Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402711.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5773.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1994
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Found at i:475 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 69--1993 Score: 1719
Period size: 170 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
59 CATTTTCTTG
** * * *
69 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
1 AGAAACATGAAG-AAAAAGCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-A
* * * *
134 AAAACCTTATTACTCACTTTAAACGG-TTTATAATAC-CATAATTAATTTTAAGTT-AATTTGTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTAATTTAAATTTGAATTT-TT
* * * * * **
196 TTACATTTTTGGTTAAAACAGTCTACAATTGAATGTCTACTTTG
127 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * ** *
240 AGAAACGT-AATAAAAAAGACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCTTTCCTTCA
1 AGAAACATGAA-GAAAAAG-CGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
304 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTG
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAATTTGAATT-TTTG
* * *
369 TACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCTCA
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * * *
412 AGAAACGTGAAGAAAAAG-GTTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * **
476 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTT-T
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAATTTGAATT-TTTGT
* * * * * * * **
540 ACATTTTTTGTTATAACATATTCTAATTGAATGTCTAGCTTG
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * * * *
582 AGAATCATAAAGAAATAGGCATTCATCGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAA-AAGCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
647 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAA-TTAAATTTGAATTCTTTG
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAATTTGAATT-TTTG
* * * * * **
711 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAGTGTTAACCTTT
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * *
754 GGAAACGTGAAGAAAAAG-GTATACATTGGCTAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCGT-T-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
818 AAATCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTAATTT-CAGTTGAATTGTTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTAATTTAAATTTGAATT-TTT
* * * * * *
881 -TATATTTTTGGCTAGAACAGACTACAATTGAATGTCTACCACA
127 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * * ***
924 AGAAACGT-AAGGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTGTTCCTTCA
1 AGAAACATGAA-GAAAAAG-CGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * *
988 AAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTG
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAATTTGAATT-TTTG
* * * * *
1053 TACATTTTT-GTTAAAACAAACT-GAATTGAATATCTACCTTGA
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACC-TCA
* * * *
1095 A-ACACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATAT-CTTCA
1 AGAAACATGAAG-AAAAAGCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCA
* * * *
1158 AAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTAATTTAAATTTGAATTTTTG
** **
1221 TGACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAATATTG
128 T-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * *
1264 AGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAG-CGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * * * * *
1329 ACGTCTCATTACTCGA--TTAAATAGTTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTT-
65 AAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAATTTGAA-TTTTTG
* ** * * **
1391 TATATTTTTATTTAAAACATACTATAATTGAATGTCAATCTTG
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* ** * * ** *
1434 AGAAACAT-AA-AAAAAGGGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAATCGGCCATACCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAA--GCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * ** * * * *
1497 AACGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTAATTTAAATTTGAATTTTTG
** * * *
1561 TACATTTTTGGTTAAAATGGGCTATAATTGGATGTCTACCTCA
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * * * *
1604 AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTTCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-GCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * ** * *
1669 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAATTTGAATT-TTTGT
* * *
1734 ACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCG
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * * *
1776 AGAAACATGAAAAAAAAG-GTTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAG-CTACCCATTCCTCCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAA
* * * * * * ** *
1839 AAGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTATATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAATTTGAATTTTTGT
* * * *
1904 ACATTTTTAGTTAAAACATAATATAATTGAATGTTAACCTCA
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
* * *
1946 AGAAAC-GGAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
1 AGAAACATG-AAGAAAAAG-CGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
1994 A
Statistics
Matches: 1448, Mismatches: 255, Indels: 101
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 128 0.09
170 707 0.49
171 252 0.17
172 347 0.24
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAATTTGAATTTTTGTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCA
Found at i:1273 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 65--1993 Score: 2167
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 341
55 TGTACATTTT
* *
65 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
1 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCT
* * * * *
130 TCAAAAAACCTTATTACTCACTTTAAACGG-TTTATAATACCATAATTAATTTTAAGTT-AATTT
65 TC-AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * **
193 GTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGTCTACAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTAATA-AAAAA
129 -TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTAA-AGAAAAA
* *
257 GACTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
192 GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
322 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGATAAAAC
256 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAC
* *
387 AGATTATAATTGAATGTCGAC
321 AGACTATAATTGAATGTCAAC
** * * * * *
408 CTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGGTTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTT
1 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTT
* * *
472 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTG
66 CAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-GAATTT
* * * * * * * ** * * * *
536 TTTTACATTTTTTGTTATAACATATTCTAATTGAATGTCTAGCTTGAGAATCATAAAGAAATAGG
129 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGA
* * *
601 CATTCATCGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
194 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
666 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGATTAAAACAG
258 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
731 ATTATATTTGAGTGTTAAC
323 ACTATAATTGAATGTCAAC
* * * *
750 CTTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGGTATACATTGGCTAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TC
1 C-TTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATAT-
* * * * *
813 CTTCAAAATCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGCCATAATT-AATTTCAGTTGAATT
63 CTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
877 GTTTTATATTTTTGGCTAGAACAGACTACAATTGAATGTCTACCACAAGAAACGTAAGGAAAAAG
128 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAG
* * * * *
942 ACATTCATTCGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCATTT
193 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
*
1007 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTAAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT-GTTAAAACA
257 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * *
1071 AACT-GAATTGAATATCTAC
322 GACTATAATTGAATGTCAAC
* * *
1090 CTTGA-AACACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATATC
1 CTTGAGAA-ACATGAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATATC
1154 TTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
64 TTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** **
1219 TTTGACA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAATATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGA
129 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGA
* * * * *
1283 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAACGTCTCATTACTCGA--T
194 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTT
* * * * * * * **
1346 TAAATAGTTTCATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTT-TATATTTTTATTTAAAAC
257 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAC
* *
1409 ATACTATAATTGAATGTCAAT
321 AGACTATAATTGAATGTCAAC
* ** * * * ** *
1430 CTTGAGAAACAT-AA-AAAAAGGGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAATCGGCCATACC
1 CTTGAGAAACATGAAGAAAAA-AG-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATATC
* **
1493 TTCAAACGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
64 TTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * * *
1558 TTTTACATTTTTGGTTAAAATGGGCTATAATTGGATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGG
129 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGA
* * * *
1623 CATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATTT-CTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTT
194 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC-TTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
** *
1687 TAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACGTTTTTGGTTAAAACA
257 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACA
*
1752 GATTATAATTGAATGTCAAC
322 GACTATAATTGAATGTCAAC
* * *
1772 CTCGAGAAACATGAA-AAAAAAGGTTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAG-CTACCCAT-TCC
1 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATAT-C
* * * * * * *
1834 TCCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTATATAAT-CTCACAATTGATTTTAAGTTCAAAT
64 TTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-GAAT
* * * * *
1898 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATAATATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACGGAAAGAAAAA
127 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAA
*
1963 GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
192 GACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
1994 A
Statistics
Matches: 1335, Mismatches: 218, Indels: 67
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 13 0.01
339 157 0.12
340 346 0.26
341 211 0.16
342 493 0.37
343 39 0.03
344 75 0.06
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTT
CAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGACA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCAAC
Done.