Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402752.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5811.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 796
Length: 1327
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:289 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3--1284 Score: 1008
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 171
1 GG
* * *
3 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTATTTTTACAT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATGTTTACAT
* * * * *
67 TTTT-TGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTA--TCATGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTC
65 TTTTCT-TTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCTCAT--GAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
********** * *
129 ATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAACA-C
127 ATTGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGC
* * * *
174 CTTATTACTCGCTTTAGATAGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATATGTTTACATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTACATT
* * * *
239 TTTCTTTGAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCTCATGTAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
66 TTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* *
304 ACAAGAACAGTGCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGC
131 ACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * *
345 CTTATTACTCACTTGAAATAATTTTATATTCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTACATT
* * * * * * **
410 TTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATAAAGAAAAAATTATTCATT
66 TTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACC-TCATGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * **
474 GATATGAAAAGTGCATTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGC
130 GACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* *
516 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACAA
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATG-TTTACAT
** * * *
580 TTTTAGTT-AAACAGACAATAATT-AAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCAT
65 TTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAAA-GTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * * *
643 TGGCAAAAAAAGTTCATTTATGGTCACCCATTCTTTGAAAAGC
129 TGACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * *
686 CTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATAT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATGTTTACAT
* ** * * ** *
751 TTTT-TGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCCA-AAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA
65 TTTTCT-TTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCT-CATGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * *
814 TT-AGCAAGAAAAGTCCATTTAAAATCACCTATTCCTTCAAAAGC
128 TTGA-CAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * *
858 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTACATA
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTACATT
** * * * * * *
923 TTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT--TGGAAAACATGAAGTAAAAGGTATTCAT
66 TTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCTCAT-G-AAACATGAAGAAAAAAGCATTCA-
* ** * *
986 TTGTA-AA-AAAATGTTCATTTATAGTCATTCATTCTTTCACAAGC
128 TTG-ACAAGAAAA-GTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * ** * * *
1030 CTTATTAATTACTTTAAATGGTTTTATAATGGCATAATTGATTTTACGTTGAAT-TTTTTTCATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTACATT
*** ** ** * * * * * *
1094 TTTAGCTGGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT--TGAAAAAAGTGTA-AAAAAAGACATTAA
66 TTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCTCATG-AAACA-TGAAGAAAAAAG-CATTCA
* * * **
1156 TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGAT-ACCCATTTTTTCAAAAGC
128 TTGACAAGAAAAGTGCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
1200 CTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTATC-T
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTA-CAT
* *
1263 TTTTCATTAAAACAGACTATAA
65 TTTTCTTTAAAACAGACAATAA
1285 AGAAATATTT
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 177, Indels: 61
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 235 0.26
171 454 0.50
172 202 0.22
173 7 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTACATT
TTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAAAGTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
ACAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
Found at i:746 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 3--1327 Score: 1246
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 339
1 GG
*
3 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-AATAATTGATTTTAAGTT-AATTATTTTTACA
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA
* * * * * * * *
66 TTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTGTATCATGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCAT
64 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCAT
******** * * * * *
131 NNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAACA-CCTTATTACTCGCTTTAGATAG
129 --TGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * ** *
195 TCTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATATG-TTTACATTTTTCTTTGAAACAGACAATA
190 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACAATA
* * * * * * * *
259 ATTGAAA-GTCTACCTCATGTAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAACAGTGCATTTAT
254 ATT-AAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTAT
* *
323 AATCACCCATTCCTTCAAAAGC
318 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* * * *
345 CTTATTACTCACTTGAAATAATTTTATATTCTCATAAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * **
409 TTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAATTATTCATT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATT
* *
474 GATATGAAAAGTGCATTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
130 GA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
539 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTAGTT-AAACAGACAATAATT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATT
* *
603 AAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATGGTC
257 AAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTC
*
668 ACCCATTCTTTGAAAAGC
322 ACCCATTCTTTCAAAAGC
* * *
686 CTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATAT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * ** * ** * *
751 TTTTTGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATT
* * *
816 AGCAAGAAAAGTCCATTTAAAATCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
130 -G-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
880 TTTATAACCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATATTTAGTTAAAACAAACTATAA
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAAT-TTTAGTTAAAACAGACAATAA
* * * * * *
944 TTGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGTAAAAGGTATTCATTTGTAAAAAAATGTTCATTTAT
255 TTAAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAA-GTTCATTTAT
** *
1008 AGTCATTCATTCTTTCACAAGC
318 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGC
* * * ** * *
1030 CTTATTAATTACTTTAAATGGTTTTATAATGGCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTT-CA-T
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* ** * * * ** *
1093 TTTTAGCTGGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-AAAAAGTGTA-AAAAAAGACATTAA
66 TTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-TAAAGAAAAAAG-CATTCA
* ** *
1156 TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGATACC-CATTTTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATG
128 TT--GAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
1220 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTATC-TTTTTCA-TTAAAACAGACTA
189 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA-CAATTTT-AGTTAAAACAGACAA
** * * ** * * *
1282 TAAAGAAATATTTTTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
252 TAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 142, Indels: 53
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 195 0.24
342 464 0.57
343 76 0.09
344 74 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTG
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAAT
GTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
ATTCTTTCAAAAGC
Done.