Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402733.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5794.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2090
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.11, T:0.32
Warning! 278 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:328 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1699 Score: 1454
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 168
* * *
1 CAAAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTT
1 CAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTT
** * * **********
66 TCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCC-ATTCANNNNNNNNNNAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
64 TCTCGGGAAGCATAAAG-AAAA-CCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
*
130 CTCCGAAAA-CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGATAA-CT
127 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT-ATAACCT
* * * * * * ** * *
172 GCAAAAATGATTTTAAATTTATTTTTATTACATTGTTAGGTAAACCAGGCTGTAATTGATTGTTT
1 -CAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
** * * ** * *
237 CTCTCAAGAAGCATAAGGAAAACGAATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGACACCTAAGCC
64 -TCTCGGGAAGCATAAAGAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * *
302 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
* * * * *
343 CATAACTG------A-TT--TTTTTAT-CGTTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGACTAT-TTT
1 CAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA--ATGTTT
* * *
396 TCAT-GGGAAGCCTAAAGAAAGAGCTATTCATTGGCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
64 TC-TCGGGAAGCATAAAGAAA-ACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* *
459 CTTCAAAAGCCTTATTTCTCTGTTTAAA-GAGTTTTATAACCT
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG-GTTTTATAACCT
* *
501 CAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTT
1 CAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTT
* * * * * * * *
566 -TCATGGGAAACCTAAAGAATGAGCTATTCATTGGCAAGAAAATCTCATTTATAATCACCCATA-
65 CTC--GGGAAGCATAAAGAA-AACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AG
* * *
629 CCTTAAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGGCTTTATAACCT
126 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
* * * **
672 CAAAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAATTGATTATAATTGAATGTTTG
1 CAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-
* * * * * * * * *
737 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCTATTCATAGTCACACAAGCC
64 TCTCGGGAAGCATAAAG-AAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
*
802 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACT-GTTTTATAGCCT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-TGGTTTTATAACCT
* * * * *
843 TAAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTCAAATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTT
1 CAAAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTT
* * ** * * *
908 CCTTGAGAAATATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCAAGCC
65 -CTCGGGAAGCATAAAGAAAACCA-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
*
973 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAACCT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
* * * * *
1014 CAAAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGACTAT-ATATGAATGATT
1 CAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTTT
* * * * * *
1078 TC-CATGGGAAAGC-TAAAGAAAAAGCAATACATTAGAAAGGAAAGCCCATTTATTGTCACCCAA
64 TCTC--GGG-AAGCATAAAG-AAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * *
1141 GCCTTTAAAAGCTTTATTACTCTCTATAAATAGTTTTATAATCT
125 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
* * * * * * * * *
1185 CATAATTGATTTGAACTTGATTTATTTTGCATTTTTGGTTAACACAAATTATACTTGAATGTTTG
1 CAAAATTGATTTTAAGTTAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-
* * * *
1250 CCTCGAGAAGCATAAAGAAACACCTATTCATTGGAAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
64 TCTCGGGAAGCATAAAGAAA-ACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
*
1314 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
* *
1355 CAAAATTGATTTTAAGTCTAATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTT
1 CAAAATTGATTTTAAGT-TAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * *
1420 TCCTTGGGAAACATGAAGAAAACTCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCTTTTAGAGTCACCCAAGC
64 T-CTCGGGAAGCATAAAGAAAAC-CAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * *
1485 CTCCGAAAA-CCTTATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAA-CT
127 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
* ** * * * **
1526 GCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTTACTACATATTTAGGTAAATCAGGCTATAATTGAATGTTT
1 -CAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
** * * ** * *
1591 TCCTCAAGAAGTATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGACACCTAAGC
64 T-CTCGGGAAGCATAAAG-AAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * * *
1656 CTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
1698 CA
1 CA
1700 TAACATANNN
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 226, Indels: 125
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 92 0.07
159 22 0.02
160 2 0.00
161 5 0.00
163 2 0.00
164 2 0.00
165 2 0.00
167 1 0.00
168 7 0.01
169 9 0.01
170 168 0.14
171 765 0.62
172 155 0.13
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
CAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTC
TCGGGAAGCATAAAGAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCT
Done.