Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402846.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_59.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.10, T:0.28
Warning! 5034 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3048 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1806--4115 Score: 2007
Period size: 172 Copynumber: 13.5 Consensus size: 169
1796 NNNNNNNAAG
* * * * *
1806 AAAGCTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCGAAATCCTTGTTGCTCACTTTAAATGGTGTTATA
1 AAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * *
1870 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTGATGTTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGAATG
64 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * **
1935 CCTACAT-AGGGAAACCTAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
128 TCTACCTCA--GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * *
1978 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCT-AAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * *
2042 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTACAATTCAATGT
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * * * * ** * **
2107 TTGTCTTAGGGAACGTAAAGCAAAAGCCAACCTTTGATACA-A
129 CTACCTCA-GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AGA
* * ** * ** * *
2149 AAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGATAAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
2214 CT-AATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAAAATAAAACTGAATGTT
66 CTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * *
2278 TACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
130 TACC-TCAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * ** * * * ** *
2319 AAAGTCCACTTATAGTCATCCAGGCCTTCAAAAAGCTTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
2384 TGC-CATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTTAAAACAGACTA-AAGTTTAATG
65 T-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TTGAATG
* * * * *
2447 TCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTAATCATTGGCAAGA
128 TCTAC-CTCAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * * *
2490 AAAGTCCACTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAAGCTTTATTATTCAATTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * *
2555 TGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTAAATG
65 T-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * ** *
2619 TCTACCTCTAGAAACGTAAAGAAAAATGTGTTCATTGGTAAGA
128 TCTACCTC-AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * *
2662 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * **
2727 CTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAACATC
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
2792 TGCCTTAGGAAACTTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGA
130 TACCTCA-GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
2833 AAAGTCCATGTATTGTCACCCATTCCTTCAAAATCCCTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** *
2898 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATTGATTCTAATTGAATGT
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
**
2963 CTACCTCATGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
129 CTACCTCA-GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
3005 AAGGTCTATTTATAGTCACACATTGCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3070 CT-AAAATTTGA-TTCAAGTTTGAATCCTTTGTACATTTTTGATTGAAACAGACTAAAATTGAAT
66 CTCAAAA-TTGATTTTAAG-TTGAAT--TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
3133 GTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTAATTGG-TAGAA
127 GTCTACC-TCAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-A
* * * * * * *
3177 AAAGTCCATTTATAGTCACCCGTACCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGATTTGT-AG
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
3241 CGTGATAATTGATTTTAAGGTTGAATCGTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATA
66 C-TCAAAATTGATTTTAA-GTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
** *
3306 TCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGA
128 TCTACCTC-AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
3349 AAAGTCCATTTACAGTCACCAATTCCTTTTAAAGCCTTATTACTGACGTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3414 CTAAAAATTGA-TTCAAGTTTGAATCCTTTGTACATTTTTGGTTGAAACAGACTAAAATTGAATG
66 CTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAAT--TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
3478 TCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCACTGGCAAGA
128 TCTAC-CTCAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * *** * * ** *
3521 AAAGTCTATTTATAGGCACTTGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3586 GC-CATAATTGATTTTAAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATGAATA
66 -CTCAAAATTGATTTTAA-GTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
*
3650 TCTACCTCGAGAAACATAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGA
128 TCTACCTC-AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
3693 AAAGTCCATTTACAGTTACTCATTCCTTTAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
3758 CTTAAAATTGATTTGAATTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
3823 TTACCTCAAGAAACATGAAGACAAAGGCATTCGTTGGAAAG-
129 CTACCTC-AGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
3864 AAAGCTCTATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATAGCTTTATA
1 AAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
3928 ATCTCATAATTGATTTT-AGATT-AAGTTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACATATTATGATTGAA
64 ATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
3991 TATCTGCCT-AGGGAAACATGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGA
126 TGTCTACCTCA--GAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
4035 AAAGTCCATTTCTAGTTACCCATTTCC-TCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
4099 TCTCAAAATTGATTTTA
65 TCTCAAAATTGATTTTA
4116 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1751, Mismatches: 332, Indels: 111
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 171 0.10
171 680 0.39
172 862 0.49
173 33 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTCAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
Found at i:6773 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 6457--6826 Score: 388
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
6447 NNNNNNNNNN
* * *
6457 GAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATCGGAAAGAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATCGCTTCAAA
1 GAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCGCTTCAAA
* * *
6522 AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTCAAATATTTTTA
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATATTTGTA
* * *
6587 TATTTTTGATTAAAACATATTGTAAATGAATGTCTACC-CTAA
131 CATTTTTGATTAAAACATATTATAAATGAATGTCAACCTC-AA
* *
6629 GAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTC-TTTCAA
1 GAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TCGCTTCAA
*********** * * * * *
6693 AAGCCTTANNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA-TGTGAATTCTTTG
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGT-TCAAATATTTG
*
6757 TACA-TTTTGTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCAA
129 TACATTTTTG-ATTAAAACATATTATAAATGAATGTCAACCTCAA
* * * *
6801 AAAAAGTGAAGACAAAGGCATTCATT
1 GAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATT
6827 TGCAAGAAGC
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 32, Indels: 8
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 6 0.04
172 153 0.94
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
GAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATCGCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATATTTGTA
CATTTTTGATTAAAACATATTATAAATGAATGTCAACCTCAA
Found at i:9511 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9207--11146 Score: 1057
Period size: 172 Copynumber: 11.2 Consensus size: 171
9197 NNNNNTGTTG
* * * * * ** *
9207 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGGTT-GATTTTTTTATGTTTTTGGT
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * *
9270 TAGAACAGATTATAATTGAATGTATGCCTTGGGAAGCATGAAGAGAAAGATATTCATTGGCAAGA
66 CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-AAGGAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAGA
* * *
9335 AAAGTTCATTTATGGTCGCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTA
130 AAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ****
9377 CTTACTTTAAATGATTTTATAGTCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTNNNN
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAGT
******* * *
9442 NNNNNNNGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAGGAAGACAAAGGTATTCATTGGCAGGA
66 CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-AGGAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAGA
* * *
9507 AAAGTACATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAGTCTTTTTA
130 AAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * ** *
9549 CTCACTTGAAATGATTTTATATTCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGGATTGTTTGTACATTTTTAG
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTT-TACATTTTTAG
* * * * *
9613 TTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTT-A-ACAAAGGTCAAGAGAAAGGTATTTATTTGTA
65 TCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA-AAAGG--AAGAGAAAGGTATTCATTGGCA
* *
9676 AGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
127 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * ** * * * *
9721 CTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGTGTTCATATTTTTTTACATTTTTTGT
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAGT
* * * * *
9786 CAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAA-AGAAGAAGGCATTCATTGACAAG
66 CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGGAAGAG-A-AAGGTATTCATTGGCAAG
* * *
9850 AAAAG-TCTATTTATAGTTACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
9893 CTCACTTTATATGGTTTTATAATCTCAAAAGTAATTTTAAGTTCGAAAGT-TTTAACATTTTT-G
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-TAAATTATTTTACATTTTTAG
* * * ** * * ** ** *
9956 GCTAAAACATATTATAATTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTC
65 TC-AAAACAGATTATAATTGAA-----TGTCTACCTTGAG--AAAA-GGAAGAGAAAGGTAT-TC
* * *
10021 TACCTTGAAAAACGTGAAGAAGAAAGCATTCATTGGAAAGAAAAGTTTTTCTATGGTCACCCATT
120 -A--TTG------G-CAAG-A-AAAG--TTCA----------------TT-TATAGTCACCTATT
* ** *
10086 TCTTTGAAGGCCTTATTA
154 CCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
10104 CTTACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTAA-TTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTGG
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTT-TACATTTTTAG
* * ** * * *
10168 TTAAAACAGATTATAATTGATTGT-TCACCTCAAGAAACGTGAAG-GAAAAGGCATTCATCGGCA
65 TCAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAAAG-GAAGAG-AAAGGTATTCATTGGCA
*
10231 AG---AG------T-TA-TCA---ATT-CTGTCAAAAGCCTTATTG
127 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCT-TCAAAAGCCTTATTA
* * * * * ** * *
10262 CTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATGAATTTTAGGTTGAACTT-TTTGGCGTTTTTGG
1 CTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAG
* * * * * * * * * **
10325 TTAGAACATATTATAATTGAACGTATGCTTTGGGAAGCATAAAGCA-AAAGGTATTCATTGGCAA
65 TCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-AAGGAAG-AGAAAGGTATTCATTGGCAA
* *
10389 GAAAAGTTCATTTATAGTCAGCC-ATACTTTCAAAAGCCTTATTA
128 GAAAAGTTCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
10433 CTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAGATTTTTTTATATTTTTGGT
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAGT
* * * * * * *
10498 TAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGAAACA
66 CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAG-GAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAGA
*
10563 AAAGTCTC-TTTATAGTCACCCA-TCGCTTCAAAAGCCTTATTA
130 AAAGT-TCATTTATAGTCACCTATTC-CTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * * * *
10605 CTCTTTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAGATTTTTTTATATTTTT-GA
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAG-
* * * * * * * * * * * *
10669 TTAAAGCATATTGTAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAT
65 TCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAG-GAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAG
*
10734 AAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * * *
10777 CAAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTAG
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTT-TACATTTTTAG
* * * * * * *
10840 TCAAAACATATTATAATTGAATATCAACCTCGAGAAACGTGTAGACAAAGGTATTCATTGGCAAG
65 TCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAG-GAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAG
* * *
10905 --AAGTTCCATTTATAGTCAACC-ATTCTTTCAAAAGCCTTGTTT
129 AAAAGTT-CATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* ** * * ** * * **
10947 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTT-AGGTGGAGTTTTTTTATGTTTTTAGT
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAGT
** * * * * * * *
11011 CGGAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTAG-GCAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAG
66 CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAA-AGGAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAG
* * * *
11075 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCTTCAAAACCCTTATCA
129 AAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
**
11118 CTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAA
1 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAA
11147 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1376, Mismatches: 286, Indels: 215
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
157 55 0.04
158 46 0.03
159 10 0.01
160 2 0.00
161 3 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
168 3 0.00
169 8 0.01
170 166 0.12
171 214 0.16
172 675 0.49
173 23 0.02
174 1 0.00
177 9 0.01
179 7 0.01
180 4 0.00
181 3 0.00
183 3 0.00
188 2 0.00
190 3 0.00
191 1 0.00
192 4 0.00
193 3 0.00
194 2 0.00
195 2 0.00
200 2 0.00
202 1 0.00
203 3 0.00
204 10 0.01
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210 12 0.01
211 81 0.06
212 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATTATTTTACATTTTTAGT
CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAGGAAGAGAAAGGTATTCATTGGCAAGAA
AAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:10085 original size:211 final size:211
Alignment explanation
Indices: 9799--10187 Score: 525
Period size: 211 Copynumber: 1.8 Consensus size: 211
9789 AACAGATTAC
* * *
9799 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAGAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAAGAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
9864 AGTTACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTATATGGTTTTATAATCTCAAAAGTAATT
66 AGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAAGTAA-T
* *
9929 TTAAGTTCGAAAGT-TTT-AACATTTTTGGCTAAAACATATTATAATTGAATTCTTTGTATATTT
130 TTAAATT-GAAAGTCTTTGAACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATTCTTTGTATATTT
9992 TTAGTTAAAATAGACTAG
194 TTAGTTAAAATAGACTAG
* *
10010 AATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAGAAAGCATTCATTGGA-AAGAAAAGT-TTTTCT
1 AATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAAGAAAGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATT-T
* * ** * * *
10073 ATGGTCACCCATTTCTTTGAAGGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTAA
64 ATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAAGTAA
* * * *
10138 TTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
129 TTTAAATTGAAAGTCTTTGAACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGA
10188 TTGTTCACCT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 21, Indels: 8
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
209 4 0.03
210 13 0.08
211 134 0.88
212 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (211 bp):
AATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTAAAGAAGAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
AGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAAGTAATT
TAAATTGAAAGTCTTTGAACATTTTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAATTCTTTGTATATTTTT
AGTTAAAATAGACTAG
Found at i:11143 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10242--11666 Score: 861
Period size: 172 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
10232 GAGTTATCAA
* * * *
10242 TTCTGTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TGAATTTTAGGTTG
1 TTCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAAGTTG
** **** * * * * * * * * * * *
10306 AACTTTTTGGCGTTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAACGTATGCTTTGGGAAGCATAAAGCA
64 AGTTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTAC-CTAGGAAACGTAAAGAA
* *
10371 AAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAGCCA-
128 AAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT
* * *
10413 TACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
1 TTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
10478 GATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAA
65 G-TTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAG-GAAACGTAAAGAA
*
10543 AAAGGTATTCATTGGAAACAAAAGTCTC-TTTATAGTCACCCAT
128 AAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA-CCAT
** ** * * *
10586 CGCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAG
1 TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAG
* * * * *
10651 ATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAGCATATTGTAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATGTAAAGAA
66 -TTTTTTTATATTTTTAG-TCAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGGAAACGTAAAGAA
* * **
10715 AAAGGCATTCATTGGAAATAAAAGTTTATTTATAGTCACCTAT
128 AAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AT
* ** * * *
10758 TCCTTCAAAAGCCTTATTACAAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA
1 TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAG
* * * * * ** *
10823 TTCTTTGTACA-TTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATATCAACCTCGAGAAACGTGTAGACA
66 TT-TTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAG-GAAACGTAAAGAAA
*
10887 AAGGTATTCATTGGCAAG--AAGTTCCATTTATAGTCAACCA-
129 AAGGTATTCATTGGAAAGAAAAG-TCCATTTATAGTC-ACCAT
* * ** * *
10927 TTCTTTCAAAAGCCTTGTTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGGTGGA
1 TTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * * * * *
10992 GTTTTTTTATGTTTTTAGTCGGAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTAGGCAAACATGAAGAAA
65 GTTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGG-AAACGTAAAGAAA
*
11057 AAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
129 AAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AT
* * * ********** *
11099 TTCTTCAAAACCCTTATCACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAANNNNNNNNNNAGTTGAA
1 TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAG
* * * *** * * * * * *
11164 TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGGCTACAATTCAATGTCTATCTTAGGGAACGTGAAGCAAA
66 TTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CCTAGGAAACGTAAAGAAAA
** ** *
11229 AGCCAACTT--TTGAGGCA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
130 AG-GTA-TTCATTG-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAT
** * * ********** * *
11270 GCCTTCGAAAGTCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA-
1 TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAG
* * * * * * * *
11334 ATTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCCT-GAGAAATGTGAAGAAA
66 TTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTA-CCTAG-GAAACGTAAAG-AA
* * *
11397 AAAGG-ATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
128 AAAGGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT
** *********** * * * *
11439 ACCTTCAAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTCAAATAGTTTTATAATGC-CATAATCGATTTTAAGTTG
1 TTCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
11503 AATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAA
64 AGTTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAACGTAAAGAA
** *
11568 AAAGACATTCATT-GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
128 AAAGGTATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT
* * * * *
11611 TCCCTT-AAAAGTCATATTACTCAATTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTT
1 T-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
11667 GAATTTGAAT
Statistics
Matches: 975, Mismatches: 236, Indels: 86
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 4 0.00
169 82 0.08
170 181 0.19
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172 377 0.39
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAG
TTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAACGTAAAGAAAAA
GGTATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT
Found at i:14421 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 14404--14430 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
14394 TCATTTATAG
14404 TCACCCATTCCT
1 TCACCCATTCCT
14416 TCACCCATTCCT
1 TCACCCATTCCT
14428 TCA
1 TCA
14431 AAAGCCTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.48, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (12 bp):
TCACCCATTCCT
Found at i:18009 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 17684--20349 Score: 2486
Period size: 172 Copynumber: 15.5 Consensus size: 172
17674 CATAGTAGAA
* * * * * * * *
17684 ACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAGATATACAAAGAATT-AAAATTAAAATTAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
** *
17748 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
17813 TCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAG
130 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * ** * * ** *
17856 ACATTGAATTCTGGTCTGTTTCAACCAAAATTGTACAAAGGATTCAAACTT-GAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
17920 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATTGGTGACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
** *
17985 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAG
130 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * ** * *
18028 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTGAAATTAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
18093 ATTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAACT-GACTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGGACTT
** *
18157 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGTAG
130 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
** * * *
18200 ACATTCAA-TATAATCCATTTTAAACAAAAATGTACAAAGACTTCAAA-TTAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
18263 GTTTATAAAGCCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATCAATGAACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * *
18328 TTCTTTCCAATGAATTCTTTTTTCCCCATGTTTTTTAAGGTAG
130 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
** * * * *
18371 ACATTCAATTGCAATCTATTTTAACCAAAAGTGTACAAAAAATTCAAA-TTTAAATGAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * **
18435 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAGTGGGTGACAATAAATAAACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
18500 TTCTTGCAAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAG
130 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * *
18543 ACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAATTCAAA-TTCAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
18607 GAATATAAAACTATTTAAACTGAGTAATAAGGCCTTT-AAGAGAATGGGTGACCATAAATGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * * * ** *
18671 TTTCTTATCAATGAATGTCTTTTACTTTATGTTTTTTGAGGTAA
129 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
18715 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTC-AACTTAAAATCGATTATG-G
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * ** * *
18778 TATTATAAAACTATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACT
66 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** *
18843 TTTCTCGCTAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGT-G
129 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * *
18886 AACATTCAATTTTAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAACAATTC-AACTTAAAATCAATTATT-
1 -ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATT-TTG
* * ** * ** *
18948 AGTTTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAAG-TTTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAATGGAC
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * **
19012 -TTT-TTGCATCAAAGGTTAG-CTTTTGCTTCATG-TTCCCTAAGACAG
128 TTTTCTTGC--CAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAG
** * *
19057 ACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TC-AACTTAAAATCAATTGTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
19120 ATTATAAAGCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTCAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
*** * ** * ** * * * *
19185 TCTTATGAATAAATATCTTTTTATTCACATATCCCTAGGCAG
131 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * *
19227 ACATTCAATTATAATCT-TTTCTAACCAGAAATGTCAAAAAATT-TAACCTAAAATCAATTATAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * *
19290 GATTATAAAACCATTTAAATTGAG-CATCAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAGC
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-C
* * ** **
19354 -TTTCTTGCCAATGAATGCATTTGTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
128 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * * *
19398 AGATTCAATTATATTTTGTTTTAATCAAAAATTTACAAAGAATT-AAAATTCAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
19462 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGCGACTGTAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * ** ** *
19527 TTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTGG
130 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* ** * * *
19570 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-G
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * ** *
19634 TATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGTACAGGTGGCTATAAATGGACT
66 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
*
19698 TTTCTTGCCAATGAATG-CTTTCTTCTTCATGTTTCTCAATGTAG
129 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * ** * *
19742 ACTTTCAATTCTAGTC-GATTTCAACCAAAAATGTGCAAAGGATTCAAACTT-GAATAAATTTTG
1 ACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTG
* * * *
19805 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
19870 TTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGCTAA
129 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * *
19913 ACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATATAAAAACAATT-GAACTTAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * * * * *
19977 GATTACAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGGAGCAATGGGTGACTGTAAATAGACCT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* **
20042 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAG
130 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * ** ** *
20085 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACCTTTGAACTTAAAATTAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* *
20150 ATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * **
20215 TCTTGCCAATGAATACCCTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGACAG
131 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAG
* * * ** * * * * * *
20257 ATATTCAATTATAATCTGTTCTAAACAAAAACATCAAAAAGTTCAACCTAAAAAT-AATTATGGG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * *
20321 ACTGTAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
20350 ATGGGTGACT
Statistics
Matches: 2035, Mismatches: 407, Indels: 105
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 14 0.01
170 185 0.09
171 582 0.29
172 1221 0.60
173 30 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTTAAAATCAATTTTGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
Found at i:18395 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17684--20759 Score: 2621
Period size: 343 Copynumber: 8.9 Consensus size: 342
17674 CATAGTAGAA
* * * * * *
17684 ACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAGATATACAAAGAATTAAAATTAAAATTAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAG
** *
17749 ATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ** *
17814 CCTTGCCAATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTGAATTCTGGTCTGTTTC
130 TCTTGCCAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ** * *
17878 AACCAAAATTGTACAAAGGATTCAAACTT-GAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
194 AACCAAAAATGTACAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
17942 AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATTGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
258 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT
* *
18006 TTCTTCATGTTTCTTGAGCTAG
321 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * *
18028 ACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTGAAATTAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
18093 ATTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAACT-GACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGGACTT
* * **
18157 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGTAGACATTCAA-TATAATCCATTTT
129 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * * * *
18221 AAACAAAAATGTACAAAGACTTCAAATTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAGCCGTTTAAAGTGA
194 AACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
* * *
18286 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATCAATGAACTTTTCTTTCCAATGAATTCTTTTTT
259 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTT
** *
18351 CCCCATGTTTTTTAAGGTAG
323 CTTCATGTTTCTTAAGGTAG
** * * * *
18371 ACATTCAATTGCAATCTATTTTAACCAAAAGTGTACAAAAAATTCAAA-TTTAAATGAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * **
18435 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAGTGGGTGACAATAAATAAACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
18500 TTCTTGCAAATGAAT-TCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTT
129 TTCTTGCCAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
18564 TAACCAAAAGTGTAAAAAAAATTCAAATTCAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAACTG
193 TAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * **
18629 AGTAATAAGGCCTTT-AAGAGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTT
258 AGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT
* * * * *
18693 TACTTTATGTTTTTTGAGGTAA
321 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * * *
18715 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCGATTATG-GT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAG-
* * ** * *
18779 ATTATAAAACTATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
18844 TTCTCGCTAAT-AA-ATGCTTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGT-GAACATTCAATTTTAGTCTGT
129 TTCTTGCCAATGAATAT-C-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGT
* * *
18906 TTTAA-CAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACAATTTAAA
191 TTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * ** * * * **
18968 GCAAGTAATAAAG-TTTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCATCAAAGGTTA
255 GTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC--CAATGAAT-
* * * **
19030 GCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGACAG
316 GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
** * * * *
19057 ACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTGTGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * * *
19121 TTATAAAGCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTCAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
*** * * * * * * *
19186 CTTATGAATAAATATCTTTTTATTCACATATCCCTAGGCAGACATTCAATTATAATCT-TTTCTA
131 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TA
* * * * * *
19250 ACCAGAAATGT-CAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATTGAG
195 ACCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
19314 -CATCAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAGC-TTTCTTGCCAATGAATGCATTTG
260 TAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTT
** *
19377 TCTTCACATTTCTTGAGGTAG
322 TCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * * * *
19398 AGATTCAATTATATTTTGTTTTAA-TCAAAAATTTACAAAGAATTAAAATTCAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
19462 GATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGCGACTGTAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * ** * *
19527 TTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTGGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
129 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * *
19592 AATAAAAAATATA-AAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-GTATTACAAAACCATTTAAAGC
194 AACCAAAAATGTACAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGT
* ** * *
19655 GAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGTACAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
257 GAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* *
19719 CTTCTTCATGTTTCTCAATGTAG
321 -TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * * * * ** * *
19742 ACTTTCAATTCTAGTCGATTTCAACCAAAAATGTGCAAAGGATTCAAACTT-GAATAAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTTTGA
* * * *
19806 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * * *
19871 TTCTTGCCAATAAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATATTTTTT
129 TTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
19935 AACCAAAAATATA-AAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTG
194 AACCAAAAATGTACAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
19999 TGTAATAAGGCTTTTGGAGCAATGGGTGACTGTAAAT-AGACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
258 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT
* ** *
20063 TTCTTTACATTTCTCAAGGTAG
321 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
** * *
20085 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACCTTTGAACTTAAAATTAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTTTGAG
* *
20150 ATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * *
20215 TCTTGCCAATGAATACCCTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGACAGATATTCAATTATAATCTGTTCT
130 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ** * * * * * * *
20279 AAACAAAAACAT-CAAAAAGTTCAACCTAAAAAT-AATTATGGGACTGTAAAAGCATTTAAAGTG
194 AACCAAAAATGTACAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* *
20342 AGTAATAAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACCTTTCT
258 AGTAAT-AA---G-G-C------T-----TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
** * ** * ** **
20406 TGCTGATGAATACCTTTGGCTTCACGTTTCCCAAGCCA-
305 TGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAG
* * * * *
20444 AGCATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGA
1 A-CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * ********** *
20509 GATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATTGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
20574 TTTTTGCTAATGAAT-TCTTTTTTTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
129 TTCTTGCCAATGAATATC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * * **
20638 TAA-TAAAAAGTTTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAGTATAAAACTATTTAATCT
193 TAACCAAAAA-TGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
20702 GAGTAATAATGCTTTT-AAGGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
257 GAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAA
20760 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2197, Mismatches: 445, Indels: 180
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 76 0.03
341 172 0.08
342 160 0.07
343 788 0.36
344 713 0.32
345 11 0.01
347 1 0.00
348 1 0.00
349 2 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
359 7 0.00
360 216 0.10
361 44 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTT
CATGTTTCTTAAGGTAG
Found at i:18673 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 17684--20759 Score: 2698
Period size: 515 Copynumber: 5.9 Consensus size: 515
17674 CATAGTAGAA
* * * * *
17684 ACATTTAATTATAATCTATTTT-AACTAAAGATATACAAAGAATTAAAATTAAAATTAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC-AAAAATGTACAAAG-ATTCAAATTAAAATCAATTTTGA
** * *
17748 GATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * ** *
17813 TCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTGAATTCTGGTCTGTTTC
129 TTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ** * *
17878 AACCAAAATTGTACAAAGGATTCAAACTT-GAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
194 AACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAA-TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
17942 AGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
258 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
** * * * * * *
18007 TCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTT
323 TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * * * *
18072 GAACTTGAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
388 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* *
18137 AGGTAACTATAAACT-GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGTAG
453 AGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
*
18200 ACATTCAA-TATAATCCATTTTAAACAAAAATGTACAAAGACTTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATGTACAAAGA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
18264 TTTATAAAGCCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATCAATGAACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT
* * ** * * * ** *
18329 TCTTTCCAATGAATTCTTTTTTCCCCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTGCAATCTATTTTA
130 TCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
18394 ACCAAAAGTGTACAAAAAATTCAAATTTAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
195 ACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * *
18459 TAATAAAGCTTTTGAAGGAGTGGGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGCAAATGAATTCTTTTTTC
260 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * *
18524 TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAATTCA
325 TTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * * * *
18589 AATTCAAATCAATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAACTGAGTAATAAGGCCTTT-AAGAGAATG
390 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GAATA
* ** * * * * ** *
18653 GGTGACCATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTACTTTATGTTTTTTGAGGTAA
454 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * *
18715 ACATTCAATTATAGTTTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCGATTATG-G
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAAC-AAAAATGTACAAAGATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * ** * * *
18778 TATTATAAAACTATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACT
65 -ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT
* * * * * * * *
18843 TTTCTCGCTAATAAATGCTTTTTTCTTCACATTTGTCAAGGT-GAACATTCAATTTTAGTCTGTT
128 TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
18907 TTAA-CAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACAATTTAAAG
192 TTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** ** * * * **
18969 CAAGTAATAAAG-TTTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCATCAAAGGTTAG
256 TGAGTAATAAAGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC--CAATGAAT-G
* ** * * ** ** * *
19031 -CTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGACAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAA
317 CCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * * *
19094 AAAA-TCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTCA
382 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *** * * ** * * *
19158 AGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATGAATAAATATCTTTTTATTCACATATCCCTAG
447 AGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG
*
19223 GCAG
512 GTAG
* * * * ** * *
19227 ACATTCAATTATAATCT-TTTCTAACCAGAAATGT-CAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATAA
1 ACATTCAATTATAATCTATTT-TAAACAAAAATGTAC-AAAGATTCAAATTAAAATCAATTTTGA
* * * *
19290 GATTATAAAACCATTTAAATTGAG-CATCAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGAGC
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAAC
* * * * ** * * *
19354 -TTTCTTGCCAATGAATGCATTTGTCTTCACATTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATATTTTGTT
127 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
19418 TTAATCAAAAATTTACAAAGAATTAAAATTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
192 TTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
19483 AAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGGGCGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTT
257 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * *
19548 TTCTTTACATTTCTTGAGGTGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAAT
322 TTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAT
* *
19612 TCAACCTTAAAATCAATTATG-GTATTACAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGAG-TTTTGAA
387 TCAA-CTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATAAG-GCTTTTGAA
* * * * *
19674 GGTACAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTCTTCTTCATGTTTCTCAAT
448 GGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAG
19738 GTAG
512 GTAG
* * * * * * * * *
19742 ACTTTCAATTCTAGTCGATTTCAACCAAAAATGTGCAAAGGATTCAAACTT-GAATAAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATGTACAAA-GATTCAAA-TTAAAATCAATTTTGA
* * * * *
19806 GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * * *
19871 TTCTTGCCAATAAATGCCTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGCTAAACATTCAATTATAATATTTTTT
129 TTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
19935 AACCAAAAATATA-AAAACAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACTATTTAAAGTG
194 AACCAAAAATGTACAAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
19999 TGTAATAAGGCTTTTGGAGCAATGGGTGACTGTAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
258 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * ***
20064 TCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACCTTT
323 TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * *
20129 GAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
388 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * **
20194 GGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACCCTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGACAG
453 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAG
* * * ** * * * * *
20257 ATATTCAATTATAATCTGTTCTAAACAAAAACAT-CAAAAAGTTCAACCTAAAAAT-AATTATGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATGTACAAAGA-TTCAA-ATTAAAATCAATTTTGA
* * * *
20320 GACTGTAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCAAGGAATGGG
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AA---G-G-C------T-----TTTGAAGGAATGGG
* ** * ** * **
20385 TGACTATAAAT-AGACCTTTCTTGCTGATGAATACCTTTGGCTTCACGTTTCCCAAGCCA-AGCA
112 TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGA-CA
* * * *
20448 TTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACA-TAAAATCAATTATGAGAT
175 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAAATTCAA-ATTAAAATCAATTTTGAGAT
* ********** *
20512 TATAAGACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAATTGACTTTT
239 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* * * * * **
20576 TTTGCTAATGAATTCTTTTTTTTTCACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
303 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * * * * *
20641 TAAAAAGTTTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAGTATAAAACTATTTAATCTGAGT
368 CAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGT
*
20706 AATAATGCTTTT-AAGGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
433 AATAAGGCTTTTGAA-GGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
20760 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2057, Mismatches: 427, Indels: 136
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 82 0.04
512 184 0.09
513 146 0.07
514 190 0.09
515 922 0.45
516 212 0.10
517 3 0.00
518 1 0.00
520 1 0.00
531 49 0.02
532 263 0.13
533 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (515 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTTAAACAAAAATGTACAAAGATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
AATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
TCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
Done.