Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402792.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_585.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22112
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.09, T:0.26
Warning! 6844 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:348 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1505 Score: 1574
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
* * * *
1 CTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAACCATTCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
66 -TTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTTAACTT-AAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
66 GTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
129 AAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGGG
130 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
** * *
171 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCATCTCAAGGGAAACAATCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
236 GTTTTA-TAAAAACGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAG
66 GTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * **
300 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTCGGTGACTATAAATGCA
130 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
** * * * *
342 CTTTTCTTAACAATGAATAGGTTTTT-TTCATATTTCTCAAGG-TAA-ATTCAATTATAATCTAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * **
404 -TTTAAGTAAAAATGAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATTATTTAAA
66 GTTTAACTAAAAATG--TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
468 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAG
129 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * **
511 CTTTTCTTGCAAATGAATGTGTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTA-AAGTCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAA-TCTG
* * * * * * *
575 T-TTT-AGTCAACAATGTAATAAAATTCAATTTAAAATTAATTTTGTGGTTATAACACCATTTAA
65 TGTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
638 AGAGGGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATCAATGGG
128 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * ** * * * * *
682 CTTTTCTTACTAGTGAATGGGTTTTTCTTCATCCTTCTCGAGGTAAACAATCAAGTACAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * ** * *
747 G-ATAACCAAAAATGTAAAAAATACTCAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAATCATTTAAA
66 GTTTAACTAAAAATGTAAAAAAT--TCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
811 GCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGTCTATAAATGGG
129 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
** * ** * * * * *
854 CTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCATGCTTCTTGAGGCAAACATTCGATTACAGTTTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
919 -TTTACCTAACAATGTAATAAAATTGAATTTAAAATCAATTTT-ATAGTTATAAAACTATTTAAA
66 GTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA-TTATAAAACCATTTAAA
* * ** *
982 GGGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGCATGGCTATAAATGGG
129 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * * * * *
1025 CTTTTCTTGCCAACGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGAAAAACATTGAATTATAATATGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
1090 -TTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATG-TTATAAAACCATTTAAA
66 GTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
1153 TAGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATTGG
129 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* **
1196 CTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCAAAAGGAAAACATTCAATTATAAT-TG-
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * **
1259 GTTTTAACCAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTTTGAGGGTATAAAACCATTTAAAG
66 G-TTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
1323 AGTGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGG
130 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * * * *
1365 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTAAGGCTTC-CTATGGAAAACATTCAATTATAATCTG
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
1429 T-TTTAACTAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAA
65 TGTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
1493 GAGAGTAATAAGG
129 GAGAGTAATAAGG
1506 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1108, Mismatches: 196, Indels: 61
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 23 0.02
169 239 0.22
170 131 0.12
171 549 0.50
172 157 0.14
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
GTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
Found at i:693 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 670--710 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
660 GGCTTGGGTG
670 ACTA-TCAATGGGCTTTTCTT
1 ACTAGTCAATGGGCTTTTCTT
* *
690 ACTAGTGAATGGGTTTTTCTT
1 ACTAGTCAATGGGCTTTTCTT
711 CATCCTTCTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.22
21 14 0.78
ACGTcount: A:0.20, C:0.15, G:0.20, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
ACTAGTCAATGGGCTTTTCTT
Found at i:1441 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1505 Score: 1577
Period size: 340 Copynumber: 4.4 Consensus size: 340
* * * *
1 CTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAACCATTCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
66 TTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTTAACTT-AAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGA
66 TTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-TTATAAAACCATTTAAAGA
* * *
130 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTT
* * * * * *
195 TTCTTCATGCATCTCAAGGGAAACAATCAATTATAATCTGTGTTTTATA-AA-AACGTAAAATAA
194 TTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-GTTTTAGACAACAATGTAAAAAAA
* * * * *
258 TTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-G
258 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTT-AAAGG
**
322 CTTCGGTGACTATAAATGCA
322 CTT-GGTGACTATAAATGGG
** * ** * * *
342 CTTTTCTTAACAATGAATAGGTTTTT-TTCATATTTCTCAAGG-TAA-ATTCAATTATAATCTAT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * **
404 TTTAAGTAAAAATGAAAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATTATTTAAAG
66 TTTAACTAAAAATG--TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-TTATAAAACCATTTAAAG
* * *
469 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCAAATGAATGTG-T
128 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GAT
* * * * *
533 CTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTA-AAGTCT-GTTTTAGTCAACAATGTAATAA
192 TTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAA-TCTGGTTTTAGACAACAATGTAAAAA
* * * * * * * *
596 AATTCAATTTAAAATTAATTTTGTGGTTATAACACCATTTAAAGAGGGCAATAAGGCTTTTGAAG
256 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTAAAG
*
661 GCTTGGGTGACTATCAATGGG
321 GCTT-GGTGACTATAAATGGG
* * * * * * * * * *
682 CTTTTCTTACTAGTGAATGGGTTTTTCTTCATCCTTCTCGAGGTAAACAATCAAGTACAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
** * ** * *
747 GATAACCAAAAATGTAAAAAATACTCAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAATCATTTAAAG
66 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAT--TCAACTTAAAATCAATTTTGA-GTTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
812 CGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TAGT
128 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGA-T
** * * * * * *
876 TTTTCTTCATGCTTCTTGAGGCAAACATTCGATTACAGT-TTGTTTTA-CCTAACAATGTAATAA
192 TTTTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTTAGAC-AACAATGTAAAAA
* * * * * *
939 AATTGAATTTAAAATCAATTTT-ATAGTTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGACTTTTGAA
256 AATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTAAA
* *
1003 GGCTTGCATGGCTATAAATGGG
320 GGCTTG-GTGACTATAAATGGG
* * * * * * *
1025 CTTTTCTTGCCAACGAATAGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGAAAAACATTGAATTATAATATGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
*
1090 TTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATGTTATAAAACCATTTAAATA
66 TTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GTTATAAAACCATTTAAAGA
* * *
1155 GAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTT
129 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTT
* ** * * *
1220 TTCTTCATGTTTCAAAAGGAAAACATTCAATTATAAT-TGGTTTTA-ACCA-AATATAAAAAAAT
194 TTCTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTTAGACAACAATGTAAAAAAAT
* * *
1282 TCAACTTAAAATCATTTTTGAGGGTATAAAACCATTTAAAGAGTGTAATAAGACTTTTAAAGGCT
259 TCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCT
1347 TGTGTGACTATAAATGGG
324 TG-GTGACTATAAATGGG
* * * * * *
1365 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTCTTTCTTAAGGCTTCCTATGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
1 CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
1430 TTTAACTAAAAATATAAAAAACTTGAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGA
66 TTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GTTATAAAACCATTTAAAGA
1495 GAGTAATAAGG
129 GAGTAATAAGG
1506 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 172, Indels: 51
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 34 0.04
339 21 0.02
340 429 0.44
341 44 0.05
342 136 0.14
343 299 0.31
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGTTATAAAACCATTTAAAGAGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTT
CTTCATGCTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTTAGACAACAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTG
GTGACTATAAATGGG
Found at i:5959 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5639--6974 Score: 1456
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 171
5629 NNNNNNNNNN
* *
5639 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * *
5704 TTCTT--TGCTTT-TCTCATAGTAGACATCCAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAA
66 TTCTTCATG-TTTCT-TCA-AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACA
** *
5766 ATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
5810 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCGAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * ** *
5875 TTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACAATCAGTTATAGTCTGTTTGAATGAAAAAGGTAAAACAATT
66 TTCTTCATGTTTCTTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATT
* * ** * *
5940 CTACTCAAAATTGATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
5981 GAGTAATAGGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * *
6046 TTCTTCATTTTTC-TCATAGTAGACATTCATTTATAGCCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAA
66 TTCTTCATGTTTCTTCA-AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACAA
* *
6110 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*** * **
6153 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACCGCAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAG-AATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * *
6217 CTCTTCACT-TTTC-TCATAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGT-AAACAA
66 TTCTTCA-TGTTTCTTCA-AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAC-A
* * *
6279 ATTCAACTTTAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
6323 GAATAATAAGGCTTTTGAACTAGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCC-TT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * *
6387 TT-TTCACGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTACAAAC-AT
66 TTCTTCATGTTTCTTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAACAAT
* * *
6450 TCTACTTAAAATCGATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** * * * *
6492 GAGTAATAGGGTTTTTGAAGGAAT-GGAAAACTATAAAGGGACTTTTTTTTCTCAATGAATGGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCT
* * * * *
6556 TTTTCTACATGTTTC-TCAAGGCA-AGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAGAGTGTAAAA-
64 TTTTCTTCATGTTTCTTCAA-GTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAC
*
6618 ATATTCAACTTAAAATCAATTATGA-AGTTATAAAACCATTTAAAGT
127 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
6664 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACCGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * *
6729 TTCTTTATGTTTC-TCAAAGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAT
66 TTCTTCATGTTTCTTC-AAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAT
* * *
6793 TGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
6835 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATAG-CT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCCT
* * * * * *
6898 CTTTT-TGCACGTTTCTT-AATTTTGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAA
64 -TTTTCTTCATGTTTCTTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
6961 -AATTCAACTTAAAA
126 CAATTCAACTTAAAA
6975 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 167, Indels: 64
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 118 0.12
170 111 0.11
171 502 0.52
172 228 0.24
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
TTCTTCATGTTTCTTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:6304 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5639--7166 Score: 1515
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
5629 NNNNNNNNNN
* *
5639 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
*** * * *
5704 TTCTTTGCTTTTCTCATAGTAGACATCCAATTATAGTCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCATTTTTCTCATAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
** *
5769 TGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * ** *
5834 AGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGC-GAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAAGTAG
196 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATG--AATTTCTTCACTGTTTC-TCAAGTAG
* * ** * * * **
5897 ACAATCAGTTATAGTCTGTTTGAATGAAAAAGGTAAAACAATTCTACTCAAAATTGATTATGAGA
258 ACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
5962 TTATAAAACTATATAAAGC
322 TTATAAAACCATTTAAAGA
* * * *
5981 GAGTAATAGGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * *
6046 TTCTTCATTTTTCTCATAGTAGACATTCATTTATAGCCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAAT
66 TTCTTCATTTTTCTCATAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAAT
* *
6111 TCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
*** *
6176 TAGGTGACCGCAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAAGAATTCTCTTCACT-TTTCTCATAGTAG
195 TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGAATT-TCTTCACTGTTTCTCA-AGTAG
* * *
6239 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACTTTAAATCAATGATGAGA
258 ACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
6304 TTATAAAACCATTTAAAGA
322 TTATAAAACCATTTAAAGA
* ** * *
6323 GAATAATAAGGCTTTTGAACTAGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCC-TT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * *
6387 TT-TTCACGTTTTT-TGA-AGTAGACATTCAATTACAGTCTTTTTTAACAAAAAATGTACAAACA
66 TTCTTCA--TTTTTCTCATAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
6449 TTCTACTTAAAATCGATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGTTTTTGAAGGA
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** * * * **
6514 AT-GGAAAACTATAAAGGGACTTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTT-TTCTACATGTTTCTCAAGG
194 ATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGAATTTCTTC-AC-TGTTTCTCAA-G
* * * * *
6577 CA-AGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAGAGTGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTAT
255 TAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
6641 GA-AGTTATAAAACCATTTAAAGTA
318 GAGA-TTATAAAACCATTTAAAG-A
* * * *
6665 -AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACCGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * *
6729 TTCTTTATGTTTCTCAAAGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATT
66 TTCTTCATTTTTCTCATAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
6794 GAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * *
6859 GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAAT-AGCTCTTTTTGCAC-GTTTCTTAATTTT
196 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGA-AT-TTCTT-CACTGTTTCTCAA-GTA
* * * ***********
6921 GGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNN
257 GACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
************
6986 NNNNNNNNNNNNTTTAAAGA
321 ATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * * *
7006 GAGTAATAAGGC-CTTGCAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCCCT
1 GAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * * * * * * * *
7070 CTCCTTCACTTCTCTGACAGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTATCCATAAATGTAAAAAAAT
65 TTTCTTCATTTTTCTCATAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
7135 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
7167 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 985, Mismatches: 170, Indels: 62
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.01
339 84 0.09
340 53 0.05
341 150 0.15
342 461 0.47
343 225 0.23
344 6 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
TTCTTCATTTTTCTCATAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGAATTTCTTCACTGTTTCTCAAGTAGACA
TTCAATTATAGTCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGA
Found at i:14339 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13985--14630 Score: 513
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
13975 NNNNNNNNNN
* * * *
13985 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTGACATTTTTAGTC
1 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATT-TTTT-ACATTTTTAGTT
* * * *
14050 AAAACAGATTATAATTGAATGTGTA-TCTCGAGAAACGT-GATGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
64 AAAACAGACTATAATTTAATGTCTACT-TCGAGAAACGTGGA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *****
14113 AAAAGTCCATTTATAGTAACCTATT-TCTTCAAAAGCCTTNNNNN
127 AAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTAC
***** * * * * *
14157 NNNNNTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTTTTAGTTA
1 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTT-TTACATTTTTAGTTA
** *
14222 AAACAGACTATAATTTAATGTCTACTTTAAGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
65 AAACAGACTATAATTTAATGTCTACTTCGAGAAACGTGGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
14287 AGTCCGTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCTTTATTAC
130 AGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
14328 TCATTTTAAATGATTTTGT-ATACCCATAATCGATTTGAAGCTGAACTTTTTAACATTTTT-GAT
1 TCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-T
* * * * ** * ** *
14391 TAAAACGGACAATAATTAAATATGAAAC-TCGAGAAATGTAAAGAAACAA-GCATTCATTGGGAA
63 TAAAACAGACTATAATTTAATGT-CTACTTCGAGAAACGTGGAGAAA-AAGGCATTCATTGGCAA
* * * * *
14454 AAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAATCCTTATTAC
126 GAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
14499 TCACTTTAAATAATTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTCTTA-TT
1 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACATTT-TTAGTT
* * * * * *
14563 AAAATAGACTATAA-TTAATTGTCTGCCTT-GAGAAACGTGTAAAAAAAGCCATACATTGAG-AA
64 AAAACAGACTATAATTTAA-TGTCT-ACTTCGAGAAACGTGGAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAA
14625 GAAAAG
126 GAAAAG
14631 CATATTTATA
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 87, Indels: 35
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 303 0.82
172 59 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAA
AACAGACTATAATTTAATGTCTACTTCGAGAAACGTGGAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
Found at i:15653 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 15476--15799 Score: 328
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
15466 NNNNTGGGTG
* ** * *
15476 ACTATAAACGGACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGA-AGTAGACATTA
1 ACTATAAACGGACTTTTCTTCCCAATGAAAGCCTTTTTCACCAAGTTTCTCGAGA-TACACATTA
* * *
15540 AATTACAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTTAAGTAAAAATCAATTATGAAATTATA
65 AATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAAATTGAAGTAAAAATCAATTATGAAATTATA
15604 AAACCATTTAAAGTGAGTAATNNNNNNNNNNAAGTAATAGGTT
130 AAACCATTTAAAGTGAGTAAT----------AAGTAATAGGTT
* ** * * *
15647 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAAGTCTTTTTCACCACGTTTCTCGAGATACACATTCA
1 ACTATAAACGGACTTTTCTTCCCAATGAAAGCCTTTTTCACCAAGTTTCTCGAGATACACATTAA
* * * * ** * * *
15712 ATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTTAAAAAGATTGATTTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
66 ATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAAATTGAAGTAAAAATCAATTATGAAATTATAA
15777 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
131 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
15800 GCTTTTNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 23, Indels: 13
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.02
171 73 0.57
172 52 0.41
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (162 bp):
ACTATAAACGGACTTTTCTTCCCAATGAAAGCCTTTTTCACCAAGTTTCTCGAGATACACATTAA
ATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGATAAAAAAATTGAAGTAAAAATCAATTATGAAATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTAATAGGTT
Found at i:18759 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 18474--18917 Score: 421
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 167
18464 NNNNNNNNNN
* * ** *
18474 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTA-TATTTTTGTTTAAACTAGACAATAATTGGGTGTCTACTT
1 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAAC-AGAC--TAATT-AATGTCTACAT
*** * * *
18538 TGAGAAATGTGAAGAAAGTGGCATTCATTGGCAAAAAATATCCATTTATAGTCAC-CACCTTT-T
62 TGAGAAATGTGAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAAATAGCCATTTATAG-C-CTCACATTTCT
* * ** * *
18601 CCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATA
124 CCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCAAA
*
18645 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTAATTAATTGTCTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTAATTAA-TGTCTACATT
* * **
18710 GAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAA-AGCGCATTTATAGCCTCTCATTTCTTT
63 GAGAAATGTGAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAAATAGC-CATTTATAGCCTCACATTTCTCC
* *
18774 AAAAACCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
126 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCAAA
* * * * * *
18816 ATTGGTTTTAAGTTCAATTTCTTTTAC-TTTTTGGTTAAAAGAGATTACAATTGAATATCTACAT
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACT--AATT-AATGTCTACAT
*
18880 CGAGAAATGTGAAGAAAAAGAGATTCATTGGCAAGAAA
62 TGAGAAATGTGAAGAAAAA-AGATTCATTGGCAAGAAA
18918 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 34, Indels: 22
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.07
170 17 0.07
171 162 0.71
172 6 0.03
173 13 0.06
174 13 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTAATTAATGTCTACATTGAG
AAATGTGAAGAAAAAAGATTCATTGGCAAGAAATAGCCATTTATAGCCTCACATTTCTCCAAAAA
CCTTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCAAA
Found at i:20006 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19627--21210 Score: 1438
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 171
19617 GTCTACTTTG
* * *
19627 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCAC-CACCTT-TTT
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAG-C-CTCTCATTCTTT
* * * * *
19689 -AAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * **
19753 TTGTTACATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATT-AATTGTCTACCTTG
126 TT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACATCA
* * * *
19800 AGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTTCTTTC-
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCA-TTCTTTCA
* * * * *
19864 AAAGCTTTATTACTTAG-TTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTCAATTTCTT
65 AAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
* * * *
19928 TTA-GTTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACATCA
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCA
* * * * *
19971 AGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTGGTCAC-CT-ATTCCTTC
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-C-CTCTCATTCTTTC
*
20034 AAAAGCCTTATTGCTAGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTT-AGTTGAATTTT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
20097 TTTATATTTTT-ATTAAAACATACTATAATTGAATGACTACCTCA
127 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCA
* * * * * *
20141 AGAAACGTGTAGAAAAA-ACTAGTCATTGAG-AAGAGAAGTCCATTTATAG-TTACCCATTCTTT
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCT-CTCATTCTTT
** * * * * *
20203 TGAAAGACTTTTTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
63 CAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * *
20267 TTTACATTTTTCATTAAAATAAACTGTAATTGAATGCCTACATCA
127 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCA
* ** * * * * * * *
20312 AGAAACATGTTGAAAGAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTACAGTCGCGT-ATTCCTTC
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTC-TCATTCTTTC
* * * *
20375 GAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATTATCTC-TAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * **
20439 TTACTTTTTTGGATAAAATAGA-TAGTAATTGAATGTCTACCTTG
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACATCA
*** * * * *
20483 AGAAACGTGAAGAAAAAAAAATTCATTGGTAAGAACAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTATCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCTTTCAA
* * *
20548 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
66 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
20613 CTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTCA
131 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCA
* * * *
20654 CGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CT-ATTCCTTC
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-C-CTCTCATTCTTTC
*
20717 AAAAGCCTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
64 AAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * * * *
20781 TTT-TATTTTTGGCTAAAACAGACAATAATTGATTGCCTACTAT-A
127 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-ATCA
** * * * *
20825 AGAAAATTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCGTTTATTATCAC-CT-ATTCCTTC
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGC-CTCTCATTCTTTC
* *
20887 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
20952 TACATTTATGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCTATC-
129 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-ATCA
* * * * * * *
20995 AGAGAA-GTGAAGGAGAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGC
1 AGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATT-CTTTC
* ** * * *
21059 -AAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATTA-TTTTTTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *
21122 TCAGATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTAAATCA
128 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCA
*
21166 AGAAACGTGCAA-AAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTT
1 AGAAACGTG-AAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
21211 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 193, Indels: 108
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 296 0.25
171 721 0.62
172 38 0.03
173 71 0.06
174 26 0.02
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCTTTCAA
AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCA
Found at i:20124 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 19627--21210 Score: 1635
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 342
19617 GTCTACTTTG
*
19627 AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACC-A--CCTTTT
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATTCC--TT
* * * *
19688 TAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * *
19753 TTGTTACATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATT-AATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAA
126 TT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAA
*
19817 AGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTTCTTTC-AAAGCTTTATTACTTAG
189 AGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-TAG
* * * * * *
19881 -TTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTCAATTTCTTTTA-GTTTTTGGTTAAA
252 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * *
19944 AGAGATTATAATTGAATATCTACATCA
316 ATAGACTATAATTGAATGTCTACATCA
* * * *
19971 AGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTGGTCACCTATTCCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
* * *
20036 AAGCCTTATTGCTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTT-AGTTGAATTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * *
20100 ATATTTTT-ATTAAAACATACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAACTAGT
130 ATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATT
* * * ** * *
20164 CATTGAG-AAGAGAAGTCCATTTATAG-TTACCCATTCTTTTGAAAGACTTTTTACTCA-CTTTA
195 CATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCT-CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTA
* * ** *
20226 AATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAATAAAC
257 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAC
* *
20291 TGTAATTGAATGCCTACATCA
322 TATAATTGAATGTCTACATCA
* ** * * * * * * *
20312 AGAAACATGTTGAAAGAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTACAGTCGCGTATTCCTTCG
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
* * *
20376 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATTATCTC-TAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
20440 TACT-TTTTTGGATAAAATAGA-TAGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAA-
129 TA-TATTTTTGGTTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAAAAG
* * * * * *
20502 AATTCATTGGTAAGAACAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
191 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * *
20567 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGA
256 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
*
20632 CTATAATTGAATGTCTACTTCA
321 CTATAATTGAATGTCTACATCA
* * *
20654 CGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
*
20719 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* * * * * * *
20784 -TATTTTTGGCTAAAACAGACAATAATTGATTGCCTA-CTATAAGAAA-ATTG-AAGAAAAGGCA
130 ATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACA-TGAAAAAAAAAGTA
* * * * *
20845 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCGTTTATTATCAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
193 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGC-CTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* *
20908 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATTTATGGCTAAAATAG
256 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
*
20972 ACTATAATTGAATGTCTGCTATC-
320 ACTATAATTGAATGTCTAC-ATCA
* * * *
20995 AGAGAA-GTGAAGGAGAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGC
1 AGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTT-C
* * * ** * *
21059 -AAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATTATTTTTTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** * * * *
21123 CAGATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTAAATCAAGAAACGTG-CAAAAAAAGCCA
129 TATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAG-TA
21187 TTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTT
193 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTT
21211 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1033, Mismatches: 166, Indels: 84
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 29 0.03
341 529 0.51
342 347 0.34
343 22 0.02
344 67 0.06
345 37 0.04
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATA
ATTGAATGTCTACATCA
Found at i:20495 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 19515--21210 Score: 1578
Period size: 512 Copynumber: 3.3 Consensus size: 507
19505 TACTCGCCCT
* * *
19515 TTCCTTCAAAAGGCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
********* * * * * * **
19579 ATTTTTNNNNNNNNNNTGTTTAAACTAGAC--T-ATTGGATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAA
66 ATTTTT-TTATATTTTTGTTAAAAC-AAACTATAATTGAATGACTACATCAAGAAACGTGAAGAA
* * * *
19641 AAAGACATTCATTG-GCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCACCTT--TTTAAAAGCCTTATTG
129 AAA-ACATTCATTGAG-AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGACTTATTA
* * * * * *
19702 CTCGCTTTAAATGGTTTTATTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTTACATTTTTG
190 CACACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTT-TTACATTTTTC
** ** * * * * *
19767 GTTAAAACGGACTATAATT-AATTGTCTACCT-TGAGAAACA-TGAAAAAAAAAG-TATTCATTG
252 ACTAAAACAAACAATAATTGAA-TGCCTA-CTATAAGAAA-ATTG--AAGAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
19828 GCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGC-CTCTCATTTCTTTC-AAAGCTTTATTACTTAGTTTAAATAG
312 GCAAGAAAAGTTCATTTATCATCAC-CT-A-TTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGTTTAAATAG
* * * * * * *
19890 CTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTCAATTTCTTTTA-GTTTTTGGTTAAAAGAGATTATA
373 TTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGATAAAATAGACTATA
* * * * * *
19954 ATTGAATATCTACATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTG
436 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-GTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
20019 GTCACCTA
500 GTCACCTA
* * *
20027 TTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTT-AGTTG
1 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG
* * * *
20091 AATTTTTTTATATTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACGTGTAGAAA
65 AATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGACTACATCAAGAAACGTGAAGAAA
* * * * ** * *
20156 AAACTAGTCATTGAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTTGAAAGACTTTTTACTCA
130 AAAC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACACA
* *
20221 CTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAA
194 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCACTAAAA
* ** **
20286 TAAACTGTAATTGAATGCCTAC-ATCAAGAAACA-TGTTGAAAGAGCCATTCATTGAG-AAGAAA
259 CAAACAATAATTGAATGCCTACTAT-AAGAAA-ATTGAAGAAA-AGCCATTCATTG-GCAAGAAA
* * * *
20348 AG-TCTATTTA-CAGTCGCGTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATTAT
320 AGTTC-ATTTATCA-TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATAGTTTTATAAT
*
20411 CTCTAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGATAAAATAGA-TAGTAATTGAATGT
382 CTC-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAATAGACTA-TAATTGAATGT
* ** * * *
20475 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAAAATTCATTGGTAAGAACAGTCCATTTATAGTC-TCTCA
445 CTACCTTAAGAAA-GTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-A
20539 TT-CTATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 TTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
20603 AATTGTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTCACGAAACATGAAGAA
65 AATTTTTTTA-TATTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGACTACATCAAGAAACGTGAAGAA
* * * *
20668 AAAGGCATTTATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACA
129 AAA-ACATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACA
* ** **
20732 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTATTTTTGGCTAA
192 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCACTAA
* * *
20797 AACAGACAATAATTGATTGCCTACTATAAGAAAATTGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
257 AACAAACAATAATTGAATGCCTACTATAAGAAAATTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
20862 TTCGTTTATTATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
322 TTCATTTATCATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * *
20927 TAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTATGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-GC
386 -AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
20991 TATCAGAGAAGTGAAGGAGAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
450 T-TAAGA-AAGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
* * * ** * *
21051 TTCCTTGC-AAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATTATTTTTTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 TTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
21115 AATTTTTTCAGATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTAAATCAAGAAACGTGCAA-A
65 AATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAAACTATAATTGAATGACTACATCAAGAAACGTG-AAGA
*
21179 AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTT
128 AAAA-ACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTT
21211 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 981, Mismatches: 158, Indels: 90
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 40 0.04
512 600 0.61
513 224 0.23
514 83 0.08
515 31 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTATATTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGACTACATCAAGAAACGTGAAGAAAA
AACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACACACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCACTAAAACA
AACAATAATTGAATGCCTACTATAAGAAAATTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCA
TTTATCATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA
AAGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
Found at i:21172 original size:683 final size:681
Alignment explanation
Indices: 19646--21210 Score: 1778
Period size: 683 Copynumber: 2.3 Consensus size: 681
19636 AAGAAAAAGA
* * * * * *
19646 CATTCATTGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCACCACCTT-TTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTT
1 CATTCATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCTCTT
** *
19709 TAAATGGTTTTATTAATCG-CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGTTACATTTTTGGTTAAA
64 TAAATTATTTTATTAAT-GTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT-TTACATTTTTGGTTAAA
** * *
19773 ACGGACTATAATT-AATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAA
126 AAAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAA-AATTCATTGG-AAGAAAA
* *
19837 GTCCATTTATAGCCTCTCATTTCTTTCAAAGCTTTATTACTTAGTTTAAATAGCTTTATAATCTC
188 GTCCATTTATAGCCTCTCATTTCTATCAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAATAGCTTTATAATCTC
* * *
19902 AAAATTGGTTTTAAGTTCAATTTCTTTTAGTTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTAC
253 AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTAGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTAC
** * * *
19967 ATCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTGGTCACCTATTCCT
318 ATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
*
20032 TCAAAAGCCTTATTGCTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTTAGTTGAATTTT
383 TCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTTAGTTGAATTTT
* * * * *
20097 TTTATATTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGACTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAACTA
448 TTTATATTTTTACTAAAACAGACAATAATTGAATGACTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAACTA
* * * ** *
20162 GTCATTGAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTTGAAAGACTTTTTACTCACTTTAA
513 GTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAA
* * * *
20227 ATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACT
578 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATCACTAAAATAAACT
*
20292 GTAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATGTTGAAAGAGC
643 ATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATGTTGAAAGAGC
* * **
20331 CATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTACAGTCGCGTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGT-T
1 CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTC-TCT
* * *
20394 TTAAA-TAGTTTTATT-ATCTC-TAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGATAAA
63 TTAAATTA-TTTTATTAATGTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* *
20456 ATAGA-TAGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAAAATTCATTGGTAAGAACA
126 AAAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAAAAAATTCATTGG-AAGAAAA
* * * *
20520 GTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCTATCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
188 GTCCATTTATAGCCTCTCATTTCTATC-AAAGCCTTATTACTTAG-TTTAAATAGCTTTATAATC
* * * * * *
20583 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACTTTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
251 TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTA-GTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATC
* * *
20647 TACTTCACGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
315 TACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
*
20712 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
380 CCTTCAAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTT-AGTTGA
* * * * *
20775 ATTGTTTTT-TATTTTTGGCTAAAACAGACAATAATTGATTGCCTA-CTATAAGAAAATTGAAGA
443 ATT-TTTTTATATTTTT-ACTAAAACAGACAATAATTGAATGACTACCT-CAAGAAAAGTGAAGA
** * * * * *
20838 AAAGGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTTCGTTTATTA-TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
505 AAAAACTAGTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTA
* **
20900 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTACATTTATGGC
568 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTATCAC
* * * * *
20964 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCTATC-AGAGA-A-G-TGAAGGAGAAGG
632 TAAAATAAACTATAATTGAATGCCTAC-ATCAAGAAACATGTTGAA--AG-AGC
* *
21014 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTGCAAGGCCTTATTACTCTCCTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAGCCTTATTACTCTCTTT
* * *
21079 AAATTATTTT-TTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAGATTTTTGGTTAAAAAAA
65 AAATTATTTTATTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAG
* ** ** ***
21143 ACTATAATTGAATGCCTAAATCAAGAAACGTGCAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA
130 ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAAAAAAAAAATTCATTG-GAAGAAAAGTCCA
21208 TTT
193 TTT
21211 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 105, Indels: 72
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
680 4 0.01
681 1 0.00
682 30 0.04
683 552 0.75
684 76 0.10
685 49 0.07
686 28 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (681 bp):
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
AATTATTTTATTAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGA
CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAAATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTT
ATAGCCTCTCATTTCTATCAAAGCCTTATTACTTAGTTTAAATAGCTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTTAAGTTCAATTTCTTTTAGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACATCAAGAA
ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTTAGTTGAATTTTTTTATATT
TTTACTAAAACAGACAATAATTGAATGACTACCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAACTAGTCATTGA
GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATCACTAAAATAAACTATAATTGA
ATGCCTACATCAAGAAACATGTTGAAAGAGC
Done.