Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018402714.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5776.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1976
ACGTcount: A:0.18, C:0.07, G:0.06, T:0.20

Warning! 965 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1091 original size:171 final size:170

Alignment explanation


    Indices: 584--1140  Score: 726
    Period size: 170  Copynumber: 3.3  Consensus size: 170

        574 NNNNNNNNNN

                                                    *                        
        584 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAAAAATTATAATT
          1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAATTATAATT

                        *                    *   *                           
        649 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAACAAAAAGGTATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
         66 GAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAACAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC

                                        * *        **
        714 ACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTATTTATTTTAAATGAC
        131 ACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGT

                                                    *                        
        754 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAAAAATTATAATT
          1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAATTATAATT

                               *                                             
        819 GAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAACAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
         66 GAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAACAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC

               *       *    *        *  *           
        884 ACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
        131 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGT

                      *              *             *         *         *     
        924 TTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-CAAAGAAAAGGTATAA
          1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA-AAAA-TTATAA

            *     *        *      *    *                     *               
        988 CTGAATCTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAATAAAAGT-TCATTTAT
         64 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAACAAAAAGGCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCT-ATTTAT

            *                                        *  
       1051 GGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGT
        127 AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGT

                       * *   *   *   *     *     *        
       1095 TTTATAATCTCTTTATTAATTATAAGTTGAACTTTTTCATATTTTT
          1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTT

       1141 CATTAAAACA


Statistics
Matches: 341,  Mismatches: 41, Indels: 9
        0.87            0.10        0.02

Matches are distributed among these distances:
 169    3  0.01
 170  206  0.60
 171  132  0.39

ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.41


Consensus pattern (170 bp):   
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAATTATAATT
GAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAACAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGT
Done.