Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402830.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5884.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 943
Length: 1573
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Found at i:287 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1573 Score: 1695
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 170
* * ** *
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTGGTTTTTCTTCATTTTTCTCA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
** * * * **** * *
66 AGCCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTTAGCCGTCCATGTAATAAAATTCAATTTAAAATTAATT
66 AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** *
131 TTTCTGTTGTAAAATTAATTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
130 TTTATGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* *
172 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCAGGTTTCCCA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
* * *
237 AGGAAAACATTAAATTGTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATT
66 AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
*** * * *
302 ACGATATTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTT
130 TTTATGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
343 GAATGGCTTGGGTGGCTATAAATGGGC-TTTCTTGGCAATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTCTC
1 GAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCC
* * * * * *
407 AAGGCAAACATTTAGTTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAATCAAT
65 AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
472 TTTAATGCTATATAACCGTTTAAAGATAGTAATAAGGTTTTT
129 TTTTATGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * * * *
514 GAAGGCTTGGGTGTGTATAAATGAGCTTTTCTTTCCAATTAATGTGTTTTTCTTCA-TTTTTCCA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
* * * * * * *
578 ATGGTAAATATTCATTTATAATATGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGT
66 A-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
643 TATAAGGTTATAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGCCTTTT
129 TTTTATGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
685 AAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCAGGTTTCCCA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
* * *
750 AGAAAAACATTCAA-TAGTAAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAA
66 AGGAAAACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
813 TTATGTGCTTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGC-TTC
129 TTTTATG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * ** **
855 AAAAGCTTGGGTGACTATAATTAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCAGGTTTCTTA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
* *
920 AGGAAAACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT
66 AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
985 TTAATGCTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCATTT
130 TTTATGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
1026 GAAGGCTTCGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGACAATGAATGTGTCTTTCTTCATGTTTCCAA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
* * * * * *
1091 AGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATT
66 AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
1156 TTCAGGTTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATT
130 TTTATGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
1197 CAAGGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
* * * * * * *
1262 AGGCAAACAGTCAAGTATAATCTATTTTAACTAAAACTAG-AAAACAATTCAACTTAAAATAAAT
66 AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
1326 TATGA-GATTATAAAACCATTTATAGAGAGTAACAAGGCTTTT
129 TTTTATG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
1368 GAAGGTTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATCGCTCTTTCTTCAGGTTTCCCA
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
* * * *
1433 TGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATT
66 AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
1498 TTGAGGTTATAAAATCATTTCAAA-AGAGTAATAAGGCTTTT
130 TTTATGTTATAAAACCATTT-AAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
**
1539 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
1 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
Statistics
Matches: 1167, Mismatches: 214, Indels: 42
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 178 0.15
171 952 0.82
172 37 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCA
AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
TTATGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
Found at i:1313 original size:683 final size:680
Alignment explanation
Indices: 2--1573 Score: 1936
Period size: 683 Copynumber: 2.3 Consensus size: 680
1 G
* * ** *
2 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATTGGTTTTTCTTCATTTTTCTCAA
1 AAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCAA
** * **** * * *
67 GCCAAACATTCAAT-TACAGTCTGTTTTAGCCGTCCATGTAATAAAATTCAATTTAAAATTAATT
65 GAAAAACATTCAATATA-A-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TAAAT
* * *
131 TTTCTGTTGTAAAATTAATTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
127 TTTGTGTTATAAAA-TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* *
196 GCTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTAAATTGTAATCTA
191 GCTTTTCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTAAATTATAATCCA
* * * * *
261 TTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTACGATATTATAAAACTATTTAAAA
256 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACAATACTATAAAACCATTTAAAA
* * * * *
326 AGAGTAATAAGGCTTTTGAATGGCTTGGGTGGCTATAAATGGGCTTTCTTGGCAATGAATGGGTT
321 AGAGTAATAAGGCATTTGAATGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTCTTGACAATGAATGGGTC
* * * * * *
391 TTTATTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTTAGTTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAACAAT
386 TTTATTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATGATAATCTATTTTAAACAAAAATATAAAACAAT
* * ** * * * *
456 TAAACTTAAAATCAATTTTAATGCTATATAACCGTTTAAAGATAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCT
451 TAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTCAAGGCT
* ** * * * * *
521 TGGGTGTGTATAAATGAGCTTTTCTTTCCAATTAATGTGTTTTTCTTCATTTTTCCAATGGTAAA
516 TGCGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATTTTCCCAATGGCAAA
* * ** * * * *
586 TATTCATTTATAATATGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGGT
581 CAGTCAAGTATAATATATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATAAGAT
*
651 TATAAAACCATTTAAACAGAGTAATAAGCCTTTTA
646 TATAAAACCATTTAAACAGAGTAACAAGCCTTTTA
686 AAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTTCAGGTTTCCCAA
1 AAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCAGGTTTCCCAA
* *
751 GAAAAACATTCAATAGTAAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTA
65 GAAAAACATTCAATA-TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTT
* ** * * *
816 TGTGCTTATAAAACTATTTAAAGAAAGTAATAAGGC-TTCAAAAGCTTGGGTGACTATAATTAGG
129 TGTG-TTATAAAA-TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
** * *
880 CTTTTCTTGCCAATGAATTAG-TTTTTCTTCAGGTTTCTTAAGGAAAACATTCAATTATAATCCG
192 CTTTTCTTGCCAATGAA-TAGATTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTAAATTATAATCCA
** * * *
944 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTAATGCTATAAAACCGTTTAAAG
256 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACAATACTATAAAACCATTTAAAA
* *
1009 AGAGTAATAAGGCATTTGAA-GGCTTCGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGACAATGAATGTGT
321 AGAGTAATAAGGCATTTGAATGGCTTCGGTGACTATAAATGGGC-TTTCTTGACAATGAATGGGT
* * *
1073 CTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAA-A
385 CTTTATTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATGATAATCTATTTTAAACAAAAATATAAAACA
* * * *
1136 CATTTAACTTAAAATTAATTTTCAGGTTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTCAAG
449 -ATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTCAAG
*
1201 GCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAA-GG
513 GCTTGCGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT-TTTCCCAATGG
* * * *
1265 CAAACAGTCAAGTATAATCTATTTTAACTAAAACTAGAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATG
577 CAAACAGTCAAGTATAATATATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATA
* * * *
1330 AGATTATAAAACCATTTATAGAGAGTAACAAGGCTTTTG
642 AGATTATAAAACCATTTAAACAGAGTAACAAGCCTTTTA
* * * *
1369 AAGGTTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATCGCTCTTTCTTCAGGTTTCCCAT
1 AAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCAGGTTTCCCAA
* * * ** *
1434 GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACCTTCAACTTAAAATCAATTT
65 GAAAAACATTCAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTT
* **
1499 TGAGGTTATAAAATCATTTCAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG
129 TG-TGTTATAAAAT-ATTT-AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
1563 GCTTTTCTTGC
191 GCTTTTCTTGC
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 118, Indels: 30
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
682 23 0.03
683 555 0.74
684 174 0.23
685 1 0.00
686 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (680 bp):
AAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCAAG
AAAAACATTCAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTTTG
TGTTATAAAATATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
TCTTGCCAATGAATAGATTTTTCTTCAGGTTTCCCAAGGAAAACATTAAATTATAATCCATTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTACAATACTATAAAACCATTTAAAAAGAGT
AATAAGGCATTTGAATGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTCTTGACAATGAATGGGTCTTTAT
TCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATGATAATCTATTTTAAACAAAAATATAAAACAATTAAAC
TTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTCAAGGCTTGCGT
GACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATTTTCCCAATGGCAAACAGTC
AAGTATAATATATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATAAGATTATAA
AACCATTTAAACAGAGTAACAAGCCTTTTA
Done.