Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402695.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5758.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1846
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Warning! 90 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:461 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 120--1846 Score: 897
Period size: 172 Copynumber: 10.1 Consensus size: 171
110 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
120 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTCCATTCTTCTTTAAAACAGACTA
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTA
* ** * * *
184 TAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAA-ACCT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTA
66 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATA--TGA-AGAAAAAG-TATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCA
* ********** *
245 TTTATAGTCACCCAATCCTTCANNNNNNNNNNTACTCACTTTAAAT
126 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* ** * * * *
291 AGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACTA
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTA
* * *
356 TAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAAGAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATA
66 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATG-AAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
421 TAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCATTATTGCTCGCTTTAAAT
130 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
463 GGTATTATAATCTCATAATTGGTTTCAGGTTTAATTTCTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTA
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTA
* * **
528 TAATTGAATGTCTACCTCGATAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTA
66 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
593 TAGTCACTCTTTCCTTCAAAAG-ACTTATTACTCACTTTAAAT
130 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCA-TTATTACTCGCTTTAAAT
********** * * * * * *
635 NNNNNNNNNNTCTCAAAATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTTATATATTTTTGGTTAAAACAGAT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-GTTAAATTTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAATATAT
* * * * * *
700 TCTAATTAAATGTCTACCTCATGATAGATA-GAA-AAAAGGTCATT-ATTGGCCAGAAAAGTTCA
64 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-A-ATATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
762 TTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTACTATTCGC-TAAAAT
126 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * **
807 GGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGCTAAA-TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACATACAA
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTA
* * *
871 TAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-TAAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
66 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGT--ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
*********
935 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-TTNNNNNNNNNNTTTAAAT
129 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATT-ATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
978 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTACTTTTTTA-ATAAAATCATATT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT-ATATT
* * ** * * *
1042 ATAATTGAATGTCTACCTTATGAAGCATTAAGAAAAAGATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
65 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
1107 ATAATTACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAT
129 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * ********** * *
1149 GGTTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATT
1 GG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATT
* * * ** * * *
1214 ATAATTAAATGTGTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCACTT
65 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * **********
1279 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAAT
129 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
1322 GGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTATAAGTTCAATTATTTTTACTTTTTTGGTCAAAACAGATTA
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTA
* ** * * * *
1387 TAATTGAATGTCTACATTGAGAAACAT-AAGGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTT
66 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAA-G-AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
********** *
1451 ATAGTCACCCATTCCTTCANNNNNNNNNNTACTCACTTTAAAT
129 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
1494 GGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTAATATTCTTCA-TTAAAATAGACT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATATATT
** * * * ************
1556 ATAATTGAATACCTACATCAAGAAACATGTAGAAAAACCCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTT
65 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
1621 ATAGTCTCTCATTCTTTAAAAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAAT
129 ATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* ********** * * * * * * *
1664 GGTTTTGTNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTT-GACTAAAACAGACT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATT
* * * * * *
1728 ATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTGTCAA-AAAAGTCCATT
65 ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGT-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * ** * * * *
1792 GATAGCCTTCCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAAT
128 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
1836 GGTTTTATAAT
1 GGTTTTATAAT
Statistics
Matches: 1180, Mismatches: 334, Indels: 83
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 5 0.00
169 50 0.04
170 154 0.13
171 102 0.09
172 725 0.61
173 88 0.07
174 47 0.04
175 4 0.00
176 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTA
TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
Found at i:1166 original size:515 final size:514
Alignment explanation
Indices: 287--1469 Score: 1161
Period size: 515 Copynumber: 2.3 Consensus size: 514
277 TACTCACTTT
* * * * *
287 AAATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACTTTTTTGGTTAAAACAT
**
352 ACTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAAATATGAAAGAAAAAGT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTC
65 ACTATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAATATG-AAGAAAAA-TAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
415 CATATATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCATTATTGCTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATA
127 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTGCTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCAAA
* ** * *
480 ATTGGTTTCAGGTTTAATTTCTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
192 ATTGATTTCAAATTGAATTTCTTTTACATTATTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * ** * * *
545 CGATAAATATGAAGAAAAAGGTATTCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTTTCCTTC
257 CGATAAACATGAAGAAAAAGATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACGCATTCCTTC
********** * *
610 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCAAAATTGATTTTAACTTTAATTTTTT
322 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAACTTCAA-TTTTT
* *
675 TTATATATTTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTAAATGTCTACCTCATGATA---GATAGAAAAAA
386 TT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCATGAAACGTGA-AG-AAAAA
* *
737 GGTCATT-ATTGGCCAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCT-TACTATTCG
448 GG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTATACTATTCG
800 CTA
512 CTA
* * *
803 AAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATA
* *
868 CAATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATGTGAAGAAAAATAAATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
66 CTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAAT-AATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
********* *
933 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-TTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
130 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATT-ATTGCTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAAT
* * * * *
997 TGATTTTAAATTGAATTTTTTTTACTTTTTTA-ATAAAATCATATTATAATTGAATGTCTACCT-
194 TGATTTCAAATTGAATTTCTTTTACATTATTAGATAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
1060 TATGAAGCATTAAGAAAAAGATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATTACGCATTCCTTC
258 GAT-AAACATGAAGAAAAAGATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACGCATTCCTTC
* * *
1125 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTT
322 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAACTTCAATTTTT
********** *
1189 TTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGATTATAATTAAATGTGTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGGC
386 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGGC
* * *********** *
1254 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTT
451 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTATACTATTCGCTA
* * * * * *
1318 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTATAAGTTCAATTATTTTTACTTTTTTGGTCAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAT
* ** *
1383 ATTATAATTGAATGTCTA-CATTGAGAAACAT-AAGGAAAAA-AGCATTCATTGACAAGAAAAGT
65 ACTATAATTGAATGTCTAGC-TCAAGAAATATGAA-GAAAAATA--ATTCATTGACAAGAAAAGT
*
1445 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
126 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1470 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 108, Indels: 34
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 40 0.07
514 79 0.15
515 291 0.54
516 132 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (514 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACATA
CTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAATATGAAGAAAAATAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCATTATTGCTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTG
ATTTCAAATTGAATTTCTTTTACATTATTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAT
AAACATGAAGAAAAAGATAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACGCATTCCTTCAAAA
GACTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAACTTCAATTTTTTTTAT
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTATACTATTCGCTA
Done.