Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397308.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_526.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 18460 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2093 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4--5416 Score: 3784
Period size: 341 Copynumber: 15.9 Consensus size: 340
1 GGT
* ** * *
4 AAGAAAAGTCCA-TTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * *
68 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGGATTTTTCTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
** * * * * *
133 TGTCCACCTCAAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACT
131 TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-
** ** *
198 TTTA-CCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
195 TCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
262 T-AATTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGCTTATATTTGAATGTCTGCC-ATGGAAAACGTGA
259 TGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGG-AAACGTGA
*
325 AGAAAAAACCATTCATTGGC
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* * * * * *
345 AAGAAAAGTCTACTTATAATCAC-CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATT-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
** * * * * * *
409 ATAATCTCATAATCAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTATTGATTAAAGTATATTTTAATTGT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
** * * * * * * *
474 ATGTCT-ATTTTGGAAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATT-AGCAAGAACAGTCCATTTATAGCC
130 ATGTCTGCCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
537 ACTCATGCCTTCG-AAACCGTTA-TA-TACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTG
193 ACTCAAGCCTTTGAAAACC-TTATTACT-CGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * *
599 GAGTTGGATTGTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTACCTATGGAAATGTA
255 AAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGGAAACGTG
* *
664 AAGATAAAGACATTCATTGAG-
320 AAGAAAAAGCCATTCATTG-GC
* * ** * *
685 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
* * ** * * **
750 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTAACATTTTTAATTAAAATATATGAT-ACTGCT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
* *** * *
814 TGTCTGCCTTAGGAGACACAAAGCAAAAGCCAACCATTAGCA-AAG-AAAGTCCA-TTATTGTCA
131 TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
876 CTCAAGCC-TTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAA
194 CTCAAGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
940 GTTTAATTTTCTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCT-CGAGAAACATGG
257 GTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATG-GAAACGTGA
* * *
1004 AGTAAAAGCTA-TCTATTGTC
321 AGAAAAAGCCATTC-ATTGGC
* * * * * ** *
1024 AAAAAAAGTTCATATATAGTCATTC--TTGCCTTCAAAAATCTTATTACTCT-CTTTAAATGCTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATT--CTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGATT
* * * *
1086 TTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATA-ACTTATATT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATA-TTATAAT
* * * * * * * * * *
1150 TGAATGTCTGTCAT-GAAAAACGTTAAGAAAAAAGCCATTCATTGACAGGAGAAGTCCACTTATA
127 TGAATGTCTGCCTTAG-GAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * **
1214 GTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG-TTTAAAATGATTTTATAATCTCATAATCAATT
190 GTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTT-AAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *** * *
1278 TTAAGTTGAATTCTTCTACATTATGGGTTAAAATATATTTTAATTGAATGTTTTTTTTTAGAAAC
253 TTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGGAAAC
* * * * *
1343 GTTAAGCAAAAGCCA-TCAACTAGT
317 GTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGC
* * ** *
1367 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGTCTTCGAAACCCTGATTACACGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
* ** * * * * * *
1431 ATAATCTC--AATTAATTTTTGGTTTG-ATTTTTTTACAGTTTGGGTTAAAAGAGATTATATTTA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* ** * * * * * *
1493 AATCTCTATCTT-GGTAAACGTAAAG-ATAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAGCCCATTTATAGT
129 AATGTCTGCCTTAGG-AAACGTGAAGCA-AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * * *
1556 CACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
192 CACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
1621 GGTTGAATTTTTTA-ATTTATTTGGTT-AAATATATTATAATTGATTGTTTGCCTCA-AGAAACA
256 AGTTGAATTTTTTACA-TT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-ATGGAAACG
* * **
1683 TGAAGCAAAAGCAAACCATTGGC
318 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * ** * * *
1706 AAGAAAGGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
* * * ** *
1771 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTCCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * **
1836 TGTCTACCTTGGGAAACGTGAACCAAAAGTCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
131 TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
1901 CATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTCTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTT
196 CAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
1966 AAATTGTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGCTTGTATTTGAATGTCTA-CTATGGAAACATGAAGA
260 GAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGGAAACGTGAAGA
* * * *
2029 GAAAAACCTTTCATTCGT
324 -AAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * ** *
2047 AGGAAAAGTCCACTTATAGTAACCCACTTCTTCGAAAGTGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
** * * *
2112 TAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGATTAAAATATATT-TTATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * *
2176 TGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACT-AGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
131 TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
2240 TCAAG-CTTTCGAAACCCTTATTACGCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTGAG
195 TCAAGCCTTT-GAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
2304 TTGGATTTTTTCACATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTAGGGAAGCATGAA
258 TTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGGAAACGTGAA
* * ***
2369 GATAAAGCCATTTATTAAT
322 GAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * *
2388 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCAAGTCTTCGAAAGTCTTGTTATTTACTTTAAAT-AGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTT
* * * * **
2452 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGATTAAAATATATTATAGCTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * ** *
2517 TTGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
2582 TCAAG-CTTTCGAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTGATAATCTCATAATTAATTTT-AG
195 TCAAGCCTTT-GAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
2645 TT-ATATTTTTGTATATTTTTGTTTAAAATATAATATAATTGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTG
258 TTGA-ATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAT-GGAAACGTG
* * **
2708 AAGAAAAAGCCATCCAGTACC
320 AAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * ** *
2729 ACA-ACAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCTTTCAAAAACCTTATTACTCG-TTTTGATGCTTT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTT
** * * * * **
2791 TATAATCTCATAGCTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGCTTAT-ATT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * *
2855 AGAATGTCTGCCAT-GGAAAACGTGATGAAAAAGACCATTCATTGATAGGAAATGTCCATTTATA
128 -GAATGTCTGCCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAG-CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * * * * * ** *
2919 GTCACT-TATTCTTTCGGAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTTGTAATCGATT
190 GTCACTCAAGCCTTT-GAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * ** * **
2983 TTGTGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGT-T-TGTTTCAAGAAC
253 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGGA-AAC
* * *
3046 GTGAAGCAAAAGCCACTCAATTGGA
317 GTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGC
* * * * ** *
3071 AAGAAAAATGCAATTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTGAAAT-AGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGA-TTT
* *
3134 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
** * * *** * * * *
3199 AAAATCTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTGCCCATTGGTAAAAAAAGTACATTCATAGTCA
129 AATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * *
3264 CTCAAGGCTTCGAAAGTCTTATTAGTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
194 CTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
3329 TTGAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGGAAACGTGA
258 TTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAT-GGAAACGTGA
* * *
3393 A-ATAAACCCATTCATTTGC
321 AGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * *** *
3412 AAGAGAAGTCCTTTTATAGTCAC-CAATGCCTTTGAAAGTCTTATTACCCACTTTTAAT-AGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTT
* * * * * * *
3475 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTATACTTTTGATTAAGATATATTATAACTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * *
3540 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
129 AATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
3605 CTCAAGACTTTGAAAACCTCATTACTCGTTTTAAATGCTTTTATAATATCATAACTGATTTTAAG
194 CTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
3670 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAAT-ATATGAATGTTTGCCTCA-AGAAACATG
258 TTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT-TGAATGTCTACCT-ATGGAAACGTG
* *
3733 AAAAAAAAGCCATTCATTGGA
320 AAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * *********
3754 AAGAAGAGTCCATTTGTAATCACTC-ATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNN
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
* * * ** * *
3818 NTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATGTTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
** * * * *
3883 ATGTCTATCTTAGTAAATGT-ATAGCAAAAGCCAGCCATTAGA-AAGAAAAGCCCATTTATAGTC
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACGTGA-AGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
3946 ACTTATA-CCTTGGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATAG-TTTATAATCTTATAATTGATTTTA
193 ACTCA-AGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * * * ** *
4009 AGTTAAATTTTTTTAACA-TTTTAATTAAAATATATTATAACTGATTATATACCT-TAGGCTACA
256 AGTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAT-GGAAACG
* * *
4072 TGAAGCAAAAGGC-TACCATTGGC
318 TGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGC
* * ** * * *
4095 AAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTAAATTA-TTCACTTTAAAT-AGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCT-TATTACTT-GCTTTAAATGA-TT
* * * ** ** *
4157 TTATAATTTCATAATTGATTTAAAGTTCAATTTTTTTATGTTGCTGGTTAAAATAGATTATAATT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * **
4222 GAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGCAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAACCCATTTA-AGT
128 GAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * **
4285 CACTCATA-CCTTGGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGGCTTATAATCTCATAATTGATTTTA
192 CACTCA-AGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * * * * *
4349 AGTTAAATTTTTTAACATTTTTTATTAGAATATATAATAACTGATTATCTACCT-TAGGAAACAT
256 AGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAT-GGAAACGT
* ** ** *
4413 GAAGCAAAAGATAACCATTGGT
319 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * * * *** *
4435 AAGAAAGGTCTACTTGTAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * *
4500 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
*** * * ** * * * *
4565 ATGTCTATTTTAGGAAACTTAAAGGTAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCAC
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * * ** * ***
4630 CCTTGCCATCGAAATTCTTATCACTTATTTTAAATGATTTTATAATCAT-ATAATTGATTTTAAG
195 TCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAG
* * * *
4694 TTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATAAT-ATATGAATGTTTACCT-TGAGAAACGT
258 TTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT-TGAATGTCTACCTATG-GAAACGT
**
4757 GAAGAAAAAAGCCATTCATTGTT
319 GAAG-AAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * *
4780 AAGAAAAGTCTATTTATAGTGA-TCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
** * * *
4844 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTTTATGTTGTTAGTTAAAATAAATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* *
4908 AATGTCTG-CTTAAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGCCCATTTATAGT
129 AATGTCTGCCTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * * *
4971 CACTCATGCC-TTGAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCAT-ATAAGTGACTTT
192 CACTCAAGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTT
** * * * ** * * *
5034 AAGTTGAATTTTTTAACATTTCAGGTTAAAATATATTATAACTGATTGTCTGTCTCTAGAAACAT
255 AAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGGAAACGT
* * * *
5099 AAAGCAAAAGCCA-ACTATTGGT
319 GAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGC
* * ** * * ** *
5121 AAGGAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGACTTACTACACGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * *
5186 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAGAT-TCATTATATTTAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-ATTATAATTGA
* *** * * * * *
5250 ATGCCAATCTTAGGAAACTTGAAG-ATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCA
130 ATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCA-AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
5314 CCCATGCC-TTCAAAATCCTTATAACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAA
194 CTCAAGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTT-AAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
5378 GTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
257 GTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
5417 GTTATTATCT
Statistics
Matches: 4012, Mismatches: 899, Indels: 321
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 26 0.01
339 357 0.09
340 681 0.17
341 1551 0.39
342 904 0.23
343 252 0.06
344 140 0.03
345 100 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
TGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTATGGAAACGTGAAGAAA
AAGCCATTCATTGGC
Found at i:3544 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--5416 Score: 3606
Period size: 171 Copynumber: 31.8 Consensus size: 169
* * * *
1 GGTAAGAAAAGTCCA-TTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * *
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGGATTTTTCTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * *** * * *
130 AAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATT
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTG-AAGAAAAGCCATTCATT
* * ** ** * **
171 GATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTTTA-CCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAAT-GC
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-
* * * **
234 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGCTTATA
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATA
* * * * *
298 TTTGAATGTCTGCCATGGAAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATT
127 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * * ** * ** * *
342 GGCAAGAAAAGTCTACTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
** * * * * *
407 TTATAATCTCATAATCAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTATTGATTAAAGTATATTTTAATT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* ** * * * * *
472 GTATGTCTATTTTGGAAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATT
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * * *
513 AGCAAGAACAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAA-CCGTTA-TA-TACACTTTAAATAG
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC-TTATTACT-CACTTTAAATAG
* ** * * * * * * *
575 TTTTATAATCTCATAAATGATTTGGAGTTGGATTGTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATT
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * *
640 TGAATGTCTACCTAT-GGAAATGTAAAGATAAAGACATTCATT
129 TGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTGAAGA-AAAGCCATTCATT
* * * * **
682 GAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAAT-GA
1 G-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-
* * ** *
745 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTAACATTTTTAATTAAAATATATGAT-A
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* ** * * * *** **
809 CTGCTTGTCTGCCTTAGGAGACACAAAGCAAAAGCCAACCATT
128 TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * ** * **
852 AGCAA-AGAAAGTCCA-TTATTGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAAT-GA
1 GGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-
* * * *
914 TTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAATTTTCTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * * * * *
979 TAAATGTCTACCTCGAGAAACATGGAGTAAAAGCTA-TCTATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTC-ATT
* * * * ** ** ** *
1021 -GTCAAAAAAAGTTCATATATAGTCATTCTTGCCTTCAAAAATCTTATTACTCTCTTTAAAT-GC
1 GGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-
* *
1084 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATA-ACTTATA
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATA-TTATA
* ** * ** *
1148 TTTGAATGTCTGTCATGAAAAACGTTAAGAAAAAAGCCATTCATT
127 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG--AAAAGCCATTCATT
** * * * ** * **
1193 GACAGGAGAAGTCCACTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGTTTAAA-ATGA
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-G-
** * * * *
1256 TTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCTTCTACATTATGGGTTAAAATATATTTTAA
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* *** ** * *
1321 TTGAATGTTTTTTTTTAGAAACGTTAAGCAAAAGCCA-TCAACT
128 TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTC-ATT
* * * * * * * * *
1364 AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAACCCTGATTACACGCTTTAAATGGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* ** * * * * * *
1429 TTATAATCTC--AATTAATTTTTGGTTTGATTTTTTTACAGTTTGGGTTAAAAGAGATTATATTT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * *
1492 AAATCTCTATCTTGGTAAACGTAAAGATAAAGCCATTCATT
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAGCCATTCATT
*** * * * * *
1533 AACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTATTCACTTTAAATAGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* *
1598 TTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA-ATTTATTTGGTT-AAATATATTATAAT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TT-TTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * * *** * * **
1661 TGATTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCAAACCATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * *
1703 GGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAAT-GAT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
* * ** *
1767 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTCCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAC
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * *
1832 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAACCAAAAGTCATTTATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA-GAAAAGCCATTCATT
* * * * *
1874 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTCTAAAT-GCT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
* * * * ** * *
1938 TTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTAAATTGTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGCTTGTATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * *
2002 TGAATGTCTA-CTAT-GGAAACATGAAGAGAAAAACCTTTCATT
129 TGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTG-A-AGAAAAGCCATTCATT
* * * * * *** * ** ** *
2044 CGTAGGAAAAGTCCACTTATAGTAACCCACTTCTTCGAAAGTGTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
** * * *
2109 TTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGATTAAAATATATT-TTATT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * *
2173 GAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACT
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * * * *
2214 AGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAACCCTTATTACGCGCTTTAAGTGGT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * * *
2278 TTTATAATCTCATAATTTATTTTGAGTTGGATTTTTTCACATTTTGGGTTAAAACAGATTATATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * * * *
2343 TAAATGTCTACCTAGGGAAGCATGAAGATAAAGCCATTTATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAGCCATTCATT
** * * * * * * * *
2385 AATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCAAGTCTTCGAAAGTCTTGTTATTTACTTTAAATAGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * **
2450 TTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGATTAAAATATATTATAGCT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * *** **
2515 GATTGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAACCATT
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * **
2556 GGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GA
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-
* * * * *
2619 TTTGATAATCTCATAATTAATTTT-AGTT-ATATTTTTGTATATTTTTGTTTAAAATATAATATA
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATATATTATA
*
2682 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCA--
127 ATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * **
2724 -GTACCACAACAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAACCTTATTACTC-GTTTTGAT
1 GGTA--AGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
** * * * * **
2786 -GCTTTTATAATCTCATAGCTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGCTT
62 AG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
* * * *
2850 AT-ATTAGAATGTCTGCCATGGAAAACGTGATGAAAAAGACCATTCATT
124 ATAATT-GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAG-CCATTCATT
* * * * ** * *
2898 GATAGGAAATGTCCATTTATAGTCACT-TATTCTTTCGGAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* ** * ** *
2962 TTTATATTCTTGTAATCGATTTTGTGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
** *** *
3027 GAATGT-T-TGTTTCAAGAACGTGAAGCAAAAGCCACTCAATT
130 GAATGTCTACCTTGGGA-AACGTGAAG-AAAAGCCATTC-ATT
* * * * * * * * *
3068 GGAAAGAAAAATGCAATTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTGAAATAGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
*
3133 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
** * * * * ****
3198 GAAAATCTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCTGCCCATT
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * * * * **
3239 GGTAAAAAAAGTACATTCATAGTCACTCAAGGCTTCGAAAGTCTTATTAGTCGTTTTAAATAGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* *
3304 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* *
3369 GAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAA-ATAAACCCATTCATT
130 GAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAGCCATTCATT
* * * * * * *
3409 TGCAAGAGAAGTCCTTTTATAGTCAC-CAATGCCTTTGAAAGTCTTATTACCCACTTTTAATAGT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
3473 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTATACTTTTGATTAAGATATATTATAAC
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
*** *
3538 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * **
3580 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGACTTTGAAAACCTCATTACTCGTTTTAAAT-GCT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
* * * * * *
3644 TTTATAATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAAT-AT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * *** * *
3708 ATGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATT
129 -TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG-AAGAAAAGCCATTCATT
* * * * * ******
3751 GGAAAGAAGAGTCCATTTGTAATCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNN
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
**** * * * *
3815 NNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTT-TATGTTGTTGGTTAAAATAGATTATAA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TT-TTGGTTAAAATATATTATAA
* * * * **
3879 TTGAATGTCTATCTTAGTAAATGT-ATAGCAAAAGCCAGCCATT
128 TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGA-AG-AAAAGCCATTCATT
* * * * * * *
3922 AGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTATA-CCTTGGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATAG-
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * **
3985 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAACA-TTTTAATTAAAATATATTATAA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* * * * * ** * * *
4049 CTGATTATATACCTTAGGCTACATGAAGCAAAAGGC-TACCATT
128 TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-TCATT
* * * ** * *
4092 GGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTAAATTATTCACTTTAAATAGT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
4156 TTTATAATTTCATAATTGATTTAAAGTTCAATTTTTT-TATGTTGCTGGTTAAAATAGATTATAA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TT-TTGGTTAAAATATATTATAA
* *** * * *
4220 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTGCAGCAAAAGCCATCCATT
128 TTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* ** * * * *
4263 GGAAAGAAAAACCCATTTA-AGTCACTCATA-CCTTGGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAAT-GG
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * ** * * *
4325 CTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTATTAGAATATATAATAAC
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * * * ** **
4390 TGATTATCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGATAACCATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * * * ** * * *
4432 GGTAAGAAAGGTCTACTTGTAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * *
4497 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTTGGTTAAAACAAATTATATT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA-CATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* ** * * * *
4562 TAAATGTCTATTTTAGGAAACTTAAAGGTAAAGCCATTCATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA-GAAAAGCCATTCATT
** * * * ** * * ** * * *
4604 GACAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCTTGCCATCGAAATTCTTATCACTTATTTTAAAT-GAT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-T
* *
4668 TTTATAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATAATA
65 TTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTT-AAA-ATATATTA
* *
4732 T-A-TGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATT
125 TAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG--AAAAGCCATTCATT
* * * * * *
4777 GTTAAGAAAAGTCTATTTATAGTGA-TCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * *
4841 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AACTTTTTT-TATGTTGTTAGTTAAAATAAATTATA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TT-TTGGTTAAAATATATTATA
* * * *
4904 ATTGAATGTCT-GCTTAAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
127 ATTGAATGTCTACCTT-GGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATT
* * * * ** * *
4948 AGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTGAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAAT-GG
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * **
5011 TTTATAATCAT-ATAAGTGACTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTCAGGTTAAAATATATTATAA
65 TTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* * ** * * * *
5075 CTGATTGTCTGTCTCT-AGAAACATAAAGCAAAAGCCA-ACTATT
128 TTGAATGTCTACCT-TGGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTC-ATT
* * * * * * * *
5118 GGTAAGGAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGACTTACTACACGCTTTAAATGGTT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * *
5183 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAGAT-TCATTATATT
66 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATAT-ATTATAAT
* * * * * *
5247 TAAATGCCAATCTTAGGAAACTTGAAGATAAAGCCATTCATT
129 TGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGA-AAAGCCATTCATT
** * * * * ** * * **
5289 GACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCACCCATGCCTTCAAAATCCTTATAACTTGCTTTAAA-AGGT
1 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GT
* * *
5353 TTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
5417 GTTATTATCT
Statistics
Matches: 4088, Mismatches: 990, Indels: 335
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 27 0.01
169 489 0.12
170 1252 0.31
171 1764 0.43
172 413 0.10
173 130 0.03
174 9 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATT
Found at i:5382 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 4--5416 Score: 3875
Period size: 512 Copynumber: 10.6 Consensus size: 509
1 GGT
* * **
4 AAGAAAAGTCCA-TTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** *
68 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGGATTTTTCTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAAT-TATTATATTTGAA
* * * * * * *
133 TGTCCACCTCAAGAAACATGAAAC-AAAAGCCATCCATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCAC
129 TGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * * *
197 TTTTACCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
194 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** * *
262 T-AATTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGCTTATATTTGAATGTCTGC-CATGGAAAACGTGA
259 TAAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTA-GG-AAACGTGA
* * * * * * * * * *
325 AGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATT
321 AGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCCTTATT
* * ** * * * *
390 ACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTATTGAT
385 ACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGT
* * * * * * * * *
455 TAAAGTATATTTTAATTGTATGTCTAT-TTTGGAAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTAGC
449 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAG-AAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGC
* * * *
516 AAGAACAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAA-CCGTTA-TA-TACACTTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC-TTATTACT-CACTTTAAATGGTTT
* ** * * * * **
578 TATAATCTCATAAATGATTTGGAGTTGGATTGTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TTATTATATTTGA
* * * * * * *
643 ATGTCTACC-TATGGAAATGTAAAG-ATAAAGACATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
128 ATGTCTACCTTA-GGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
706 ACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
192 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** * * ** * ***
771 GTTGAATTTCTTAACATTTTTAATTAAAATATATGAT-ACTGCTTGTCTGCCTTAGGAGACACAA
257 GTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACGTGA
* * * * *
835 AGCAAAAGCCAACCATTAGCAAAG-AAAGTCCA-TTATTGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT
321 AGCAAAAGCCATCCATTAG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCCTTAT
* * * * * *
898 TACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAATTTTCT-ACATTTTTGG
384 TACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGG
* * * ** * * * *
962 TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGGAGTAAAAGCTATCTATTGTC
448 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGC
* * * * ** * ** * *
1024 AAAAAAAGTTCATATATAGTCATTCTTGCCTTCAAAAATCTTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
1089 TAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAACTTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATTA-TTATATTTGAA
** * * * * * * * *
1154 TGTCTGTCAT-GAAAAACGTTAAGAAAAAAGCCATTCATTGACAGGAGAAGTCCACTTATAGTCA
129 TGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * **
1218 CTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG-TTTAAAATGATTTTATAATCTCATAATCAATTTTAA
193 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * ** *
1282 GTTGAATTCTTCTACATTATGGGTTAAAATATATTTTAATTGAATGTTTTTTTTTA-GAAACGTT
257 GTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG--TCTGCTTAGGAAACGTG
* * * * * *
1346 AAGCAAAAGCCATCAACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTCGAAACCCTGAT
320 AAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCCTTAT
* * ** * * *
1411 TACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC--AATTAATTTTTGGTTTG-ATTTTTTTACAGTTTGG
384 TACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTAACATTTTTG
* * * * * * * * **
1473 GTTAAAAGAGATTATATTTAAATCTCTATCT-TGGTAAACGTAAAG-ATAAAGCC-ATTCATTAA
447 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAG-AAACATAAAGCA-AAAGCCAACT-ATTGG
1535 C
509 C
* * * * *
1536 AAAAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
1601 TAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA-ATTTATTTGGTT-AAATATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TT-TTTGGTTAAAAT-TATTATATTTGA
* * * * * * * * * *
1664 TTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGC-AAAAGCAAACCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCA
128 ATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
1728 TTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
193 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * * *
1793 TTAAATATTTCCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAA
258 TTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTAGGAAACGTGAA
* * ** *
1858 CCAAAAGTCATTTATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAACCTTATT
322 GCAAAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTGAAAGCCTTATT
* * * * *
1922 ACTCGCTCTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTAAATTGTTTT-ATA-TTTTGG
385 ACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAACATTTTTGG
* ** * * * * * ** * *
1985 TTAAAACAGCTTGTATTTGAATGTCTA-CTATGGAAACATGAAGAG-AAAAACC-TTTCATTCGT
448 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACAT-AA-AGCAAAAGCCAACT-ATTGGC
* * * * *** ** **
2047 AGGAAAAGTCCACTTATAGTAACCCACTTCTTCGAAAGTGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * * *
2112 TAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGATTAAAATATATTTTA-TTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-TATTATATTTGAA
* * *
2176 TGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCACTAGTA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTC
129 TGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCA-TTG-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** * * *
2238 ACTCAAGCTTTCGAAACCCTTATTACGCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTGA
192 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * * * * * * *
2303 GTTGGATTTTTTCACATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTAGGGAAGCATGA
257 GTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTA-GGAAACGTGA
** * * * * * *
2368 AG-ATAAAGCCATTTATTA-ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATTCAAGTCTTCGAAAGTCTTG
321 AGCA-AAAGCCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCCTTA
* ** * * *
2431 TTATTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTG
383 TTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTG
* ** * * ** * * * *
2496 ATTAAAATATATTATAGCTGATTGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGC
447 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGC
* * * ** * *
2559 AAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAGAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTGA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2624 TAATCTCATAATTAATTTT-AGTT-ATATTTTTGTATATTTTTGTTTAAAATATAATATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAAT-TATTATATTTGA
* * * *
2687 ATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATCCAGT-ACCACAACAAGTCCATTTATAGTC
128 ATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTC
* * * * * ** * ** *
2750 ACTCAAGCTTTCAAAAACCTTATTACTCG-TTTTGATGCTTTTATAATCTCATAGCTAATTTTAA
192 ACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * ** *
2814 GTTAAATTGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGCTTAT-ATTAGAATGTCTGC-CATGGAAAACG
257 GTTAAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTCTGCTTA-GG-AAACG
* * * * * * * * *
2877 TGATGAAAAAGACCATTCATT-GATAGGAAATGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTCGGAAGCC
318 TGAAGCAAAAG-CCATCCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCC
* * * * ** * **
2941 TTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTTGTAATCGATTTTGTGTTGAATTTTTT-ACATTT
380 TTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTT
* * * * * * *
3005 TTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGTTTCAAG-AACGTGAAGCAAAAGCC-ACTCAATT
444 TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACT--ATT
*
3068 GGA
507 GGC
* * * * * * * *
3071 AAGAAAAATGCAATTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTGAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
3136 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-TATTATATTTGAA
** * * * *** ** * * *
3201 AATCTGCTTTAGGAAACGTGATGC-AAAAGCTGCCCATTGGTAAAAAAAGTACATTCATAGTCAC
129 TGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
3265 TCAAGGCTTCGAAAGTCTTATTAGTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
194 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * * * * *
3330 TGAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAA-
259 TAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTAGGAAACGTGAAG
* * * * * * *
3394 -ATAAACCCATTCATTTGCAAGAGAAGTCCTTTTATAGTCAC-CAATGCCTTTGAAAGTCTTATT
323 CA-AAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCC-TTGAAAGCCTTATT
* * * * *
3457 ACCCACTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTATAC--TTTTG
385 ACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-ACATTTTTG
* * * * * * * * * *
3520 ATTAAGATATATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGT
447 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGC
* * * * * ** *
3583 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGACTTTGAAAACCTCATTACTCGTTTTAAATGCTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
3648 TAATATCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATATGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TTATTATATTTGAA
* * * * * * * * * *
3713 TGTTTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAAAGCCATTCATTGGA-AAGAAGAGTCCATTTGTAATCA
129 TGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * **********
3776 CTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAG
193 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
3841 CTAAATTTTTTTATGTTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAGTAAATGT-AT
258 TTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTAGGAAACGTGA-
* * * * *
3905 AGCAAAAGCCAGCCATTAGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTATACCTTGGAAAGCATTATT
321 AGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCCTTATT
* * * * **
3970 ACTCTCTTTAAATAGTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAACA-TTTTAAT
385 ACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAACATTTTTGGT
* * * * * ** * * * *
4034 TAAAATATATTATAACTGATTATATACCT-TAGGCTACATGAAGCAAAAGGCTACCATTGGC
449 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTA-GAAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGC
* * * * * *
4095 AAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTAAATTATTCACTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
4159 ATAATTTCATAATTGATTTAAAGTTCAATTTTTT-TATGTTGCTGGTTAAAATAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TT-TTGGTTAAAAT-TATTATATTTG
* * * * * **
4223 AATGTCTGCCTCAAGAAATGTGCAGC-AAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAACCCATTTA-AGT
127 AATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
4285 CACTCATACCTTGGAAAGCATTATTACTCT-CTTTAAATGG-CTTATAATCTCATAATTGATTTT
191 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * * * * * * *
4348 AAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTATTAGAATATATAATAACTGATTATCTACCTTAGGAAACAT
255 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTAGGAAACGT
** * * * * * * * * * * * *
4413 GAAGCAAAAGATAACCATTGGTAAGAAAGGTCTACTTGTAGTCACTTAAGTCTTCAAAAGTCTTA
319 GAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAGCCTTA
** * *
4478 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTT
383 TTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAACATTTTT
* * * * * * ** * *
4543 GGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTAT-TTTAGGAAACTTAAAGGTAAAGCC-ATTCATTGA
446 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTA-GAAACATAAAGCAAAAGCCAACT-ATTGG
4606 C
509 C
* * * ** * ** * * * *
4607 AAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCTTGCCATCGAAATTCTTATCACTTATTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
4672 TAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTCAAACA-GATAATATAT
66 TAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTGGTT-AAA-ATTATTATATTT
* * * ** *
4735 GAATGTTTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGTTAAGAAAAGTCTATTTATAG
126 GAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
4799 TGA-TCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
190 TCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
4863 TAAGTTAACTTTTTTTATGTTGTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCTTAAGGAAATG
254 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT-AGGAAACG
* **
4928 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGTATT
318 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTG-AAAGCCTT
* * **
4993 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCAT-ATAAGTGACTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTCA
382 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTT
* * * *
5057 GGTTAAAATATATTATAACTGATTGTCTGTCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGT
446 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGC
* * * * * *
5121 AAGGAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGACTTACTACACGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5186 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAGATTCATTATATTTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATT-ATTATATTTGAA
* * * * * * * *
5251 TGCCAATCTTAGGAAACTTGAAG-ATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAGAGTCAC
129 TGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
5315 CCATGCCTTCAAAATCCTTATAACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGT
194 TCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
5380 TAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
259 TAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
5417 GTTATTATCT
Statistics
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Consensus pattern (509 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATTATTATATTTGAATG
TCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTAGGAAACGTGAAGCAA
AAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAATA
TATTATAATTGAATGTCTATCTCTAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACTATTGGC
Found at i:8077 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5984--8066 Score: 1686
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5974 NNNNNNNTTG
* * * *
5984 AATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGCA
1 AATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAG-A
* * ** *
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* * * * *
6112 TCGCTTTACATGGTTTTATATTCTTATAATTTATTTTACA-TT-
126 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTA
* ** * * * *
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1 AATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAG-A
* * * * * * * * * * *
6219 AAAGTCATTTATTGACATGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAATCATTATTACTC
63 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
6284 GTTTTATATGGTTTTATAATCTTATAATGGATTCTAAGTTA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * *
6325 AATTTTTTATGC-TATTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTA-CTCTGAGAAACGTGGAGA
1 AATTTTTT-TACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TG-GAAACATGAAGA
** * * * *
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* * * * * *
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126 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * * * * * *
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1 AATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAC-ATGAAG-
* * * * * **
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* * ** *
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* ** *
6667 AATTTTTTTACATTGTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATTTTGGGAAACGTGAAGCA
1 AATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAG-A
* * *
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** * * *
6794 GCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGCT-
126 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * *
6836 AATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAA-A-A-AATATTTAAATGTCTACATTGGAAAACGTGAAGAT
1 AATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACATGAAGA-
* * * * *
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63 AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
6962 CGCTTTAAATGTTTTTATTATCTCTTAATTGATTTTAAGTTG
128 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * *
7004 AATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATATTTGAATGTCTATCATGCGAAACATGGAGAA
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* ** * * ** * ** * *
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* * *
7134 TTGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTTATAATCGATTTTAAGTTA
126 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * ** *
7177 AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCT-GGTTCAGAAA-ATGTGAAG
1 AATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACA--TGAAG
** * * *
7240 CAAAAGCCAGCCACT-AGCAA-AAAAGTCCATCTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-CTCTTAGT
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* ** * * * *
7302 A--TGCACTTTAAACGACTTTATAATCTTATAATTAATTTTGAGTTG
124 ACTTG--CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * *
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1 AATTTTTTTACATTTT--TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACATGAAGA
* * * * *
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* * *
7475 TGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTCAGTTG
127 TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
** * * * * ** *
7517 AATTGCTTTACATTTTTTTTAACATATATTGTAATTGAATGTCTATTTTGGGAAACACGAAGTAA
1 AATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAG-AA
* *
7582 AAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
64 AAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * *
7646 GCTTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * ** *
7687 AATTTTTTCACATTTTTTGTTAAACTATAATATAATTGAACATCTA-CTATGAGAAACGTGAAGC
1 AATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TG-GAAACATGAAG-
*
7751 AAAAGCCA-TCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTAC
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* * * *
7815 TCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTTATTTTAAGTTA
126 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * *
7858 AATTTCTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAACTATGAAGAA
1 AATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAC-ATGAAGAA
* * * * *
7923 AATGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCAAATTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAATCCTTATTACTT
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* * *
7988 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTC
128 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
*
8029 AATTTTTTTATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
1 AATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAATAGATTATAATTG
8067 TACGTTTGCC
Statistics
Matches: 1529, Mismatches: 311, Indels: 145
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
AATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAA
GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
Found at i:13739 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 13426--17131 Score: 1441
Period size: 171 Copynumber: 21.9 Consensus size: 168
13416 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
13426 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * ** *
13491 GTAAATGCAC-TTTCTTTGCCAATGACTAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAATG-TAGACATTCAA
65 ATAAATGGACTTTTC-TT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAA-GATAGACATTCAA
** * *
13554 TTATAAAATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAA
127 TTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
13597 AATCTATTATGACATTATAACACCATGTAAAGATAGTAATAATATTTTCGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * *
13662 ATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGATAGACATGT-AAT
65 ATAAATGGACTTTTCT-TCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACAT-TCAAT
** *
13726 TATAATCTATTTTAACTACCAATAT-AAAGAATTCAACTTAA
128 TATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
13767 AATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* ** * * * * *
13832 ATAAGTTAACTTTTGTTGGC-AATGAATGACATTTTCTTCATGATTT-CTAAGGTCGACATTCAA
65 ATAAATGGACTTTTCTT--CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGATAGACATTCAA
** * * ** *
13895 TTATAATCTCCTTTAACCAAAAATTGATTATGAGATT--A--TAA
127 TTATAATCTATTTTAA-TAAAAA-T-ATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
13936 AA-C-------A-ATT-T--AA-CA--T---G-AGTAATAAGGCTTTCGAGGGCAAGGGTGACTA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
* * ** * * * *
13982 TAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAAAAAGATATTCAATTA
66 TAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTA
* * *
14047 TAATATATTTTATTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAA
130 TAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
14086 AATCAAATATGAGATTATAAAATCATTTAAAATAAGTAATAGGACTTTTGAAGGCGTGAATGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * *
14151 ATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTTTCAT-TTT-CTGAGGTAGACATTTAA
65 ATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGGCTTTT--TCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAA
* * ** * *
14214 ATATAATTTGGTTTAACCT-AAAATATAAAAAACTTCAACCTAA
127 TTATAATCTATTTTAA--TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** ** *
14257 AATCAATTACGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTGAGAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * * * * *
14322 ATAAATAGACTTTTCTCACTAGTGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAAACAAACATTCAATG
65 ATAAATGGACTTTTCT-TCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATT
* *
14387 ATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAT
129 ATAATCTATTTTAAT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAA
* **
14429 AATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA-AGCTTTTAAAGGCAT-AGGTGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGA-CTTTCGAAGGCATGA-GTGA
* * ** *
14492 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTT-CTAGAGGCAGACACTTG
63 CTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGATAGACA-TTC
* ** *
14556 AA-TATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATT-ATAC-TAA
125 AATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAA
* * * * * * * * *
14599 AATTAATTATGAGAATGTAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGAATTTCAAAGGCTTGAATGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
14664 ATAAATAGACTTTTC-TCGTTAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTATCCT-AGAACAGGCATTCAA
65 ATAAATGGACTTTTCTTC--TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG-ATAGACATTCAA
* * *
14727 TTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACTTAA
127 TTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
14770 AATCAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGAAT-AGGTGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGA-GTGAC
* * * * * * *
14834 TATAAATGAACTTTTTTTGCCAACGAATGG-TTTTT-TT-ATGTTT-TTCGAGATAAACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGATAGACATTCAA
* * * * *
14895 ATATAATCTATTTTGAGTAAAAATGTAAAAAAAATAAAC-TACA
127 TTATAATCTATTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-A
* * * * * *
14938 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCCTTT-GAGGGGATAAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAA-GACTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * ** * *
15002 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCCTAAAGA-AGATATTTAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGATAGACATTCAA
*
15066 TTATAATCTATTTTAATCAACAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
127 TTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
15108 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATACG-AGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-A-GTAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * ** * * *
15172 TATAAATGGATTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTCCATGTTTCCCACTACAAACATTAAAT
64 TATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAAT
* * **
15237 TATAATCTATTTTAACTAAAACTGTGGAAAAATTCAACTTAA
128 TATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* *************************
15279 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AA--AG-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
*****************************************************************
15336 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TAAATGGACTTTTCTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTAT
***** * *
15401 NNNNNATTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAA
131 AATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
15440 AATCAATTATGAAATTATAACATCATTTACAGCAAGTACTAAGGCTTT-GAAGACATG-GATGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAG-TGAC
* * ** * * * *
15503 TATAAATGGGCTTTTCTTAAC-AATGAATGGTTTTTTCTTCACATTT-GTCAAGGTAGACTTTTA
64 TATAAATGGACTTTTCTT--CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGATAGACATTCA
* * * * * * *
15566 AATATAATATGTTTTAATCAACAATGTAAAAATATTCAACCTAA
126 ATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * ** * * *
15610 AATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAGGGGTTTCAAAGGCTTGCGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * ** ** *
15675 ATAAATGAACTTTCCTTACTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTAA-AGCAGACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGA-TAGACATTCAAT
* * * ******
15739 TATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAGAATTCANNNNNN
128 TATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
**** * * * * * * *
15781 NNNNAATTATGAGATTAT-AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * * ** * * * *
15845 ATGAATAGACGTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTCAAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATT
*
15910 ATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
129 ATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * * *
15950 AATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTATAGTAGGTAATAAGGGTTTCAAAGGCTTGCGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA-GTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * *
16015 ATAAATGAACTTTTCTTACTAGTAGATAT--CTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCA-A-ACATTC
65 ATAAATGGACTTTTCTT-CTAAT-GA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAG-ATAGACATTC
* * *
16076 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAA
125 AATTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* ********** * * * *
16121 AATCTATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCAAGTAATAAG--GTT-GAAGGAATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * * ** * ** * *
16183 ATGACTGGACTTTTGTTACCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGCCAAACATTCAAA
65 ATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGATAGACATTCAAT
* *
16247 TATAATCTATTTTAACTGAAAATATAAGAAAATTCAACTTAA
128 TATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * **
16289 TATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGT-GTAACAAGGCTTTTGAATGCTTGAGCAAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA-GTAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *
16353 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTACTTCATGTTTTCCAAAG-TAAACATGCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGATAGACATTCAA
* * * *
16417 CTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAGAAA--AAACTTAA
127 TTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAA
* ** * * * *
16459 AATGAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAATATTTTTGAAGGCATGAGTGGCT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACT
* * * ** * *
16524 ATAAGTGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTTCTTAAG-TAGACATACAAT
65 ATAAATGGACTTTTCT-TCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGATAGACATTCAAT
* * * **
16588 TATAATGTATTTTAACTAATAATATAAAAAACTTTGACTTAA
128 TATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
16630 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATATGGCTTTCGAAGGCTTGAGT-AGC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGA-C
* * * * * **
16694 TATAAGTTGACTTTTCTTGAC-AATGAAT-GATATTCTT-TTCATGGTT-CTGGAGGCAGACATT
64 TATAAATGGACTTTTCTT--CTAATGAATGGCT-TT-TTCTTCATGTTTCCT-AAGATAGACATT
* * *
16755 CAATTATAATCTATTTTGATCAAAAATATAAAGAAATTCAATTTAA
124 CAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
** * * * * *
16801 AATTGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTG-GTGAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGCA-TGAGTGAC
* ** * * * * * * *
16865 TATAAATGAACTTTTTCTGTC-AACAAACGGCTTTTTCTTTATATTTTCTAAGGTAAATATTCAA
64 TATAAATGGAC-TTTTCT-TCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAA
* * * *
16929 TTACAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAA
127 TTATAATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
16972 AATCAAATATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCTCTGAGTCAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGACTTTCGAAGGC-ATGAGTGAC
* ** * *
17036 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATG-TTCCTAA-AGTAGATATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGA-TAGACATTCAA
*
17099 TTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
127 TTATAATCTATTTTAAT-AAAAATATAAAAAAA
17132 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2569, Mismatches: 805, Indels: 323
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
146 7 0.00
147 1 0.00
148 9 0.00
149 80 0.03
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151 2 0.00
154 1 0.00
156 1 0.00
157 2 0.00
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160 5 0.00
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173 10 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGATAGACATTCAATTAT
AATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:13869 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 13426--13903 Score: 444
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 166
13416 NNNNNNNNNN
* * * * *
13426 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTAACT
1 AATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
13491 GTAAATGCACTTTCTTTGCCAATGACTAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAATT
65 ATAAATGAACTTT-TTTG-CAATGAAT-ACTTTTTCTTCATGTTTTCTAA-GTAGACATTCAATT
** *
13556 ATAAAATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAA
126 ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAA
* * * *** *
13597 AATCTATTATGACATTATAACACCATGTAAAGAT-AGTAATAATATTTTCGAAGGCATGAGTGAC
1 AATC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGAC
* * *
13661 TATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATAGCTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGATAGACATGT-A
64 TATAAATGAACTTTT-T-TGC-AATGAATA-CTTTTTCTTCATGTTTTCTAAG-TAGACAT-TCA
** * *
13724 ATTATAATCTATTTTAACT-ACCAATAT-AAAGAATTCAACTTAA
123 ATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAA
* *
13767 AATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACT
* * * * *
13832 ATAAGTTAACTTTTGTTGGCAATGAATGACATTTTCTTCATGATTTCTAAGGTCGACATTCAATT
65 ATAAATGAACTTTT-TT-GCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATGTTTTCTAA-GTAGACATTCAATT
13897 ATAATCT
126 ATAATCT
13904 CCTTTAACCA
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 45, Indels: 31
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 123 0.50
171 117 0.47
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
AATCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTA
TAAATGAACTTTTTTGCAATGAATACTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGTAGACATTCAATTATAAT
CTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAA
Found at i:14042 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 13773--14050 Score: 339
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
13763 TTAAAATCAG
* ** *
13773 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGT
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAAGAGTGACTATAAGA
* ****
13838 TAACTTTTGTTGGCAATGAATGACATTTTCTTCATGATTTCTAAGGTCGACATTCAATTATAATC
66 TAACTTTTCTTGGCAATGAATGACATTTTCTTCATGATTTCTAAAAAAGACATTCAATTATAATC
13903 TCCTTTAACCAAAAATTGA
131 TCCTTTAACCAAAAATTGA
* * *
13922 TTATGAGATTATAAAACAATTTAACA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCAAGGGTGACTATAA-
1 TTATGAGATTATAAAACAATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAAGAGTGACTATAAG
* ** * *
13985 ATAGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGC-TTTTACTTCATG-TTTCCTAAAAAAGATATTCAATTAT
65 ATA-ACTTTTCTTGGCAATGAATGACATTTT-CTTCATGATTT-CTAAAAAAGACATTCAATTAT
14048 AAT
127 AAT
14051 ATATTTTATT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 17, Indels: 8
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
148 9 0.08
149 98 0.91
150 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (149 bp):
TTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAAGAGTGACTATAAGA
TAACTTTTCTTGGCAATGAATGACATTTTCTTCATGATTTCTAAAAAAGACATTCAATTATAATC
TCCTTTAACCAAAAATTGA
Found at i:14363 original size:490 final size:489
Alignment explanation
Indices: 13431--14367 Score: 1072
Period size: 490 Copynumber: 1.9 Consensus size: 489
13421 NNNNNAATCA
* * * *
13431 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCCATGGGTAACTGTAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCAAGGGTAACTATAAA
* ***
13496 TGCACTTTCTTTGCCAATGACTAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAATTATAAA
66 TGCACTTTCTTTGCCAATGACTAACTTTTACTTCATGTTTCCCAAAAAAGACATTCAATTATAAA
* * * *
13561 ATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCTATTATGACATTATAACACCATGTA
131 ATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAATATGACATTATAAAACCATGTA
* * * *
13626 AAGATAGTAATAATATTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATAG
196 AAGATAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAATGACAATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATAG
* * * * * *
13691 CTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGATAGACATGTAATTATAATCTATTTTAACTACCAATATAAAGA
261 CTTTTGCTTTATATTTTCTAAGATAGACATGTAAATATAATCTAGTTTAACTACAAATATAAAAA
* * * * *
13756 ATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
326 ATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCGTTCAAAGG
* * **
13821 CTTGAGTGACTATAAGTTAACTTTTGTTGGCAATGAATGACATTTTCTTCATGATTTCTAAGGTC
391 CTTGAGTGACTATAAGATAACTTTTGCTCACAATGAATGACATTTTCTTCATG-TTTCTAAGGTC
13886 GACATTCAATTATAATCTCCTTTAACCAAAAATTG
455 GACATTCAATTATAATCTCCTTTAACCAAAAATTG
* * * * *
13921 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAACA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCAAGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCAAGGGTAACTATAA
* ** ** * *
13985 ATAG-ACTTT-TCTTGTCAATGGGTGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAAAAAAGATATTCAATTAT
65 AT-GCACTTTCT-TTGCCAATGACTAACTTTTACTTCATGTTTCCCAAAAAAGACATTCAATTAT
* * * * * *
14048 AATATATTTT-ATTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAATCAT
128 AAAATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAATATGACATTATAAAACCAT
* * * * *
14112 TTAAA-ATAAGTAATAGGACTTTT-GAAGGCGTGAATGACAATAAATGGGCTTTTCT-TGTCAAT
193 GTAAAGAT-AGTAATAAGA-TTTTCGAAGGCATGAATGACAATAAATGGACTTTTCTCTCT-AAT
* * * * * *
14174 GAATGGCTTTTGCTTT-TCATTTTCTGAGGTAGACATTTAAATATAATTTGGTTTAACCTA-AAA
255 GAATAGCTTTTGCTTTAT-ATTTTCTAAGATAGACATGTAAATATAATCTAGTTTAA-CTACAAA
*
14237 TATAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGG-
318 TATAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
* * * *
14301 GTTGAGAAGGCTTGAGTGACTATAA-ATAGACTTTT-CTCACTAGTGGATGGC-TTTTACTTCAT
382 GTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAGATA-ACTTTTGCTCAC-AATGAATGACATTTT-CTTCAT
14363 GTTTC
443 GTTTC
14368 CCAAAACAAA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 65, Indels: 27
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
488 5 0.01
489 157 0.43
490 205 0.56
491 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (489 bp):
ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCAAGGGTAACTATAAA
TGCACTTTCTTTGCCAATGACTAACTTTTACTTCATGTTTCCCAAAAAAGACATTCAATTATAAA
ATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAAATATGACATTATAAAACCATGTA
AAGATAGTAATAAGATTTTCGAAGGCATGAATGACAATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATAG
CTTTTGCTTTATATTTTCTAAGATAGACATGTAAATATAATCTAGTTTAACTACAAATATAAAAA
ATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCGTTCAAAGG
CTTGAGTGACTATAAGATAACTTTTGCTCACAATGAATGACATTTTCTTCATGTTTCTAAGGTCG
ACATTCAATTATAATCTCCTTTAACCAAAAATTG
Found at i:15008 original size:168 final size:166
Alignment explanation
Indices: 13921--15310 Score: 690
Period size: 170 Copynumber: 8.2 Consensus size: 166
13911 CCAAAAATTG
* * * * *
13921 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAACA-TGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCAA-GGGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGCCTTT-GAAGG-AATAGGTGACTATA
* * ** * * * * *
13984 AAT-AGACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCTTTTACTTCATG-TTTCCTAAAAAAGATATTCAATTA
63 AATGA-ACTTTTTTTGCCAATGAATGG-TTTT--TTTATGTTTTTC-AAGAAA-ACATTCAAATA
* * *
14047 TAATATATTTT-ATTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCA
122 TAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *** * * ** * *
14091 AATATGAGATTATAAAATCATTTAAAATAAGTAATAGGACTTTTGAAGGCGT-GAATGACAATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CCTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAA
** * * * * * * * *
14155 ATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTTTCAT-TTTCTGAGGTAGACATTTAAATATA
64 ATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGG--TTT--TTTT-ATGTTTTTCAAGAAAACATTCAAATATA
* ** * *
14219 ATTTGGTTTAACCT-AAAATATAAAAAACTTCAACCTAAAATCA
124 ATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * ** ** * * *
14262 ATTACGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTGAGAAGG-CTTGAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT-TGAAGGAATAG-GTGACTATAA
* ** * * * * ** *
14326 AT-AGACTTTTCTCACTAGTGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAAACAAACATTC-AATGAT
64 ATGA-ACTTTTTTTGCCAATGAATGG-TTTT--TTTATGTTTTTCAAGA-AAACATTCAAAT-AT
* * *
14389 AATATATTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTATAATCG
123 AATCTATTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
** * * *
14434 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
14499 TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCT-AGAGGCAGACACTT-GAATATA
65 TGAACTTTTTTTGCCAATGAATGG-TTTTT-TT-ATGTTTTTCA-A-GAAAACA-TTCAAATATA
* ** * *
14562 ATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATT-ATAC-TAAAATTA
124 ATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCA
* * * ** * * * *
14604 ATTATGAGAATGTAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGAATTTCAAAGG-CTTGAATGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT-GAAGGAATAG-GTGACTATAA
* * ** * * * * * * * *
14668 AT-AGACTTTTCTCGTTAGTGGATGGCTTTTGCTTCATG-TATCCTAGAACAGGCATTCAATTAT
64 ATGA-ACTTTTTTTGCCAATGAATGG-TTTT--TTTATGTTTTTCAAGAA-A-ACATTCAAATAT
* * *
14731 AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCA
123 AATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
14775 ATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATAGGTGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT-GAAGGAATAGGTGACTATAAA
* *
14840 TGAACTTTTTTTGCCAACGAATGGTTTTTTTATGTTTTTCGAGATAAACATTCAAATATAATCTA
65 TGAACTTTTTTTGCCAATGAATGGTTTTTTTATGTTTTTCAAGA-AAACATTCAAATATAATCTA
* * * * *
14905 TTTTGAGTAAAAATGTAAAAAAAATAAAC-TACAAATCA
129 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCA
* * * *
14943 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCCTTTGAGGGGATAAGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
* * * ** * * * * * *
15008 T-AGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTCCTAAAGAAGATATTTAATTATAA
65 TGA-ACTTTTTTTGCCAATGAATGG-TTTT--TTTATGTTT-TTCAAGAAAACATTCAAATATAA
* *
15072 TCTATTTTAA-TCAACAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTA
125 TCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
15113 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAATA-CGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGCC-TTTGAAGGAATAGGTGACTATAA
* * * * ** **
15177 ATGGA-TTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTCCATGTTTCCCACTACAAACATT-AAATTAT
64 ATGAACTTTTT-TTGCCAATGAAT-GGTTTTT-T-TATGTTTTTCAAGA-AAACATTCAAA-TAT
* * **
15240 AATCTATTTTAACTAAAACTGTGGAAAAATTCAACTTAAAATCA
123 AATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
15284 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
15311 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 219, Indels: 139
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 122 0.13
169 46 0.05
170 326 0.35
171 293 0.31
172 128 0.14
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
GAACTTTTTTTGCCAATGAATGGTTTTTTTATGTTTTTCAAGAAAACATTCAAATATAATCTATT
TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:16689 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 15592--17128 Score: 968
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 335
15582 ATCAACAATG
* * * * * *
15592 TAAAAATATTCAACCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAGGGGTT
1 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** * * * * * * *
15657 TCAAAGGCTTGCGTGACTATAAATGAACTTTCCTTACTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTT
65 TCGAA-GCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGATTTT-CTT--CATGTTC
* * * * * ***********
15722 TAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAGAATTCANNNNNNNNNNAA
125 CAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAGAAATAAACTTAAAATTGA
* * ** * * * *
15787 TTATGAGATTAT-AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATGAAT
190 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATTGGTGACTATAAAT
* * ** * * ** * * * * * *
15851 -AGAC-GTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGATATTCAAATATAA
255 GA-ACTTTTTC-TGCCAACAAACGGCTTTCGCTTCATATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAA
*
15914 TCTATTTTAACCAAAAATA
318 TCTATTTTAA-CTAAAATA
* * * * *
15933 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTATAG-TAGGTAATAAGGGTT
1 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT
* * ** * * * * ***
15997 TCAAAGGCTTGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAGTAGATATCTTTTGCTTCATGTTTCC
65 TCGAA-GCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGATTTT-CTTCATG-TTCC
* * * * * *
16062 TGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCT
126 -AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAGAAATAAACTTAAAAT-T
********** * * * * * * *
16126 -ATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCAAGTAATAAG--GTT-GAAGGAATGGGTGACTATGA
188 GATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATTGGTGACTATAA
* * * ** * ** ** ** * ** *
16187 CTGGACTTTTGT-TACCAATGAATGATTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGCCAAACATTCAAATATA
253 ATGAACTTTT-TCTGCCAACAAACGGCTTTCGCTTCATATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATA
16251 ATCTATTTTAACTGAAAATA
317 ATCTATTTTAACT-AAAATA
* * * * * *
16271 TAAGAAAATTCAACTTAATATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAACAAGGCTT
1 TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*
16336 TTGAATGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGATTTTACTTCATGTTTTC
65 TCGAA-GCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGATTTT-CTTCATG--TTC
* * * *
16401 CAAAGTAAACATGCAACTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAGAAA-AAACTTAAAA-TGA
125 CAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAGAAATAAACTTAAAATTG-
* * * * ** *
16464 ATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAATATTTTTGAAGGCA-TGAGTGGCTATAA
189 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATTG-GTGACTATAA
* * *** * * * *
16528 GTGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTTCTTAA-GTAGACATACAATTAT
253 ATGAACTTTT-TCTGCCAACAAACGGCTTTCGCTTCATATTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTAT
*
16591 AATGTATTTTAACTAATAATA
316 AATCTATTTTAACTAA-AATA
** * * *
16612 TAAAAAACTTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATATGGCTT
1 TAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
16677 TCGAAGGCTTGAGTAGCTATAAGTTGACTTTTCTTGACAATGAAT-GATATTCTTTTCATGGTTC
65 TCGAA-GCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGGATGGAT-TT-TCTTCAT-GTTC
** * * * * * *
16741 TGGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTGATCAAAAATAT-AAAGAAATTCAATTTAAAATT
125 -CAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAGAAA-TAAACTTAAAATT
* *
16805 GATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATTGGTGATTATAA
188 GATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATTGGTGACTATAA
* ** * * *
16870 ATGAACTTTTTCTGTCAACAAACGGCTTTTTCTTTATATTTTCTAAGGTAAATATTCAATTACAA
253 ATGAACTTTTTCTGCCAACAAACGGCTTTCGCTTCATATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAA
* *
16935 TCTGTTTTAACCAAAAATA
318 TCTATTTTAA-CTAAAATA
* *
16954 TAAAAATATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
17019 TCGAAGCTCTGAGTC-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATGTTCC
65 TCGAAGCT-TGAG-CAACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATGGATGGATTTT-CTTCATGTTCC
* *
17083 TAAAGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA
126 -AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA
17129 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 193, Indels: 87
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 1 0.00
338 122 0.13
339 148 0.15
340 184 0.19
341 275 0.29
342 218 0.23
343 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
CGAAGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGGATGGATTTTCTTCATGTTCCAAAGT
AGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAGAAATAAACTTAAAATTGATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATTGGTGACTATAAATGAACTT
TTTCTGCCAACAAACGGCTTTCGCTTCATATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTT
AACTAAAATA
Found at i:18064 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 17333--18141 Score: 948
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
17323 NNNNNNNNNN
* * *
17333 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAAT-GATTTT
* * **
17398 CCTGT-AAGTTTCTAAAGGTAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACTTAAAATGTAAAAAAATT
65 TCT-TCAAGTTTCTAGAGGTAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATT
* * * *** * ** *
17462 ATACTAAAATCAATTATAAGAATGCACAACCATTTAAAGTGTGTAATATGGGTTTCCAAAGCATG
129 ATACTAAAATAAATTATAAGAACGCAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAATTTCAAAAGCATG
* * *
17527 AGAGACTATAGATAGACTTTTCTTTCGCTAGTGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAACAAA
194 AGAGACTATAAATAGACTTTTC-TTCACTAGTGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCCTCAAAACAAA
*
17592 AATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAGTACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGAT
258 AATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGAT
17657 TATAAAATAATTTAAAGCA
323 TATAAAATAATTTAAAGCA
* * * *
17676 AGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGAGTTTTTCTTATTAATGAATAGATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAAT-GATTTT
* * * * *
17741 TCTTCACGTTTCCAGAGGTGGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACCCACAATGTAAAAAAATTC
65 TCTTCAAGTTTCTAGAGGTAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTA
* * * * *
17806 TACTAAAATAAATTATGAGAACGTAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGAATTTTAAAAGCTTGA
130 TACTAAAATAAATTATAAGAACGCAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAATTTCAAAAGCATGA
* *
17871 -ATGACTATAAATAGACTTTTC-TCATTAGTGGAT-GACTTTTGCTTCATGTATCCT-AGAACAA
195 GA-GACTATAAATAGACTTTTCTTCACTAGTGGATAG-CTTTTGCTTCATGT-TCCTCAAAACAA
* * * *** *
17932 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGA
257 AAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGA
* *
17997 TTATAAAACT-ATTTAAGGTA
322 TTATAAAA-TAATTTAAAGCA
* * * * * *
18017 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAATGATTTTT
* * * * * * ** *
18082 -TTCATGTTTCTTGATGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTGACAAAAAAAGTAAAAAAA
66 CTTCAAGTTTCTAGAGGTAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAA
18142 AAAAAACTTA
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 69, Indels: 14
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 48 0.12
340 8 0.02
341 151 0.39
342 6 0.02
343 179 0.46
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTATCAATGAATGATTTTT
CTTCAAGTTTCTAGAGGTAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTAT
ACTAAAATAAATTATAAGAACGCAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAATTTCAAAAGCATGAG
AGACTATAAATAGACTTTTCTTCACTAGTGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCCTCAAAACAAAAAT
TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGATTAT
AAAATAATTTAAAGCA
Found at i:18143 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17333--18187 Score: 916
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 342
17323 NNNNNNNNNN
* * * ** ** * *
17333 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTT
* * * * * **
17398 CCTGT-AAGTTTCTAAAGGTAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACTTAAAATGTAAAAAAATT
66 TCT-TCACGTTTCCAGAGGCAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *** * ** *
17462 ATACTAAAATCAATTATAAGAATGCACAACCATTTAAAGTGTGTAATATGGGTTTCCAAAGCATG
130 ATACTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAATTTCAAAAGCATG
* * *
17527 AGAGACTATAGATAGACTTTTCTTTCGCTAGTGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAACAAA
195 AGAGACTATAAATAGACTTTTC-TTCACTAGTGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCCTCAAAACAAA
*
17592 AATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAGTACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGAT
259 AATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGAT
17657 TATAAAATAATTTAAAGCA
324 TATAAAATAATTTAAAGCA
* * * ** **
17676 AGTAATAAAGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATGAGTTTTTCTTATTAATGAATAGATTTT
1 AGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTT
** ** * *
17741 TCTTCACGTTTCCAGAGGTGGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACCCACAATGTAAAAAAATTC
66 TCTTCACGTTTCCAGAGGCAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTA
* * * * *
17806 TACTAAAATAAATTATGAGAACGTAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGAATTTTAAAAGCTTGA
131 TACTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAATTTCAAAAGCATGA
* *
17871 -ATGACTATAAATAGACTTTTC-TCATTAGTGGAT-GACTTTTGCTTCATGTATCCT-AGAACAA
196 GA-GACTATAAATAGACTTTTCTTCACTAGTGGATAG-CTTTTGCTTCATGT-TCCTCAAAACAA
* * * *** *
17932 ACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGA
258 AAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGA
* *
17997 TTATAAAACT-ATTTAAGGTA
323 TTATAAAA-TAATTTAAAGCA
* * *
18017 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-GATTTT
1 AGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTT
* ** * * * * **
18081 T-TTCATGTTTCTTGATGCAGACATTTAAATATAATCTGTTTTGACAAAAAAAGTAAAAAAAAAA
66 TCTTCACGTTTCCAGAGGCAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATT
* * *
18145 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
130 ATAC-TAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCAA
18188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 78, Indels: 16
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 41 0.10
340 17 0.04
341 184 0.43
342 6 0.01
343 179 0.42
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AGTAATAAAGCTTTCGAAAGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAGATTTT
TCTTCACGTTTCCAGAGGCAGACACTTAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTA
TACTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAATTTCAAAAGCATGA
GAGACTATAAATAGACTTTTCTTCACTAGTGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCCTCAAAACAAAAA
TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAAAAAACTTAAAATCGACTATGAGATTA
TAAAATAATTTAAAGCA
Found at i:18786 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18511--19077 Score: 464
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
18501 TTTTCACAAC
* * * * * * * * **
18511 AAATGTTAAAAAATTTAACCTAAAATTAATTATGAGGTTAGAAAA-CTATTTATAGTAAGTAATA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATGATAAAATC-ATTTAAACCAAGTAATA
* * * * ** *
18575 AGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGATAATGAATGGCTTTTTCTCCAC
65 AGGCTTTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * *
18640 GTTCCTTATGGTAGACTTTTAAATATAATCTGTTTTAACCCA
130 GTTCCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCCA
* * **
18682 TAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTATAAGATGATAAAATCATTTAAACCGGGTAATAG
1 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATGATAAAATCATTTAAACCAAGTAATA-
* ** * * * *
18747 GGGC-TTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACTAGTGGATGGCTTTTACTTAA
65 AGGCTTTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGA-TAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* ** * * * *
18810 CGTTTCC-AAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CTA
129 CG-TTCCTTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCCA
* * * * * *
18852 AAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATGATAAAATCATTTAAACCAAGTAATAA
* ** ** * *
18917 GGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATGGATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTTCACG
66 GGCTTTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
* * **
18982 TT-TTCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCAGTTTTAACTGA
131 TTCCT-TAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCCA
* * * * * *
19023 AAATGTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATGT-TGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 AAATG-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT-TATAAGATGATAAAATCATTTAAA
19078 GTGAGTAACA
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 77, Indels: 21
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.02
170 129 0.42
171 123 0.40
172 50 0.16
173 1 0.00
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GGCTTTCGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCACG
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18407 AGTACTAAGC
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
18588 -TATGAGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGA-TAATGAATGGCTTTTTCTCCACG-TTCCTTATG
1 CT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCC-TAAG
* * * * * * * *
18650 GTAGACTTTTAAATATAATCTGTTTTAACCCATAATG-TAAAAAAATTCATCCTAAAATCAATTA
63 GCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA-CTAAAATGTTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * ** * *
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127 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCAAAGG
* * * * * * **
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1 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * * *
18824 GACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAATG-TAAAAACATTCAACTTAAAATCGATTATGAG
66 GACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAATGTTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
*
18888 ATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
131 ATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
** * ** * * * * *
18929 AATGGGTGACTATGGATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCA
1 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
* * * *
18994 GACATTCAAATATAATCA-GTTTTAACTGAAAATGTTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATGT-T
66 GACATTCAAATATAAT-ATATTTTAACT-AAAATGTTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT-TAT
* ** * *
19057 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTCCAAAGG
128 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
**
19101 CTTGAGCAACTATAA
1 CTTGAGTGACTATAA
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CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCA
GACATTCAAATATAATATATTTTAACTAAAATGTTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
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*
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*
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1 AG
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AGGAAGAA
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26561 TAACAAAGTG
*
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AGGAAGAAAGGGAGAAAGAAAAAA
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43311 TAAAGCAAAG
* * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* *
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* ** *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * ** ** *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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** * * ** **
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * *
44518 ATTCAATTATAATAAATTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* **
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* * *
45543 ATTTAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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1 ATTCAATT-ATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
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* * * *
45842 TCAT-CAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAAC
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* * * * * *
45884 ATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAACATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * *
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** * ** ** * * *
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* * * * ** * *
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1 ATTCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
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64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** *
46184 TTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACCTTTCCTGAGGTAGAC
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* * * * * * * *
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1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
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* * * * ** * *
46356 -CTCTCAATAAATGGCTTTTACTTGATGTTTTTTTAGGCAGAC
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* * * * *
46398 ATTCAATTGTAAACTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAGAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
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* * * * ** * * * *
46527 TGCAAATGGATAGCTTTTAT-TTCACATTTCCCAAAGCAAAC
130 TTCCAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCCTAAGGTAGAC
* * * ** * * *
46568 ATTCAACTACAATATATTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
46633 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGCCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
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* *
46698 TAT-CAATGAATGGCTTTATCTTCATATTTCCTAAGGTAGAC
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* * ** *
46739 ATTTAAATATAATCCCTTTTAACCAAAAAAATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
46804 ATAAAATCACTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
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* ** ** * * *
46869 TACCAATGGTTGGCTTTTGGTTCACGTTTCTTAAGGTAGAAA
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* * *
46911 ATT-AGTTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
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* ** * * * * ** * *
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* * * * * * *
47040 TTTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCATGAGGCAAAC
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* *
47084 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
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47165 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
TCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGAC
Found at i:43801 original size:21 final size:20
Alignment explanation
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43762 AAGGTTTGGG
*
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1 TGACAATAAATGGCTTTT
43811 TATTGATGTT
Statistics
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Indices: 43772--43816 Score: 56
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43762 AAGGTTTGGG
* *
43772 TGACTATAAATGGACTTTTCT
1 TGACAATAAATGGACTTTTAT
43793 TGACAATAAATGG-CTTTTTAT
1 TGACAATAAATGGAC-TTTTAT
43814 TGA
1 TGA
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
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TGACAATAAATGGACTTTTAT
Found at i:47580 original size:170 final size:159
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* *
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** * * * *
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* *
47455 CTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTNNNNNNNNNNAA
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* * ***
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* *
47559 TCTTCA-CATTTCTAGAGGCAGACAGTCAATTATAATATGATTAACAAAAATCTAAAATAATTCA
65 TCTT-ATCATTTCCA-AGGCAGACAGTCAATTAGAATATGATTAACAAAAATCTAAAATAATTCA
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47652 CATTTNNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 17, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
168 11 0.08
169 51 0.38
170 73 0.54
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (159 bp):
TAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTT
CTTATCATTTCCAAGGCAGACAGTCAATTAGAATATGATTAACAAAAATCTAAAATAATTCAACC
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAA
Found at i:51645 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 51610--51666 Score: 114
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
51600 ATGAATGAAG
51610 TCATCACCATACTTGCACTGATTTTCA
1 TCATCACCATACTTGCACTGATTTTCA
51637 TCATCACCATACTTGCACTGATTTTCA
1 TCATCACCATACTTGCACTGATTTTCA
51664 TCA
1 TCA
51667 AATGAGCCTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 30 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.30, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
TCATCACCATACTTGCACTGATTTTCA
Found at i:53721 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 53406--53807 Score: 427
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
53396 NNNNNNNNNN
* * * * *
53406 AAAAAATTTAACTTAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTGAAGC-AAGTGATAAGGCTTTC
1 AAAAAATTTAACTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTC
* * * * *
53470 GAAGGCTTTAGAGACTATAAATGGATCTTTCTTTCCAATGGACGAGTTTTATTTCATATTTCCTG
65 AAACGCATGAGAGACTATAAATGGATCTTTCTTTCCAATGGACGAGTTTTACTTCATATTTCCTG
*
53535 AAACAGACATTCAATTATAATAC-ATTTTAACTAAAAATATA
130 AAACAGACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACCAAAAATATA
* * *
53576 TAAAAATTCAACTAAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAATGCTTTC
1 AAAAAATTTAACT-AAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
53641 AAACGCATGAGTGATTATAAATGGA-CTTTGCTTTCCAATGTATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCT
65 AAACGCATGAGAGACTATAAATGGATCTTT-CTTTCCAATGGACGAG-TTTTACTTCATATTTCC
* * * * *
53704 TGAGATAGACTTTCAATTATAATCTTTTTTAACCAACAATATA
128 TGAAACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
* * * * *
53747 AAAAAATTTAATTTAAAATCAA-ATTTGAGAGTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGC
1 AAAAAATTTAA-CTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGC
53808 ATTTAAAGAC
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 34, Indels: 13
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 18 0.09
171 170 0.89
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATTTAACTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCA
AACGCATGAGAGACTATAAATGGATCTTTCTTTCCAATGGACGAGTTTTACTTCATATTTCCTGA
AACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
Found at i:57871 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 57515--58885 Score: 1019
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 169
57505 NNNNNNNNNT
* * **
57515 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTCGAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
57580 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG-TTTT-TTTTC
66 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTTC
* * * * *
57643 ATGCTTCCTAAAGTC-GACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACT
129 ATGTTTCTTGAAG-CAGACATTCAATTATAAATAT-TTTT-ACC
* * * * *
57685 AAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTACGAGATTATGAAATCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
57750 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCGAATTGGTGGATTTTGCTTT
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAA-TGGTGGCTTTTGCTTT
* *
57815 GC-T-TTTCTTGAAGCAAAGATTCAATTATGAAATATTTTTACC
128 -CATGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTAT-AAATATTTTTACC
* * *
57857 AAATAT-TCAAAAAAAATT-AACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTG
1 AAAAATAT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * ** *
57919 ATAAAGCTTTCGGAGGCTTTAGAAACTATAAATGGATCTTTC-TGCCAATGGACGAG-TTTT-CT
64 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCCAATGG-TG-GCTTTTGCT
* * * * * *
57981 TTCATATTTCCTGAAACAGACATTCAATTATAATACATTTTAACG
126 TTCATGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTATAA-ATATTTTTACC
* * * *
58026 AAAACTATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * ** *
58091 AATGCTTTCAAATGCATGAGTGATTATAAATGGACTTTGCTTTCCAATATATGGCTTTGGC-TTC
66 AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-CTTGCCAAT-GGTGGCTTTTGCTTTC
* * * *
58155 ATGTTTCTTGAGGTAGA-ATTTCAATTATAATCTATTTTAACC
129 ATGTTTCTTGAAGCAGACA-TTCAATTATAA-ATATTTTTACC
* * * * *
58197 AACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATT-TGAGAGTATAAAACTATATAAAGCGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** ** * *
58261 TAAGGCATTT-GAAGACATGGGTGGCTATAAATAAACTTTTCTT-TTAATGAATGTCCTTTT-C-
65 TAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATG-GTG-GCTTTTGCT
** * ** * * * * **
58322 TTCACATTAC-CCAAGGCAGACAATGAGTTAT-AATCTGTTTTGATA
126 TTCATGTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTATAAATAT-TTTT-ACC
* *
58367 AAAAATATAAAAAGTAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATATAAAAA--AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
58432 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG--TTT-TTACCAATGGATAGG-TTTTG-TT
64 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGG-T-GGCTTTTGCTT
* * * * **
58492 TCATGTTT-ATGAAAGTA-ACCATTCAATTATAATCTATTTTAATG
127 TCATGTTTCTTG-AAGCAGA-CATTCAATTATAA-ATATTTTTACC
** * * * * * *
58536 AACCATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATTAGATTATGAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*
58601 AAGGCTTTCGAAGGC-TTAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATTGGTGGCTTTTGCTTT
66 AAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAA-TGGTGGCTTTTGCTTT
* * * * *
58665 GA-CTTTCTTGAAGCAGAGATTTAATTATGAAATATGTTTACC
128 CATGTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTAT-AAATATTTTTACC
58707 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-ATGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
58771 CAATGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGTATGGCTTTTGC-TT
65 TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATG-GTGGCTTTTGCTTT
* * * * *
58835 CACGTTT-TCT-AAGGTAGACTTTCAATTATAATCTATTTTAACC
128 CATGTTTCT-TGAA-GCAGACATTCAATTATAA-ATATTTTTACC
*
58878 AATAATAT
1 AAAAATAT
58886 TGTAACACCC
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 190, Indels: 129
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 74 0.08
168 27 0.03
169 93 0.10
170 200 0.21
171 406 0.43
172 131 0.14
173 8 0.01
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGGTGGCTTTTGCTTTCAT
GTTTCTTGAAGCAGACATTCAATTATAAATATTTTTACC
Found at i:58602 original size:510 final size:510
Alignment explanation
Indices: 57871--58814 Score: 1134
Period size: 510 Copynumber: 1.8 Consensus size: 510
57861 ATTCAAAAAA
* * **
57871 AATTAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAAGCTTTCGGAGGC
1 AATTAACTTAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGC
* * * *
57936 TTTAGAAACTATAAATGGATCTTTCTGCCAATGGACGAGTTTTCTTTCATATTTCCTGAAACAGA
66 TTGAGAAACTATAAATGGATCTTTCTACCAATGGAAGAGTTTTCTTTCATATTTCATGAAACAGA
*
58001 CATTCAATTATAATACATTTTAACGAAAACTATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
131 CATTCAATTATAATACATTTTAACGAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
* * * *
58066 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAATGCATGA-GTGATTATAAATGGAC-TTT
196 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TGAGGTGACTATAAATGGACATTT
* * * *
58129 GCTTTCCAATAT-ATGGCTTTGGCTTCATG-TTTCTTGAGGTAGA-ATTTCAATTAT-AATCTAT
260 -CTTGCCAAT-TGATGGCTTTGGCTT--TGATTTCTTGAAGCAGAGATTT-AATTATGAA-ATAT
* * *
58190 -TTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATT-TGA-GAGTATAAAACTATATAA
319 GTTT-ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTAT-ATGAGTATAAAACCATATAA
* * *
58252 AGCGAGTAATAAGGCATTT-GAA-GACATGGGTGGCTATAAATAAACTTTTCTTTTAATGAATGT
381 AGCGAGTAACAAGGC-TTTCGAACG-CATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTTTAATGAATGT
58315 CCTTTTCTTCACATTACCCAAGGCAGACAATGAGTTATAATCTGTTTTGATAAAAAATATAAAAA
444 CCTTTTCTTCACATTACCCAAGGCAGACAATGAGTTATAATCTGTTTTGATAAAAAATATAAAAA
58380 GT
509 GT
* * *
58382 AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
1 AATT-AACTT-AAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAG
** * *
58447 GCTTGAGTGACTATAAATGG-T-TTT-TACCAATGGATAG-GTTTTGTTTCATGTTT-ATGAAAG
64 GCTTGAGAAACTATAAATGGATCTTTCTACCAATGGA-AGAGTTTTCTTTCATATTTCATGAAA-
* * * * * * *
58507 TA-ACCATTCAATTATAAT-CTATTTTAATG-AACCATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTT
127 CAGA-CATTCAATTATAATAC-ATTTTAACGAAAAC-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATA
* * * * *
58569 ATTAGATTATGAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGG
189 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTGAGGTGACTATAAATGG
* *
58634 ACATTTCTTGCCAATTGGTGGCTTTTGCTTTGACTTTCTTGAAGCAGAGATTTAATTATGAAATA
254 ACATTTCTTGCCAATTGATGGCTTTGGCTTTGA-TTTCTTGAAGCAGAGATTTAATTATGAAATA
* *
58699 TGTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATATGATTATAAAACCATTTAAAG
318 TGTTTACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATATGAGTATAAAACCATATAAAG
* **
58764 CGAGTAACAATGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTT
383 CGAGTAACAAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTT
58815 CCAATGTATG
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 49, Indels: 39
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.01
509 21 0.06
510 251 0.69
511 21 0.06
512 6 0.02
513 64 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
AATTAACTTAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGC
TTGAGAAACTATAAATGGATCTTTCTACCAATGGAAGAGTTTTCTTTCATATTTCATGAAACAGA
CATTCAATTATAATACATTTTAACGAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTGAGGTGACTATAAATGGACATTTC
TTGCCAATTGATGGCTTTGGCTTTGATTTCTTGAAGCAGAGATTTAATTATGAAATATGTTTACC
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATATGAGTATAAAACCATATAAAGCGAGTAAC
AAGGCTTTCGAACGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTTTAATGAATGTCCTTTTCTTCAC
ATTACCCAAGGCAGACAATGAGTTATAATCTGTTTTGATAAAAAATATAAAAAGT
Found at i:70007 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 69708--70014 Score: 395
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
69698 AAGGAACGTG
* * * * *
69708 AAGCAAAAGCCATGCATTGGAAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTTAGGCGTTCGAAAGTATTAT
1 AAGCAAAACCCATCCATTGGAAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCGTTCGAAAGCATTAT
* * **
69773 TACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATTATTGATTTGAAGTTGAATTTTTATATTTTTTTGG
66 CACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTATAAGTTTTTGG
*
69838 TTAAAATGTATTATAATTTAATGTCTGCTTTAGGAGTATA
131 TAAAAATGTATTATAATTTAATGTCTGCTTTAGGAGTATA
* * * *
69878 AAGCAAAACCCATCCATT-GACAAG-AAAGGTCTATTTATAGTCTCTAAAGCTTTCGAAAGCCTT
1 AAGCAAAACCCATCCATTGGA-AAGCAAA-GTCCATTTATAGTCACTAAAGCGTTCGAAAGCATT
* * * * *
69941 ATCACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAAGTTTT
64 ATCACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTATAAGTTTT
70005 TGGTAAAAAT
128 TGGTAAAAAT
70015 ATTTCATAAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.06
170 108 0.94
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
AAGCAAAACCCATCCATTGGAAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCGTTCGAAAGCATTAT
CACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTATAAGTTTTTGG
TAAAAATGTATTATAATTTAATGTCTGCTTTAGGAGTATA
Found at i:75603 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 75375--75745 Score: 417
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
75365 NNNNNNNAAG
* * * *
75375 TGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TGAGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGACTT
*
75440 CTTCTTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGGTTTAA-CAAAAAATACAAAACA
65 CTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGGTTTAACCAAAAAATA-AAAA-A
* *
75503 ATTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAAC
127 ATTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAC
* *
75546 T-AGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGAGTGA-TAAAAAATGGACTTTTTTTGATAATGAATGACT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGAGTGACT-AAAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGACT
* * * * * * * *
75609 TGTTTTTCATGTTTCTTAATGCAAACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAATT
64 TCTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGGTTTAACCAAAAAATAAAAAAAT
* * * ** *
75674 TAGCTTAAAATCAGTTATAAGATTATGAAACTGTTTAAAG
129 TAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAC
* *
75714 TGAGCAATAAGGCTTTTGAAGATTTGAGTGAC
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTTGAGTGAC
75746 AATAAATAGA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 26, Indels: 15
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.02
169 57 0.34
170 95 0.57
171 11 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTGAGTGACTAAAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGACTTC
TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGGTTTAACCAAAAAATAAAAAAATTA
ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAC
Found at i:77305 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 76438--77506 Score: 694
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
76428 NNNAATGTCT
** *
76438 ATTTATTATCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTTATAA
1 ATTTATTATCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAA
* * * * **
76503 CTGATTTTAAGTTGAAT-TTTATTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTACC
66 TTGATTTTAAGTTGAATGTTT-TTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATT
* * *
76567 AAGAAACATGAAGAACAAGCCATTCAATGGT-AAAAAAAGTCC
129 AAGAAACATGAAGAACAAGTCATTC-ATTGTCAAGAAAAGTCC
* * * *
76609 ATTTATTATCACTCAAGCCTT-AGAAAACCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAAAT-TCA
1 ATTTATTATCACTCAAACCTTCA-AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAACGGTTTCAT-AATCTCA
* * * * * *
76671 TAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTCGGTTATACCAAATTATATTTGAATGTCTACC
63 TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTT-GGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCA
* * * *
76736 TTATGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC
127 TTAAGAAACATGAAGAACAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
76780 ATATA-TAGTCACCCATACCTTTAAAATCCTTAGTACTCACTTTAAATGGGTTT-ATAATCTCAT
1 ATTTATTA-TCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-CGGTTTCATAATCTCAT
* ********** * * * *
76843 AATTGATTATAAGTNNNNNNNNNNTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCT
64 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCAT
* * * **
76908 TAGGAAACATGAAGAACAAATCATTCATTTTCAAGAAAAGTAT
128 TAAGAAACATGAAGAACAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCC
* *********** * * *
76951 ATGTA-TACTCACNNNNNNNNNNGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAACAGTTTTATAATCTAAT
1 ATTTATTA-TCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAACGGTTTCATAATCTCAT
* * * * * * * * * *
77014 GATTGATTTTAAGTT-AAAGTTTTTACATTTTGG-GAAAAAATATTTTATAATTAAATCTTTGC-
64 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGA--TTATATTTGAATGTCTGCA
** * * * * * *
77076 TTTGGAAAAATCAAAGCAA-AAGTCA-CCAATTGGCAAGAAATGTCT
127 TTAAGAAACAT-GAAG-AACAAGTCATTC-ATTGTCAAGAAAAGTCC
* * ** *
77121 ATTTATTGTCACTCAAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAATTTCATAATCTTATAA
1 ATTTATTATCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAA
* * * * * * *
77186 CTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATATTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCATCAA
66 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATTAA
* *
77251 GAAACATGAAGAACAAGTCATTCATTGTCAAAAAAAGCCC
131 GAAACATGAAGAACAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCC
* ********** * * *
77291 ATTTATTATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTATAAACTCATAA
1 ATTTATTATCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAA
* * * * * * *
77356 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAACCAGATTATATTTGAATGTTTACCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATTA
* * **
77420 AGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCC
130 AGAAACATGAAGAACAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCC
* * * *
77461 ATATA-TAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAA
1 ATTTATTA-TCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
77507 TGGGTTTANN
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 191, Indels: 57
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 31 0.05
170 296 0.44
171 323 0.48
172 23 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATTATCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCATTAA
GAAACATGAAGAACAAGTCATTCATTGTCAAGAAAAGTCC
Found at i:77500 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 76461--77506 Score: 974
Period size: 340 Copynumber: 3.1 Consensus size: 339
76451 CAAACCTTTG
*
76461 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTATT
1 AAAGCCTTAGTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTTATAACTGA-TTTAAGTTGAATTTTATT
* * *
76526 ATATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTACCAAGAAACATGAAGAACAAGCCATT
65 ATATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGAACAAGTCATT
* *
76591 CAATGGT-AAAAAAAGTCCATTTATTATCACTCAAGCCTTAGAAAACCTTATTACTAGCTTTAAA
130 C-ATTGTCAAAAAAAGTCCATTTATTATCACTCAAGCCTTA-AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA
* * *
76655 TGGTTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTCGGTTATACCAAATTA
193 TGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT-AATGTTTTTATATTTTCGATTAAACCAAATTA
* * * *
76720 TATTTGAATGTCTACCTT-ATGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATAT
257 TATTTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATAT
*
76784 ATAGTCACCCATACCTTTA
321 ATAGTCACCCATACCTTCA
* * * * **********
76803 AAATCCTTAGTACTCACTTTAAATGGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTATAAGTNNNNNNNNNN
1 AAAGCCTTAGTACTCACTTTAAA-CGGTTTCATAATCTTATAACTGATT-TAAGTTGAATTTTAT
* * * * * * * *
76867 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAACAAATCAT
64 TATATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGAACAAGTCAT
* * ** * **********
76932 TCATTTTCAAGAAAAGTATATGTA-TACTCACNNNNNNNNNNGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
129 TCATTGTCAAAAAAAGTCCATTTATTA-TCAC-TCAAGCCTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
** * * * * * * * ** **
76996 ACAGTTTTATAATCTAATGATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTACATTTTGGGA-AAAAATATTTT
192 ATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAATGTTTTTATATTTT-CGATTAAACCAAATT
* * * * * * * * * * * *
77060 ATAATTAAATCTTTGCTTTG-GAAAAATCAAAGCAAAAGTCA-CCAATTGGCAAGAAATGTCTAT
256 ATATTTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT-GAAGAAAAAGTCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
77123 TTATTGTCACTCAAATCTTCA
319 ATATAGTCACCCATACCTTCA
* ** *
77144 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAACAATTTCATAATCTTATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTAGTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTTATAACTGATTT-AAGTTGAATTTTATT
* * *
77209 ATA-TATTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGAACAAGTCATT
65 ATATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGAACAAGTCATT
* **********
77273 CATTGTCAAAAAAAGCCCATTTATTATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAAT
130 CATTGTCAAAAAAAGTCCATTTATTATCACTCAAGCCTT-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAT
* * *
77338 GGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAACCAGATTATA
194 GGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAATGTTTTTATATTTTCGATTAAACCAAATTATA
* *
77403 TTTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATATATA
259 TTTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATA
77468 GTCACCCATACCTTCA
324 GTCACCCATACCTTCA
77484 AAAGCCTTAGTACTCACTTTAAA
1 AAAGCCTTAGTACTCACTTTAAA
77507 TGGGTTTANN
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 168, Indels: 34
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 222 0.43
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AAAGCCTTAGTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTTATAACTGATTTAAGTTGAATTTTATTA
TATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGAACAAGTCATTC
ATTGTCAAAAAAAGTCCATTTATTATCACTCAAGCCTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGG
TTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTAATGTTTTTATATTTTCGATTAAACCAAATTATATT
TGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGT
CACCCATACCTTCA
Found at i:91249 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 90901--91804 Score: 791
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
90891 TTCAAAATTC
* * * * * *
90901 TTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATGATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* ** * * * ** * *
90965 TTGATAAAAATATTTTATAATTGAA-CTCTA-CTTAGGGAAAGGTAAAGCAAAAA-CCA-CCAAT
66 TTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTC-AT
*** * * * * *
91026 TCACAAGTAATA-TCCATTTATTGTCACTCAAACTTTCGAAAGCA
128 TGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCA
* * * * *
91070 TTATTACTTGTTTTAAATGGTTTCATAATATCATAACTGATTTTAAATTGAATTGTTTTTATATT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATT
* * * * * * * *
91135 TTTGGTTCAAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGCCATTCATTG
65 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* *
91200 GTAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCA
130 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CA
* * * *
91243 -TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTGTATT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATT
* * * **
91307 TTTGGTTAAACTAGATTATATTTGAATGTCTACCT-TGGAAA-ACTCGAAGAAAAAGCCATTCAT
65 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-T-GAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
91370 T-G---G-CAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCC
128 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCA
* * * *
91409 TTATTACTTG-TTTCAAATAGTTT-ATAATCTCTTAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTATAAT
1 TTATTACTTGCTTT-AAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * *
91472 TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACAT-ACAGCAAAACCCATTCATT
65 TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATT
* * *
91536 GGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCTAAAGCA
129 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCA
* *
91579 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * *
91644 TTTATTAAAATATATTGTAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTGG
66 TTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * ** * *
91709 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAACCCTTTGAAACCC
131 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCA
* ** ** * *
91750 CTATTACACGCTCAAAATAGTATT-ATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATAGT-TTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
91805 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 113, Indels: 48
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 53 0.09
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173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCA
Found at i:91563 original size:337 final size:338
Alignment explanation
Indices: 91064--91712 Score: 826
Period size: 337 Copynumber: 1.9 Consensus size: 338
91054 CAAACTTTCG
* * * *
91064 AAAGCATTATTACTTGTTTTAAATGGTTTCATAATATCATAACTGATTTTAAATTGAATTGTTTT
1 AAAGCATTATTACTTGTTTCAAATAGTTTCATAATATCATAACTGATATTAAATTAAATTGTTTT
* * * * * * *
91129 TATATTTTTGGTTCAAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGCCAT
66 TATAATTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAATACCCAT
* * *
91194 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCA-TATTACTAGCTTTAA
131 TCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CATTATTACTAGCTTTAA
* * * * * *
91258 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTGTATTTTTGGTTAAACTAGAT
195 ATAGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
* * ** * *
91323 TATATTTGAATGTCTACCT-TGGAAA-ACTCGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGTCCATTTAT
259 TATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACA-T-GAAGAAAAAGCCATCCACTGGCAAGTCCATTTAT
91386 AGTCACCCATGTCTTCA
322 AGTCACCCATGTCTTCA
* * * * *
91403 AAAGCCTTATTACTTGTTTCAAATAGTTT-ATAATCTCTTAATTGATATTAAGTTAAATT-TTTT
1 AAAGCATTATTACTTGTTTCAAATAGTTTCATAATATCATAACTGATATTAAATTAAATTGTTTT
* * *
91466 TATAATTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACAT-ACAGCAAA-ACCC
66 TATAATTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA-AG-AAATACCC
* * *
91529 ATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCTAAAGCATTATTACTTGCTTTA
129 ATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTA
* * *
91594 AATAGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAT
194 AATAGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
*
91659 TGTAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTGGCAAG
259 TATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTGGCAAG
91713 AAAAGTCTAT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 41, Indels: 13
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
AAAGCATTATTACTTGTTTCAAATAGTTTCATAATATCATAACTGATATTAAATTAAATTGTTTT
TATAATTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAATACCCAT
TCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAA
TAGTTTCATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTA
TAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTGGCAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATGTCTTCA
Found at i:93086 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 92684--93436 Score: 562
Period size: 165 Copynumber: 4.5 Consensus size: 164
92674 TTGGGAAGAA
** * * ** * *
92684 AAGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATT
1 AAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * * *
92748 TCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTGT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTATA-TTGAATGTTT
** * * * * **
92813 ATC-TCGAGAGACTTTAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAA
129 GCCTTCGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-----GG
* ** * * * **********
92854 AAGTTTATTTATAATCACTTATCCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATC
1 AAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATC
*
92919 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTCTAGTTGAATGTTTG
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTATA-TTGAATGTTTG
* * * *
92984 CCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTAATTGGG
130 CCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGG
* * * *
93019 AAGTCCATTTGTAATCACCCATGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTACAATC
1 AAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * * *
93084 TCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTTTATTGAAATGTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTATATTG-AATGTTT
* * *
93149 G-CTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
129 GCCTTCGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG---G
* * * ** ** *
93188 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCATTTTGAATGGTTTTATAA
1 --AAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
93253 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATA
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA--TTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTAT-ATTGAATG
* * * *
93316 TTTACCTTCGAAAACATGAACAAAAAACCATTCATTGGC
126 TTTGCCTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGG
* * * *
93355 AAGTCTATTTATAATCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATC
1 AAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATC
93420 TCATAATTGATTTTAAG
66 TCATAATTGATTTTAAG
93437 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 115, Indels: 33
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 143 0.31
166 55 0.12
169 1 0.00
170 126 0.28
171 129 0.28
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (164 bp):
AAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTATATTGAATGTTTGC
CTTCGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGG
Found at i:93231 original size:336 final size:335
Alignment explanation
Indices: 92713--93432 Score: 793
Period size: 336 Copynumber: 2.1 Consensus size: 335
92703 CAAGCCTTCG
* *
92713 AAAG-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * *
92777 ATATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTGTATCTCGAGAGACTTTAAGAAAAAGCTATT
66 ATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTGTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATC
* * ** * ** ****
92842 CATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAATCACTTATCCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTNNNN
131 CATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAATCACTCATCCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTGAAT
****** * *
92907 NNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAAATTCT
196 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAAAAATTAT
* * * * * * ** * *
92971 AGTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTAATTGGGAAGTCCATTTGTAATCA
259 AATTGAATATTTACCTTCGAAAACATGAACAAAAAACCATTAATTGGCAAGTCCATTTATAATCA
* *
93036 CCCATGCTTTTA
324 CCCATACCTTTA
* * *
93048 AAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTTTTTT
* * * ** * *
93113 ATATTTTTTATTAAAATATATTTTA-TTGAAATGT-T-TGCTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCC
66 ATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTG-AATGTGTAT-C-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
93175 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCATTTTG
128 ATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAATCACTCATCCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTG
* *
93240 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAAATT
* *
93305 ATAATTGAATATTTACCTTCGAAAACATGAACAAAAAACCATTCATTGGCAAGTCTATTTATAAT
257 ATAATTGAATATTTACCTTCGAAAACATGAACAAAAAACCATTAATTGGCAAGTCCATTTATAAT
*
93370 CACCCATACCTTTG
322 CACCCATACCTTTA
* *
93384 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
93433 TAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 64, Indels: 11
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 12 0.04
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (335 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTTTTTT
ATATTTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTGTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATC
CATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAATCACTCATCCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTGAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAAATTATAA
TTGAATATTTACCTTCGAAAACATGAACAAAAAACCATTAATTGGCAAGTCCATTTATAATCACC
CATACCTTTA
Found at i:93257 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 92604--93436 Score: 660
Period size: 170 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
92594 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
92604 TTTACATTTTTGATCAAAATATATTATAATTGAATATTTGCTTCAAGAAACGTGAGGCAAAAGCC
1 TTTACATTTTTGATTAAAATATATTTTAGTTGAATGTTTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
* ** * *
92669 ATCCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CTTATTACTTGCTTTA
66 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* *
92733 AATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTCAATTTT
131 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * ** * * * *
92774 TTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTGTAT-C-TCGAGAGACTTTAAGAAAAAG
1 TTTACATTTTTGATTAAAATATATTTTAGTTGAATGT-T-TGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * * * **
92837 CTATTCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAATCACTTATCCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTT
64 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
********** * *
92902 TNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
92944 TTTACATTTTTTG-TTAAAAAAAATTCTAGTTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTTTAGTTGAATGTTTG-CTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* ** * * * * * *
93007 TCATTAATTGG---G--AAGTCCATTTGTAATCACCCATGCTTTTAAAAGCCTTATTACTTGTTT
64 CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
* *
93067 TAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTT
129 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
93110 TTTATATTTTTTATTAAAATATATTTTA-TTGAAATGTTTGCTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGC
1 TTTACATTTTTGATTAAAATATATTTTAGTTG-AATGTTTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* ** ***
93174 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTCATTTT
65 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * *
93239 GAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * * * *
93281 TTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTCGA-AAACATGAACAAAAAAC
1 TTTACATTTTTGATTAAAATATATTTTAGTTGAATGTTT-GCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * **
93344 CATTCATTGGC-----AAGTCTATTTATAATCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
65 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* *
93404 AAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
93437 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 129, Indels: 41
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 148 0.29
166 49 0.09
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169 2 0.00
170 175 0.34
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172 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
TTTACATTTTTGATTAAAATATATTTTAGTTGAATGTTTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
Found at i:94396 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 94142--94593 Score: 448
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
94132 NNNTTTTTGG
* * * * * * * * *
94142 TTAAAATATATTATAATTGATTGTCTGCTTCAGA-AAACGTAAAGCAAAA-GCCATCCATTGGTA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGAGAAACATGAAG-AAAATGCCTTTCATTGGCA
* * * * * *
94205 AAAAAAGTCTATTTATAGTCACTAATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTGAAT-AGTTTCA
64 AGAAAAGTCCATATATAGTCAC-CAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTCA
*
94269 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAA
126 TAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAA
*
94313 TTAACACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAATGCCTTTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAATGCCTTTCATTGGCAAG
* ** * * *
94378 AAAAGTCCATATATAGTCAACCATACCTTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
66 AAAAGTCCATATATAGTC-ACCAT-TCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAA
* * *
94443 TCTAATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAA
129 TCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAA
* * * * *
94484 TTAAAACAGATTTTATTTGAATGTCTGCCTTAG-GGAACGA-GAAGAAAAT-ACTATTCATTTGC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGAGAAAC-ATGAAGAAAATGCCT-TTCATTGGC
** *
94546 AAGAAAAGTCCATGCATATTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACT
63 AAGAAAAGTCCATATATAGTCA-CCATT-CTTCGAAAGCCTTATTACT
94594 TGCTTTNNNN
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 40, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.04
171 215 0.93
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAATGCCTTTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATATATAGTCACCATTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATC
TAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAA
Found at i:97102 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 96233--97479 Score: 903
Period size: 170 Copynumber: 7.4 Consensus size: 166
96223 NNNNNNNTGA
* * * *
96233 GATTATAAAACCA-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TAGGTGACTATATATGGACT
1 GATTAT-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTA-GTAACTATAAATGGACT
* * * * ** * * *
96296 TTTTTTACTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCCAAGCAGACATTCAATTATAATTTGTTT
64 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-CTTAAGCAAACATTCAATTATAATATATTT
*
96361 TAACCAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
128 TAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
96402 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGC-TT-G-A-G---T-G--ACTATAAATGGACT
1 -GATTAT-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATGGACT
* * * * * *
96457 TTTCTTACCAATGGGTGGCTTTTGCTTTACGTTTCTACAAGCAAATATTTAATCATAATATATTT
64 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCT-TAAGCAAACATTCAATTATAATATATTT
*
96522 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAA
128 TAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-G
* * * * ** **
96564 GATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAA-TATGCATGGACT
1 GATTAT-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGT-AACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
96628 TTTCTTACAAATGAATAGTG-TTTT-CTTCT-CGTTCCCTAAGGCAAACATTCAAATAAAATATG
64 TTTCTTACCAATGGAT-G-GCTTTTGCTT-TATGTTTCTTAA-GCAAACATTCAATTATAATATA
* *
96690 TTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA
125 TTTTAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TG
* * * * ** * * * *
96735 GATTAGAAAATCATTTAAAACGAGTATTAAGGCTTTTAAAGGTA-TGGTTAACTACATATGGACT
1 GATTATAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAG-TAACTATAAATGGACT
* * * * * * ** *
96799 TTTCTTGCCAAT-GAAGGGTATTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAGGCATTCAGA-TATAATCTAT
64 TTTCTTACCAATGGATGGCT-TTTGCTTTATGTTTCT-TAAGCAAACATTCA-ATTATAATATAT
* *
96862 TTTAATTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG
126 TTTAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
96905 AGATTATGAAACCA-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATAGACT
1 -GATTAT-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATGGACT
*
96969 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTTAAGCAAACAATCAATTATAATATATTT
64 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATG-TTTCTTAAGCAAACATTCAATTATAATATA-TT
*
97034 TTAA-AAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAG
127 TTAACAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-G
* * *
97075 GATTATACAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGACTATGAATGGACTT
1 GATTATA-AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATGGACTT
* * * * * ** * * *
97140 TTCTCATCAAT-GAGTGGCTTTT--TTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAAATATTATCTATT
65 TTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTT-ATGTTT-CTTAAGCAAACATTCAATTATAATATATT
* *
97202 TTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATG
127 TTAAC-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
97244 AGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGC-TTAAGTGACTATCAAA-AGA
1 -GATTATAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-AGTAACTAT-AAATGGA
** ** * *
97307 CTTTTCTTGTCAATGGAT-GCTTTTGCTTTACATTTC-TAGAGAAAGACATTCAATTACAATATA
62 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTA-AGCAA-ACATTCAATTATAATATA
** * *
97370 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACACAACCTAAAATTAATTATG
125 TTTTAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * * *
97414 GCATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACT
1 G-ATTAT-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATGGACT
97479 T
64 T
97480 ACGATTGAAT
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 147, Indels: 114
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 130 0.15
162 2 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
167 1 0.00
168 16 0.02
169 89 0.10
170 358 0.41
171 256 0.29
172 14 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (166 bp):
GATTATAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATGGACTTT
TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
CAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
Found at i:97274 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 96230--97479 Score: 1178
Period size: 340 Copynumber: 3.7 Consensus size: 336
96220 NNNNNNNNNN
** * * *
96230 TGAGATTATAAAACCATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TAGGTGACTATATATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTA-GTAACTATAAATAGA
* * * * *
96294 CTTTTTTTACTAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCCAAGCAGACATTCAATTATAAT-T-T
65 CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATAATATAT
* *
96357 GTTTTAACCAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
130 GTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GATTATAAAACTATTTAAA
* * *
96422 GTGAGTAATGAGGC--TT---G--AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGGTGGCTTTT
193 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGATAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTT
* * * * * * *
96480 GCTTT-ACGTTTCTACAAGCAAAT-ATT-TAATCATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
258 --TTTCATGTTTC--CTAGGAAGTCATTCAAAT-ATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
96542 TTCAACTTAAAATCAATTA
318 TTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** ** *
96561 TAAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAA-TATGCATGG
1 TGAGATTATAAAACC-ATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGT-AACTATAAATAG
* *
96625 ACTTTTCTTACAAATGAATAGTG-TTTT-CTTCT-CG-TTCCCTAAGGCAAACATTCAA--ATAA
64 ACTTTTCTTACCAATGAAT-G-GCTTTTGCTT-TATGTTTCCCTAA-GCAAACATTCAATTATAA
* * * * *
96684 AATATGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAGAAAA-TCA
125 TATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGGATTATAAAACT-A
* * * * * * *
96748 TTTAAAACGAGTATTAAGGCTTTTAAAGGTATGGTTAACTACATATGGACTTTTCTTGCCAATGA
187 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGG-ATAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-
* * * *
96813 AG-GG-TATTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAGGCATTCAGATATAATCTATTTTAATTAAAAATA
248 AGTGGCT-TTTT-TTCATGTTTC-CTAGGAAGTCATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
*
96876 TAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTA
310 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* **
96903 TGAGATTATGAAACCATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATAGAC
1 TGAGATTATAAAACCATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATAGAC
* * * *
96968 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTTAAGCAAACAATCAATTATAATATAT-
66 TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATAATATATG
* *
97032 TTTTAA-AAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGATTATACAACTATTTAAAGC
131 TTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * *
97096 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGACTATGAATGGACTTTTCTCATCAATGAGTGGCTTT
195 GAGTAATAAGGCTTTT-AAGG-A-TAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTT
* * *
97161 TTTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTC
257 TTTTCATGTTTCCT-AGGAAGTCATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
*
97226 AACTTAAAATTAATTA
321 AACTTAAAATCAATTA
* * *
97242 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGC-TTAAGTGACTATCAAA-A
1 TGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATT-AGTAACTAT-AAATA
** * ** * *
97305 GACTTTTCTTGTCAATGGAT-GCTTTTGCTTTACATTT--CTAGAGAAAGACATTCAATTACAAT
63 GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCTA-AGCAA-ACATTCAATTATAAT
** * *
97367 ATA--TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACACAACCTAAAATTAATTATGGCATTATAAAACTATT
126 ATATGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGG-ATTATAAAACTATT
* ** * *
97430 TAAAGAGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTT
189 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGG-AT-AGTGACTATAAATGGACTT
97480 ACGATTGAAT
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 114, Indels: 91
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.01
331 22 0.03
332 135 0.18
333 7 0.01
334 3 0.00
337 2 0.00
338 13 0.02
339 123 0.16
340 241 0.32
341 84 0.11
342 110 0.15
343 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
TGAGATTATAAAACCATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTAACTATAAATAGAC
TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATAATATATG
TTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGATTATAAAACTATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTAAGGATAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTTTTT
CATGTTTCCTAGGAAGTCATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTA
Found at i:97591 original size:205 final size:205
Alignment explanation
Indices: 97285--97699 Score: 527
Period size: 205 Copynumber: 2.0 Consensus size: 205
97275 GACTTTCGAA
* * * *
97285 GGCTTAAGTGACTATCAAAAGACTTTTCTTGTCAATGGATGCTTTTGCTTTACATTTCTAGAGAA
1 GGCTTAAGTAACTATCAAAAGACTTTTCTGGCCAATGGATGCTTTTGCTTTACATTTCTAAAGAA
*
97350 AGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACACAACCTAAAATTAATTATG-
66 AGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACACAACCTAAAATCAATTATGA
* *
97414 GCATTATAAAA-CTATTTAAAG-AGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGA
131 G-ATTATAAAAGC-ATTCAAAGCA-AGTAATAAGACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGA
* *
97477 CTTACGATTGAAT
193 CTTACCAATGAAT
* **
97490 GGCTTGAGTAACTAT-AAATAGACTTTTCTGGCCAATGGATGGCTTTTG-TTTATGTTTCTCAAA
1 GGCTTAAGTAACTATCAAA-AGACTTTTCTGGCCAATGGAT-GCTTTTGCTTTACATTTCT-AAA
* * * * ** *
97553 GCAA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
63 GAAAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACACAACCTAAAATCAATTA
* * *
97617 TGAGATTATAAAAGCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTATAAATAGA
128 TGAGATTATAAAAGCATTCAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGA
*
97682 CTTTCCAATGAAT
193 CTTACCAATGAAT
97695 GGCTT
1 GGCTT
97700 TTTCTTCATT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 23, Indels: 12
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
204 3 0.02
205 163 0.90
206 15 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (205 bp):
GGCTTAAGTAACTATCAAAAGACTTTTCTGGCCAATGGATGCTTTTGCTTTACATTTCTAAAGAA
AGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACACAACCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAAGCATTCAAAGCAAGTAATAAGACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTT
ACCAATGAAT
Found at i:97771 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 97559--98475 Score: 581
Period size: 165 Copynumber: 5.5 Consensus size: 164
97549 CAAAGCAAAC
*
97559 ATTCAATTATAATATATTTTAATCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
97624 ATAAAAGCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTATAAATAGACTTTCCA
65 ATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTCCA
97689 ATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTCCAAGGTAAAT
130 ATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTCCAAGG-AAAT
* * *
97725 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** ** ** *
97790 TAAAACCATTCAAAATGAGTAATAATACTTTTGAAGGCATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTT
66 TAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATAAATAGAC-TTTC--
* ** * * * * *
97855 GTCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAACAGACAT
128 --CAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTTC-CAA-GGAAAT
* * * ********** *
97897 -TTC-ATTAAAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAAATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
97960 ATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAATGGACCTCCCA
65 ATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTCCA
* *
98025 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAAC
130 ATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTCCAAGG-AAAT
* * * * * **
98061 ATTCTACTAGAATTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAGTTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********** * * *
98125 ATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGGATGGGTGATTATAAATAAACTTTTCT
65 ATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATAAATAGAC---T-T
* *** * *
98190 TGCCAATGAATGACTTTTTCTT-AAAGTCTCTCAA-GATAGAC
126 T-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTC-CAAGGA-A-AT
* * * * * **********
98231 ATTCAAATATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTGNNNNNNNNNNT-AATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * ** *
98295 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACGTTTT
64 TATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATAAATAGAC----T
* * * ** *
98359 TTCCAATGGATGGCTTTTACCTCA-CATTTCCTAAAGCAAAT
125 TTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTCC--AAGGAAAT
* * *
98400 ATTCAATTATAATATATTTTGATCACAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATATATTTT-AACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
98465 TATAAAACCAT
64 TATAAAACCAT
98476 GTAAANNNNN
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 165, Indels: 60
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 4 0.01
165 158 0.29
166 63 0.11
168 2 0.00
169 51 0.09
170 145 0.26
171 123 0.22
172 6 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (164 bp):
ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTCCAA
TGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTCCAAGGAAAT
Found at i:98034 original size:541 final size:543
Alignment explanation
Indices: 96951--98035 Score: 1232
Period size: 541 Copynumber: 2.0 Consensus size: 543
96941 CGAAGGCATT
* *
96951 AGTAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTTAAGCAAACA
1 AGTAACTATAAATAGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTAAAGCAAACA
*
97016 ATCAATTATAATATATTTTTAAAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGATTAT
66 ATCAATTATAATATATTTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGATTAT
* * * ** * * *
97081 ACAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGACTATGAATGGACTTTTCTCA
131 AAAACTATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTCA
* * * * * *
97146 TCAATGAGTGGCTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAAATATTATCTATTTTAACTAAA
195 -CAATGAATGGCTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGTAATCATTCAAATATAATATATTTTAACCAAA
* * * *
97211 AATATAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAG
259 AATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAG
* *
97276 ACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATCAAAAGACTTTTCTTGTCAATGGATGCTTTTGCTTTACATT
324 ACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATCAAAAGACTTTTCTTGTCAATGGATGCTTTTGCTTCACATT
* *
97341 TCTAGAGAAAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACACAACCTAAAAT
389 TCTAGAGAAAGACATTCAATTAAAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAACACAACCTAAAAT
** * * * * *
97406 TAATTATGGCATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATGAGTGACTATA
454 TAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTACA
* * *
97471 AATAGACTTACGATTGAATGGCTTG
519 AATAGACCTACCAATGAATGGCTTG
*
97496 AGTAACTATAAATAGACTTTTCTGGCCAATGGATGGCTTTTG-TTTATG-TTTCTCAAAGCAAAC
1 AGTAACTATAAATAGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCT-AAAGCAAAC
* *
97559 ATTCAATTATAATATA-TTTTAATCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGA
65 AATCAATTATAATATATTTTTAA--AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAG-GA
* * *
97622 TTATAAAAGC-ATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTATAAATAGAC-TT
127 TTATAAAA-CTATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * *
97685 -TC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTTCC-AAGGTAAAT-ATTCAATTATAATATGTTTTA
191 CTCACAATGAATGGCTTTTT-TTCA-TGTTTCCTAAGGT-AATCATTCAAATATAATATATTTTA
* **
97746 ACCAAAACGTA-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAATGAG
253 ACCAAAA-ATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAG
* * * * *
97809 TAATAATACTTTTGAAGGCATGAGTGATTAT-AAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTG
317 TAATAAGACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATCAAA-AGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GCTTTTG
** ** *
97873 CTTCATGTTTCTCA-A-AACAGACATTTC-ATTAAAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAAT
380 CTTCACATTTCT-AGAGAA-AGACA-TTCAATTAAAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAC
* * ********** *
97935 TCAACTTNNNNNNNNNNATGAAATTATAAAACCATTTAAA-ACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
442 ACAACCTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGA-AAGTAATAAGACTTTCAAAGGC
* * * *
97999 ATGGGTGATTACAAATGGACCTCCCAATGAATGGCTT
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98036 TTTCTTCATG
Statistics
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546 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (543 bp):
AGTAACTATAAATAGACTTTTCTGACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTAAAGCAAACA
ATCAATTATAATATATTTTTAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGATTAT
AAAACTATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTCTCAC
AATGAATGGCTTTTTTTCATGTTTCCTAAGGTAATCATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAA
TATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGAC
TTTCGAAGGCATAAGTGACTATCAAAAGACTTTTCTTGTCAATGGATGCTTTTGCTTCACATTTC
TAGAGAAAGACATTCAATTAAAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAACACAACCTAAAATTA
ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAA
TAGACCTACCAATGAATGGCTTG
Found at i:98319 original size:336 final size:331
Alignment explanation
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Period size: 336 Copynumber: 2.9 Consensus size: 331
97492 CTTGAGTAAC
* * * ** * * * * *
97502 TATAAATAGACTTTTCTGGCCAATGGATGGCTTTTG-TTTATGTTTCTCAAAGCAAACA-TTCAA
1 TATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTAAAGTCTCTCAAAACAGACATTTCAA
* * *
97565 TTATAATATATTTTAATCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
66 -TAAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT----T-AATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
97630 GCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTATAAATAGACTTTCCAATGAAT
125 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAATAGACCTCCCAATGAAT
* * * * * *
97695 GGCTTTTTCTTCATTTTTTCCAAGGTAAATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAACGTAAAA
190 GGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAACTAGAATATGTTTTAACAAAAACGTAAAA
** * **
97760 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAATGAGTAATAATACTTTTGAA
255 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGACTTTCAAA
97825 GGCATGAGTGAT
320 GGCATGAGTGAT
* * * * * * *
97837 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAACAGACATTTCAT
1 TATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTAAAGTCTCTCAAAACAGACATTTCAA
* ***** *
97902 TAAAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAAATTATAAAAC
66 TAAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-----TAATTATGAGATTATAAAAC
* *
97967 CATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAATGGACCTCCCAATGAATG
126 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAATAGACCTCCCAATGAATG
* * *
98032 GCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCTACTAGAATTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAA
191 GCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAACTAGAATATGTTTTAAC-AAAAACGTAAAA
** ********** * *
98096 AGTTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA
255 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGACTTTCAAA
* *
98161 GGGATGGGTGAT
320 GGCATGAGTGAT
* * *
98173 TATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTAAAGTCTCTCAAGATAGACA-TTCA
1 TATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTGCTTAAAGTCTCTCAAAACAGACATTTC-
** * * ******
98236 AATATTATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTGNNNNNNNNNNTAATTATGAGATTATAAA
64 AATAAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATT-----CAACTTTAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** * * * *
98301 ACCATTTAAAGTAAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACGTTTTTTCCAA
124 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAATAGAC----CTCCCAA
* * * ** * * * * * * *
98365 TGGATGGCTTTTACCTCA-CATTTCCTAAAGCAAATATTCAATTATAATATATTTTGATCACAAA
185 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGCAAACATTCAACTAGAATATGTTTT-AACAAAAA
* *
98429 TGTAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCAT
248 CGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
98476 GTAAANNNNN
Statistics
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Consensus pattern (331 bp):
TATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTAAAGTCTCTCAAAACAGACATTTCAA
TAAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGATTACAAATAGACCTCCCAATGAATGGCTTT
TTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAACTAGAATATGTTTTAACAAAAACGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATG
AGTGAT
Found at i:99459 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 171
99158 NNTTTATCTC
* * ** *
99168 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTATTTTGAG-AGTGTAAT
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAAT
* * ** * * * *
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** * * * * * **
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* * *
99339 AAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCAGGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * ** *
99404 ATGCTTTCGAAGGTGTGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGCTGT-A
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* *
99468 TGTTTCTTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
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*
99510 AAAATATAAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTATTTGAAA-CAAGTAA
1 AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGCAAGTAA
* * * * *
99573 TAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC---T-TT-CCAATGAATGGCTTTTTCTTT
64 TAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTC
** * * * * *
99633 AAATTTTCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTAGTTTAACCA
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* * * * *
99676 AAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* * ** * *
99741 TGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACAATAAATAAACCTTTCTTGCCAATGAATAACTATTT-CTTC
66 AGGCTTTTGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT-TTTGCTTC
* * * * * * ** *
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** * **
99847 AAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGCTATGATATTACGAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * * * * * * * *
99912 AATGCTTTTGAAGGTTTGAGTAACAATAAATGGACATTACTTGCGAATTG-GTGGTTTTTACTTT
65 AAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATAGCTTTTGCTTC
** * * * * * *
99976 ACCTTTCCCTAA-GTAGAGATTTAATTATAAAATATTTTTATCA
129 ATGTTT-CCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * * * * *
100019 AAAATGTAAAAAAA-TCAACTTACAATCAATCATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
** * * * * * **
100083 AGAATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAGTGAATAGTTTTTTTTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * **
100148 GTTT-CTAAAGGTAGGCATTCAAATATTATCTTTTTTAAGTA
131 GTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * * * * * *
100189 AAAATGTAAAAAAAAAAT-AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAACCGAGTAA
1 AAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * *
100253 TAAGTCTTTTAAAGCCTA-GAGTGACTATAAATGGA-TGTTTCTTGCCAAT-AGGTAGATTTGGC
64 TAAGGCTTTTGAAG-GTATGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGA-ATAGCTTTTGC
* * * * * * *
100315 TCCACGTTTCCTAAAGCA-AGCGTTCAATCATGATATATTTTGACCA
126 TTCATGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * *
100361 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * *
100426 AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATAGTTTTTTCTTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCAT
* * * *
100491 GTTTTCTAAGGCAGACATTTCAA-TATAATCTGTTTTAACCT
131 GTTTCCTAAGGCAGACA-TTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * * *
100532 AAAAGATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
* ** ** * ** * * * * * * * * *
100597 AGGGTTTAAAACACT-TAAGTGTTTGTATATAGACTTTTATTTCCAGTGAATGGCATTTGCTTAA
66 AGGCTTTTGAA-GGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCA
* *** **
100661 CGTTTCCTAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTA
130 TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * ********** * * *
100703 AAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAACGAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
** ** * * * *
100768 AGGCTTTCAAAGCCAT-AG-GCAAAC-ATAAATAGAC-TCT-TTGCCAATGAA-AGGTTTTTTCT
66 AGGCTTTTGAAGGTATGAGTG---ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA-GCTTTTGCT
* * ** * * * * **
100827 TCATATTTCTTGGGGTAAACATTCAATTATAATCTATGTTAATGA
127 TCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
* * ** * * *
100872 AAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTACAACATTATAAAACCATTTAAAG-AGACTAAT
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAAT
* * * *
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65 AAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
100977 CTCCAANNNN
Statistics
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AGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTGCTTCAT
GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCA
Found at i:102488 original size:168 final size:166
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Period size: 168 Copynumber: 3.5 Consensus size: 166
102078 AAGGTAAACA
* * * * * * *
102088 TTCAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGA-AGCTA
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* * * ** * *
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* * * * * *
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124 CTCT-ACAATGGA-TCGCTTCTGC-TTCATGTTTCCT-A-ATAGACAT
* *
102260 TTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAATA-AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
102324 AAAACTATTTAAAGTAAGTAATAACAC-TTTCGAAGGTCTGAGTAAGTATAGATGGACTTCTCTC
64 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTTCG-AGGTATGAGTAACTATAAATGGACTT-TCTC
* **
102388 T-CTAATGTATCGCTTCTGCTTCATGTTTCCT-A-AGGTAT
127 TAC-AATGGATCGCTTCTGCTTCATGTTTCCTAATAGACAT
*
102426 TTCAATTATAATCTATTTTACCCAATAATAAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-AATAAAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * * * *
102491 TAAAACCATTTAAGGCGAGTACTAAGGCTTTTTGAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
63 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTTCGAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTCTCT
* * *
102556 AACAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAATAGACAT
128 -ACAATGGATCGCTTCTGCTTCATGTTTCCT--AATAGACAT
* * * *
102598 TT-AATTATAATCTATTTAAACCAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA--TAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
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64 AAAACTATTTAAAGTGAGTAA
102683 CAAGCTTTCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACTATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTTCGAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTCTCTACA
ATGGATCGCTTCTGCTTCATGTTTCCTAATAGACAT
Found at i:102864 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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* *
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102874 TATGAATAAA
Statistics
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AAAAGAAAAGAATATTTT
Found at i:111285 original size:168 final size:167
Alignment explanation
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110715 NNNNNNNNNN
* * * * **
110725 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGA
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
110958 TGGATGGCTTCTGCTTCATGTTTCCT-AAG--G-TATTTCAATTATAATCTATTTTACCCAACAA
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* * *
111019 TATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
125 TGTAAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* ** *
111063 ATTTAAAGCGAGT-ACTAGGGCTTTCTG-AGGTATAGGTGACT-GTAAATGGACTTTTTTTAACA
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**
111125 ATGAATGGCTTTTTCTTCATACTTCCTAAAGTAGACATTTAACTATAATCTATTTTAACTAAAAT
61 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTTAACTATAATCTATTTTAACTAAAAT
*
111190 GTAAAAAACATCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAACT
126 GTAAAAAA-ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * *
111232 ATTTAAAGTGAGTAACAA-GCTTTCGAAAGCATATGTGACTAGATATGGACTTTT
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111286 CTTACTAATG
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 56, Indels: 46
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTAAAGTGAGTAACAACGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTTTTCAATGAA
TGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATTTAACTATAATCTATTTTAACTAAAATGTAAA
AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
Found at i:111460 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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*
111434 AAAAGAATATTTTTA-AAT
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1 AAAATAATATTTTTA-GAAT
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111478 TTTTTAAAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATAATATTTTTAGAAT
Found at i:111494 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 111439--111498 Score: 57
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*
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* *
111457 AATATTTTTATGAATAA
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111499 ATTTATTAGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 5, Indels: 5
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.11
17 22 0.63
18 9 0.26
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
AATATTTTTAAAATAT
Done.