Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402694.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5757.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2747
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.09, T:0.32
Warning! 453 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1738 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 1461--2734 Score: 866
Period size: 164 Copynumber: 7.7 Consensus size: 164
1451 NNNNNNNNTA
* * * * * *
1461 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATA
1 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
** * *
1525 ATTGAATGTCTTTC-TTGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATTCAAAAAAGACCATTTATAGTCACC
66 ATTGAATGTCTACCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCACC
* * **
1589 CATGCCTTCAAAAGCATTATTATTCATTTTAAAAG
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
* * * * *
1624 TTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTGTTAAATTTTTAGTTAAAATAGAGAATA
1 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
* ** * * *
1689 ATTAAATGTCTGTCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTGATAGTCAACT
66 ATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCACCC
*
1754 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-
131 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AG
* * * *
1788 TTTTTATAATCTTATAA-TATATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAATAGATTAT
1 TTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATAAT
* * *** * **
1851 AATTTAACGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGATA-TC-----CAA-AAAAGACCATTTAT
* * * * *
1916 AGTCACTCATGACTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG
123 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
* ********** * *
1958 ATTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGA-ATA
1 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-AATTTTTAGTTAAAACAGATA-A
* *
2021 TAATTGTATGTCTA-CTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTTGCAAGAAAAGTA-CATT
64 TAATTGAATGTCTACCTTT-GGAAACATGAAGAAAAAGATAT-C-----CAA-AAAAG-ACCATT
* * * * *
2084 TATTGTCACCCATGACTTCGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATG
120 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
* ********** * * * *
2129 ATTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTAT
1 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-AATTTTTAGTTAAAACAGATAAT
* ** * *********
2193 AATTGAATGTCTACCATAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCNNNNNNNNNNTATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA-------AAAAAGACCATTTAT
* * * * *
2258 AGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATA-
123 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AG
* * * ** *
2300 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATGTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAGATAATA
1 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
* ** * * *
2365 ATTAAATGTCTTTC-TTGACAAACGTGAAGAAAAAGATATCTAAAAAAGACCATTTATAGTCACC
66 ATTGAATGTCTACCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCACC
* * *
2429 CATGCCTTCAAAAGCCTTGTTATTCGCTTTAAACG
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
* * * * * ** * *
2464 TTTTAATTATCTCATAACTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGAGAATA
1 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
** * * *
2529 ATTGAATGTCCGCCTTAGGAAACATGAAGAACAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCAACC
66 ATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCACCC
* ******
2594 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTNNNNNN
131 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
**** * * * * * *
2628 NNNNTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATACTTTTTA-TTAAAACATATTAT
1 TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-AATTTTTAGTTAAAACAGATAAT
*
2692 AATTTAATGTCTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
65 AATTGAATGTCTACCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
2735 TTGGCAAGAA
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 199, Indels: 69
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 78 0.09
164 395 0.45
165 14 0.02
169 2 0.00
170 82 0.09
171 304 0.35
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (164 bp):
TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGATAATA
ATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAAAAAAGACCATTTATAGTCACCC
ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG
Found at i:2076 original size:171 final size:164
Alignment explanation
Indices: 1143--2747 Score: 532
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 164
1133 TAATTGATTT
* * * ** * * ** *
1143 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTAAATATTTACCTCGAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAACA
* * * * * * * * *
1208 TGAATAAATAGATATCCACTGAC-AGCAAAAGTTCATTTATAATCACCAAT-ACCTTAGAAGGCC
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTACATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGCC
* ** * **
1271 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTNNNNNNNNNNTAAT-TGATTT
129 TTATTACACGCTTTAAATGATTT--------TATAATCTCATAA
* * * * * ** ** **
1314 TAAGTTGAATTTTTTTAAAGTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATATCGAGAAAGG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAACA
* ** * *
1379 TGAAGAAAAATATATCCATTGATAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGA-CTTCGAAAGCCT
**********
1443 TATTACNNNNNNNNNNT-ATTTTTATAATCTCATAA
130 TATTACACGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAA
** * * ** * * ** *
1478 TTGATTTTAAATTGAATATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTTCTTGA
1 -T-AAGTTGAATT---T-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTAA
* * *
1543 GAAACCTGAAGAAAAAG--AT--ATT--CAA-AAAAG-ACCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
60 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTA-CATTTATAGTCACCCATGACTTCGA
* ** ** * * *
1600 AAGCATTATTATTCATTTTAAAAGTTTTTATTATCTCATAA
124 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * ** ** **
1641 TTAATTTTAAATTAAATTTTGT-TAAATTTTTAGTTAAAATAGAGAATAATTAAATGTCTGTCTT
1 -TAA-GTTGAATT---TTTT-TAT-ATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTT
** * * * *
1705 TGGAAACATGAAGAAAAAGATAT-C-----CAA-AAAAG-ACCATTGATAGTCAACTATGCCTTC
58 AAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTA-CATTTATAGTCACCCATGACTTC
* * * *
1762 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTTATAATATA
122 GAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGA-TTTTATAATC---TCATA-A
* * * *
1809 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTATAATT-TAACGTCTACCTCAAGA
1 ---TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGT-ATGTCTACCTTAAGA
* * * *
1872 AACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGACTTCGAAAG
62 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAG
1937 CCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
127 CCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
*** * * *
1975 NNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGTATGTCTACTTTA
1 -------TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTA
* *
2040 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTTGCAAGAAAAGTACATTTATTGTCACCCATGACTTCGA
59 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGACTTCGA
* * ***
2105 AATCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCANNNNNNNNNN
124 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA-------TAA
* * * * *
2153 TAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAACA
***********
2218 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCNNNNNNNNNNTATTTATAGTCACCCAT-ACTTTCGAAAGCCT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGAC-TTCGAAAGCCT
* **
2282 TATTGCTTGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAA
130 TATTACACGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAA
* ** ** * ** ** *
2317 TTAATTTTTAGTTGAATGTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTTTCTTG
1 -T-A-----AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTA
* * * *
2382 ACAAACGTGAAGAAAAAGATAT-C--T---AA-AAAAG-ACCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
59 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTA-CATTTATAGTCACCCATGACTTCG
* ** * *
2439 AAAGCCTTGTTATTCGCTTTAAACG-TTTTAATTATCTCATAA
123 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTT-ATAATCTCATAA
** * * * ** * **
2481 CTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAAAATAGAGAATAATTGAATGTCCGCCTTA
1 -T-AAGTTGAATT---TTTTTATAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTA
* * * * *
2546 GGAAACATGAAGAACAAGATAT-C-----CAA-AAAAG-ACCATTTATAGTCAACCATGCCTTCA
59 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTA-CATTTATAGTCACCCATGACTTCG
* **** * * * **
2603 AAAGCCTTATTACTCGCCTNNNNNNNNNNTATAATCTTATAAT-TGATTT
123 AAAGCCTTATTACACG-CT-------TTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * *
2652 TAAGTT-AATTTTTTTTATACTTTTTATTAAAACATATTATAATT-TAATGTCTACCTTGAGAAA
1 TAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGT-ATGTCTACCTTAAGAAA
2715 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
64 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
Statistics
Matches: 1097, Mismatches: 250, Indels: 174
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 5 0.00
162 10 0.01
163 126 0.11
164 299 0.27
165 14 0.01
166 26 0.02
167 8 0.01
168 6 0.01
169 15 0.01
170 133 0.12
171 444 0.40
172 8 0.01
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (164 bp):
TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTTAAGAAACA
TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCTT
ATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
Done.