Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402750.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_581.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11899
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.07, T:0.23
Warning! 4778 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3864 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3574--4410 Score: 805
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
3564 NNNNNNNNNN
* * * *
3574 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTCTTTTTACATT
* * ** * *
3638 TTTAGATAAAACA-AATAATTGTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATT
65 TTT-GGTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAGGCATTCATT
* *
3702 AGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGGC
127 AGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC
* * *
3745 TTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTCTTTTTACATTT
* * *
3810 TTGGCTGAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACATGGAAAAAAAGGCATTCATTAG
66 TTGG-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-GAAAAAAAGGCATTCATTAG
* * * *
3875 TAAGAAAAT-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
129 CAAG-AAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC
* * * *
3916 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTATAGT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTCTTTTTACATT
* * * * * *
3981 TTTGGTTCAAATAGATTATAATT-AACTGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATT
65 TTTGG-TAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAGGCATTCATT
* * * *
4045 GGTAGAAAAAT-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA-AC
127 AGCA-AGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC
* * * * *
4087 GTTATTACTTATTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATT
1 -TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTCTTTTTACATT
* * * *
4152 TTTCGTCAAAACAGACTATAATTGAATGCCTTCCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAA-GCTATTCCT
65 TTTGGT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-A-AAAAAGGC-ATT-CA
* * * *
4215 TTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTC
125 TTAGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC
* * * * * *
4259 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AATTTGAGTTGAATTGTTTTTATATT
1 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTCTTTTTACA-T
* * * * * * ** *
4323 TTTTGTTAAAGCCGACTATAATTGAATGTCTA-TTTCGAGAAACATTAAAAAATTGCATTCATTG
64 TTTTGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAAAAAAGGCATTCATTA
* * *
4387 GCAACAAAAGTCTATTTATAGTCA
128 GCAAGAAATGTCCATTTATAGTCA
4411 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 90, Indels: 47
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 49 0.09
171 339 0.61
172 160 0.29
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTCTTTTTACATTT
TTGGTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAGGCATTCATTAGCA
AGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGAC
Found at i:4225 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3574--4325 Score: 906
Period size: 343 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
3564 NNNNNNNNNN
* * *
3574 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
** * * *
3639 TTAGATAAAACAAATAATTGTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAG
66 TTAGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTAATTAG
* * ** *
3704 CAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGGCTTATTACTCACTTTAAATGGATTT
131 CAAAAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAACGCTTATTACTCACTTTAAATAGATTT
* * * *
3769 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGCTGAAACAGACTATAATTGA
196 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
3834 TTGTCTACCTTGAGAAACATGGAAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAATTCTATTTATAGTCAC
261 ATGCCTACCTTGAGAAACATAGAAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
3899 CCATTCCTTTAAAAGCC
326 CCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
3916 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTATAGT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATT
* * * * * * * *
3981 TTTGGTTCAAATAGATTATAATT-AACTGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTAATT
65 TTTAGATAAAACAAATAATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTAATT
* * * *
4045 GGTAGAAAAAT-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACG-TTATTACTTATTTTAAATAG
129 AGCA-AAAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTAAAAACGCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
4108 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCG-TCAAAACAGACTATA
192 ATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGCT-AAAACAGACTATA
* * * * *
4172 ATTGAATGCCTTCCTTGAGAAACGTATAGAAAAA-GCTATTCCTTTAG-AAGAAAAGTCCATTTA
256 ATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATAGAAAAAAAGGC-ATT-CATTAGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
4235 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTC
319 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
4259 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AATTTGAGTTGAATTGTTTTTATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATT
4323 TTT
65 TTT
4326 TGTTAAAGCC
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 57, Indels: 14
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 80 0.23
343 250 0.72
344 16 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTAGATAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTAATTAG
CAAAAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAACGCTTATTACTCACTTTAAATAGATTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGA
ATGCCTACCTTGAGAAACATAGAAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCC
Done.