Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018402708.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5770.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2683
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38


Found at i:1505 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 1471--1527  Score: 78
    Period size: 30  Copynumber: 1.9  Consensus size: 30

       1461 CTATCAAAAA

                               *          
       1471 TTTTAATTATAATAATTAATAATTAAATAT
          1 TTTTAATTATAATAATTAAAAATTAAATAT

                 *  * *                
       1501 TTTTATTTTTTATAATTAAAAATTAAA
          1 TTTTAATTATAATAATTAAAAATTAAA

       1528 ATAAGAGATA


Statistics
Matches: 23,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.85            0.15        0.00

Matches are distributed among these distances:
  30   23  1.00

ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53


Consensus pattern (30 bp):   
TTTTAATTATAATAATTAAAAATTAAATAT

Found at i:1711 original size:28 final size:27

Alignment explanation


    Indices: 1669--1809  Score: 138
    Period size: 28  Copynumber: 5.1  Consensus size: 27

       1659 TATAATAATG

                  *   *               * 
       1669 TTTTTATTATGATATGTAATAATTATTA
          1 TTTTTAATATAATATGTAATAATTA-AA

                                       
       1697 TTTTTAATATAATATGTAATAATTAAA
          1 TTTTTAATATAATATGTAATAATTAAA

            *       *      *         * 
       1724 ATTTTAATTTAATATATAATAATTATA
          1 TTTTTAATATAATATGTAATAATTAAA

                       * *              
       1751 TTTTTAAATATTACATGTAATAATTAAA
          1 TTTTT-AATATAATATGTAATAATTAAA

                   *  *  * *            
       1779 TTTTTAAGATGATGTATAATAATTATAA
          1 TTTTTAATATAATATGTAATAATTA-AA

               
       1807 TTT
          1 TTT

       1810 CAATGTAATT


Statistics
Matches: 93,  Mismatches: 18, Indels: 4
        0.81            0.16        0.03

Matches are distributed among these distances:
  27   43  0.46
  28   50  0.54

ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.05, T:0.51


Consensus pattern (27 bp):   
TTTTTAATATAATATGTAATAATTAAA

Found at i:1744 original size:55 final size:56

Alignment explanation


    Indices: 1680--1809  Score: 165
    Period size: 55  Copynumber: 2.4  Consensus size: 56

       1670 TTTTATTATG

                *                         *                     **  
       1680 ATATGTAATAATTATTATTTTT-AATATAATATGTAATAATTAAAATTTTAATTTA
          1 ATATATAATAATTATTATTTTTAAATATAACATGTAATAATTAAAATTTTAAGATA

                                        *                *         *
       1735 ATATATAATAATTA-TATTTTTAAATATTACATGTAATAATTAAATTTTTAAGATG
          1 ATATATAATAATTATTATTTTTAAATATAACATGTAATAATTAAAATTTTAAGATA

              *            *    
       1790 ATGTATAATAATTATAATTT
          1 ATATATAATAATTATTATTT

       1810 CAATGTAATT


Statistics
Matches: 64,  Mismatches: 9, Indels: 3
        0.84            0.12        0.04

Matches are distributed among these distances:
  54    7  0.11
  55   53  0.83
  56    4  0.06

ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.05, T:0.49


Consensus pattern (56 bp):   
ATATATAATAATTATTATTTTTAAATATAACATGTAATAATTAAAATTTTAAGATA

Done.