Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402735.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5796.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2524
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:298 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2524 Score: 2270
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 170
* * * ** *
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGGC-TCAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-
* * * ** * *
65 GAAATGTGTATAAAAAACTATTCATTGAG-AAGAAAAGTGTATTTACAGTCACCTATTCCTTCAA
65 GAAACGTGAAGAAAAAA-TATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
129 AAGCCTTATTACTC-CTTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
172 -ATTTTTATGTTAAATTTTTTTACATGTTTGATTAAAACAGACAATAATTGTATGTCTACCTTGA
1 GA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
236 GAAACGTGAAGGAAAATATAATCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAA
65 GAAACGTGAA-GAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
301 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTTATAATT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * *
343 GATTTTAAGTTTACTTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGGCTATAATTGGATGCCTACC-TCAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-
* * * * *
407 GAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCACTTTCTTCAA
65 GAAACGTGAAGAAAAAAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAA
* *
471 AAGCTTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * *
514 GATTTTGAGTTG-AGTTTTTTACATTTTTTATTAAAATGGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA
* ** * * * * * * * * *
577 GAAACATGTGGAAAACACATTTATTTAG-AGGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTGCTTCAAA
65 GAAACGTGAAGAAAAAATATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * *
641 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATACTCTCATCATT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** * *
683 GATTTTAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGAATCTTTACCTCT-A
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGA
* * ** * **
747 GAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTTTCAA-AAAAGGTCCATTTTTAGT--CTTATTCCTTCAA
65 GAAACGTGAAGAAAAAA-TATTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
809 AAGCCTTATTACTCG-TTGTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
852 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTTC-TTCTTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACATTGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
916 GAAACGTAAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAA
65 GAAACGTGAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
981 GGCTTATTACTCTCCTTAACTGGTTTTATAATCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
1022 GATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * * * *
1087 AAACATGAAAAAAAAAGATTGATTAGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCATAAG
66 AAACGTGAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * *
1152 GCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTACAATCTCATAACT
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * **
1192 GATTTTATA-TTTCATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAATA-AATAATAATTGAATGTCTACCTCA
1 GATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTG
** * *
1255 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
64 AGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * *
1320 AAGCCTTATTACTCGCTTTCGATTGCTTTATAATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
1363 GATTTTAAGTT-AATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT-GCTTCAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-
** * * * * * * * *
1426 GAAATTTGTA-AAAAACTCATTTATTTGG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTTAA
65 GAAACGTGAAGAAAAAAT-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1489 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * *
1532 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTACATTAAAACAGGCTATAATTGAATGAT-TACCTCGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTGA
* * *** ** * * * * *
1596 GAAACATGTAGAAAATGCCATTCATAAGAAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACACATTTCTTCAAA
65 GAAACGTGAAGAAAA-AATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
1661 AACCTTACTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
1703 AATTTTAAATTGAATTATTTTT-TATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTG-ATGCCTGCCTTGG
1 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* *** * * * *
1766 GAAA-GATGTAGAAACAGCCATTTAATGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTAA
65 GAAACG-TGAAGAAA-AAATATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** *
1829 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCATAACT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
********** * * **
1873 GATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNCATTTTTAATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * *
1938 AAACTTGAAGAAAAAAGGATTCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
66 AAACGTGAAGAAAAAA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* ** *
2003 GCCTTCTTACTCGCTTTACGTGGTTTTATAATCTCATAACT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * *
2044 GACTTTAAGTTGAATTTTTGTATGTTTTT-AGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
2108 GAAACGTGAAGAAAAAAAGATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAA
65 GAAACGTGAAG-AAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
**
2173 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * **
2215 GATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGGCTT-A
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA
* * * * * *
2278 GGAAATGTGTACA-AAAAAAAATTTATTGAG-AAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCTATTCCTTC
65 -GAAACGTG-A-AGAAAAAATATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
2341 AAAAGCCTTGTTACTC-CTTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATT
126 AAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** *
2386 GTTTTTATGTT-AAGTTTTTTTATAGTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGCTTGTCTACCTCGA
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
2450 GAAACGTGAAGAAAAATATAGTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
65 GAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
2515 AGCCTTATTA
129 AGCCTTATTA
Statistics
Matches: 1912, Mismatches: 375, Indels: 132
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 26 0.01
169 286 0.15
170 608 0.32
171 965 0.50
172 26 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
AAACGTGAAGAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:710 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--2524 Score: 2268
Period size: 340 Copynumber: 7.4 Consensus size: 338
* * * ** ** **
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGGCTCAGG
1 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGG
** * ** *
66 AAATGTGTATA-AAAAACT-ATTCATTGAGAAGAAAAGTGTATTTACAGTCACCTATTCCTTCAA
66 AAACATG-A-AGAAAAAGTCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAA
* * * *
129 AAGCCTTATTACTC-CTTTTGAATAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTATGTTAAATTTTTT
127 AAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-GATTTTTT
* * * * * *
192 TACATGTTTGATTAAAACAGACAATAATTGTATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAATATAA
189 TACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAAACAT
* *
257 TCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
253 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
322 TGGTTTTATAAACTTATAATT
318 TGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
343 GATTTTAAGTTTACTTTTTTAATATTTTTGGTCAAAACAGGCTATAATTGGATGCCTACCTCAGG
1 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGG
* * *
408 AAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCACTTTCTTCAAAA
66 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-TTCCTTCAAAA
* * * *
473 GCTTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTACAT
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACAT
* ** * * * ** * *
538 TTTTTATTAAAATGGACTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGAAACATGTGGAAAACACATTTATT
194 TTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCA-T
* * * * * *
602 TAG-AGGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
257 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* *
666 TTTATACTCTCATCATT
322 TTTATAATCTCATAATT
* * ** *
683 GATTTTAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAGAATAATTGAAT-CTTTACCTCTA
1 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-CTACCTC-A
** ** * **
747 -GAAATGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTTTCAA-AAAAGGTCCATTTTTAGTC-TTATTCCTTCA
64 GGAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCA-TTGGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCA
* * *
808 AAAGCCTTATTACTCG-TTGTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
126 AAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTT
* * * * * *
872 TTC-TTCTTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAAAAT
189 TACATT-TTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACAT
* * * * * *
936 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCTCCTTAAC
253 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1001 TGGTTTTATAATCTCATAATT
318 TGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
1022 GATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACAT-TGA
1 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAG-
* * * * * *
1086 GAAACATGAAAAAAAAAG--ATTGATTAGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCCTCAT
65 GAAACATG-AAGAAAAAGTCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAA
* * * * * * *
1149 AAGGCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTATATTTCATTTTTTTA
127 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGATTTTTTTA
* * * * ** *
1214 CCTTTTTGGTTAAAATA-AATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
191 CATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATT
* * * **
1278 CGTTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCGAT
254 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
1343 TGCTTTATAATCTCATAATT
319 GGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * *
1363 GATTTTAAG-TTAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCTTCAGG
1 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGG
** * * * * * * *
1427 AAATTTGTA-AAAAACTCATTTATTTGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTTAAAA
66 AAACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAA
1491 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACA
** * * * * **
1556 TTTTACATTAAAACAGGCTATAATTGAATGAT-TACCTCGAGAAACATGTAGAAAATGCCATTCA
193 TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AACATTCA
* * * * * * * * * *
1620 TAAGAAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACACATTTCTTCAAAAACCTTACTACTCGTTTTAAATAG
256 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1685 TTTTATAATCTCATAATT
321 TTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * **
1703 AATTTTAAATTGAATTATTTTT-TATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTG-ATGCCTGCCTTGG
1 GATTTTAAGTTTAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAG
* * * * * * *
1766 GAAAGATGTAGAAACAGCCATTTAATGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTAAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAA
** * *********
1831 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNC
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAC
* * ** * *
1896 ATTTTTAATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGGATTCA
192 ATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCA
* * **
1961 ATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTACGTGG
256 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
2026 TTTTATAATCTCATAACT
321 TTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
2044 GACTTTAAGTTGAATTTTTGTATGTTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTTA-
1 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACC-TCAG
* *** * * *
2108 GAAACGTGAAGAAAAAAAGATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAA
** *
2173 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAC
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAC
* ** * *
2238 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGGCTT-AGGAAATGTGTACA-AAAAAAAAT
192 ATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACGTG-A-AGAAAAAACAT
* * * * * *
2300 TTATTGAG-AAGAAAAGTGCATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTC-CTTTTG
253 TCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTA
*
2363 AATAGTTTTATAATCTCATAATT
316 AATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** *
2386 GTTTTTATG-TTAAGTTTTTTTATAGTTTTGATTAAAACAGACAATAATTGCTTGTCTACCTC-G
1 GATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAG
* *
2449 AGAAACGTGAAGAAAAA-T-ATAGTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
65 -GAAACATGAAGAAAAAGTCAT--TCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTC
2512 AAAAGCCTTATTA
125 AAAAGCCTTATTA
Statistics
Matches: 1761, Mismatches: 357, Indels: 128
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 80 0.05
339 198 0.11
340 545 0.31
341 453 0.26
342 463 0.26
343 17 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGG
AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTT
TTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTAGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATT
Done.