Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402721.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5783.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3196
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 960 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1703 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1415--3196 Score: 1315
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 168
1405 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
1415 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATAAAGAAGAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAATTCAT
1 TTATAATTGAATGTCT-TCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
1480 TTATAGTTAGCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
65 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
1545 GATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTGA
129 GATTTTAGGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGA
* * * *
1586 TTGTAATTGAATGTCTATTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCTAG-AAGAAAAGTCTA
1 TTATAATTGAATGTCT-TCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
1650 TTTATAGTTACGCATGCCTTCAAAACCATAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAAT
64 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACC-TAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * *
1715 TGATTTTACGTTGAGTTTTTTTACGTTTTTTGTGAAAA-TAGA
128 TGATTTTAGGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACT-GA
* * ** * * * * *
1757 TTATAATTGATTGT-TTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAATTCCA
1 TTATAATTGAATGTCTT-CTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
1821 TTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAT
64 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * *
1886 TGATTTTACGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTGAAAACAGA
128 TGATTTTAGGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGA
* * * * **
1928 TTATAATTGATTGT-TTGCCTTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTCGCTAGCGAAGTC
1 TTATAATTGAATGTCTT--CTT-GGAAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
** * * * * * * *
1990 CATTTATAGTCACCCATGATTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTCAAAATCTCATA
62 CATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
2055 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAC-TTTTTTGTCTAAAACAGA
126 ATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTACATTTTTAGT-TAAAACTGA
* * ** * *
2098 TTATAATTGAATATCTAAC-TCAAAAAGCGA-GAAG-AAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTCT-TCTTGGAAAA-C-ATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * * * * *
2160 ATTTCTAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
63 ATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
2225 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAA-TAGA
127 TTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACT-GA
* * * * * *
2268 TTATAATTGAATGTCTGT-TTCGAGAAACATGAAAAAAAAGAC-ATTCACTGACAAAAAAAGTTC
1 TTATAATTGAATGTCT-TCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * ** *
2331 ATTTATACTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCCAAATGGTTTTAGAATCTCATAA
63 ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
2396 TTGATTTTAGG-CAGACTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACTAA
127 TTGATTTTAGGTTA-AATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACTGA
* * * * *
2439 TTATAATTGAATGCCTGTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
1 TTATAATTGAATGTCT-TCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
2504 TTATAGTTATCCATGCCTTCAAAGTCATAATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
65 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAA-ACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
2569 GATTTTGGGTTAAATTGTTTTAAATTTTTGGTGAAAACAGA
129 GATTTTAGGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACTGA
* * * *
2610 TTATAATTGAATGT-TTACCTTGGGAAACATGAA-AAAAAGGTCATTCATTAGCAAGCAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTCTT--CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * *** * * * **
2673 ATTTATAGTCACAGATGCCTTTGAATGGCTTATTACGCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTTGTAA
63 ATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
2738 ATAATTTTAAGTTAAATTTTTAACATTTTTTGCTACAACAGA
127 TTGATTTTAGGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGA
* * * ** * * * *
2780 TTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGACT-GTCGTTGGCAAGAAAAG-CTC
1 TTATAATTGAATGTCTTCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTC-C
* * * ** * * * *
2843 ATTTATAGTCACCCATCCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACATTCAATGATTTTATAATCCCATAA
63 ATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
2908 TTAATTTT-GTGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAA-TAGA
127 TTGATTTTAG-GTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACT-GA
* * * * * * * *
2950 CTATATTTAAATGTCTGTCTTGGGAATCTTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 TTATAATTGAATGTCT-TCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * *
3015 TTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTACTCTAAATGGTTTAATAATCTCATAATA
65 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
3080 GATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACTAA
129 GATTTTAGGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGA
* * * *
3121 TTA-CATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAATGTCTT-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
*
3184 TTTATAGTTACCC
64 TTTATAGTCACCC
Statistics
Matches: 1278, Mismatches: 273, Indels: 121
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 112 0.09
170 384 0.30
171 754 0.59
172 26 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATTGAATGTCTTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAGGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTGA
Found at i:2398 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1415--3191 Score: 1709
Period size: 511 Copynumber: 3.5 Consensus size: 506
1405 NNNNNNNNNN
* * * * *
1415 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATAAAGAAGAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAATTCAT
1 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * ** * *
1480 TTATAGTTAGCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
66 TTATAGTTACCCATG-CTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATT
* * * * **
1545 GATTTTAGGTTAAATGTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACTGATTGTAATTGAATGTCTATTTTGG
130 AATTTTAGGTTAAATATTTTTACT-TTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-ACTGG
* * * **
1609 AAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCTAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACGCATGCCTTCAA
192 AAAACATGAAG-AAAAGCCATTCAT-TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACG-ATGCCTTTGA
* * * * * * *
1673 AACCATAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTACGTTGAGTTTTTTTA
254 AAGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
1738 CGTTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACGT-AAAGAAAAAGATATT
319 CATTTTTTGT-TAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAA-AAAAAGACATT
* * * * * *
1802 CATTGGCAAAAAAA-TTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAA
382 CATTGGCAAAAAAAGTT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCCCTTCAAA
* * * *
1866 TAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTGAAAACAGA
445 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * * * **
1928 TTATAATTGATTGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCTAGCGAAGTCCAT
1 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
1993 TTATAGTCACCCATGATTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTCAAAATCTCATAATT
66 TTATAGTTACCCATG-CTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATT
* * **
2058 AATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACTTTTTTGTCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCAAA
130 AATTTTAGGTTAAATATTTTTACTTTTTTGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTGGAA
* * * *
2122 AAGCGA-GAAGAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTGAAGCCTTTGAAA
194 AA-C-ATGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-GATGCCTTTGAAA
*
2186 GCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA
256 GCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * ** * * *
2251 TTTTTGGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTTTCGAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCAC
321 TTTTTTGTT-AAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGACATTCAT
* * * *
2316 TGACAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCCAAATGGT
385 TGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCCCTTCAAATGGT
* * ** * * * *
2381 TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGCAGACTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACTA-A
449 TTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC-AGA
* * *
2439 TTATAATTGAATGCCTGTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
1 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
2504 TTATAGTTATCCATGCCTTCAAAGTCATAATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
66 TTATAGTTACCCATGCTTTAAAAG-CCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATT
* * * * * * *
2569 GATTTTGGGTTAAAT-TGTTTTAAATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
130 AATTTTAGGTTAAATAT-TTTT-ACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAAC-TGG
* * * *
2633 GAAACATGAAAAAAAGGTCATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACAGATGCCTTTGAA
192 AAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-GATGCCTTTGAA
* * * * * * * *
2698 TGGCTT-ATTACGCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTTGTAAATAATTTTAAGTT-AAATTTTTAA
255 -AGCTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
2761 CATTTTTTGCTACAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGAC-TGT
319 CATTTTTTGTTA-AATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGACAT-T
* * * * * *
2825 CGTTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATCCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACATTC-AA
382 CATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAGCCTTATTAC-TCCCTTCAAA
* * * ** *
2889 TGATTTTATAATCCCATAATTAATTTTGTGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAATAGA
445 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * *
2950 CTATATTTAAATGTCTGTCTTGGGAATCTTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
3015 TTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTACTCTAAATGG-TTTAATAATCTCATAA-
66 TTATAGTTACCCATG-CTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAA-AATCTCATAAT
* ** * * **
3078 TAGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACTA-ATTA-CATTGAATGTTTTCCTT
129 TA-ATTTTAGGTTAAATATTTTTAC-TTTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTAAC-T
* *
3141 GGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
190 GGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
3192 TACCC
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 208, Indels: 63
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 72 0.07
511 501 0.49
512 231 0.23
513 217 0.21
514 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTTACCCATGCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTA
ATTTTAGGTTAAATATTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAACTGGAAAA
CATGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGATGCCTTTGAAAGCTTA
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
TGTTAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAA
AAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCCCTTCAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
Found at i:2757 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 1507--3196 Score: 1898
Period size: 682 Copynumber: 2.5 Consensus size: 677
1497 TTCAAAATCA
* * *
1507 TAATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTT
1 TAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTT
* *
1572 TTAGTTAAAACT-GATTGTAATTGAATGTCTATTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCT
66 TT-GTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCT-GTTTGG-AAACATGAAGAAAAAGC-ATTCA-CT
* * * * * *
1636 -AGAAGAAAAG-TCTATTTATAGTTACGCATGCCTTCAAAACCATAATTACTCGCTTTAAATAGT
125 GACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAGCC-TAATTACTCACTCTAAATGGT
* * * * * *
1699 TTTATAGTCTCATAATTGATTTTACGTTGAGTTTTTTTACGTTTTTTGTGAAAA-TAGATTATAA
188 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTA-ATTATAA
* * *** * * * *
1763 TTGATTGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAA-AAAAATTCCATTTATT
251 TTGAATG-TTGTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTT-CATTTATA
* *
1827 GTCACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
314 GTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** * * *
1892 TACGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTAGGAAACG
379 TACGTTAAATTGTTTTAAATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACA
* * * * *
1957 TGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCTAGCGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGATTTTGAAAGCCTT
444 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACACATGACTTTGAAAGCCTT
* * *
2022 ATTACGCACTTTAAATGGTTTCAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAC-TTTTTT
509 ATTACGCACTTTAAACGGTTTCAAAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTAACATTTTTT
*
2086 GTCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCAA-AAAGCGAGAAGAAAA-GCCAT-TCATTGG
574 G-CTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCAAGAAA-CGAGAAGAAAATGAC-TGTCATTGG
* * ** * *
2148 CTAGAAAAG-TCCATTTCTAGTCACTGAAGCCTTTGAAAG-CT
636 CAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAACCCTTTCAAAGCCT
* * *
2189 TAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTT
* *
2254 TTGGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTTTCGAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCACTGA
66 TT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTTT-G-GAAACATGAAGAAAAAG-CATTCACTGA
* * * * * * *
2319 CAAAAAAAGTTCATTTATACTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCCAAATGGTTTT
127 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AAAGCCTAATTACTCACTCTAAATGGTTTT
* ** * *
2384 AGAATCTCATAATTGATTTTAGGCAGACTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACTAATTATAATTGA
191 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATTGA
* * *
2449 ATGCCTGTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAT
255 ATG-TTGTCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAC
* * * * **
2514 CCATGCCTTCAAAGTCATAATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGT
319 CCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGT
* *
2579 TAAATTGTTTTAAATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-
384 TAAATTGTTTTAAATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG
* * * *
2643 AAAAAGGTCATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACAGATGCCTTTGAATGGCTTATTA
449 AAAAAGG-CATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACACATGACTTTGAAAGCCTTATTA
* * * **
2708 CGCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTTGTAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTAACATTTTTTGCTA
513 CGCACTTTAAACGGTTTCAAAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTAACATTTTTTGCTA
* * * ** * *
2773 CAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGACTGTCGTTGGCAAGAAA
578 AAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCAAGAAACGAGAAGAAAATGACTGTCATTGGCAAGAAA
*
2838 AGCTCATTTATAGTCACCCATCCCTTTCAAAGCCT
643 AGCTCATTTATAGTCACCCAACCCTTTCAAAGCCT
* * * * * *
2873 T-ATTACTTACATTCAATGATTTTATAATCCCATAATTAATTTT-GTGTTGAATTTTTTTATATT
1 TAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-GTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * * * *
2936 TTTATTAAAATAGACTATATTTAAATGTCTGTCTTGGGAATCTTGAGGAAAAAGCCATTCATTGG
65 TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT-TT-GGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCACTGA
* * * *
3001 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTACTCTAAATGGTTTA
127 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCCTTC-AAAGCCTAATTACTCACTCTAAATGGTTTT
* * *
3066 ATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACTAATTA-CATTGA
191 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATTGA
* * * * *
3130 ATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC
255 ATGTTGT-CTTGGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTAC
3195 CC
319 CC
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 143, Indels: 43
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
680 2 0.00
681 78 0.09
682 636 0.75
683 124 0.15
684 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (677 bp):
TAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTT
TTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCATTCACTGACAAG
AAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAGCCTAATTACTCACTCTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATTGAATGTTG
TCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATGCC
TTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTG
TTTTAAATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGG
CATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACACATGACTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTT
AAACGGTTTCAAAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTAACATTTTTTGCTAAAACAGAT
TATAATTGAATATCTAACTCAAGAAACGAGAAGAAAATGACTGTCATTGGCAAGAAAAGCTCATT
TATAGTCACCCAACCCTTTCAAAGCCT
Found at i:3061 original size:853 final size:852
Alignment explanation
Indices: 1415--3189 Score: 1929
Period size: 853 Copynumber: 2.1 Consensus size: 852
1405 NNNNNNNNNN
* * **
1415 TTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACAT-AAAGAAGAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAA-TTC
1 TTATAATTGAATGTCTGT-TTGGGAAACATGAAA-AAAAAGACATTCATTGACAA-AAAAAGTTC
* * * * * ** ** * *
1478 ATTTATAGTTAGCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
63 ATTTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATAATTACTCCCTCCAAATGGTTTTAGAATCTCATAA
* * * * * *
1543 TTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTGATTGTAATTGAATGTCTATTTTG
128 TTGATTTTAGGTCAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATTGAATGCCTATCTTG
* *
1608 GAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACGCATGCCTTCAA
193 GAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATCTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACGCATGCCTTCAA
* * * *
1673 AACCATAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTACGTTGAGTTTTTTTA
258 AACCATAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTGTTTTA
** * * * * *
1738 CGTTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTC
323 AATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATTC
* * * * * *
1803 ATTGGCAAAAAAATTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATA
388 ATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAATCATAATTACGCACTTTAAACA
* * * * **
1868 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTGAAAACAGATTATA
453 GTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTACATGTTTTTAGTGAAAACAGATTATA
* * * * * **
1933 ATTGATTGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTCGCTAGCGAAGTCCATTTATA
518 ATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
1998 GTCACCCATGATTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTCAAAATCTCATAATTAATTT
583 GTCACCCATCACTTTCAAAGCCTTATTACGCACATTAAATGATTTCAAAATCCCATAATTAATTT
* * *
2063 TAAGTTAAATTTTTTACTTTTTTGTCTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAACTCAAAAAGCGA
648 TAAGTTAAATTTTTTACTTTTTTATCTAAAACAGACTATAATTAAATATCTAACTCAAAAAGCGA
* * ** *
2128 GAAGAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCTTAAT
713 GAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTCAAAAGCCTAAT
* * * * * * **
2193 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
778 TACTCACTCTAAATGGTTTAATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAA
*
2258 TTCAAA-TAGA
843 TTAAAACTA-A
* *
2268 TTATAATTGAATGTCTGTTTCGAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCACTGACAAAAAAAGTTCAT
1 TTATAATTGAATGTCTGTTT-GGGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTTCAT
* * *
2333 TTATACTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTCCAAATGGTTTTAGAATCTCATAATT
65 TTATACTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATAATTACTCCCTCCAAATGGTTTTAGAATCTCATAATT
* * *
2398 GATTTTAGG-CAGACT-TTGTTTACATTTTTGGTTAAAACTAATTATAATTGAATGCCTGTCTTG
130 GATTTTAGGTCA-AATGTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATTGAATGCCTATCTTG
* *
2461 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTTATC-CATGCCTT
193 GAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATCTAG-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTTA-CGCATGCCTT
** * * **
2523 CAAAGTCATAATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGGGTTAAATTGTT
255 CAAAACCATAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTGTT
*** * *
2588 TTAAATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAA-AAAAAGGTC
320 TTAAATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGAT-
** * ** * *
2652 ATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACAGATGCCTT-TGAATGGC-TTATTACGCGCTT
384 ATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAT--CATAATTACGCACTT
* * *
2715 TAAACGGTTTTATAATCTTGTAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTAACAT-TTTTT-GCT-ACAAC
447 TAAACAGTTTTATAATCTTATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTT-ACATGTTTTTAG-TGAAAAC
* * *
2777 AGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATGAC-TGTCGTTGGCAAGAAAAG-
510 AGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACAT-TCATTCGCAAGAAAAGT
* ** * * *
2840 CTCATTTATAGTCACCCATCCCTTTCAAAGCCTTATTACTTACATTCAATGATTTTATAATCCCA
574 C-CATTTATAGTCACCCATCACTTTCAAAGCCTTATTACGCACATTAAATGATTTCAAAATCCCA
** * * * * **
2905 TAATTAATTTTGTGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAT-TAAAATAGACTATATTTAAATGTCTGT
638 TAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACT-TTTTTATCTAAAACAGACTATAATTAAATATCTAA
**** * * * *
2968 CTTGGGAATCTTGAGGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT-ATGC
701 CTCAAAAAGC--GAGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTGAAGC
*
3031 CTTCAAAAGCCTAATTACTTACTCTAAATGGTTTAATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATA
763 CTTCAAAAGCCTAATTACTCACTCTAAATGGTTTAATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATA
3096 TTTTTACATTTTTAATTAAAACTAA
828 TTTTTACATTTTTAATTAAAACTAA
* * * * * *
3121 TTA-CATTGAATGT-TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAATGTCTGT--TTGGGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTTCA
3184 TTTATA
64 TTTATA
3190 GTTACCC
Statistics
Matches: 758, Mismatches: 141, Indels: 47
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
851 4 0.01
852 222 0.29
853 517 0.68
854 15 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (852 bp):
TTATAATTGAATGTCTGTTTGGGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTTCATT
TATACTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATAATTACTCCCTCCAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTG
ATTTTAGGTCAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATTGAATGCCTATCTTGGAA
AACATAAAGAAAAAGCCATTCATCTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACGCATGCCTTCAAAAC
CATAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTGTTTTAAAT
TTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATT
AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAATCATAATTACGCACTTTAAACAGTT
TTATAATCTTATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTACATGTTTTTAGTGAAAACAGATTATAATT
GATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATCACTTTCAAAGCCTTATTACGCACATTAAATGATTTCAAAATCCCATAATTAATTTTAA
GTTAAATTTTTTACTTTTTTATCTAAAACAGACTATAATTAAATATCTAACTCAAAAAGCGAGAA
GAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTCAAAAGCCTAATTAC
TCACTCTAAATGGTTTAATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTA
AAACTAA
Done.