Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402818.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5873.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2287
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Found at i:613 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--2287 Score: 1183
Period size: 171 Copynumber: 13.4 Consensus size: 169
* * * * * *
1 AAAATATAAAACAATTTGAACATAAAATCAATTTTGATATAATAAAATCATTTAAAATGAGTAAT
1 AAAATGTAAAACAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAATGAGTAAT
* * ** ** **
66 AGGGCTTTTGAAGGAAT-GG-GACCATAAACAGACTTTAATTGTCAATGTATATG--TTTTTCTT
64 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-A-ATGCCTTTTTCTT
* ** * * * * * * * *
127 TAT-GTTTCAACAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTA
127 CATACCTACCA-AGGCAGACATTCAATTAGA-TCTATTCTAACCA
* * * **
171 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAATGAGTAATA
* *
236 ATGCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
*** * * * * * * *
301 GTTTATCAAGGTAGACATTCAATTTGATTTGTTTTAACTA
130 ACCTACCAAGGCAGACATTCAATTAGATCTATTCTAACCA
*
341 AAAATGTAAAAC-ATTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATA
1 AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAATGAGTAATA
**
405 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCAT
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * *
470 ACCTCCCAAGGCAGACATTCCACTATAG-TCTATTCTAGCCA
130 ACCTACCAAGGCAGACATT-CAAT-TAGATCTATTCTAACCA
* *
511 AAAATGTAAAACAATT-ATACCTAAACTCAATTATGAGATTAAAAAACTA-TTAGAAATGAGTAA
1 AAAATGTAAAACAATTCA-ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTA-AAATGAGTAA
* * * * *
574 TAAGGCTTTTAAAGGAATAGGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTC
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT-
* ** * * * * * *
639 GCGTTTCTA--AAGGTAGACATTTAATTATAAT-TTTTTTAACTA
127 -CATACCTACCAAGGCAGACATTCAATTA-GATCTATTCTAACCA
* * *** * * ** * *
681 AAAATATAAAAGAAAAAAAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCGTTTAAAGTGACTAAT
1 AAAATGTAAAA-CAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAATGAGTAAT
* * * * *
746 AAGGCTTTTAAATGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCATACCAATGAATGACTTTTTCTTCA
64 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
** * * ** * * * *
811 T-GTTTCTTAAGGTTGACATTCAATTTAG-TCTGTTTTGACAA
129 TACCTAC-CAAGGCAGACATTCAA-TTAGATCTATTCTAACCA
* * * * * *
852 AAAATGTAAAA-ATATTCGACTTAAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAATGAGTAAT
* * * * * * * * * **
916 AGGGCTTTCGAGGGAGTGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTATCAATAAATGTGTTTTTCTTC-
64 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
**** * * * * * * *
980 -ACCTTTTTTGAGGTAAACATTCAGTTATAATTTGTT-TGAACTA
129 TACC--TACCAAGGCAGACATTCAATTA-GATCTATTCT-AACCA
* * * * ***
1023 AAAATATAAAAGC-ATTTAA-CTCAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
1 AAAATGTAAAA-CAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAATGAGTAA
* ** * * * * *
1086 TAAAGCTTTTGAAGGAATAAGAGACGACAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTA
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTT
*** * * * * *
1150 CATGTTTCCCTAA-GCAGGCATTCAATTCTAG-TCTGTTTTAA-TA
127 CATACCTACC-AAGGCAGACATTCAA-T-TAGATCTATTCTAACCA
* * * * * **
1193 AGAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 A-AAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAATGAGTAAT
* * * * * * *
1258 CCA-GCTTTT-AATGGAATGGGTGACCATAAATAGACTTTTTTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTT
64 -AAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
*** ** * * * * * *
1321 CATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAA
127 CATACCTACCAAGGCAGACATTCAATTA-GATCTATTCTAACCA
* * * *
1365 AAAATGTAACAA-AATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAA
1 AAAATGTAA-AACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAA-ATGAGTAA
* * * * * * *
1428 TAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAATTTTCTT-CATAATGAATG-GTTTTT-TT
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTT
*** *** * * * ***
1490 ACATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAGT-TCATTTTATTGA
127 -CATACCTACCAAGGCAGACATTCAATTAGA-TCT-ATTCTAACCA
** * * * **
1535 TGAATGTAAAACAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCT-TTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA--ATATTTAAAATGAGTAAT
* * ** * * **
1599 AAGGCTTTTGAAAGAATGGTTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAACGTGTTTTTCTTCA
64 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
1664 TATTTCT-CTAA-GTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
129 TA--CCTACCAAGGCAGACATTCAATTA-GATCTATTCTAACCA
* * * * * *
1706 AAAATATAAAA-ATATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGA-GATTAA
1 AAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAA-AATGAGTAA
* * * *
1769 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGA-TATTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTATC-
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * * * **
1831 T-ACACGTTTCTCAAGGCATACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGA
126 TCATAC-CTAC-CAAGGCAGACATTCAATTAGA-TCTATTCTAACCA
* * * **
1877 AAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAATGAGTAATA
* ** * * *
1941 AGGCATTTGAAGGAATGGACGACTATAAATGGACATTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
* * * * * * * * *
2006 A-TTTCTCAA-GTAAAAATTTAATTATAATCTATTTTAACTA
130 ACCTAC-CAAGGCAGACATTCAATTA-GATCTATTCTAACCA
* * ** *
2046 AAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATA
1 AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAATGAGTAATA
*** *
2111 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATTTTTTTCTTCAC
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
** * * * * * *
2176 GTCT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAA
130 ACCTAC-CAAGGCAGACATTCAATTA-GATCTATTCTAACCA
* * * ***
2217 AAAATATAAAA-ATATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAATGTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAATGAGTAAT
2281 AAGGCTT
64 AAGGCTT
Statistics
Matches: 1701, Mismatches: 323, Indels: 185
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 230 0.14
170 558 0.33
171 869 0.51
172 33 0.02
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAATGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
CCTACCAAGGCAGACATTCAATTAGATCTATTCTAACCA
Found at i:1070 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--2287 Score: 2240
Period size: 341 Copynumber: 6.7 Consensus size: 340
* * * * * *
1 AAAATATAAAACAATTTGAACATAAAATCAATTTTGATATAATAAAATCATTTAAA-ATGAGTAA
1 AAAATATAAAAC-A-TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAA
* * ** ** **
65 TAGGGCTTTTGAAGGAAT-GG-GACCATAAACAGACTTTAATTGTCAATGTATATG--TTTTTCT
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTACTCAATG-A-ATGACTTTTTCT
* * * * * *
126 TTATGTTTC-AACAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
126 TCATGTTTCTTA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAA
** * *
190 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAGTGGG
189 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * *
255 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAGACATT
254 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATT
*
320 CAATT-TGATTTGTTTTAACTA
319 CAATTATAATTTGTTTTAACTA
* * ** *
341 AAAATGTAAAACATTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA-ATGAGTAATA
1 AAAATATAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATA
*
405 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-ATCTTTTTCTTC
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TACTCAATGAATGA-CTTTTTCTTC
*** ** * * * * * * * *
468 ATACCTCCCAAGGCAGACATTCCACTATAGTCTATTCTAGCCAAAAATGTAAAACAATT-ATACC
128 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCA-ACT
* * * ** * * *
532 TAAACTCAATTATGAGATTAAAAAACTA-TTAGAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGC
191 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
** * * * *
596 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCGCGTTTCTAAAGGTAGACATTT
255 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTC
661 AATTATAATTT-TTTTAACTA
320 AATTATAATTTGTTTTAACTA
* ** * * * *
681 AAAATATAAAAGAAAAAAAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCGTTTAAAGTGACTAAT
1 AAAATAT-AAA-ACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * * *
746 AAGGCTTTTAAATGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCATAC-CAATGAATGACTTTTTCTTC
64 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TACTCAATGAATGACTTTTTCTTC
* * *
810 ATGTTTCTTAAGGTTGACATTCAATT-TAGTCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAAATATTCGACTT
128 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT
* * * * * * * *
874 AAAATTAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAGGGAGTGGGAGA
192 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * ** ** * *
939 CTATAAATAGATTTTTCTTATCAATAAATGTGTTTTTCTTCACCTTTTTTGAGGTAAACATTCAG
257 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAA
*
1004 TTATAATTTGTTTGAACTA
322 TTATAATTTGTTTTAACTA
* * *
1023 AAAATATAAAAGCATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCA-AGTAAT
1 AAAATATAAAA-CATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAAT
* ** * * * *
1087 AAAGCTTTTGAAGGAATAAGAGACGACAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTACA
64 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTACTCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
1152 TGTTTCCCTAA-GCAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATAAGAACTATAAAAAAATTCAACTT
129 TGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
*
1216 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCCA-GCTTTT-AATGGAATGGGT
192 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAA-GGAATGGGT
* * * * * *
1279 GACCATAAATAGACTTTTTTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
255 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTC
* *
1344 AATTATAATATGTTTTAACAA
320 AATTATAATTTGTTTTAACTA
* * * *
1365 AAAATGTAACAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
1 AAAATATAA-AACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * * * * *
1430 AGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAATTTTCTTCAT-AATGAATG-GTTTTT-TTAC
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTAC-TCAATGAATGACTTTTTCTT-C
* * *** **
1492 ATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAGT-TCATTTTATTGATGAATGTAAAACAATTCAACT
128 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACT
* * * * *
1556 TCAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTTG
191 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * ** * *
1621 ACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAACGTGTTTTTCTTCATATTTCTCTAA-GTAGAA-ATT
256 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TTTAAGGTA-AACATT
*
1684 CAATTATAATCTGTTTTAACTA
319 CAATTATAATTTGTTTTAACTA
* * * * * * *
1706 AAAATATAAAAATATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGAGATTAATA
1 AAAATAT-AAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * * * *
1771 AGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGA-TATTTCTTCTCAATGAATGGCTTTATCTACA
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACT-TTTCTACTCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * * * * ** *
1835 CGTTTCTCAAGGCATACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAA
129 TGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
* **
1900 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGGACGACT
194 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * ** * * * *
1965 ATAAATGGACATTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GTAAAAATTTAATT
259 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATT
* *
2029 ATAATCTATTTTAACTA
324 ATAATTTGTTTTAACTA
* * * *
2046 AAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATA
1 AAAATATAAAAC-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* *
2111 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGAAT-ATTTTTTTCTTC
65 AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TACTCAATGAATGA-CTTTTTCTTC
* * *
2174 ACGTCTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACT
128 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACT
* * *
2238 TACAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
191 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 1610, Mismatches: 286, Indels: 101
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 62 0.04
339 18 0.01
340 393 0.24
341 687 0.43
342 439 0.27
343 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AAAATATAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTACTCAATGAATGACTTTTTCTTCATG
TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTAT
AATTTGTTTTAACTA
Found at i:1217 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1--2287 Score: 2365
Period size: 512 Copynumber: 4.5 Consensus size: 511
* * * * * **
1 AAAATATAAAACAATTTGAACAT-AAAATCAATTTTGATATAATAAAATCATTTAAAATGAGTAA
1 AAAATGTAAAACAATTT-AAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** **
65 TAGGGCTTTTGAAGGAAT-GG-GACCATAAACAGACTTTAATTGTCAATGTATATG--TTTTTCT
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG-A-ATGACTTTTTCT
* * * * * *
126 TTATGTTT-CAACAGGTAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
127 TCACGTTTCCTA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
** * *
190 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAGTGGG
191 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * *
255 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGTAGACATT
256 TGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * **
320 CAATT-T-GATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACATTCAACCCAAAATCAATTATGAGATTATA
321 CAATTATAG-TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
383 AAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
385 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
* * * * * * * * * *
448 CAATGAATATCTTTTTCTTCATACC--TCCCAAGGCAGACATTCCACTATAGTCTATTCTAGCCA
450 CAATGAATGTCTTTTTCTTC--ACCTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATT-TAACTA
* * * * **
511 AAAATGTAAAACAATTATACCT-AAACTCAATTATGAGATTAAAAAACTA-TTAGAAATGAGTAA
1 AAAATGTAAAACAATT-TAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAA
* * * *
574 TAAGGCTTTTAAAGGAATAGGCGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTC
64 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * ***
639 GCGTTT-CTAAAGGTAGACATTTAATTATAAT-TTTTTTAACTAAAAATATAAAAGAAAAAAAAC
129 ACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAAC
* * * * * *
702 TTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCGTTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTAAATGAATGGGT
192 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
767 GACTATAAATGGATTTTTCATACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTTGACATTC
257 GACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
832 AATT-TAGTCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAAATATTCGACTTAAAATTAATTATGGGATTATAA
322 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
896 AACCATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTCGAGGGAGTGGGAGACTATAAATAGATTTTTCTTATC
386 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATC
* * * * * * *
961 AATAAATGTGTTTTTCTTCACCTTTTTTGAGGTAAACATTCAGTTATAATTTGTTTGAACTA
451 AATGAATGTCTTTTTCTTCACCTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTT-AACTA
* * *
1023 AAAATATAAAAGC-ATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAATGTAAAA-CAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
1087 AAAGCTTTTGAAGGAATAAGAGACGACAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTAC
65 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-CAATGAATGACTTTTTCTTC
* * * * * *
1151 ATGTTTCCCTAA-GCAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-TAAGAACTATAAAAAAATTCAAC
129 ACGTTT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATATAAAAAAATTCAAC
*
1214 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATCCA-GCTTTT-AATGGAATGG
192 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAA-GGAATGG
* * * * * *
1277 GTGACCATAAATAGACTTTTT-TTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACA
255 GTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
1341 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAACAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTA
319 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
1406 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAATTTTCTT
383 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * * * * *
1471 CAT-AATGAATGGT-TTTTT-TACATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAGT-TCATTTTAT
448 -ATCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACCTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCT-ATTTAAC
1532 TGA
510 T-A
** * * *
1535 TGAATGTAAAACAATTCAACTTC-AAATCAATTATGAGATTATAAAGCCTTTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAATGTAAAACAATTTAAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * **
1599 AAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTTGACTATAAATAAACTTTTCTTACTAATGAACGTGTTTTTCTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTC
** * * *
1663 ATATTTCTCTAA-GTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAGCT
129 ACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * * * *
1727 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAGGAGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAG
193 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * *
1792 ACTATAAATGGATATTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTATCTACACGTTTCTCAAGGCATACATTT
258 ACTATAAATGGATTTTTCTTAC-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
** *
1856 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
322 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
1921 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAAT-GGACGACTATAAATGGACATTTCTTATC
387 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATAGACTTTTCTTATC
* * * *
1985 AATGAATGCCTTTTTCTTCA-CATTTCTCAA-GTAAAAATTTAATTATAATCTATTTTAACTA
451 AATGAATGTCTTTTTCTTCACCTTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTA-TTTAACTA
* * * *
2046 AAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGCAATA
1 AAAATGTAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
2111 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATTTTTTTCTTCA
66 AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCA
* * * * *
2175 CGTCTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTCAACTTA
130 CGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * *
2240 CAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
195 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 1469, Mismatches: 257, Indels: 101
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 3 0.00
509 50 0.03
510 54 0.04
511 538 0.37
512 666 0.45
513 149 0.10
514 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
AAAATGTAAAACAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
ATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
ATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGA
ATGTCTTTTTCTTCACCTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTAACTA
Done.