Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402751.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5810.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 683
Length: 1139
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:342 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7--1139 Score: 1023
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
1 ACTTTC
* * * *
7 CTTCTCAATCAATGGCTTTTTCGA-ATGTTTCTCGAGTCAGACATTCAATTATTAC-CTGTTTTA
1 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTA-TACTCTGTTTTA
* * * *
70 AAGAAAAATGTAAAAAATTTTAACTTAAAATCAGTTATTAGATTATAAAATCATTTAAA-CTGAG
65 AA-AAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAG
* *
134 TAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTT
127 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
* ** * * * *
177 CATCTCAATGAATCACTTTTTCTACACCTTTAAT-GAGACAGACTTTCAATTATACTCTGTTTTA
1 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT-CTCGAGGCAGACATTCAATTATACTCTGTTTTA
* *
241 AAGAAAAATGTAAAAAATTTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGGT
65 AA-AAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
306 AACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
128 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
* * * * *
348 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGTAGACAATCACTTATAGTCTATTTTAA
1 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAA
* * ** *
413 AAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAGTTACGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAA
66 AAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
478 TAA-GCCTTTCAAAGGAATGGGTGACTCTAAATGTACTTTTT
130 TAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTT
* * * * * * * *
519 -TTGTCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCATGTTTCTGGAGGTAGACATTTAAATTATAATATGTTTT
1 CTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTACACGTTTCTCGAGGCAGACA-TTCAATTATACTCTGTTTT
*
582 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
64 AA-AAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* *
647 TAAT-AGGCCTTTAGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
127 TAATAAGG-CTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
* * * ** ** * * *
690 CTTTTCAATCAATGACTTTTTCTGTACGTTTCTCGAGTTAAACATTCAATTATTGC-CAGTTTTA
1 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTA-TACTCTGTTTTA
* * *
754 AAGAAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA-CTGAG
65 AA-AAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAG
* * * *
818 TAATAAGGCTATCGAAAGAATGGGTGATTAAAAATGGATTTTT
127 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
* * * * * * * * *
861 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTATACCTTTGAT-AAGGCAGGCTTTCAATTGTAGTCTTTTTTA
1 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT-CTCGAGGCAGACATTCAATTATACTCTGTTTTA
* * * *
925 ACAAAAAAAGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCGAGT
65 A-AAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
********** * * * * * *
990 AATNNNNNNNNNNAAGGAATAGATGACTTTAAATAGACTTTT
128 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
* * * * ** * *
1032 CTTATCAATGAAT-GCTTGTTTTTTCATGTTGGTCGAGGTAGACATTCAATTATA-TATGTTTTA
1 CTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTACACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATACTCTGTTTTA
* *
1095 ATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
65 A-AAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Statistics
Matches: 782, Mismatches: 152, Indels: 58
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.02
170 187 0.24
171 453 0.58
172 117 0.15
173 13 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAA
AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTT
Found at i:1031 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--1139 Score: 1172
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 337
* * * * *
1 ACTTTCCTTCTCAATCAATGGCTTTTTC-GAATGTTTCTCGA-GTCAGACATTCAATTATTACCT
1 ACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTCTGTACGTTTCTCGAGGT-AGACATTCAATTATTGCCA
* * *
64 GTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAATTTTAACTTAAAATCAGTTATTAGATTATAAAATCATTTAAA
65 GTTTTAAA-AAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
* * * *
129 CTGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATCACT
128 CTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAAT-GCT
* * * *
194 TTTTCTACACCTTTAATGAGACAGACTTTCAATTATACTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAT
192 TTTTCTATACCTTTAATGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAAA-AAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
259 TTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAAGA
256 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTAGAAAGA
324 ATGAGTGACTATAAATGG
321 ATGA-TGACTATAAATGG
* ** * * * *
342 ACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGTAGACAATCACTTATAGTCTA
1 ACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTCTGTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTG-CCA
* * *
407 -TTTTAAAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAGTTACGAGATTATAAAA-CTGTTTAAA
65 GTTTTAAAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAA
* * ** * *
470 GTGAGTAATAAGCCTTTC-AAAGGAATGGGTGACTCTAAATGTACTTTTT-TTGTCAATGAATGC
128 CTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATGGGTGACTAAAAATGGA-TTTTTCTTCTCAATGAATGC
* ** * * *
533 TTGTTTCT-T-CATGTTTCTGGAGGTAGACATTTAAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAA
191 TT-TTTCTATACCT-TTAAT-GAGGCAGAC-TTTCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATGTAA
*
596 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGCCTTTAG
251 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTAG
*
661 AAAGAATGGGTGACTATAAATGG
316 AAAGAAT-GATGACTATAAATGG
* * * *
684 ACTTTTCTTTTCAATCAATGACTTTTTCTGTACGTTTCTCGAGTTAAACATTCAATTATTGCCAG
1 ACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTCTGTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTGCCAG
* *
749 TTTTAAAGAAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAC
66 TTTTAAA-AAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAC
* *
814 TGAGTAATAAGGCTATCGAAAGAATGGGTGATTAAAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATGGCTT
129 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTT
* * * * * * *
879 TTTCTATACCTTTGATAAGGCAGGCTTTCAATTGTAGTCTTTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAA-
193 TTTCTATACCTTTAATGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAAT
* ********** *
943 TCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGA
257 TC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTAGAAAGA
* *
1008 ATAGATGACTTTAAATAG
321 AT-GATGACTATAAATGG
* * * * **
1026 ACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTGTTT-TTTCATGTTGGTCGAGGTAGACATTCAATTATAT--
1 ACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTT-TTTCTGT-ACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT-TGC
* *
1087 -ATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
63 CA-GTTTTAA-AAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 109, Indels: 58
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 12 0.02
341 179 0.27
342 345 0.52
343 103 0.16
344 17 0.03
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
ACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTCTGTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTGCCAG
TTTTAAAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACTG
AGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTT
CTATACCTTTAATGAGGCAGACTTTCAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTAGAAAGAATGAT
GACTATAAATGG
Found at i:1085 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 31--1139 Score: 1317
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
21 GCTTTTTCGA
* *
31 ATGTTTCTCGA-GTCAGACATTCAATTAT-TACCTGTTTTAA-AGAAAAATGTAAAAAATTTTAA
1 ATGTTGCTCGAGGT-AGACATTCAATTATATA--TGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTTAA
* * *
93 CTTAAAATCAGTTATTAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATGGG
62 CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGATTTAGAAAGAATGGG
* * * *
158 TGACTAAAAATGGATTTTTCATCTCAATGAATCACTTTTTCTACACCTTTAATGAGACAGACTTT
127 TGACTAAAAATGGACTTTTCATCTCAATCAATCACTTTTTCTACACCTTTAATGAGACAAACATT
* *
223 CAATTATACTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAATTTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATA
192 CAATTATACTCAGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAATTTCAACATAAAACCAATTATGAGATTATA
* * * *
288 AAACCATTTAAAGCGGGTAACAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT
257 AAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTATCGAAAGAATGAGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTCT
* * * * *
353 CAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCGAGGTAGACAATCACTTATAGTCTATTTTAAAAAAA
322 CAATGAATGGCTTTTTCTACACCTTTATCAAGGCAGACAATCAATTATAGTCTATTTTAAAAAAA
* * * * *
418 ATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAGTTACGAGATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGTAATAAGC
387 AAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGC
* * * *
483 CTTTCAAAGGAATGGGTGACTCTAAATGTACTTTTTTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTC
452 CTTTCAAAGGAATAGATGACTCTAAATGTACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTC
* * * *
543 ATGTTTCTGGAGGTAGACATTTAAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
1 ATGTTGCTCGAGGTAGACA-TTCAATTAT-ATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* *
608 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGC-GAGTAAT-AGGCCTTTAGAAAGAATGG
64 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAATC-ATTTAAA-CTGAGTAATAAGG-ATTTAGAAAGAATGG
* * * * ** * * **
670 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATCAATGACTTTTTCTGTACGTTT-CTCGAGTTAAACA
126 GTGACTAAAAATGGACTTTTCATCTCAATCAATCACTTTTTCTACACCTTTAAT-GAGACAAACA
* *
734 TTCAATTATTGC-CAGTTTTAAAGAAAAATGTTAAAAAA-TTCAACCTAAAACCAATTATGAGAT
190 TTCAATTA-TACTCAGTTTTAAAGAAAAATG-TAAAAAATTTCAACATAAAACCAATTATGAGAT
* * * * *
797 TATAAAATCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTATCGAAAGAATGGGTGATTAAAAATGGATTTTT
253 TATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAACAAGGCTATCGAAAGAATGAGTGACTAAAAATGGACTTTT
* * ** * *
861 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTATACCTTTGAT-AAGGCAGGCTTTCAATTGTAGTCTTTTTTA
317 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACCTTT-ATCAAGGCAGACAATCAATTATAGTCTATTTTA
* *
925 ACAAAAAAAGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCGAG
381 A-AAAAAAAGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
********** *
989 TAATNNNNNNNNNNAAGGAATAGATGACTTTAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
444 TAATAAGCCTTTCAAAGGAATAGATGACTCTAAAT-GTACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
*
1053 TTTC
508 CTTC
*
1057 ATGTTGGTCGAGGTAGACATTCAATTATATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
1 ATGTTGCTCGAGGTAGACATTCAATTATATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
1122 AAATCAATTATAAGATTA
66 AAATCAATTATAAGATTA
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 75, Indels: 32
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 74 0.15
513 299 0.59
514 130 0.26
515 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (511 bp):
ATGTTGCTCGAGGTAGACATTCAATTATATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
AAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAACTGAGTAATAAGGATTTAGAAAGAATGGGTGAC
TAAAAATGGACTTTTCATCTCAATCAATCACTTTTTCTACACCTTTAATGAGACAAACATTCAAT
TATACTCAGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAATTTCAACATAAAACCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTATCGAAAGAATGAGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTCTCAAT
GAATGGCTTTTTCTACACCTTTATCAAGGCAGACAATCAATTATAGTCTATTTTAAAAAAAAAGT
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT
CAAAGGAATAGATGACTCTAAATGTACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTC
Done.