Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402781.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_584.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7663
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.07, T:0.23
Warning! 3053 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2537 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2238--3487 Score: 1280
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
2228 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2238 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTTTTAAAACGGACAATAATTGAATGTTTAAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * * *
2303 TCAAGAAACGAGTAGTAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATATTCGCTCATTCCTT
66 TCAAGAAACGTGTAAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
2368 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
130 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
2409 TAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGACTGTCTACA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
2474 TTAAGAAACGTG-AAAAAACTAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCCATTCCT
66 TCAAGAAACGTGTAAAAAA--AGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
*
2538 TCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
129 TC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
2580 TAATTGA--TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATACTATAATTCACTGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
2643 TCAAGAAAC--GTAAAGAATTAAGCATTCATAGATAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCAATTCC
66 TCAAGAAACGTGTAAA-AA--AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
*
2706 TTCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCA
128 TTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
2749 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGACTACAATAGATTGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
*** * * * * * * *
2814 TTGGGAAATGTGCAAAAAAGGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTACTT
66 TCAAGAAACGTGTAAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
2879 CAAAAGGCTTATTACCCGTTTTTAATGGTTTTATAATTTCA
130 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * **
2920 TAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTGTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
*** * * * * * * *
2985 TTGGGAAAAGTGTAGAAAAAGCCCATTTATTGAAAAGAGAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCTT
66 TCAAGAAACGTGTAAAAAAAG--CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * **
3050 TCAAAAGCCTTATTACTTGGTCAAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *** * * *
3092 GAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
3157 TCGAGAAACATGT-AAAAAAGCCTGTTCATTGAGAACAAAAGTCCGTTTATAGTCATCCATTCCT
66 TCAAGAAACGTGTAAAAAAAG-C-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
3221 TCAAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTGTAATAATCTCA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
3263 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TATTTAGTTAAAACGGACTATAATTAAATG-CTTT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TA
* * *
3326 CCTCGAA-AAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTT
64 CCTC-AAGAAACGTGT-AAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * *
3390 CTTCAAAAGGCTTATTACTCCCATTAAATGATTTTATAATCTCA
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
3434 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTGCATTTTTGATTAAAACATACTATAATT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
3488 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 155, Indels: 42
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.00
169 148 0.16
170 16 0.02
171 580 0.64
172 145 0.16
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACGTGTAAAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Found at i:3133 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 2238--3486 Score: 1222
Period size: 340 Copynumber: 3.7 Consensus size: 337
2228 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
2238 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTTTTAAAACGGACAATAATTGAATGTTTAAC
1 TAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACC
* * * * * * * * *
2303 TCAAGAAACGAGTAGTAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATATTCGCTCATTCCTT
64 TTAGGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
** * *
2368 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTT
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTCAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
2433 TTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGACTGTCTACATTAAGAAACGTGAAAAAA-CTAGC
194 TTAAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAGC---C
* * * * * *
2497 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTA
256 ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCTTATTACTCGATTTA
*
2562 AATAGTTTTATAATCTCA
320 AATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
2580 TAATTGA-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATACTATAATTCACTGTCTACCT
1 TAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCT
* * * ** * * * * * *
2644 CAAGAAACGTAAAGAATTAAG-CATTCATAGATAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCAATTCCTT
65 TAGGAAAAGTGTAGAA-AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
** *
2708 CAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
129 C-AAAAGCCTTATTACTCGCTCAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
2772 TTTAAATTTTTTGTTAAAATAGACTACAATAGATTGTCTACCTTGGGAAATGTGCAAAAAAGGCC
193 TTTAAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAAAAA-GCC
* * * * *
2837 ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTACTTCAAAAGGCTTATTACCCGTTTTT
256 ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA-GCTTATTACTCGATTTA
*
2902 AATGGTTTTATAATTTCA
320 AATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
2920 TAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTGTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACC
1 TAATTGAT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACC
* * * * * *
2985 TTGGGAAAAGTGTAGAAAAAGCCCATTTATTGAAAAGAGAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCTT
64 TTAGGAAAAGTGTAGAAAAAG-CCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
3050 TCAAAAGCCTTATTACTTGGTCAAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTCAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* ** * * * *
3115 TTTATATTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTA-AATGCCTATCTCGAGAAACATGTAAAAAAGCC
193 TTTAAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAA-TAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAGCC
* * *
3179 TGTTCATTGAGAACAAAAGTCCGTTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGATT
256 -ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGC-TTATTACTCGATT
* *
3243 TAAATGGTGTAATAATCTCA
318 TAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
3263 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTAGTTAAAACGGACTATAATTAAATGCTTTCC
1 TAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACC
* * * * * *
3328 -TCGAAAAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTCT
64 TTAGGAAAA-GTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * *
3392 TCAAAAGGCTTATTACTC-C-CATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTCA--AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** *
3455 TTTTTGCA-TTTTTGATTAAAACATACTATAAT
191 TTTTTAAATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAAT
3487 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 135, Indels: 47
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.01
340 262 0.35
341 22 0.03
342 190 0.25
343 261 0.35
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTT
AGGAAAAGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTCAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
AAATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATAGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAGCCATTCA
TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCGATTTAAATGGT
TTTATAATCTCA
Found at i:3286 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 2238--3487 Score: 1354
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 507
2228 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * * * *
2238 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTTTTAAAACGGACAATAATTGAATGTTTAAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTAGTTAAAACAGACTACAATTAAATGCTTACC
* * * * * * *
2303 TC-AAGAAACGAGTAGTAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATATTCGCTCATTCCT
66 TCGAA-AAACGTGCA-AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTACT
* * * *
2367 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTT
129 TCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** * *
2432 TTTACATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGACTGTCTACATTAAGAAACGTGAAAAAACTAGC
194 TTTGCA-TTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATACCTACATTAAGAAAAGTGAAAAAAC-ACC
* * **
2497 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAATCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTA
257 ATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTCAGAATCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTCAA
* * * *
2562 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACATACTA
322 AATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGAATTAAAACAGACTA
* * * * * *
2627 TAATTCACTGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAATTAAGCATTCATAGATAAGAAAAGTCTATTTA
387 TAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACGTAAAGAA-TAAGCATTCATAGAGAACAAAAGTCCATTTA
* * *
2692 GAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCA
451 GAGTCACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAACGGTGTAATAATCTCA
* * * *
2749 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATAGACTACAA-TAGATTG-TCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTAGTTAAAACAGACTACAATTA-AATGCT-TA
* ** * * *
2812 CCTTGGGAAATGTGCAAAAAAGGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTAC
64 CCTCGAAAAACGTGCAAAAAA-GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTAC
* * * *
2877 TTCAAAAGGCTTATTACCCGTTTTTAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTT
128 TTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * **
2942 TTTTGCATTTGTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATACCTACCTTGGGAAAAGTGTAGAAAAAGC
193 TTTTGCATTT-TTGTTAAAACATACTATAATTGAATACCTACATTAAGAAAAGTG-A-AAAAA-C
* * * * * * *
3007 -CCATTTATTGAAAAGAGAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTTGG
254 ACCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTCAGAATCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGC
* * **
3070 TCAAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAAC
318 TCAAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGA--TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGAATTAAAAC
* * * *
3135 AGACTATAATTAAATGCCTATCTCGAGAAACATGT-AA-AA-AAGCCTGTTCATTGAGAACAAAA
381 AGACTATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAAC--GTAAAGAATAAG-C-ATTCATAGAGAACAAAA
* * *
3197 GTCCGTTTATAGTCATCC-ATTCCTTC-AAAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGGTGTAATAATC
442 GTCCATTTAGAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAAGC-TTATTACTCGATTTAAACGGTGTAATAATC
3260 TCA
505 TCA
* * * *
3263 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTAGTTAAAACGGACTATAATTAAATGCTTTCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTAGTTAAAACAGACTACAATTAAATGCTTACC
* * *
3328 TCGAAAAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTTCT
66 TCGAAAAACGTG-CAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTACT
* * *
3392 TCAAAAGGCTTATTACTCC-CATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTT
129 TCAAAAGGCTTATTAC-CCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
3456 TTTTGCATTTTTGATTAAAACATACTATAATT
193 TTTTGCATTTTTG-TTAAAACATACTATAATT
3488 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 612, Mismatches: 104, Indels: 43
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 9 0.01
511 197 0.32
512 76 0.12
513 16 0.03
514 297 0.49
515 15 0.02
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTAGTTAAAACAGACTACAATTAAATGCTTACC
TCGAAAAACGTGCAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTACTTC
AAAAGGCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TGCATTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATACCTACATTAAGAAAAGTGAAAAAACACCATTC
ATTGAAAAGAAAAGTCCATTCAGAATCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTCAAAATA
GTTTTATAATCTCAGAATTGATTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGAATTAAAACAGACTATAAT
TAAATGCCTACCTCAAGAAACGTAAAGAATAAGCATTCATAGAGAACAAAAGTCCATTTAGAGTC
ACCAATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAACGGTGTAATAATCTCA
Found at i:4202 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3745--4205 Score: 424
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
3735 NNNNNNNNNT
* * *
3745 TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCAT
1 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCTTACCTCGAGAAACATG-GAAAAAAACCATTCAT
* * * * **
3810 TAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTAAAAAGGCTTATTAATTGCTTTAAATAGT
65 T-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* *
3875 TTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * * * * *
3916 TTTTTTATTTAAAACATACTATAATTGAATG-TCTACCTCAAAAAACGT-GAAGAAACAAACATT
1 TTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGCT-TACCTCGAGAAACATGGAA-AAA-AACCATT
* * * * * **
3979 CATTGACAAGAAAA-ACCTATTTAGAGTCATCTATTCCTTCAAAAAACTTATTACTCACTTTAAA
62 CATTG-TAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAA
* ********** *
4043 TGGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTTAATTTTTTTACA
125 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * *
4088 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCTTTCTTTGAGAATCATGGAAAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCTTACCTCGAGAAACATGGAAAAAAA-CCATTCAT
*
4153 TGTGAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
65 TGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC
4206 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 58, Indels: 22
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 91 0.41
172 126 0.57
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCTTACCTCGAGAAACATGGAAAAAAACCATTCATT
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
Found at i:4518 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4294--4708 Score: 484
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
4284 NNNTGATTGT
*
4294 CTTCCTCAAGAAACGTG-AAGAAACAAA-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCATCC
1 CTTCCTCAAGAAACGTGTAA-AAA-AAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCA-CC
* * *
4357 AATCCTTCAAAAAG-CTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
63 ATTCCTTCAAAAAGCCTTATCACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
** * *
4421 TTA-TGTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACATACTATAATTGAATAT
128 GAAGT-TTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAGACTATAATTGAA-AG
* * *
4465 CTAT-CTCAAGAAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
1 CT-TCCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCAC-CA
* * * * *
4529 TTTCTT-TAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
64 TTCCTTCAAAAAGCCTTATCACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG
*
4593 AAGTTTTTTATATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
129 AAGTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
* * * * * *
4635 CTTGCCTTATGAAAGGTATAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCA
1 CTT-CCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCA-CCA
4700 TTCCTTCAA
64 TTCCTTCAA
4709 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 28, Indels: 21
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 12 0.06
171 185 0.90
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTCCTCAAGAAACGTGTAAAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCATT
CCTTCAAAAAGCCTTATCACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA
GTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
Done.