Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402769.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5829.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3562
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Found at i:2479 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 315--3562 Score: 2864
Period size: 170 Copynumber: 19.0 Consensus size: 171
305 TTATGTTTTA
* * * *
315 AAAACATGT-AAAAATATCCAACTTAAAATCAATTATGTGAGTCTAAAACCATTTAAAGCAAGTA
1 AAAA-ATGTAAAAAAT-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
379 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATAGACTTTTCTCTCTAAAGCATGGCTTTTGCTT
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTT
* * *
444 CATGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
129 CACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * * * * * *
487 ATAAATGAAAAACAAATCTAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAGCCATTTAAAGCCAATAA
1 AAAAATGTAAAA-AATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
552 TAAAGCTTTCTAACGCTTGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCTCTCCAATAGATGGCTTTTGCTTC
65 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* ** * ** * * **
617 ATGTTTCCCAAGATAGATAACCAATTAGAACCTATTTTAATA
130 ACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * * * * *
659 AAAAATGTTAAACATTCTAA-TATAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGCAAGTAC
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
723 TAAGG-TCTTCGAAGGCTTGCA-TGACTATAAATA-CCTTTTGT-TGTCAATGGATGACTTTTGC
65 TAAGGCT-TTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGC
* * * *
784 TTCACATTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAA-C
127 TTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * * *
828 -AAAATGTAGAAAAAATACAACTTAAAATCAATAAT-ATGAATAGAAAACTATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATGTA-AAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGA-GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
891 ATAAGACTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGAGTTTT-TCCCCTAATGGATGGCTTTTGCC
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT-CTCTAATGGATGGCTTTTGCT
*
955 TCACGTTTCCCATA-GC-GAACATTCAATTATAACAAATTTTAACC
128 TCACGTTTCCCA-AGGCAG-ACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * *
999 AAAAATG-AAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * *
1063 AAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCCAATGGATAGATTTTGCTTCA
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* *** * ** *
1128 TGTTTCCTGCGGCAAACATTCAATTATATTATATTTTAACA
131 CGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * *
1169 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAGTTATGAGAATATAAAA-CATGTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * *
1233 AAGGCTTTCAAAAACTTAAGTGACTATAAATGGAATCTTTTCTC-C-AATGAATGGCTTTTGCTT
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-A-CTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * *
1296 CATGTTT-CCTAGGACAGACATCCAATTATAACCTATTTTAACT
129 CACGTTTCCCAAGG-CAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * * *
1339 AAAAATATAAAAAATTCCACCATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGCGTGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
1404 AAGGCTTTCAAAGGCTT-ACGTGACAATAAATA-CCTTTTCT-TGCCAATAGATAGCTTTTTC-T
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * *
1465 CACATTTCCTAAGG-TGAACATTCAATTATAACATATTTTAGTCA
129 CACGTTTCCCAAGGCAG-ACATTCAATTATAACATATTTTA-ACC
*
1509 AAAAATGTAAAAACATT-CAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCCAGTAA
1 AAAAATGTAAAAA-ATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
1573 TAAGGCTTTCAAAGACTTGCA-TGATTAGAAA-AGGCATTTCT-TCCCAATAGATGGCTTTTGCT
65 TAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * *
1635 TCATTTTTTCTAAAGTAGACATCCAATTATAACATATTTTAACC
128 TCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * *
1679 AAAAATGTAAAAAATTCCAACATAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * *
1744 AAGGCCATCAAAGGCTTGAGTTACTATAAA-AGGATTTTTCTCCCTAATGGAAGACTTTTACTTC
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATA-GACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * *
1808 ACATTTCCCCAA-GCAAACTTTCAATTACAATATATTTTAGCA
130 ACGTTT-CCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
** * * *
1850 AAAAATACG-AAAAAA-TCTGACTTAGAATCAATTATGA-AATATAAAAGCATTTAAAGTGAGTA
1 AAAAAT--GTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
1912 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGCTTTTCT-TATCAATGGATGGCTTTTGCA
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
1975 TCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTATAACT
128 TCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * * *
2019 AAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATGAATTATGAGAATACAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * **
2084 AAGGCCTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGATTTTTTGCTTC
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATG-GCTTTTGCTTC
* *
2149 ACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTTAATC
130 ACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATA-TTTTAACC
* * * *
2192 AAAAATGTAAAAAAAT-AAGAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-TATGTA
1 AAAAATGTAAAAAATTCCA-ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA-GTA
* * *
2255 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-AGGCTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCA
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
2318 TCACGTTTCCCGAGGTAGACATTCAATTATAAAAGATTTTAACC
128 TCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * *
2362 AAAAACGTAAAAAATTCTAACATAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
2427 AAGCCTTTCAAAGGCTAGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * *
2492 CGTGTCCTAAGACAAACATTCAATTCTAATAGATTTTAACC
131 CGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * *
2533 AAAAATATAAAAAAATT-CAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAATA-AATTTAAAGCAATTA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA-ACCATTTAAAGC---GA
* ** * ** * * * ** ** *
2596 TGTGAATATAAG---TCAATAGATTTTAAAAAGGCTTTTAA-AGACCATAGTGACTATAAATGGA
61 -GT-AATA-AGGCTTTCAA-AG-GCTT-GAGTGACTATAAATAGA-C-TTTTCTCTCT-AATGGA
* * ** * * * * * * *
2657 CT--TTTCTCGC-CAATGGATTCCTAAGACAGACATCCAATTATAACCTATTTTAACT
117 -TGGCTT-TTGCTTCA-CGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * * * * *
2712 AGAAATGCAAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATTAGAATATAAAACCCCTTTAAGGTGAGTA
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
2776 ATAAGGCTTTGAAAAGCTTGAGTGACTATCAAT-GGCTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCT
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * *
2839 TCGCGTTTGCGAAGGTAGACATTCGATTATAATATAATTTAA-T
128 TCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* * * * * ** *
2882 AAAAATATAACATAA-TCTAACTTAAAATCAGTTATGCGAATATAAAAAAATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAA-AAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
2946 TAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTTTCTCCAATGGATAGCTTTTGCTTC
65 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * *
3011 ACTTTTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACT
130 ACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
* *
3053 GAAAATGTAAAAAAGTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * ** * *
3118 AAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGATTTTTGTGTCCCATGGCTGGCTTTTGCTACA
66 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * ** *
3183 -GATTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAACATAAATTAACT
131 CG-TTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
**
3224 AAAAATGTAAAACAA-TCCAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAATAATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATGTAAAA-AATTCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
3287 ATAAGGCTTTGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTGCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTT
64 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * *
3352 CAGGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTGTAACATATTTTAACA
129 CACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
3395 AAAAATGTAAACAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGTA-AATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATGTAAA-AAATTCCAACTTAAAATCAATTATG-AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
3458 ATAAAGCTTTTCAAAGCCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGTTTTTGCT
64 ATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCT
* ** *
3523 TCATGTTTCATAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTT
128 TCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTT
Statistics
Matches: 2479, Mismatches: 491, Indels: 212
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 29 0.01
169 214 0.09
170 863 0.35
171 805 0.32
172 332 0.13
173 92 0.04
174 15 0.01
175 10 0.00
176 11 0.00
177 13 0.01
178 17 0.01
179 70 0.03
180 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
CGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC
Done.