Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402812.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5868.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Found at i:706 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--1464 Score: 1315
Period size: 342 Copynumber: 4.3 Consensus size: 337
* * *
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
** * * *
66 AAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGCGAAGGCCATTTATAGTCACTAAGTCTTCGAAAGTCTTATT
66 AAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
131 ACTTGCTTTAAATAGTTTGATAATATCATAATTTATTTTAAATT-ATAT-TTTTTTTACTTTTTT
131 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATGTTTTTATA-TTTTTT
* * * * * *
194 GATTAAAATATATTATAGTTGAATATCTATGTTAGGAAACAT-CAAGAAAAGCCATCTATTGATA
194 -ATTAAAATATATTATAATTGAATATTTAT-TTAGGAAACGTGCAA-AAAAGTCATTTATTGGTA
** * *
258 TCAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
256 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
*
323 AATATCATAATTGATTTTA
319 AATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
342 AGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTGTATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
* * * *
407 AAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGAAGAGGCTATTGATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAT
66 AAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
*
472 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTATATTTTTTA
130 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTA
* * *
537 TTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTAGTTTAGGAAACGTGCAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAG
195 TTAAAATATATTATAATTGAATATTTA-TTTAGGAAACGTGCA-AAAAAGTCATTTATTGGTAAG
* * * **
602 AGAAACG-CATTTATAGTCACCTAAGCTTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATA
258 A-AAA-GTCATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
666 ATCTCATAATTGATTTTA
320 ATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
684 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
* * * * * *
749 AA-ACAAAAGCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATTGTCACTCAAGCCATCGAAAGCCTT
66 AAGAC-AAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGGCCATTTATAGTCACT-AAGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
812 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAA-GTTTTCTACATTTT
128 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT-TATATTTT
* * * * ** * * * *
876 TTGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTT-TCCTCGGGAAACGTGAAAAAAAACTAATTCATTGG
192 TTATTAAAATATATTATAATTGAATATTTAT--TTAGGAAACGTG-CAAAAAAGTCATTTATTGG
* * * *
940 TAAGAAAAGTCATTTATAGTTACTAATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTA
254 TAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
1005 TAACCTTAAAATTGATTTTT
318 TAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
1025 AGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-ACATATGTT-CCTTGGGAAACA
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGT-TTGCCTTGAGAAACA
* * * * * * ** *
1088 TGAAGA-AAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACGCATGAGTTCAAAAACCTT
64 TGAAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAC-TAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
1152 ATTACTCGCTTTATATAGTTTTAGAACCTCAT-ATATGATTTTAAGTTG-ATTTTTTGTTTACTT
128 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATGTTTT-TATA-TT
* * * * * * ** * ** *
1215 TTTTGGTTAACACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACGTGAAAAAAAAAAACCATTC
190 TTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATATTT-ATTTAGG-AAACGTG---CAAAAAAGTCATTT
* * * * ** * * * *
1279 ATTGGCTAA-AAAAGTAAAATTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTCCTCACTTTAAAT
249 ATTGG-TAAGAAAAGT-CATTTATAGTCA-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** *
1343 GGTTTTGCAATCTCATAAATGATTTTA
311 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
1370 AGATGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTAAATATTTACC-TCAGAAAAC
1 AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAAC
* * *
1433 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAG
63 ATGAAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG
1465 CTCATTAATT
Statistics
Matches: 932, Mismatches: 150, Indels: 76
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 97 0.10
341 262 0.28
342 388 0.42
343 16 0.02
344 24 0.03
345 69 0.07
346 48 0.05
347 24 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
AAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACTAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTAT
TAAAATATATTATAATTGAATATTTATTTAGGAAACGTGCAAAAAAGTCATTTATTGGTAAGAAA
AGTCATTTATAGTCACTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTA
Found at i:1047 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--1464 Score: 1193
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 169
* * * * ** *
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACATG
1 AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
* * * ** * * * *
66 AAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGCGAAGGCCATTTATAGTCACTAA-GTCTTCGAAAGTCTTAT
65 AA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
130 TACTTGCTTTAAATAGTTTGATAATATCATAATTTATTTTA
129 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
171 AATT-ATATTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAGTTGAATATCTATG--TTAGGAAA
1 AGTTGA-ATTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TGCCTTGGGAAA
* * * * ** ** **
233 CATCAAGAAAAGCCA-TCTATTGATATCAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGGAAGC
61 CGTGAAAAAAAACCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AATGCCTTCAAAAGC
* * *
296 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTA
124 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
342 AGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTGTATGTTTGCCTTGAGAAACGTG
1 AGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * *
407 AAGACAAAGCCATTCATTAGCAAGAAGAGGCTATTGATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTA
65 AA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAATGCCTTCAAAAGCCTTA
471 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
128 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
513 GGTTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATCTTTAG-TTTAGGAAACGT
1 AGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCCTTGGGAAACGT
* ** * * ** *
577 GCAGAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAGAAA--CGCATTTATAGTCACCTAA-GCTTTTGAAAGCG
64 G-AAAAAAAACCATTCATTGGCAAGA-AAAGTC-CATTTATAGTCA-CTAATGCCTTCAAAAGCC
*
639 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
125 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
684 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATG
1 AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * *
749 AAACAAAAGCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATTGTCACTCAA-GCCATCGAAAGCCTT
65 AAA-AAAAACCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AATGCCTTCAAAAGCCTT
*
812 ATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
127 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
855 AGGTGAAGTTTTCTACATTTTTTGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTTCCTCGGGAAACGTG
1 AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTG
* * *
920 AAAAAAAACTAATTCATTGGTAAGAAAAGT-CATTTATAGTTACTAATGCCTTCAAAAGCCTTAT
65 AAAAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * *
984 CACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTT
129 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
1025 AGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-ACATATGTT-CCTTGGGAAACA
1 AGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGT-TTGCCTTGGGAAACG
* * ** ** *
1088 TGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACGCATGAGTTCAAAAACCTTA
63 TGAAAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
1153 TTACTCGCTTTATATAGTTTTAGAACCTCAT-ATATGATTTTA
128 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTA
* * * * *
1195 AGTTGATTTTTTGTTTACTTTTTTGGTTAACACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACG
1 AGTTGAATTTTT-TATA-TTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACG
** * * ** *
1260 TGAAAAAAAAAAACCATTCATTGGCTAA-AAAAGTAAAATTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGC
63 TG---AAAAAAAACCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGC
* * * * ** *
1324 CTTACTCCTCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAAATGATTTTA
124 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * ** * *
1370 AGATGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTAAATATTTACCTCAGAAAACA
1 AGTTGAA--TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACG
* *
1434 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAG
63 TGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG
1465 CTCATTAATT
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 191, Indels: 98
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 39 0.04
170 272 0.26
171 530 0.50
172 73 0.07
173 2 0.00
174 32 0.03
175 93 0.09
176 5 0.00
177 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGA
AAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:1493 original size:107 final size:108
Alignment explanation
Indices: 1364--1560 Score: 263
Period size: 107 Copynumber: 1.8 Consensus size: 108
1354 CTCATAAATG
* ** * **
1364 ATTTTAAGATGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATGTTATAATTAAATATTTACCTC-AG
1 ATTTTAAGATAAATGTTTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGA-
1428 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGCTCATTA
65 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGCTCATTA
* * * *
1472 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTCGAA
1 ATTTTAAGATAAATGTTTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGAA
* *
1536 AAACATGAAGTAAAAGGCATTCATT
66 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
1561 AGCAAGAGAA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 12, Indels: 3
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
107 63 0.83
108 13 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (108 bp):
ATTTTAAGATAAATGTTTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGAA
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGCTCATTA
Found at i:2324 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1472--4714 Score: 2712
Period size: 171 Copynumber: 19.0 Consensus size: 171
1462 AAGCTCATTA
* * * * * * *
1472 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTCGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * *
1536 AAACATGAAGTAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAGAAGTCCATTTATTGTCAC-CTATA-CATTTA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTCA
* * * * * *
1598 AAAACTTTATTGCACGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATCTC
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TG
* * * * *
1643 A-TTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-G
** * * * * * **
1706 AAATGTGAAGATAAAGCTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCAATTGTAGTCAC-CTATTCCTTCAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAA
* * * *
1769 AAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAACTG
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
1813 ATTTTGAGTTGAATGTTTTTTACAATTTTTGATTAAAATGGATTATAATTGAATCTTTGCCTT-A
1 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** *
1877 GGAAACATGAAGAAAAA-CCTGTTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTACAGTCAC-CTAAGCCTTC
64 -GAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTC
* * *
1940 AAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * * *
1986 TTTTTAAGTTAAATTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAAAAAATTTTGATTGAATGTTTATCTTCAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * **
2049 AAACGTGAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
* * * *
2114 GCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTGATAATGTCATAATTT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
2156 ATTTTAAATTGTATTTGTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATAG-CTACTTTGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAG
* * * * *
2220 AAACGTGAAGAAAAAGCCA-TCTATTGATATGACAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
* *
2284 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTG
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
2327 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAAAAAATATAATTGTATGTCTTCCTTGGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * ** *
2391 AGACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATCCCTTCGAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAA
* ** *
2455 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAAAT-TCATTATT-
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTG
* * * * * * * * * * *
2497 ATTGTTAGGTAGACTTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATT-AGGTATCTA-CTTCA
1 ATT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTT-G
* * * ** * *
2560 AGAAAGATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CTTTCA
63 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCA
* *
2624 AAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGA-AATTG
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTG
** * * * * **
2669 ATTTT-AGCTAAAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATCAAATGTCTACCTTG-G
1 ATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* *
2732 AAA-ATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCT-AAGCCTTCG
65 AAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCA
* * * * * *
2795 AAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGATTTATAACCTCAAAATTG
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
2840 ACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATG-CTTGCCTT-A
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGA
* * * * *
2902 GAAAGCATGAAGAAAAATCCATTCATT-AGCAAGAGAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
64 GAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
* *
2966 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
3011 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * * * *
3074 AAACATGAAGAGAAACCCATTTATTGACATGAAATGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAT
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
3139 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * *
3181 ATTATAAGTTGAATTTTTTTAGTTTTTTGATTAAAAT-GTATTATAATTGAATATCTGCCTTGTG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * ** *
3245 AAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAACCTTTGAAG
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
* ** *
3310 GCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATCT-
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TG
* * * * * **
3352 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTGTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGGCTTGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * **
3416 AAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGATAATAAAAGTCTATTCATAATCACTCATA-CCTTTGAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAA
* * * *
3480 AGCCTTTTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTG
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* **
3523 ATTTTAGGTTG-ATGTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGGT-TGTCTT-
1 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTG
* * * *
3584 AGGAAACATAAAAAAAAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCT
63 A-GAAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCT
* ** * *
3648 TCAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATACTTG
124 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
3696 ATTTT-AGCTTGAATTTTTTTACCTTTTTGGTTCAAACAAATTAGAATCGAATGTCTACCTTGAT
1 ATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* ** * * *
3760 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAG-CTCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTCGAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
* * *
3824 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAACCTCAAAATTG
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
3867 ACTTTAAGCTGAATTTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATGGAATG-CTTGCCTT-A
1 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGA
* * ** * * *
3930 GAAAACATGAAAAAAAATCCATTCATTGGCAAGAGAAG-CCTACTTATAGTTACTCAAGCCTTCA
64 G-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
* ** * * *
3994 AAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCAAAATTA
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** * * *
4039 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTATAGTTTTCTTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACC-TCAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-
* * * *
4103 AAACGTGAAGACAAACCCATTCATTTG-TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
* * *
4167 AGTCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
4210 ATTATAAGTTGAATTTGTTT--ATTATTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTTGCG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * * * *
4273 AAACTTAAAGCAAAAGCTATCCATTGATATGAAAAGTCCGTTCATAGTCACTCAAACCTTCAAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
* * * * * *
4338 ACCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATCG
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * * *
4380 ATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATCGAGTGTTTGCCTCGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * * **
4445 AACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG
66 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
* * * *
4510 CCTTTTTACTCGCTGTAAATGATTTTATAATCCCATAATTG
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** **
4551 ATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAA
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
4615 G-AACATGAA-AAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCA
64 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCA
* * *
4676 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
4715 AA
Statistics
Matches: 2504, Mismatches: 480, Indels: 177
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.00
170 642 0.26
171 1350 0.54
172 223 0.09
173 274 0.11
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:2334 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1472--4714 Score: 2910
Period size: 341 Copynumber: 9.5 Consensus size: 340
1462 AAGCTCATTA
* * * *
1472 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTCGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATG-CTGCCTTGAG
* * * * * * *
1536 AAACATGAAGTAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAGAAGTCCATTTATTGTCAC-CTATA-CATTTA
64 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTCA
* * * * * * *
1598 AAAACTTTATTGCACGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-ATCTCA-TTTAAGTTGAATATTTT
126 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * *
1661 TATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGGAAATGTGAAGATAAAGCT
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* * * * ** * * *
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252 ATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
1788 AAATGGTTTTGTAATCTCATAACTG
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* **
1813 ATTTTGAGTTGAATGTTTTTTACAATTTTTGATTAAAATGGATTATAATTGAAT-CTTTGCCTT-
1 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGC--TGCCTTG
* * ** *
1876 AGGAAACATGAAGAAAAA-CCTGTTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTACAGTCAC-CTAAGCCTT
62 A-GAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTT
** * * * *
1939 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATTTTT
124 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
2004 TATATTTTTTGTTAAAAAAAATTTTGATTGAATGTTTATCTTCAGAAACGTGAAGACAAAGCCAT
189 TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * *
2069 TCATTGACAAGAAAAGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA
254 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
2134 TGGTTTGATAATGTCATAATTT
319 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
2156 ATTTTAAATTGTATTTGTTTACTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATAGCTACTTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT-GCTGCCTTGAGA
* * * * *
2221 AACGTGAAGAAAAAGCCA-TCTATTGATATGACAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAA
65 AACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
* *
2285 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
129 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA
* * * * * * * *
2350 TTTTTAGTTAAAAAAAAATATAATTGTATGTCTT-CCTTGGGAGACATAAAGAAAAAGCCATTCA
193 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * ** * **
2414 TTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAA
257 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
2479 TTTTATAAAT-TCATTATT-
322 TTTTAT-AATCTCATAATTG
* * * * * * * * * *
2497 ATTGTTAGGTAGACTTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTAGGTAT-CT-ACTTCA
1 ATT-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATT--GAATGCTGCCTT-G
* * * ** * *
2560 AGAAAGATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CTTTCA
62 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCA
* ** **
2624 AAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGA-AATTGATTTT-AGCTAAAATTTTT
126 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTT
* * ** * * *
2687 T-TACCTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATCAAATGTCTACCTTG-GAAAATGTAAAGAAAAAGC
189 TATA--TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * *
2750 CATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTT
251 CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
2815 AAATAGATTTATAACCTCAAAATTG
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
2840 ACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTT-AG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGC-TGCCTTGAG
* * * * *
2903 AAAGCATGAAGAAAAATCCATTCATT-AGCAAGAGAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
64 AAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * * *
2967 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
* * * * * *
3032 ATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAGAAACCCATTTA
192 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * *
3097 TTGACATGAAATGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
257 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
3162 TTTTATAATCTCATAATTG
322 TTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * *
3181 ATTATAAGTTGAATTTTTTTAGTTTTTTGATTAAAATGTATTATAATTGAATATCTGCCTTGTGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT-GCTGCCTTGAGA
* * * * * * ** *
3246 AACATTAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAACCTTTGAAGG
65 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
** *
3311 CCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATCT-ATTTTAAGTTGAATTTTTT-TGC
130 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--
* * ** * * *
3374 ATTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAATGTCATTCA
192 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * * * * * *
3439 TTGATAATAAAAGTCTATTCATAATCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATA
257 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
*
3503 GTTTTATAACCTCATAATTG
321 GTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
3523 ATTTTAGGTTG-ATGTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGGTTGTCTT-A
1 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAAT-GCTGCCTTGA
* * * *
3585 GGAAACATAAAAAAAAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTT
63 -GAAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTT
* * * *
3649 CAAAAGCCTTATTATTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATACTTGATTTT-AGCTTGAATTTT
124 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTT
* * * * * * *
3713 TT-TACCTTTTTGGTTCAAACAAATTAGAATCGAATGTCTACCTTGATAAACGTGAAGAAAAAGC
188 TTATA--TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * **
3777 CATTCATTGGCAAAAAAAGCTCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
251 CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
3842 AAATGGATTTATAACCTCAAAATTG
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
3867 ACTTTAAGCTGAATTTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATGGAATGCTTGCCTT-AG
1 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGC-TGCCTTGAG
* * ** * * *
3931 AAAACATGAAAAAAAATCCATTCATTGGCAAGAGAAG-CCTACTTATAGTTACTCAAGCCTTCAA
64 -AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * ** * * *
3995 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTA
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA
* ** * * * * *
4060 TAGTTTTCTTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACC-TCAGAAAACGTGAAGACAAACCCATT
191 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
4124 CATTTG-TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTCTTACTCACTTTAAA
255 CA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
4188 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
319 TGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4210 ATTATAAGTTGAATTTGTTT--ATTATTTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTTGCG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG-CTGCCTTGAG
* * * * * * * * *
4273 AAACTTAAAGCAAAAGCTATCCATTGATATGAAAAGTCCGTTCATAGTCACTCAAACCTTCAAAA
64 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
* * * * *
4338 ACCTTATTACTTGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAT
129 GCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-AT
* * * * * * * *
4402 ATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATCGAGTGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCA
192 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * * *
4467 TTGACAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTGTAAATGA
257 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
4532 TTTTATAATCCCATAATTG
322 TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * **
4551 ATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAA
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG-CTGCCTTGA
* * *
4615 G-AACATGAA-AAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCA
63 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCA
* *
4676 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
126 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
4715 AA
Statistics
Matches: 2344, Mismatches: 464, Indels: 188
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 21 0.01
341 759 0.32
342 744 0.32
343 505 0.22
344 262 0.11
345 52 0.02
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGCTGCCTTGAGAA
ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTT
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTG
Done.