Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402825.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_588.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15004
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 3140 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1799 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1402--2112 Score: 537
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
1392 ATTTATTAAG
* * * **
1402 AAAAAAAGTCCTTTTACAGAT-ACCTATTCTTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAAT-GATTT
1 AAAAAAAGTCCATTGACAG-TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * ** *
1465 TATAATCTCATAA-TGCATTTTAAG-TCAATTTTTTTAACATTTTGAGTT-AAGCAGACTACAAT
64 TATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACCTTTTTG-GTTAAAATAGACTATAAT
** * * **
1527 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCA-TGGGT
126 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACT-GAC
* * * * ***********
1572 AAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCNNNNNNNNNNACTTTAAAT-GATTT
1 AAAAAAAGTCCAT-TGACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
*
1635 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACCTTTTTGGTTGAAATAGACTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACCTTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTG
********** *
1700 AATGTCTNNNNNNNNNNACATGAAG-AAAAAGACATTCATTGAC
128 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCACTGAC
* * * * **
1743 AAAAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATTTTTTTAAAAGCCTTATTGTTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAAAAAAGTCCATTGACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
1808 TAATCTCATAATCG-GTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAACTAAAATTGAAT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACCTTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
* * *
1872 GTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCGCTGAT
131 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTGAC
* * * *
1912 AAAAAAAGTCCATTGATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTA
1 AAAAAAAGTCCATTGACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
1977 TAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTA-CATTTTGGACTAAAACAGACTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACCTTTTTGG-TTAAAATAGACTATAATTGA
** * * *
2041 ATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAG-AAAAAGACATTCATTGGC
129 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCACTGAC
* * *
2083 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT
1 AAAAAAAGTCCATTGACAGTCACCCATTCT
2113 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 106, Indels: 29
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 114 0.27
170 125 0.30
171 178 0.42
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAAGTCCATTGACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACCTTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCACTGAC
Found at i:3129 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2942--3327 Score: 425
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
2932 NNNNNNNNNN
* * **
2942 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* *
3007 ATCTCAAAACAT-ATATTAT-GTTCAATTTTTTTTAAATTTGTGGTCAAAATACAATATAATTGA
66 ATCTCAAAA-ATGAT-TTATAGTT-AACTTTATTTAAATTTGTGGTCAAAATACAATATAATTGA
* * * * *
3070 AAGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTTATTGGCAA
128 AAGTCTACCTCGAAAAATGAGAAGAAAAAGAGATTCATTGG-AA
* * * * *
3114 GAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * * ** * * *
3179 ATCTTATAATTGATTTTTAGTTGACTTTATTTACATTTTTGGTTTAAATAGATTATAATTGAATG
66 ATCTCAAAAATGATTTATAGTTAACTTTATTTAAATTTGTGGTCAAAATACAATATAATTGAAAG
*
3244 TCTACCTCGAAAAATGAGAAGAAAAAGAGATTCATTGGTA
131 TCTACCTCGAAAAATGAGAAGAAAAAGAGATTCATTGGAA
** * *
3284 GAAAAAACTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
3328 GTCGCTTCAN
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 34, Indels: 6
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 39 0.22
171 70 0.39
172 69 0.39
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCAAAAATGATTTATAGTTAACTTTATTTAAATTTGTGGTCAAAATACAATATAATTGAAAG
TCTACCTCGAAAAATGAGAAGAAAAAGAGATTCATTGGAA
Found at i:4541 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3999--5766 Score: 1444
Period size: 170 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
3989 NNNNNNNNNN
* * * * *
3999 TTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTCAAAGAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * *** * *
4064 TGAATATCTACCTCGATAAACAAGAA-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
4127 CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTCAAATAGG
130 CACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
* * * * *
4168 TTTATCAGCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
4233 TGAATGTGTATCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATCCATTGACAAAAAGAAGTCCATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAG
* * * *
4298 TCACCTATTCCTTCAAAACCCTTATTATTCACTTTAAATGGT
129 TCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
* * * * *
4340 TTTATAATGTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTGAAAACAGACAATAATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
4405 GAATGTCCACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
66 GAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
4470 A-CTCATTCTTTTC-AAAGTCTTATTATTCGCTTTAAACAGT
131 ACCT-ATTC-TTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
********** * *
4510 TTTATAATCTCATNNNNNNNNNNATGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * *
4574 TGAATGAT-TACCTCAAGAAATATGAA-AAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
65 TGAATG-TCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *******
4637 GTCATCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTNNNNNNN
128 GTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
*** * * * * * *
4680 NNNATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATCTTTTCTATATTTGTGGTCAAAATAGA--ATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* *
4743 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA-AAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
4807 GTCACCTATT-TGTTCAAAAGCCTTGTTACTT-GCTTTAAATGGT
128 GTCACCTATTCT-TTCAAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATAGT
* * * * *
4850 TTTATTATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTTAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * **
4915 TGAATGTCTACTTCGAGAAACGAGAA-AAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGT-CATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ******
4978 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNN
129 TCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
**** *
5020 NNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGA-TAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAAT
* * *
5084 TGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGAATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
5149 CA-CTCAGTCTTTCCAAAGCCTTTTTACTT-GCTTTAAACAGT
130 CACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATAGT
* * * * *
5190 TTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGCATTTTTT-TATATTTTGTTTAAAACAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
5254 TGAATGTTTACCTCGAGAAATATGAAG-AAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTAAAA
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
5318 TTACCGATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
129 TCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
* * * * * * * * * * *
5360 TTTATAATCTCAAAATTGATATTATGTTCAATTTGTTTATATTTGTGATCAAAATACAATATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * *
5425 TAAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGT
65 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ***
5490 -AGCCCATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNN
130 CA-CCTATTCT-TTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
******* * *
5531 NNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAC-TCTTTTGGTTGAAAA-AAATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACAT-TTTTGGTT-AAAACAGACTATA
* * * * * * *
5594 ATTAAATGTCTACATCGAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATA
63 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ********** * *
5658 GTCACCCATTCCTTCAANNNNNNNNNNAGTCGCTTCAAATAGT
128 GTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
* * * *
5701 TTTATAAGCT-TTCAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAA
1 TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
5765 TT
64 TT
5767 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 282, Indels: 93
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 186 0.15
170 648 0.51
171 337 0.27
172 98 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
Found at i:6491 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5960--6650 Score: 574
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 169
5950 NNNNNNNNNN
* **
5960 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AAAGTT-TTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTACA
* * ** * * *
6023 TTTTTGGTGAAA-ACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA
66 -TTTTGGTAAAATACA-AT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * *
6087 -CGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGTCTTTCCAAAG
128 TTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTTTTCAAAAG
* * * * * * *
6130 CCTTTTTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTATGTTGTATTTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTACA
* * * * *
6195 TTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTAATT
66 TTTTG-GTAAAATACAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATT
* ***
6260 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCTTTCAANNN
130 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTCAAAAG
******* * * * * * *
6301 NNNNNNNACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATATTATGTTCAATTTTATTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTACA
* * *
6366 TTTGTGGTCAAAATACAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGGATTCAT
66 TTT-TGGT-AAAATACAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCAT
*
6431 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT-AGCCCATTTGTTCAAAAG
129 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATTT-TTCAAAAG
* * *
6473 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTATTTACA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTACA
********* * * *
6537 NNNNNNNNNNAA-ACAAATTATAATTGAATGTCTACATCTAGAGACA-A-GAAAAAAAAGGCATT
66 -TTTTGGTAAAATAC-AA-TATAATTGAATGTCTAC--CTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATT
** *
6599 CATCAGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
126 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TTTCAAAAG
6643 CCTTATTA
1 CCTTATTA
6651 GTCNNNNNNN
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 93, Indels: 34
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 82 0.20
171 183 0.45
172 135 0.33
173 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTACA
TTTTGGTAAAATACAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTCAAAAG
Found at i:8111 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7816--8379 Score: 564
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
7806 TTATTACACG
* * *
7816 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGCTAAA
* * * * *
7880 ATAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAG-AAAAAGACATTCATTGATAAAAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGACATTCAATGGTAAAAAAA
* *
7944 GTCTATTTACAGTCACCCATTTTTTTAAAAGCTCTATACTCA
129 GTCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGC-CTATACTCA
* * ****
7986 CTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TNNNNN
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGCT-AAAA
***** * *
8050 NNNNNTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGAAAAAAG-CATTCACTGGTAAAAAAAG
65 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGACATTCAATGGTAAAAAAAG
* * ********
8114 TCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCNNNNNNNNNNA
130 TCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGC--CTATACTCA
** *
8156 CTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAATATTTTTACATTTTTGGCTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGCTAAA
* * * * **
8220 ACAGACTATAATTGAATGTATAGCTCAAGAAACATGAA-AAAAAAGACATTCAATGGCACGAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGACATTCAATGGTAAAAAAA
* * *
8284 GTCTATTTATAGTCACCTATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCG
129 GTCTATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCC-TA-TACTCA
* *
8327 CTTTAAATAGTTTTATTATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACAT
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACAT
8380 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 70, Indels: 23
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 83 0.27
170 97 0.31
171 130 0.42
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGCTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGACATTCAATGGTAAAAAAAGT
CTATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTATACTCA
Found at i:8463 original size:340 final size:327
Alignment explanation
Indices: 7816--8481 Score: 635
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 327
7806 TTATTACACG
* * *
7816 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTTTTAGCTAAAA
* * * * *
7881 TAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGATAAAAAAAGT
66 CAGACTATAATTAAATGTATACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCAATGACAAAAAAAGT
* * *
7946 CTATTTACAGTCACCCATTTTTTTAAAAGCTCTATACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATA
131 CTATTTACAGTCACCCATTTGTTCAAAAGCTCTATACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
*******
8011 ATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTNNNNNNNNNNTATAATTGAATGTCTACCTCA
196 ATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGT---AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * ** * * *
8076 AGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCACTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
258 AAAAATAGAAAGAAAAAAGCATTCACTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
8141 AAGCNNNNNNNNNNA
323 AAGC----------A
* *
8156 CTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAATATTTTT-ACATTTTTGGCTAA
1 CTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAACTTGAAT-TTTTTCACATTTTTAGCTAA
* * * **
8219 AACAGACTATAATTGAATGTATAGCTCAAGAAACATGAAA-AAAAAGACATTCAATGGCACGAAA
64 AACAGACTATAATTAAATGTATACCTCAAGAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCAATGACAAAAAA
* * * *
8283 AGTCTATTTATAGTCACCTATTTGTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATC
128 AGTCTATTTACAGTCACCCATTTGTTCAAAAGCTC-TA-TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * ******* *
8347 TGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATNNNNNNNNNNAACAGATTATAATTGAATGTTT
191 TCATAATCGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACAT---TTTTAGTAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *
8412 ACCTCAAAAAATGAGAAA-AAAAAA-CATTCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCGCCCATT
252 ACCTCAAAAAAT-AGAAAGAAAAAAGCATTCACTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
8474 CCTTCAAA
316 CCTTCAAA
8482 TGCTTTATTA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 49, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 149 0.56
341 75 0.28
342 38 0.14
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (327 bp):
CTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTCACATTTTTAGCTAAAA
CAGACTATAATTAAATGTATACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCAATGACAAAAAAAGT
CTATTTACAGTCACCCATTTGTTCAAAAGCTCTATACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
ATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAA
AATAGAAAGAAAAAAGCATTCACTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CA
Found at i:10017 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9562--10455 Score: 567
Period size: 170 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
9552 ATTTTCTTTG
* * * ** * * *
9562 AAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCAAGAACCGTGAAGAAAAAAGTATTCCTGGGCAAGAA
1 AAAACAGAT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAG-AAAAAGGATTCATTGGCAAGAA
* * * * * **
9627 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCCAAAGTCTTATTACTCGCTTTGAACAGTTTTATAATC
64 AAGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ********** * * *
9692 TCATAATTAATTTTANNNNNNNNNNTTTTATA-TTTTGGTT
129 TCAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTC
* * * *
9732 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATG-AAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAG
1 AAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAA-ATGTGAAGAAAAAG-GATTCATTGGCAAG
* ** * **********
9796 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCANNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
9861 TCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTTTCTATATTTGTAGTC
127 TCTCAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTAGTC
* * *
9905 AAAATAGA-ATAATTGAATGTCTACCACAAGAAATGTGAAGAAAAATGGATTCATTGGCAAGAAA
1 AAAACAGATATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAA-GGATTCATTGGCAAGAAA
** * * *
9969 AGTCCATTTATAGTCATTCATTTGTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATTATCT
65 AGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * ********
10034 GATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATNNNNNNNN
130 CAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTC
** * * * * *
10074 NNAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAATGAGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAA
1 AAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGGATTCATTGGCAAGAAA
* ** * * * ** *
10139 AG-CCAATTATAGTTGTTCATTCCTTCAAATGCCTTATTAGTCGCTTCAAATAATTTTATAAGCT
65 AGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * ********** *
10203 CATAATCGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTAGTT
130 CAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTC
* * * * *
10243 AAAGCAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAA
1 AAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGG-ATTCATTGG--CAAG
* ** * *
10308 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
62 AAAAGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
10373 TCTCATAAA-TGATTTCAAGTTGAA-TTTTTCACATTTTTGGTG
127 TCTCA-AAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTC
*
10415 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAA
1 AAAACAGAT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAA
10456 AAACGAACCA
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 169, Indels: 30
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 119 0.22
170 154 0.29
171 135 0.25
172 60 0.11
173 69 0.13
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAACAGATATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGGATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
AAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTC
Found at i:11456 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11062--12862 Score: 1061
Period size: 170 Copynumber: 10.5 Consensus size: 170
11052 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
11062 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTCAAATAGTTTTATAAGT-TTATAATTA
1 ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA-TCTCATAATTG
* * * ** *
11126 ATTTTAAGTTGAATTCTTTGATATTTTTGGTT-AAAGCAGACT-ATAATTGAATGTCTAGCTCAA
65 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTT-GTTCAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAA
** * * *
11189 GAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAAAAAAAAGTCCATTT
127 GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG--CAAGAAAAGTCCATTT
* * ********** ** **
11235 ATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGTCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCA
1 ATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * **
11299 ATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTTTGAAAAGAGATAATAATTGAATGTTTATCTTTAGAA
65 ATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTCAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
* *
11364 ACGTGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTT
130 ACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
11405 ATTGTCACTCATTCTTTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTGAACAATTTTATAATCTCATAATTAA
1 ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
11470 TTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTT-AAAATAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCCAA-
66 TTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGTTCAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACCT-CAAG
* * * *
11532 AAACATGAA-TAAAAAGACATTCATTGCCTAGAAAAGTCCATTT
128 AAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
11575 ATAGTCAC-CGATTATTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTG
1 ATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
* * *
11639 ATTTTAATTTTAATTTTTT-CAATATTTGTGGTCAAAATAG--AATAATTGAATGTCTACCTCAA
65 ATTTTAAGTTAAATTTTTTAC-AT-TTT-TGTTCAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * *
11701 GAAACGTAAAGAAAAATGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
127 GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* **********
11745 ATAGTCA-TCCATT-TGTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATT
1 ATAGTCACT-CATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* * *
11808 GATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTAGTTCAAACA-A-ATTATAATTGAATGT-TCACCTT
64 GATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTT-GTTCAAA-ATAGATAATAATTGAATGTCT-ACCTC
* * *
11870 AAGAAACGAGAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAG-CCATTT
125 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * * *
11915 ATAATCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATTAGCTCATAATCGA
1 ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGA
* ********* ** *
11980 TTTTAAGTTGAATTTTTTTANNNNNNNNNNT-AAAGCAGACT-ATAATTGAATGTGTACCTCAAG
66 TTTTAAGTT-AAATTTTTTA-CATTTTTGTTCAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * ** * *
12043 AAATGTGAAGAAAAATGCATCCATTGATAAAAAAAGTCTATTT
128 AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * ** *********
12086 ATAGTCACCCATT-TCTTCAAAACCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNN
1 ATAGTCACTCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
12150 NTTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGACAATAATTAAATGTCGACCTCAAGAA
65 ATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTCAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAA
*
12215 ACGTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTT
130 ACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ************ * * *
12256 ATAGTCACTCATTCTTTCCAAAGCCTTANNNNNNNNNNNNAACAGTTTTATAATCTCATAATTAA
1 ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
12321 TTTTATGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTCAAAATAGACT-ATATTTGAATGTCTACTTCGAGA
66 TTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGTTCAAAATAGA-TAATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
12384 AACATGAAG-AAAATGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
129 AACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ********** ** *
12426 ATAGTCACTGATTCTTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATAT-
1 ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT-TG
* * * * * * * * * *
12490 ATATTATGTTCAATTTGTTTTTATATTTGTGGTCAAAATACA-ATATAATTAAATATCTATCTCA
65 ATTTTAAGTT-AA-AT-TTTTTACATTTTTGTTCAAAATAGATA-ATAATTGAATGTCTACCTCA
** * * * *
12554 AGAAATATGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGCAAAGTTCATTT
126 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * ** * **
12599 ATAGTGACCCATT-TGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATAGCATAATTG
1 ATAGTCACTCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
12663 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTATGATTGATTGTTTACCTCAAG
65 ATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTT-GTTCAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * *
12727 AAACAG-GAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAGGAAAAGTCTAATT
128 AAAC-GTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
12770 ATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCATCAAATGATTTTATAAGCTCATAATTGA
1 ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGA
*
12835 TTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTG
66 TTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTG
12863 GTTAAANNNN
Statistics
Matches: 1243, Mismatches: 326, Indels: 121
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 31 0.02
170 657 0.53
171 298 0.24
172 80 0.06
173 172 0.14
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTCAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
CGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:12167 original size:511 final size:499
Alignment explanation
Indices: 11281--12262 Score: 1028
Period size: 511 Copynumber: 1.9 Consensus size: 499
11271 NNTAAATGGT
* * *
11281 TTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTTTGAAAAGAGATAATAATT
1 TTTAAAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTCAAAAGAGATAATAATT
* * * * * * * **
11346 GAATGTTTATCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
66 GAATGTTCACCTTAAGAAACGAGAAAAAAAAAGCATTCATGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATC
* * * * * *
11411 ACTCATTCTTTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTGAACAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAT
131 ACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAACAATTTTATAAGCTCATAATCAATTTTAA
*
11476 GTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACATGAA
196 GTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACATGAA
* * * * *
11541 TAAAAAGACATTCATTGCCTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTATTTCAAAACCCTTATTA
261 GAAAAAGACATCCATTGCATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTATTTCAAAACCCTTATTA
* * * *
11606 CTCGCTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTTAATTTTTT-CAATATTTGTGG
326 CTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTAC-AT-TTT-TGG
* * * * * *
11670 TCAAAATAG-AATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAATGGATTCATTGGCAAGA
388 TCAAAACAGAAATAATTAAATGTCGACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGA
11734 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTGTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
453 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTGTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
** *
11781 TTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTAGTTCAAAC
1 TTTAAA----------ATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTT-GTTCAAA-
* *
11846 A-A-ATTATAATTGAATGTTCACCTTAAGAAACGAGAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAG
53 AGAGATAATAATTGAATGTTCACCTTAAGAAACGAGAAAAAAAAAGCATTCATGAGCAAGAAAAG
* ** * * *
11909 -CCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTAGTTGCTTTAAATAGTTTTATTAGCTCA
118 TCCATTTATAATCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAACAATTTTATAAGCTCA
* ********* * *
11973 TAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTANNNNNNNNNNTAAAGCAGACTATAATTGAATGTGTACC
183 TAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
** *
12038 T-CAAGAAATGTGAAGAAAAATG-CATCCATTG-ATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-
247 TCCAA-AAACATGAAGAAAAA-GACATCCATTGCAT-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTA
* * * **********
12099 TCTTCAAAACCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTCAAGTTGAAT
309 T-TTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTGAAT
* *
12164 TTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGACAATAATTAAATGTCGACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAA
373 TTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGA-AATAATTAAATGTCGACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAA
12229 GCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
437 GCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
12263 CTCATTCTTT
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 75, Indels: 31
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
500 5 0.01
509 10 0.03
510 109 0.28
511 253 0.66
512 8 0.02
513 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (499 bp):
TTTAAAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGTTCAAAAGAGATAATAATT
GAATGTTCACCTTAAGAAACGAGAAAAAAAAAGCATTCATGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATC
ACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAACAATTTTATAAGCTCATAATCAATTTTAA
GTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCCAAAAACATGAA
GAAAAAGACATCCATTGCATAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTATTTCAAAACCCTTATTA
CTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTCA
AAACAGAAATAATTAAATGTCGACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCATCCATTTGTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:13411 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 13306--13418 Score: 165
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
13296 TAAAAAAGAT
* * *
13306 AATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAGAAAC
1 AATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATGGGCAAAAGAAAC
* *
13366 AATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAGGAAAAA-AGTATTCATGGGCAA
1 AATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATTCATGGGCAA
13419 GAAAAAGTCC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
59 1 0.02
60 46 0.98
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.19, T:0.22
Consensus pattern (60 bp):
AATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATGGGCAAAAGAAAC
Found at i:14027 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 13828--15004 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 161
13818 NNNNNNNNNN
* * *
13828 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTTAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTAT
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTAG-TTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * *
13892 CTCAAGAAACGAGAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCATTCCT
65 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* *
13956 TCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTT
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
****
13988 NNNNNNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTAAA-TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAATT
1 ----------TAATTGATTTTAAGTTAAATTTG-TTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAATT
* * * *
14052 GAATGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGTAAAAAAAAGTCCATTTATAG
55 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA-T-AAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * *
14116 TCGCCCATTGCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCA
118 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA--------ATAGT-T-T
* * * *
14170 TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTGAAAACAGA-TGATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACT-ATAATTGAATGTCTAC
* * ** * * * *
14233 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-AAATTCATGGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAGTCTT
65 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-C
* * *
14297 TTC-AAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAACAGTTTT
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTT
* * * * * * ** *
14330 ATAATCTCATAATTAATTTTATATTGTATTTTTTTACA-TTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGA
1 -TAAT-TGAT-TTTAA-GTTA-A----ATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAATTGA
* * ** **********
14394 ATGTCTATCTCGAGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCAC
57 ATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ** *
14459 CAATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
122 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG---T-T--T
* * * * * * * * ** * * *
14505 CTCAAAATTGATATTATGTTCAATTTCTTT-TATATTCTGGTCAAAATACAATATAATTAAATGT
1 -T---AATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACAT-TTTTAGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGT
* * * ** ** *
14569 CTATCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-AGCTCA
61 CTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCA
** * *
14633 TTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNA-TCTCA
125 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA---------TAGT-T-T
* ** * * *
14680 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTCA-TTAAAATAAATTATAATTGAATATCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTT-AGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * **
14744 ATCGAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCC-
65 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
14807 TCAAAAGCCTTATTAGTCACTTCAAATGGTTT
130 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * ** * *
14839 TAGA-AGCTCATAA-TTGANNNNNNNNNNAA-TTGTTTTATATTTTTGGTTAAAGCAGACTATAA
1 TA-ATTGATTTTAAGTT-A----------AATTTG-TTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAA
* * * * * ** * * * *
14901 TTAAATGTCTAGCTCGAGAAATGTGAAGAAAATGGTATTTATTGGTAAACAAAAGTCCATTTATT
53 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATA
*
14966 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
117 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 178, Indels: 146
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.00
159 7 0.01
160 2 0.00
161 7 0.01
162 4 0.01
163 4 0.01
164 2 0.00
165 1 0.00
168 3 0.00
169 190 0.25
170 165 0.22
171 260 0.34
172 84 0.11
173 3 0.00
174 2 0.00
175 4 0.01
176 6 0.01
177 3 0.00
178 3 0.00
180 2 0.00
181 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
Done.