
194 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* ** *
2310 AGAAATGA-AAAAAAA-TCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTTTT
259 AAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
2372 TTTAGGCTTTCTAAAGCTTA
322 ATAAGGCTTTCGAAAGCATG
* * ** * * * * * * * ** **
2392 AGTGACTATAAATGAACTTTTCGTGTCAATGGATGGCATTTGCTTCACGTTTTTCGATATTGATG
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
* * * * * * *
2457 CTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAACAACTGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** *
2521 ATAAAACCATTCAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCT
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-T
* * * * * * *
2586 TACCAATAAATGGCTTTCTCTTTACGTTTTTTA-AGTTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
194 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC
* * * * * * ** *
2650 AAAAAATAT-TAGAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTGAAATTGTGTAA
258 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
2714 TAATGCTTT-TAAAGGTATG
323 TAAGGCTTTCGAAA-GCATG
* * * * * *** * *
2733 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CTAATGGATGTCTTTTGCTTCACAATTCT-AGATATAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGACAGA
* * *
2796 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * * *
2861 TTACAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATAGA-TATT
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TT
* * * *
2925 TCTTGCCAAT-AGATGACTTTTGT-TTCACG-TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
192 T-TTACCAATGA-ATGGCTTTT-TCTTCACGTTTTC-AGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTT
* * * * ** *
2987 TTATCCAAAAATATAAAAACATTTAA-TTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAGGC
253 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* **
3051 GATTAATAATACTTTC-AAAGGCATG
317 GAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATG
* * * * * * * * * * * *
3076 AGTGATTGTAGATAGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTT-TTCGTTT-TTATGGCAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGACAGAC
* * * * * * * * *
3139 ACTCAAATATTATTTGTTTTTACCAGAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTATGAGAT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
3203 TATAAAACCATTTAAAGCGTA-TAATTAGGCTTTCTAAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
129 TATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** ** * *
3266 TCATATCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAAATAGACATTCAATTATATTTTGTTTTA
192 T-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * **
3331 ACTAAAAATATAAAATAA-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAAAGAGT
256 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
3395 AATACGGCTTTC-AACGGCATG
321 AATAAGGCTTTCGAA-AGCATG
* ** * * *
3416 AGTGACTATAAATGGACTTTT-TCAACCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTCCCTAAGAAAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGACAGA
* * * ** *
3480 CATTCAATTATAATCTCTTTTAAT-AAAGAATATTAAAAAATTCAGGTTAAAGTCAATTATGAGA
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * *
3544 TTAGAAACCCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTCAAAAGTTTGGGTGACTATAACTGGACTTTT
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * ** * * * *
3609 CATGGCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCA-TCGTAAACATCCAATTAAAATCTGTTTTA
193 -TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
** * * * ** *
3673 ATGAAAATGTAAAAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTATTGCT
256 ACCAAAA-AT-ATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
3738 AATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
318 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATG
* * * * * * * * ** **
3762 AGCT-ACTATAAATAGACTTTTCTCACCACTAAATAGCTTTTGCTTCATATTTTTTGAGGTAGAC
1 AG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
* * * *
3826 ATTCAATTATAATATATTTTGACCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
3891 ATAAAACTAATTAAA-TAGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GATGACTATAAATGGACTTTG
130 ATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTT-
* * * * * * * *
3954 CTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGGTTTCCA-TGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
192 TTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * * * * *
4018 ACTAAAAATGTAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAACTATGACATTATAAAACTATTTAATGCGAGT
256 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
4083 AATAAGGCTTTC-AAAGGCATG
321 AATAAGGCTTTCGAAA-GCATG
** * * * * * * *
4104 AGTGGTTAT-AA---A-TTTT-TTATCAATTG-ATGACTTTTGCTTTATATTTCTCGAGGCAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
* * * *
4162 ATTTAATTATAATATATTTTAAT-AAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATC-------A-ATT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
4218 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAGAGGTATGAGTTACTATAAATGGACTTTTTT
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT
* * * * * * * *
4283 CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAAATATTCAATTATAATATTTTTTAACC
195 -ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC
* * * * * *
4348 AACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAGGAGAGTAGT
259 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
4413 AAGGCTTTGGAAGGCTTG
324 AAGGCTTTCGAAAGCATG
* * * **
4431 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGG------C-T--T-TTT-TC---AC--ATT
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
* * * * *
4480 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATTTAAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
4544 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAC-TTAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * * * *
4608 ATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTTC-GATGGTA-ATTATTCAATTATAATCTGTTTTG
193 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGA-GGTAGA-CATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * * * *
4671 A-CAAAAAAAGTAAAACAATTCAACTTACAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
256 ACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
*
4735 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
320 TAATAAGGCTTTCGAAAGCATG
* * ** * * * *
4757 GGTGACTATAAATAGACTTTTCCTT--CAATGAACAGCTTTCTT-TTTATGCTTCTCATGACAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGACAGA
* * * * * * **
4819 CATTTAATTATAATCTGTTTTCATTAAAAATGTTGAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGA
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
4883 TTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATATGACCTTCGAAA-GCATGGGTGCCTACAAATGGAC-TT
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
4946 TCTAGTCC-ATGAATAG-TATTTTTTTCATGTTTCCCA-TGGT-GA-ATAATTAATTATAATCTG
192 TTTA--CCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTT-TCAGAGGTAGACAT--TCAATTATAATATG
* * * *
5006 TTTTAACTAAAAATATTAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAA
251 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
5070 CCAAGCAATAAGGCCTTCGAAGGCATCG
315 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCAT-G
* * * * * ** *
5098 -GTGATTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
* * * * * * *
5162 TTAAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTCAAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * * * **
5226 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTAAATAAAAATGGACTTTCCA
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TT
* * * * * ** * *
5291 TACTAATGGATGACTATTGCTTCACGTTTCTCA-AGACATACATTCACTTATAATATAG-TTTAA
194 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCAGAGGTAGACATTCAATTATAATAT-GTTTTAA
* * * * *
5354 TCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
257 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
5419 ATAATGCTTTTG--A--ATG
322 ATAAGGCTTTCGAAAGCATG
* * * * * *
5435 A---AC--T---T----TTGTC-T-CCAACAGATAT--CTTTTGCTTCAAGTTTCTCAAGATAAA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGA
* * * * *
5484 CATTCAATTATTATATATTTTAACCAAAAATGTATAAAAA-TCAAACTTAAAATCAATTATGAAA
64 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
5548 TTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATTG-GTAACTATAAATAGACTTT
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * **
5612 TCTTATTAATGAATGGCTATTTCTTAACGTTTCCTA-AGGTAGACA-TCGAATTATAATCTACTT
192 T-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTC-AGAGGTAGACATTC-AATTATAATATGTTT
* ** *
5675 TAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAAGATAAAA-CTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCG
254 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
5738 AGTAATAATGCTTT-TAAAGGCATA
318 AGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATG
** * * *
5762 AGTGAAAATAAATGGACTTTTCTTTCTAATTG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
* * * * *
5826 ATTCAATTATAAAATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCATTTATGAGATT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
5891 ACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-T
* * * *
5956 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCATGA--CAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGA
194 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCA-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * *
6019 -CAAGAAATGA-AAAACAATTCAGCTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
257 CCAA-AAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
6082 TAAT-AGTGCTTTCGAAGGTATG
320 TAATAAG-GCTTTCGAAAGCATG
* * * * * * * *
6104 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAGCCTTTTT-TTTATGTTTTTCGAGACAAAT
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC
* ** * ** * * *
6168 ATTCAATTATAATCT-TTTTAGCCGAAAATATAAAAACCTTCAACCTAAAATCATTTATGGGATT
65 ATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
6232 ATAAAGCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTTCCAAGGTA-AAGGTGACTATAGATGGACTTTTG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * *
6296 TTGA-CAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAAACATTTAATTATAATCTG-TTTA
193 TT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
** ** * ***
6358 AATAAGAAATGGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTAAG
256 ACCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
6423 TAAT-AGTACTTTCGAAGGCATG
320 TAATAAG-GCTTTCGAAAGCATG
* * * * * * *
6445 GGTGACTATGAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
* * * * * * * * *
6510 TTCAATTATAATCTACTGTAATCATAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAACTATGAGATTG
66 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *** * * * * *
6575 TAAAACTATGTAAAAAAAGTAATAAGGCCTTCGATGGCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTGTT
131 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT
* *
6640 GCCAATGCATGGCTTTTTTCTTCAC
195 ACCAATGAATGGC-TTTTTCTTCAC
6665 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 5014, Mismatches: 1077, Indels: 462
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
317 19 0.00
318 24 0.00
319 1 0.00
322 3 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGACA
TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTA
CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCAGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTCGAAAGCATG
Found at i:4518 original size:155 final size:160
Alignment explanation
Indices: 4323--6492 Score: 733
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 160
4313 CTGAGGTAAA
* * * * *
4323 TATTCAATTATAATATTTTTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
4388 TATAAAACCACTTAAGGAGAGTAGTAAGGCTTTGGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
4453 TTGCAAATGAATGGC-TTTT-TTCA-C-AT
131 ATGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGAT
* * * *
4479 T-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATGAGAT
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
4543 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
4608 ATGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGGTTTCGATGGTAAT
131 ATGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCA-----TC----G--AT
* * * *
4649 TATTCAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAA-AGTAAAACAATTCAACTTACAATCAATTATGACA
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
4713 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
4778 CCTTC-AATGAACAGCTTTCTTTTTATGCTTCTCATGACAAA
130 CATGCAAATG-A-A--TGGC-TTTT-T-C-T-TCAT--CGAT
* * * ** * **
4819 CATTTAATTATAATCTGTTTTCATTAAAAATGTTGAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGA
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
4883 TTATAAAA-CTATTTAAAGTAAGTAATATGACCTTCGAAAGCATGGGTGCCTACAAATGGAC-TT
65 TTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
4946 TC-TAGTC-CATGAATAG-TATTTTTTTCATGTTTCCCAT
129 TCAT-G-CAAATGAATGGCT-TTTTCTTCA----T-CGAT
* * * *
4983 GGTGAATAATTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATT
1 --T--AT--TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATT
* * *** * * * * * *
5047 ACGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGCAATAAGGCCTTCGAAGGCATCGGTGATTATAAATAG
59 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
5112 ATTTTTCTTGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAAA
124 ACTTTTCATGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCA----TC----G---AT
* * * * * * *
5160 CATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTCAAAATCAATTATGAGAT
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
5225 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTAAATAAAAATGGACTTTCC
66 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
5290 ATACTAATGGATGACTATTGCTTCACGTTTC-TCAAGACAT
131 ATGCAAATGAATGGCT-TT--TT--C--TTCATC--G--AT
* * * * *
5330 ACATTCACTTATAATATAG-TTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
1 -TATTCAATTATAATCT-GTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * **
5393 GAGTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAATGAACTT--TTGTCTCCAACA--G
63 GATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-GCTTGGGTGACTATAA-ATGG
* * * * *** * *
5453 A-TATCTT-TTGC--TTCAA--G-TTTCTCAAGAT-AAA
124 ACT-T-TTCATGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGAT
* * * * * * * *
5484 CATTCAATTATTATATATTTTAACCAAAAATGTATAAAAA-TCAAACTTAAAATCAATTATGAAA
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * *
5548 TTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATT-GGTAACTATAAATAGACTTT
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* *** * * *
5612 TCTTATTAATGAATGGCTATTTCTT-AACGTTT
129 TCATGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATCG-AT
** **
5644 CCTAAGGTAGACATCGAATTATAATCTACTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAAGATAAAA-C
1 --T-A--T-----TC-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * ** * ** **
5707 TAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATAAGTGAAAATA
55 -AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATA
* * * * *
5772 AATGGACTTTTCTTTCTAATTG-ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAGA
119 AATGGACTTTTCATGC-AAATGAATGGCTTTTTCTTCA------TC--G--A-T
* ** * ** * * *
5825 CATTCAATTATAAAATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCATTTATGAGAT
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
5890 TACAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
5954 CTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCATGACAGA
130 CATGCAAATGAATGGCTTTTTCTT--CA----TC--G--A-T
* * * * * * *
5996 CATTCAATTATAATTTGTTTTGACAAGAAATGA-AAAACAATTCAGCTTAAAAGCAATTATGAGA
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
6060 TTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAAT-AGTGCTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACT
65 TTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
6122 TTTCTTACCAATGAATAGCCTTTTT-TTTATGTTTTTCGAGACAAA
127 TTTCATGCAAATGAAT-GGCTTTTTCTTCA------TC--G---AT
* ** ** * * *
6167 TATTCAATTATAATCT-TTTTAGCCGAAAATATAAAAACCTTCAACCTAAAATCATTTATGGGAT
1 TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * ** *
6231 TATAAAGCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTTCCAAGG-TAAAGGTGACTATAGATGGACTTTT
66 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTT
** * *
6295 GTTG-ACAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
130 CATGCA-AATGAATGGCTTTTTCTTCA------TCGA--T
* * * * * ** *
6334 AAACATTTAATTATAATCTGTTTAAATAAGAAATGGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 ---TATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
6399 GATTATAAAACCATTTAAATTAAGTAAT-AGTACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATGAATGGACT
63 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
6463 TTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTTTTCAT
127 TTTCATGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
6493 GTTTCTCGAG
Statistics
Matches: 1538, Mismatches: 332, Indels: 279
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
151 1 0.00
152 6 0.00
153 90 0.06
154 7 0.00
155 125 0.08
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159 5 0.00
160 1 0.00
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Consensus pattern (160 bp):
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TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
ATGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCATCGAT
Found at i:5916 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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5447 CAACAGATAT
* * * *
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* * * *
5522 AA-TCAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAA
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* * * * **
5586 GCCATTGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGAATGG
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* * ** * * * * *
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** * * **
5691 AAATTCAAGATAAAA-CTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAA
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** ** * *
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* * * * **
5798 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAAAATATTTTAATTAAAAATGTAAAAA
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* * * * *
5863 AGTTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAG
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* * * * * * *
5969 CTTTTTCTTCACATTTCTCATGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGA-CAAGAAATGAAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA-AAATGTAAAA
* * * *
6033 CAATTCAGCTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGTGCTTTCGAA
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* * *
6098 GGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAGC
129 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GG
* * * * * * * * *
6141 CTTTTT-TTTATGTTTTTCGAGACAAATATTCAATTATAATCT-TTTTAGCCGAAAATATAAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * * * * *
6204 CCTTCAACCTAAAATCATTTATGGGATTATAAAGCCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTTCCAAG
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* ** * * *
6269 GTAAAGGTGACTATAGATGGACTTTTGTTGA-CAATGAATAG
130 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGG
* * ** * * * ** *
6310 TTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCT-GTTTAAATAAGAAATGGAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA-AAATGTAAAA
* * * *
6374 CAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTAAGTAATAGTACTTTCGAA
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*
6439 GGCATGGGTGACTATGAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
129 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * * * * * *
6481 GTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTGTAATCATAAATGTAAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAA
* * * * * * *** * * *
6546 AATTTAACCTAAAATCAACTATGAGATTGTAAAACTATGTAAAAAAAGTAATAAGGCCTTCGATG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * *
6611 GCATGGGCGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGCATGG
130 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
6652 CTTTTTTCTTCAC
1 C-TTTTTCTTCAC
6665 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 176, Indels: 45
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 270 0.32
171 532 0.63
172 29 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
Done.