Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402686.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5749.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 783
Length: 1306
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Found at i:301 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1306 Score: 893
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
* * * **
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCATATTTCT
* * * ** * * *
66 TGAGGCAAACATTGAACAATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTATAAACATTCAACTTGAAATCAA
64 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
131 TTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
129 TTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
172 TTGAAGGTATGGGTGACTGTAAATAGACTTCTCTTGCCAATAAATGCGCTTTTCTTCTTGTTTCT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTT-TCTTGCCAATGAATGC-CTTTTCTTCATATTTCT
* * * * *
237 TGAGGTAGACATTCAATTATAACCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACTTTTAACTTTAAATCAA
64 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
* * * * *
302 TTTTGAGATTATAAAACCACTTAAAGTGACTAGTAAGGCTT
129 TTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * *
343 TTAAAGGAATGGGTGACTAAAAATGGTCATTTCTTGTTAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTCTTCATATTTCT
* * * * * *
408 CGAGGAAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CTAAAAATTTTACAAAA-ACT-ATATTTAAAA
64 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAA-TGTA-AAAACATTCA-ACTTAAAA
*
470 TCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT
125 TCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *** * *
515 TTGAAAGAATGGGAGGCTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATTAATTTT-TT-ATAAATTG
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTCTTCAT-ATTTC
* * * *
577 TTCGAGGTCA-ACAATCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
63 TT-GAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAA-ATGTAAAAACATTCAACTTAAAA
* * *
640 TTAATTAT-AAGATTATAAAAGCATTCT-AAGCGAGTAATAAGGCTT
125 TCAATTTTGAA-ATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * * * *
685 TTGAAGGAATGGAAGACCATAAAT-GTATTTTTTTTCCTACTTAATGGCTTTCTCTAT-ATGTTT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTT-TCT-TCATATTT
* *** *
748 CGCT-ACACA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATAG-AAAAACAATTAAACTTA
62 C-TTGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAAT-GTAAAAAC-ATTCAACTTA
* ** * *
809 AAATCAAATTTGGCATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
122 AAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * ** * * *
857 TCGAAGGAATGGATGACTATAAATATACTGTTGTTGCCAATTAAAGTAATATT-TTAATACTTCT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACT-TTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTCTTCATATTTCT
** * ** * ** * * *
921 CAAGGTAGACATTCAATTACAGCCTGCTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATTAA
64 TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
985 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTT
129 TTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
1026 TTGAAGGAATGGGAGACTAGAGAT-GAATTTTTCTT-CCAAATAAATAG-ATTTTTTTACATATT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-A-CTTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTCTT-CATATT
* * * * * * * *
1088 T-TGTAAGGAAGGCATTAAATTATAGTCTGTTTTGATGAAAAATGCAAGAAA-ATTCAACTTAAA
61 TCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAA-AAACATTCAACTTAAA
* *
1151 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
124 ATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
1197 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAATCTTT-TTACTAATGAATGCCTTTT-TTC-TACGTTT
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGA-CTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATA--TTT
** * *
1259 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AGCTAAAAATGTAAAA
62 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 193, Indels: 114
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 88 0.10
170 193 0.22
171 402 0.45
172 179 0.20
173 16 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCATATTTCTTG
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATT
TTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Found at i:655 original size:342 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1--1220 Score: 1053
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 335
* * * * *
1 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCT
1 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGG-TATTTCTTACTAATGAATACCTTTTTC-TTACATTTCT
* * ** * * *
66 TGAGGCAA-ACATTGAACAATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTATAAACATTCAACTTGAAATCA
64 CGAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
130 ATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTGTAAA
127 ATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAA
* *** * ** *
195 TAGACTTCTCTTGCC-AATAAATGCGCTTTTCTTCT-TGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA
192 TAGACTTTTCTTGCCAAATAAAT-TAATTTT-TTATAAATTT-TCGAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * *
258 ACCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACTTTTAACTTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCACT
254 GCCTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-T
* * *
323 TAAAGTGACTAGTAAGGCTT
316 TAAAGCGAATAATAAGGCTT
* * * **
343 TTAAAGGAATGGGTGACTAAAAATGGTCATTTCTTGTTAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCT
1 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGT-ATTTCTTACTAATGAATACCTTTTTCTT-ACATTTCT
* * * *
408 CGAGGAAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATTTTACAAAAACT-ATATTTAAAATC
64 CGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTA-AAAAATTCA-ACTTAAAATC
* * *
472 AATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGAGGCTATAA
126 AATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAA
* * *
537 ATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATTAATTTTTTATAAATTGTTCGAGGTCA-ACAATCAATTATA
191 ATAGACTTTTCTTGCCAAATAAATTAATTTTTTATAAATT-TTCGAGGT-AGACATTCAATTATA
* * *
600 GTCTATTTTAATAAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAGCATT
254 GCCTATTTTAATAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
* *
665 CTAAGCGAGTAATAAGGCTT
317 -AAAGCGAATAATAAGGCTT
* * * * * * ** * **
685 TTGAAGGAATGGAAGACCATAAAT-GTATTTTTTTTCCTACTTAATGGCTTTCTCTATATGTTTC
1 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGTA--TTTCTTACTAATGAATACCTTTTTCT-TACATTTC
* * ** * *
749 GCTACACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAGAAAAACAATTAAACTTAAAAT
63 TCGA-GGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAA-AATTCAACTTAAAAT
* ** * * *
813 CAAATTTGGCATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-GGATGACTAT
125 CAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTAT
* * * * * * * * * *
877 AAATATACTGTTGTTGCCAATTAAAGTAATATTTTA-ATACTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAC
189 AAATAGACTTTTCTTGCCAAATAAATTAATTTTTTATA-AATTTTCGAGGTAGACATTCAATTAT
** * *
941 AGCCTGCTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATT
253 AGCCTATTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA-T
*
1006 TAAAGCAAATAATAAGGCTT
316 TAAAGCGAATAATAAGGCTT
* * * * * * * **
1026 TTGAAGGAATGGGAGACTAGAGATGAATTTTTCTTCCAAATAAATAGATTTTT-TTACATATT-T
1 TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATG-GTATTTCTTACTAATGAATACCTTTTTCTTACAT-TTCT
* * * * * *
1089 TGTAAGGAAGGCATTAAATTATAGTCTGTTTTGA-TGAAAAATGCAAGAAAATTCAACTTAAAAT
64 CG--AGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAAT
* * *
1153 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
125 CAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATA
1218 AAT
190 AAT
1221 GAAATCTTTT
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 137, Indels: 70
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 84 0.12
341 133 0.19
342 364 0.51
343 123 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
TTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGTATTTCTTACTAATGAATACCTTTTTCTTACATTTCTCG
AGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
TGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGA
CTTTTCTTGCCAAATAAATTAATTTTTTATAAATTTTCGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTATT
TTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAGCGAAT
AATAAGGCTT
Done.