Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402791.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5849.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 670
Length: 1118
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.10, T:0.35
Warning! 162 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:682 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 20--793 Score: 590
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
10 TTGTTAAATA
* * * * * *
20 TTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAGAGGCATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATT
* * * **
84 AGTG-A-GAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCATTTTAAAT-A
66 -G-GCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
********** *
146 GTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTCACT
129 GTTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA-T
* * * * * * *
191 TTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGTAT-ACAAAGCCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-ATGAAAAAGGCATTCAT
* * * ** * * *
254 TGAGAAC-AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACT-TATTTTATTTA
65 TG-GCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* *
317 GTTTTATAATCTAATAATT-ATTTTTTAGTTGAATGTTTTTACAT
129 GTTTTATAATATAATAATTGA-TTTTAAGTTGAATGTTTTTACAT
* * ** * * *
361 TTTTGGTTAAAGA-AAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACGCATTCGT
1 TTTTAGTTAAA-ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCAT
* * * *
425 TGGCATGAAAAGTCTATTTGTAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATG-G
65 TGGCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAG
********** * * *
489 NNNNNNNNNNTCAA-AATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACAT
130 TTTTATAATAT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA--TGTTTTTACAT
* * **
534 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATT
*
599 GTCACGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAA-CCTTTATTACTCGCTTTAAATGA
66 GGCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGA
*
662 -TTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACAT
129 GTTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAT
* * * * * * **
705 TTTTA-ATAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGATAAACGTGTTGAATAAGTTATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATT
* ** *
769 GAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
66 G-GCACGAAAAGTCTATTTATAGTC
794 TCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 119, Indels: 42
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 63 0.14
171 252 0.54
172 16 0.03
173 132 0.29
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATT
GGCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGT
TTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAT
Found at i:782 original size:344 final size:332
Alignment explanation
Indices: 161--792 Score: 616
Period size: 344 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
151 NNNNNNNNNN
* * * * *
161 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTCACTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTCACTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT
* * *
226 TGGGAAACGTGTATACAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTA
66 TGAGAAACGTGTATAAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTA
* * * * * * *
291 AAAAGCCTTATTACTTATTTTATTTAGTTTTATAATCTAATAATTATTTTTTAGTTGAATGTTTT
131 AAAAGCCTTATTACTGATTTAAATGAGTTTTATAATATAATAATTATTTTTAAGTTAAATGTTTT
** * *
356 TACATTTTTGGTTAAAGAAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAACGCAT
196 TACATTTTTGAATAAAGAAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACGCAT
* * ** * *
421 TCGTTGGCATGAAAAGTCTATTTGTAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAA
261 TCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAA
486 TGGNNNNNNNNNNTCAA
326 TGG----------TCAA
* * * * * * *
503 AATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAT
1 AATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTCAC-TTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* **
568 ATTGAGAAACGTG-ATGAAAAAGGCATTCATTG-TCACGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATT
64 ATTGAGAAACGTGTAT-AAAAAGCCATTCATTGAGAAC-AAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATT
* *
630 CCTTCAAAA-CCTTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATATAATAATTGA-TTTTAAGTTA
126 CCTTAAAAAGCC-TTATTACT-GATTTAAATGAGTTTTATAATATAATAATT-ATTTTTAAGTTA
* * * **
692 AATGTTTTTACATTTTT-AATAAA-ATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGATAAACGTGTTGA
188 AATGTTTTTACATTTTTGAATAAAGA-AAACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* *
755 ATAA-GTTATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGT
252 AAAACG-CATTCATTG-GAAAAAAAAGTCCATTTATAGT
793 CTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 44, Indels: 20
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
342 27 0.11
343 57 0.24
344 144 0.61
345 7 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (332 bp):
AATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTTCACTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACAT
TGAGAAACGTGTATAAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTA
AAAAGCCTTATTACTGATTTAAATGAGTTTTATAATATAATAATTATTTTTAAGTTAAATGTTTT
TACATTTTTGAATAAAGAAAACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACGCAT
TCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAA
TGGTCAA
Done.