Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402690.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5752.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 825
Length: 1375
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:622 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 16--1366 Score: 714
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 172
6 CATGAAGTAC
* * * ** *
16 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTGAAAGCCGGT-TTACTC
1 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCC-TTATTACTC
** * * * * * *
80 GAGTTAAGTAGATTTTTAACTTTTTAAATAATTTTGAATTG--TATATTTTTCACTTTTT-G-TA
65 GCTTTAA-TGGATTTATAACTTATT-AATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTCA-TTTTTGGTTA
* * * * *
141 AAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT--CAGGAA-TTGCAAAGCAA
127 AAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAACATG--AAGCGA
* * * * * **
186 AAGCCACCCATT-AAAAGGAAAAG-CTCATTTATAGTTACTTATTCCTTCAAAA-CAC-TAGCCA
1 AAGCCATCCATTGACAA-GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGC-CTTA-TTA
* * * * * * * * * * *
247 GTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAATTGAA--CTTCTCTCAATTTTGG
62 CTCGC-TTTAATGGATTTATAA-CTTATTAATGATTTT-GAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGG
* * * * *
310 TT-AAAACGGATTATAATTTGATCTTTGCATCA-AGAAACATGAAGCAA
124 TTAAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAACATGAAGCGA
* ** * * * * * * * *
357 AAGCCCTCCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATATCATCGAAAGCGTTGTTACTCT
1 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
422 CTTTAAAAGGATATATAACCTT-TTAATGATTTTGAATTAAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAG
66 CTTT-AATGGATTTATAA-CTTATTAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTT-CATTTTTGGTTAA
* * * * *
486 AAA-AGATCATAACTTAAAGTTTGCATCACA-AAATATAAAGCGG
128 AAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAACATGAAGCGA
* * * *
529 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCTTTAGAAA-CCTTATTACTT
1 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCA-AAAGCCTTATTACTC
593 GCTTTAACTGGATTTATAACTTATTAATGATTTTGAATTG-ATTTTTTTTAT-ATTTTTGG-TAA
65 GCTTTAA-TGGATTTATAACTTATTAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTT-TCATTTTTGGTTAA
* * * *
655 AAATAAATCATAATTTGATGTTTGCATCA-GGAAATGCAT-AA-CGA
128 AAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAA--CATGAAGCGA
** * * *
699 AAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATATTCACTCATACCTTCCAAATG-C-TAGTTAG
1 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATACCTT-CAAAAGCCTTA-TTAC
* * * * * * * * * * *
761 TCACTATAAATAGTTTTCTACTCTTATAAATGATTTTAATATTGAA--TTTCTCTCAATTTTGGT
63 TCGCT-TTAATGGATTTATA-ACTTATTAATGATTTTGA-ATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGT
* * * *
824 T-AAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATC-CAGAAACGTGAAGCAA
125 TAAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAACATGAAGCGA
* * * * * * * **
870 AAGCCCTCCATTGAGAAGAAAAATCTATTTATAGCCATTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
1 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
935 CTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
66 CTTTAA-TGGATTTATAACTTATT-AATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * *
1000 AA-AGATCATAATTGAATGTTTGCATTA-AGAAACGTGAAGCGA
129 AACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAACATGAAGCGA
* * ** ** * * *
1042 AAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTGGTAGTCACTCATATCTTCAAAAGCCTTGTTACTTG
1 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * ** * *
1107 CTTTTAATGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTGCTTTTACA-TTTGGGTT-AA
66 C-TTTAATGGATTTATAACTTATT-AATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
* * * * *** *
1170 AATAGGTCAAAATTTGATGTTTGCAT-TGGGAAACATGAAGCAA
129 AACAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAACATGAAGCGA
* ********** * * *** * * * *
1213 AAGCTANNNNNNNNNNAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCTTGTGTTTAAAAGACTTGTTATTCG
1 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
1278 CTTTAAATGAATTTATAACTTTTTAATTTACTTTAAATT-AATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAA
66 CTTT-AATGGATTTATAACTTATTAA-TGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAA
1342 ATA-A-ATCATAATTTAATGTTTGCAT
129 A-ACAGATCATAATTTAATGTTTGCAT
1367 TGGGAAACA
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 220, Indels: 125
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 22 0.02
170 203 0.23
171 377 0.42
172 275 0.31
173 20 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAATGGATTTATAACTTATTAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAA
CAGATCATAATTTAATGTTTGCATCACAGAAACATGAAGCGA
Found at i:983 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 16--1195 Score: 1418
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 513
6 CATGAAGTAC
* *
16 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCGGTTTACTC
1 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTAGAAAGCC-TTTTACTT
** * * * * * * *
80 GAGTTAAGTAGATTTTTAACTTTTTAAATAATTTTGAATTGTATATTTTTCACTTTTT-GTAAAA
65 GCTTTAA-TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTAATTTTTGGTAAAA
*
144 ATAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAATTGCAAAGCAAAAGCCACCCATTAAAAGGAAAAG
129 ATAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGCAAAGCAAAAGCCACCCATTAAAAGGAAAAG
* *
209 CTCATTTATAGTTACTTATTCCTTCAAAACACTAGCCAGTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTTA
194 CTCATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAACACTAGCCAGTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTTA
* *
274 TAAATGATTTTAAAATTGAACTTCTCTCAATTTTGGTTAAAACGGATTATAATTTGATCTTTGCA
259 TAAATGATTTTAAAATTGAACTTCTCTCAATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATCTTTGCA
* * *
339 TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATATCAT
324 TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGATGAGAAAAATCCATTTATAGCCACTTATACCAT
* * *
404 CGAAAGCGTTGTTACTCTCTTTAAAAGGATATATAACCTTTTAATGATTTTGAATTAAATTTTTT
389 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGATATATAACCTTTTAATGATTTTGAATTAAATTTTTT
* * *
469 TTTACATTTTTAGTTAGAAAAGATCATAACTT-AAAGTTTGCATCACA-AAATATAAAGCGG
454 TTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATCATAA-TTGAAAGTTTGCATCA-AGAAACATAAAGCGA
* *
529 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCTTTAGAAA-CCTTATTACTT
1 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTAGAAAGCCTT-TTACTT
*
593 GCTTTAACTGGATTTATAACTTATT-AATGATTTTGAATTG-ATTTTTTTTATATTTTTGGTAAA
65 GCTTTAA-TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTA-ATTTTTGGTAAA
* * * **
656 AATAAATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGCATAA-CGAAAGCCATCCATTGGTAA-GAA
128 AATAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGCA-AAGCAAAAGCCACCCATT-AAAAGGAA
* * ** ** * *
719 AAGTTCATTTATA-TTCACTCATACCTTCCAAATGCTAGTTAGTCAC-TATAAATAGTTTTCTAC
191 AAGCTCATTTATAGTT-ACTCATACCTTCAAAACACTAGCCAGTCACGT-TAAATAGTTTTATAA
* * * *
782 TCTTATAAATGATTTTAATATTGAATTTCTCTCAATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGT
254 TCTTATAAATGATTTTAAAATTGAACTTCTCTCAATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATCT
* * * *
847 TTGCATCCAGAAACGTGAAGCAAAAGCCCTCCATTGA-GAAGAAAAATCTATTTATAGCCATTTA
319 TTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGATG-AGAAAAATCCATTTATAGCCACTTA
* * * * * * *
911 TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTGA
383 TACCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGATATATAACCTTTT-AATGATTTTGAATTAA
* * * * *
976 ATTTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTGAATGTTTGCATTAAGAAACGTGAAGC
447 ATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTGAAAGTTTGCATCAAGAAACATAAAGC
1040 GA
512 GA
* ** ** * ** *
1042 AAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTGGTAGTCACTCATATCTTCA-AAAGCCTTGTTACTT
1 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTAGAAAGCCTT-TTACTT
* ** * *
1106 GCTTTTAATGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTGCTTTTACA-TTTGGGTTAA
65 GC-TTTAATGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTA-ATTTTTGGTAAA
* *
1170 AATAGGTCAAAATTTGATGTTTGCAT
128 AATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT
1196 TGGGAAACAT
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 82, Indels: 31
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 8 0.01
512 30 0.05
513 438 0.77
514 84 0.15
515 9 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTTAGAAAGCCTTTTACTTG
CTTTAATGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTAATTTTTGGTAAAAAT
AGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGCAAAGCAAAAGCCACCCATTAAAAGGAAAAGCT
CATTTATAGTTACTCATACCTTCAAAACACTAGCCAGTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTTATA
AATGATTTTAAAATTGAACTTCTCTCAATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATCTTTGCATC
AAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGATGAGAAAAATCCATTTATAGCCACTTATACCATCG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGATATATAACCTTTTAATGATTTTGAATTAAATTTTTTTT
TACATTTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTGAAAGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCGA
Found at i:1137 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 322--1216 Score: 769
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
312 AAAACGGATT
* * * **
322 ATAATTTGATCTTTGCATCAAGAAA--CATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGATGAGAAAAGTCCAT
1 ATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATGCAT-AA-CGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * * * *
385 TTATAGTCACTTATATCAT-CGAAAGCGTTGTTACTCTCTTTAAA-AGGATATATAACCTT-TTA
64 TGATAGTCACTCATACCTTCCAAAAGC-TAGTTACTCACTATAAATA-GATTTATAATCTTATAA
* * ** * * ** * * * *
447 ATGATTTTGAATTAAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAGAAA-AGATCATAACTTAAAGTTTGCA
127 ATGATTTTAAATTGAA-TTGCTCTCACA-TTTGGGTTA-AAACAGATCAAAATTTGATGTTTGCA
* * ** * **
511 TCACA-AAATATAAAGCGGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCT
189 TC-CAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGCCACTCATGCCT
* *
575 TTAGAAACCTTATTACTTGCTTTAACTGGATTTATAACTTATTAATGATTTTGAATTGATTTTTT
253 TTAGAAACCTTATTACTCGCTTTAACAGGATTTATAACTTATTAATGATTTTGAATTGATTTTTT
640 TTATATTTTTGGTAAAAATAAATC
318 TTATATTTTTGGTAAAAATAAATC
* ** * *
664 ATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAATGCATAACGAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTT
1 ATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATGCATAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTG
* * * * * *
729 ATATTCACTCATACCTTCCAAATGCTAGTTAGTCACTATAAATAGTTTTCTACTCTTATAAATGA
66 ATAGTCACTCATACCTTCCAAAAGCTAGTTACTCACTATAAATAGATTTATAATCTTATAAATGA
* * * *
794 TTTTAATATTGAATTTCTCTCA-ATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCCAGA
131 TTTTAA-ATTGAATTGCTCTCACATTTGGGTTAAAACAGATCAAAATTTGATGTTTGCATCCAGA
* * * * *
858 AACGTGAAGCAAAAGCCCTCCATTGAGAAGAAAAATCTATTTATAGCCATTTATGCCTTT-GAAA
195 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGCCACTCATGCCTTTAGAAA
* *
922 GCCTTATTACTCGCTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTT-T
260 -CCTTATTACTCGCTTTAACAGGATTTATAACTTATT-AATGATTTTGAATTG-ATTTTTTTTAT
*
986 CATTTTTGGTTAAAAA-AGATC
322 -ATTTTTGG-TAAAAATAAATC
* * * * *
1007 ATAA-TTGAATGTTTGCATTAAGAAACGTG-A-AGCGAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCG
1 ATAATTTG-ATGTTTGCATCAAGAAA--TGCATAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * * *
1069 TTGGTAGTCACTCATATCTT-CAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTTAATGGATTTATAAAT-TTTTA
63 TTGATAGTCACTCATACCTTCCAAAAG-CTAGTTACTCACTATAAATAGATTTAT-AATCTTATA
* * * * * *
1132 AATGATTTTGAATTGAATTGCTTTTACATTTGGGTTAAAATAGGTCAAAATTTGATGTTTGCATT
126 AATGATTTTAAATTGAATTGCTCTCACATTTGGGTTAAAACAGATCAAAATTTGATGTTTGCATC
**
1197 GGGAAACATGAAGCAAAAGC
191 CAGAAACATGAAGCAAAAGC
1217 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 88, Indels: 37
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.02
341 109 0.24
342 122 0.27
343 187 0.42
344 17 0.04
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATGCATAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTG
ATAGTCACTCATACCTTCCAAAAGCTAGTTACTCACTATAAATAGATTTATAATCTTATAAATGA
TTTTAAATTGAATTGCTCTCACATTTGGGTTAAAACAGATCAAAATTTGATGTTTGCATCCAGAA
ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGCCACTCATGCCTTTAGAAAC
CTTATTACTCGCTTTAACAGGATTTATAACTTATTAATGATTTTGAATTGATTTTTTTTATATTT
TTGGTAAAAATAAATC
Done.