Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402829.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5883.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * * *
1 ATTCAACTTAAAGTCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGTCTTTGGAAGG
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* * *
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66 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-TCCAGGT
* * * *
130 AGACATTTATTTATAATTTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* *
171 AGTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
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* * * * *
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* * * *
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126 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
344 ATTTAACTTAAAGGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTGGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * ** ** *
409 CATGGGTAACTATAAATGAACTTTTGTTAAGAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTTCTCCAGGGA
66 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTA
* * ** *
474 GACATTCAATTATAAACTATTTTGGTAAAAAATGTAAAAAC
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
515 ATTCAACTTAAAGTCTATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGC-AATGAATAAGGCTTTTGAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * * *
579 GCATAGGTGATTATAATTGCACTTTTCTTACTAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGT
65 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGT
* * *
644 CGACATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAA--TAAAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * ** * * * *
684 GCATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATAATGAAACTTTTTAAAACGAGTAACAAGGTTTTGGAA
1 --ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * **
749 GGTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTATTACCAATGAGTACCTTTTTCATCACATTT-TCCGAG
64 GGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCC-AG
* * *
813 GTAAACATTTAGTTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAA
128 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * *
856 ATTCAACTTAAAATCAACTATGAAAGTATAAAACTATTGAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * ** * ** *
921 C-TTGGATGACTATAAATCAGA-TTTTTTTGCAAATAAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCTTGATG
66 CATAGG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGG
* * * * *
984 TAGATATTCAATTGTAATCTATTTTAATCAAAAATGTGAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * ** * *
1027 ATTCAACTGAAAGTCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTAAGTAATGAGGCTTTAGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
1092 TATAGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCATTTTCTTCATATTTC-CCAAGGT
66 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCC-AGGT
* * * *
1156 TGACATTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * * * **
1198 GTT-AATTTCAAA-TCAATTTTGAGATTATCAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 ATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * *
1261 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAACGAATCA-CTTTTTCTTCATGTTTCGT-GAT
65 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTC-TCCAG
* **
1324 GTAAACATTTTATTATAA-CTTGTTTTAACT-AAAAATG-AAAACAA
128 GTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAA-AA
* ** * * * *
1368 CTTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTGCAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAATG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
1433 TATGGGTGAAC-ATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATATC-TTTTCTACATGTTTCTCAAGGT
66 CATAGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGT
* * *
1496 AGACATTTAACTATAATCTGTTTTAACTAAAAACA--AAAAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA-ATGTAAAAAA
* * * * * *
1538 ATTCAACTTAAAGTCAATTGTGGGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* *
1603 CATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTA
66 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTA
* * * * *
1668 AACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAATAAT
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
** * * * * *
1709 ATTCAACTTCAAA-TCAGGTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAACAACGCTTTCGAAG
1 ATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * *
1773 GCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGG
65 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCC-AGG
* * *
1837 CT-GACATTCATTTATAATCTGTTTTACTAAACAAA-GTAAAACA
129 -TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA-AAATGTAAAAAA
* * * *
1880 ATTCCACTTCAAA-TCAAGTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
1 ATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * ** * ** * *
1944 GCATGGGTGATTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGAT
65 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGT
*
2008 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-ATAAAAATG-AAAACA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAA
* * *
2049 ATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
2114 CATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATATCTTTTTCTTCATGTTTATCCAGGTA
66 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTA
* * * *
2179 AACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
2219 ATTCAACTTCAAA-TCAAGTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAT
1 ATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* ** * * *
2283 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGACTATCGTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGG
65 GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-CAGG
* * *
2347 TAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACAAAAAATAG-AAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-GTAAAAAA
* * * * * *
2390 ATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * ** * * * * *
2455 -TTTGAATGGCTATATATGAGA-TTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTTCTTAACGTTTTTCAAGG
66 CATAG-GTGACTATAAATG-GACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGG
* * **
2518 TGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
2561 ATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTCAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * ** * **
2626 -AGTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAGG
66 CA-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGG
* * * *
2689 TAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTGATCAAAAA--TAAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
2730 AATCAACTTAAAGTTAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * ** * * **
2795 TATAGGTGAGTATGTATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTC-TTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTA
66 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTA
* * * ** *
2859 AACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-GAAAAAAAA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG-TAAAAAA
* * * * *
2900 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGTGTAATAAGTCTTTGGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ** * * *
2965 CATAGATGACTATTTATGAACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAAAGT
66 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCC-AGGT
* * *
3029 AGATAGTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
3062 ATAAAAATAT
Statistics
Matches: 2378, Mismatches: 440, Indels: 145
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 50 0.02
169 214 0.09
170 858 0.36
171 1080 0.45
172 33 0.01
173 136 0.06
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
Found at i:864 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--3408 Score: 2854
Period size: 341 Copynumber: 10.1 Consensus size: 337
* *
1 ATTCAACTTAAAGTCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-GTCTTTGGAAG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-TTT-GAAG
* * *
65 GCATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACTAATGAATATCTTTTTCTT--CATGTTT-CATGA
64 GTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACAT-TTTCCA--A
* * * * *
127 GGTAGACATTTATTTATAATTTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAGTCAACTTCAAATCAATTA
126 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTA
* * * *
191 TGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATGAATGGA
189 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * *
256 CTTTTCTTGCTAATGAATAAATGTCTTTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAAT
254 CTTTTCTTGCCAATGAAT--A--TCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
320 CTATTTTAACAAAAAA-AGTAAAAA
315 CTGTTTTAATAAAAAATA--AAAAA
* * * * *
344 ATTTAACTTAAAGGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTGGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGG
* * * * * ** * * *
409 CATGGGTAACTATAAATGAACTTTTGTTAAGAATGAATATCTTTTTCTTCCCGTTTCTCC-AGGG
65 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGT
* * ** * *
473 AGACATTCAATTATAAACTATTTTGGTAAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAGTCTATTATGA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGA
* * * * * * *
538 GATTATAAATCCATTTAAAGCAA-TGAATAAGGCTTTTGAGGGCATAGGTGATTATAATTGCACT
192 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
602 TTTCTTACTAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTCGACATTTAATTATAATCTATTT
256 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
667 TAATAAAAAATAAAAAA
321 TAATAAAAAATAAAAAA
* * ** * *
684 GCATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATAATGAAACTTTTTAAAACGAGTAACAAGGTTTTGGAA
1 --ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTT-GAA
* * * * * * *
749 GGTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTATTACCAATGAGTACCTTTTTCATCACATTTTCCGAGG
63 GGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGG
* * * *
814 TAAACATTTAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGA
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGA
* * * * * * *
879 AAGTATAAAACTATTGAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATCAGA-
192 GATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGAC
* * * ** * ** * * * *
942 TTTTTTTGCAAATAAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCTTGATGTAGATATTCAATTGTAATCTATT
255 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* *
1007 TTAATCAAAAATGTGAAAAA
320 TTAAT-AAAAA-ATAAAAAA
* * ** * *
1027 ATTCAACTGAAAGTCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGTAAGTAATGAGGCTTTAGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGG
* * * * *
1092 TATAGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCATTTTCTTCATATTTCCCAAGGTT
65 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTA
* * * * * *
1157 GACATTCAATTTTAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTT-AATTTCAAATCAATTTTGAG
130 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAG
* * *
1221 ATTATCAAACTATTTAAA-AAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
193 ATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * **
1285 TTCCTGCCAACGAATCA-CTTTTTCTTCATGTTTCGT-GATGTAAACATTTTATTATAA-CTTGT
257 TTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGT
1347 TTTAACT-AAAAATGAAAACAA
319 TTTAA-TAAAAAAT-AAAA-AA
* ** * * *
1368 CTTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTGCAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAATG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGG
* * * *
1433 TATGGGTGAAC-ATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATATC-TTTTC-T-ACATGTTTCTCAAG
65 TATAGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAG
* * *** *
1494 GTAGACATTTAACTATAATCTGTTTTAACTAAAAACAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTGT
127 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTAT
* * * * * * * *
1559 GGGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATAGGTGAGTATAAATGGAC
190 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
1624 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTAAACATTCAATTATAATATGTT
255 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
*
1689 TTAATAAAAAATATAATAAT
320 TTAATAAAAAATA-AA-AAA
** * * * * * *
1709 ATTCAACTTCAAA-TCAGGTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAACAACGCTTTCGAAG
1 ATTCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGTTTTGAAG
* * * * * * ** *
1773 GCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGC
64 GTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGG-
* * * * * *
1838 T-GACATTCATTTATAATCTGTTTTACTAAACAAAGTAAAACAATTCCACTTCAAATCAAGTATG
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATG
* * * * **
1902 AGATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGATTATAAATGGGTT
191 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
** *
1967 TTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
256 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
*
2031 TAA-ATAAAAATGAAAACA
321 TAATA-AAAAAT-AAAAAA
* *
2049 ATTCAACTTAAAGCCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGG
* * * * **
2114 CATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATATCTTTTTCTTCATGTTTATCC-AGGT
65 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTT-TCCAAGGT
* * * * *
2178 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTCAAATCAAGTATGA
129 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGA
* * ** *
2242 GGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
192 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
2307 TTCTCGCCAATGACTATCGTTTTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
257 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
2371 TCACAAAAAATAGAAAAAA
321 TAATAAAAAAT--AAAAAA
* * * * * * *
2390 ATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGG
* * * * ** * * * *
2455 T-TTGAATGGCTATATATGAGA-TTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTTCTTAACGTTTTTCAAGG
65 TATAG-GTGACTATAAATG-GACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGG
* * ** *
2518 TGGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATG
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATG
* * * *
2583 AGATTATAAAACTATTCAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-AGTGGGTGACTATAAATGGG
191 AGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGA
* ** * * * *
2646 CTTTTCTTGACAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGT
254 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
2711 TTTGATCAAAAATAAAAAA
319 TTTAATAAAAAATAAAAAA
* * * *
2730 AATCAACTTAAAGTTAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGG
* ** * * **
2795 TATAGGTGAGTATGTATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTC-TTTTCTT--TATGTTTCTTGAGG
65 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGG
* * * * *
2857 TAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-GAAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
128 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTAT
* * ** * * * * ** *
2921 GAGATTACAAAACCATTTAAAACGTGTAATAAGTCTTTGGAAGGCATAGATGACTATTTATGAAC
190 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
2986 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGTAGATAGTCAATTATAATATG-T
255 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
3050 TT--T----AAT--AAAA
320 TTAATAAAAAATAAAAAA
* * *
3060 A---AA--TAAA---AA-TATGAGATTATAAAACTATTT-AAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
1 ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGTTTTGAAGG
* * * * * **
3115 CT-TGGGTGACTATAAATAGGCCTTTT-TTACTAATGAATGTCTTTTTC--CTCATGTTTCTTTA
65 -TATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAA
* * * * * *
3176 GGTAAACATTCAACTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAAGTTAAAGTTAATT
126 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATT
* ** * * *
3241 ATGAAATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
188 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
3306 ACTTTTTTTACTAATGAATATCTTTTT-TTCATGTTCCACGAGCTTA-ACCTTCAATTTTAATCT
253 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAATTATAATCT
* *
3369 ATTTTAATAAAAAAAGTAAAACA
317 GTTTTAAT-AAAAAA-TAAAAAA
*
3392 ATTCCACTTCAAA-TCAA
1 ATTCAACTT-AAAGTCAA
Statistics
Matches: 2500, Mismatches: 456, Indels: 221
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
320 46 0.02
321 96 0.04
322 108 0.04
324 1 0.00
325 4 0.00
327 2 0.00
329 2 0.00
330 6 0.00
332 7 0.00
335 1 0.00
336 1 0.00
337 2 0.00
338 14 0.01
339 277 0.11
340 350 0.14
341 909 0.36
342 428 0.17
343 148 0.06
344 93 0.04
345 4 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGT
ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
AAAAATAAAAAA
Done.