Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402838.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5892.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 960
Length: 1600
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.08, T:0.46
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:383 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 332--410 Score: 124
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
322 CTTGTTGAAT
* *
332 AGATAAATAATATATATAATTTTTAAATTTATTTATTTTA
1 AGATAAATAATATAGATAATTTTTAAATTTATTTAGTTTA
*
372 AGAT-AATAATATAGATAATTTTTAAGTTTATTTAGTTTA
1 AGATAAATAATATAGATAATTTTTAAATTTATTTAGTTTA
411 TTTAAAAGTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
39 32 0.89
40 4 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.06, T:0.51
Consensus pattern (40 bp):
AGATAAATAATATAGATAATTTTTAAATTTATTTAGTTTA
Found at i:1019 original size:250 final size:247
Alignment explanation
Indices: 540--1600 Score: 960
Period size: 250 Copynumber: 4.3 Consensus size: 247
530 TTGTTATGTG
* * * * * ** * * *
540 AACTCTCATATATTTATGTTAAAATTTTAACTTTTTTTATT-TCACTTTTATAAGATTTTACATT
1 AACTCTCACATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCT-ACTTTTATAAGTTTTTACGTC
* * * * * * *
604 AATTTTTATAATTTTACGTC-AAATCTTTTCAATAGTAATTTTTAATTATAATTATTTTTATCTT
65 AATTGTTACAATTTTACGTCAAAAT-TTATCTATAGCAATTTTGAACTATAATTATTTTTA--TT
* * * * * *
668 TATTATTTTTTATTT-AAAATAAAAACTTAAATATCGTTACATACTTTTAGTCCAATAATATAAA
127 TATTA-TTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTAGT-CGATAATATAAA
* * * * * *
732 TATAAATGCTTACTTTTCATTAAAATTAGACTTTTTTACTTAATTAACTTATTACTTT
190 TATAAATACTTATTTTTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTT
* * * *
790 AATTCTCATATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATT-TCAGTTTTATAAGTTTTTACGTC
1 AACTCTCACATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCT-ACTTTTATAAGTTTTTACGTC
* *
854 AATTGTTACAATTTTACGTCAAAATGTATCTAT-GACAATTTTGAACTATAATTACTTTTA-TTA
65 AATTGTTACAATTTTACGTCAAAATTTATCTATAG-CAATTTTGAACTATAATTATTTTTATTTA
* * * *
917 TTATTGATTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACACATTTAGTCGAATAATATATATG
129 TTATT-TTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTAGTCG-ATAATATAAATA
* * * * * *
982 TAAATATTTATTTGTCACTAAAATTAAAAATTTTTTTACTCAATTGAGTTGTTACGTT
192 TAAATACTTATTTTTCACTAAAATT--AAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTT
* * * ** *
1040 AACTCTCACACATTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATTCGACCCTTATAAATTTTTACGTCA
1 AACTCTCACATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTTTATAAGTTTTTACGTCA
* * * * *
1105 ACTGTTTCAGTTTTACGTCAAGATTTATCTA-AGTCAATTTTGAATTATAATTATTTTTATTATA
66 ATTGTTACAATTTTACGTCAAAATTTATCTATAG-CAATTTTGAACTATAATTATTTTTATT-T-
* * * *
1169 ATTATTTTCTATTTAAAAAATAAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTAGTCTGAGAATACATAT
128 ATTATTTT-TATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTAGTC-GATAATATAAAT
* * * * * *
1234 TTAAATATTTATTTTTTACTAAAATT-ATTTTTTTTACTTAATTGACTTGTTAC---
191 ATAAATACTTATTTTTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTT
* * * * * *
1287 -ACTTTCACATGTTTAAGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTTTATAAGATTTTATGTTA
1 AACTCTCACATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTTTATAAGTTTTTACGTCA
* * * * * * * * *
1351 TTTTTTTTACAGTTTTACGTTAAGACTTATTTATATCAATTTT-ATACTATAGTTATTTTTATTC
66 --ATTGTTACAATTTTACGTCAAAATTTATCTATAGCAATTTTGA-ACTATAATTATTTTTA-T-
* * * ** *
1415 TTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTGTAAATCTTTGCATACTTTTAGCTCGATAATATAAA
126 TTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTAG-TCGATAATATAAA
* * * * *
1480 TATAAATACTTGTTTTTCATTAAAATTAGATTTTTTTATTTAATTAATTTATTACGTT
190 TATAAATACTTATTTTTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTT
* * * *
1538 AGCTATCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTCTACTTTTATAAGTTTTTACGT
1 AACTCTCACATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTTTATAAGTTTTTACGT
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 122, Indels: 50
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
246 54 0.08
247 78 0.12
248 136 0.21
249 4 0.01
250 250 0.38
251 5 0.01
252 56 0.08
253 79 0.12
254 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (247 bp):
AACTCTCACATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCTACTTTTATAAGTTTTTACGTCA
ATTGTTACAATTTTACGTCAAAATTTATCTATAGCAATTTTGAACTATAATTATTTTTATTTATT
ATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTAGTCGATAATATAAATATAAA
TACTTATTTTTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTTAATTAACTTATTACGTT
Found at i:1168 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1148--1181 Score: 61
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
1138 TCAATTTTGA
1148 ATTATAATTATTTT-T
1 ATTATAATTATTTTCT
1163 ATTATAATTATTTTCT
1 ATTATAATTATTTTCT
1179 ATT
1 ATT
1182 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 14 0.78
16 4 0.22
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.00, T:0.65
Consensus pattern (16 bp):
ATTATAATTATTTTCT
Found at i:1506 original size:500 final size:496
Alignment explanation
Indices: 615--1600 Score: 1096
Period size: 500 Copynumber: 2.0 Consensus size: 496
605 ATTTTTATAA
* * * *
615 TTTTACGTCAAATCTTTTCAATAGTAATTTTTAATTATAATTATTTTTATCTTTATTATTTTTTA
1 TTTTACGTCAAATCTTATCAATAGTAATTTTGAATTATAATTATTTTTATCTTAATTATTTTCTA
* * * * * *
680 TTTAAAATAAAAACTTAAATATCGTTACATACTTTTAGTCCAATAATATAAATATAAATGCTTAC
66 TTTAAAAAAAAAACTTAAATATCGTTAAACACTTTTAGTCCAAGAATACAAATATAAATACTTAC
* * *
745 TTTTCATTAAAATTAGACTTTTTTACTTAATTAACTTATTACTTTAATTCTCATATATTTACGTT
131 TTTTCACTAAAATTAGACTTTTTTACTTAATTAACTTATTAC--TAATTCTCACATATTTAAGTT
* * *
810 AAGATTTAAAATTTAGTTATTTCAGTTTTATAAGTTTTTACGTCAATTGTTACAATTTTACGTCA
194 AAGATTTAAAATTTAATTATTTCACTTTTATAAGATTTTACGTCAATTGTTACAATTTTACGTCA
875 AAATGTATCTATGACAATTTTGAACTATAATTACTTTTATTATTATTGATTATTTAAAAATTAAA
259 AAATGTATCTATGACAATTTTGAACTATAATTACTTTTATTATTATTGATTATTTAAAAATTAAA
* * * *
940 ATTTATATATCGTTAAACACATTTAGTCGAATAATATATATGTAAATATTTATTTGTCACTAAAA
324 ATTTATAAATCGTTAAACACATTTAGTCGAATAATATAAATATAAATACTTATTTGTCACTAAAA
* * *
1005 TTAAAAATTTTTTTACTCAATTGAGTTGTTACGTTAACTCTCACACATTTACATTAAGATTTAAA
389 TT--AAATTTTTTTACTCAATTAAGTTATTACGTTAACTATCACACATTTACATTAAGATTTAAA
1070 ATTTAATTATTCGACCCTTATAAATTTTTACGTCAACTGTTTCAG
452 ATTTAATTATTCGACCCTTATAAATTTTTACGTCAACTGTTTCAG
*
1115 TTTTACGTCAAGAT-TTATCTA-AGTCAATTTTGAATTATAATTATTTTTAT-TATAATTATTTT
1 TTTTACGTCAA-ATCTTATCAATAGT-AATTTTGAATTATAATTATTTTTATCT-TAATTATTTT
* * ** * * *
1177 CTATTTAAAAAATAAAATTTATATATCGTTAAACACTTTTAGTCTGAGAATACATATTTAAATAT
63 CTATTTAAAAAA-AAAACTTAAATATCGTTAAACACTTTTAGTCCAAGAATACAAATATAAATAC
* * ** * * * *
1242 TTATTTTTTACTAAAATTA-TTTTTTTTACTTAATTGACTTGTTAC-ACTT-TCACATGTTTAAG
127 TTACTTTTCACTAAAATTAGACTTTTTTACTTAATTAACTTATTACTAATTCTCACATATTTAAG
* * * * *
1304 TTAAGATTTAAAATTTAATTA-TTCTACTTTTATAAGATTTTATGTTATTTTTTTTACAGTTTTA
192 TTAAGATTTAAAATTTAATTATTTC-ACTTTTATAAGATTTTACGTCA--ATTGTTACAATTTTA
* * * * * *
1368 CGTTAAGACT-TATTTAT-ATCAATTTT-ATACTATAGTTATTTTTATTCTTATTATT-TTTATT
254 CGTCAA-AATGTATCTATGA-CAATTTTGA-ACTATAATTACTTTTA---TTATTATTGATTATT
* * ** * * *
1429 TAAAAATTAAAATTTGTAAATCTTTGCATACTTTTAGCTCG-ATAATATAAATATAAATACTTGT
313 TAAAAATTAAAATTTATAAATCGTTAAACACATTTAG-TCGAATAATATAAATATAAATACTTAT
* * * * * * * *
1493 TTTTCATTAAAATTAGATTTTTTTATTTAATTAATTTATTACGTTAGCTATCACACATTTACGTT
377 TTGTCACTAAAATTAAATTTTTTTACTCAATTAAGTTATTACGTTAACTATCACACATTTACATT
* * ** *
1558 AAGATTTAAAATTTAGTTATTCTACTTTTATAAGTTTTTACGT
442 AAGATTTAAAATTTAATTATTCGACCCTTATAAATTTTTACGT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 70, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
495 3 0.01
496 48 0.12
497 5 0.01
498 124 0.31
499 6 0.01
500 147 0.37
501 69 0.17
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (496 bp):
TTTTACGTCAAATCTTATCAATAGTAATTTTGAATTATAATTATTTTTATCTTAATTATTTTCTA
TTTAAAAAAAAAACTTAAATATCGTTAAACACTTTTAGTCCAAGAATACAAATATAAATACTTAC
TTTTCACTAAAATTAGACTTTTTTACTTAATTAACTTATTACTAATTCTCACATATTTAAGTTAA
GATTTAAAATTTAATTATTTCACTTTTATAAGATTTTACGTCAATTGTTACAATTTTACGTCAAA
ATGTATCTATGACAATTTTGAACTATAATTACTTTTATTATTATTGATTATTTAAAAATTAAAAT
TTATAAATCGTTAAACACATTTAGTCGAATAATATAAATATAAATACTTATTTGTCACTAAAATT
AAATTTTTTTACTCAATTAAGTTATTACGTTAACTATCACACATTTACATTAAGATTTAAAATTT
AATTATTCGACCCTTATAAATTTTTACGTCAACTGTTTCAG
Done.