Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402742.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5802.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:505 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--3039 Score: 2512
Period size: 171 Copynumber: 17.8 Consensus size: 170
* * *
1 TCTTCATATTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA--TAAGAACAAAT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAA-AA-AAAT
* * * ** * **
64 TCAACCTAAGGTCAATTATGACATTGGAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCA
64 TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* *
128 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATTTCTTTT
129 TGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * * *
171 TCTTCATATTTCTTGGGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGAAAAAAAAAT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATG-TAAAAAAAT
* * * * *
235 TCAACTTAAAGTCAATTGTGGGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA
64 TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * ** * *
300 T-AGGTGTCAATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATATATTTT
129 TGA-GTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * *
343 T-TCTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAGATT
1 TCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** *
407 CAATTTCAAA-TCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCT
65 CAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
** * **
471 TGAACGACTATAAATAGGCTTTTCCTATCAATGAATGA-CTTTT
129 TGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTT
* * * * * ** *
514 TCTTAACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * **
579 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACC-TATCACAGAGAAG-AATAAGGCTTTCAAAGGCA
66 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * **
642 TGGGTGACTACAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
129 TGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
** * * * * ** *
684 TCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGACCAAAAATGAAAAAACAATT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATT
* * *
749 CAACTTAAAAGT-AATTATGACATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
65 CAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
813 T-AGGTGAGTATAAGTAGACTTTTTTTG-AAACTGAATATCTTTT
129 TGA-GTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAA-TGAATATCTTTT
* * * * * * *
856 TCTTCATGTTTCTAGAGGTGGACAATCAATTATAATCTATTTTTATAAAAAATAT-AAAAAATCC
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT-T
* * * * * *
920 CAACTTCAAA-TCAAGTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAATGCA
65 CAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
984 TGGGTAAC--T-AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATGTTCT
129 TGAGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * * * * *
1024 TGTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTACAAAAAATGAAAAAAAAATC
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * *
1089 AACTTAAAATCAACTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
66 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* *
1154 AATGACTATAAATAGGCTTTTCTTTCCAATGAATGA-CTTTT
131 AGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTT
* * * * * ** ** *
1195 TCTTAACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATCCAAAACAATTC
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
1260 AACTTAAAGTCAATTATGAAATTATAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCATG
66 AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
** *
1325 AGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CGCAATGAATGGCTTTC
131 AGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGC-CAATGAATATCTTTT
* * * * ** *
1366 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGACCAAAAATG-ACAAACAATT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA-AAAAAATT
* * *
1430 CAACTTAAAGTTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAA-ATGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCA
65 CAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * *
1494 TAACTGAGC-ATAAATGTACTTTTCTTACCCATGAATATC-TTT
129 TGAGTGA-CTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * *
1536 TCTTCATGTTTCTTGAAGTAGATATTTAATTATAAT-TGATTTTAATAAAAAATG-AAAAACAAT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AAT
* * * * *
1599 TCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCA-TGTAATAAGTCTTTGGAAGGC
64 TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * **
1663 AT-ATGTAACTATAGATGGACTTTTTTTATCAATGAATATCTTTT
128 ATGA-GTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* *
1707 TCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
1 TCTTCATGTTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * * *
1771 TAACTTCAAA-TCGACTATGAGATTATCAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGTA
65 CAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * **
1835 TGGGTAACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAATGGC-TTT
129 TGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * *
1877 TCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTTAATTATAAT-TGATTTTAACAAAAAATG-AAAAACAAT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AAT
* * *
1940 TCAACCTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-TGTAATAA-GATTTTGGAAGG
64 TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGG
* * *
2003 TAT-ATGTAACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATATCTTTT
127 CATGA-GTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * * *
2048 TCTTCATATTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTTTAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-T
1 TCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
2111 CAATTTTAAA-TCAATTTTGAGATTATCAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
65 CAA-CTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* ** * *
2175 TGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAACGAATGA-CTTTT
129 TGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTT
* * * * * *
2218 TCTTCACGTTTCTCAATGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATG-AAAAAAATT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
2281 TAACTGAAAGTCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGTA-AGTAATAAAGCTTTTAAAGGCA
65 CAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
* * *
2345 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATATTTTTT
129 TGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * * * *
2388 TCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAACTATAATCTATTTTTAACT-AAAAATGAAAGAAAAA
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAA-TAAAAAATGTAA-AAAAA
* * * * * *
2452 TTAAACTTAAAATCAATTGT-AGGATTACAAAACCATTTAAAGCA-ATTAATAAGGCTTTCGAAG
63 TTCAACTTAAAGTCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * **
2515 GCTTGAGTGGCTATAAATCGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTT
126 GCATGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * * * * * * ** **
2561 TCTTTATATTTC-CATAGGCAAACATTCAACTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGGT
1 TCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * ** * *
2625 CAAGTTAAAGTCAATTAAGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCAT
65 CAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * *
2690 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTCGTCAATGAATATGTTTT
130 GAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * * * * *
2732 TCTTCACGTTTCTTGAGGCTA-ACATTCAATTGTAATATGTTTTAATAAAAAACGTACAACAATT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * *
2796 CCATTTCAAA-TCAAGTATGAGATTAAAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCA
65 CAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
**
2860 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
129 TGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
* * * * * ** * *
2903 TAC-TCA-GATTTC-CATAGGCAGACATTCAACTGTAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATA
1 T-CTTCATG-TTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * **
2965 TTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAATCATTCAACGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
63 TTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
3030 TTGAATGACT
128 ATGAGTGACT
3040 TCATGTTTCT
Statistics
Matches: 2311, Mismatches: 457, Indels: 201
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 124 0.05
169 44 0.02
170 610 0.26
171 1207 0.52
172 203 0.09
173 118 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
AGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
Found at i:667 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1--3029 Score: 2836
Period size: 342 Copynumber: 8.9 Consensus size: 342
* * * *
1 TCTTCATATTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA--TAAGAACAAAT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAA-AA-AAAT
* ** * ** **
64 TCAACCTAAGGTCAATTATGACATTGGAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTAAAAGGCA
64 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * ** * *
128 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCATATTTCTTGGGGTAGA
129 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
* * * * * *
193 CATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTGTGGGG
194 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGA
* * * * * **
258 TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGTCAATAAATAAACTTTT
258 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
*
323 CTTACCAATGAATATATTTTT
323 CTTGCCAATGAATAT-TTTTT
* *
344 TC-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAGATTC
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * * *
408 AATTTCAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCTTG
66 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
** * * ** * * *
473 AACGACTATAAATAGGCTTTTCCTATCAATGAATGACTTTTTCTTAACGTTTTTTGAGGTAGACA
131 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA
*
538 TTCAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
196 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
* * ** * **
603 TAAAACC-TATCACAGAGAAG-AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGGTTTTTC
261 TAAAACCAT-TTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
***
666 TTGCCAATGAAT-GGCTTT
324 TTGCCAATGAATATTTTTT
** * * * * ** *
684 TCTTCATGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGACCAAAAATGAAAAAACAATT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AATT
* * *
749 CAACTTAAAAGT-AATTATGACATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
65 CAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* * * * *
813 T-AGGTGAGTATAAGTAGACTTTTTTTG-AAACTGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGT
129 TGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * * * ** * * *
875 GGACAATCAATTATAATCTATTTTTATAAAAAATAT-AAAAAATCCCAACTTCAAA-TCAAGTGT
191 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTT-AAAGTCAATTAT
* * * * * *
938 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTCGAATGCATGGGTAAC--T-AATGAAC
254 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
1000 TTTTCTTGCCAATGAATATGTTCT
319 TTTTCTTGCCAATGAATATTTTTT
* * * * * *
1024 TGTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTTACAAAAAATGAAAAAAAAATC
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
1089 AACTTAAAATCAACTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
66 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
* * * * * *
1154 AATGACTATAAATAGGCTTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTAACGTTTCTTGAGGTAGGCA
131 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA
* ** * *
1219 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATCCAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAAATTA
196 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
* * * * *
1284 TAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
261 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
*** *
1349 -CGCAATGAATGGCTTTC
326 GC-CAATGAATATTTTTT
* * * * ** *
1366 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTGACCAAAAATG-ACAAACAATT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTA-AAAAAATT
* * * ** * *
1430 CAACTTAAAGTTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
65 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * *
1495 AACTGAGC-ATAAAT-GTACTTTTCTTACCCATGAAT-A-TCTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTA
130 GAGTGA-CTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA
* * * *
1556 GATATTTAATTATAAT-TGATTTTAA-TAAAAA-ATGAAAAACAATTCAACCTAAAGTCAATTAT
192 GACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATAT-AAAAA-AATTCAACTTAAAGTCAATTAT
* * * * ** * *
1618 GAGATTATAAAACAATTTAAAGCA-TGTAATAAGTCTTTGGAAGGCATATGTAACTATAGATGGA
254 GAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* ** *
1682 CTTTTTTTATCAATGAATATCTTTT
318 CTTTTCTTGCCAATGAATATTTTTT
* * *
1707 TCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
1 TCTTCATGTTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * *
1771 TAACTTCAAATCGACTATGAGATTATCAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGACGGTAT
65 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * *
1836 GGGTAACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGAC
130 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* *
1900 ATTTAATTATAAT-TGATTTTAA-CAAAAA-ATGAAAAACAATTCAACCTAAAGTCAATTATGAG
195 ATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATAT-AAAAA-AATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
* * * ** *
1962 ATTATAAAACCATTTAAAGCA-TGTAATAA-GATTTTGGAAGGTATATGTAACTATAAATGGACT
257 ATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* *
2025 TTCCTTGCCAATGAATATCTTTT
320 TTTCTTGCCAATGAATATTTTTT
* * * *
2048 TCTTCATATTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTTTAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAA-T
1 TCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
2111 CAATTTTAAATCAATTTTGAGATTATCAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
65 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * * * ** * *
2176 GGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAACGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGAT
130 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGAC
* * * * * * *
2241 ATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-GAAAAAAATTTAACTGAAAGTCAATTATGACATT
195 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATT
* * *
2305 ATAAAATCATTTAAAGTA-AGTAATAAAGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
260 ATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
2369 TCGCCAATGAATATTTTTT
324 TTGCCAATGAATATTTTTT
* * * * *
2388 TCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAACTATAATCTAT-TTTTAACT-AAAAATGAAAGAAAA
1 TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA--TATGTTTTAA-TAAAAAATGTAA-AAAA
* * * * *
2451 ATTAAACTTAAAATCAATTGT-AGGATTACAAAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCGAAG
62 ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * *
2515 GCTTGAGTGGCTATAAATCGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATATTTCCAT-AGG
126 GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAGG
* * * * * * ** * *
2579 CAAACATTCAACTGTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGGTCAAGTTAAAGTCAATTAAG
190 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATG
** * * *
2644 AGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT
255 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
2709 TTTCTCGTCAATGAATATGTTTT
320 TTTCTTGCCAATGAATATTTTTT
* * * * * *
2732 TCTTCACGTTTCTTGAGGCTA-ACATTCAATTGTAATATGTTTTAATAAAAAACGTACAACAATT
1 TCTTCATGTTTCTCGAGG-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * * *
2796 CCATTTCAAATCAAGTATGAGATTAAAAAACTATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCAT
65 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * *
2861 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTAC-TCA-GATTTCCAT-AGGCA
130 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTT-CTTCATG-TTT-CTTGAGGTA
* * * * * *
2923 GACATTCAACTGTAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGTG
192 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
* * * **
2988 ATTATAAAATCATTCAACGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
257 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
3030 TTGAATGACT
Statistics
Matches: 2205, Mismatches: 416, Indels: 131
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 206 0.09
340 291 0.13
341 598 0.27
342 724 0.33
343 247 0.11
344 133 0.06
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATATTTTTT
Found at i:3659 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3053--4318 Score: 1117
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
3043 TGTTTCTCGA
* * * * * *
3053 GTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
* * * * ** *
3118 GAGAATATAAAAACAATTAAAGCAAGAAATTGGGCTTTTGAAA-GCATGGGTGACTATAAATGGA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
* * * *
3182 CTTTTCTTGCCAATGAAAAGCTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAG
129 CTTTTCTTGACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCA-AG
* * * * * * * *
3224 GTAAACGTTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAGGTCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-ATCAATTAT
* * ** * * *
3289 GAGATTATACAACCATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * *
3354 TTTTGTT-ACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAG
130 TTTTCTTGA-CAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
* * ** * *
3395 TTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA--CAAACAAAATTCAACTTAAAGTCGATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAA-TCAATTA
* * *
3458 TAAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGA-TATAAATGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
* **
3522 CTTTTCTTAACAATGAATATCTTTTTCTTCATTTTTCCCAAG
129 CTTTTCTTGACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
* * * *
3564 GTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTCAATAAAAAATGTAAAAATATTGAACTTCAAATCGATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTA
* * * *
3628 TGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTA-AAGGCATAGGTGACTATAAAT-G
* ** * **
3692 G-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTTAG
127 GACTTTTCTTGACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
** * * * *
3735 GTATTCATTCAACTGTAATCTGTTTTAA-ATAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAGTCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTA
* ** * * *
3799 TGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCGT-GAGTGACTATAAATGG
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGG
* * * ** *
3863 ACTTTTCTTG-CTGATGAATATATTTTTCTTTACGTTTTTCGAG
128 ACTTTTCTTGAC-AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
* * * * * * *** * *
3906 GTTGATATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAAAAGTAAAACAATTCTGTTTCAATTCAAGTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTA
** * * ** * * * *
3971 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGACTTTCGATGGCATGGGTGATTATAAATGTA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
* * * *
4036 CTTTTCTTGGA-AATGAATAGCTTTTTTTTCACATTTCTCAAG
129 CTTTTCTT-GACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
* * * *
4078 GTAGACATTTAATTATAATCAGTTTTAACT-AAAAAT-AAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTA
* * * ** **
4141 TAAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGAAGACTATAAATGGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
* * * **
4206 CTTTTCTT-ACAGATGAATATCTTTTGCTTCAAGTTTTCGGAG
129 CTTTTCTTGACA-ATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
* *
4248 TTAGAC-TTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTAT
4312 GAGATTA
65 GAGATTA
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 178, Indels: 67
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 104 0.12
170 266 0.30
171 358 0.40
172 144 0.16
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGACAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG
Found at i:4279 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 3045--4318 Score: 1383
Period size: 511 Copynumber: 2.5 Consensus size: 508
3035 TGACTTCATG
* *
3045 TTTCTCGA-GTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATA-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTT-AA
* * * ** * *
3109 ATCAATTATGAGAATATAAAAACAATTAAAGCAAGAAATTGGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTA
64 ATCAATTATGAGATTA-AAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTA
* * *
3174 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAAGCTTTTTCTTCACG-TTTCTAGAGGTAAACGTTCAATT
128 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTC-AGAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
3238 ATTATTTATTTTAATCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAGGTCAATTATGAGATTATACAAC
192 ATAATATGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATACAAC
* ** * *
3302 CATTTAAGGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAAT
256 CATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
* *
3367 GAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACA
321 GAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAA
* * * * *
3432 AACAAAATTCAACTTAAAGTCGATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTT
386 AAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGACTTT
* * **
3497 TAAAGGCATAGGTGATATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATATCTTTTTCTTCATT
451 CAAAGGCATAGGTGATATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATAGCTTTTTCTTCACA
* * ** *
3555 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTCAA-TAAAAAATGTAAAAATATTGAACTTCA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATAATTTT-AACT-AAAAATGTAAAAATATTTAACTT-A
* * * * *
3619 AATCGATTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACT
63 AATCAATTATGAGATTA-AAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACT
* * ** ** *
3684 ATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTTAGGTATTCATTCAAC
127 ATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCAGAGGTAAACATTCAAT
* * *
3748 TGTAATCTGTTTTAA-ATAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATA-AA
191 TATAATATGTTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATACAA
* *
3811 TCCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGACTTTCAAAGGCGT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
255 -CCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
** * * * * *
3874 TGATGAATATATTTTTCTTTACGTTTTTCGAGGTT-GATATTCAATTGTAATCTGTTTTAA-CAA
317 CAATGAATATATTTTTCTTCACGTTTCTCGA-GTTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
*** * * * ** *
3937 AAAAAAGTAAAACAATTCTGTTTCAATTCAAGTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAAT
381 AAAAAA--AAAA-AATTCAACTTAAAGTCAAGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAAT
* * * * * *
4002 AAGACTTTCGATGGCATGGGTGATTATAAATGTACTTTTCTTGGA-AATGAATAGCTTTTTTTTC
443 AAGACTTTCAAAGGCATAGGTGA-TATAAATGGACTTTTCTT-AACAATGAATAGCTTTTTCTTC
4066 ACA
506 ACA
* * *
4069 TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTTAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAAT-AATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAA
* * * **
4133 GTCAATTATAAGATTAAAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGAAGACTA
65 -TCAATTATGAGATTAAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * *
4198 TAAATGGACTTTTCTT-ACAGATGAATATCTTTTGCTTCAAGTTTTCGGAGTTAGAC-TTCAATT
128 TAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATT
*
4261 ATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTA
192 ATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTA
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 109, Indels: 46
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 25 0.04
511 291 0.46
512 77 0.12
513 163 0.26
514 69 0.11
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
TTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATAATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAT
CAATTATGAGATTAAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTCAGAGGTAAACATTCAATTATAA
TATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATACAACCATTT
AAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATA
TATTTTTCTTCACGTTTCTCGAGTTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAAAAAAAA
AATTCAACTTAAAGTCAAGTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGACTTTCAAAG
GCATAGGTGATATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATAGCTTTTTCTTCACA
Done.