Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402793.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5850.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 3572
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:320 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 8--3557 Score: 2732
Period size: 171 Copynumber: 20.9 Consensus size: 168
1 AATATAA
* * * * * * *
8 AAAAAATTTAACTTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATGAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * ** * * *
73 AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATACCTCTTTCTTTATGTTTTTCG
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT-A
* * *
138 ATGCAGACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGT
130 AGGTAAACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGT
********** * * *
177 AAACAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTACAAAACCACTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTT
1 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *** *
242 CGAAGCCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TT
* *
307 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATA-AAAAAATGT
129 AAGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTT-A-ACCAAAAATGT
* * * * * * *
349 GAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGCGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * ** *
414 TGAAGGAGTGGGTGACTATAAATAAAATTTTCCTG-CTAATGACTACCTTTTTCTTCACGTTTCT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-T
* ** * * *
478 CAAGACAAACATTCAATTATAATTTATTCTAACCAAAAATGT
128 TAAGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
520 AAAAATATTGAACTTAAAATCAATTAT-ACGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
584 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAT-TCTTTTTCTTCATGTTTC
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG-AATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
* * * * * * *
648 TTGAGGCAAACATTCAATCAAAGTATGTTTTGACTAAAAATGT
127 TTAAGGTAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
691 AAAAACATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
756 TGAAGGAAAGCGTGACAAAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGCTTCTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTTT
* * * * *
821 GAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT
129 AAGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
862 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGT--CAAGGC-TT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
924 TGAAAGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGG-TTTCTCTTTACGTTTTCC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-T
* * * * *
988 ATGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCGAAAATAT
129 AAGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
1029 AGAAAAATTCAAC-TCAAATCAATTACGAGTTTACAAAA-CATTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
1092 TTGAAAGCATGGGTGACTATCAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT-
* * * * * *
1157 CAAAGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATTTT
128 TAAGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAA-TGT
* * * *
1200 AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTA
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * * ** * *
1265 GAAGGAATGGGTGGTTACAAATGGAGC-TTTCTCGTCAATAAATGGCTTTCTCTTCACATGTCTA
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTA
* * * **
1329 GAGACT-GACATTCTATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAAT-T
130 -AG-GTAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAA-CCAAAAATGT
* * * * *
1370 AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTTAAA-CAAGTAATAAGACGTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
1434 TGATGGAATGGGTGACTATAAATGG-CTTTTTTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTTACTTTTTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTT
* * * * *
1497 TGAGGTAAAAATTCAATTATAGCTTGTTTCAACCAAAAATAT
128 TAAGGTAAACATTCAATTATATC-TGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
1539 AAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * ** *
1604 TGAAAGAAAGTGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCTATAAATTACTTTTTCTTCACGTTTTTC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT-
** * * * * *
1669 AAGCCAAACGTTCAATTATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATTT
129 AAGGTAAACATTCAATTATATC-TGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
1710 AAAAAAATTTAACTGAAAAACAATTATGACATT-TGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * **
1774 TGAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTC
65 TGAAGGAATGGG-TGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
** * * * * * * *
1838 TCGAGGTAGATAATCAATTCTAATATATTTTAACCAAAAATAT
127 TTAAGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGT
*
1881 AAAACAATTTAACTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
1945 TTGAA-AAACTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTG-CTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTT
64 TTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTT
* * * *
2007 TTCAAGATATACATTCAATTATATCTGTTTTAACTAAAAATGT
126 TTTAAGGTAAACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * **
2050 AAAAACTTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AGAGGCTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTT
* * * * *
2114 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTTT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTT
* * * * *
2179 TAAGGTAAACATTCAATCAAAGTATGTTTTGACTAAAAATGT
128 TAAGGTAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
2221 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
*** * * *
2286 TGAAGGAAAACGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCTATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT-
* * * * *
2351 AAGGTAGACATTTAATTATAGGCTATTTT-AGCAAAAATGT
129 AAGGTAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
2391 AAAAAAAATTGAACTTAGAAA-AAATTATGGGATT-TCAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAAGT
1 --AAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * **
2454 TTTTAAAGGAATAGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGTCAAT-CATCAACTTTTTCTTCATGT
62 TTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGT
** * * * * * * *
2517 TTCTCGAGGTAGACAATCAATTCTTGTATATTTTAACCAAAAATAT
125 TT-TTAAGGTAAACATTCAATT-ATATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
2563 AAAAACATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAATCTTTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
2628 TGAAAGAATCGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTTTC
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTTT
* * *
2692 AAGATAGACATTCAATTACATCTGTTTTAACCAAAAATGT
129 AAGGTAAACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
2732 AAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTAAAAGCGAATAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
2797 TGAA-GATATGGGTGACTGTAAATAGAGTTTTCTAGTTAATGAATAGCTTTTT-TTCACGTTTCT
65 TGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT
* * ** *
2860 ATAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTAAATAAAAAATAT
129 A-AGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ** * * *
2902 AAAAAAATTTAACTTAAAAGAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
2967 TGAAGGAATTGATGACCATAAATTGG-CTTTTTTTGTCTATGAATGGCTGTTTCTTCACT-TTTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTT
* *** * * * *
3030 TAAGATAGGTATTCAATTATAGCCTATTTTAACTAAAAATTT
128 TAAGGTAAACATTCAATTATA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * *
3072 AAAACAATTTAACCTAAATTCAATTATGATATTACAAAACCATTCAAAGC-ATGTAATAAGGCTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT
* * * * * * * **
3136 TTGAAGAAATGGGTGGCAATAAATAGACTTTTCTTGTAAATGAACGGATTTTTCTTCACCTTTCC
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT--
* * * * * * *
3201 TGAA-GCAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAACTAAAATAT-A
127 TTAAGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAA-ATGT
* * * * *
3243 AAAAAATTCAATTTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGCAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** * * **
3308 AAAAGAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCCA
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTA
* * * * *
3373 AGGCAGACATTTAATTATAAT-TTTTTCTAACTAAAAATGT
130 AGGTAAACATTCAATTAT-ATCTGTTT-TAACCAAAAATGT
********** * *
3413 AAAAACATNNNNNNNNNNATCAATTAT-ACGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGG-T
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCT
* * * * **
3476 TTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATTTCTTTTTCTTCATGTTTC
63 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
* *
3541 TTGAGGCAAACATTCAA
127 TTAAGGTAAACATTCAA
3558 GCAAAGTATG
Statistics
Matches: 2692, Mismatches: 581, Indels: 214
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 38 0.01
167 53 0.02
168 67 0.02
169 358 0.13
170 820 0.30
171 1114 0.41
172 236 0.09
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTAA
GGTAAACATTCAATTATATCTGTTTTAACCAAAAATGT
Found at i:1516 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 8--3534 Score: 2624
Period size: 340 Copynumber: 10.4 Consensus size: 340
1 AATATAA
* * * * * * * *
8 AAAAAATTTAACTTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATGAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT
* * * * ** * * *
73 AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATACCTCTTTCTTTA-TGTTTTTC
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCTC
* * * * * * * * **********
137 GATGCAGACATTCAATTAT-ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAANNNNNNNNNNAAATCAAT
130 AAGGTAAAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * **
201 TATGAGATTACAAAACCACTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCG-AAGCCTTGGGTGACTATAAAT
194 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
265 GGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGCAAACATTCAATTATAAT
258 GGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGACAAACATTCAATTATAGT
*
329 CTGTTTTGATAAAAAAATGT
322 CTGTTTTAAT-AAAAAATGT
* * * * * *
349 GAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGCGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAA-AGCTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTT
* * * * * ** *
413 TTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATAAAATTTTCCTG-CTAATGACTACCTTTTTCTTCACGTTTC
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTC
** * * * * *
477 TCAAGACAAACATTCAATTATAATTTATTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCA
128 TCAAGGTAAAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * *
542 ATTAT-ACGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAA
192 ATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAA
* * * * * * *
606 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAT-TCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATCAAA
256 ATGGACTTTTCTTGTCAAT-AAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGACAAACATTCAATTATA
* *
670 GTATGTTTTGACT-AAAAATGT
320 GTCTGTTTT-AATAAAAAATGT
* * * *
691 AAAAACATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * * * * ** *
756 TGAAGGAAAGCGTGACAAAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGCTTCTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCTC
* * * * * *
821 GAGGTAGACAA-TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
130 AAGGTA-AAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
885 TTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGT--CAAGGC-TTTGAAAGCATGGGTGACTATAAAT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
947 AGACTTTTCTAGTTAATGAATGG-TTTCTCTTTACGTTTTCCATG-GTAC--ACATTCAATTATA
258 GGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTA-GAG-ACAAACATTCAATTATA
* ** *
1008 ATCTGTTTTAATCGAAAATAT
320 GTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * * * *
1029 AGAAAAATTCAAC-TCAAATCAATTACGAGTTTACAAAA-CATTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTT
* * * * * * *
1092 TTGAAAGCATGGGTGACTATCAATGGGCTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CTTTTC
* * * * *
1157 -CAAAG-AAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATG
128 TCAAGGTAAAA-ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * ** *
1220 AATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGAATGGGTGGTTACAA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAA
* * * * ** *
1285 ATGGAGC-TTTCTCGTCAATAAATGGCTTTCTCTTCACATGTCTAGAGACTGACATTCTATTATA
256 ATGGA-CTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGACAAACATTCAATTATA
1349 GTCTGTTTTAATAAAAAAAT-T
320 GTCTGTTTTAAT-AAAAAATGT
* * * *
1370 AAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTTAAA-CAAGTAATAAGACGTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * * * *
1434 TGATGGAATGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTTTTG-CTAATGAATGGCTTTTTCTTTACTTTTTT
65 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCT
** * * * *
1497 TGAGGTAAAAATTCAATTATAGCT-TGTTTCAACCAAAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATCA
129 CAAGGTAAAAATTCAATTATA-ATATATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * *
1561 ATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGTGTGACTATAAA
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAA
* * * ** * * *
1626 TGAACTTTTCTTGCCTATAAATTACTTTTTCTTCACGTTTTTCA-AGCCAAACGTTCAATTATAG
257 TGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGACAAACATTCAATTATAG
* *
1690 -CTTGTTTTAGCT-AAAAATTT
321 TC-TGTTTTA-ATAAAAAATGT
* * * * * *
1710 AAAAAAATTTAACTGAAAAACAATTATGACATT-TGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * *
1774 TGAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTTGTCAATGAATGGTTTTTTCTTCACATTTC
65 TGAAGGAATGGG-TGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTC
* * * *
1838 TCGAGGTAGATAA-TCAATTCTAATATATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATC
128 TCAAGGTA-AAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATC
*
1902 AATT-TCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-AACTGAGTGACTAT
191 AATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-TGGGTGACTAT
* * * * *
1965 AAATGGACATTTCTTG-CTAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTT-TCA-AGATATACATTCAAT
254 AAATGGACTTTTCTTGTC-AATAAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGACAAACATTCAAT
2026 TATA-TCTGTTTTAACT-AAAAATGT
316 TATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGT
* * ** *
2050 AAAAACTTTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AGAGGCTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGACTT
* * * * *
2114 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGGCTTTTTGTTCA-TGTTTT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTC
* * * * * * *
2178 TTAAGGTAAACATTCAATCA-AAGTATGTTTTGACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATC
128 TCAAGGTAAAAATTCAATTATAA-TATATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATC
* * * * ***
2242 AATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAACGTGACTATAA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAA
* * * * ** * *
2307 ATGAACTTTTCTTGTCTATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCA-AGGTAGACATTTAATTATA
256 ATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGACAAACATTCAATTATA
* * **
2371 GGCTATTTT-AGCAAAAATGT
320 GTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * *
2391 AAAAAAAATTGAACTTAGAAA-AAATTATGGGATT-TCAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAA-AG
1 --AAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-
* * * * * **
2453 TTTTTAAAGGAATAGGTTG-CTATAAATAGACTTTTTTTGTCAAT-CATCAACTTTTTCTTCA-T
61 CTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACT
* * * ** *
2515 GTTTCTCGAGGTAGACAA-TCAATTCTTGTATATTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTTA
124 -TTTCTCAAGGTA-AAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTA
* * * * * *
2579 AAATCAATTACGAGATTATAAAATCTTTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCGGTGAC
186 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGAC
* * * * * * *
2644 TATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAAT-CCTTTTTTCTTCATGTTT-TCA-AGATAGACATTCA
251 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGACAAACATTCA
* **
2706 ATTACA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT
314 ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * * *
2732 AAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTAAAAGCGAATAATAAGGCTTT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
* * * * * *
2797 TGAA-GATATGGGTGACTGTAAATAGAGTTTTCTAGTTAATGAATAGCTTTTT-TTCACGTTTCT
65 TGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCT
* * * ** * **
2860 -ATAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAGAA
129 CA-AGGTAAAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
2924 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATTGATGACCATAAA
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * ***
2989 TTGG-CTTTTTTTGTCTATGAATGGCTGTTTCTTCACTTTTTTA-AGATAGGTATTCAATTATAG
257 -TGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGACAAACATTCAATTATAG
* * *
3052 CCTATTTTAACT-AAAAATTT
321 TCTGTTTTAA-TAAAAAATGT
* * * * * * *
3072 AAAACAATTTAACCTAAATTCAATTATGATATTACAAAACCATTCAAAGC-ATGTAATAAGGCTT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGACTT
* * * * * * *
3136 TTGAAGAAATGGGTGGCAATAAATAGACTTTTCTTGTAAATGAACGGATTTTTCTTCACCTTTCC
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CTTTTC
* * * * * * * * *
3201 TGAA-GCAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAA-CTAAAATATAAAAAAATTCAATTTAATATCA
128 TCAAGGTAAAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
3264 ATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGCAATAAGGCTTTTAAAAGAATTGGTGACTATAAA
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAA
* ** * * * * * * *
3329 TGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCCCA-AGGCAGACATTTAATTATAA
257 TGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGACAAACATTCAATTATAG
*
3393 T-TTTTTCTAACT-AAAAATGT
321 TCTGTTT-TAA-TAAAAAATGT
********** * * *
3413 AAAAACATNNNNNNNNNNATCAATTAT-ACGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGGT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CT
* * * * * **
3476 TTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATTTCTTTTTCTTCA
63 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
3535 TGTTTCTTGA
Statistics
Matches: 2551, Mismatches: 516, Indels: 237
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
335 2 0.00
336 3 0.00
337 165 0.06
338 49 0.02
339 254 0.10
340 786 0.31
341 413 0.16
342 707 0.28
343 165 0.06
344 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCTCA
AGGTAAAAATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGACAAACATTCAATTATAGTCTGT
TTTAATAAAAAATGT
Found at i:1927 original size:682 final size:677
Alignment explanation
Indices: 193--3364 Score: 2818
Period size: 682 Copynumber: 4.7 Consensus size: 677
183 NNNNNNNNNN
* * * * * ***
193 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCACTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCG-AAGCCTTGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AAAGGGTGA
* * * *
257 CTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGCAAACATTCA
65 CTATAAATGAACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAAACATTCA
* * * * *
321 ATTATA-ATCTGTTTT-GATAAAAAAATGTGAAAAAATTCAACCTAAAATA-AATTATG-CGCTT
129 ATTATAGCT-TGTTTTAGCT--AAAAATTTAAAAAAATTCAA-CTAAAA-ACAATTATGAC-ATT
* * * * * *
382 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGAGTGGG-TGACTATAAATAAAATTTTC
188 -TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTC
* * ** * * * * * *
446 CTG-CTAATGACTACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATTTATTCTAA
251 TTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTCTAATATATTTTAA
* * * * *
510 CCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTAT--ACGACTATAAAATCATTTAAAGTGAG
315 CCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TCGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
573 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAATTCTTTTTC
377 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAAT-AAATGCTTTTTC
** * * * * * * * *
638 TTCATGTTTCTTGAGGCA-AACATTCAATCAAAGTATGTTTTGACTAAAAATGTAAAAACATTTA
441 TTCACATGTCTAGA-G-ATGACATTCAATTATA-TCTGTTTT-AATAAAAATGTAAAAACATTCA
** * * * *
702 GCTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAAGC
502 GCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGG
* * * * * ** * *
767 GTGACAAAAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGCTTCTTGAGGTAGACAA
567 GTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTA-AAAA
* * *
832 -TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
631 TTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
878 AAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGT--CAAGGC-TTTGAAAGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGGTGAC
* * * * * * *
940 TATAAAT-AGACTTTTCTAGT-TAATGAATGG-TTTCTCTTTACGTTTTCCATGGTACACATTCA
66 TATAAATGA-ACTTTTCTTGTCT-ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * * * * *
1002 ATTATA-ATCTGTTTTA-ATCGAAAATATAGAAAAATTCAACTCAAATCAATTACGA-GTTTACA
129 ATTATAGCT-TGTTTTAGCT-AAAAATTTAAAAAAATTCAACTAAAAACAATTATGACATTTA-A
* * * * * * * *
1064 AAACATTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGG-TGACTATCAATGGGCTTTTCTAG
191 AACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
1128 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAAGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
254 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CGAGGCAGACATTCAATTCTAATATATTTTAACCA
* * *
1192 AAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAT-GAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAAT
318 AAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** * * *
1256 AAAGCTTTAGAAGGAATGGGTGGTTACAAATGGAGC-TTTCTCGTCAATAAATGGCTTTCTCTTC
381 AAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGA-CATTTCTTGTCAATAAAT-GCTTTTTCTTC
* *
1320 ACATGTCTAGAGACTGACATTCTATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAAT-TAAAAA-ATTCAACT
444 ACATGTCTAGAGA-TGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAAT--AAAAATGTAAAAACATTCAGCT
* * * * *
1383 TAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTTAAA-CAAGTAATAAGACGTTTGATGGAATGGGT
505 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCA-TTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * *
1447 GACTATAAAT-GGCTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACTTTTTTTGAGGTAAAAATTC
569 GACTATAAATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTAAAAATTC
* * * *
1511 AATTATAGCT-TGTTTCAACCAAAAATATAAAAACATTCAAGTTA
634 AATTATAG-TATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* *
1555 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGTGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGGTGAC
* * ** * *
1620 TATAAATGAACTTTTCTTGCCTATAAATTACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGCCAAACGTTCAAT
66 TATAAATGAACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAT
* *
1685 TATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATTTAAAAAAATTTAACTGAAAAACAATTATGACATTTGAAACC
131 TATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATTTAAAAAAATTCAACT-AAAAACAATTATGACATTTAAAACC
*
1750 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTGCTATAAATAGACTTTTTTTTGTCAAT
195 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTGCTATAAATAGAC-TTTTCTTGTCAAT
* * * * *
1815 GAATGGTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGATAATCAATTCTAATATATTTTAACCAAAAATA
259 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTCTAATATATTTTAACCAAAAATA
*
1880 TAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
324 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** *
1945 TTGAAA-AACTGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTG-CTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
388 TTGAAAGAA-TGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTC-AATAAATGC-TTTTTCTTCA-CATG
* * *
2008 TCAAGATAT-ACATTCAATTATATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACTTTCAGCTTAAAATCA
449 TCTAGAGATGACATTCAATTATATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAACATTCAGCTTAAAATCA
* * * *
2072 ATTATGAGATTGCAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AGAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
513 ATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
2136 ATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGGCTTTTTGTTCA-TGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATCAAA
577 ATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTTTTGAGGTAAAAATTCAATTATA
* * *
2200 GTATGTTTTGACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTA
641 GTATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * **
2237 AAATCAATTATGAGATTACAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAACGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGGTGA
* * * * *
2301 CTATAAATGAACTTTTCTTGTCTATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTTAA
65 CTATAAATGAACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * * **
2366 TTATAGGC-TATTTTAGC-AAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAGAAAA-AATTATGGGATTTCA
130 TTATA-GCTTGTTTTAGCTAAAAAT-TTAAAAAAATTCAAC-TA-AAAACAATTATGACATTT-A
* * * * * *
2428 AAACCATTTCAAGCGAGTAATAAAGTTTTTAAAGGAATAGGTTGCTATAAATAGACTTTTTTTGT
190 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTGCTATAAATAGACTTTTCTTGT
* ** * * * **
2493 CAAT-CATCAACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAATCAATTCTTGTATATTTTAACCAA
255 CAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTCTAATATATTTTAACCAA
* * * * * *
2557 AAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAATCTTTTCAAGTGAGTAATAA
319 AAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
2622 GGCTTTTGAAAGAATCGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAATCCTTTTTTCTT--CA
383 GGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATAAATGC-TTTTTCTTCACA
* * * *
2685 TGTTTTCA-AGATAGACATTCAATTACATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAA
447 TG-TCT-AGAGAT-GACATTCAATTATATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAACATTCAGCTTAA
* *
2749 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTAAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTGA
508 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGACTTTTGAAGGA-ATGGGTGA
* * * * * *
2812 CTGTAAATAGAGTTTTCTAGTTAATGAATAGCTTTTT-TTCACGTTTCTAT-AGGTAAACATTCA
571 CTATAAATAGACTTTTCTAGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTTTTTTGAGGTAAAAATTCA
* * *
2875 ATTATA--ATCTATTTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
635 ATTATAGTATGT-TTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
** * * * ** *
2918 AAAGAAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATTGATGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGGTGA
* * * * * ** ***
2982 CCATAAATTG-GCTTTTTTTGTCTATGAATGGCTGTTTCTTCAC-TTTTTTAAGATAGGTATTCA
65 CTATAAA-TGAACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCA
* * * * * ** * *
3045 ATTATAGCCTATTTTAACTAAAAATTTAAAACAATTTAACCTAAATTCAATTATGATATTACAAA
129 ATTATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATTTAAAAAAATTCAA-CTAAAAACAATTATGACATT-TAAA
* * * * *
3110 ACCATTCAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGGCAATAAATAGACTTTTCTTGTA
192 ACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTGCTATAAATAGACTTTTCTTGTC
* * * * * *
3174 AATGAACGGATTTTTCTTCACCTTTC-CTGAAGCAGACATTCAATTCTAATATGTTTTAA-CTAA
256 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGCAGACATTCAATTCTAATATATTTTAACCAAA
* * * * *
3237 AATATAAAAAAATTCAATTTAATATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGCAATAAG
320 AATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * ** *
3302 GCTTTTAAAAGAATTGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
384 GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATAAATG-CTTTTTCTTCAC
3365 GTTTCCCAAG
Statistics
Matches: 2053, Mismatches: 350, Indels: 172
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
676 3 0.00
677 113 0.06
678 78 0.04
679 361 0.18
680 255 0.12
681 379 0.18
682 748 0.36
683 83 0.04
685 33 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (677 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAAGGGTGAC
TATAAATGAACTTTTCTTGTCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAT
TATAGCTTGTTTTAGCTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTAAAAACAATTATGACATTTAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGA
ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTCTAATATATTTTAACCAAAAATATA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTCGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATAAATGCTTTTTCTTCACATGTCTAGAG
ATGACATTCAATTATATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAACATTCAGCTTAAAATCAATTATGAG
ATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
TCTAGTTAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTTTTGAGGTAAAAATTCAATTATAGTATGTTTTA
ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
Done.